08 April 2020

Was de huidige corona pandemie voorspelbaar?

Was de corona pandemie  van 2020 voorspelbaar? Beter: is de corona uitbraak voorspeld? Columnisten die nu hun columns schrijven over corona hebben de wijsheid in pacht. Ze vertellen  ons precies wat er allemaal goed en fout gaat met het overheidsbeleid [1]. Dat is achteraf-wijsheid. Ik hecht meer waarde aan boeken over corona die vóór de corona uitbraak verschenen. En aan voorspellingen die op inzicht zijn gebaseerd.

Jaap Goudsmit (2003)
De Virus Invasie.
Over de overleving van virussen en de menselijke soort

 

Het eerste boek is van AIDS onderzoeker en viroloog Jaap Goudsmit. Het boek De Virus Invasie verscheen in 2003. Toeval of niet: dat is precies het jaar waarin SARS uitbrak. SARS en Corona komen er dus niet in voor, maar het boek legt op een bijzonder goede manier uit wat de verschillen zijn tussen de vele virus families, hoe ze zich gedragen, hoe en waarom virus epidemieën ontstaan en zich over de wereld verspreiden. Dit is een populair-wetenschappelijk boek geschreven door een wetenschapper. Veel anekdotes zul je niet in het boek vinden, maar wel inzicht in de biologie en ecologie van virussen. Je gaat begrijpen wat virussen wel en niet kunnen. Een voorspelling:

"Virusinfecties zullen de komende jaren alleen maar toenemen. ... Als de virussen van deze [wilde] dieren ook maar een kans hebben, zullen ze naar de mens overspringen. Dit zal dan vooral gaan om virussen die via de lucht of via consumptie van deze dieren kunnen worden overgebracht." (p.25-26). 

Virussen die zich via de lucht verspreiden: dat is de huidige corona pandemie. Goudsmit zou zeker een nieuwe druk moeten uitbrengen met een hoofdstuk over SARS en Corona. En over 10 jaar weer een nieuwe druk vanwege de volgende epidemie. Jaap Goudsmit geeft inzicht, geen drama. Het volgende boek bevat meer persoonlijk drama en reisverslagen:

 

David Quammen (2012)
Spillover: Animal Infections and the Next Human Pandemic.

 

In 2012 verscheen Spillover: Animal Infections and the Next Human Pandemic van wetenschapsjournalist David Quammen. (In het Nederlands: Van dier naar mens, 2013). Het verscheen 8 jaar geleden. Corona virussen komen in dit boek voor. De huidige corona pandemie lijkt een griezelige herhaling van de SARS epidemie die in februari 2003 begon. En dat is geen wonder want de officiële naam voor de huidige corona ziekte is: Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2, afgekort: SARS-CoV-2. We maken nu dus de tweede SARS epidemie mee. 
Quammen weet zijn verhaal zo te schrijven dat je het gevoel krijgt dat je er zelf bij bent als ooggetuige. En dat maakt het zo beklemmend. Hij interviewt betrokken onderzoekers en artsen waardoor je de verhalen uit de eerste hand krijgt. De artsen wisten snel dat het besmettelijk was, maar nog niet of het door een bacterie of virus veroorzaakt werd. De artsen die de eerste patiënten behandelden droegen geen mondkapjes omdat ze nog niets wisten van de besmettelijkheid en de dodelijkheid van de ziekte. De patiënten moesten vrij snel opgenomen worden op de Intensive Care afdeling, en vrij snel waren er niet genoeg IC bedden beschikbaar, er waren te weinig mondkapjes voor medisch personeel, de prijzen verviervoudigden, artsen en verpleegsters werden ziek en sommige stierven zelfs, corona patiënten met diabetes en hartproblemen werden binnengebracht. Komt het U allemaal bekend voor? We maken een tweede SARS epidemie mee, maar dan op veel grotere schaal.

Toeval of niet: in het jaar van verschijnen van Spillover, 2012, werd de eerste patiënt met wat later het Middle East Respiratory Syndrome (MERS) ging heten. Dat was ook een corona virus.


Het boek verscheen dus 8 jaar geleden [3], maar staan er echte voorspellingen in? Wat dacht U van deze:

"that the wet markets provide a venue for SARS-like coronaviruses "to amplify and to be transmitted to new hosts, including humans, and this is critically important from the point of view of public health" (569/1829)
('wet markets': markten in China van levende dieren die ter plaatse worden geslacht, allemaal zeer dieronvriendelijk en onhygiënisch)
"coronaviruses in particular should be considered as serious threats to human health." 1578/1829
"SARS-CoV wasn't gone, it was only hiding. It could return" (570/1829)
SARS-CoV was het eerste coronavirus waarvan aangetoond werd dat het mensen ernstig ziek kon maken. Dat was nog nooit eerder gebeurd. Een corona virus dat lijkt op SARS-CoV werd gevonden in vleermuizen. (578/1829). SARS gedraagt zich op dezelfde manier als corona. 

Een voorspelling die niet op inzicht gebaseerd is, is niet meer dan een bewering. Dat inzicht bestaat uit kennis van factoren die een nieuwe uitbraak bevorderen: 1) virussen die in (wilde) dieren voorkomen, 2) die in China in grote aantallen verhandeld worden op markten; 3) RNA virussen want die zijn variabeler dan DNA virussen; 4) die zich in de lucht kunnen verspreiden; 5) die van dier op mens overgedragen kunnen worden ('spillover'); 6) van mens tot mens overgedragen kunnen worden; 7) wat zeker bevorderlijk is voor de verspreiding is dat besmettelijkheid vooraf gaat aan merkbare symptomen bij de mens; 8) wat zeker helpt in de verspreiding naar andere continenten is dat besmette personen in een vliegtuig stappen [4].
Coronavirussen voldoen aan deze criteria. Het was en is onduidelijk in welke dieren coronavirussen zich schuil kunnen houden (reservoirs), maar geen nood, in Zuid-China wordt alles wat loopt, zwemt, vliegt en kruipt gegeten [5]. Dat vergroot de kansen aanzienlijk. Die markten zijn niet verboden sinds SARS. In tegendeel: ze zijn explosief toegenomen [5]. Het is dus geen wonder dat de 2020 epidemie in China is uitgebroken. Omdat je niet weet in welk dier het nieuwe pandemie-virus zich schuilhoudt kun je niet gericht te werk gaan. Het is evident dat het virus per vliegtuig naar alle continenten is vervoerd.

Voorspelling die nog niet is uitgekomen: een nieuwe dodelijke H5N1 griep epidemie (¶83). Dat kan de Next Big One worden (¶113). Ook is nog niet uitgekomen een nieuwe HIV-achtige, Hendra of Nipah epidemie (¶83,84). Als je meerdere voorspellingen doet heb je een grotere kans dat er één uitkomt.
Ook al heb je een epidemie voorspeld, het is voor de dienstdoend arts niet meteen duidelijk dat een virus de oorzaak is van een syndroom. Ik zou zeggen dat er een universele, programmeerbare virus diagnose kit op de markt gebracht moet worden, waarvan alleen de virus sequentie aangepast hoeft te worden. Wat ik begrepen heb is dat Chinese wetenschappers vrij snel de virus sequentie bekend hebben gemaakt. En dat helpt.

Tenslotte: virussen zijn letterlijk alomtegenwoordig en onuitroeibaar. Een pandemie ontstaat door menselijk handelen waardoor virussen de kans krijgen om zich tot een pandemie te ontwikkelen of niet.  



Leestips

Ik raad aan om het ebook van Quammen te kopen (is goedkoop, doorzoekbaar, geen papierverspilling, er staan sowieso geen foto's in het boek en je hoeft het niet in zijn geheel te lezen van a tot z). Lees hoofdstuk IV over SARS, ¶62 over The Next Big One (de volgende grote pandemie). In ¶65 wordt de formule besproken die o.a. het rivm gebruikt om te berekenen hoe snel de epidemie zich verspreidt. In ¶66 wordt het verschil tussen DNA- en RNA virussen uitgelegd (belangrijk verschil).

donderdag 9 april: kleine verbetering in de tekst.
 

Noten

  1. Prinses Irene: nu betalen we de prijs voor de ongebreidelde groei, Volkskrant 7 april 2020 (is een voorbeeld). Ze geeft in zeer algemene termen een analyse wat er fout is aan onze westerse manier van leven en heeft dat ook eerder gedaan. Globaal ben ik het daar allemaal mee eens. Maar het helpt niet een volgende epidemie te voorkomen. Sluit alle markten in China en Afrika waar wilde dieren verhandeld worden. Dat zet zoden aan de dijk.
  2. (vervallen)
  3. Er verschijnt over 2 dagen een papieren herdruk met nieuw nawoord over de huidige pandemie: David Quammen (2020) Zoönose. Hoe dodelijke ziekten van dier naar mens overspringen, 10 april 2020. NB: er staat al een (zeer positieve) bespreking van het boek op bol.com. Hoe kan dat als het boek nog niet is uitgekomen?
  4. Dit kunnen ook een aantal trekvogels (eenden, ganzen).
  5. In de stad Guangzhou alleen al zijn er 2000 zgn. 'Wild Flavor' restaurants (as het maar wild en exotisch is).
  6. Dit is niet overdreven, zie lijst hieronder: 
uit paragraaf 38 van het boek Spillover.


23 comments:

  1. Gert, toen ik dit stuk van je las, vroeg ik me af, als het virus zich ook via de lucht verspreidt, wat dan nog de zin is van bv. die anderhalve meter afstand?
    Is dat niet een beetje een nepmaatregel dan?



    ReplyDelete
  2. Hallo Theo. Het virus wordt door hoesten verspreid, het is een virus van de luchtwegen, druppeltjes met het virus komen in de lucht, maar blijven niet eeuwig zweven, ze zakken naar beneden gewoon door de zwaartekracht en komen op de grond terecht. Waar ze vergaan. Natuurkundigen kunnen makkelijk met experimenten onderzoeken hoe ver een in de lucht zwevend druppeltje komt voordat het op de grond terecht komt. De 1,5 m zal daar op gebaseerd zijn denk ik. Ik zou zelf minstens 2 meter aanhouden voor de zekerheid. Als iemand heel hard hoest komt het misschien wel verder!

    ReplyDelete
  3. Dank voor de info. Dit hoor je niet op tv.

    ReplyDelete
  4. soms lijkt een grotere afstand inderdaad nodig, 27 voet of 8,2 meter

    Lydia Bourouiba. Turbulent Gas Clouds and Respiratory Pathogen Emissions, JAMA (2020). DOI: 10.1001/jama.2020.4756

    ReplyDelete
  5. Hallo, dat is precies het soort onderzoek waar ik op doelde: een natuurkundige die het niezen en hoesten als een fysisch verschijnsel bestudeert en de juiste technieken gebruikt (highspeed camera). Dank!
    De afstand kan dus veel groter zijn dan 1,5 meter!
    Deze proefopstelling is ideaal om het effect van luchtvochtigheid en temperatuur te meten! (zie vorig blog).
    Hopelijk kom er dus een vervolgonderzoek.

    ReplyDelete
  6. geen dank, graag gedaan

    vervolg onderzoek - zoiets bedoel je? :

    “Remdesivir is a direct-acting antiviral that inhibits RNA-dependent RNA polymerase from severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 with high potency”. by Matthias Götte et al.
    Nature Immunology doi:10.1074/jbc.RA120.013679.

    ReplyDelete
  7. Beste onbekende: dat is gaaf onderzoek. Het medicijn pakt het virus aan op zijn Achilles hiel: het repliceren van virus RNA. Daardoor kan het virus zich niet meer vermenigvuldigen. Basta! Finito!
    Bedankt voor de tip!

    Een samenvatting voor de gewone man en vrouw:
    https://www.folio.ca/u-of-a-virology-lab-finds-drug-originally-meant-for-ebola-is-effective-against-a-key-enzyme-of-coronavirus-that-causes-covid-19/

    ReplyDelete
  8. meer mogelijk goed nieuws

    https://www.radboudumc.nl/nieuws/2020/onderzoekers-radboudumc-publiceren-nieuwe-inzichten-covid19

    als dit klopt zouden er misschien zelfs twee effectieve medicijnen bestaan. Dus zijn ze in Nijmegen al snel aan het testen

    ReplyDelete
  9. Hallo onbekende: een goede vondst van het Radboud UMC! dank! Zij staan goed bekend op medisch gebied. Het is interessant om te grasduinen in de Preprints server (waar hun publicatie staat): er staan tientallen artikelen over covid-19.

    ReplyDelete
  10. ja, mooi allemaal, en het maakte me redelijk optimistisch
    maar volgens de statistieken duurt het vinden van een vaccin gemiddeld zo'n 10 jaar. Ebola was met 5 jaar een record, begreep ik en voor HIV bestaat nog steeds geen vaccin al is laatst de tweede patient genezen (dankzij gentherapie).

    Het wordt hopelijk een combinatie van mazzel en kennis. Dus duimen. Want die 1.5m economie zal niet gaan werken.

    ReplyDelete
  11. De WHO verwacht geen covid-19 vaccin binnen 1,5 jaar.
    https://en.wikipedia.org/wiki/COVID-19_vaccine
    Desondanks wordt er op grote schaal internationaal aan een vaccin gewerkt. Zo lang de ziekenhuizen nog vol liggen met covid-19 patiënten, denk ik dat de prioriteit bij therapie moet liggen.
    Die 1,5m-samenleving van Rutte lijkt me niet realiseerbaar, tenminste als hij dat bedoelt als permanente samenleving. Tijdelijk wel, maar permanent???

    ReplyDelete
  12. pandemie, een blessing in disguise....?

    -wetenschappelijke samenwerking voor vaccin
    (nederland brainport ipv mainport)
    -eind aan gesol met dieren (nederland heeft na china de grootste dierendichtheid: denk Q-koorts etc)
    -

    ReplyDelete
  13. Het Trump dan toch uiteindelijk niet gelijk toen hij de verantwoording voor de uitbraak van het COVID-19 virus bij China legde i.v.m. het houden van wilde dieren markten waar de bewuste dieren vaak ook nog ter plekke worden geslacht.

    ReplyDelete
  14. @Gert, correctie aanvang zin, "Het" moet natuurlijk zijn "Had".

    ReplyDelete
  15. Hallo Egbert,
    wetenschappelijke data over de genetische code van het virus wijzen in de richting van een bepaald soort vleermuis en schubdieren (Pangolins). Gisteravond zond de EO een docu uit over Pangolins, zeer de moeite waard om nog te bekijken. (Natuur op 2) daarin zie je de internationale illegale handel van schubdieren uit Afrika richting China waar vnl de schubben van het diertje worden gebruikt voor de 'traditionele Chinese geneeskunst' en het vlees wordt gegeten. en verhandeld op (illegale) levende dieren markten in Zuid China.
    De pangolins dragen het virus bij zich maar worden er zelf kennelijk niet ziek van. Het ligt voor de hand dat een handelaar het virus daar opgepikt heeft.
    Maar: er is nog niet met 100% zekerheid vastgesteld welke diersoort het virus op de mens heeft overgedragen. China verhindert dat die gegevens naar buiten komen. Chinese wetenschappers die daar onderzoek naar doen worden gecensureerd: ze moeten hun resultaten eerst voorleggen aan een overheidscommissie voordat ze gepubliceerd mogen worden. (stond in laatste Nature).
    Bovendien heeft China de arts die het eerste corona geval bekend maakte op het matje geroepen en beschuldigd van het verspreiden van ongefundeerde berichten. De arts is bezweken aan corona.

    Verder moet je zeker de uitzending van gisteravond van Zondag met Lubach bekijken (laatste helft) waarin hij tot mijn grote verbazing en verbijstering aantoont dat de topman van de WHO in feite corrupt is: hij is extreem pro-China, dat houdt in dat China niet de schuld wil geven van de pandemie is uitgebroken, met als resultaat dat hij in eerste instantie de eerste berichten over de uitbraak gebagatelliseerd heeft en pas weken later over een pandemie sprak, Waardoor de gevolgen in Amerika groter zijn geworden dan nodig was. Deze man heeft belangenverstrengeling en is ongeschikt voor zo'n belangrijke functie en moet onmiddellijk vervangen worden door een onafhankelijk persoon.

    Ik snap overigens niet waarom niet alle landen hun economische schade ten gevolge van de pandemie bij China verhalen. China is nalatig geweest, heeft te laat de wereld gewaarschuwd (net als bij SARS in 2003!!!) en heeft kennelijk de dierenmarkten niet voldoende uitgebannen waardoor er opnieuw een epidemie is uitgebroken.

    ReplyDelete
  16. @Gert, ik reageer later op de avond nog op je schrijven.

    ReplyDelete
  17. @Gert: [China verhindert dat die gegevens naar buiten komen. Chinese wetenschappers die daar onderzoek naar doen worden gecensureerd: ze moeten hun resultaten eerst voorleggen aan een overheidscommissie voordat ze gepubliceerd mogen worden.]

    Of de arts die het eerste geval van corona bekend maakte er aan is bezweken of hem het zwijgen is opgelegd door de Chinese overheid is zelfs niet eens zeker.

    Ik had de uitzending van Lubach bekeken, China heeft blijkbaar een belangrijke rol gespeeld om de desbetreffende topman van het WHO bij het bereiken van zijn functie in het zadel te helpen, dat verklaart natuurlijk veel in deze, ik mag toch wel hopen dat deze man inzake zijn nalatigheid daarop wordt afgerekend gezien de verstrekkende consequenties van zijn handelswijze, misschien ligt het politiek gezien nogal ingewikkeld China de veroorzaakte economische schade te laten compenseren omdat er zoveel andere belangen bij in het geding zijn, politiek is wat dat betreft nogal een vrij complexe zaak en China is niet bepaald een kleine speler op het internationale politieke strijdtoneel.

    Wat denk je trouwens hiervan? (Chinese Coronavirus Is a Man Made Virus)

    https://www.gilmorehealth.com/chinese-coronavirus-is-a-man-made-virus-according-to-luc-montagnier-the-man-who-discovered-hiv/?fbclid=IwAR2h6-fKh37PhVG4Ojl-62MemlW-959KDvD3jI1vX_M6b2e1_YoF2v3Hyww

    ReplyDelete
  18. Egbert zei "Of de arts die het eerste geval van corona bekend maakte er aan is bezweken of hem het zwijgen is opgelegd door de Chinese overheid is zelfs niet eens zeker."
    Dat zijn twee verschillende dingen: de arts in een ziekenhuis die ziek werd en overleed en een maatregel voor wetenschappers aan universiteiten aangaande publicaties, interviews. Die laatste zijn biochemici en genetici meestal niet in een ziekenhuis werkend.

    Egbert zei "...en China is niet bepaald een kleine speler op het internationale politieke strijdtoneel."
    Maar er zijn minstens 110 landen die economische schade hebben opgelopen door grove nalatigheid en gebrek aan openheid van China...

    Egbert zei "Wat denk je trouwens hiervan? (Chinese Coronavirus Is a Man Made Virus)"
    In Nature stond een artikel 'The proximal origin of SARS-CoV-2' waarin wordt aangetoond dat het virus een natuurlijke oorsprong moet hebben. Het argument is technisch-biochemisch en berust op het feit dat computerprogramma's die de structuur kunnen voorspellen van een virus die aan de menselijke ACE2 receptor kan binden (en dus toegang heeft tot de cel) een heel andere structuur voorspellen dan eentje die ontstaan is door mutatie en selectie in de natuur. Hun conclusie: "Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus.".

    Zelf zat ik te denken aan 'experimental evolution', 'directed evolution', zie mijn eerder blog 'When blind is better: protein design by evolution. Frances Arnold. 1998.' 19 October 2018.
    In principe zouden onderzoekers door gerichte evolutie (in het lab) van het virus eiwit dat aan de ACE2 receptor moet binden, de binding kunnen optimaliseren. En dan zou het resultaat op natuurlijke selectie lijken. En niet op computersimulatie. Dat geef ik hier ter kennisgeving.

    NB: het nature artikel is natuurlijk niet (uitsluitend) geschreven om een complottheorie te weerleggen, maar om te begrijpen hoe het virus zo succesvol is in de mens en of we daar uit nog iets kunnen leren om een volgende epidemie te voorkomen of in de kiem te smoren.

    ReplyDelete
  19. @Gert: [Maar er zijn minstens 110 landen die economische schade hebben opgelopen door grove nalatigheid en gebrek aan openheid van China...]

    Inderdaad dat zou je wel geneigd zijn te denken maar zo werkt het nu eenmaal niet in de internationale politiek, geen land ter wereld wil gezichtsverlies lijden door het toegeven van eigen gepleegde grove nalatigheid. Dat wordt dan geprobeerd om op een andere manier op te lossen.

    https://nos.nl/nieuwsuur/artikel/2324852-china-s-propaganda-is-veranderd-van-defensief-naar-offensief.html

    Ik ben niet ingebed in de materie van de virologie maar begrijp inmiddels wel dat men nog lang niet alles van dit specifieke virus in kaart heeft, wat zich ook tot verbazing van de medici manifesteert in het nogal grillige ziekteverloop, ook denk ik niet dat het weer spontaan zal gaan verdwijnen tenzij ruim voldoende mensen er afweerstoffen tegen hebben opgebouwd of wanneer er een vaccin op de markt komt wat nog wel even kan duren, misschien dat de leefomgevingen van mensen en dieren elkaar in feite teveel overlappen waardoor virusoverdracht van dier op mens gestimuleerd wordt, dat kan nog wat beloven voor de toekomst maar hebben we dan enkel aan ons zelf te danken.

    ReplyDelete
  20. Ik lees trouwens net op FB dat Missouri de eerste (Amerikaanse) staat is welke China gaat aanklagen. En als er een over de dam is ...........

    ReplyDelete
  21. Egbert, ik kwam een artikel (zeer gedetailleerd met veel bronverwijzingen) tegen dat met veel aanwijzingen komt dat het coronavirus toch uit een chinees lab is ontsnapt. een spectaculaire claim. Ik ben dat nu aan het bestuderen. Kom ik uiteraard op terug.
    ...

    ReplyDelete

Comments to posts >30 days old are being moderated.
Safari causes problems, please use Firefox or Chrome for adding comments.