20 april 2015

Belang van epigenetica voor evolutie mogelijk niet zo groot, maar wel voor medische toepassingen

Prof Dr Marianne Rots
Gisteren, zondag 19 april, hield Prof. dr. Marianne Rots de Paradisolezing over haar eigen vakgebied de epi-genetica. Om precies te zijn: de moleculaire epigenetica [1]. Zeer hoge informatiedichtheid, maar de inhoud was goed afgestemd op het algemene publiek. De eerste helft van haar lezing ging over Rosalind Franklin, de onderzoekster die eigenlijk als derde persoon de Nobelprijs voor de ontdekking van de structuur van DNA (samen met Watson en Crick) had moeten krijgen [2]. Ze had zich goed ingelezen, ze vertelde dat ze ter voorbereiding van de lezing alle boeken over Franklin had gelezen. Respect! [3]. Een goede wetenschappelijke mentaliteit.

Uit het oogpunt van evolutie, viel mij de volgende uitspraak op: 

"Bij de bevruchting worden bijna alle epigenetische markeringen op het DNA gewist". 

Bijna alle. Ik vroeg in het vragenuurtje hoeveel niet werd gewist en of het resterende deel ruis was of zelfs negatieve consequenties zou kunnen hebben (dus als een fout opgevat moest worden). Haar antwoord was dat 5-10% van de markeringen op het DNA niet werd uitgewist. Er was nog geen systeem in te ontdekken. Het leek vrij willekeurig over chromosomen verdeeld. Maar er was  één voorbeeld waarbij een specifiek gebied op het chromosoom betrokken was.
[4].

Mijn conclusie over het belang van epigenetica voor evolutie: 

Als epigenetische markeringen ook overerven via eicel en sperma naar de volgende generatie heb je twee erfelijke mechanismen die een rol in de evolutie spelen: erfelijke informatie in de basevolgorde van DNA en epigenetische markeringen op het DNA. Als epigenetische markeringen niet of nauwelijks overerven (via de geslachtelijke voortplanting) dan zijn ze uitsluitend van belang voor de embryonale ontwikkeling en gedurende het volwassen leven [5]. Ook heel belangrijk. Om evolutionair van belang te zijn moet het gaan om effecten die over honderden generaties stabiel zijn. In ieder geval meer dan 3 generaties!
Maar zelfs als epigenetica uitsluitend van belang is voor embryonale ontwikkeling is dat van indirect evolutionair belang. Want het maakt multicellulaire organismen als planten en dieren mogelijk!  Anders zouden er uitsluitend eencelligen bestaan. [8]
Bovendien zou epigenetica, met name verschillen in genexpressie, het verschil tussen mens en andere primaten beter kunnen verklaren dan traditionele DNA basevolgorde en eiwitcoderende genen [6]. 
Het is dus van belang om directe (via voortplanting) en indirecte (somatische) effecten van epigenetica te onderscheiden. De eerste staat bekend onder de naam Transgenerational epigenetics en is volgens mij een subdiscipline die nog niet heeft aangetoond dat ze van belang is voor evolutie.

Epigenetic engineering:

Het zou wel eens kunnen zijn dat epigenetic engineering of epigenetic editing zoals prof. Rots het noemt, een vergelijkbare rol krijgt als genetic engineering (gen therapie): 'het sleutelen aan DNA'.
Rots gaf drie voorbeelden van overerfbare epigenetische markeringen die alle een negatief effect hadden op de gezondheid. Er kunnen positieve zijn, maar die heb ik niet gezien. Dit wijst er op dat bij ziekte (kanker) foute epigenetische markeringen betrokken kunnen zijn. Rots ontwikkelt moleculaire technieken om foute epigenetische markeringen te corrigeren. Dat is haar vakgebied: moleculaire epigenetica in een medische context [7], [9]. De kunst is om de markeringen van specifieke genen aan of uit te zetten. Dit is een feite een  aanvulling van traditionele genetic engineering die de DNA basevolgorde corrigeeert. Daarmee is zij potentieel net zo belangrijk en heeft volgens Rots mogelijk dezelfde risico's voor het nageslacht (germline).

Ik heb de indruk dat beide vakgebieden zichzelf het belangrijkste vinden, ze zetten zich tegen elkaar af, ze weken niet echt samen. Ze zitten in aparte vakgroepen en hebben aparte conferenties en tijdschriften. Ze zouden moeten samenwerken voor optimaal resultaat. Wat kan een patient het nu schelen of hij door genetica of epigenetica genezen wordt! Als het maar werkt!


Literatuur:
Nessa Carey (2012) 'The Epigenetics Revolution', Columbia University Press
"offers lucid science writing and vivid imagery" (review Nature).


Noten

  1. Epi-genetica: alle processen die niet te maken hebben met de DNA seuqence, maar het aflezen of niet aflezen van de sequence, of: genexpressie of genregulatie.
  2. Maar Watson en Crick hebben toegeven dat ze tenminste in twee gevallen cruciale informatie van Franklin hebben gebruikt voor hun beroemde 1953 publicatie zonder medeweten of toestemming van Franklin. Maar er is meer aan de hand. Franklin was niet geinteresseerd in 3D-modellen bouw, Watson en Crick deden niet anders. Verder heeft Franklin helemaal niets met epigenetica te maken! Het thema van dit jaar Paradiso lezingen is: wetenschappers vertellen over hun helden. Prof Rots had Franklin gekozen onder meer omdat het een vrouwelijk rolmodel is.
  3. Vorige sprekers die over hun wetenschappelijke helden uit het verleden hadden moeten vertellen, hebben er met de pet naar gegooid. 
  4. Dit antwoord was een stuk informatiever vergeleken met het antwoord dat ze 2 jaar geleden gaf op dezelfde vraag (27 mei 2013).
  5. Het zou wel eens kunnen zijn dat voor een normale embryonale ontwikkeling noodzakelijkerwijs alle markeringen gewist moeten worden omdat de bevruchte eicel een blanco start moet hebben om alle lcihaamsdelen te kunnen vormen. Het mag niet gespecialiseerd zijn. Een algehele reset. Alle epigenetische markeringen zouden de novo aangebracht moeten worden tijdens de embryonale ontwikkeling. Dat is het geheim van het embryo!
  6. Sommigen beweren dat niet-coderend RNA beter correleert met de complexiteit van het organisme dan de omvang van het genoom op zich.
  7. Ze heeft in Groningen een vakgroep opgericht in het Universitair Medisch Centrum waarin fundamenteel onderzoek gedaan wordt naar epigenetisch mechanismes in en medische context. Ze heeft ook internationale erkenning als specialist op dit gebied (hier) en zit in de redactie van Clinical Epigenetics
  8. Aangezien eencelligen zich vnl. door mitotische celdeling vermenigvuldigen, kan daar epigenetische overerving potentieel van groot evolutionair belang zijn. 
  9. Dat er medische toepassingen zijn van epigenetica blijkt uit de grote hoeveelheid boeken: Epigenetics and disease, Epigenetics in health and disease, Patho-epigenetics of disease, Epigenetics in human disease, Epigenetic aspects of chronic diseases, The epigenetics of autoimmune diseases, Epigenetics of aging, etc. 

Vorige blogs over dit onderwerp:

  1. Paradiso lezing Marianne Rots over epigenetica 27 mei 2013. Dit blog kunt U uitstekend gebruiken als achtergrond informatie.
  2. Epigenetica is geen bedreiging voor neoDarwinisme, 8 april 2010 (mijn oude trage blog)
Zie ook: BioNieuws 11 april:  'Op weg naar een curable genome' (interview met Marianne Rots).

Zie ook: Presentatie Studium Generale Groningen van Marianne Rots

13 april 2015

Random genen en het probleem van de vergeten eiwitjes

Peter Waterhouse
Bestaat random DNA? Bestaan er random genen? random eiwitten? Bestaan er genen die uit random DNA zijn ontstaan? Wat zijn eigenlijk 'random' genen? Ik vind dit uiterst fascinerende vragen die me niet los laten. Ze kwamen bij me op naar aanleiding van een recent artikel in Nature [1] Het artikel bevatte een raadselachtige opmerking. Het citaat valt nogal met de deur in huis, daarom heb ik voor degenen die niet op de hoogte zijn van van DNA sequencing een korte inleiding onder aan het blog. Hier de raadselachtige opmerking:
"Sequences encoding potential peptides from ORFs of this size are often ignored or filtered out by automated genome-annotation programs, because the probability of their occurring by chance alone increases exponentially as they get shorter." [1]
'peptides' = kleine eiwitten van 2 – 50 aminozuren.
'ORFs' = Open Reading Frame = stuk DNA dat kan coderen voor een eiwit.
'this size' = kleiner dan 100 baseparen.
'Genome-annotation programs'= software die uit miljarden bases in het DNA genen detecteren.
Dus: genomics software filtert potentiële genen van minder dan 100 baseparen eruit omdat die door toeval ontstaan zouden kunnen zijn. Door toeval? So what? An ORF is an ORF! Wat een onzin: hoe 'weten' die genen nu dat ze 'toevallig' zijn? Als ze de standaard signalen hebben van genen (het zijn immers ORFs), dan zal de celmachinerie ze toch gewoon verwerken? en mRNA en eiwitten produceren? Als je alle genen van de mens wilt inventariseren, dan ga je toch niet een betrekkelijk willekeurige ondergrens van 100 bp vaststellen? Dan mis je alle kleine genen! Discriminatie van kleine genen! Dat ze toevallig ontstaan zijn is een menselijk criterium. De cel weet daar toch niets van af?

De redenen voor dit filter kunnen complexer zijn dan in het artiikel gesuggereerd wordt, maar toch wordt dit filter standaard gebruikt in de wereld van genomics. Ik heb het nagevraagd bij de auteur van het artikel, prof. Waterhouse. En hij bevestigd [7] dat er standaard een ondergrens van 100 baseparen in de software staat ingesteld en dat daardoor géén peptiden met een lengte van 33 aminozuren of minder ontdekt kunnen worden. Maar biochemici kennen vele peptides met biologische werking [8]. Wat is hier aan de hand?

Waarom die ondergrens?
Dit is de redenering van Peter Waterhouse:
Statistisch gezien moeten er heel veel korte ORF's*) in het genoom zitten, maar
in de ORF database zien we ze niet terug. Het is dus de discrepantie van de berekening en de data in de database. Ik wist niet dat dit probleem bestond!
*) ORF = Open Reading Frame = dat stuk DNA van begincode tot stopcode dat gelezen en vertaald kan worden tot eiwit.
Waarom 'statistisch gezien'?
Van de 64 codons zijn er 3 stopcodons. Als je een stuk DNA hebt met willekeurige volgorde van de codons, dan zal gemiddeld 3 op de 64 een stopcodon zijn. Een stuk DNA van 21 codons lang zal dus zeker voorkomen. Statistisch gezien kunnen er stukken véél langer dan 21 codons voorkomen als het DNA maar lang genoeg is. Statistici hebben berekend dat als je een stuk DNA van 2000 baseparen hebt, de kans op een ononderbroken stuk van 400 baseparen 50% is (dus een ORF van 400 bp).

Hoeveel kleine genen zijn er?
Ik vond [3] dat in de beroemde fruitvlieg Drosophila maar liefst 600.000 ORFs van minder dan 100 aminozuren zijn gevonden! (=300 base paren omdat 3 bases coderen voor 1 aminozuur)  Dat is net iets groter dan hierboven, maar vallen in de kleine eiwittjes categorie. Als je dus van plan bent alle genen van de mens te inventariseren en je hebt al een lijst van 25.000 genen die je moet valideren, dan ga je om de klus praktisch uitvoerbaar te maken alle ruis eruit filteren en dat zijn ... de kleinere!

Wat is klein?
Een gen dat uit één exon bestaat is gemiddeld plm 2.000 baseparen lang (= 666 amino zuren lang). Een gen bestaat meestal uit meerdere exons. De gemiddelde lengte van een gen is 17.000 baseparen (=5666 aminozuren) [4]. Daarmee vergeleken  is een gen van minder dan 100 baseparen echt heel klein. Het kan een eiwit coderen van maximaal 33 aminozuren. Maar met zo'n eiwitje kun je toch leuke dingen doen (bv hormonen). Mag U zelf googelen (peptide, dipeptide, etc).

Kunnen die allemaal functioneel zijn?
Het is zéér onwaarschijnlijk dat die 600.000 kleine ORFs in Drosophila allemaal functionele eiwitten opleveren. Het aantal genen in een organisme heeft nl. een bovengrens. Die bovengrens wordt bepaald door de mutatiefrequentie en de intensiteit van natuurlijke selectie. Theoretisch is er dus wel plaats voor miljoenen genen in ons DNA, maar natuurlijke selectie kan die niet 'onderhouden' [5].

Hoeveel kleine genen zijn functioneel?
Voor de mens weet ik het niet, maar de auteurs van het Drosophila artikel [3] komen na zorgvuldige analyse tot zeker 400 en potentieel 4000 kleine genen (ORFs).

Worden kleine genen gediscrimineerd?
Ja! Niet alleen omdat software ze gewoon ongezien in de prullebak gooit. Maar ook als je kijkt naar het boek van Scherer (2008) A short guide to the human genome, dan zoek je tevergeefs naar het kleinste gen. Wat je wel ziet: de grafiek van What is the size of a typical gene? heeft een x-as uitgedrukt in kb (=1000 bases)! Bij die maatstaf vallen de kleinste uit de boot. Je ziet hoofdstukjes: Which are the largest genes? Which genes have the largest introns? etc. Grote genen zijn interessant, kleine genen niet! Die discriminatie is al oud: in 2007 zie ik al een publicatie waarin zondermeer 300 baseparen (=100 aminozuren) als benedengrens wordt genomen om genen te herkennen! [2]. Vergelijk dat met de huidige grens van 100 baseparen.

Terechte discriminatie?
En toch: kleine genen hebben een groot probleem dat grote genen niet hebben: ze zijn klein. Hoe kleiner ze zijn hoe groter de kans dat de ORFs toevalstreffers zijn. OK. Theoretisch tenminste (zie boven: statistisch gezien). Dát probleem hebben grote genen niet: een gen van 1000 of meer on-onderbroken baseparen kan geen toeval zijn. Er is nog iets: als een cel nutteloze kleine eiwitjes maakt van 20 of 30 aminozuren lang: dat is niet rampzalig. Maar nutteloze eiwitten van duizenden aminozuren produceren is een zware belasting voor de cel. Het wordt een ander verhaal als er tienduizenden kleine eiwitjes geproduceerd worden. Doe zelf de optelsom: vele kleintjes maken één grote. Tenslotte: zélfs als je alleen maar ORFs wilt elimineren die om diverse redenen er random uitzien, dan heb je toch selectief méér kleintjes te pakken. Dus terechte discriminatie? Eerst onderzoeken, dan weggooien!

Nog verder terug in de tijd
In 1997 was er al een complete genoom van de gist beschikbaar [6]. (gist is eencellige en het kleinere genoom is makkelijker te sequencen dan dat van de mens). Opvallend: ze zagen toen al het nut van die kleine eiwitjes maar gezien het enorme aantal van een kwart miljoen met lengte tot 300 baseparen (=100 aminozuren), was het een gigantisch karwij. Het lijkt wel of sinds die tijd het nut van kleine eiwitjes in de vergetelheid is geraakt...

Wat nu?
In mijn blog We weten niet precies hoeveel genen de mens heeft had ik al geconstateerd dat dat makkelijker gezegd is, dan gedaan. Om verschillende redenen. Ze zijn moeilijk te vinden. En: waar moet je ze zoeken? Toch moet het wil je een volledige inventarisatie van het menselijke genoom.

Wat er nu moet gebeuren is het menselijk genoom opnieuw analyseren zonder die ondergrens van 100 baseparen en de gevonden genen analyseren. Dat is inderdaad een hele klus. Het kleinste peptide is per definitie 2 aminozuren lang (dipeptide), met 1 is het gewoon een aminozuur.

Reactie op prof Waterhouse
De reden dat kleine potentiele genen softwarematig worden uitgefilterd is niet dat ze wel eens statistische ruis zouden kunnen zijn, want daar weet de cel niets van. De cel leest DNA af ongeacht of het gen iets nuttigs doet. De oplossing van het misverstand is onderscheid maken tussen proxy and ultimate verklaringen. Proxy: de cel leest DNA af volgens de biochemische wetten. Ultimate: evolutionair gezien zal de cel niet vele generaties lang waanzinnige hoeveelheden nutteloze eiwitjes produceren want die vormen een belasting voor de verwerkingscapaciteit van de cel (ribosomen) en dat gaat ten koste van de productie van nuttige eiwitten.
Let op: ik heb alleen bezwaar tegen de reden van uitfiltering. Waterhouse doet een pleidooi voor het analyseren van kleine genen. En daar ben ik het mee eens.

Filosofisch slot
Ik vind het nog steeds jammer en kan het maar moeilijk accepteren dat er duizenden potentiele genen (ORFs) in ons genoom zitten die helemaal niets doen. Het is niet zomaar junk, ze hebben de kenmerken van genen. Gewoon zonde van de ruimte die ze in het DNA in beslag nemen! Je zou er zo ontzettend veel nuttige dingen mee kunnen doen. Zoals ziektes die een genetische basis hebben bestrijden...! Maar ik ben voorbarig: eerst afwachten wat het onderzoek oplevert.





Zoeken van genen in DNA voor beginners

Stel je een héél lange reeks van een paar miljard letters
en leestekens in willekeurige volgorde voor.
Probeer daar woorden en zinnen in te ontdekken.
Dat is de magnitude van de taak die wetenschappers 
hebben die het menselijk genoom willen lezen. 

In de biologie bestaan er twee talen: 
1) taal van het DNA, 2) taal van eiwitten.
De taal van DNA wordt geschreven in bases en die van
eiwitten wordt geschreven met aminozuren.
Er is een exacte relatie tussen de twee talen. 
Ze zijn 1 op 1 in elkaar te vertalen.

Taal van DNA: genen zijn de woorden:
genen zijn gescheiden door stopcodons (spaties);
een stuk DNA tussen twee stopcodons heet ORF 
ORFs zijn potentiele genen (woorden).

Biochemici kennen duizenden eiwitten, 
en die kunnen ze vertalen in de taal van DNA. 
Van dat DNA is bewezen dat ze eiwitten produceert.
Dat zijn bewezen genen.
Genetici kunnen in de computer DNA vertalen in eiwitten.
Maar hier geldt: eerst het eiwit zien, en dan geloven!

   

Noten
  1. Peter M. Waterhouse, Roger P. Hellens (2015) Plant biology: Coding in non-coding RNAs, Nature 2 April 2015
  2. Eric S. Lander et al (2007) 'Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome', PNAS. Opmerkelijk: toen al constateerden ze: "The largest open question concerns very short peptides, which may still be seriously underestimated." Maar, wat is kort?
  3. Hundreds of putatively functional small open reading frames in Drosophila
  4. Stewart Scherer (2008) A short guide to the human genome. (online)
  5. Dit komt door mutatiedruk. Theoretical calculations based on the mutational load that a genome can tolerate and observed average mutation rates of human genes (~10-5 per gene per generation) suggest an upper limit of about 100.000. ( hier)
  6. Small Open Reading Frames: Beautiful Needles in the Haystack Genome Research, 1997 
  7. Hi Gert, What we are saying is that the chance of an ORF of this size occurring just by chance is enormous, yet the number of ORFs of this size ( smaller 100nt) that are annotated in genomes is very small. We believe that a major cause of this , having talked to a number of expert bioinformaticians, is that in the annotation programs, ORFS of under 100nts are filtered out either very early (e.g. rejected in the first parse) or later in the algorithms. If there are an huge number, as you say, the cell machinery will act on them – either making small peptides or acting as regulatory elements ( e.g.. stalling or loading ribosomes on the RNA) and they are potentially having a very large effect on the cell/organism. Alternatively, there is a very strong selection pressure against transcripts with such small ORFs – either as upstream uORFs or as small transcripts. What we are saying is that we do not know the answer because the bioinformatic interrogation of genomes/transcriptomes does not look at ORFs of this size. if we ignore this question it is possible that we are missing a whole new layer of regulation, so we need to be ingenious in finding ways to test this hypothesis. I am sure you will know that the existance of microRNAs was only discovered in the last 15 years and that their existence and immense importance came as a real surprise to biologists. Perhaps we will see the same thing for small peptides.
    We do do not guarantee that small peptides, from ORFs that have been ignored because they are so small, are of a similar importance as microRNAs – just that they might be.
    Best regards,
    Peter
  8. Zie: peptides, dipeptides, tripeptides, tetrapeptides, etc. Voorbeelden: sex-peptide (36 amino acids = 108 baseparen), endorphins: α-endorphin (16 aa = 48 bp) en beta-endorphin (31 aa = 93 bp) en dus dicht tegen de 100 bp grens. Een complicatie is dat het DNA dat codeert voor peptides, introns kan bevatten waardoor de totale genlengte veel groter is dan 100bp. In dat geval worden ze wel gedetecteerd met de standaard instelling van de software.  (toegevoegd: 14 april)

Vorige blogs over dit onderwerp: 

06 april 2015

Rutger Bregman over morele vooruitgang (2) en een inventarisatie van logische opties

Rutger Bregman:
De geschiedenis
van de vooruitgang
In mijn eerste blog over morele vooruitgang in De geschiedenis van de vooruitgang van Rutger Bregman, gaf ik een citaat over de relatie van de christelijke traditie en het concept morele vooruitgang. Dat was nieuw voor mij. Ik zag voor het eerst een verklaring voor de moeizame relatie die christenen hebben met vooruitgang in het algemeen en morele vooruitgang in het bijzonder. Ik vond nog een paar interessante uitspraken over (de mogelijkheid van) morele vooruitgang. 
"John Locke (1632-1704) stelde dat de mens een tabula rasa is. Dit ging lijnrecht in tegen de christelijke traditie, waarin de mens juist als een door en door zondig wezen ter wereld komt. Locke geloofde daarentegen dat een mens, als onbeschreven blad, een product is van zijn omgeving. " (p.162)
"Steven Pinker windt er geen doekjes om: 'Kunnen we onze voorouders echt als moreel gehandicapt beschouwen? Het antwoord, zo durf ik te betogen, is ja. Hoewel het ongetwijfeld prima mensen waren met goed functionerende hersenen, is de collectieve morele verfijning van de cultuur waarin ze leefden, naar moderne maatstaven even primitief als hun kuuroorden en medicijnpatenten waren vergeleken met de medische standaarden van vandaag. Veel van hun overtuigingen waren niet alleen monsterlijk maar ook in zeer reële zin, dom.'
Er is nu eenmaal intelligentie en inlevingsvermogen nodig om je in de sandalen van de negerslaaf te verplaatsten."  (p.335) [1]
"Het belangrijkste geloofsartikel van het conservatisme, dat de mens van nature tot het kwade geneigd is, is allang door de culturele vooruitang achterhaald." (p. 336)
Over morele vooruitgang en morele ophoging:
"De socioloog Gabriël van de Brink ziet deze ontwikkelingen als onderdeel van een breder proces dat hij 'normatieve ophoging' noemt. We stellen veel hogere eisen aan de moraal dan we vroeger deden. Dit is een vorm van morele vooruitgang die zelden wordt opgemerkt. In de afgelopen vijftig jaar zijn we er namenlijk niet alleen moreler op geworden, maar ook is ons incasseringsvermogen voor het immorele gedrag van anderen afgenomen –juist daardat onze morele normen zijn opgehoogd."  (p.339)
Morele vooruitgang bestaat dan ook niet in een verbeterde toevoer van oxytocine of de versnelling van onze spiegelneuronen (natuurlijke vooruitgang), maar in het vastleggen van wetten en verdragen die empathie in de hand werken –of voor een deel zelfs overbodig maken (culturele vooruitgang)." (p.343)
Nieuw voor mij was het begrip 'normatieve ophoging'. Het lijkt mij een waardevolle toevoeging aan ons conceptueel apparaat.

Ikzelf denk dat de opvatting van Pinker dat vroegere generaties moreel gehandicapt en gewoon dom waren gevaarlijk dicht in de buurt komt van een anachronisme: het verleden beoordelen met moderne maatstaven. Toch kunnen we hun morele normen niet meer accepteren want terug naar de doodstraf, rassendiscriminatie, slavernij, kinderarbeid en vrouwenonderdrukking kunnen we niet meer accepteren. We moeten hun morele normen veroordelen, net als de toekomstige generaties onze moraal achterhaald zullen noemen. Er is één reden waarom de beschuldiging van anachronisme niet (altijd) opgaat: er zijn altijd morele klokkenluiders geweest. Maar laten we eerst eens alle mogelijkheden op tafel leggen.

stilstand? vooruitgang? achteruitgang? 
Auteurs als Pinker en Bregman maken geen systematische analyse van de logische mogelijkheden morele stilstand, achteruitgang, vooruitgang. Dit is echter wel noodzakelijk voor een zinnige discussie.

Voor de christelijke moraal:
  1. De Tien Geboden (OT) zijn complete, universele (voor alle volken geldende) en tijdloze (voor alle tijden geldende) morele geboden, Jezus heeft daar niets aan toegevoegd.  
  2. De Tien Geboden (OT) zijn niet compleet en Jezus heeft er wel iets aan toegevoegd (bv: Heb uw vijanden lief, bergrede, etc). Er is morele vooruitgang binnen de bijbel van OT naar NT.
Ongeacht vorige opties zijn er ruwweg twee opties voor de laatste 2000 jaar:
  1. in de laatste 2000 jaar is er op moreel gebied niets nieuws toegevoegd aan de christelijke moraal. De OT+NT moraal is compleet. Er is dus géén morele vooruitgang of achteruitgang, maar stilstand [2].  Dit is logisch gezien een lastige positie omdat je dan bijvoorbeeld niet kunt zeggen dat mensenrechten goed of slecht zijn, want er was immers niets nieuws ontstaan sinds OT+NT. De bijna onvermijdelijke optie is dan:
  2. In de laatste 2000 jaar zijn er nieuwe morele waarden en normen ontstaan. Bijvoorbeeld: afschaffing van doodstraf, rassendiscriminatie, slavernij, kinderarbeid, vrouwenonderdrukking, homodiscriminatie, en de erkenning van universele mensenrechten. In dit geval was OT+NT incompleet. Logisch gezien zijn er dan drie opties:
    1. De toevoegingen aan de moraal zijn een vooruitgang. Ze zijn moreel juist en een essentieel onderdeel van de hedendaagse moraal.
    2. De toevoegingen aan de moraal zijn een achteruitgang. Ze zijn moreel onjuist. Bijvoorbeeld: vrouwen behoren niet dezelfde rechten als mannen te hebben, homosexualiteit is een ziekte, op godslastering staat de doodstraf.
    3. De toevoegingen zijn geen vooruitgang of achteruitgang.
Alle bovenstaande opties zijn schematisch en hebben vele consequenties die ik niet heb uitgewerkt. De bedoeling is om eerst orde op zaken te stellen en de logische opties helder te onderscheiden en pas daarna de details en consequenties uit te werken. 

Postscript over Christendom en vooruitgang [7 apr 2015]

"Ziekte, oorlog, armoede zijn door God zo bedoeld, weet Malthus. ...  Malthus kent ook het motief van God om al die ellende te laten bestaan. ... Wie streeft naar algemene verbetering (zoals Condorcet) verstoort God's plan."
(dominee Malthus geciteerd door Ton Munnich (2014) p.85-86).

Postscript over Christendom en vooruitgang [24 apr 2015]

"Het christendom is een conservatieve kracht geworden. Al lang geen motor meer. Eerder een rem. Je kunt geen moderne ontwikkeling noemen, of het christendom was tegen. Evolutie, (homo)seksualiteit, socialisme, vrouwenemancipatie, het christendom trapte op de rem. Het beschouwt moderne ontwikkelingen negen van de tien keer als voortbrengsels van de antichristelijk geest van de Verlichting. Een geest die zich van God en gebod niets aan zou trekken. In de relatie tussen christendom en vooruitgang zie je tegenwoordig steeds hetzelfde patroon. Zodra zich een vernieuwing aan dient, tekent het christendom verzet aan. Denk aan abortus en euthanasie, homohuwelijk, stamcelonderzoek of langer geleden eigen rechten voor de vrouw. Na die eerste afwijzing volgt een geleidelijke aanpassing en tenslotte de acceptatie. Dekker vindt al dat remmen en tegenstreven niet alleen gênant, hij vindt het ook in strijd met het christelijk geloof zelf. De mondigheid, het streven naar autonomie die de geest van de Verlichting kenmerkt, ziet hij niet als concurrent van het christendom. Integendeel. Het is er de vrucht van. Een offspring, een loot aan de christelijke stam."

Dit is een citaat uit een blog over het boek van prof dr Gerard Dekker, Dat Koninkrijk, verwachten we dat nog? Over de ontwikkeling van de samenleving en de houding van het christendom daartegenover. (info)
NB: dit zijn interessante uitspraken gezien het blog een positieve houding tav christendom heeft en Prof. dr. Gerard Dekker emeritus hoogleraar godsdienstsociologie aan de Vrije Universiteit is. Ik heb een comment achtergelaten op het blog (nog niet zichtbaar).

Postscript over morele vooruitgang [25 apr 2015]

In een interview met Michael Shermer in de Skepter jrg 27, nr 2, is een vraag: "In Uw boek onderbouwt u met uitgebreid cijfermateriaal dat er in de laatste paar honderd jaar een enorme vooruitgang is geboekt op moreel gebied." (p.6).
Zijn boek The moral arc moet ik toch eens gaan bekijken/lezen.

Noten
  1. Helaas schrijft Bregman niet waar het citaat staat zodat ik het niet kan opzoeken.
  2. Er valt hoogstens iets te verbeteren aan de toepassing van die moraal.