tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post1165644507142011957..comments2024-03-27T17:19:19.934+01:00Comments on Evolution blog: Nobelprijs voor het repareren van DNAgert korthofhttp://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comBlogger7125tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-3051134546448713802015-10-14T20:54:04.414+02:002015-10-14T20:54:04.414+02:00Ja, olifanten gaan ook niet naar MacDonalds, zijn ...Ja, olifanten gaan ook niet naar MacDonalds, zijn vegetarier en hebben een dagelijkse lichaamsbeweging die de onze verre overtreft. Ze lopen wat af die olifanten.<br />Maar daar zit het niet in. De onderzoekers hebben olifanten cellen in het lab gekweekt en onderworpen aan stress en daarna DNA repair bekeken en dat vergeleken met mensen cellen. Heel elegant. Dus dan heb je geen last van slechte eetgewoontes. En op die labtests zijn de resultaten gebaseerd. <br />Doei!gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-83032420608317060122015-10-14T16:06:44.485+02:002015-10-14T16:06:44.485+02:00gert
ik had al eens een schatting van Jan Hoeijma...gert<br /><br />ik had al eens een schatting van Jan Hoeijmakers (Erasmus) gehoord van 50.000 fouten pd.<br /><br />nou zijn er een heleboel onschadelijk, toch?. Nou ja, dat hopen we dan maar, al er blijven altijd meer manieren om aan je DNA dood te gaan dan om er mee te blijven leven!<br /><br />had ik het goed geraden met dat artikeltje? Interessant?<br /><br />die olifanten hebben trouwens een goed gen tig keer zoveel als wij, niet noemenswaardig betere dna reparatie<br /><br />en ja, ze roken en drinken niet en eten geen suiker en zo!<br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-44732089916055095542015-10-14T14:30:40.812+02:002015-10-14T14:30:40.812+02:00harry, zolang DNA Deoxyribo Nucleic Acid is, gelde...harry, zolang DNA Deoxyribo Nucleic Acid is, gelden daar altijd en overal dezelfde chemische wetten voor.<br />Dus, als DNA nu chemisch instabiel is in een waterige oplossing, dan moet het toen ook zo geweest zijn.<br />Inderdaad: Gewoon een kwestie van chemie!<br />Maar het helpt misschien een beetje als je DNA heel sterk oprolt en verpakt in eiwitten (chromosomen) en opbergt in de nucleus.<br />Desondanks: je hoeft maar één blik te werpen op het wiki artikel DNA damage (naturally occurring) en je wereldbeeld is voorgoed verandert:<br /><br />https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_damage_%28naturally_occurring%29#Frequencies_of_endogenous_DNA_damages<br /><br />Werp er een blik op, kijk er naar en vraag je zelf dan af: is DNA-repair tegenwoordig nog wel nodig?<br />Ik zou er aardig wat geld voor over hebben om het nivo van DNA-repair in mijn lichaam stevig op te krikken!<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-52573991924345198682015-10-14T13:44:27.324+02:002015-10-14T13:44:27.324+02:00gert
dank.
Ja dat van die olifanten had ik al ...gert <br /><br />dank. <br /><br />Ja dat van die olifanten had ik al gelezen. Nauwelijks of geen kanker. Kunnen we nog wat van leren!<br /><br />"de allereerste levensvormen. Die moeten sloppy replication hebben gehad: veel fouten." <br /><br />Maar er ging ook heel veel goed, kennelijk. Dat was al een punt van John Maynard Smith met zijn idee van de proteine zoekruimte. (1970). Het meest sprekende resultaat dat ik ken, is dat van A. Wagner: er zijn heel veel wegen die naar Rome leiden. Soms heb je met maar 25% van de oorspronkelijke sequentie hetzelfde resultaat. Betekent dat niet dat reparatie dan heel makkelijk is, niet zo nauw let? Er is m.a.w. veel redundantie - je vindt al snel iets wat het ook doet. <br /><br />Misschien dat chemie gewoon goed werkt, vaker dan we geneigd zijn te denken (in ons selectionistische paradigma). <br /><br />Kwam dit nog tegen. Voorzover ik het begrijp, zal het je wel interesseren - als je het al niet had gezien: "Unraveling the Base Excision Repair Mechanism of Human DNA Glycosylase," J. Am. Chem. Soc., Article ASAP, DOI: 10.1021/jacs.5b01449 <br /><br />Gewoon een kwestie van chemie, toch? Dát die werkt zoals die werkt, dat is een andere kwestie!<br /><br /><br /> harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-87551335814749805012015-10-13T16:47:24.756+02:002015-10-13T16:47:24.756+02:00Harry, ja ik heb het ondertussen gechecked. Het zi...Harry, ja ik heb het ondertussen gechecked. Het ziet er naar uit dat:<br /><br />"In the early 1970s, scientists believed that DNA was an extremely stable molecule, but Tomas Lindahl demonstrated that DNA decays at a rate that ought to have made the development of life on Earth impossible. "<br /><br />ongenuanceerd is. Het zet je op het verkeerde been. het klopt wel voor: the development of <b>higher multicellular organisms</b>. Eencelligen met kleine genomen zouden met minder uitgebreid DNA-repair systeem kunnen leven. <br />Hoe groter het genoom en hoe langer organismes leven (olifant!) hoe beter het repair mechanisme is.<br />Als je "the development of life on Earth" leest als de evolutie NA het ontstaan van het leven, en vooral meercellig eukaryotisch leven, dan klopt het redelijk.<br />Maar het kan zeker niet gelden voor de allereerste levensvormen. Die moeten sloppy replication hebben gehad: veel fouten. <br />Vergelijk RNA virussen: worden in ontzettend grote aantallen geproduceerd, ze hebben kleine genomen, en produceren ontzettend veel mutanten. De replicatie van het eerste leven moet dat ook gedaan hebben.<br />Het schijnt dat de mens ook nog steeds enige sloppy, slordige repair enzymen heeft: een erfenis uit het verre verleden. (moet ik uitzoeken)<br />Dus: mijn scenario lijkt vooralsnog overbodig.<br />Maar ik heb nog geen goede publicatie gevonden met het complete scenario van de evolutie van DNA-repair-systemen van simpel naar gecompliceerd.<br /><br />Merk op: als je leest over mutatie frequenties in soorten dan is dat altijd het eindresultaat; daar zijn repair-processen al aan voorafgegaan. Mutaties zijn dan fouten die ontsnapt zijn aan het DNA-repair systeem.<br />Het is boeiende materie, er valt nog veel over uit te zoeken.<br /><br />Dit verhaal is van deze week, gaat over waarom olifanten lang leven en weinig kanker hebben:<br /><br />http://www.demorgen.be/wetenschap/genen-olifanten-sterker-in-bestrijding-van-kanker-a2483595/<br />en:<br />http://jama.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2456040<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-10206192983626053512015-10-13T11:48:31.708+02:002015-10-13T11:48:31.708+02:00gert
heb je je scenario al gecheckt? Ga je daar ...gert<br /><br />heb je je scenario al gecheckt? Ga je daar nog een keer over bloggen?<br />harrypnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-19695486920378892952015-10-10T09:49:00.099+02:002015-10-10T09:49:00.099+02:00Bert, dat klopt.
Dat was mij ook opgevallen. Ik wa...Bert, dat klopt.<br />Dat was mij ook opgevallen. Ik was het al weer vergeten, maar ik had in 2012 al over <a href="http://korthof.blogspot.nl/2012/04/dna-beoordeeld-vanuit.html" rel="nofollow">DNA beoordeeld vanuit informatietheoretisch perspectief</a> geblogd. <br /><br />Deze is ook leuk: De genetische code maakt ook gebruik van redundantie: de meeste aminozuren worden door meerdere base tripletten in DNA gecodeerd. Dat is een ander soort redundantie.<br /><br />"Daarom geloof ik dat RNA en DNA pas konden ontstaan toen dat reparatiemechaniek al geëvolueerd was. "<br />JA! MAAR! daar zit een levensgroot probleem: HOE evolueer je een repair-mechanism VOORDAT er RNA/DNA is?<br />Hoogstends zou je moeten zeggen dat DNA-repair al heel vroeg in de evolutie ontstaan moet zijn, bij eencelligen. <br />PROBLEEM: zodra je ook maar 1 repair-eiwit wilt produceren op basis van in DNA vastgelegde code, heb je een eiwit-productie machinerie nodig die grotendeels uit ... eiwitten bestaat (ribosoom). Die ribosomen moet betrouwbaar geproduceerd kunnen worden anders werken ze niet goed. Die ribosomen moeten door DNA gecodeerd worden.<br />enfin je snapt het wel: een zeer hardnekkig probleem.<br /><br />Persoonlijk denk ik dat het de fysisch-chemische omstandigheden geweest moeten zijn waardoor DNA stabieler was dan nu waardoor het allereerste leven het met DNA maar zonder repair kon doen. Toen zijn er in de concurrentiestrijd repair eiwitten bij gekomen. Toen daar eenmaal voldoende van waren, en de replicatie betrouwbaarheid van DNA omhoog ging, konden organismen zich begeven in milieus die op zich ongunstig zijn voor de stabiliteit van DNA (temperatuur bv) maar waar ze geen last van hadden omdat ze repair hadden. Dit scenario is speculatief en moet ik nog checken bij de deskundigen.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.com