16 May 2018

Review of Karo Michaelian's Thermodynamic Dissipation Theory, PART 2. Darwin and Natural Selection

Karo Michaelian
'Thermodynamic Dissipation Theory
of the Origin and Evolution of Life',
12th printing, March 2017
In my first blog about Karo Michaelian's Thermodynamic Dissipation Theory I discussed his claims about the effects UV light on life and the inefficiency of photosynthesis. In this blog I discuss his views on the Darwinian theory of evolution.

Will to survive

Two striking criticisms are: the "will to survive" and the "tautological definition of fitness".
The "will to survive" occurs at least 17 times in his book. It must be crucial for his argumentation. Here a few examples:
  • "Traditional evolutionary theory based on an implicit metaphysical "will to survive" of the individual and the tautology of "survival of the survivors"  has little explicative value." (p. xxvi)
  • "... do not have a mysterious "will to survive and proliferate" as the Darwinists are obliged to see it." (p.129)
  • "The implicit and unjustified assumption of the "will to survive" in the Darwinian theory can now be replaced with an explicit and physically founded "will to produce entropy" (colloquially speaking)". (p.139).
Michaelian never gives a reference for the "will to survive". Charles Darwin did not use the "will to survive" in any of his books, articles and published manuscripts. This can be easily checked:
  1. Go to Darwin Online website 
  2. Go to Advanced Search
  3. type in the field Full Text: "will to survive" (or: "drive to survive", "survival instinct")
  4. Identifier: empty *)
  5. Results: No hits
*) If desired a search can be narrowed to The Origin of Species [1st ed.] by typing F373 in the field Identifier, etc. No identifier means all his published works. See for identifiers this page.

So, the conclusion is straightforward: Michaelian accusation of a mysterious, metaphysical will to survive is not based on Darwin and therefore does not need to be replaced by anything [6]. Furthermore, the 'will to survive' is not present in any Evolution textbook [4]. See for an overview of 36 evolution textbooks my website. Any textbook of the last 35 years is good enough for this purpose.

Ironically, his theory is explicitly teleological and metaphysical. In 19.3 he rejects the standard view in science that 'Life has no Purpose' (p.291). According to Michaelian life has a purpose. But the "will to produce entropy" is just as metaphysical as the "will to survive". Really surprising for a scientist practicing the most exact of all sciences: physics.

Survival of the survivors tautology

The "survival of the survivors tautology" occurs at least 9 times in his book! It must be an important part of his argument.
Freeman & Herron
Michaelian notes that philosopher Karl Popper pointed out that "survival of the survivors" is a tautology and later Popper changed his views on Darwinism somewhat (see footnote on page 266 of Michaelian's book). Sadly, all of this is outdated and irrelevant because in Evolutionary biology fitness and natural selection are defined and used in a non-tautological way. Again pick up any of the evolution textbooks of the last 35 years. The tautology is refuted in one of the oldest Evolution textbooks I have on the shelves: Minkoff (1983) Evolutionary Biology. Minkoff defines natural selection as the "differential contribution of heritable variations to the next generation" (page 82). This blog post is not the place to explain the theory of natural selection. An excellent discussion of the testability of natural selection can be found for example in Freeman and Herron (2007) Evolutionary Analysis [1], [7].

Sadly, the tautology problem is a well-known creationist objection to evolution. In the classification of Mark Isaak (2007) The Counter-Creationism Handbook it is listed as Claim CA500 (page 32) or see the TalkOrgins website. The father of the Intelligent Design movement Phillip Johnson didn't  miss the opportunity to use the tautology to make a fool of Darwinists (my review).

Remarkably and inconsistently, elsewhere in his book Michaelian knows very well the non-tautological definition of fitness and natural selection (chapter 19 section 8 'Evolution through Natural Selection', page 299) and even mentions antibiotic resistance as an convincing example of natural selection [8]. But that's the only example he thinks exists. He needs one consistent view throughout the book, getting rid of views that contradict each other. If he wants to criticize a theory, the first thing is to know the subject in the same depth as the experts [2]. It seems that Michaelian wants to discredit natural selection as much as possible in order to clear the way for his own thermodynamic selection.

Sadly, his criticism of natural selection and fitness are targeted at wrong and outdated views of evolution. Natural selection is in biology what the Second law of thermodynamics is in physics. Natural selection does not and cannot contradict thermodynamics or any other physical law. That would be a miracle. Natural selection assumes every possible physical, cosmological, chemical and geological condition. It is in this extended environment that natural selection operates and has operated since the origin of life.

There are however conditions where natural selection overrules thermodynamic selection in the sense that a flying bird overrules gravity. In general: when an organism is excellent in thermodynamic dissipation (entropy production) and survives to old age in good health, but has zero offspring, its excellent characteristics will not be inherited. And that's the end. That's where natural selection overrules thermodynamic selection.
If an organism with low dissipation (entropy production) produces more offspring than an organism with high dissipation, and this dissipation property is at least partly genetic, then the frequency of this property in the population will increase. Non-random representation of genetic differences in future generations is called natural selection. Natural selection (and a view other principles in population genetics such as drift) is sufficient to explain the properties of organisms given their environment.

gliding storks gain height for free (source)
see stunning beautiful video (16 secs)

Not Wasting Energy

There is a deep problem with thermodynamic selection. If thermodynamic dissipation means using and wasting as much energy as possible, then thermodynamic selection is refuted. In the animal world there is a rule of thumb: if you waste energy you are a loser [3], [5]. A good demonstration of the principle is the seasonal migration of birds. Like sailplanes, hang gliders, para-gliders, European white storks use rising air (thermals or ridge lift, gliding) to gain height (see picture and video). The storks subsequently glide for free downwards and forwards to travel a great distance and locate another column of rising air to gain height again. 
White storks exploiting thermals. © Science 25 May 2018
Of course they could simply use muscle power to travel in a straight line to their destination, but that would be very costly energetically. That would be stupid. Energy is not for free. Birds  do not fly "to benefit entropy production". They would not make the thousands of kilometers of their seasonal migration. The migration of birds has been compared to the Olympic Games because of the high physical demands of a non-stop flight for thousands kilometers. Especially in birds but also in planes, the need to be as lightweight as possible is easy to understand. One could store as much fuel as possible, but that increases weight and that is a disadvantage. The point is to store just enough energy and use it efficiently. That is: don't waste energy. The anatomy, physiology and behavior of birds is organized around this principle. And that refutes the idea that dissipation (entropy production) is maximized.

The problems with KM's view are connected to the question what life is. In contrast to free-floating molecules (pigments) in solution, cells and organisms are almost by definition not directly governed by physical forces. Bacteria, plants and animals do not spontaneously arise from abiotic materials under the influence of physical forces. Proto-life could. The big difference is that life contains inherited structures that harness energy from the environment. Metabolism is under genetic control. These structures make life to a large extent autonomous. Life is not at the mercy of thermodynamics. Molecules are. Bénard cells, Belousov–Zhabotinsky reaction, etc. are spontaneous, dynamic, temporary structures exclusively governed by physical forces. Life enjoys a structural permanence not present in dead non-equilibrium thermodynamic systems. It doesn't make sense to say that organisms are controlled by a 'local thermodynamic flow'. Energy (food) has to be actively searched, captured and digested. So, one cannot extrapolate from the fundamental molecules of life ('UV pigments') which obey the laws of physics and chemistry, to cells and organisms. Organisms circumvent the laws of physics in ingenious ways. Drop a dead bird, and it falls to the ground in agreement with the law of gravity. Drop a living bird and it flies away. That's life.

I think the value of Karo Michaelian's theory is in the application to single molecules especially at the origin of life, and the origin and replication of DNA. But there is more. KM has more ideas than a whole team of experts can evaluate. He has a list of no less than 16 paradigms in need of reform (chapter 19). Among them The RNA world hypothesis, Metabolism or Replication first, The Last Universal Common Ancestor, The Great Oxygenation Event, the Hydrothermal Vent Origin of Life, Pigments provide photo-protection, Photosynthesis is optimized in nature, and Panspermia. Additionally: homochirality (chapter 14). So, it is clear that he is far more than 'just another critic of evolution'. I personally like original writers the most. Right or wrong. It is intellectual entertainment. And yes, while reading, thinking, and writing, the brain produces a lot of entropy.


Notes

  1. Freeman and Herron (2007) Evolutionary Analysis, fourth edition. Chapter 3.2 'Evolution by natural Selection' (p.76,77,). They list 4 postulates of natural selection and how each of them is tested. On page 93 under the heading 'Fitness is Not Circular' the tautology problem is discussed explicitly.  Required reading! See homepage of my WDW website and the Introduction page for an overview of Evolution textbooks.
  2. In chapter 19 two sections deal with natural selection: 19.2 and 19.8. These should be severely updated and united in one section. Or deleted altogether. Please note that there is no 'natural selection' in the Glossary of technical terms! So, it is undefined in his book!
  3. "if you waste energy you are a loser" are my words, but something very similar is stated by John Tyler Bonner (2006) Why Size Matters, (p.123-): "There is also a constant selection, no matter what the size, for greater [physiological] efficiency." KM: you should seek a connection with metabolism theory. There has been a lot of research on metabolism rates in the animal world. Interesting theory: Rate of living theory: "Support for this theory has been bolstered by studies linking a lower basal metabolic rate (evident with a lowered heartbeat) to increased life expectancy." So, rate of metabolism is under genetic and evolutionary control, and is not simply dictated by physical laws.
  4. Coincidentally, the first sentence in an article about ribosomes in Science 18 May 2018 reads: "From an evolutionary perspective, life involves two simple goals: survival and reproduction." There is, however, a subtle difference between goal and purpose: goals can be measured whereas purposes cannot be measured. (source) [added 18 May 2018]
  5. In an article in Science, 25 May 2018 ("From local collective behavior to global migratory patterns in white storks") it is stated: "Similar to other large-bodied soaring migrants, white storks try to reduce the amount of energetically costly flapping flight by exploiting their atmospheric surroundings." The birds traveled 1000 km during the first 5 days of their migratory journey! Why would the authors use words as "flight costs"? See also this publication: 'The roller coaster flight strategy of bar-headed geese conserves energy during Himalayan migrations'. Science 347, 250–254 (2015). In biology this is all bloody obvious for many years. [added 26 May 2018 ]
  6. The "will to survive" is present in popular science books. For example Steven Pinker writes: "The struggle to stay alive is the primal urge of animate beings." (chapter 5 of Enlightenment now). In evolutionary biology this 'struggle to stay alive' is not an explanation of Darwinian evolution, but an adaptive behavior which is explained by average reproductive success of individuals. So this behavior is an effect, not the cause. It is not primary, but secondary. Compare: "the will to find a partner and have sex" or "why sex is fun". 'Sex is fun' explains why individuals have sex (proximate cause), but differential reproductive success explains why sex is fun (ultimate cause).  Karo confuses proximate and ultimate causes. elementary error. [added 26 May 2018 ]
  7. survival of the fittest: "But it is only that phrase that is tautological; there is nothing tautological about the concept of “fitness”, nor about natural selection. The phrase “survival of the fittest” is not part of a formal statement of Darwinism for that reason: it is a redundant phrase that adds nothing." (coelsblog) [added 30 May 2018]
  8. "An example showing that some kind of natural selection is indeed a force for change in the biological world is the rather recent discovery of bacteria acquiring resistance to our existing arsenal of antibiotics. (...) This appears to be incontrovertible evidence in favor of the theory of evolution through natural selection." (...) "but (...) is neither an accurate nor a useful description of the evolutive process and is insufficient to betray the underlying physical-chemical mechanism of evolution."  (p.299-300). [added 31 May 2018]

 

Postscript

28 May 2018

Here are  3 page scans from Freeman and Herron (see note 1). They show that there is no mysterious metaphysical implicit "will to survive" and no tautology:
  1. page 76, chapter 3.2 Evolution by Natural Selection, with 4 postulates:
  2. page 77
  3. page 93 with heading Fitness is Not Circular

169 comments:

Karo Michaelian said...

Hi Gert, this is Karo here. Let me first thank you publicly for reviewing my book.I will go through all of your points one by one, but I will take them one at a time and leave a question for you which will hopefully allow us to come to an agreement before going on.

In my book I really do not mention "will to survive" but rather "implicit will to survive". This means that neither Darwin nor anybody else made this explicit (so looking up Darwin is not going to help) but that it is an element needed implicitly in order to make sense of the Darwinian perspective.

Just as when you hit a rock with a hammer it does not try to protect itself or run away but succumbs peacefully to your blows. Why is biological material any different? Why does the antelope run away from the lion? Why does it not just succumb peacefully to the lion?

I look forward to your answer before going on.

gert korthof said...

Hello Karo, thanks for replying on my blog!
You surprise me!
You say "In my book I really do not mention "will to survive" but rather "implicit will to survive"." But I can't remember reading anywhere in your book "implicit will to survive". Could you give page numbers? Please note I use the paper edition 12th printing.

Further, are you saying it does not matter what Darwin wrote when you make statements about what Darwin wrote or intended? Scientists cannot ignore the data!

Anyway, is it really that important for your argument? Think about it in this way: you accuse Darwin and Darwinists of implicit meta-physics, whereas your own theory is explicitly metaphysical and teleological ('Life has a purpose'). That doesn't make sense. You can never win such an argument.

Are you going to claim that there is implicit metaphysics in the Evolution textbooks too? and you don't need to read them?

-You ask "Why does the antelope run away from the lion?" Are you saying this is for thermodynamic reasons? for producing heat? and the lion runs for producing heat too?

-You wrote "Why does it not just succumb peacefully to the lion?" That behavior would produce zero offspring. Selection pressure is 100% against that sort of behavior.

I am sure you have better arguments for your theory.

Karo Michaelian said...

Hi Gert, to avoid getting into a tangled web of words on other subjects before finishing my point, let me take up your answer, which is all I was looking for, in your second to last sentence. (I'll get back to all the rest in time, I just first want to finish with the first point of your blog.)

So you claim that not submitting peacefully to the lion would leave the antelope with zero offspring. Ok, so what? First, I don't think that the antelope is thinking about leaving offspring, and secondly, so what if it doesn't? All individuals will die, all lions will run out of food and die, eventually the whole ecosystem will collapse. But so what? Please now tell me what is fundamentally wrong with all ecosystems collapsing and Earth becoming baron of life once again?

gert korthof said...

Karo, thanks for your reply.
You wrote "So you claim that not submitting peacefully to the lion would leave the antelope with zero offspring. Ok, so what?".
This: that kind of behavior would very quickly die out! obviously because a dead animal cannot reproduce. That's why we don't observe this behavior normally in nature.

2) You wrote "I don't think that the antelope is thinking about leaving offspring"
This is psychology. Biologists do not think like that anymore after Nobel-prize-winning Tinbergen/Lorenz started behaviorism/ethology. The reason: we cannot read the mind of animals. But we can observe their behavior. You are thinking like a psychologist, biologists abandoned that long ago. The whole idea of 'will to survive' etc. is psychologism.

Furthermore, you are talking about proximate causes of behavior: what's happening in the mind or brain of animals; that is the direct causes of behavior. But evolutionary biologists are after ultimate causes: longterm evolutionary causes. This is explained in every textbook Evolutionary biology. .

If you want to criticize biologists you must be as knowledgeable as expert in the fields.

harryp said...


Karo, Gert

I think we all can agree that 'succumbing' antelopes run the risk of getting eaten. So what?


Does that explain that antelopes tend to run away these days? (and that there are still enough of them around so lions won’t run out of food and the ecosystem won’t collapse)?


This kind of logic presupposes what it tries to explain- it implies and endless regression of precursors of non-‘succumbing’ behavior, all the way down to the very first (universal?) non-succumbing organism.

Non-succumbing, that is: We are talking about intentionality here- since Aristotle the distinctive factor between matter and ‘biological material’.

To dismiss this distinction as ‘psychologism’ is, well, let's say, a misnomer. Denying intentional behavior amounts to arguing that we are zombies.

So, the question is how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior, rather than using the existence of intentionality as an argument in favor of natural selection. (a strange inversion of reasoning).

more to come, but first questions first.

Karo Michaelian said...

Hi Gert, again, I am trying to get you to the foundations of Darwinian logic to demonstrate to you that there are implicit assumptions that are made in Darwinian theory which are needed in order to make sense out of the theory. I will not be sidetracked into psychology or Aristotle.

So, please, answer my last question; tell me what is fundamentally wrong with an Earth completely barren of life? Would this violate any physical, chemical, or mathematical principle?

gert korthof said...

Karo, your strategy is something like this:

"Hello biologist! I am as physicist. Your science is completely metaphysical rubbish and I am going to replace it with my own superior theory. I do not have formal training in biology, but the truth is that biologists don't have the faintest idea what really happens in the biosphere. Trust me, I am a physicist. I am certain that you will be most grateful for rescuing all biologists out of their miserable biological science. Have a nice day!"

gert korthof said...

Harry, what do want? what is your goal?

harryp said...

Gert,

What about answering my questions about the implicit assumptions and this strange inversion of darwion reasoning?

Nobody is trying to sidetrack anybody into aristotelianism or psychology. Fact is that instead of being barren, this earth happens to be teeming with life - and that calls for making your language as explicit as possible (if you can't do the math, not yet, that is)

speaking of math (that is unreasonable effective), this might interest you both: doi:10.1038/s41557-018-0060-5

Alex Simeonov said...

Dear Dr. Gert Korthof,
My name is Aleksandar Simeonov, I am from Skopje (Republic of Macedonia, a.k.a FYROM) and I am a master student of molecular biology and genetics. Biology is the passion of my life since childhood, I read biological literature non-stop, and I always stay up-to-date with the latest discoveries in biology (particularly molecular biology and microbiology). So, one could say that I am well-trained person in biological science.
I appreciate that you have started a discussion on this topic, most scientists totally ignore the thermodynamic theory of the origin and evolution of life.
I would like to say, as a young science-enthusiast, that I totally agree with the theory of Prof. Karo Michaelian, and, in my opinion, this is the best and most accurate description/explanation of life/biology that science has given us so far. In my view, the thermodynamic explanation of life does not contradict Darwinian evolution but it represents "the larger picture", just as Einstein's general relativity is the larger picture of Newtonian mechanics. This is the natural evolution of all sciences - to broaden the scope of knowledge and move to more and more general conclusions. Otherwise science would not progress.
In this regards, I would have to criticize your remarks toward Dr. Michaelian's theory and his comments. Biology is not static, it didn't stop progressing when Darwin's theory was published. Today, in the era of the bioinformatics and "-omics" revolution, biology has never been more dynamic in its entire history. The omics revolution has shown us that WE KNOW NOTHING! We now know for sure that we don't know anything, that we are only at the beginning of our understandings of the true biological diversity on this planet. Every new discovery in this modern revolutionizing period for biology is in support of Dr. Michaelian's theory. There are so many that it would take me whole day just to number them. I hope that you follow all the latest biological discoveries and that when you try to interpret them have in mind the thermodynamic theory of life. Otherwise, many of them would not make much sense.

With best regards,
Aleksandar

gert korthof said...

Harry, ben ik een verdachte in deze zaak? ben ik aangehouden? ben ik verplicht tot antwoorden? :-) Waar wil je naar toe? dat wil je toch wel vertellen? moet natuurljke selectie worden afgeschaft? wat wil je er voor in de plaats stellen?

gert korthof said...

Karo, you did not yet answer my question in my first comment. You say "In my book I really do not mention "will to survive" but rather "implicit will to survive"." But I can't remember reading anywhere in your book "implicit will to survive". Could you give page numbers? (I use the paper edition 12th printing).
This is important 1) "implicit" something completely different and is difficult to prove or disprove.
2) you claim that "implicit will to survive" is in your book. If that is true, you should be able to give the locations in your book. If it is not in your book, you make false statements.

gert korthof said...

Hello Alex Simeonov, thank you for your kind comment.
I think I can agree in principle on most of what you wrote.

You wrote " the thermodynamic explanation of life does not contradict Darwinian evolution "

OK! that is completely different from Karo's view! Karo wants to replace Darwinian selection by his own version. That is a big difference!!! Agree? And that causes much trouble! It seems you want thermodynamic selection as an extension or addition?

In relation to this: Karo did not even bother to include 'Natural selection' in his Glossary of Technical Terms, while 'Thermodynamic selection' is present. He calls natural selection a 'mysterious will to survive and proliferate' (p.129). That is insult #1. And he accuses Darwinists of believing in a tautological truth. That's insult #2. And he repeats it many times. Add to that that both claims are false.

A scientific discussion must be fair, honest, factual and errors must be admitted and not ignored.
How can you have a friendly discussion when one partner insults the other?

I gave Karo the space on my blog he needed. And I reviewed his book as careful and fair as possible. So that's evidence of goodwill and real interest in his theory. But if you insult other scientists your manuscript will never be published in a mainstream peer-reviewed journal.

harryp said...

(Gert, je valt in herhaling, want dit flik je regelmatig als je je er niet meer uit weet te lullen. Ok, nog één keer, en zo dat anderen zoals Karo en onze nieuwe vriend Aleksandar ook mee kunnen lezen, al denkt Karo intussen dat ik hem op aristotelische zijsporen wil trekken).

So, Ok, we won’t discuss aristotelianism and succumbing antelopes etc


Let’s instead take molecules as an example.

There are a lot of good recent examples, like centrobin that plays an important role in the organization of the microtubule network, and cell division. Now a new study shows how important centrobin is in the development of the sperm tail - the length/size of which probably directly relates to ‘differential reproduction’ (a definition of evolution we all can agree about).

But Celf1 may stand as a better example, since this proteine directly relates to the poster child of darwinism- i.e. the (camera)eye, and consequently to Darwins own famous falsification rule about the break down of his theory: if a ‘complex organ existed, which could not possibly have been formed by numerous, successive, slight modifications’.


Instead of closely guarding their nucleus and the DNA it contains – which normal cells do – most eye lens cells do the exact opposite.

Salil Lachke et al PLOS Genetics (2018). DOI: 10.1371/journal.pgen.1007278 show that the RNA-binding protein Celf1 is essential to breaking down the nucleus' membrane and starting the process of digesting fiber cell DNA that would otherwise obstruct vision: building the eye actually requires de-constructing the internal, opaque, structures inside the cells that form the lens, including destroying the DNA itself.

Now, how do these cells simultaneously prune away obstructions without damaging proper development of the eye lens: how does a cell degrade its own nucleus and DNA without killing itself and defeating the goal of lens development?

And how does it know when to stop this degradation? It's almost like arrested cell death.

We are talking about 'post-transcriptional control' here. Celf1 is the factor that orchestrates the whole process.

How does a natural selection scenario account for this apoptosis control and for any 'successive slight modification' of the whole degradation process?

Of course “plausible stories can always be told” as Gould and Lewontin once said. Still, they all amount to an ‘accumulation of probabilities beyond believe’- to use Asa Gray’s words.

There are more examples like Celf1. And there are a lot more to come as we can dig deeper and deeper into the genome than ever before. Every new result will be a falsification of Darwin’s "theory" (better: simple analogy) following his very own rule: processes like this are inherently too complex for any ns-based scenario/story.

Sure, we still can go on talking 'natural selection', or 'differential reproduction'. Why? Because of TINA, as Dawkins once said: There Is No Alternative.

Of course, there is an alternative to story telling. It's called science. And as Aleksandar mentions, there's a revolution going on.

Nu EERST antwoord op mijn vraag, SVP: wat voegt een verhaal over ns toe aan inzicht in die door Celf1 gecontroleerde 'apoptosis' dan wel aan het begrijpen van 'post-transcriptional control'? Dat er dus al zoiets bestond? Dat er een voorloper van was/is?!. Dat het een proces is dat niet uit de lucht komt vallen? Dat het geleidelijk geëvolueerd is?
Just kicking the bucket down the road? Or what..? }

Karo Michaelian said...

Thanks for your help and kind words Alex! Gert, I don't want to get lost in a tangled web of words and accusations, but just so you don't accuse me of "making false statements", here are the locations in my book where I refer to the "implicit" will to survive; (this is from version 26, I don't have access to version 12 at the moment, but I can assure you that the only thing that changed was the page numbers)

1) p. xxviii of Abstract "Traditional evolutionary theory based on an implicit meta-physical will to survive of the organism and the tautology of survival of
the survivors has little explicative value."

2) p. 19 "Unless the implicit drive (will) to survive of living organisms can be understood in physical-chemical terms,and understood also at the microscopic level of the fundamental molecules of life, there can be no honest scientific licence for accepting as complete, or even correct, the Darwinian paradigm."

3) p. 144 "The implicit and unjustified assumption of the will to survive" in the Dar-winian theory can now be replaced with an explicit and physically founded will
to produce entropy" (colloquially speaking) in the thermodynamic dissipation
theory of the origin and evolution of life."

4) p. 277 "There is no room in the Darwinian paradigm for the theory of Gaia with its strong coupling of the biotic with the abiotic. Darwinian theory, with its covertly implicit and mystical will to survive" of the individual is deficient since the will to survive was not rendered understandable on physical or chemical law and there is no straight forward and general way to include selection simultaneously at all biosphere levels."

5) p. 283 "However, this explanation again implies an implicit
(and non-defined) organismal inherent will to survive and proliferate"."

6) p. 353 "The implicit but unjustified assumption of an organismal will to survive" in the Darwinian theory can now be replaced with an explicit and physically
grounded will to produce entropy" (colloquially speaking) in the thermodynamic dissipation theory of the origin and evolution of life."

Karo Michaelian said...

Gert, I don't think that I am being insulting to biologists when I question Darwinian theory like I have done in the above quotations and the rest of my book. I suspect that it only becomes insulting when one takes a theory as seriously and blindly as one takes a religion ("not to be questioned and off with your head for doing so"). (I hope you don't consider this as another insult!)

As Alex says, I believe that Darwinian theory is a good approximation on certain levels as to what is really happening in the biosphere, but it is not the whole story and therefore runs into contradictions, implicit and even mystical assumptions, and paradoxes when taken at face value. We are looking for a more global theory which contains less implicit assumption, does not run into paradoxes, and can include the origin of life (i.e. molecular selection).

Karo Michaelian said...

Harry and Gert, so you see that Darwinian theory relies on an implicit will to survive and replicate inherent in biological material, whether it be the antelope escaping the lion, or the lion trying to obtain food he needs to survive. You must admit that non-biological material does not seem to have this inherent characteristic. The question then is, Where does it come from and why does non-biological material not possess this? You will not find the answer in Darwinian theory but there is an answer from non-equilibrium thermodynamics.

The thermodynamic theory would say that biological material has been organized by an imposed and external general thermodynamic potential to dissipate that potential. The biological material is not an independent entity with its own intention obtained rather magically through some kind of natural selection, but rather biological material is a slave to the imposed thermodynamic potential. Biological material is the same as non-biological material. The only difference is that it has been sequestered and organized by an external potential to dissipate that imposed potential. Things get very complicated after 4 billion years of the non-equilibrium imperative of augmenting dissipation and we arrive at today's complex biosphere, but the essentials of it have not changed since the beginnings of life.

I will leave you with just one thought for today; a diverse ecosystem with predators and prey at many different levels and prey fleeing from predators is the best system for the dispersion of nutrients needed for the maintenance and spread (into barren areas) of plants, and this is best for solar photon dissipation. A barren Earth, where ecosystems have collapsed, is a poor photon dissipation system. The implicit will to survive and thrive has a thermodynamic origin. It comes naturally from non-equilibrium thermodynamic imperatives, but you have to assume (as something rather magical in biological material) it you stick to the Darwinian narrative.

gert korthof said...

Harry, geen discussie met Karo op dit blog.

Karo Michaelian is blocked on this blog because he keeps insulting the blog owner despite warnings. Insults are not accepted from anybody.

harryp said...

Gert

je maakt er weer behoorlijk een potje van met je irritaties en lichtgeraaktheid

ik verwacht ook geen fatsoenlijk antwoord meer van je, maar je zou me tenminste wat meer informatie kunnen geven over je stellige beweringen in noot 2 over Freeman and Herron

'They list 4 postulates of natural selection and how each of them is tested. On page 93 under the heading 'Fitness is Not Circular' the tautology problem is discussed explicitly. '


Alsof alleen creationisten op het punt van de circulariteit en tautologie hameren- en een achterhaalde Popper- en alsof dat probleem nu eens en voor altijd opgelost is door Freeman en Herron.

Dus help me uit de brand, laat me zien wat ik al die tijd gemist heb en hoe ik in onwetendheid gewandeld heb. Geef met die 'vier postulaten' en hun tests, en vertel me wat er op pg 93 staat. - mail ze me desgewenst

Kleine moeite lijkt me, maar ik zal je eeuwig dankbaar zijn.

Gerdien de Jong said...

Ooit bestond er een boek 'Evolution as Entropy', van Brooks en Wiley, 1986/1988. Is dit boek van Michaelian inhoudelijk hetzelfde? (B&W is te downloaden via Researchgate volgen Google).

Fitness en Tautology, serieuze behandeling:

https://plato.stanford.edu/entries/fitness/

https://evolvingthoughts.net/2009/09/06/untitled-4tautology-7-conclusions/

FREEMAN & HERRON 2007 hfst 3(boek voor 1ste jaar):
Postulate 1: there is variation among individuals in a trait
Postulate 2: some of the variation in the trait is heritable
postulate 3: there is variation amon individuals in number of offspring
postulate 4: number of offspring is not random (that is, the covariance of trait. value and offspring number is not equal to zero).

Endler 1986, Natural selection in the wild. (book)
ch 1.1: Definition of natural selection:
Natural selection can be defined as a proces in which:
If a population has:
a variation amon indiduals in some attribute or trait: variantion
b a consistent relationship between that trait and mating ability, fertilizing ability, fertility, feundity, and,, or, survivorship: fitness differences
c a consistent relatonship, for that trait, between parents and their offspring, which is at least partially independent of common environmental effects: inheritance
Then
1 the trait frequency distribution will differ among age classes or life history stages, beyond that expected from ntogeny;
2 if the population is not at equilibirum, then the trait distribution of all offspting of the population will be predictbly different from that of all parents,beyond that expected from conditions a and c alone.

The three IFFS are: variance(trait)>0, variance(fitness)>0, covariance(fitness, trait ) /=0.
That is about fitness and trait, and a mathematical prediction of change over genetations. Again, the covariance between trait value and fitness is the important part. That ia algebra, and all algebraic equations can be called a tautology.

Why trait and fitness have a covariance different from zero is a totally different question. It is this question that is far more central in biology. So if one shows the covariance between trait and fitness to be positive, there is nothing tautological in this experimental procedure.

Gerdien de Jong said...

•"Traditional evolutionary theory based on an implicit metaphysical "will to survive" of the individual and the tautology of "survival of the survivors" has little explicative value." (p. xxvi)
Geer Michaelian hier ook referenties voor? Wat voor referentie geeft hij eigenlijk voor evolutiebiologie / natuurlijke selectie?

Gerdien de Jong said...

Michaelian 24 may
" so you see that Darwinian theory relies on an implicit will to survive and replicate inherent in biological material, whether it be the antelope escaping the lion, or the lion trying to obtain food he needs to survive. "
'Implicit will to survive' - rather a high faluting version of the most down to earth fact that lions and antilopes that do not survive / reproduce would not exist. Non-equilibrium thermodynamics is accepted for biological systems (quite standard approach)and "biological material is a slave to the imposed thermodynamic potential. Biological material is the same as non-biological material. The only difference is that it has been sequestered and organized by an external potential to dissipate that imposed potential." again has nothing revolutionary about it; not anything agains evolution or natural selection. After all, 'non-equilibrium thermodynamics' needs specific mechanisms and processes as everyting else. Here it seems used a a magic wand.

gert korthof said...

Harry, wetenschappelijk denkwerk is niet gebaat bij scheldpartijen en beledigingen. Alle feiten en argumenten en feiten moeten in alle rust gewogen worden. Er wordt al genoeg gescholden in de media. Dit blog is een plek waar er niet gescholden wordt. Een soort natuurreservaat voor de wetenschap. Geen toegang met loslopende en blaffende honden. Begin je met krachttermen dan vliegt de wetenschap de deur uit. Dat gaat gewoon niet samen met wetenschap. Ik wil in dit blog in alle rust wetenschappelijke vraagstukken analyseren.
Inclusief het boek en de theorieën van KM. Zo zijn de blogs over KM ook begonnen totdat hij begon te schelden. Ik heb hem met alle respect behandeld, hem onbeperkt weerwoord geboden, zelfs 2 gastbijdrages gegund, dus alle gastvrijheid geboden, en zelfs teksten in mijn blog op zijn verzoek aangepast.
Jij noemt dat 'lichtgeraaktheid'. Dat betekent dat je jezelf tot norm verheft, en de ander als afwijkend bestempelt. Handig hoor! Blijf jezelf lekker buiten schot! Jij doet niets fout. Jij hoeft je toon niet aan te passen. En dan zeg JIJ dat dat ik "er weer behoorlijk een potje van maak". Het tegendeel is dus waar.

Ik schrijf dit allemaal omdat ik je langer ken dan vandaag en je vast vaker zal tegenkomen. En dit blog heb ik voor mijn PLEZIER! Ik verdien er niets mee. Als ik constant vervelende mensen krijg, moet ik de comments uit zetten. En dat zou de discussie uitschakelen, wat je juist niet wil.

Kijk nu eens op afstand naar je eigen gedrag: "ik verwacht ook geen fatsoenlijk antwoord meer van je, maar je zou me tenminste wat meer informatie kunnen geven over je stellige beweringen in noot 2 over Freeman and Herron."
Let op dat taalgebruik! "ik verwacht ook geen fatsoenlijk antwoord"! Is dat de manier om iemand om een gunstg te vragen? Omdat jezelf geen enkel textbook in huis hebt na al die jaren kritiek op Darwinisme? En dat is MIJN schuld dat jij geen textbook in huis hebt?
H: "Dus help me uit de brand, laat me zien wat ik al die tijd gemist heb en hoe ik in onwetendheid gewandeld heb."
Ja, het zou kunnen dat je al die jaren in onwetendheid gewandeld hebt zonder fatsoenlijk Evolution textbook. Als je kritiek wilt uitoefenen is het slim om je te baseren op de BESTE informatie die er over de theorie voorhanden is. Ik zal zien wanneer ik tijd heb om die pagina's te kopiëren (mocht je niet genoeg hebben aan de samenvatting van Gerdien).

gert korthof said...

Harry, zelfs in wetenschappelijke publicaties is KM's schrijfstijl agressief, beledigend, neerbuigend, arrogant, respectloos (kies maar!):

"Traditional views of the origin of life see it as an extraordinary event, persisting for a kind of inherent self-indulgence."
in: Thermodynamic dissipation theory for the origin of life, Earth Syst. Dynam., 2, 37–51, 2011

'self-indulgence'= zelf-ingenomenheid.
Dat doe je toch niet in een publicatie!!!
Als je er eenmaal op gaat letten kun je een hele verzameling aanleggen.

harryp said...

Gert

het is jouw blog, dus jij bepaalt. Maar het blijft niettemin de vraag of jij ook uitmaakt wat irritaties zijn- en wat de BESTE (crs GK) leerboeken zijn, for that matter. Dat is een dubbele drogredenering.

"Harry, wetenschappelijk denkwerk is niet gebaat bij scheldpartijen en beledigingen. "

Helemaal mee eens, Gert. En ik val dus niet over dat paternalistische, belerende toontje dat je hier aanslaat. Of dacht je écht dat je me iets nieuws vertelde?

Om zijn gebruik van het woord self-indulgence moet ik alleen maar glimlachen, in deze context (waarom denk je dat je voor mij even de vertaling op moest zoeken?). De man heeft kennelijk soms een taalprobleem oid.

Maar intussen heb ik nog steeds geen antwoord op mijn vraag- zie ook mijn antwoord aan Gerdien boven.

Misschien dat ze nog op wat punten van mij reageert, dan kan ik haar een paar concrete voorbeelden voorleggen- voorbeelden genoeg.





gert korthof said...

Harry, I added today a postscript with 3 page scans from Freeman and Herron. (Harry, speciaal voor jou en iedereen!)
Je mag het boek van me overnemen dan kan ik de nieuwe editie aanschaffen.

gert korthof said...

Harry, wat is volgens jou het BESTE leerboek? zeg het aub. Welke heb jij in huis?

H: "self-indulgence moet ik alleen maar glimlachen, in deze context (waarom denk je dat je voor mij even de vertaling op moest zoeken?). De man heeft kennelijk soms een taalprobleem oid."

Hallo: we hebben het hier over een WETENSCHAPPELIJKE PUBLICATIE! Dat is dus door de handen gegaan van reviewers en redacteuren! Of is dat een tijdschrift zonder peer-review? Dat geeft te denken. Dat heeft dus niets te maken met "de man heeft kennelijk een taalprobleem". Hij heeft bovendien een Engelstalig boek dmv self-publishing uitgegeven dat goed leesbaar is. Heb jij het boek ondertussen (gelezen)?

Karo Michaelian heeft last van The Dunning–Kruger Effect: On Being Ignorant of One's Own Ignorance. Hij weet niet hoe weinig hij weet en snapt van biologie en daarom doet hij extravagante uitspraken.

gert korthof said...

Gerdien: "Geeft Michaelian hier ook referenties voor? Wat voor referentie geeft hij eigenlijk voor evolutiebiologie / natuurlijke selectie?"
KM geeft geen referenties naar Darwin's Origin of Species want "the will to survive" is IMPLICIT, dus je kunt het per definitie niet vinden in The Origin! Dat antwoordde hij in zijn eerste comment hierboven: "so looking up Darwin is not going to help".

harryp said...

gert waarom plaats je mijn antwoord aan gerdien niet?
zo hangt nijn antwoord aan jou in de lucht
en roept alleen maar misverstanden op, zoals blijkt uit je vraag wat volgens mij het BESTE leerboek is...

of ging er iets mis bij het opsturen van min commentaar?

Gerdien de Jong said...

Harry
"zie ook mijn antwoord aan Gerdien boven"
Waar staat dat?

gert korthof said...

Gerdien, Harry, er is iets misgegaan met een comment van Harry. Het is hier niet aangekomen. Het is nooit eerder gebeurd dat blogger comments kwijtraakt. Harry, zou je het -wellicht na een goede nachtrust- nog een keer willen insturen? (tip: als het een grote tekst is maak het eerst in een platte tekst editor aan). Ik heb nu (tijdelijk) moderatie uitgezet.

gert korthof said...

Harry, wat ik bedoelde met het BESTE handboek, of de beste informatiebron, dat Popper hoewel ik hem bewonder vanwege zijn falsificatieprincipe, in ieder geval niet een modern evolutiebioloog is, en als zodanig niet de beste bron van wat de tegenwoordige evolutietheorie inhoudt. Voor ieder modern filosoof: sommige kunnen interessante inzichten verkondigen, maar die kunnen nooit een VERVANGING zijn voor een handboek.
Dit alles is cruciaal als je de evolutietheorie gaat kritiseren. Iemand als KM is in populaire boeken zou vaak tegengekomen: "The struggle to stay alive is the primal urge of animate beings." (Steven Pinker) dan denk je dat dat de evolutietheorie is. Maar je kritiek moet je baseren op de beste informatiebron. En dat doet KM niet en daarom faalt hij als wetenschapper.

(wordt vervolgd)

gert korthof said...

Harry, wat er gefalsifieerd wordt in jouw voorbeeld
Wednesday, May 23, 2018 at 3:43:00 PM GMT+2
van transparantie in de ooglens is:
"Thus, the long-standing dogma that transcription is the predominant factor in regulating lens fiber differentiation is refuted by these findings that highlight distinct post-transcriptional roles of Celf1 in the lens."
dus een specifieke moleculaire hypothese. Welk mechanisme de cel of het DNA gekozen heeft kan de evolutietheorie niet voorspellen, maar dat is wat anders dan dat ET gefalsifieerd is.

Vergelijk zwaartekracht van Newton: het exacte pad dat een veertje of een blad aflegt als het valt is niet te voorspellen door de wet vd zwaartekracht, alleen het eindresultaat: het ligt op de grond, maar daarmee is de wet vd zwkr niet weerlegt. aanvullingen zijn nodig.
etc.

harryp said...


ok, gert (en gerdien ook!)

ik zal het proberen, want ik heb geen kopie. wordt dus een wat puntsgewijze reconstructie

maar eerst even over je laatste commentaar:

Ik gaf het voorbeeld van Celf1 omdat dat volgens mij het IDEE van Darwin (zijn analogie, zo je wil)- falsificeert, zoals Asa Gray (zie boven) die als eerste, denk ik, al fraaier verwoord heeft dan wie dan ook.

Niettemin, natuurlijk: “plausible stories can always be told”. Al gaat dat typisch (of liever: opvallend) veel makkelijker voor schuchtere antilopen en hongerige leeuwen (100% selectiedruk!) dan voor zoiets als 'post-transcriptional control' en heldere ooglezen. - een just so story vooronderstelt typisch altijd wat het juist moet verklaren, vandaar.

Je analogie gaat niet op. Juist niet: er bestaat geen ‘evolutiewet’ zoals er wetten van Newton bestaan. Er is geen 'newton van de grassprietjes'. (nog afgezien van het probleem van voorspellen achteraf)

Zie verder de lopende discussies in de pop gen: over postulaten en/of principes, concepten, begrippen zoals covariantie van trekken en offspring, en differentiële reproductie, ofwel ‘outbreeding your cousins’. Je kunt modellen maken van de ‘struggle for life’ maar ook van de ‘snuggle for life”(Nowak). Het is, om de woorden in Gerdiens commentaar aan te halen, allemaal "algebra, and all algebraic equations can be called a tautology."

Inderdaad. "Why trait and fitness have a covariance different from zero is a totally different question. It is this question that is far more central in biology.” Lijkt me de understatement van het jaar. Dáár hebben we het hier volgens mij over.

Woese en Goldenfeld 10.1146/annurev-conmatphys-062910-140509 hadden het ooit over ‘a language culture [..] developed to explain away the conceptual difficulties using guesswork solutions such as “natural selection.”

Dat geldt vooral als je die ‘oplossingen’ op psychologische, cognitieve ‘trekken’ los laat- maar het geldt ook voor eiwitten en zo, zou ik zeggen- en dus voor alle 'niveaus' daartussen in. Inderdaad, ‘accumulation of probabilities beyond believe’- 'kicking the bucket down the road'. Je kunt veel van Newton zeggen, maar dat niet! ;-)

wordt vervolgd

Gerdien de Jong said...

Harry, Wednesday, May 23, 2018 at 3:43:00 PM GMT+2
Over Celf1, Salil Lachke et al PLOS Genetics (2018). DOI: 10.1371/journal.pgen.1007278
"wat voegt een verhaal over ns toe aan inzicht in die door Celf1 gecontroleerde 'apoptosis' dan wel aan het begrijpen van 'post-transcriptional control'?"
Er staat in het aangehaalde artikel geen studie of verhaal over natuurlijke selectie. Er is ook geen enkele reden om deze studie aan te halen in verband met een discussie over wat natuurlijke selectie inhoudt. Harry zegt: "Inderdaad. Why trait and fitness have a covariance different from zero is a totally different question. It is this question that is far more central in biology.'' Lijkt me de understatement van het jaar. Dáár hebben we het hier volgens mij over." Dan heeft het citeren van een studie die niet naar varianties en covarianties kijkt geen enkele relevantie.
Heb ik het goed als Harry's argumentatie neerkomt op: dit is zo ingewikkeld dat het niet door mutatie en selectie kan zijn ontstaan? Dat is wat ik bij Harry lees.

harryp said...

Gert, Gerdien

Dankte Gerdien voor de postulaten van FREEMAN & HERRON 2007 hfst 3, dat '(boek voor 1ste jaar)', merkte op dat ik niet de indruk had dat dat veel toevoegde aan de meer dan 20 definities en hun postulaten van van ns en het ‘ pns’ die ik al eens had gezien.

Toegegeven die komen niet allemaal uit ‘textbooks’, zoals bijv die van Lewontin die in ‘evolution of cognition’ typisch drie principes formuleert omdat hij de laats twee van Freeman en Harmon samenvoegt tot een principe. Legio van dit soort oorbeelden

Ik volg daarom liever (recente) discussies, daarom ook de blogs van Wilkins gezien- en vooral de discussie over diens ‘conclusions’ met de terminologische verwarring over Fodor (intentioneel- met t- en intensioneel- met s-) constateerde dat Wilkins het niet nodig vond nog te reageren op het laatste commentaar van iemand die intussen Fodors boek goed had gelezen (over cirkels, tautologie en zo).

Ook het verhaal van Stanford gaf mij niet de indruk dat het probleem van de tautologie definitief opgelost is zoals Gert suggereert. Integendeel.

Niks tegen debatten natuurlijk, en misschien zie ik het verkeerd: het is voor mij ook een déjà vu. Denk psychometrie bijv: vergelijkbare issues, quasi formules (inclusief dummy function!), en (definitorische) problemen; te veel om hier op te noemen.

Daarom valt er volgens mij ook weinig te verwachten van die ‘psychologie op nieuwe grondslag’. Het heeft weinig zin om alle fouten nog eens dunnetjes over te doen. De zogenaamde EP(evolutiepsychologie) bewijst dat overigens bijna dagelijks


Voor alle duidelijkheid: voor mij is dat geen falsificatie van de ET (welke ET?) maar wel van het idee, beter, van de analogie van Darwin. Psychologisch onderzoek is zonder Darwin al moeilijk genoeg. Been there, done that.

Dat ik af en toe interessante verhalen tegen kom over eiwitten, komt omdat bijvoorbeeld heldere lenzen niet alleen een evolutionair voordeel genoemd kunnen worden, maar omdat waarneming een van de centrale functies in de psychologie was en nog is- ook in de wetenschap zelf, for that matter. Vandaar. En er zullen er vast meer komen, zeker als S Paaboo cs die mini-hersentjes van Nenadertalers gaan onderzoeken.

Probeer dat soort dingen dus een beetje te volgen- al ben ik dáár nooit geweest en heb ik dát nooit gedaan.


Gerdien de Jong said...

Harry,

" ...de postulaten van FREEMAN & HERRON 2007 hfst 3, dat '(boek voor 1ste jaar)', merkte op dat ik niet de indruk had dat dat veel toevoegde aan de meer dan 20 definities en hun postulaten van van ns en het ‘ pns’ die ik al eens had gezien."

Natuurlijk niet: dit is basisstof, dus je zult overal een versie hiervan vinden. Als het niet op dit neerkomt is het fout. Als je dat al wist had je jezelf de moeite kunnen besparen er nog een keer over te beginnen.

(Dus tadadi tadada over antilopen en leeuwen laat zien hoe de fout ingegaan wordt)

"Voor alle duidelijkheid: voor mij is dat geen falsificatie van de ET (welke ET?) maar wel van het idee, beter, van de analogie van Darwin. "
Welke analogie, betrekking hebbend op wat?

Gerdien de Jong said...

Harry
"omdat bijvoorbeeld heldere lenzen niet alleen een evolutionair voordeel genoemd kunnen worden" (maar ook om andere redenen interesant zijn).
Harry , gebruik je 'evolutionair voordeel' zonder onderbouwing? mag van mij, maar zat je niet tegen dat gebruik van 'evolutionair voordeel' te protesteren?

Gerdien de Jong said...

Harry
"So, the question is how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior, rather than using the existence of intentionality as an argument in favor of natural selection. (a strange inversion of reasoning)."
1 Heeft die vraag iets te maken met het boek van Karo Michaelian?
2 Welke acties heb je ondernomen om de filosofische literatuur door te zoeken op "how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior"?
3 Hoe prevalent is die 'inversion of reasoning' in de relevante filosofische literatuur?

gert korthof said...

Harry, er bestaat wel een evolutiewet (even uit mijn hoofd): of every population of individuals that possesses heritable variation that differs in reproductive success, changes its genetic composition from generation to generation.
Eigenlijk een vertaling van de 4 F&H postulaten.
Is ook toe te passen op niet levende systemen, digitale systemen en levende systemen in de rest van het heelal. Dus tamelijk universeel, zoals Newton.
Die wet is wel vergelijkbaar met met zwaartekrachtwet, want hoe dat precies uitwerkt hangt van veel omstandigheden af (wind, etc) zoals evolutie: mutatie, toevalseffecten, migratie, milieu.
Newton kan ook niet voorspellen waar een vallend blad op de grond terecht komt omdat er complificerende factoren een rol spelen.

harryp said...

Gerdien

> “Als je dat al wist had je jezelf de moeite kunnen besparen er nog een keer over te beginnen.”

Het is goed om altijd de hele discussie te volgen. Gert insinueerde dat ik niet de BESTE (hand)boeken lees. Raar dat ik dan even wil weten wat ik dan gemist heb? Zelfs de duidelijk badinerende toon waarin in dat vroeg is je ontgaan. Zal er voor zorgen dat ik voortaan nog duidelijker ben.

> “(Dus tadadi tadada over antilopen en leeuwen laat zien hoe de fout ingegaan wordt)”
Als je maar weet dat dat geleuter over antilopen en leeuwen niet van mij komt, en dat die 100% van mij slaat op “You wrote "Why does it not just succumb peacefully to the lion?" That behavior would produce zero offspring. Selection pressure is 100% against that sort of behavior. Een uitwisseling tussen gert en karo. Dus inderdaad tadatada. Precies wat ik bedoel.

Analogie? Natural selection is artificial selection writ large- zeg maar. Dus de analogie van de fokker en het kippenhok, en de beste haantjes niet te vergeten, dus seksuele selectie, al door Sir John Sebright in 1809 gelegd in een pamflet voor fokkers. Darwin noemt ergens in zijn aantekeningen (alleen) de titel van Sebrights pamflet, maar kinde Sir john persoonlijk: op zijn minst opvallend. Enfin, Fokken als model voor het doorgronden van de schijn van design als alternatief voor de grote demiurg daarboven in de wolken. Zoiets.

> “Harry , gebruik je 'evolutionair voordeel' zonder onderbouwing? mag van mij, maar zat je niet tegen dat gebruik van 'evolutionair voordeel' te protesteren?”

Gerdien, ik schreef ‘genoemd kunnen worden’ dat is heel wat anders dan dat IK het als argument gebruik zonder onderbouwing- zou ik zo zeggen. Noemen ze zoiets niet ironie, tongue in cheek? Hoe dan ook, weer: als je de rest van de discussie had gevolgd, met name wat ik schreef over juist over Celf1, had je precies begrepen wat ik bedoelde; lees maar na.

>“1 Heeft die vraag iets te maken met het boek van Karo Michaelian?”

Weet ik niet, maar wel alles met de discussie over leeuwen en antilopes (zie boven)

> “Welke acties heb je ondernomen om de filosofische literatuur door te zoeken op "how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior"? “

ik heb heel veel geleuter gelezen over je vraag, maar geen enkele verklaring gezien- terwijl dat toch juist het punt is van de biologie volgens o.a. Mayr.

> “Hoe prevalent is die 'inversion of reasoning' in de relevante filosofische literatuur?”

Ik heb het niet geteld, Gerdien, maar dit soort denken is zelfs tot principe verheven: Dennett noemt het de ‘intentional stance’. En inderdaad, de metaforen vliegen je om de oren, en allemaal intentionele taal, ofwel precies de omkering die ik als voorbeeld gaf. De bekendste is: ns als agency, als kracht, factor, beeldhouwer, zeef, als ik weet niet wat, maar als 'iets wat dan iets doet'. Een soort designer, zeg maar, die werkelijk álles gedesigned heeft. – inderdaad, een ‘language culture’.

Gerdien de Jong said...

Harry,
de moeite om uit te leggen wat je nu eigenlijk wilt is kennelijk te veel. Met name wat je schreef over Celf1, want er is geen enkele reden om dat artikel te berde te brengen, en het heeft niets met Darwin of naturlijke selectie temaken..

Wat is 'veel geleuter'? Welk geleuter waar? Weet je zeker dat je je filosofen goed gelezen hebt? Of denk je dat alle filosofen dom zijn? (Behalve Plantinga?)

"Analogie? Natural selection is artificial selection writ large" "Fokken als model voor het doorgronden van de schijn van design als alternatief voor de grote demiurg daarboven in de wolken. "
Natuurlijke selectie en artificiële selectie voldoen aan dezelfde condities, twee varianties en een covariantie ongelijk nul. In die zin is er geen verschil. Er is dan ook geen analogie, het proces is identiek. dat is de kracht van de redenering. Het voorbeeld van Celf1 is niet van toepassing, omdat het artikel niet over selectie gaat.
En inderdaad verklaart natuurlijke selectie aanpassing aan de omgeving en de eenheid van stuctuur en functie - dat is wat 'design' in de biologie betekent. De theologische versie van design is in de biologie niet relevant, dus daar hoef je niet naar te verwijzen.

Gerdien de Jong said...

"komt omdat bijvoorbeeld heldere lenzen niet alleen een evolutionair voordeel genoemd kunnen worden, "
" dat is heel wat anders dan dat IK het als argument gebruik zonder onderbouwing- zou "
Als je zelf heldere lenzen niet als 'evolutionair voordeel' wilt zien moet het ander formuleren. Nu schreef je dat je dat zelf dacht.

Formuleer nu eens precies of Celf1 een functie heeft of niet. Dus of het blijft bij sec mechanisme of dat het mogelijk is dat het sec mechanisme van Celf1 een biologische functie heeft.

Gerdien de Jong said...

Harry,
Je schijnt op zoek te zijn naar een tautologie in de definitie van fitness. Die tautologie is er niet, en het zou niet zo moeilijk moeten zijn om dat na te gaan in de technische literatuur. De voorspelling voor de verwachte verandering in kenmerkwaarde van ouders op kinderen gegeven covariantie in kenmerk tussen ouders en kinderen, covariantie tussen kenmerkwaarde en fitness, en variantie in kenmerkwaarde is één regel algebra, met een ' = ' teken, en als alle algebraische gelijkheden een tautologie.
Dit is de biologische opstelling:
https://coelsblog.wordpress.com/2015/12/07/yes-of-course-survival-of-the-fittest-is-tautological/
"The reply is actually quite simple: Yes, the phrase “survival of the fittest” is tautological; but no, the concept of “fitness” is not tautological, and nor is Darwinian natural selection. That’s it; that’s the resolution of the “problem”."
Harry over antilopen en leeuwen, 21 mei, eindigt:
"So, the question is how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior, rather than using the existence of intentionality as an argument in favor of natural selection. (a strange inversion of reasoning)."
Dat is de vraag helemaal niet. Het gaat over de evolutie van gedrag, en of dat gedrag intentional is of niet heeft geen enkele invloed op de selectie op het gedrag. Al dit tadadi tadada over antilopen en leeuwen op 21 mei laat zien hoe de fout ingegaan wordt, er wordt onnodig een concept 'intentionality' met de haren bijgesleept. Begin maar met selectie op helmgrootte in Daphnia, daar heb je minder kans dit soort fout te maken.
Je probleem is dat je gedrag als een andere categorie dan bv huisjeskleur van slakken ziet.

gert korthof said...

Harry, Gerdien, ...
Karo Michaelian erkent in zijn boek dat het ontstaan van antibiotica resistentie een overtuigend voorbeeld is van natuurlijke selectie. Wat heeft dat voor gevolg voor het tautologie probleem? en omgekeerd?
Als de natuurlijke selectie een tautologie is, betekent het dan automatisch dat natuurlijke selectie in de natuur plaatsvindt? of juist niet?
Kun je tegelijk erkennen dat natuurlijke selectie in bacteriën plaatsvindt, en tegelijk claimen dat natuurlijke selectie een tautologie is?
Of: moet je dan concluderen dat het ontstaan van resistentie een niet-Darwinistisch proces is?
Of: betekent de tautologie dat resistentie per definitie moet ontstaan?
Maar: 'we' hebben de afgelopen eeuw juist succesvol infectieziekten bestreden (o.a. daardoor is de levensverwachting gestegen).

De vraag is dus: ALS je de tautologie aanneemt, wat is het gevolg voor de werkelijkheid?

Gerdien de Jong said...

Gert
"Kun je tegelijk erkennen dat natuurlijke selectie in bacteriën plaatsvindt, en tegelijk claimen dat natuurlijke selectie een tautologie is?"
Nee, dat kun je niet.
De algebra van de voorspelling van de verandering in de volgende generatie kun je als een tautologie opvatten (dat heb je zo met algebra), maar de covariantie tussen kenmerk en fitness (zo'n covariantie is er ook bij resistentie in bacteriën) is geen tautologie. Dus er is hier een non-problem.

Als Karo Michaelian in zijn boek erkent dat prevalentie van antibiotica resistentie een overtuigend voorbeeld is van natuurlijke selectie heeft hij verder geen mogelijkheden om natuurlijke selectie te ontkennen.

Harry,
21 mei: "So, the question is how does natural selection explain the *evolution* of intentional behavior, rather than using the existence of intentionality as an argument in favor of natural selection. (a strange inversion of reasoning)."
'The existence of intentionality' wordt op geen enkele manier als argument gebruikt voor natuurlijke selectie, ooit. Aangezien je het hier grondig mis hebt, in feite de zaak op zijn kop zet, zal de 'inversion of reasoning' bij je filosofen ook wel alleen in je eigen misvatting bestaan.

harryp said...


Gerdien
> "de moeite om uit te leggen wat je nu eigenlijk wilt is kennelijk te veel. Met name wat je schreef over Celf1, want er is geen enkele reden om dat artikel te berde te brengen, en het heeft niets met Darwin of naturlijke selectie te maken..


pardon,

celf1 leert ons hoe ooglenzen doorzichtig kunnen worden en kunnen focussen: is een feit. Ok?

Maar heeft dat niks met darwin te maken? Misschien herinner je je het verhaal dat begint met “To suppose that the eye with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances” ..etc

"this proteine directly relates to the poster child of darwinism" schreef ik boven.

En "Contrivances" dat kun je inderdaad wel zeggen: lees nog maar eens even hoe Celf1 die heldere ooglenzen flikt. Ik las laatst nog wat een enorm 'evolutionair voordeel' niet alleen die helderheid, maar vooral ook dat focussen heeft. Wie zal dat ook ontkennen? Ik niet.

Het heeft allemaal niks met natuurlijke selectie te maken, zeg je. Dat zou heel goed kunnen inderdaad, maar dan hebben dna en eiwitten en cellen en zo volgens jou óók niks met evolutie te maken?

'unless profitable variations occur, natural selection can do nothing' schreef Darwin. Waar hebben we het hier dan anders over dan over het soort 'profitable variations' dat Darwin bedoelde, die hij vermoedde, maar waar hij alleen naar kon raden?

Graag uitleg over deze misvatting van mij







harryp said...

Gerdien

> Wat is 'veel geleuter'? Welk geleuter waar? vraag je

Dat geleuter hier boven: “Als je maar weet dat dat geleuter over antilopen en leeuwen niet van mij komt” Dat zei ik er maar even nog bij, want je leek te denken dat het – dat geleuter dus- uit mijn koker kwam.

Dat geleuter, slaat op het punt van intentionaliteit.

> Weet je zeker dat je je filosofen goed gelezen hebt?

Ja, Gerdien, de filosofen die ik gelézen heb wel, al leuterden die ook vaak.

Plantinga (het kon bijna niet missen dat je met die man op de proppen kwam) heeft het zover ik weet niet specifiek over het probleem van intentionaliteit. Maar ik ken alleen zijn verhaal over selfdefeating metafysisch naturalisme

Dennett maakt, zoals ik al zei van intentionaliteit – het gebruik van intentionele taal - zelfs een methodisch principe: zijn intentional stance.

Waarom dat geleuter is, wil ik je best wel een keer uitleggen als jij denkt dat dat niet het geval is. Heeft iets de maken met die filosoof die inmiddels voor veel darwinisten voorgoed geschiedenis is, Popper en zijn kritiek van 'promissory science'. de intentional stances van Dennett zijn daar een goed voorbeeld van- zie bijv Deacons Incomplete Nature (geen filosoof overgigens, maar bijna wel een)

Zie over die analogie antwoord hieronder

harryp said...


gerdien, je zegt:

Natuurlijke selectie en artificiële selectie voldoen aan dezelfde condities, twee varianties en een covariantie ongelijk nul.

Alleen, in het geval van de fokker is de oorzaak van die covariantie onmiddellijk zichtbaar- zelfs intentioneel. De fokker kiest bewust met een bepaald doel. En hij kende zijn kippen en duiven, de verenkleuren, snavels etc, waar hij mee door wilde fokken. Die bestonden ook al, voor hij kon kiezen, anders kon hij niet eens kiezen. Dat is de clou van Fodors kritiek, die indertijd de mist inging vooral door zijn filosofische gepraat.

Om te onderzoeken hoe het met die covariantie zit in het echt, in de wereld, - we hebben het over een model- dat is juist een probleem.

natuurlijk zal niemand ontkennen, dus ook ik niet dat, er alleen zwarte motten overblijven als alle witte opgegeten worden vanwege dat 'industriële melanisme" En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe.

En je kunt inderdaad dit soort open deuren vertalen in statistisch jargon, maar daarom wordt het niet meer waar, voegt het geen kennis en inzicht toe.

Bovendien lukt het in een heleboel - de meeste- gevallen niet om de omstandigheden, de conditions of life, of 'the combined actions' waar Darwin het in een brief aan Asa Gray over heeft- waarin hij voor eens en voor altijd uit wil leggen wat ns nou eigenlijk is (en zelf meteen weer de mist in gaat (desgevraagd meer informatie), om die gecombineerde acties te specificeren.

Er zijn kortom te veel factoren van invloed op die covariantie. Over differentiele reproductie gesproken: Neem bijv spontane abortus- als er één voorbeeld van ns is, is het dat wel. Maar: there are many ways to die, concluderen de onderzoeksters.. Inderdaad. Niettemin zijn ze er een aantal op het spoor. Maar inderdaad combined actions- covariantie ongelijk nul.

De keuze van de fokker zal vast ook het resultaat zijn van 'combined actions', die zitten in zijn hoofd, zijn neuronen, maar uiteindelijk grijpt hij zichtbaar in. Omgekeerd, zien wij dat de natuur kennelijk ingegrepen heeft, maar op grond van wélke combined actions?

Je bewering dat ns aanpassing verklaart, wordt door legio vakgenoten van je ernstig betwist

Ook hier geldt weer: de language culture waar Woese en Goldenfeld het over hebben, biedt geen soelaas, ook niet als je er statistiek van maakt. Zoals ik al zei je kunt pop gen modellen maken van de struggle for life én van de snuggle for life. Of van neutrale selectie, van drift en of drift én draft etc. Prima. Vooral doen.

maar verklaren van aanpassing?

wordt vervolgd

harryp said...

Gerdien

je vervolgt dan met

> "Het voorbeeld van Celf1 is niet van toepassing, omdat het artikel niet over selectie gaat."

Dat was me ook al opgevallen. het gaat over dna, post transcription controle en eiwitten en gecontroleerde apoptose.

Die hebben allemaal helemaal niks met selectie te maken, beweer je: je bedoelt natuurlijk niks met 'natuurlijke selectie'. Klopt. Ns heeft over dit soort zaken die alles met evolutie te maken hebben - we hebben het nb over het schoolvoorbeeld van Darwin zelf- helemaal niets maken, niet ze zeggen.


Design

Ik denk te weten wat design in de biologie betekent, en hoe belangrijk 'the argument from design' in het darwinisme is: de hele EP berust vooral ook op juist dit argument (en op het idee van de asymmetrie bij seksuele selectie).

je zegt
> "De theologische versie van design is in de biologie niet relevant, dus daar hoef je niet naar te verwijzen."

Ik zou de darwinisten niet graag de kost geven die beweren dat dat juist de grote verdienste van Darwin was: dat hij de natuurlijke theologie en de designkwestie oploste: god verving door ns. En inderdaad voor heel wat volgelingen is de natuur een nieuw soort grote demiurg. Daarom verwees ik er naar. We hebben het dan over een demiurg die alles 'kan'. Omdat sommige ook wel snappen dat dat niks zegt, beweren ze dat ns een 'mechanisme'is, of nog erger een 'algoritme.- dat evengoed alles verklaart. Daar hebben anderen al gehakt van gemaakt. hoef ik niet te doen


> "En inderdaad verklaart natuurlijke selectie aanpassing aan de omgeving en de eenheid van stuctuur en functie - dat is wat 'design' in de biologie betekent.

Mijn commentaar wordt te lang: maar evolutionaire verhalen over, pakweg het schoolvoorbeeld het oog, maken helemaal niets duidelijk over de functie zien, vision. Ze vooronderstellen juist het bestáán van die functie om een verhaal over het ontstaan van een orgaan te kunnen vertellen. Dat is een typische omkering van zaken.

Die functie zien kan op veel verschillende manieren, organen, worden gerealiseerd, geinstantieerd, en dat is ook gebeurd door verschillende organismen op verschillende evolutionaire tijdstippen -bijv het camera oog (dat bij inktvissen iets anders is mekaar zit dan bij ons, maar functioneel vergelijkbaar, camera, lens, netvlies etc). Zeesterren kijken met hun poten, zijn een stekelige oogbol ahw. Werkt niet echt goed, maar voldoet- voor hen kennelijk wel. Aangepast? Waarom ziet die mantis shrimp in 12 kleuren? waarom zien wij geen infrarood, terwijl we wel het gen er voor hebben, maar dat staat uit. Aanpassing, voordeel?

Los van al die organen, zijn fotonen overal het zelfde, al miljarden jaren, en zijn er eiwitten die ze om kunnen zetten in energie, en heb je eiwitten die lichtgolven omzetten in, ja, in pulsen van electronen , zeg informatie. Dat verschil zal ons iets kunnen vertellen over de functie zien. Je kunt de functie van vliegen niet achterhalen door de evolutie van veren te bestuderen.

Het is vaak lastig te specificeren wat een adaptatie is, schreef L Moran laatst op zijn Log. Is een understament. (Larry gelooft erg in drift (en draft) en in Koonin en zo. Jij duidelijk niet)

Ps (mn voor Gert): niet denigerend bedoeld (ik heb nooit ad hominem intenties): ik geloof er zelf ook in.

harryp said...

Gerdien nog even terug op een eerdere omerking van je

> "Heb ik het goed als Harry's argumentatie neerkomt op: dit is zo ingewikkeld dat het niet door mutatie en selectie kan zijn ontstaan? Dat is wat ik bij Harry lees."

Ik hoop dat je intussen ziet dat je het niet goed hebt. Als ik het ergens steeds over heb is het over mutaties. Ik geef daar ook steeds zo concreet mogelijke voorbeelden van.

En inderdaad, maar nu praat ik alleen maar de genetici na die ik probeer te begrijpen: het is allemaal veel ingewikkelder met dat genoom dan ooit gedacht. Vergeet dus die bean bag genetics en bij behorende modellen.

Populatie genetica? de moleculaire genetica is interessant genoeg!

harryp said...

Gert
Het is veel, waar ik op moet reageren, maar zag dit van jou even tussendoor

>“Harry, er bestaat wel een evolutiewet (even uit mijn hoofd)”

"One general law, leading to the advancement of all organic beings, namely, multiply, vary, let the strongest live and the weakest die. OoS chapter VII:

Dat laatste kun je er dus aflaten- als je gelooft in drift en draft etc
Het is natuurlijk geen wet, maar een ware observatie, fenomenologie zoals de fysici zouden zeggen, dus zeker niet te vergelijken met zwaartekracht oid: daar hebben natuurkundigen nl een theorie van, inclusief voorspellingen en hoe: zwaartekrachtgolven

harryp said...


Gerdien

"Je schijnt op zoek te zijn naar een tautologie in de definitie van fitness. " Ben ik niet, probeer iets te begrijpen van 'natuurlijke selectie' en die 20+ definities die ik heb. Die gaan soms, vaak over fitness. Meer niet

Dank voor je referentie. Gat het proberen te begrijpen: de fittere exemplaren leveren relatief meer fitte nakomelingen, als het zoiets is, zie ik niet welke cirkel, tautologie wordt opgelost. Dus ik ben zeer benieuwd.

nogmaals dank

harryp said...

Gerdien

verder met je kritiek

> "Harry over antilopen en leeuwen en intentioneel gedrag:
Dat is de vraag helemaal niet. Het gaat over de evolutie van gedrag, en of dat gedrag intentional is of niet heeft geen enkele invloed op de selectie op het gedrag."

Klopt, maar, sorry, in de discussie tussen Gert en Karo over dit voorbeeld, had je kunnen zien dat er wordt gepraat over succumbing antelopes. En succumbing, dat is een intentionele term, die het gedrag verklaart (tenzij je gelooft dat antilopen een soort perfecte zombies zijn, en succumbing alleen een etiket is).

Dat is een punt. Het andere, misschien verwarrend, dat als je redeneert met behulp van intentionele termen, je inderdaad dingen om keert: gebruik je als verklaring wat je juist moet verklaren.

Dus is intentionele taal, linke soep: je keert om omdat je niet kunt verklaren wat je zelf als verklaring gebruikt: we hebben geen verklaringen- vooralsnog niet- van intentionaliteit en intentioneel gedrag

Maar dat wil niet zeggen, en dat is het grote punt, dat je het bestaan van intentionaliteit zomaar kunt wegpoetsen .

We raken hier aan de crux denk ik, in ieder geval van mijn interesse in dit alles.

Neem Darwins conclusies aan het eind van DoM en de paragraaf die begint met:

He who admits the principle of sexual selection will be led to the remarkable conclusion that the nervous system not only regulates most of the existing functions of the body, but has indirectly influenced the progressive development of various bodily structures and of certain mental qualities. Courage, pugnacity, perseverance, strength and size of body,

"mental qualities", dus, en dan voorbeelden die hij geeft, moed, vechtlust, vasthoudendheid, dat zijn allemaal intentionele termen- en vormen van intentioneel gedrag.


Hier hebben we het over het punt dat ik eerder bedoelde, jij zegt het nu heel mooi, kort en krachtig:

."Je probleem is dat je gedrag als een andere categorie dan bv huisjeskleur van slakken ziet">.

Juist dat denk ik. Maar omgekeerd heb jij ook een probleem.

Dennett lost dat probleem op door zijn intentional stance, dat is steno voor een heel lange ingewikkelde beschrijving in mechanistische termen van gedrag- die er nu nog niet is, maar die volgens hem ongetwijfeld zal komen, vandaar ook die shorthand: de kennis en de inzichten zijn er niet, en als die er waren, dan was het alleen maar lastig en iedere keer veel werk om zo'n uitgebreide, eindeloze mechanistische beschrijving te geven: want die eindig uiteindelijk niet alleen bij quarks en electronen, die moet ook van helemaal daar beneden weer helemaal naar boven.

- trouwens, opvallend dat Darwin in zijn brief aan Asa Gray, exact hetzelfde argument gebruikt - de term ns als shorthand voor al die 'combined actions' (en hij geeft het voorbeeld van geologen en hun term 'denunantie') maar vooral ook om hemzelf al het gedoe te besparen van het telkens weer moeten herhalen van die lastige formule over reproductie van variaties en zo; daarom gebruikt hij de term ns.

gaat meteen verder, was te lang

harryp said...

ok shorthand dus, steno.

Wil ik best aan, maar waar ik niet aan wil is de promissorische implicatie: uiteindelijk zullen we gedrag net zo kunnen verklaren als de huisjeskleur van slakken. Dacht het niet, Gerdien. Als jij het zo zeker weet, dan hoor ik het graag van je waarom ik het mis heb.

Ik ben geen gelovige zoals Plantinga, maar er is een verschil tussen methodisch en metafysisch naturalisme- en de paradox van de Kretenzers is geen verzinsel.

Al in de eerste bekende naturalistische tekst over onze hersens en zo (van Hippocrates) knalt de paradox van de pagina: hoe kan hij dat allemaal weten als zijn hersens zo werken als hij beweert?

Ik geef dus Darwin helemaal gelijk, want waar ik het citaat op liet houden gaat hij onmiddellijk verder met..

....weapons of all kinds, musical organs, both vocal and instrumental, bright colours and ornamental appendages, have all been indirectly gained by the one sex or the other, through the exertion of choice, the influence of love and jealousy, and the appreciation of the beautiful in sound, colour or form; and these powers of the mind manifestly depend on the development of the brain.

Darwin voelt hier al duidelijk aan, althans volgens mij, dat hersens geen orgaan zijn zoals alle andere organen (hij wist natuurlijk van de ideeen van Greg en Wallace, interessant detail)

Om een lang verhaal kort te maken: wat is eigenlijk de functie van hersens? Van zien? Van slapen? Van wakker zijn, for that matter? etc

Ik denk dat er legio concrete voorbeelden zijn om duidelijk te maken dat we het hier over heel iets anders hebben dan over geweien, nieren en al helemaal over de kleur van slakkenhuisjes (kleurenzien!)


Inderdaad, het was een remarkable conclusion, en heel voorzichtig en fraai geformuleerd, al had Darwin natuurlijk geen idee- net als wij, al weten we nu ietsjes meer

Maar mensen als Dennett, die weten alles al - 'het beste idee ooit'. Zulke mensen werden vroeger, in ieder geval in het zuiden des lands, roomser dan de paus genoemd :-)

harryp said...

gert (en gerdien, slaat ook op een aantal opmerkingen van Wilkins))

kwam ik bij Gert tegen

"Als de natuurlijke selectie een tautologie is, betekent het dan automatisch dat natuurlijke selectie in de natuur plaatsvindt? of juist niet?"

Natuurlijk kun je een survey doen waaruit zonneklaar blijkt dat vrijgezellen inderdaad allemaal ongetrouwd zijn.

Of meten dat de politicus die gewonnen heeft de meeste stemmen heeft gehaald. Dat zijn intensionele definities, tautologieen die pd waar zij. Als je er observaties over maakt, dan zul je dus niet vinden dat ze niet waar zijn.

Je kunt dan bijv nog andere dingen observeren en meten. Dan vind je bijvoorbeeld dat de politicus nog andere dingen ('trekken"!) heeft die covarieren. En daar kun je dan een naam voor verzinnen. Zeg 'populariteit" of 'humor". Maar allebei die trekken maken niks duidelijk over verkiezingen, laat staan over (partij)politiek.

En belangrijk punt - dat o.a. Lewontin maakt in zijn kritiek op de psychologie op evolutionaire grondslag- is dat een trek als populariteit het resultaat is van een ontzettende hoop andere dingen, factoren, processen, omstandigheden, op ontelbare niveaus- en ook op mekaar in werken; dat je de variatie - waarop ns dan zou moeten inwerken- niet kent. Je mist data; daar kun je wel over speculeren, maar je kunt niet toetsen.

IK denk dat zijn kritiek op de psychologie dus ook geldt voor alle trekken en kenmerken- zelfs voor de kleur van de slakkenhuisjes-

NB hiermee beweer ik dus niet dat je niet kunt beschrijven wat er gebeurd is, dat je geen stappen in een mogelijke ontwikkeling aan zou kunnen geven, maar dat is natuurlijke historie, geen theorie- Er vallen ook altijd gaten in zo'n historisch verhaal, ook al haal je er algemene schema's zoals accumulatie van profitable variations etc bij: die gelden altijd, passen altijd. Voegen dus niks toe. Zie de verhalen over de evolutie van het oog- schoolvoorbeeld.

Deze discussie speelde al op de Wistar conferentie (1967) tussen Schutzenberger en Lewontin
Leerzame stof, vooral omdat Lewontin totaal niet begreep wat het punt van Schutzenberger was, en maar voorbeeldjes bleef geven. Ik geloof je wel, riep S uiteindelijk wanhopig, maar dat is mijn punt juist: het zijn maar voorbeeldjes. Waar is je theorie, waar zijn je first principles?

Gerdien de Jong said...

Harry:
"> "Harry over antilopen en leeuwen en intentioneel gedrag:
Dat is de vraag helemaal niet. Het gaat over de evolutie van gedrag, en of dat gedrag intentional is of niet heeft geen enkele invloed op de selectie op het gedrag."<

Klopt"
OK
En 'succumbing' is geen intentionele term over wat het de antilope zou denken of zeker niet iets dat het gedrag van de antilope zou verklaren maar een beschrijving van gedrag: de antilope valt ten prooi aan de leeuw.

Harry
">"Je schijnt op zoek te zijn naar een tautologie in de definitie van fitness. "< Ben ik niet, probeer iets te begrijpen van 'natuurlijke selectie' en die 20+ definities die ik heb. Die gaan soms, vaak over fitness. Meer niet"
dan wordt het dus tijd dat je werkelijk de formele definitie van fitness gaat begrijpen.

Harry
"Dank voor je referentie. Gat het proberen te begrijpen: de fittere exemplaren leveren relatief meer fitte nakomelingen, als het zoiets is, zie ik niet welke cirkel, tautologie wordt opgelost. Dus ik ben zeer benieuwd."
Kun je die webverwijzing lezen? 'Survival of the fittest' is een tautoloie, maar geen beschrijving van natuurlijke selectie zoals evolutiebiologie dat opvat.
Heb je nu eindelijk de definitie van fitness opgezocht?


Harry: "... uiteindelijk zullen we gedrag net zo kunnen verklaren als de huisjeskleur van slakken. Dacht het niet, Gerdien. Als jij het zo zeker weet, dan hoor ik het graag van je waarom ik het mis heb.:
Geen onderbouwing waarom selectie op gedrag niet net zo zou werken als op de kleur van slakkenhuisjes. Denk even na hoe selectie werkt. Te eenvoudig voor je smaak?

Harry:
"Je bewering dat ns aanpassing verklaart, wordt door legio vakgenoten van je ernstig betwist" Zonder referenties, zonder onderbouwing.

harryp said...

Gert Gerdien

"Karo Michaelian erkent in zijn boek dat het ontstaan van antibiotica resistentie een overtuigend voorbeeld is van natuurlijke selectie. ""

Dat is hetzelfde als met die motten. Als je alle bacteriën die je antibiotica kon uitroeien ook daadwerkelijk uitgeroeid hebt, dan hou je natuurlijk alleen de bacteriën over die je kennelijk niet uit kon roeien met je antibiotica. Dat is een waarheid als een koe. Het klopt als een bus. Maar het is ook nicht einmal falsch.

Wat het toevoegt aan je kennis over bacteriën? je weet nu wat voor dna die bacteriën die resistent zijn hebben tov van de niet-resistente (als je ze nog hebt ingevroren of zo tenminste)

Idem voor het onderzoek van Paaboo cs naar de verschillen in dna tussen Neandertalers en Sapiens. Hij heeft er nu plm 90 gevonden, dacht ik. Daar gaat hij nu testjes mee doen op hersen-organoiden. Kijken wat die verschillen daar doen.

Waar gaat het Svante en zijn club uiteindelijk om?

"Neanderthals were reasonable, like other mammals. They didn’t go out into the ocean without seeing anything on the other side.
To me, the biggest question in human history is, why did we become this crazy?”

Begint dus al met de goeie vraag. En maakt en passant van evolutiebiologie ook al een beetje een experimentele wetenschap- dankzij de moleculaire genetica

Prima!

Uiteindelijk leren zo ook evolutie psychologen zeer interessante dingen over de soort waar ze nu alleen maar verhaaltjes over kunnen verzinnen (en verder typisch 'old school'psychologie over bedrijven, inclusief surveys bij eerstejaars psychologie studenten en andere WEIRD science)


harryp said...

Gert Gerdien

het was veel om op te antwoorden, maar ik ben ongetwijfeld nog een aantal punten vergeten

Gerdien, dank voor de link. Misschien dat die helpt mijn volgende commentaar aanzienlijk korter te maken!

Gerdien de Jong said...

"Als je alle bacteriën die je antibiotica kon uitroeien ook daadwerkelijk uitgeroeid hebt, dan hou je natuurlijk alleen de bacteriën over die je kennelijk niet uit kon roeien met je antibiotica. Dat is een waarheid als een koe. Het klopt als een bus"
"Om te onderzoeken hoe het met die covariantie zit in het echt, in de wereld, - we hebben het over een model- dat is juist een probleem.
natuurlijk zal niemand ontkennen, dus ook ik niet dat, er alleen zwarte motten overblijven als alle witte opgegeten worden vanwege dat 'industriële melanisme" En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe.
En je kunt inderdaad dit soort open deuren vertalen in statistisch jargon, maar daarom wordt het niet meer waar, voegt het geen kennis en inzicht toe."

Harry's probleem: natuurlijke selectie is dermate eenvoudig dat hij niet inziet dat er kennis en inzicht toegevoegd worden. Dat is een probleem van Harry, niet een algemeen probleem of een wetenschappelijk probleem. Statistische beschrijvingen van de wereld maken ook toetsbare voorspellingen, en ze werken.

"En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe." Natuurlijke selectie is een waarheid als een koe, dus daarmee is je probleem verdwenen.

"Gerdien, dank voor de link. Misschien dat die helpt mijn volgende commentaar aanzienlijk korter te maken!"
De link is niet voor de formele definitie van fitness (die je nog op moet zoeken) maar voor verheldering.

harryp said...

gerdien gert
nog één aanvulling op het voorafgaande, om definitief misverstanden uit de wereld te helpen
en als concreet voorbeeld van zowat alles wat ik hierboven beweerd heb:

“Any variation which is not inherited is unimportant for us. But the number and diversity of inheritable deviations of structure, both those of slight and those of considerable physiological importance, are endless.” Darwin OoS.

Inderdaad; er bestaat tegenwoordig daarom zoiets als de 4de wet van de gedragsgenetica: (be)noem maar een ‘trek’ en het aantal genen dat iets van de variantie van de verschillen in die trek verklaart, is schier oneindig.

Er zijn dan ook maar weinig – ik durf wel te beweren zelfs géén - dingen die we doen zonder onze genen te gebruiken

Ook bij alles wat we leren- en onthouden - gebruiken we onze genen. Dan hebben we het bijvoorbeeld over de tigzoveel genen die tot expressie komen in ons geheugen.|

Tegelijkertijd hebben we het ook over hét probleem bij het begrijpen van deze functie: eiwitten houden het nooit erg lang vol, maar onze herinneringen soms een heel leven.- denk aan het madeleinekoekje van Proust, om een veelgebruikt voorbeeld te geven, ofwel het probleem van de geheugen consolidatie en reconsolidatie

Hier blijkt het eiwit ARC een cruciale rol te spelen. Onlangs bleek dit eiwit van virale oorsprong.

Kan niet anders dan dat een heel interessant verhaal gaat worden. Misschien komt er ooit een echte evolutionaire psychologie.

gert korthof said...

Dames en Heren, hier het citaat uit Karo Michaelian:

"An example showing that some kind of natural selection is indeed a force for change in the biological world is the rather recent discovery of bacteria acquiring resistance to our existing arsenal of antibiotics. (...) This appears to be incontrovertible evidence in favor of the theory of evolution through natural selection." (...) "but (...) is neither an accurate nor a useful description of the evolutive process and is insufficient to betray the underlying physical-chemical mechanism of evolution." (p.299-300).

En deze uitspraak van harry "En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe." is heel toepasselijk voor een tautologie :-)

Blijft nog even de vraag of Harry hier een logische of een empirische waarheid bedoelt. Misschien bedoelt hij gewoon: nat sel is zó banaal!!! Als Darwin het niet had uitgevonden dan had ik het wel gedaan, maar dat zou zeker niet mijn allergrootste ontdekking zijn geweest.

harryp said...

Gert, ik moest hier even wat opzoeken ivm het huiswerk van Gerdien dat toch maar besloten had vandaag nog te doen morgen en zaterdag geen tijd, dus alle tijd om de rest van mijn commentaar te lezen

Ik zou je daarom ook willen verzoeken, voor je er weer iets uit pikt om over te vallen, om vooral toch de rest van mij antwoorden hierboven eerst te lezen, dus de context erbij te halen, ofwel om dingen toch niet al te veel uit hun verband te rukken. Je suggereert nu dat ik wat kretologie produceer.

Enfin, zo ken ik je weer, want je het het faliekant mis: lees de rest van mijn commentaren op er maar op na. Daar staan met name ook zeer achtenswaardige dingen over Darwin in (en over psychologie en zo), lees die eerst maar!

en ga vooral niet weer op de man spelen, ok?

gert korthof said...

Harry, ik heb alles gelezen.

Dit heb je over t hoofd gezien: Het citaat van Karo over resistentie toont aan dat op het unieke moment dat hij erkent dat natuurlijke selectie bestaat, onmiddellijk daarna verder gaat met: dat het géén goede of nuttige beschrijving is van wat we zien! Dus: bagatelliseren! Hij legt totaal niet uit in detail waarom zijn theorie beter beschrijft wat er gebeurt. Nee, het is gewoon een statement die niet onderbouwd wordt.

Zo bagatelliseer jij m.i. natuurlijke selectie door het géén natuurwet te willen noemen (zonder argumentatie).
Tel daar bij op:
H: "natuurlijk zal niemand ontkennen, dus ook ik niet dat, er alleen zwarte motten overblijven als alle witte opgegeten worden vanwege dat 'industriële melanisme" En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe.
En je kunt inderdaad dit soort open deuren... "

Open deuren, waarheid als een koe? Dus Darwin trapte open deuren in en verkondigde waarheden als een koe???
Tegenstanders vragen altijd om bewijs, willen evolutie in actie zien. Kom je dan met Darwinvinken, motten, bacteriën, (noodzakelijkerwijs microevolutie) dan zijn het opeens open deuren.

Is het je bekend dat er in Amerika (https://ncse.com/), Saudi Arabia, Turkey, Indonesia, en zelfs in Nederland nog steeds heftig verzet is tegen die open deuren en waarheden als een koe?

gert korthof said...

Gerdien, deed jij vroeger, heel vroeger, onderzoek aan NOTCH in Drosophila? NOTCH associeer ik met het lab van Scharloo. In Science vandaag: New copies of old gene drove brain expansion. Het gaat hier om NOTCH2NL groep. NOTCH2NL, itself a spinoff of the NOTCH gene family, which controls the timing of development in everything from fruit flies to whales. Ik associeerde NOTCH toen met Drosophila. Nu blijkt het gen een serie duplicaties ondergaan te hebben die specifiek zijn voor de mens (CHROMOSOOM 1). Het is gecontroleerd in cultured brain tissue! er worden meer neurons geproduceerd. heel fraai.

Gerdien de Jong said...

Gert,
Nee, ik heb nooit aan Notch gewerkt, dat was George, van omstreeks 1970 tot 1980. In 1970 was er eigenlijk niets over Notch bekend, behalve dat er een mutant, of setje naast elkaar gelegen mutanten, was die hapjes uit de vleugelrand gaf, met wisselende expressie, en dat je met een hitteschok of iets dergelijks, nou ja een milieueffect, ook hapjes uit de vleugel kon krijgen die er heel erg hetzelfde uitzagen.

gert korthof said...

Nooit gerealiseerd dat 'notch' letterlijk een inkeping, insnijding betekent... Leuk dat het gen nog steeds zo heet!

Gerdien de Jong said...

Gert,
Er zijn meer genen in de signaaltransductie pathways die naar mutanten in Drosophila heten: Wnt signalling naar Wingless, en frizzled, Dishevelled, cubitus interruptus, Delta, ...

Anonymous said...

Gerdien (en Gert ook)

Je vraagt of ik ‘eindelijk de definitie van fitness heb opgezocht?” Welke definitie?

In de links die je me stuurde wordt het probleem van fitness niet opgelost. Er wordt o.a. verwezen naar Dawkins. Maar die stelt voor het begrip maar helemaal niet te gebruiken (H 10, Extended phenotype (zijn beste boek, Gert, dat zegt hij zelf) want:

‘It is confusing because it can lead philosophers to think the whole theory of natural selection is a tautology. And it is confusing even to biologists because it has been used in at least five different senses, many of w h i c h have been mistaken for at least one of the others.”

Je zegt dat het ’ dus tijd (wordt) dat je werkelijk de formele definitie van fitness gaat begrijpen’.

Prima, maar moet bijvoorbeeld, inclusive fitness daar nou wel of niet bij worden geformaliseerd? Zo ja, hoe doe je dat dan? Is daar ‘algebra’ voor? Zo niet, waarom niet? Heb je daar dan wel een formule voor?

(Dawkins maakt een zekere uitzondering voor de fitness definitie in de pop gen, al is die ook niet zonder problemen: We assume that all other v a r i a t i o n among the i n d i v i d u a l s i s a v e r a g e d out- die aanname kun je altijd maken natuurlijk. Je kunt van alles aannemen.)

Je zegt “Geen onderbouwing waarom selectie op gedrag niet net zo zou werken als op de kleur van slakkenhuisjes. Denk even na hoe selectie werkt. Te eenvoudig voor je smaak?”

Als je dat denkt, dan heb je kennelijk die opmerking over 4de wet van de gedragsgenetica gemist- of niet begrepen. En vooral heel de tekst van die remarkable conclusion van Darwin.


Je zegt dat mijn bewering dat "Je bewering dat ns aanpassing verklaart, door legio vakgenoten van je ernstig (wordt) betwist" "Zonder referenties, zonder onderbouwing" is.

Dat klopt.

Ik was nog bij het begin, bij Darwin (en zijn brief aan Gray o.a.). Maar als je hier niet naar de bekende weg vraagt, heeft het weinig zijn een lijst referenties te geven. En als je wel naar de bekende weg vraagt, heeft het helemaal geen zin.

Je vraagt: “Heb ik het goed als Harry's argumentatie neerkomt op: dit is zo ingewikkeld dat het niet door mutatie en selectie kan zijn ontstaan? Dat is wat ik bij Harry lees.`

Nee, je hebt het niet goed.

Alsof ik intussen al niet genoeg voorbeelden van mutaties heb gegeven, en van differentiële reproductie, for that matter.

wordt vervolgd

harryp said...


Gerdien (en Gert ook)


Natural selection is artificial selection writ large, zei ik.

Jij zegt "Natuurlijke selectie en artificiële selectie voldoen aan dezelfde condities, twee varianties en een covariantie ongelijk nul. In die zin is er geen verschil. Er is dan ook geen analogie, het proces is identiek. dat is de kracht van de redenering. "

Je ziet de kippenboer alleen witte kippen overhouden om mee verder te fokken omdat hij alle zwarte in de soep doet. En dan heb je niet alleen een observatie van twee varianties met een covariantie ongelijk nul, je hebt zelfs niet alleen maar een analogie, maar je hebt een heus PROCES dat identiek is? Zonder enig(e) verchil(len)?

Bestaat er dan toch zoiets als Moeder Natuur? Inclusief forsight, intenties die verklaren wat de keuze wordt? Of hou je toch een ´identiek proces´ over als dat soort zaken, zoals intenties, allemaal gewoon wegstreept. Een of andere 'kracht of zo? Of hou je dan toch alleen maar je observaties over?

` dat is de kracht van de redenering`, zeg je. Onmiskenbaar krachtig.

Gerdien, “Harry’s probleem” is inderdaad niet een ‘algemeem probleem’ of ‘een wetenschappelijk probleem’. Het bestaat alleen maar in jouw in hoofd. Het is daarmee wel een bijzonder probleem.

Gert, je zegt dat je alles gelezen hebt. Dat heb je niet, want het antwoord op je vraag over logica en empirie kun je duidelijk vinden in Thursday, May 31, 2018 at 12:28:00 PM GMT+2 Dat je het woord survey niet kent kan ik me voorstellen, maar bij het woord ´meten´, zit geen spatje jargon bij.


Onderzoek met operationele definities is alles behalve een non-probleem. Zie bijv de experimenten van Lenski en zijn gecontroleerde condities. Die heeft de term ‘potentierende mutaties’ bedacht om zijn opvallendste resultaten te kunnen verklaren. Hij had in zijn experimenten mogelijke verschillen in condities voldoende onder controle, om die conclusie te kunnen trekken- beter: hij had zijn condities zo goed onder controle dat hij alleen die conclusie kon trekken.


Tot slot, Gert

Goed dat je nu weet dat 'notch' letterlijk een inkeping, insnijding betekent... en inderdaad, ja ` Leuk dat het gen nog steeds zo heet!`

Maar ik hoop serieus dat jetoch nog wat meer van die twee NOTCH2NL onderzoeken, waar ik je op wees, hebt geleerd.- zo niet, dan tenminste toch van een vergelijkbaar voorbeeld, waar ik je al eerder over vertelde: ARHGAP11B.

Gerdien de Jong said...

Harry

May 31, 2018 at 2:05:00 PM
" de 4de wet van de gedragsgenetica: (be)noem maar een ‘trek’ en het aantal genen dat iets van de variantie van de verschillen in die trek verklaart, is schier oneindig. "
Hopelijk bedoel je te zeggen dat er een bijzonder groot aantal genen met genetische varianten is die elk verschillend bijdragen aan de genetische variatie in gedrag. Het enige mogelijk nieuwe hieraan is dat er met moleculaire methodes gewerkt wordt, zodat min of meer te zien is over welke genen het gaat. Verder is het bijzonder oude koek: er is genetische variatie voor gedrag, dat is al bekend zolang als er met kwantitatieve genetica van gedrag gewerkt wordt. Die genetische variatie voor gedrag kun je statistische berekenen als genetiche variantie, uit de covariantie in gedrag tussen ouders en kinderen. Met de heritability voor gedrag en de covariantie tussen gedragskenmerk en fitness kun je uitreken of er selectie op het kenmerk is, en een voorspelling doen over het gemiddelde van dat gedragskenmerk in de volgende generatie. Dit is het soort iets waar proefjes over gedaan kunnen worden.

Wat fitness betreft, waarom probeer je niet na te gaan wat de formele definitie van fitness is? Komt Harry aanzakken met een boek uit 1982 van een etholoog! En niet met werk van een specialist. De namen om te beginnen zijn Alan Grafen en Brian Charlesworth.

Harry over zwarte en witten motten:
"natuurlijk zal niemand ontkennen, dus ook ik niet dat, er alleen zwarte motten overblijven als alle witte opgegeten worden vanwege dat 'industriële melanisme" En voor mijn part noem je het natuurlijke selectie. Maar het is een waarheid als een koe."
Natuurlijk is het een waarheid als een koe, vandaar dat Harry niet voorbij het gemakkelijke deel kijkt om te zien wat er aan de hand is en waarom dat instructief is. Het gaat om een kenmerk, mate van overeenkomst in kleur tussen boomstam waarom de vlinder zit en de vlinder: dat is in een getal uit te drukken voor elke vlinder. Je hebt genetische variatie in kleur tussen vlinders. Je hebt overlevingskansen van vlinders. En je hebt een covariantie tussen (overeenkomst in kleur tussen beest en achtergrond) en (kans om opgegeten te worden). Daardoor krijg je verandering in gemiddelde kleur van de volwassen vlinders en (met erfelijkheid van kleur) verandering in gemiddelde kleur van de vlindes in de volgende generatie. En dat heet natuurlijke selectie.
Hier over 'moeder natuur' beginnen is kul, want er is geen acting agent. Over intenties beginnen heeft ook geen nut.

Frank Visser said...

Ik ben enigszins de draad kwijt van deze draad mbt Karo's Michaelians voorstel om entropie centraal te stellen bij het begrijpen van het ontstaan en de evolutie van het leven.

Volgens Gert zou het betekenen dat het leven uit is op verspilling van energie, en dat is duidelijk niet het geval, waarmee deze hyposthese verworpen zou zijn. Maar in Big History wordt vaker naar entropie verwezen als overkoepelend verklarend beginsel in de domeinen van kosmos, evolutie en cultuur. Zo bijvoorbeeld Eric Chaisson:

"Energy flows caused by the expanding cosmos do seem to be as central and common to the structure and function of all complex systems as anything yet discovered in Nature. Furthermore, the optimized use of such energy flows by complex systems, as argued below, might well act as a motor of cosmic evolution on larger scales, thereby affecting physical, biological, and cultural evolution on smaller scales... All complex systems—whether alive or not—are open, organized nonequilibrium structures that acquire, store, and utilize energy." (“The Natural Science Underlying Big History”, geciteerd in: http://www.integralworld.net/visser80.html)

Volgens Chaisson verbruiken we steeds meer energie, in de reeks sterrenstelsels, sterren, planeten, planten, mensen, culturen, gelet op het verbruik per eenheid van tijd en massa. Er is hier dus inderdaad iets gaande dat onder de noemer entropie verklaard kan worden.

Wat betreft de metafysische neiging van de kosmos om entropie te produceren, Karo noemt dat zelf "colloquial", dus een vorm van beeldspraak. Zo zou je ook kunnen zeggen dat de naturu naar evenwicht streeft, of dat de wind altijd van hoge naar lage luchtdrukgebieden wil gaan. Feitelijk onjuist maar qua beeldpraak niet geheel onterecht.

Vergelijk ook Dawkins' pleidooi voor de "juiste beeldspraak", d.w.z. beeldspraak die ons op het spoor van betere inzichten leidt.

Jammer dat de communicatie met Michaelian enigszins ontspoord is. Zijn opmerkingen over Darwinisme zijn de minst interessante van zijn boek.

gert korthof said...

Frank, dank voor je comment. ik ken Chaisson en zijn boek Cosmic Evolution. Het is boeiende literatuur. Hij heeft nieuwe vergezichten geopend. En hij kwantificeert het energieverbruik, vooral ook van de mensheid in de loop van de geschiedenis. Zeer nuttige observaties. Maar is een fysicus en heeft het zelfde probleem als Karo. De mensheid lijkt een uitzondering: het is de energieverslindende en verspillende soort. Maar het is allemaal energie die we uit onze omgeving halen. En we doen alsof het onuitputtelijke bronnen zijn.

Natuurlijk is het leven een "open, organized nonequilibrium structure". Maar alle natuur met uitzondering van de mens is zuinig met energie omdat het niet gratis is. Dieren hebben er een dagtaak aan om energie verzamelen en dan ga je het niet verspillen. (planten zijn een geval apart).
Dieren hebben fysische eigenschappen zoals een isolerende vacht, of veren, hebben een winterslaap als het te koud is en er weinig energie voorhanden is, waterzoogdieren hebben een isolerende vetlaag, etc.
" Karo noemt dat zelf "colloquial", dus een vorm van beeldspraak."
tsja, leuk hoor, maar 'survival of the fittest' accepteert hij niet als beeldspraak, dan neemt hij het letterlijk!

gert korthof said...

Harry, je citeert Dawkins. is het je opgevallen dat Dawkins nooit een evolutieleerboek heeft geschreven? Een evolutie-popularisator zoals Zimmer heeft dat wel gedaan.

Harry: "Prima, maar moet bijvoorbeeld, inclusive fitness daar nou wel of niet bij worden geformaliseerd? Zo ja, hoe doe je dat dan? Is daar ‘algebra’ voor? Zo niet, waarom niet? Heb je daar dan wel een formule voor?"
Harry, kijk eens hier:
https://en.wikipedia.org/wiki/Inclusive_fitness#Hamilton's_rule
daar vind je een (elegante) formule.


Harry: "Maar ik hoop serieus dat jetoch nog wat meer van die twee NOTCH2NL onderzoeken, waar ik je op wees, hebt geleerd"
Nu, vertel me dan eens wat ik er volgens jou van moet leren. En: corrigeert dat een misvatting bij mij? of zoiets?

Gerdien:
" De namen om te beginnen zijn Alan Grafen en Brian Charlesworth. "
Welke publicaties/boeken bedoel je?

harryp said...

Gerdien

Als het dan zo eenvoudig is, dan moet het toch simpel zijn een concreet voorbeeld te geven in plaats van wéér een uitleg? OK gedrag. Van mensen dus, want daar hadden we het over- ik tenminste wel. Want ik ben niet van de beestjes, al heb ik natuurlijk van diverse dierproeven gehoord. Maar laten we het toch dicht bij huis proberen te houden. Mensendgedrag: bedoel je bijv 'proefjes' over variaties in copuleergedrag? In "Mate selection", in "assortative mating"...? Ken jij ze? En wat zeggen ze over evolutie, natuurlijke selectie?

Mag ik je er even op wijzen dat jij zelf kwam met die link aan over tautologie. En daarin werd o.m. verwezen naar Dawkins. Bovendien geef je geen antwoord op mijn vraag hoe het dan zit met inclusive fitness? Schaffen we die dan maar af (sinds bijv Wilson en Nowak?)

je verwijst nu naar Charlsworth (kende ik niet) en Grafen. Ok we hebben het nu over Fisher-Price. Is hiermee het laatste woord over het ‘fundamental theorem of natural selection’, nu gezegd (zie Felsenstein bijv (moet ik nog even checken)). Maar de discussie begint natuurlijk al bij Fisher zelf waar hij zijn theoreem vergelijkt met de tweede wet. Zijn Fishers 5 punten nu opgelost? Inderdaad, interessantere kost dan die van Dawkins en al die filosofen. Vraag me dan wel af waarom je er de hele tijd mee hebt gewacht.

Jij beweert dat er geen analogie is tussen natuurlijke en seksuele selectie, omdat het proces is identiek is. (Darwin beschrijft zelf wel een paar verschillen, dacht ik). Het voorbeeld van die motten laat volgens jou zien dat intenties kul is.

Maar ik vroeg je of je nog steeds een identiek proces overhoudt, als je de intenties en de foresight van de kippenboer weghaalt- of wil je beweren dat die geen bedoelingen heeft en geen forsesight? Dan is er inderdaad geen analogie, maar een identiek proces (let je even op de metaforen die in dit verband altijd worden gebruikt, zoals 'scrutinizing' 'zichtbaar voor' etc. Niks mis mee, maar het zijn dus wel metaforen. (en dat zijn eerst en vooral cognitieve processen, taal processen, maar dit ter zijde)

Dacht je serieus dat ik dacht dat er naast de intenties van de 19de eeuwse industriëlen met hun luchtverontreiniging sprake is van nog ándere intenties bij die melanisatie?

Het is mij bekend dat er de nodige genen zijn gevonden die daarbij waren betrokken- van een hebben ze nog niet zolang geleden kunnen berekenen hoe oud het is dat het ook in andere soorten (motten) een rol speelt. Prachtig allemaal.

Het mottenvoorbeeld is ooit door Lewontin - kan die jouw goedkeuring wel wegdragen?- expliciet gebruikt om eens goed de verschillen aan te kunnen geven tussen evolutiebiologisch en evolutie-psychologisch onderzoek (naar de evolutie van mensengedrag en dus van cognitie) en hij constateerde dat die EP aan geen van de te stellen eisen voldeed. Was nu eenmaal zo. tough luck!

(pech volgens Lewontin, je kunt van allerlei covarianties tussen allerlei kenmerken en fitnessmaten berekenen, dat zal niemand ontkennen- dat lukt je zelfs als het gaat populaties mannen en vrijgezellen, maar de vraag is wat het duidelijk maakt over je definitie van evolutie, fitness en de trek(ken) die je onderzoekt.


zie onder mijn antwoord aan Gert

harryp said...

gert

je maakte je nogal druk over die opmerking over bacterien en die open deur

Dit schreef een bekende evolutiebioloog:

In bacteria, for instance, we can show that the genetic variation for resistance preexisted in the population and not invoked by the selective agent, precisely as the theory of natural selection posits. Sic

welke theorie?

je kunt exact dezelfde redenering op bouwen over de populatie mannen: als je daar de getrouwde uit weghaalt, hou je alleen de vrijgezellen over, precies zoals de logica voorspelt. Logica, ik zou zeggen, precies volgens de common sense.

Trouwens, wie denkt hier dat er een 'selective agent is invoked' behalve dan dat antibioticum - dat overigens niet uit de lucht kwam vallen en duidelijk effect heeft omdat al die niet resistente bacterieen worden geelimineerd (zodat je , inderdaad en pd de resistente overhoudt), helemaal analoog aan Darwins model van de fokker.

Er is in de opmerking van deze evolutiebioloog pas sprake van een 'theory of natural' selection als je vooraf aan kunt geven welke al bestaande variaties wél en wélke niet dit verschil maken- gegeven juist déze chemie van déze 'selectie agent'. Er is geen theorie als je alleen maar achteraf kunt voorspellen.

Welke operationele definitie je ook hebt, je kunt altijd observaties doen, je kunt die
definities altijd met empirie vullen- daarvoor zijn ze juist bedoeld.

Dus werkt ook voor vrijgezellen en ongetrouwde mannen. Die kun je tellen; je kunt naar omstandigheden zoeken (bijv vrouwentekort in china). En er zijn ook allerlei 'covariaties' zoals Gerdien die bedoelt. Tenminste, evolutiepsychologen weten ons al jaren te vertellen dat vrouwen voorkeur hebben (trek) voor lange mannen en variatie in lichaamslengte die is wel door > 100 genen bepaald, al verklaren die maar zo'n 50% van de totale variantie. Er zijn nog wel zo een paar problemen met het meten van voorkeuren, maar daar zullen ongetwijfeld nog méér genen een rol bij spelen dan bij lichaamslengte. Idem voor allerlei andere trekken, dan wel 'fitness signalen' etc.

Ik beweer niet dat het 'allemaal heel ingewikkeld ' is, al is het dat wel, zie boven

Typisch dat juist het voorbeeld dat direct met het schoolvoorbeeld van darwin te maken heeft, door Gerdien min of meer off topic werd verklaard. "Er staat in het aangehaalde artikel geen studie of verhaal over natuurlijke selectie."

Meende je dat nou serieus Gerdien?

harryp said...

gert

je moet wel lezen wat ik schreef
ik kwam niet met Dawkins aan, Gerdien gaf me die link waarin het probleem van de tautologie opgelost zou zijn. Huiswerk dus. En in die tekst werd dus naar Dawkins verwezen.

Je moet me niet verwijten dat ik mijn huiswerk gedaan heb!

Notch2Nl? Begin eerst met Florio et al 2017 en hun experimenten met muizen: zij waren eerder dan Jacobs cs!

en bedankt voor de vewrijzing. Zal kijken of ze de kritieken van Wilson en Nowak er al in hebben verdisconteerd: die hebben toch aangetoond dat je aan goeie formules alleen niet veel hebt. Al is daarom zowat de hele biologie mispoge over hen heen gevallen. Maar ik zal kijken, bedankt


harryp said...

gert, gerdien

veel huiswerk deze keer, maar alvast A Grafen zelf, over jullie opmerkingen van Dawkins (niet dat ik wél een groot fan van de man ben)

"Richard Dawkins: how a scientist changed the way we think" was published in 2006, under the editorship of myself and Mark Ridley, two of Richard's former graduate students. It is a collection of essays celebrating the 30th anniversary of the Selfish Gene in particular, and Richard's contributions to science and the body politic more widely. See the OUP page for further details.



Alan Grafen 5th October 2013

Interessanter: het idee van Phenotypic Gambit, wanneer is die 'justified'. De vraag is uiterst relevant: "One major purpose of the formal darwinism project is to assist in showing that the exact genetic architecture may reasonably be ignored in many circumstances when the form of a trait is the focus of biological study. Grafen, The formal darwinism project in outline 2014, - 107 - "this program is about half-way through".

Lijkt me een aparte blog waard, Gert

gert korthof said...

Harry: "gert

je moet wel lezen wat ik schreef
ik kwam niet met Dawkins aan, Gerdien gaf me die link waarin het probleem van de tautologie opgelost zou zijn. Huiswerk dus. En in die tekst werd dus naar Dawkins verwezen.
Je moet me niet verwijten dat ik mijn huiswerk gedaan heb!"

Niet zo lichtgeraakt! Weet je nog wel:

Anonymous harryp said...

Gert

je maakt er weer behoorlijk een potje van met je irritaties en lichtgeraaktheid

Het ging er mij eventjes om, plm off-topic, dat Dawkins niet het talent heeft om college evolutiebiologie te geven aan studenten biologie, en idem om een leerboek evolutiebiologie te schrijven. Je hebt daar veel technische kennis voor nodig (statistiek, etc). Hij is een voorlichter, PR-man van de evolutiebiologie. Iemand als Zimmer sla ik hoger aan. Of iemand als Mark Ridley die zowel een leerboek als een populair wetenschappelijk boek heeft geschreven. Petje af voor dit soort talent.
Tot slot: ooit heeft Dawkins een pagina op mijn WDW website creationistisch genoemd! Zo bekrompen, bevooroordeeld en slordig is die man.

harryp said...

gert

denk je nou werkelijk dat ik Dawkins verdedig
Grafen, door mij door Gerdien aanbevolen, verdedigt die man- nogmaals ik dus niet
vraag me, zeker na jou reactie af of Grafen wel echt zo'n aanbeveling kan zijn- tenzij di eman aan dissociaties oid lijdt

die phenotypische gambit is in ieder geval duidelijk.

ps, ik sla Zimmer ook hoger aan; btw hij heeft in zijn nieuwe boek een interessant thema aan de orde gesteld: mosaicisme

Gerdien de Jong said...

Harry,
Voor inclusive fitness moet je bij Alan Grafen zijn, en voor fitness in een populatie met een leeftijdsstructuur bij Brian Charlesworth. Grafen is de specialist in fitness. Het doet er geen ene moer toe wat hij over Dawkins denkt.
(Monday, June 4, 2018 at 11:45:00 AM GMT+2 )
"Maar ik vroeg je of je nog steeds een identiek proces overhoudt, als je de intenties en de foresight van de kippenboer weghaalt- of wil je beweren dat die geen bedoelingen heeft en geen forsesight? Dan is er inderdaad geen analogie, maar een identiek proces "
De intenties en het foresight van de kippenboer zijn misschien relevant voor de kippenboer maar niet voor de kippen. Je hebt een identiek proces voor de kippenpopulatie als voor de mottenpopulatie, als je kijkt waarom het gaat: eventuele veranderingen in de kippenpopulatie. Het enige wat er toe doet voor het proces zijn de fitnesses, en hoe fitnesses statistisch met kleur samenhangen. De boer maakt geen deel uit van de kippenpopulatie.
"Jij beweert dat er geen analogie is tussen natuurlijke en seksuele selectie"
Ik heb geen woord over seksuele selectie gezegd.

(Harry, Monday, June 4, 2018 at 12:32:00 PM GMT+2}
"Typisch dat juist het voorbeeld dat direct met het schoolvoorbeeld van darwin te maken heeft, door Gerdien min of meer off topic werd verklaard. "Er staat in het aangehaalde artikel geen studie of verhaal over natuurlijke selectie." Meende je dat nou serieus Gerdien?"
Er staat in het artikel Salil Lachke et al PLOS Genetics (2018). DOI: 10.1371/journal.pgen.1007278 over Celf1 geen studie of verhaal over natuurlijke selectie.

(Monday, June 4, 2018 at 12:32:00 PM GMT+2}
"evolutiepsychologen weten ons al jaren te vertellen dat vrouwen voorkeur hebben (trek) voor lange mannen'' Alleen als die voorkeur gevolgen heeft voor het aantal kinderen is dat van enige interesse, anders niet. Er bestaat wel zoiets. Er is een vrij eenvoudige non-random paring geconstateerd bij de ouders van 1ste jaars biologie: geen moeders die meer dan 10 cm langer zijn dan de vaders.
"variatie in lichaamslengte die is wel door > 100 genen bepaald, al verklaren die maar zo'n 50% van de totale variantie" Hier gaat iets mis: 'door x aantal genen bepaald worden' en het percentage van de variantie dat genetisch is zijn twee verschillende zaken. Mocht bedoeld zijn dat >100 genen bijdragen aan de genetische variantie, dan is dat verder geen opmerkelijke of vreselijk interessante waarneming.
" Er zijn nog wel zo een paar problemen met het meten van voorkeuren, maar daar zullen ongetwijfeld nog méér genen een rol bij spelen dan bij lichaamslengte. Idem voor allerlei andere trekken, dan wel 'fitness signalen' etc." Het aantal genen dat bijdraagt aan de genetische variantie in lengte of het aantal factoren dat bijdraagt tot fitness signalen is oninteressant. Alleen de varianties en covarianties (tussen kenmerken en tussen fitness en kenmerken) beïnvloeden selectie op de kenmerken. (Price equation dus, ja: had je niet beseft dat die ook werkt voor vlinders op beroete bomen?)

gert korthof said...

Harry, dat was de reden dat ik Zimmer's boek 'She Has Her Mother’s Laugh' bijna had gekocht omdat microchimaeras nieuw voor me waren. Dit schreef Nick Lane in Nature over het boek:


Then we’re onto cell lineages, where mutations acquired during development make genetic mosaics of us all; and microchimaeras, in which cells slip, in both directions, across the placental barrier between mother and fetus, sometimes persisting for decades and colonizing whole tissues. (The entire lobe of one woman’s liver, Zimmer notes, was composed of Y-chromosome-bearing cells from a male fetus, the paternity of which could be traced to her boyfriend.)

harryp said...

Gert,

ter aanvulling op Lane :

even wat Zimmer schreef in NYT waar hij zijn eigen boek mocht inleiden:

….scientists are also finding that mosaicism does not automatically equal disease. In fact, it’s the norm.

When a fertilized egg — known as a zygote — starts dividing in the womb, many of its early descendant cells end up with the wrong number of chromosomes. Some are accidentally duplicated, and others lost.

Most of these unbalanced cells divide only slowly or die off altogether, while the normal cells multiply far faster. But a surprising number of embryos survive with some variety in their chromosomes.

Hij bespreekt ook kort het fantastische onderzoek van Walsh. Ik kende het al, maar Zimmer kan het als geen ander kort en bondig samenvatten:

Dr. Walsh and his colleagues have discovered intricate mosaics in the brains of healthy people. In one study, they plucked neurons from the brain of a 17-year-old boy who had died in a car accident. They sequenced the DNA in each neuron and compared it to the DNA in cells from the boy’s liver, heart and lungs.

Every neuron, the researchers found, had hundreds of mutations not found in the other organs. But many of the mutations were shared only by some of the other neurons.
It occurred to Dr. Walsh that he could use the mutations to reconstruct the cell lineages — to learn how they had originated. The researchers used the patterns to draw a sort of genealogy, linking each neuron first to its close cousins and then its more distant relatives.

When they had finished, the scientists found that the cells belonged to five main lineages. The cells in each lineage all inherited the same distinctive mosaic signature.
Even stranger, the scientists found cells in the boy’s heart with the same signature of mutations found in some brain neurons. Other lineages included cells from other organs.
Based on these results, the researchers pieced together a biography of the boy’s brain.
When he was just an embryonic ball in the womb, five lineages of cells had emerged, each with a distinct set of mutations. Cells from those lineages migrated in different directions, eventually helping to produce different organs — including the brain.

The cells that became the brain turned into neurons, but they did not all belong to the same family. Different lineages merged together. In essence, the boy’s brain was made of millions of mosaic clusters, each composed of tiny cellular cousins.

It’s hard to say what these mosaic neurons mean to our lives — what it means for each of us to have witches’ broom growing in our skulls. “We don’t know yet whether they have any effect on shaping our abilities or challenges,” said Dr. Walsh.

What we do know is that mosaicism introduces randomness into the development of our brains. Mutations, which arise at random, will form different patterns in different people. “The same zygote would never develop exactly the same way twice,” said Dr. Walsh.


Er waren eerder schattingen van 100 (somatische) mutaties per neuron. Walsh komt tot 200, maar er komen vast nieuwe en betere schattingen. Inderdaad (nog) geen idee wat die mutaties in neuronen doen, maar de ene mutatie is de andere niet (zie boven) en dit resultaat is op zich zonder meer al uiterst relevant voor elke hersen en cognitie-onderzoeker.

Keer raden wat mijn gambit is? ;-)

harryp said...

Gerdien (en Gert)
Klopt, het doet er niet toe wat Grafen over Dawkins denkt. Dawkins afserveren met de enkele kwalificatie ‘etholoog’ ook niet. En in die link die je me opgaf, werd hij expliciet genoemd.

Ik heb intussen een kopie van een paar van Grafens artikelen inclusief zijn laatste (2018) (waarin hij overigens naar Dawkins verwijst van wege diens ‘non-technische’ uitleg van de verwarrende term ‘fitness-maximisation’ Eerder (2015) noemde hij hem in een dankwoord.
Enfin, ik heb aan die gambit van Grafen alvast een mooie ‘moniker’ voor mijn déjà vu over die analogie:

the exact genetic architecture may reasonably be ignored in many circumstances when the form of a trait is the focus of biological study.

Precies zo probeert de psychometrie onze cognitieve architectuur ‘redelijkerwijs te negeren’- probeert die te beweren dat je die heel goed kunt negeren als het gaat om het het schatten van allerlei ‘latente variabelen’, - lees trekken- zoals die ene die in de wandeling IQ (of soms intelligentie) wordt genoemd: de BB van de psychometrie heet cognitieve architectuur, die van de pop gen genetic architecture.

Voor de psychometrie heeft de gambit tot nu toe weinig opgeleverd: voor het begrijpen van het ontstaan van verschillen in intelligentie, in de werking van intelligentie, ook in het ontstaan van verschillen in IQ score, etc. Ik beweer niet dat er geen verschillen bestáán in latente trekken zoals IQ, dat je die niet zou kunnen schátten, maar ik beweer dat die weinig inzicht hebben opgeleverd (en over het praktisch nut (van al die varianties en covarianties) kun je ook gerust twijfelen.

Verder beweer ik dat voor zover die modellen wél werken ze wel degelijk assumpties doen over hun black box. Voorbeeld: verschillende schattingen van de modelparameter ‘moeilijkheidsgraad” van een item. Een analogie?:

‘One conclusion is that, in a genetically homogenous population in demographic equilibrium, a rare allele whose heterozygote has a higher intrinsic rate of increase than the resident genotype will spread’. Grafen, 2014.

een ‘intrinsic rate of increase’ zit toch in de BB? En die er voor zorgt dat een zeldzaam allel zich zal verspreiden als de ‘rate’ ervan groter is dan die van X (‘resident genotype’).

Ik kan er verder niks over vinden, maar ‘resident genotype’, is dat is de rest, alle verdere dna, het hele genotype, hetro- of homozygote ? Zo ja, dan is de analogie groter dan ik al dacht.

Gerdien, de tekst wordt te lang. Maar alvast: het was me al bekend dat kippen en boeren tot verschillende populaties behoren. En: je gambit is me inmiddels wel duidelijk, Maar dat je verband suggereert dat Celf1 niet relevant is omdat je in de titel van het artikel niks over natuurlijke selectie ziet, vind ik, ehh, nogal verwarrend.

Seksuele selectie is een typfout, hoewel: het is de proxy voor kunstmatige selectie, teeltkeuze, hét onderwerp van de evolutiepsychologie (die zich ook wel ‘the new science of the mind’ noemt).

Zover ik me herinner heeft Price zelf ooit duidelijk gezegd dat zijn vergelijking een tautologie is.
Niks mis met tautologieën, niks mis met operationele definities. Ze geven, bijvoorbeeld ondubbelzinnig aan waar je moet kijken en hoe je moet tellen. En ze kloppen altijd, pd. Dus gelden ze voor motten, zelfs voor bacterieen, zie boven Monday, June 4, 2018 at 12:32:00 PM GMT+2 Maar ook voor vrijgezellen en voor presidentskandidatendie de verkiezingen winnen omdat ze de meeste stemmen haalden (behalve in de VS), voor atleten die de race winnen omdat ze het hardst lopen,etc etc. Ze gelden ook voor de klassieke operationele definitie van IQ: wie de meeste antwoorden goed heeft, haalt de hoogste score. En waarschijnlijk gelden ze ook voor hetrozygoten met een hogere intrinsic rate dan de rest.

harryp said...

gert gerdien

geen misverstand.
zelfs al is de analogie groter dan ik denk en werkt de gambit niet voor de psychologie,
wil dat niet zeggen dat die voor de evolutiebiologie niet zou kunnen werken

Grafen zal met zijn project het definitieve antwoord geven! Of wie weet, anderen. En weer op basis van andere assumpties. Zoals Nowak (met E.O. Wilson, die geen inclusive fitness in hum modellen hebben. Maar het kennelijk weer anders doen dan Charlesworth. Of wie weet, Kimura met zijn neutrale selectie voor wie selectie een stochastich proces is.= waarbij de overlevers, inderdaad overleven. Maar zijn model kijkt misschien weer niet goed in de BB?

Of, noem maar, Peter Schuster (leerling van M. Eigen, geen etholoog) die het houdt bij de klassieke definitie van fitness: meer nakomelingen, punt. de

We zullen zien.

Gerdien de Jong said...

Harry
" in de titel van het artikel niks over natuurlijke selectie ziet, vind ik, ehh, nogal verwarrend."
Niet alleen in de titel, maar in het hele artikel.

Zoals ik al eerder zei, elke regel algebra met een = teken is een formeel een tautologie. daarmee is 'survival of the fittest' nog geen goede biologie. Daarmee is de formele definite van fitness nog geen tautologie. Daaromee is natuurlijke selectie nog geen tautologie. Zoals ik op 26 mei zei: "Why trait and fitness have a covariance different from zero is a totally different question. It is this question that is far more central in biology. So if one shows the covariance between trait and fitness to be positive, there is nothing tautological in this experimental procedure."


"the exact genetic architecture may reasonably be ignored in many circumstances when the form of a trait is the focus of biological study." Duidelijk citaat, algemeen geldig voor selectie, en heeft, in tegenstelling tot IQ, veelopgeleverd.

Gerdien de Jong said...

Harry,
"een ‘intrinsic rate of increase’ zit toch in de BB? "
Nee. Ik heb geen idee hoe je daarop komt.

gert korthof said...

Who founded genetics?

Het standaard antwoord is: Gregor Mendel, William Bateson, Wilhelm Johannsen, Thomas Hunt Morgan.

Maar volgens historicus Theodore M. Porter in Genetics in the Madhouse: The Unknown History of Human Heredity (2018) liggen de grondslagen in gekkenhuizen (asylums). Met name: het verzamelen van data over alle mogelijke variabelen die geassocieerd zijn met mental illness.
Nadat psychiaters alle mogelijke oorzaken van insanity hadden geëlimineerd kwamen ze op de stambomen van de patiënten.

Heredity was “the one great cause … the cause of causes”, as French surgeon Ulysse Trélat proclaimed in 1856.

(dus nog voor 1900 de herontdekking van Mendel en zelfs nog voor de publicatie van Mendels hoofdwerk in 1866)

Als de oorzaak van mental illness genetisch is de 'therapie' onvermijdelijk eugenetisch.
Deze voorlopers van genetica worden door geschiedschrijvers genegeerd omdat die tak van erfelijkheidsleer ontaarde in eugenetica volgens de auteur.

Vandaag in Nature besproken.

gert korthof said...

Gerdien, zei "So if one shows the covariance between trait and fitness to be positive..."
mag dat ook negatief zijn, als een kenmerk onder negatieve selectie staat.?

https://en.wikipedia.org/wiki/Price_equation

gert korthof said...

Gerdien, e.a.

Jouw gastbijdrage 'EO: Valse Getuigenis' van Vrijdag, Juli 27, 2007 (en alles op evolutie.blog.com) is al jaren niet meer beschikbaar omdat provider achter evolutie.blog.com de stekker van het hele domein blog.com eruit getrokken heeft.
Echter vandaag vond ik in het Wayback Internet Archive toch nog een kopie:

https://web.archive.org/web/20070817150736/http://evolutie.blog.com:80/

doorbladeren naar 7 juli 2007 en daar zie je het.
De illustraties zijn kennelijk niet gearchiveerd.

Gelukkig is deze gedenkwaardige post niet voor het nageslacht verloren gegaan.
Precies de bedoeling van het Internet Archief...!

Gerdien de Jong said...

Gert,

O ja, mag negatief zijn, dan krijg je selectie voor een lagere kenmerkwaarde. Zoland de covariantie tussenkenmerkwaarde en fitness maar niet nul is, krijg je verandring in het oudergmiddelde na selectie, en verwacht je (als er een erferlijkheidsgraad groter dan nu is) een verandering in het gemiddelde van e volgnde generatie..

harryp said...

gerdien

de Gambit van Grafen is helemaal duidelijk

maar mijn vraag duidelijk niet: ik bedoel hoe strak hou je je gambit vol, in het geval van die 'intrinsic rate of increase'? Of is dit een van die 'circumstances' waar in de formulering van Grafen sprake van is, waar je wel in de zwarte doos mag kijken? Idem voor een parameter als bijvoorbeeld 'mutation rate'.





Gerdien de Jong said...

Harry,
"de Gambit van Grafen is helemaal duidelijk"
Begrijp je wat Grafen schrijft?

Je citaat
"‘One conclusion is that, in a genetically homogenous population in demographic equilibrium, a rare allele whose heterozygote has a higher intrinsic rate of increase than the resident genotype will spread’. Grafen, 2014. "
is uit een 2015,niet 2014, artikel, waarin het woord 'cricumstances' niet voorkomt. Dus je zult nu moeten zeggen waar je die "'circumstances' waar in de formulering van Grafen sprake van is" gvonden hebt, in welk artikel en in welke context.

gert korthof said...

Harry, losse flodder: als ik jou een beetje ken dan zul je dit interessant vinden, zgn 'net iets voor jou': "The theoretical physics community, she argues, is falling victim to group thinking and cognitive bias."
in een boekbespreking van de blogger/theoretical physicist Sabine Hossenfelder,
Lost in Math: How Beauty Leads Physics Astray, Sabine Hossenfelder, Basic Books, 2018. 304 pp.
Ze heeft er geen vrienden mee gemaakt onder haar collega's.

gert korthof said...

Ook in Science een bespreking van 'Genetics in the Madhouse' van Porter:
"Key early figures of eugenics such as Francis Galton, Karl Pearson, and Charles Davenport were not the precursors of a new science, he argues, but the inheritors of long-running medical-statistical tradition."
Een nieuw hoofdstuk toegevoegd aan de geschiendenis van de genetica ? en is dit 'vergeten' omdat het verbonden was met eugenetica ? of is dit hoofdstuk vergeten omdat het geen blijvende bijdrage heeft geleverd aan de genetica? dan zou het alleen van belang zijn voor historici?

harryp said...


gerdien

ik zal er een paar citaten tegenaan gooien om de gewenste duidelijkheid te krijgen"

1. ik vond die omschrijving van zijn gambit ergens op een van de websites van/over Grafen
zoals ik Monday, June 4, 2018 at 4:55:00 PM GMT+2 meldde

2. maar hier staat het letterlijk Grafen 2014, The formal darwinism project in outline:

“One major purpose of the formal darwinism project is to assist in showing that the exact genetic architecture may reasonably be ignored in many circumstances when the form of a trait is the focus of biological study. In 1984, I wrote" ....(in dat jaar kwam Grafen voor met zijn gambit. Overigens is het zeer interessant te lezen wat hij in 1984 schreef en wat hij daar nu over zegt. maar goed.)


3. verder: .... "I coined the term ‘Phenotypic Gambit’ for the research strategy of studying organisms in ignorance of the actual genetic architecture (sic) of the trait in question, and further as if the simplest architecture applied”

4. En ook: “The Phenotypic Gambit articulates the assumption that is usually made implicitly in this work, and the formal darwinism project aims to understand better why and how the gambit works when it does, and also to identify and understand those cases in which the gambit fails (sic)
DOI 10.1007/s10539-013-9414-y http://www.kokkonuts.org/wp-content/uploads/Grafen-2014.pdf

Je vraagt `Begrijp je wat Grafen schrijft?`

Ik denk het wel. Ik denk zelfs dat ik begrijp waarom Grafens gambit voor jou intussen geen assumptie meer is, maar een zekerheid.

Mijn vraag nogmaals: hebben we met die ‘zeldzame allel’ en zijn ‘intrinsic rate of increase’ misschien te maken met een van die circumstances waar bij de ´gambit fails, omdat er IN de BB gekeken moet worden?

trouwens of er nou wel of niet het woord circumstances bij staat, een gambit is en blijft een gambit- al lijk jij te denken van niet.

Sommige dingen die je boven beweerde verbazen me nog steeds.

harryp said...

ja gert,

ik volg Hossenfelder, ze is een facebook vriendin van me!

ik ben heel benieuwd of en dan vooral wat ze gaat schrijven tegen de laatste bijdrage van Dijkgraaf in Quanta, want ze schrijft vtt ook wel in dat blad.

Geen losse flodder: dat stuk van Zimmer in NYT dat ik voor je knipte en plakte vond je toch wel interessant? Ga je het boek kopen?

Gerdien de Jong said...

Harry,

Nog steeds niet wat nodig is.

Citaten van Grafen:
"I coined the term ‘Phenotypic Gambit’ for the research strategy of studying organisms in ignorance of the actual genetic architecture (sic) of the trait in question, and further as if the simplest architecture applied”
"The Phenotypic Gambit articulates the assumption that is usually made implicitly in this work
Let op dat 'usually': het is wat iedereen al tijden deed, dus hier staat er een naam voor.

"Ik denk zelfs dat ik begrijp waarom Grafens gambit voor jou intussen geen assumptie meer is, maar een zekerheid."
De vraag is of de strategie werkt, zie Grafen. Meestal wel dus, en je kunt dat ook aantonen. Ik zei niets over zekerheid, ik zei dat je eerdere citaat hierover duidelijk was. Jammer genoeg was het citaat niet duidelijk genoeg voor je.

"van die circumstances waar bij de ´gambit fails, omdat er IN de BB gekeken moet worden?"
Eindelijk waar die 'circumstances' vandaan komen.

Het gaat over (Grafen 2014):
"For the moment, we at least see that there is a very general
expectation of something close to fitness maximisation, which will convert into
fitness-maximisation unless there are particular kinds of circumstances—and
further, that fitness is the same quantity for all genetic architectures."
Dus wat Grafen zegt is dat fitness niet afhangt van de details van 'genetic architecture' (maar van kenmerkwaarde, hoe je ook genetisch op die kemerkwaarde komt, en milieu).

"... omdat er IN de BB gekeken moet worden?" Geen grond voor deze opmerking. Grafen zegt: "particular kinds of circumstances" niet specifiek iets over genen.
Grafen geeft geen voorbeelden waarbij maximalisatie van fitness niet opgaat. Harry weet duidelijk ook geen voorbeeld waarbij het noodzakelijk is om iets van de werkelijke genen en/of geninteracties te weten om te laten zien dat fitness maximalisatie niet opgaat. Dus de opmerking: "... omdat er IN de BB gekeken moet worden?", introduceert een merkwaardige veronderstelling.

Gerdien de Jong said...

Harry,
"Mijn vraag nogmaals: hebben we met die ‘zeldzame allel’ en zijn ‘intrinsic rate of increase’ misschien te maken met een van die circumstances waar bij de ´gambit fails, omdat er IN de BB gekeken moet worden?"
Nee. Er staat geen aanleiding in de tekst om dat te denken.

Verder geeft Grafen aan hoe fitness in een populatie tot stand komt. Gezien je begin opmerkingen over 'tautologie' is het vreemd dat je daar niet naar kijkt.

harryp said...

Gerdien

je zegt: “Let op dat 'usually': het is wat iedereen al tijden (impliciet?) deed, dus hier staat er een naam voor. “

Er staat´ususally made implicitly´ Vandaar mijn expliciete etiket de “Grafen Gambit’-


“De vraag is of de strategie werkt, zie Grafen. “ Daar hadden we het inderdaad over.

Jij zegt: `Meestal wel dus, en je kunt dat ook aantonen. Ik zei niets over zekerheid, ( werkt de strategie van de gambit) en je kunt dat ook aantonen. Ik zei niets over zekerheid.`

Welk citaat nou duidelijk was, maar kennelijk toch weer niet voor mij, is me nu onduidelijk.

Maar goed, over `Wat Grafen zegt dat fitness niet afhangt van de details van 'genetic architecture' daar hebben we denk ik nu wel genoeg citaten uitgewisseld

Inderdaad heb je letterlijk niks over zekerheid gezegd. Maar eerdere voorbeelden van mij wel heel zeker als niet relevant verklaard- en intussen zie ik een hoop genetisch onderzoek dat weliswaar volgens jou in deze discussie niet relevant is, dat wel is voor de ‘three kinds of players’ of the phenotypic gambit (waarbij de tweede inderdaad alle kanten op kan, bijv met speltheorie).

die quote van Jarrod Hadfield (with his permission) over ‘‘Barrett et al. dateert uit 2008. We zullen de resultaten van de experimenten van S. Paabo rustig afwachten en kijken of er wat assumpties zullen moeten worden bijgesteld, of, zien of Grafen iets toe te voegen heeft aan die resultaten.

Bijv, is het de vraag wat Grafens model af of toedoet aan het feit dat Ridleys hypotheses voor mensen op zijn zachtst gezegd anders uitpakken- of helemaal niet uitpakken. En: wat maakt het méér duidelijk over dat verschil dan wat we op voorhand nog niet wisten, sowieso al konden vertellen? ( cfr Darwins ´Law of Battle`).

Verder zie ik niet alleen alternatieve modellen (zie boven) maar ook directe kritiek op Grafen (o.a. Birch ´results fail to establish a biologically significant maximization´)

Ook over de ´possibly wider implications´ van Grafen en zijn punt van die agency performing optimal Bayesian updating´ is het laatste woord nog niet gezegd: van Fisher tot Bayes (en terug) dat is al een eindeloze discussie in de psychologie (in ieder geval sinds de 60-er jaren)

Dat je onderzoek kunt doen obv operationele (tautologische) definities, zelfs als het om populatieparameters gaat, hadden we al besproken. Ook met de nodige voorbeelden. In de klassieke testtheorie kun je IQ ook een populatieparameter noemen, en ´aangeven ´hoe die in een populatie tot stand komt´. (de moderne testtheorie probeerde daar nu juist vanaf te komen).

Toch nog maar even Grafen±
`Darwin did not concern himself with these details while establishing most of the general truths now known`. Most general inderdaad, maar daar hadden we het boven al over gehad- nav die paragraaf van Gert (dus we zijn nog steeds on topic Gert!)

Maar ook nog even een vraag:

over die ´(kenmerkwaarde, hoe je ook genetisch op die kemerkwaarde komt, en milieu)´ heb ik (nog’ weinig bij Grafen gelezen:

Bedoelde je zoiets als ´trait value´? daar kan ik des te meer over lezen bij bijv Barton et al https://doi.org/10.1016/j.tpb.2017.06.001 Maar die hebben het weer niet over Grafen, terwijl ze toch beginnen bij het begin, nl bij Francis Galton.

Gerdien de Jong said...

Harry

Waarover gaat dit allemaal, Harry? Heb je eigenlijk een gefundeerde mening over dit soort onderwerpen?

"Bijv, is het de vraag wat Grafens model af of toedoet aan het feit dat Ridleys hypotheses voor mensen op zijn zachtst gezegd anders uitpakken- of helemaal niet uitpakken."
" We zullen de resultaten van de experimenten van S. Paabo rustig afwachten en kijken of er wat assumpties zullen moeten worden bijgesteld, of, zien of Grafen iets toe te voegen heeft aan die resultaten. "
Dit is niet eens appels met peren vergelijken, dit is totaal ratjetoe.

"die quote van Jarrod Hadfield (with his permission) over ‘‘Barrett et al. dateert uit 2008. " Waar hoort dit bij? Welke quote? Waar?

"'three kinds of players’ of the phenotypic gambit (waarbij de tweede inderdaad alle kanten op kan, bijv met speltheorie). " Vertel eerst waarover dit gaat, want three kinds of players gaat niet over the phenotypic gambit, waaronder ik versta "the exact genetic architecture may reasonably be ignored in many circumstances when the form of a trait is the focus of biological study". In een speltheorie situatie met drie spelers werk je tegen een achtergrond van phenotypic gambit.

Birch (Biological Reviews 91 (2016) 712–727) geeft tussen de bedrijven door een van de 'circumstances' wanneer fitness maximalisatie niet werkt, zonder enige gevolgen voor het phenotypic gambit. Voor de rest heeft hij het over marginale verschillen veroorzaakt door verschillen in onderzoekstradities.

gert korthof said...

Dit kwam ik zojuist tegen:

Welch JJ (2017) What’s wrong with evolutionary biology? Biol Philos 32(2):263–279 (gratis)
Dit artikel betoogt dat er helemaal niets mis is met evolutionary biology zoals het nu is,

en als tegenreactie:

Johan Braeckman et al (2018) What’s wrong with the modern evolutionary synthesis? A critical reply to Welch (2017) Biology & Philosophy, August 2018, 33:23 Abstract.
Alleen Abstract is beschikbaar, artikel verschijnt in augustus nummer.
De groep van Braeckman meent: "We conclude with the suggestion that the modern synthesis should be amended, rather than replaced.".

Allemaal relevant voor dit blog en WDW website.

harryp said...

Gerdien

"Waarover gaat dit allemaal, Harry?" vraag je

wat ik al eerder zei: het enige wat me interesseert is wat de 'evolutionaire biologie' tot nu toe te zeggen heeft over de evolutie van de mens.

als jij dan bijvoorbeeld beweert dat er geen verschil is tussen de kleur van slakkenhuisjes en menselijk gedrag en menselijke kenmerken, wil ik wel eens weten waar je dat vandaan haalt. Bij de Grafen Gabit begrijp ik dus. Al begrijp ik er volgens jou weinig van- ik debk dat ik er veel van leer.

maar als ik dan vragen stel over 'kenmerkwaarde' krijg ik geen antwoord

en o ja die ratjetoe haalde ik uit Biol Philos (2014) 29:155–174
DOI 10.1007/s10539-013-9414-y
"It is helpful to keep in mind three kinds of players of the phenotypic gambit:"

de onderzoeken van S. Paaboo die ik al eerder noemde, horen tot speelveld 3: de comparers al onderzoekt hij dan geen slakkenhuizen en bijvoorbeeld variaties in spermagrootte bij bijen, maar allelenvariaties, variaties in allelfrequenties, bij chimps, neandertalers en Homo sapiens, en inderdaad, modelleert hij aanzienlijk minder dan dat hij experimenteert-

kun je vergelijken van appels en peren. De ene comparer is inderdaad de andere niet. Om het verschil duidelijk te maken, gaf ik ook dit voorbeeld.

die quote over Hadfield heb ik ook uit Grafen 2014. Hij dateert al uit 2008. zover ik kan overzien, laten de afgelopen 10 jaar zien dat, noem het maar even 'the genotypic gambit', aanzienlijk meer resultaten heeft opgeleverd - in ieder geval over de evolutie van de mens- dan wat ik toch maar de Grafen Gambit blijf noemen (epiteton ornans)

Dank voor de referenties.

Maar hoe zit het nou met die kenmerkwaarde?

Gerdien de Jong said...

Harry:
Aangezien je geen citaten wilt geven, je hebt het over deze drie 'spelers van het gambiet':
"It is helpful to keep in mind three kinds of players of the phenotypic gambit:
1. Field-worker. McGregor et al. (1981) studied song repertory size in male great tits in Wytham Wood in relation to their reproductive success.
2. Modeller. Maynard Smith and Price (1973) constructed a simple game theory model to investigate the natural selection of aggression and its limitation.
3. Comparer. Ridley (1983) used cross-species data to investigate the hypothesis that assortative mating for size evolved because (i) larger females are more fecund and (ii) larger males tend to win fights over the more fecund females.
These examples could be multiplied thousands-fold from the literature. The Field-Worker could nowadays obtain some empirical information about genetic architecture fairly easily, as discussed in Sect. 5, but is that necessary? The Modeller is dealing with no particular species, but wishes the results to apply widely. The Comparer’s whole exercise depends on the phenotypic gambit—if it really is necessary to do genetics, then a genetic exercise for each datapoint would be required: and then, it is hard to see what the value of the study is."

Dan zegt Harry: "Bijv, is het de vraag wat Grafens model af of toedoet aan het feit dat Ridleys hypotheses voor mensen op zijn zachtst gezegd anders uitpakken- of helemaal niet uitpakken." Dat slaat de plank volledig mis. Het heeft niets te maken met het feit dat vergelijkende studies van kenmerken en eigenschappen op fenotypisch niveau werken, en geen genetica nodig hebben.

Harry zegt ook " We zullen de resultaten van de experimenten van S. Paabo rustig afwachten en kijken of er wat assumpties zullen moeten worden bijgesteld, of, zien of Grafen iets toe te voegen heeft aan die resultaten. " Dat is alleen maar door elkaar halen van verschillende onderzoekslijnen. Naast de fenotypische waar Grafen het over heeft bestaat genetica. Genetica is leuk maar je moet niet denken dat het nodig is voor studie van selectie op eigenschappen. Onderzoek aan de moleculaire genetica van de snavelgrootte van darwinvinken is leuk op zichzelf, maar het vertelt je niets over selectie op snavelgroote en hoe die werkt. Bij selectie op snavelgrootte volstaat dat phenotypic gambit. Moleculair genetisch onderzoek naar lengte bij mensen kan ook, en vertelt je zelfs dat er selectie op lengte werkt. Niet hoe selectie op lengte werkt. Dus maak niet zo'n ratjetoe van allerlei onderzoek, maar weet te schiften wat waarop betrekking heeft. En geef aan waarover je het hebt.

Voor kenmerkwaarde: lees een leerboek als Freeman & Herron, Gert wou wel een vorig druk verkopen. Het heeft geen zin met recente literatuur op de proppen te komen als je het niet kunt lezen. Kenmerkwaarde is precies wat het woord zegt: vang een Darwinvink, kies een kenmerk (snaveldiepte), meet het kenmerk (9.25 mm).

"wat ik al eerder zei: het enige wat me interesseert is wat de 'evolutionaire biologie' tot nu toe te zeggen heeft over de evolutie van de mens. "
https://www.bol.com/nl/p/human-evolutionary-genetics/9200000010162244/

gert korthof said...

'Human Evolutionary Genetics' bij bol is duurder dan bij amazon. Bovendien heeft amazon tweede hands voor de halve prijs, zo te zien ook de 2e editie.

harryp said...

Gerdien

Ik wil ´geen citaten geven´? Zie boven. Maar het aantal tekens is hier beperkt, dus zuinig zijn. Vandaar de korte verwijzing naar ´ three kinds of players of the phenotypic gambit’’ als antwoord op jouw: "Waar hoort dit bij? Welke quote? Waar?”
Kon je het rustig zelf nalezen.

Herhaling van de hele tekst (inclusief mijn voorbeeld) voegt dus niks toe. Ook niet als argument dat ik de plank volledig mis zou slaan:

“Het heeft niets te maken met het feit dat vergelijkende studies van kenmerken en eigenschappen op fenotypisch niveau werken en geen genetica nodig hebben.`, zeg je. Paboo is een comparer, tenminste dat zegt hij zelf. En hij heeft het wel degelijk over fenotypische verschillen (zie boven)

De ene comparer is de andere niet. Blijkt ook als we dicht bij huis, het voorbeeld van Ridley blijven. Wat voegt het Grafen- Fisher/Price- model toe als we het over Precopulatory mate guarding (PCMG) ofwel ‘de precopula’ hebben bij ónze soort. Daar is ´mating´ toevallig NIET 'confined to a very short period of the female's reproductive cycle´. Daar gelden heel andere beperkingen en heel andere variaties.

Misschien zijn fenotypen bij mensen toch minder makkelijk te meten - waarmee de hele gambit- voor de hele psychologie zowat- in de lucht hangt. En is het misschien verstandig eens te gaan kijken of je kunt vinden hoe die kenmerken zo hebben kunnen ontstaan: zoals onze gekte, zie Paaboo boven


“Je probleem is dat je gedrag als een andere categorie dan bv huisjeskleur van slakken ziet.”, zei je.

Ik denk dat het probleem is dat jij het verschil niet ziet: `kies een kenmerk, meet het.`

Gelukkig heeft Grafen hier DOI: 10.1086/681585 ons zelf de nodige houvast: “Returning to the theorem [Fisher] under my suggested interpretation it is of great interest. If we consider the differences between humans and chimpanzees, the non-random differences in gene frequencies must all be due to natural selection."

Wat staat hier eigenlijk? Dit: ´If we thought species differences might be due to segregational differences, or to environmental differences, this result might be disappointing. But I am sure that the majority view is that we differ from chimpanzees because gene frequencies have changed, and that our differences in height, hairiness, gait and encephalization are down to changes in gene frequency, not to changes in segregation.´

´gene frequencies have changed'.

`Genetica is leuk maar je moet niet denken dat het nodig is voor studie van selectie op eigenschappen” zeg je. Over ´het door elkaar halen van verschillende onderzoekslijnen´ gesproken.

Als eerdere verwijzing naar Paaboo cs niet duidelijk genoeg voor je waren, kijk dan bijv eens naar het ARHGAP11B onderzoek van Florio et al 2017. Voordat we verder in discussie gaan over de vraag: Hoe veel of hoe weinig vertelt dat over het ´hoe´ en ´wat´ en ´dat´ van die 'gene frequency changes' ivm de evolutie, dan wel de 'natuurlijke selectie' van onze grote hersens?

Dank voor de referentie, maar ik had het boek van David Reich (2018) `Who we are and how we got here´, ´ancient dna en the new science of the past´ al boven op de stapel ´te lezen´ liggen.

En ja: 'vang een Darwinvink, kies een kenmerk (snaveldiepte), meet het kenmerk (9.25 mm)'.
Dan kun je inderdaad verschillen constateren (en modelleren).

Goed dat ik het nog eens na kan lezen in Freeman & Herron. Maar kunnen die ook verklaren waarom die snavel in dit geval zo (wonderbaarlijk) snél kon veranderen? Zie bijv doi:10.1186/s12862-017-1025-9

Gerdien de Jong said...

Harry,
Begin met 'Human Evolutionary Genetics' te lezen. je verhalen zijn typisch die van een grasduiner zonder ondergrond, dus begin eerst eens met een leerboek.

harryp said...

Gerdien

ik ken nog veel meer boeken die ik zou moeten lezen, niet alleen dat boek van Reich. Maar ik denk dat hij het mij minstens net zo goed uit kan leggen als die Human Evolutionary Genetics lui (afgezien van het feit dat het direct aansluit bij een van de centrale punten van Descent of Man, en nog zo een paar relevante dingen).

En als er een autoriteit is dan hij wel (Gerts criterium)

Dus graag een keer een beter argument dan mijn 'typische grasduinen'

Dat geldt overigens ook voor alle andere punten waarop je op de man speelt in plaats van inhoudelijk te reageren.

Ik heb ook een goede raad: lees eerst eens wat Fisher zélf allemaal zegt in zijn beroemde boek in de paragraaf over de gelijkenis van zijn theoreem en de thermodynamica. Dan zul je zien dat we het nog steeds over punt één van die gelijkenis hebben- althans van wat hij als overeenkomst ziet. Beginnen bij het begin, dat lijkt mij wat anders dan grasduinen (en, Gert, ook helemaal on topic).

Als je dat gelezen hebt, dan hoor ik graag wat voor 'typische grasduiner' ik volgens jou precies ben.

Er bestaat zoiets als de Wet van Godwin. Een variant daarop zou je de wet van het Darwinisme kunnen noemen: als je daar kritiek op hebt, krijg je vroeg of laat alleen nog ad hominem argumenten over je heen. Maar die van jou had ik nog niet op het lijstje. Die hou ik er in.

Intussen heb ik nauwelijks één inhoudelijk argument van je gehoord.

Vooral niet als het gaat om die enormiteit van je dat er geen verschil is tussen kleuren van slakkenhuizen en vinkenbekken etc en 'kenmerken" en 'kenmerkwaarden' bij mensen. Over welke kenmerken heb jij het in godsnaam? Lichaamslengte? Huidskleur? Pre- dan wel postcopulatoire praktijken? Bipedaliteit? IQ?, Taal? Of andere 'fitness signalen', dan wel 'kenmerken' die die evolutiepsychologen allemaal hebben bedacht? Dan kan ik je nog wel een paar aardige titels aanbevelen.

Noem me één kenmerk dat jouw bewering onderschrijft. Het hoeft niet eens zo typisch voor onze soort te zijn als die huisjeskleur voor slakken of die beklengte voor die darwinvinken, maar speel niet weer op de man.

gert korthof said...

Harry: "de wet van het Darwinisme kunnen noemen: als je daar kritiek op hebt, krijg je vroeg of laat alleen nog ad hominem argumenten over je heen."

Het zijn geen ad hominem argumenten. Afgezien daarvan, als het om kritiek op Darwinisme gaat, vond ik het gratis artikel What’s wrong with evolutionary biology? van John J. Welch, uiterst leerzaam, vermakelijk en tot tegenspraak aanleiding gevend.
Het is een hele zit, misschien 2 ochtenden als je het druk hebt, maar het is absoluut de moeite waard. Ik heb me al een decennium of zo beziggehouden met de critics of evolution, maar hier kan ik nog iets nieuws van leren. Niet dat ik het eens ben met zijn Conclusie.

gert korthof said...

De juiste link is:
https://link.springer.com/article/10.1007/s10539-016-9557-8

harryp said...

Gert

alleen die term 'grasduinen' gebruiken als enige antwoord op wat ik aan de orde stel, dat is een zuivere ad hominem: de term is denigrerend, en gata niet in op de inhoud.


Gerdien speelde hierboven al vaker op de man, serveerde me min of meer af met als enige argument dat dat ik appels en peren vergeleek: dat staat voor niet weten waar je het over hebt. Ik krijg geen antwoord op mijn vragen


Het artikel zelf zit achter een paywall/ tenminste ik ben er nog niet achter kunnen komen. Zelfs al is de helft van dit persbericht gehypet- zoals wel vaker het geval- dan ondersteunt het nog wat ik beweerde over Fisher. voor een recent voorbeeld zie: Wednesday, June 13, 2018 at 12:48:00 PM GMT+2

Ik heb veel geleerd; we hebben het hier niet over verschillende "onderzoekslijnen', niet eens over verschillende paradigma's, maar over verschillende dogma's

Haar opmerking
`Genetica is leuk maar je moet niet denken dat het nodig is voor studie van selectie op eigenschappen. Onderzoek aan de moleculaire genetica van de snavelgrootte van darwinvinken is leuk op zichzelf, maar het vertelt je niets over selectie op snavelgroote (sic) en hoe die werkt.`

vind ik ronduit een gotspe. Alsof ik het over snavelgrootte had!
Ik heb het over totaal andere dingen. Om nog maar eens een recent voorbeeld te geven: https://www.ru.nl/english/news-agenda/news/vm/radboud-institute-molecular-life-sciences/2018/shape-dna-helix-proves-important-its-sequence/

Enfin. Verder vermaak ik me hier uitstekend hoor en ik leer een hoop- al denkt Gerdien dat ik de verkeerde boeken lees.

Ik was overigens al in Welch begonnen, maar soms zijn er andere dingen.

pw

gert korthof said...

Harry omdat de post een maand oud was zijn de comments automatisch gemodereerd. Dat heeft je kennelijk in de war gebracht, vandaar de 4 bijna identieke comments. Kan ik de laatste 3 verwijderen?
ik zal moderatie uitzetten.

harryp said...

gert

ja natuurlijk, het is een beetje dubbelop zo!
(wat me in de war bracht was, dat mijn vorige posts niet werden gemodereerd, maar meteen geplaatst konden worden

gert korthof said...

Er heeft altijd gestaan: Comments to posts older than 30 days are being moderated (onder 'Leave your comment') dat was een anti-spam maatregel. Haal ik weg. Ondertussen was de Karo blog een maand oud. vandaar.
Harry, het zou pas een belediging zijn als we 'Evolution for dummies'! of: 'Evolution: A Very Short Introduction' zouden aanbevelen (hoe leuk en leerzaam ook)! Maar: Freeman & Herron is een goed en degelijk studie boek waarvoor niemand zich hoeft te schamen. Integendeel. Ik lees zoiets niet van A tot Z maar gebruik het als naslagwerk.

gert korthof said...

Harry, bedankt voor je link naar: The shape of the DNA helix proves to be as important as its sequence. Het is boeiend, ik zou wel een begrijpelijke maar wat uitgebreidere samenvatting willen lezen.
De vraag is alleen: waarom noem je het? hoe functioneert dit als argument voor of tegen wat?

Gerdien de Jong said...

Harry:
"het boek van David Reich (2018) `Who we are and how we got here´, ´ancient dna en the new science of the past´" (Tuesday, June 12, 2018 at 10:16:00 PM GMT+2)
" dat boek van Reich. Maar ik denk dat hij het mij minstens net zo goed uit kan leggen als die Human Evolutionary Genetics lui (afgezien van het feit dat het direct aansluit bij een van de centrale punten van Descent of Man, en nog zo een paar relevante dingen). "(Wednesday, June 13, 2018 at 12:48:00 PM GMT+2 )
"dat hij het mij minstens net zo goed uit kan leggen"
Wat is het? Slaat het op: "wat ik al eerder zei: het enige wat me interesseert is wat de 'evolutionaire biologie' tot nu toe te zeggen heeft over de evolutie van de mens. " (uit Monday, June 11, 2018 at 2:18:00 PM GMT+2 )? Daarna verwees ik naar Human Evolutionary Genetics, Jobling, Hollox en Hurles, 2013. Het boek van Reich vertelt je veel minder, en zeker niet wat 'evolutionaire biologie' te zeggen heeft over de evolutie van de mens. Het boek van Reich gaat niet over de evolutie van de mens, ondanks de titel 'Who we are and how we got here'. Dus, Harry, als lees om te beginnen een leerboek. Hoe leuk dat boek van Reich ook is, voor : " het enige wat me interesseert is wat de 'evolutionaire biologie' tot nu toe te zeggen heeft over de evolutie van de mens" ben je daar aan het verkeerde adres.

Gerdien de Jong said...

Harry:
"als jij dan bijvoorbeeld beweert dat er geen verschil is tussen de kleur van slakkenhuisjes en menselijk gedrag en menselijke kenmerken, wil ik wel eens weten waar je dat vandaan haalt." ??? Selectie op slakkenhuisjes en selectie op menselijke kenmerken werkt identiek. Waar ik dat vandaan haal? Dit soort studies bijvoorbeeld:
Mathieson et al, 2016. Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians. Nature 528: 500
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/10/10/016477.full.pdf

Gerdien de Jong said...

Harry
Thursday, May 31, 2018 at 11:02:00 AM GMT+2 over ogen en zien
(1)"Mijn commentaar wordt te lang: maar evolutionaire verhalen over, pakweg het schoolvoorbeeld het oog, maken helemaal niets duidelijk over de functie zien, vision. Ze vooronderstellen juist het bestáán van die functie om een verhaal over het ontstaan van een orgaan te kunnen vertellen. Dat is een typische omkering van zaken. "
(2) "Los van al die organen, zijn fotonen overal het zelfde, al miljarden jaren, en zijn er eiwitten die ze om kunnen zetten in energie, en heb je eiwitten die lichtgolven omzetten in, ja, in pulsen van electronen , zeg informatie. Dat verschil zal ons iets kunnen vertellen over de functie zien. Je kunt de functie van vliegen niet achterhalen door de evolutie van veren te bestuderen."
Het tweede punt van Harry, dat fotonen ingevangen worden en omgezet in zenuwpulsen, geeft je het mechanisme van zien. Nu kun je verschillende zaken bestuderen: (a) het ontstaan van het mechanisme dat fotonen invangt, omzet in zenuwpulsen en van de schakelingen die iets functioneels van die zenuwpulsen maken, of (b) het ontstaan en uitwerken van organen die gespecialiseert zijn op het invangen van fotonen. Het heeft geen zin te klagen dat (a) eerst moet voor je met (b) begint.

Gerdien de Jong said...

Harry,
Tuesday, June 12, 2018 at 10:16:00 PM GMT+2
"snavel in dit geval zo (wonderbaarlijk) snél kon veranderen? Zie bijv doi:10.1186/s12862-017-1025-9"
doi:10.1186/s12862-017-1025-9 is McNew et al. BMC Evolutionary Biology (2017) 17:183, ' Epigenetic variation between urban and rural populations of Darwin’s finches'. Er is verschil tussen landelijke en stadspopulaties in methylering bij de vink Geospiza fortis, maar niet bij Geospiza fuliginosa. G. fortis vogels zijn groter in de stad, en de stad is er hoogstens 60 jaar. Er is in het artikel geen bewijs dat grootte en DNA methylering samenhangen.
Het verschil tussen stad en land in snaveldiepte van G. fortis : land 11.48 ± 0.06, stad 11.98 ± 0.09** (tabel 1). Bij een standaarddeviatie van 0.05 is dat 10 standaarddeviaties verschil. De erfelijkheidsgraad is 0.75 (staat aangehaald in dit artikel). Dus als je bv een selectieverschil van 0.0100 mm (1/5 standaarddeviatie) zou hebben in een generatie, krijg je 0.0075 mm selectierespons., per generatie, en doe je 0.5/0.0075 = 66 generaties over het verschil tussen stad en land.
Wat is er 'zo (wonderbaarlijk) snél' aan? Een selectieverschil van 1/5 standaarddeviatie is niet erg sterk. Of die DNA methylering wel of niet te maken heeft met de verandering in snavelgrootte of niet doet er voor je selectie niet toe.

Gerdien de Jong said...

Harry
Tuesday, June 12, 2018 at 10:16:00 PM GMT+2
""Genetica is leuk maar je moet niet denken dat het nodig is voor studie van selectie op eigenschappen” zeg je. Over ´het door elkaar halen van verschillende onderzoekslijnen´ gesproken."
Het probleem hier is dat je niet door hebt dat selectie nooit direct op genen kan werken. Zie je aanhalen van het onderzoek van Florio – ondanks alle lippendienst aan evolutie in die artikelen, er is niet duidelijk was de genen doen en het is zeker niet duidelijk hoe dat in verband zou staan met selectie waar dan ook op.

Gerdien de Jong said...

Harry
Friday, June 15, 2018 at 8:49:00 PM GMT+2
"Haar opmerking
`Genetica is leuk maar je moet niet denken dat het nodig is voor studie van selectie op eigenschappen. Onderzoek aan de moleculaire genetica van de snavelgrootte van darwinvinken is leuk op zichzelf, maar het vertelt je niets over selectie op snavelgroote (sic) en hoe die werkt.` .... vind ik ronduit een gotspe. Alsof ik het over snavelgrootte had!
Ik heb het over totaal andere dingen. Om nog maar eens een recent voorbeeld te geven: https://www.ru.nl/english/news-agenda/news/vm/radboud-institute-molecular-life-sciences/2018/shape-dna-helix-proves-important-its-sequence/"
Artikel eindigt: "These findings open a new angle on cancer biology, cellular reprogramming and stem cell biology, wherein Polycomb-mediated regulation is known to be important."
Niet over natuurlijke selectie, eigenschappen van individuen, fitness. Wat Polycomb-mediated regulation ook mag doen, je hebt het niet nodig voor selectie op eigenschappen. Het verband tussen deze verwijzing en het voorafgaande is zoek.

gert korthof said...

Gerdien, "The shape of the DNA helix proves to be as important as its sequence".
wat ik wel intrigerend vind dat ze een eiwit-DNA binding hebben gevonden die niet sequence specifiek is: Gert Jan Veenstra: "the DNA-binding protein does not bind to a specific sequence in the DNA"
https://phys.org/news/2018-05-dna-helix-important-sequence.html
Als het niet sequence specifiek bindt dan kan het overal op ieder chromosoom binden: hoe kan het dan nog speficieke genen aan of uitzetten?

Gerdien de Jong said...

Geet
Hoe het speficieke genen aan of uit zou kunnen zetten? Mijn idee gaat niet verder dan het onderschrift onder de video:
'The Polycomb protein binds to the DNA helix via the MTF2 protein to switch off specific genes. MTF2 only recognises the binding spot on the DNA if the helix is in a relatively unwound state.' Dus de basevolgorde is wel van belang, maar kan pas gezien worden als het DNA wat losser zit. Ik heb niet het minste idee waarom Harry dit op enige manier hier in deze discussie relevant vindt. Het kan natuurlijk zijn dat Harry alle moleculaire werk so wie so leuk vindt.

gert korthof said...

Gerdien, maar dan wordt het probleem toch verplaatst van sequence naar WELK stuk DNA moet unwinden?

Gerdien de Jong said...

Gert,
Ja, weet ik ook niet. Straks heb je iets dat random DNA strengen wat losser werkt, zodat alle stukken sequentie wel eens losser worden gemaakt. Ik weet ook niet hoe lang het stuk losse DNA zou zijn.

harryp said...

Gert

"De vraag is alleen: waarom noem je het? hoe functioneert dit als argument voor of tegen wat?"

al de hele tijd hebben we het over Grafen cs en dit soort onderzoek laat zien waar je blijft met je fenotypische gambit: dan ga je uit van een uiterst simpel idee van de genoom architectuur. Fisher zelf gaf dat al min of meer toe, en zette een aantal vooronderstellingen van zijn gambit op papier (in 1930).

Overigens moet je je bij dit soort onderzoek realiseren dat dit nog maar het begin is. Niettemin maakte Job Dekkers er al een paar jaar geleden een fraai aforisme over dat het punt goed samenvat: 'nothing in genomics makes sense except in 3D'

Ik denk dat het onderzoek naar de genoom architectuur - zoals bijv door het Broad Instituut- nu al meer heeft opgeleverd dan alle pop gen modellen bij mekaar. En iet alleen als het om het begrijpen van selectie gaat.

Gerdien de Jong said...

Harry
"Deze discussie speelde al op de Wistar conferentie (1967) tussen Schutzenberger en Lewontin
Leerzame stof, vooral omdat Lewontin totaal niet begreep wat het punt van Schutzenberger was, en maar voorbeeldjes bleef geven. Ik geloof je wel, riep S uiteindelijk wanhopig, maar dat is mijn punt juist: het zijn maar voorbeeldjes. Waar is je theorie, waar zijn je first principles? " Thursday, May 31, 2018 at 12:28:00 PM GMT+2
Hoe komt iemand erop een obscure conferentie 50 jaar geleden aan te halen? Laat staan dat dat nu nog enige relevantie zou hebben.
Schutzenberger, Wistar
The Complete Works of Marcel-Paul Schützenberger: Complete Works http://www-igm.univ-mlv.fr/~berstel/Mps/index.html
http://scienceblogs.com/evolutionblog/2006/07/15/are-mathematicians-qualified-t-1/
Daaruit: "Schutzenberger, meanwhile, relied on bad analogies of genes to computer programs, and seemed concerned that biologists had no clear explanation for how genes become organisms. The biologists were rightly unimpressed with this argument as well."
https://pandasthumb.org/archives/2008/02/id-intelligent.html
Daaruit: "This is a reference to an obscure 1966 Wistar Institute symposium which became famous … for allegedly being the place where mathematicians demonstrated the unworkability of evolution by natural selection. If one actually reads the conference transcript, one realizes that what really happened was that approximately two befuddled math/computer science people, Murray Eden and Marcel-Paul Schützenberger … , were schooled in basic population genetics & evolutionary theory by the likes of Ernst Mayr and Sewall Wright.."

Ik denk dat kunstmatige intelligentie een eind gemaakt heeft aan het idee van Schutzenberger.
https://en.wikipedia.org/wiki/Evolutionary_algorithm
https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_algorithm
https://nl.wikipedia.org/wiki/Genetisch_algoritme

Gerdien de Jong said...


Harry Monday, June 18, 2018 at 2:21:00 PM GMT+2

"Ik denk dat het onderzoek naar de genoom architectuur - zoals bijv door het Broad Instituut- nu al meer heeft opgeleverd dan alle pop gen modellen bij mekaar. En iet alleen als het om het begrijpen van selectie gaat."

Zonder voorbeelden. Onderzoek naar genoomarchitectuur heeft veel opgeleverd, ook plekken in het genoom waar sporen van selectie te zien zijn, maar het vertelt je totaal niets als je selectie wilt begrijpen.

'nothing in genomics makes sense except in 3D' OK. So what?

harryp said...

Gerdien

"Het boek van Reich gaat niet over de evolutie van de mens, ondanks de titel"

Heb jij het al gelezen dan?

En zoals ik al zei, Reichs boek raakt direct aan een van de belangrijkste punten die Darwin in Descent of Man aan wil pakken: de kwestie van zogenaamde, of vermeende raciale verschillen. Hoe ik dat weet, zonder het nog gelezen te hebben? Van Reichs eigen bespreking en de daarop volgende discussie. En ja, Reich pakt het punt dat als geneticus natuurlijk heel anders dan Darwin. Heel leerzaam voor mij. Denk ik.

Verder: er zijn te veel boeken, de leesachterstand wordt elke dag groter- bij wie niet? Dus je moet kiezen- wie niet? Maar wie weet, heb ik straks meer tijd. Human Evolutionary Genetics- dat is elke dag wel nieuws.

Gerdien de Jong said...


Harry,

Monday, June 18, 2018 at 2:33:00 PM GMT+2

""Het boek van Reich gaat niet over de evolutie van de mens, ondanks de titel"

Heb jij het al gelezen dan? "
Ja

harryp said...

Gerdien,

zoals ik er al een paar noemde, zijn er allerlei menselijke 'kenmerken' die vergelijkbaar zijn met de kleur van slakkenhuizen. Bijvoorbeeld huidskleur. Of lengte etc.

Maar we hadden het over kenmerken en gedrag. Zoals bijvoorbeeld migratie of landbouw.

Grappig dat je onderzoek van de groep van Reich nu als voorbeeld geeft. Maar ik kende het al. Overigens hebben ze al weer een paar nieuwe onderzoeken gepubliceerd. Bijv DOI: 10.1038/nature25778 Interessant om de genomic history van de mens te reconstrueren. Heb ik soms iets anders beweerd?

Er zijn diverse andere voorbeelden: onderlinge oorlogen hebben ook voor drastische natuurlijke selectie gezorgd - in sommige lijnen is het y-chromosoom -
letterlijk- uitgeroeid.

allemaal vergelijkbaar met zoiets als slakkenhuisjes? We hadden het toen over gedrag, weet je nog? En over cirkels: Om een lang verhaal kort te maken: maakten die landbouwers - en vechtende voorvaders- soms ook geen deel uit van hun eigen populatie- tot ze er bij neervielen uiteraard- zoals die kippenboer niet bij de van zijn populatie kippen hoorde?

We hadden het over fenotypen toch, dus met name over typisch menselijke kenmerken én gedrag-zoals bijvoorbeeld taalvermogen.

Het was al een punt van discussie tussen Darwin en Wallace en Gregg.








harryp said...

Gerdien

"Het heeft geen zin te klagen dat (a) eerst moet voor je met (b) begint."

Mijn punt was dat je die twee niet moet verwarren. Of nog erger: dat je een mogelijk scenario over de evolutie van een orgaan, zoals het oog, niet moet verkopen als een verklaring voor zijn functie.

(of in dezelfde lijn: bijvoorbeeld het bestaan van trichomasie verklaart vanuit zoiets als de rode bessen in het groen: een scenario dat sowieso niks verklaart: waarom ziet die mantis shrimp 12 kleuren en hebben wij wel een gen voor infrarood, maar staat dat uit?)

Overigens gaat het verklaren van een functie als zien(van alle zintuigen) verder dan je misschien zelf denkt- en is het ook een stuk moeilijker. Zie bijv het essay van Schroedinger On the mystery of sensual qualities"(hij was een van de eersten in zijn vak die het probleem aan de orde stelde) .


harryp said...

Gerdien

Wat is er 'zo (wonderbaarlijk) snél' aan?

Dat zeggen de biologen zelf. En zover ik me kan herinneren, verbaasde Darwin zich daar ook al over. Er zijn bijv snavels van vogels die minder snel veranderen- en sommige snavels helemaal niet, al veranderen de omstandigheden- het zaad oid.

Overigens noemde ik dit artikel omdat het voorkwam in een verhaal over die vinken: daar raken biologen maar niet over uitgepraat. En dit onderzoeksresultaat droeg daar aan bij, het was nogal controversieel. Nl. dat zij methylering als verklaring aanvoerden.

'Een selectieverschil van 1/5 standaarddeviatie is niet erg sterk." Dat kan ik niet beoordelen, ik ben geen bioloog.

harryp said...

Gerdien

over dat onderzoek van Florio:

"er is niet duidelijk was de genen doen en het is zeker niet duidelijk hoe dat in verband zou staan met selectie waar dan ook op."

We hebben het toch wel over hetzelfde onderzoek? Ik Ik bedoel hun laatste, waarin ze die C -> G subsitutie ook testen op muizen en laten zien hoe die progenitor amplification promoot en betrokken is bij neocortex expansie.


in 2018 doen ze iets vergelijkbaars met NOTCH2NL. https://doi.org/10.7554/eLife.32332.001 Korte samenvatting van de samenvatting: Our study thus provides a resource of genes that are candidates to exert specific roles in the development and evolution of the primate, and notably human, neocortex.

Ik snap jouw kritiek niet.


harryp said...

Gerdien

"Wat Polycomb-mediated regulation ook mag doen, je hebt het niet nodig voor selectie op eigenschappen. Het verband tussen deze verwijzing en het voorafgaande is zoek."

De vraag is hoe ver/lang de fenotypische gambit vol te houden is, wanneer nieuwe inzichten in de werking van de architeuur van het genoom Grafen cs noodzaken assumpties in hun model bij te stellen. Dat dat voor de nieuwe resultaten van Polycomb-mediated regulatie nog niet hoeft, wil ik graag van je geloven, maar of dat ook geldt voor die 4D structuur, de rol van de tijd (zie bijv https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.024 DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.035) is nog maar de vraag. En ik denk dat dit soort resultaten nog maar het begin zijn. Dan zul je ook nieuwe modellen nodig hebben. Een voorbeeld is het Blue Brain project van de EU (Markram)- en die hebben het ook over dynamische netwerken. Daar hebben we het hier toch ook over- of toch nog steeds bean bags?

Gerdien de Jong said...

Harry,
besef je echt het verschil tussen kenmerken en selectie op kenmerken niet?

"'Wat is er 'zo (wonderbaarlijk) snél' aan?' Dat zeggen de biologen zelf"
Moleculair biologen snappen dit soort dingen nooit, ze doen hun sommen niet (ze weten niet hoe dat moet, vandaar al die heisa over methylering). Met gematigde selectie is het verschil in snaveldiepte tussen twee soorten Darwinvinken een 20 generaties. Uit te rekenen sinds de erfelijkheidsgraden gepubliceerd zijn een jaar of veertig geleden. ´Dat zeggen de biologen zelf´ ontslaat je niet van narekenen.

"We hadden het over fenotypen toch, dus met name over typisch menselijke kenmerken én gedrag-zoals bijvoorbeeld taalvermogen." Dan heb je het over een vergelijkbare situatie als natuurlijke selectie in een wilde kippenpopulatie, niet over een kippenboer die in zijn kippen selecteert. Dus of je haalt de zaken bewust door elkaar of je begrijpt niet wat vergelijkbaar is.

"Maar we hadden het over kenmerken en gedrag. Zoals bijvoorbeeld migratie of landbouw." Sinds wanneer zijn migratie en landbouw een kenmerk?


""Het heeft geen zin te klagen dat (a) eerst moet voor je met (b) begint."
Mijn punt was dat je die twee niet moet verwarren."
Zonder te laten zien dat zo'n verwarring werkelijk gebeurt. Nu komt Schroedinger weer langs. Iedere keer als weer langs. Iedere keer komt Harry met een nieuw verhaal, nooit met onderbouwing van zijn vorige verhalen.

"... Reichs boek raakt direct aan een van de belangrijkste punten die Darwin in Descent of Man aan wil pakken: de kwestie van zogenaamde, of vermeende raciale verschillen. Hoe ik dat weet, zonder het nog gelezen te hebben? Van Reichs eigen bespreking en de daarop volgende discussie."

Wat betreft Reich, niet zozeer een discussie over wat men 150 jaar geleden dacht (wat kan je dat schelen?) maar wat men nu denkt. Zie de comments onder http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-5358699/First-Brit-dark-skinned-blue-eyed.html

Gerdien de Jong said...

Gert, Harry
Ik ga met vakantie voor een paar weken.

Gerdien de Jong said...

harry
"toch nog steeds bean bags?"
Ik heb het nooit over 'bean bags genetics'.

harryp said...

Gerdien

kort antwoord op je suggestie van Monday, June 18, 2018 at 11:11:00 AM GMT+2

ik kom tot nu toe de meest interessante verhalen tegen bij moleculaire genetici en niet bij populatie-genetici. Maar ik ben bevooroordeeld, o.a. door critici als Woese - en door mijn eigen achtergrond met psychometrie- van operationele definities en statistische modellen.

En ja, mijn grasduinen is alles behalve een random walk/steekproef, het is niet eens een levi-flight.

Ik denk intussen dat we hier met grotere verschillen te maken hebben dan met wat jij 'verschillende onderzoekslijnen' noemde.- al ken ik ook onderzoekers die die lijnen juist willen combineren- en ja, waarom ook niet?

harryp said...

Gerdien

“It will be noticed that the fundamental theorem proved above bears some remarkable resemblances to the second law of thermodynamics. Both are properties of populations, or aggregates, true irrespective of the nature of the units which compose them; both are statistical laws; each requires the constant increase of a measurable quantity, in the one case the entropy of a physical system and in the other the fitness, measured by m, of a biological population'

Fisher.

ja, want het idee is dat een genoom zou lijken op een kamer vol moleculen, een kopje koffie dat langzaam koud wordt, of een ander aggregaat 'irrespective the nature of the units' zoals een zak knikkers of bonen, bijvoorbeeld.

De essentie van het idee van Boltzmann werd al door Maxwell gezien: je kunt een kans distributie aannemen, dus snelheden middelen, want die moleculen bewegen allemaal in verschillende snelheden. Maxwell vertelt in een lezing niet geheel zonder trots dat iemand snelheden van afzonderlijke moleculen heeft uit weten te rekenen.

Deze eerste assumptie-gelijkenis/die Fisher noemt, staat zwaar op de tocht door recent onderzoek.

harryp said...

Gerdien

prettige vakantie
ik ga over een maand of zo pas
en heb genoeg huiswerk van je opgekregen!

harryp said...

ps
verder geen tijd in te gaan op je andere opmerkingem
maar bedankt voor de link

gert korthof said...

Gerdien, prettige vakantie!

Harry: Fisher quote "“It will be noticed that...": interessant voor Karo! maar je moet verder lezen:

...for the present we should note that the laws as they stand present profound differences...
en dan geeft hij 4 verschillen!
https://www.goodreads.com/quotes/1046170-it-will-be-noticed-that-the-fundamental-theorem-proved-above

harryp said...

Gert (en Gerdien, indien nog niet op vakantie)

Gert, het is steeds weer hetzelfde liedje:
alsof ik niet verder heb gelezen en alsof ik die verschillen niet gezien zou hebben, als ik er niet door jou op was gewezen!

maar misschien moet ik explicieter zijn, moet ik alles helemaal uitspellen:

ondanks het feit dat F die vier verschillen noemt, houdt niet alleen hijzelf, maar de hele pop gen tot nu toe, inclusief Grafen cs met hun veralgemeniseerde Fisher Price theoremen, vast aan dit ´model`.

Ik weet niks van genetica, maar ik weet wel dat het heel iets anders is dan een warm dan wel koud gas, of een kopje koffie.

En ik zal je nog wat spannends vertellen- ik haal er weer heel iets anders bij:

uit allerlei rekenwerk en binnenkort ook te publiceren experimenteerwerk - fysici plegen hun wetenschap goed voor te bereiden- wordt het steeds duidelijker dat Boltzmann op Quantum niveau mogelijk niet op gaat. En belangrijker: Landauer´s principe ook niet.

Karo had daar al op kunnen wijzen want de eerste artikelen hier dateren al van 2010, minstens van 2012. (Herstel, de eerste keer dat ik er over las was in 2006- en ja, vergeet Maxwell en zijn demon natuurlijk niet)

Hoe het ook uitpakt, Quantum informatie is nog maar een beginnend onderzoeksgebied, we moeten voorzichtig zijn met die tweede wet. Zeker om die zomaar te veralgemeniseren naar de biologie.

Fisher wist dat al, niettemin eindigde hij als overtuigd sociaal darwinist en eugeneticus.

Ik zeg het er nog maar even expliciet bij: dat is geen argument tégen zijn model en zijn statistiek- daar heeft hij zelf al de nodige argumenten tegen geleverd. En recent genetisch onderzoek doet er nog een paar schepjes bovenop.

Ik begrijp dat Gerdien weg is, maar misschien ben ik nog net op tijd.

Hier gaan we weer: je suggereert aan alle kanten dat ik het mis heb/ niet helemaal wel bij m'n verstand, maar dus weer: zonder verder iets uit te leggen en alleen door je standpunten die we al kenden, te herhalen.

`besef je echt het verschil tussen kenmerken en selectie op kenmerken niet?` vraag je.

Ik zou zeggen, lees het onderzoek van Florio cs nou eens goed: het gaat over de evolutie van onze grote neo-neocortex (is dat geen ´kenmerk ?) en over de mutaties die te maken hebben met dat verschil - vergeleken met apen en alle andere zoogdieren. Omdat je niet op apen kunt experimenteren hebben ze de gevolgen van onze mutatie op muizen getest. Heeft dat niks met selectie en met kenmerken te maken? Of bedoel je dat het niet gaat over standaardafwijkingen of zo?


`Dus of je haalt de zaken bewust door elkaar of je begrijpt niet wat vergelijkbaar is´. zeg je. Intussen vergelijk jij een cruciale fase in onze evolutie met ´natuurlijke selectie in een wilde kippenpopulatie´. Benieuwd wat je hier nou precies met wat vergelijkt.

Natuurlijk kun je evolutie beschrijven in termen van differentiële reproductie: en als die op dezelfde manier geldt voor kippen en mensen, kun je me vast wel uitleggen dat er géén verschil is in dit geval- afgezien dan van die mutaties natuurlijk die wel het verschil maakten. Of ga je alle verschillen ontkennen? (ik ken biologen die ooit zover gingen)



harryp said...

ps

Vraag voor Gert

jij hebt het boek van Karo gelezen. Heeft hij het over het Landauer principe? Noemt ie Landauer en Bennett ueberhaupt? Zegt ie iets over quantum informatie?


gert korthof said...

Harry, PS: ik heb het boek van Karo ergens opgeborgen, op een stapel, ergens op een boekenplank, ergens op zolder, maar kan het even niet meer traceren. Sinds ik herhaaldelijk boeken niet meer kan vinden waarvan ik zeker weet dat ik ze heb, ben ik gestopt met het kopen van papieren boeken. Alleen nog ebooks. Die van Karo was een uitzondering, en die kan ik dus niet vinden.

harryp said...

gert

volgens amazon look inside noemt hij alleen ene Bennett, maar dat is een ander dan Charles.

dus het antwoord op deze vraag van mij is wel duidelijk

nu de antwoorden op mijn andere vragen nog, al heb ik - denk ik- sowieso al veel geleerd


gert korthof said...

Harry, ik wil mijn blog over Welch JJ (2017) What’s wrong with evolutionary biology?
afmaken. Het is lastig, en ligt al een paar dagen stil. Ik wil het eerst afmaken want ik ben al halverwege... en anders komt het nooit af.

Harry, wil je als je in het vervolg een citaat geeft, er wat zorgvuldiger mee omgaan? Als het reclame was had ik bij de reclamecode commissie een klacht ingediend wegens misleidende reclame...
Je hebt niet aangetoond gemaakt dat Grafen cs zich 'vast aan dit ´model`.' Hoeft niet van mij, maar ik vind het een slordige werkwijze.

gert korthof said...

Harry zei "Populatie genetica? de moleculaire genetica is interessant genoeg!"
Ik heb de indruk dat er op het gebied van moleculaire genetica constant fascinerende nieuwe ontdekkingen gedaan worden. En waar zijn de revolutionaire ontdekkingen op het gebied van populatiegenetica? mischien ken ik ze niet.
bijv.
the researchers found that the regenerative cells can be distinguished by high expression of a gene called tspan-1. Gaat over Planaria flatworm bekend om zijn regeneratief vermogen.

Belangrijkse argument: mutatie is de motor van evolutie, selectie komt daarna.

gert korthof said...

Verrassende ontdekking: de complete tekst van het recent verschenen boek 'Genomics: A Very Short Introduction' van John Archibald (2018) is leesbaar op de website:

http://www.veryshortintroductions.com/view/10.1093/actrade/9780198786207.001.0001/actrade-9780198786207

Dit moet een fout zijn want bij ieder hoofdstuk staat het versleuteld symbool in rood.
Vraag niet hoe het kan, maar profiteer ervan!
Het zal tijdelijk zijn neem ik aan, dus je kunt in ieder geval de inhoud van het boek bekijken en interessante delen gaan lezen. Zo lang het duurt. OP=OP!

NB: Ik had net gisteren de papieren versie van het boek besteld!

gert korthof said...

Sorry: het is nu al weer verdwenen! Eerst dacht ik dat het kwam omdat ik ingelogd was in het universiteit systeem, maar nu zie ik alleen de Abstracts van ieder hoofdstuk, zoals de afgelopen dagen te zien was.
Het was dus een zeer tijdelijk iets. De programmeur was bezig aan het testen?
Overigens geven de Abstracts een goed overzicht van ieder hoofdstuk.

harryp said...

Gert
ik moedig je aan!, maak svp af, hoe moeilijk ook! We leren er allebei van. Ik nog het meest! ;-)

"Je hebt niet aangetoond gemaakt dat Grafen cs zich 'vast aan dit ´model`.' Hoeft niet van mij, maar ik vind het een slordige werkwijze."zeg je.

Grafen zegt in elk artikel zowat expliciet dat het hem gaat om een verdere veralgemenisering van Fisher Price. Misschien had ik dat expliciet moeten herhalen toen ik mijn bewering deed.

Ik zeg het er nog maar eens expliciet bij: natuurlijk kun je aggregaten van genomen (populaties) beschrijven als een gas. Natuurlijk zijn kenmerken in een populatie normaalverdeeld - als je maar genoeg observaties hebt naderen ze een perfecte fit- en natuurlijk zijn die kenmerken (stochastisch) onafhankelijk- bijv. de lichaamslengte van het ene exemplaar correleert niet met die van een ander (hoewel: Kleiber!)- en nog zo wat van die dingen. Dus kun je vooruit met je statistiek a la Fisher Price
En: met je gambit. In een populatie zijn allelen ook onafhankelijk en heb je er ook een heleboel (cfr Fishers infinitesimaal model). Allemaal waar, je kunt evolutie beschrijven als differentiële reproductie, maar begrijp je dan hóe evolutie werkt, kom je ooit verder dan associaties tussen dna sequenties en kenmerken, verder dan geno-fenotype mappings?

Misschien zie ik het verkeerd, maar dát vraag ik me dus af.
En je voorbeeld versterkt mijn vraag ook alleen maar: Je citeert: "the researchers found that the regenerative cells can be distinguished by high expression of a gene called tspan-1. "

Ik had het gezien. Voor mij is dat mol gen. Doen modelbouwers als Grafen dan onderzoek naar gen-expressie in stamcellen??

Neem nog even mijn sneer over bacteriën (zie boven): niet de pop gen maar de mol gen bestudeert bijv hoe vaak HGT daar voorkomt en hoe die werkt. Bijv via "rules" [that] are governed by architecture imparting sequences (AIMS), which are in all bacterial chromosomes.

Maar hét voorbeeld is natuurlijk de ontdekking van CRISPR en de vraag hoe bacteriën dat kunstje hebben kunnen flikken. Ik zie niet hoe pop gen daar ooit antwoord op zal kunnen geven - dus op de vraag hoe evolutie écht wérkt. Laat staan dat ze ooit op het idee waren gekomen.

Dus ik ben nog nog niet overtuigd door jullie. Maar ik zal nu eerst de discussie over het omnigenetic model van Pritchard even volgen in het Journal of Psychiatry and Brain Science : dat is extra interessant voor mij.

Gert, ik vrees dat ze de fout hebben hersteld: geen gratis teksten alleen korte samenvattingen.

ps je hebt gelukkig geen last overgehouden van die teekbeten, zo te merken.


gert korthof said...

Vorige week een interview in Trouw met de Nederlander John van der Oost die aan het hele begin van de ontdekking van CRISP stond.
Opmerkelijk:
E. coli: "Het leek wel een archief. Alsof de bacterie in zijn genoom bijhield welke virussen hem ooit hadden aangevallen. Zoals het bestand waarin de politie vingerafdrukken van criminelen opslaat. Het lijkt een afweersysteem."

Nota Bene: dit is het zelfde wat Edward Steele jaren geleden beweerde in: Lamarck's Signature. How Retrogenes Are Changing Darwin's Natural Selection Paradigm'. Had die man dan toch gelijk? Als het in bacteriën kan, waarom dan niet in de mens?

Daar moet ik achteraan.

harryp said...

gert

het belangrijkste was ik nog vergeten!

"Belangrijkse argument: mutatie is de motor van evolutie, selectie komt daarna."zeg je.

Mijn idee: arrival komt vóór survival! Dat vond Darwin zelf kennelijk ook, al doet hij er maar één zinnetje over: "Unless profitable variations occur, natural selection can do nothing'.

Volgens mij heb ik, ook hier, al een paar keer beweerd dat dat de sleutelzin in zijn hele boek, van zijn hele idee, is.

En dat daar alle problemen waar we het nu over hebben, al in geïmpliceerd zijn.

-Wat zijn profitable variations?

-Hoe definieer je die- anders dan alleen achteraf?

-Gaat de (thermodynamische) gambit van Fisher hier wel op?

-Wat 'doet' natural selection hier eigenlijk precies, ànders dan selecteren? Maar dan zeg je twee keer hetzelfde, ook al gebruik je andere woorden zoals 'accumuleren', 'zeven' 'bevorderen' etc etc. Er is geen instantie die zoiets 'doet' anders de afzonderlijke organismen waarin die mutatie(s) "occur".

-Is de vraag naar het ontstaan van die 'variations', al dan niet profitable, onzinnig, niet relevant- In darwins tijd wel, want hij had geen idee, geen clou (zie hoofdstuk 5 "Laws of Variation).


Ik denk dat de mol gen (synthetische biologie, bioinformatica genegineering) daar zinnigere - vooral ook praktischere dingen- over te zeggen heeft dan de pop gen. Bovendien kunnen die experimenteel onderzoek doen, dus hypothesen testen. (zie voorbeelden boven)

"Theresults continue the formal darwinism project, and extend support for the individual as-maximising-agent analogy to finite populations with random environments and
fluctuating class-distributions. The model may also lead to improved ways to measure
fitness in real populations." Schrijven Grafen cs in 2018.

tja..

harryp said...

gert

'Alsof de bacterie in zijn genoom bijhield welke virussen hem ooit hadden aangevallen.' hadd het ook gelezen

maar ze hebben dus ook 'regels' voor HGT; daarin kunnen ze selectief zijn. Bacterien doen zélf aan natuurlijke selectie! - net als wij, als we hun trukendoos leren gebruiken (CRISPR en wie weet PANDORA bijv)

ga er acheraan!

Gerdien de Jong said...

Harry, Monday, June 18, 2018 at 9:06:00 PM GMT+2
Fisher: “It will be noticed that the fundamental theorem proved above bears some remarkable resemblances to the second law of thermodynamics. Both are properties of populations, or aggregates, true irrespective of the nature of the units which compose them; both are statistical laws; each requires the constant increase of a measurable quantity, in the one case the entropy of a physical system and in the other the fitness, measured by m, of a biological population"
Harry: ..."ja, want het idee is dat een genoom zou lijken op een kamer vol moleculen, een kopje koffie dat langzaam koud wordt, of een ander aggregaat 'irrespective the nature of the units' zoals een zak knikkers of bonen, bijvoorbeeld."
Harry, wat je zegt is KUL.
De eenheden van een populatie zijn organismen. Fisher heeft het niet over een genoom.

Gerdien de Jong said...

Harry, Monday, June 18, 2018 at 9:06:00 PM GMT+2
Fisher: “It will be noticed that the fundamental theorem proved above bears some remarkable resemblances to the second law of thermodynamics. Both are properties of populations, or aggregates, true irrespective of the nature of the units which compose them; both are statistical laws; each requires the constant increase of a measurable quantity, in the one case the entropy of a physical system and in the other the fitness, measured by m, of a biological population"
Harry: ..."ja, want het idee is dat een genoom zou lijken op een kamer vol moleculen, een kopje koffie dat langzaam koud wordt, of een ander aggregaat 'irrespective the nature of the units' zoals een zak knikkers of bonen, bijvoorbeeld."
Harry, wat je zegt is KUL.
De eenheden van een populatie zijn organismen. Fisher heeft het niet over een genoom.

gert korthof said...

Gerdien, excuses voor de late plaatsing (moderatie) van bovenstaand comment. Oorzaak: comment bij post ouder dan 30 dagen (maatregel tegen spam). Te laat gezien.

Harry: bovenstaand comment is aan jou gericht.

Marleen said...

Hello Gert,

This thread contains a lot of comments and it might be that my comment will be similar to one of the comments above.
Anyway, what I am surprised about is that there seem to be no references neither in your blogpost nor in the book you are discussing to the concept of teleonomy. The term is “old” but not that old and was used by Monod (1970) and Mayr (1974) to indicate the goal-directedness of all living beings. In the view of Monod, responsible for this property of life are the proteic macromolecules.
To illustrate this one might think of the proteic switches: as soon as they find there ligand they change conformation. This change of conformation causes a process that goes against entropy (there might be some form of labour) after which the ligand is released and the protein takes its original shape, ready for a second round. This is an illustration of the working of proteic switches of which there are machine-like equivalents in informatics. This property is extended to cells, organs and organisms that hence have teleonomic properties.

Marleen said...

Sorry, I forgot to turn on e-mail follow-up comments.

gert korthof said...

Marleen, 'teleonomy' is not present in the book, (he has not good knowledge of the biological literature) but Karo Michaelian uses explicitly teleological and metaphysical terms. According to Michaelian life has a purpose: the "will to produce entropy"!
I did not use the word teleonomy because I find it difficult to define and work with. Would you classify autonomous driving cars (Tesla) a teleonomic device? Or an airplane flying on full autopilot?

gert korthof said...

Marleen said "Sorry, I forgot to turn on e-mail follow-up comments. "
Should I do something? I don't get what you mean by that.

Marleen said...

Gert, teleonomy was derived from teleology and applies only to living beings. Monod used it as one of four properties of life and it is similar to "will to survive". So the author of this book pretends to write about something new while the concept is almost fifty years old.


No you don't have to do anything. I had to check off under my comment if I wanted to receive e-mails about comments following mine. I forgot to do that in my first comment so I did it after my second comment.

gert korthof said...

Marleen wrote "So the author of this book pretends to write about something new while the concept is almost fifty years old."
Aha, that is what you want to say! Okay.

However, at its best, the concept "will to survive" is secondary: first life consisted of replicating molecules and molecules do not have a "will to survive"! Molecules do not live and cannot die. Molecules can self-replicate, and after a long evolutionary process when they have become cells, they show a property that could be called 'will to survive'. Maybe stability is better concept!?

Marleen, please note that the concept "will to survive" is ridiculed by Karo M. as being metaphysical and he replaces it by "will to produce entropy" which is just as metaphysical. Please read the above blog carefully. It is a summary.

in general, the concept of "will to survive" it is not very specific, it does not say anything about causes. It fails at Programmed cell death or Apoptosis: self-destruction of cells in the body.
It does not explain cases where the will to survive is not successful: why there is cancer in the body, deadly virus infections.
Finally, the will to survive fails miserably in the ageing organism and with the dead of the organism.
If every individual wants to survive as long as possible, then why do not all individuals and species get very very very old? why are there such great differences in life expectancy between species?
I think therefore that the concept "will to survive" is unfalsifiable: nothing can refute it.

Not to mention that you need to add:
a) will to reproduce
b) will to have sex with the opposite sex,
c: will to have sex with the same sex,
because these 'wills' have nothing to do with "will to survive".

So you need another explanatory framework to explain all these kind of things.

Marleen said...

Gert, I don’t think that the concept of teleonomy can be ridiculed. So the author of the book should not try to do that. It is not metaphysical. It is very solid and real. Please reread my first comment on this blog.
Teleonomy is about the goal-directedness of all living beings. A bacterium that thrives in light and/or sugar will always move towards points where there is light and/or sugar. That is it’s “will to survive” which ultimately can be seen as a “will to reproduce” and hence they are the same thing (at least in the case of bacteria).

gert korthof said...

Marleen, I am afraid we don't understand each other. I didn't understand your example of proteic switches. I am afraid you did not understand my objections to "will to survive".

One attempt at last: " A bacterium that thrives in light and/or sugar will always move towards points where there is light and/or sugar."
And what if had eaten enough sugar? will it go on forever eating sugar until it bursts? So, you need some negative feedback circuit. But that destroys the concept "will always move towards".

By the way the concept of 'teleonomy' was introduced by Colin S. Pittendrigh (1918 - 1996) in Chapter 8 of Behavior and Evolution, Yale University Press, 1958). bron: Nature, 2 may 1996.

Overigens komt het begrip 'teleonomy' bitter weinig voor in de pagina's van Nature. Tegenwoordig wordt het begrip niet meer gebruikt.
Hier is een van de weinige referenties op het internet naar de uitvinder van het begrip:
http://www.informationphilosopher.com/solutions/scientists/pittendrigh/

Marleen said...

Gert,

You are right, we don’t seem to understand each other. The bacteria are just an exemple. They will not eat until they burst but they eat until they divide. Daughter cells will eat again as much as there is available, they follow an increasing gradient of sugar concentration, and will divide.

My idea is that teleonomy, although it is a property of life, is present also on the scale of macromolecules. The molecular switches work only in one sense (the ligand induces conformation-shift after which there will be some form of labour like transport against a gradient or formation of secondary messengers as GMPc) and as such these switches form the “Life’s Ratchet” (title of a very interesting book by Peter Hoffmann that talks mainly of molecular machines as kinesins and myosins). The molecular switches create gradients and create order out of chaos. They are not directed by anything apart from their bond with the ligand. This mechanism stands at the base of goal-directedness, it is a property of life that depends on molecular switches, in my view.

Monod uses the term quite often and also as a base for his definition of life. Monod is maybe not the inventor of the term, but he adopted it completely.

Your link is very interesting. Thank you very much.

gert korthof said...

Marleen, it is a pity, that you ignored all of what I said in
Monday, August 6, 2018 at 11:23:00 AM GMT+2
and did not answer my questions.

It shows in your answer:
"Daughter cells will eat again as much as there is available, ... and will divide."

HOW DO YOU KNOW WHAT THE GOAL OF BACTERIA IS?

You can't interview them!
just as every other species.
You can only observe its behaviour!

You are a living being: so by definition your goal is to survive and reproduce.

Marleen said...

Exactly Gert, that is precisely the reason the term teleonomy was invented. Biologists don't like to say that life or the universe has a goal, that there is foresight (which refers to the term teleology). In fact there isn't. Nevertheless we know that all living beings want to survive, that seems to be their goal. You will see it in their behavior, you can tell it from the fact that they eat and reproduce.
It is the same with the birds wings. We know they serve to fly with, but all they do is flapping. The result is a flying bird, and that is why we say that wings serve to fly which implies a goal, but wings do not have a goal, they flap.

Sorry for not answering your comment as precisely as you wanted, but I don't know what to say about programmed cell death. I guess this process is always going on in a body to get rid of old cells. But they are replaced by new cells to keep the organism healthy. It might be that during apoptosis cells are not replaced as they should in older organisms. Death follows but only after a struggle to survive.