tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post4047141176655455391..comments2024-03-29T10:57:52.699+01:00Comments on Evolution blog: Is Christian de Duve een deïstische fine-tuner? Het toevals evangelie versus noodzakelijkheids evangelie.gert korthofhttp://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comBlogger88125tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-74158565950794753552014-07-09T14:00:46.932+02:002014-07-09T14:00:46.932+02:00Gert,
ik dacht altijd dat wetenschap gaat over di...Gert,<br /><br />ik dacht altijd dat wetenschap gaat over dingen die we nog niet weten, waar we de ballen van begrijpen. Mensen die overal een antwoord op hebben omdat ze alles weten en begrijpen, moeten we wantrouwen als de pest. Zie de gechiedenis. <br /><br />Om een recent voorbeeld te noemen: de gevonden massa van het higgsboson blijkt niks minder dan zeer frappant te zijn. Het is kantje boord als je de kosmologen moet geloven, al weten ze het zelf ook niet precies. <br /><br />Natuurlijk kun je met je dobbelsteen van kosmische proporties al dit soort dingen wegredeneren: alles wat natuurwetten niet verbieden, bestaat noodzakelijk, zoals je geheid een keer 6 gooit als je maar lang genoeg doorgaat- en inderdaad oneindig veel zessen, tenminste als je oneindig vaak gooit..<br /><br />Daarvan zeg ik dan: "Tjonge! <br /><br />Dat zeg ik bijv ook van L Krauss om er maar een te noemen. Die komt er in zijn laatste boek dus ook niet uit. Raakt verstrikt in zijn eigen semantiek, ondanks al die multiverses en quantum fluctuaties in het vacuum - het 'niets' dus.<br /><br />En ja, we hebben ontzettend mazzel gehad.<br /><br />Tjonge! ;-)harry pinxterennoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-29579763136787297432014-07-09T11:03:46.131+02:002014-07-09T11:03:46.131+02:00Hartelijk dank Harry!
Wat ik vreemd of misschien ...Hartelijk dank Harry!<br /><br />Wat ik vreemd of misschien zelfs zwak vindt aan de Duve's gedachtengang dat hij maar niet kan beslissen of (theistische) finetuning nu bestaat of niet, en dan maar roept: frappant! Dat is een vlucht! dat is het ontwijken van de verantwoordelijkheid om een beslissing te nemen, en in plaats daarvan te roepen: frappant! tsjonge! Harry, dat moet jij toch wel kunenn doorzien!?gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-68025623087883964592014-07-09T10:53:48.892+02:002014-07-09T10:53:48.892+02:00Goede morgen Harry!
het is handiger als je comment...Goede morgen Harry!<br />het is handiger als je comments over bepaalde zinnetjes op mijn blog ook op mijn blog zet! :-) Kunnen we de context etc zien.. <br /><br />Dat schreef Gert op juli 9, 2014 om 08:51 op de blog van Marleen 'Op zoek naar de klepel' http://ascendenza.wordpress.com/2014/07/08/kwantumbiologie/#comments<br /><br />Op verzoek, bij deze:<br />“Overigens valt me, in dit verband, na snel lezen van de blog van Gert op dat de opmerking van de Duve ‘dat het meest frappante is dat er überhaupt leven en bewustzijn bestaan in het universum (299)’, hem voor semantische problemen stelt. <br />”Meest frappante? Was het niet onvermijdelijk?”, vraagt hij zich hardop af. Ik dacht altijd dat iets best frappant kan zijn, zelfs als het onvermijdelijk is. Het feit dat we hier ueberhaupt zitten bloggen is uiterst frappant, onvermijdelijk of niet, maar des te frappanter als het onvermijdelijk blijkt te zijn: sterrenstof die spreekt (vrij naar N. Chomsky’s Minimalistic Program). <br /><br />Voor de context van deze opmerking, ‘in dit verband’, zie Marleens blogharry pinxterennoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-7731919138604679692014-07-08T12:10:40.522+02:002014-07-08T12:10:40.522+02:00Marleen, Kees, e.a. wat mij in de comments van ...Marleen, Kees, e.a. wat mij in de comments van 'Kees' met name irriteert is: Fysici hebben gelijk: als fysici een definitie van toeval hebben ontwikkeld dan geldt die in de hele wetenschap en dan moeten alle wetesnchappers in welk vak dan ook zich daar aan onderwerpen ... ook al hebben ze er niets aan in hun vak, ...ook al snappen ze het niet, ...ook al kunnen ze er niets in de biologie mee verklaren, ...ook al sluit dat helemaal niet aan bij hun onderzoeksrichting en belangstelling, ...ook al levert het alleen maar nodeloos ingewikkeld taalgebruik op... het kan hem allemaal niets schelen; het interesseert hem niet of biologen daar wat aan hebben, en of het hun vak nodeloos ingewikkeld maakt. Kennelijk is het onderscheid tussen levende en dode systemen niet belangrijk. Biologen bestuderen geen atomen! <br /><br />Het is niet dat ik niets wil leren van fysici. Harold Morowitz (biofysicus) is een voorbeeld waar ik veel van leer. Maar die geeft tenminste inzicht. Die stelt zich niet arrogant of dwingend op. Als je biologen laat zien dat ze met een stukje fysica wetenschappelijk iets te winnen hebben, dan werkt dat gegarandeerd. En: biologen als gelijkwaardige gesprektspartners behandelen. 'Kees' probeert alleen maar zijn definities bij die domme biologen er in te drammen.<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-26795088185331003522014-07-07T16:28:55.011+02:002014-07-07T16:28:55.011+02:00Andre,
Dank voor je link naar Schrödinger, ik wis...Andre,<br /><br />Dank voor je link naar Schrödinger, ik wist niet dat het beschikbaar was.<br /> <br />Misschien heb ik het antwoord op mijn eigen vraag gevonden. Dit staat in het boek van Peter M. Hoffmann “Life’s Ratchet” p. 99-100 waar ook het eerdere citaat uitkwam: <br />“Essentially all of molecular biology can be explained using classical physics (except bonding between atoms, which requires quantum mechanics). Many of the more interesting quantum-mechanical effects in nanosystems are completely destroyed by thermal motion. Therefore, much research on quantum computing, spintronics, or other fancy new quantum electronics is done at low temperatures – much too low for any living system.”<br /><br />Wie heeft er nu gelijk, Kees of Andre? Wordt ‘random motion’ veroorzaakt door kwantumtoeval of reflecteert het ‘thermal motion’?<br /> <br />Een ander citaat benadrukt het volgende p. 91:<br />“Life <i>must</i> begin at the nanoscale. This is where complexity beyond simple atoms begins to emerge and where energy readily transforms from one form to another. It is here where chance and necessity meet. Below the nanoscale we find only chaos; above this scale, only rigid necessity."<br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-75456721363652498382014-07-07T14:15:14.791+02:002014-07-07T14:15:14.791+02:00Marleen, je bedoelt: Evolution - the Extended Synt...Marleen, je bedoelt: Evolution - the Extended Synthesis [Paperback] 2010?<br />vond ik nogal tam, niet echt revolutionair.<br />http://wasdarwinwrong.com/korthof95.htm<br />Welke boek van hem ben je aan het lezen? Hij schrijft en publiceert zoveel!<br /><br />PS Ik probeer nu een groot artikel van Morowitz te lezen, dat vraagt nu mijn tijd en aandacht, ik kan helaas nu even geen andere aangedragen artikelen lezen ...<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-42734781116869169862014-07-07T14:08:26.968+02:002014-07-07T14:08:26.968+02:00Marleen
De "random motion" is dacht ik ...Marleen<br /><br />De "random motion" is dacht ik vooral een temperatuur beweging. <br /><br />In 1944 heeft Erwin Schrodinger een heel aardig boekje geschreven "What is life", en hoewel toen de structuur van DNA niet bekend was is het verrassend hoe ver zijn inzichten op het gebied van a-periodieke kristallen , mutaties etc al gingen. In het boekje wordt beschreven wat de kans is dat door TEMPeratuur effecten discrete energietoestanden van moleculen worden overschreven.<br />Schrodinger beschrijft geen tunneleffecten alleen de relatie temperatuur en de kans op bijv dissociatie etc<br /><br />Het is denk ik goed leesbaar en voor zover ik weet nog steeds gangbare natuurkunde<br />Zie met name vanaf blz 17 <br /><br />http://whatislife.stanford.edu/LoCo_files/What-is-Life.pdf<br /> Andrehttps://www.blogger.com/profile/09275378994958449870noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-51480961652860739882014-07-07T13:22:29.822+02:002014-07-07T13:22:29.822+02:00Gert,
Ik zag dat de conclusie van het artikel van...Gert,<br /><br />Ik zag dat de conclusie van het artikel van Francesca Melin verwees naar de Extended Synthesis van Pigliucci en Muller 2010. Dat Massimo Pigliucci nogal wat wetenschappers heeft bekritiseerd, heeft hij geweten. Hij is ook bioloog dus moet voor ons wel iets interessants te melden hebben. Zijn laatste boek ben ik mee bezig, maar er komt tot nu toe niet veel over mutatie, toeval en ‘fundamentele’ biologie aan te pas, wat ook niet te verwachten is als je de titel ervan beschouwd.<br /><br />Het is waarschijnlijk interessanter om dan de ‘Extended Synthesis for Evolutionary Biology’ uit 2009 van hem eens te lezen.<br /><br />Om terug te komen op mijn wellicht voor de hand liggende vraag hierboven, zou ik hier willen verwijzen naar mijn blogbericht over de ‘De ratel van het leven’: <br />https://ascendenza.wordpress.com/2013/01/21/de-ratel-van-het-leven/ <br />waarin deze vraag ook aan de orde komt.<br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-53001520801236074132014-07-07T12:06:07.385+02:002014-07-07T12:06:07.385+02:00Marleen, ik was het arrogante en irritante gedram ...Marleen, ik was het arrogante en irritante gedram van Kees een beetje zat.<br />Dat wil niet zeggen dat jij er niet meer op door mag gaan...<br /><br />Je schreef "...er moeten blijkbaar ook <br />filosofen aan te pas komen. "<br />Dat 'blijkbaar' ben ik niet met je eens. Filsosofen hebben niet per definitie iets nuttigs in te brengen in de biologie. Filosofen kunnen nog wel eens biologen arrogant de les lezen. Het tijdschrift 'Philosophy & Theory in Biology' is opgericht door de filosoof-bioloog Massimo Pigliucci (degene die nogal arrogant Neil Degrasse Tyson op zijn vingers tikte) en het tijdschrift is een concurrent van het al veel langer bestaande tijdschrift 'Biology & Philosophy' (deze laatste is volgens mij meer gezaghebbend, Michael Ruse was er aan verbonden)gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-49999437812133415942014-07-07T10:59:07.126+02:002014-07-07T10:59:07.126+02:00Gert en Kees,
Het is jammer dat de discussie gesl...Gert en Kees,<br /><br />Het is jammer dat de discussie gesloten is. Het is volgens mij niet van belang wie hier aan wie de les leest. Het is duidelijk dat het toeval in biologie niet goed gedefinieerd is (zie ook de interessante link waar Leonardo naar verwijst), er moeten blijkbaar ook filosofen aan te pas komen. De filosofe in kwestie, Francesca Merlin, kaart de mogelijke fysische oorsprong (door kwantumtoeval) van spontane mutaties overigens niet aan.<br /><br />Nu stelde ik Kees een aantal vragen naar aanleiding van wat ik gelezen had bij Peter Hoffmann. Dit onderwerp is naar mijn idee zeer boeiend, en ik wilde hierbij Kees bedanken voor zijn geduld en antwoorden. Ik heb nog wel meer vragen, maar mijn tekort aan kennis in de natuurkunde laat het stellen daarvan niet toe helaas.<br /><br />Toch zou ik nog de volgende vraag hier willen neerzetten. Kan de ‘random motion’ van atomen die blijkbaar toe te schrijven is aan kwantummechanica niet aan de basis staan van ‘lokale energiepieken’ die er toe leiden dat zich op moleculair niveau reacties afspelen die aan de basis zouden kunnen staan van de vorming van precursoren voor macromoleculen zoals peptiden en RNA bijvoorbeeld? Als daar geen antwoord op mogelijk is dan is dat ook prima. <br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-77874627726316969172014-07-07T09:54:57.299+02:002014-07-07T09:54:57.299+02:00Kees, biologen gebruiken begrippen die zij nuttig ...Kees, biologen gebruiken begrippen die zij nuttig vinden in hun vakgbied. Natuurkundigen gebruiken begrippen die zij nuttig vinden in hun vakgebied.<br /><br />Wie denk je wel dat je bent dat je biologen de les leest?<br /><br />Discussie gesloten.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-56236972604315022012014-07-06T21:02:57.153+02:002014-07-06T21:02:57.153+02:00Beste Leonardo,
Je hebt helemaal gelijk. Ik ben do...Beste Leonardo,<br />Je hebt helemaal gelijk. Ik ben dol op katten en heb er zelf drie. Dat van die kat bedacht Schrödinger om de kwantuminterpretatie van Niels Bohr belachelijk te maken. Bohr en Heisenberg beweerden dat de kat zowel dood als levend tegelijk kon zijn en dat je pas zekerheid kreeg als je ging kijken. Alle voorbeelden van Schrödingers kat negeer ik categorisch want een kwantumdeeltje kan niet op twee plaatsen tegelijk zijn. Het is ronduit onzin. Het gaat in die toestand namelijk over golven en niet over deeltjes. Een golf heeft een zekere uitgebreidheid en kan daarom wel om meerdere plaatsen tegelijk aanwezig zijn. Die golf betreft de De Brogliegolven welke heel eenvoudig zijn te berekenen. Bij grotere deeltjes wordt de golflengte zo klein dat ze kleiner worden dan de kleinst mogelijke afstand in de natuurkunde: de Plancklengte. Dat gebeurt al vrij snel en is de reden dat de kwantumfysica zich moet beperken tot het uiterst kleine. Een kat is daartoe veel en veel te groot. Overigens zijn die De Brogliegolven niet direct waarneembaar. Zo gauw je probeert ze waar te nemen verdwijnen ze en manifesteert zich het deeltje weer. Enkel uit indirecte waarneming weten we dat ze bestaan: uit de interferentiepatronen die ze veroorzaken. Indirecte waarneming als een bewijs is niks bijzonders in de fysica. Denk o.a. aan het Higgsdeeltje.<br />Mvg, Kees<br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-22950534886085887712014-07-06T20:43:25.596+02:002014-07-06T20:43:25.596+02:00Beste Marleen,
Je citeerde Peter Hoffmann:
“Life e...Beste Marleen,<br />Je citeerde Peter Hoffmann:<br />“Life emerges from the random motions of atoms, and statistical mechanics can capture the essence of this emergence.”<br />Daar ben ik het mee eens want dit komt geheel overeen met wat ik eerder schreef. Dit is het kwantumtoeval voortvloeiend uit het onzekerheidsprincipe van Heisenberg. <br /><br />Marleen schreef:<br />“Je was het eens met deze fysicus, maar hij spreekt niet van kwantumtoeval of kwantummechanica, maar de ‘random motion of atoms’ en dat lijkt mij toch iets anders dan kwantummechanica (?).”<br />Antwoord: Nee hoor, dat is het niet. Het is *exact* hetzelfde: Heisenbergs principe. <br /> <br />Marleen schreef:<br />“Maar goed, als het dan statistisch vast te stellen is, dan is het meetbaar, dan kun je er een waarde aan toekennen. Op basis daarvan moet toch onderzocht kunnen worden hoe dode materie tot leven komt, d.w.z. hoe de eerste precursoren voor replicatoren tot stand kwamen?” <br />Antwoord: Dat kan dan enkel op basis van kansen en kansen hebben op zich niks met toeval te maken. Daar komt het spreektaal ‘toeval’ vaak om de hoek kijken, maar dat is geen werkelijk toeval. Kansen zijn gedetermineerd, ook die van het kwantumtoeval.<br /><br />Marleen schreef:<br />“Wat heeft het voor implicaties als zou blijken dat kwantumtoeval bepalend is voor het ontstaan van replicatoren? Ik kan dat niet overzien.”<br />Antwoord: Dan is het hoogst onwaarschijnlijk dat je het ontstaan van het leven ooit kunt reconstrueren.<br /><br />Marleen schreef:<br />“Net als Gert denk ik dat het toeval in de biologie uit puntmutatie bestaat. Maar zoals je al eerder liet zien met het artikel van Gerlich et al., kan die puntmutatie heel goed een gevolg zijn van kwantumtoeval. Dat weet ik niet.”<br />Antwoord: Dat weet ik ook niet en daarom heb ik gepleit voor het gaan samenwerken van biologen en fysici op dat gebied. <br /><br />Marleen schreef:<br />“Als kwantumtoeval verantwoordelijk is voor het toeval in de biologie, namelijk puntmutaties, dan kan het eenvoudigweg toeval genoemd worden.”<br />Antwoord: Zeker, maar ik wil het onderscheiden benadrukken t.a.v. het spreektaal ‘toeval’ en al die andere, in dit verband merkwaardige definities van toeval die geen kwantumtoeval zijn Kwantumtoeval is het enige kenbare en aangetoonde toeval. De andere zijn min of meer bedacht vanuit onwetendheid en zijn fysisch niet als toeval aantoonbaar.<br /><br />Mvg, Kees<br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-19728263400104197342014-07-06T20:42:58.705+02:002014-07-06T20:42:58.705+02:00Beste Gert,
Hiervoor schreef ik dat je definitie v...Beste Gert,<br />Hiervoor schreef ik dat je definitie van toeval t.a.v. mutaties faalt. <br />Trek het je niet al zeer aan. Wikipedia, waar ik veel respect voor heb en geld aan doneer, zit er m.i. ook naast. <br />Op http://nl.wikipedia.org/wiki/Toeval staat: <br />“Biologie<br />In de biologie wordt gebruikgemaakt van toeval in het kader van de evolutietheorie. Hier betekent toeval dat de loop der dingen geschiedt zonder doelmatigheid. Dit is volstrekt iets anders dan het toeval zoals bekend in de natuurkunde.”<br /><br />Dat het een ander toeval is dan dat in de natuurkunde, waar ik het over heb gehad, wordt hier bevestigd. Volgens mij moet het toeval in de biologie hetzelfde zijn als dat van de fysica, maar daar heb ik al eerder uitgebreid voor gepleit. <br />Zoals Wikipedia het toeval in de biologie definieert, slaat wat mij betreft nergens op: “de loop der dingen geschiedt zonder doelmatigheid”. Het feit dat de evolutie of een mutatie niet doelgericht is niet hetzelfde als toeval. Een gebeurtenis die een oorzaak heeft, en bijgevolg gedetermineerd is, hoeft noodzakelijkerwijs helemaal geen doel te hebben. Dat is antropocentrisme. De definitie die Wikipedia geeft is derhalve fout. <br /><br />De Engelstalige Wikipedia schrijft (http://en.wikipedia.org/wiki/Randomness):<br />“In biology<br />The modern evolutionary synthesis ascribes the observed diversity of life to natural selection, in which some random genetic mutations are retained in the gene pool due to the systematically improved chance for survival and reproduction that those mutated genes confer on individuals who possess them.<br />The characteristics of an organism arise to some extent deterministically (e.g., under the influence of genes and the environment) and to some extent randomly. For example, the density of freckles that appear on a person's skin is controlled by genes and exposure to light; whereas the exact location of individual freckles seems random.”<br />De eerste alinea is geen definitie maar een beschrijving van hoe men denkt dat evolutie werkt. De tweede alinea is evenmin een definitie van wat het toeval in de biologie behelst. Het is niet meer dan een voorbeeld van hoe genen sproeten veroorzaken, maar niets zeggen over de plaats waar die sproeten zich zullen uiten. Als je dat laatste niet weet, en niet kunt onderbouwen dat het een fundamenteel toeval is, dan mag je dat niet zomaar toeval noemen. In de kwantumfysica bijvoorbeeld, is het toeval fundamenteel. Daar valt niets meer over te weten te komen. Helaas, ook met deze definitie van het biologische toeval door Wikipedia valt niks aan te vangen.<br /><br />Mvg, Kees<br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-43621781720483522822014-07-06T20:42:21.730+02:002014-07-06T20:42:21.730+02:00Beste Gert,
Mag ik eerst even naar jouw reactie op...Beste Gert,<br />Mag ik eerst even naar jouw reactie op Leonardo (zaterdag 5 juli 2014 12:27:00).<br />Leonardo schreef: "... Ik zou zeggen: of iets moeilijk is, of gecompliceerd, doet er niet toe. Iets gebeurt of iets gebeurt niet."<br />Reactie Gert: “het doet er WEL toe of iets een kleine kans heeft omdat het 'moeilijk' is!”<br />Ik ben het eens met wat Leonardo schreef. Ongeacht of iets moeilijk is of gecompliceerd, *voor ons* welteverstaan, de natuur trekt zich daar niets van aan. Die doet gewoon wat ze moet doen, d.w.z. volgt haar eigen regels, waarvan wij er slechts enkele en dan nog deels kennen. Het opvallende is inderdaad dat de natuur uit het aanbod van meerdere keuzes die de natuur *volgens ons* heeft, er slechts één kiest. Dus iets gebeurt of iets gebeurt niet. In het laatste heeft de natuur een andere keuze gemaakt. Uiteraard voor zover er van een keuze sprake kan zijn. Wíj zijn het die het zo interpreteren. <br />Wat jij in je reactie schrijft Gert klopt ook, alleen is het naar mijn mening iets geheel anders dan wat Leonardo op het oog had. <br /><br />Dan mijn commentaar op de eerste alinea in je reactie hiervoor. Wat je daar schreef ontken ik niet, maar daar ging het mij niet om. In het bijzonder had het betrekking op de zeer kleine kans om het aardse ontstaan van het leven te reconstrueren als het kwantumtoeval daar een rol in speelt.<br /><br />Veel belangrijker is echter je tweede alinea, waarvoor mijn dank.<br />Op mijn vraag wat volgen jou de beste definitie van het toeval in de biologie is, schreef je:<br />“Ten aanzien van mutaties: een punt mutatie in DNA is de niet voorspelbare vervanging van een base door 1 van de andere 3 bases in het DNA. Deze substitutie heeft geen relatie met wat goed is voor het organisme. Kan gunstig of ongunstig of neutraal zijn. Dit komt door de lange keten van oorzaak en gevolg van een base substitutie, via mRNA, tRNA, aminozuur, eiwit (van lineaire naar 3 dimensionale structuur), cellulaire gevolgen, organisme gevolgen, fitness, reproductie.” <br />De lange keten *van oorzaak en gevolg*, inderdaad. Maar dat is toch determinisme? <br />Daarenboven heb je het hier over *niet voorspelbaarheid*. In mijn reactie van woensdag 2 juli 2014 12:09:00 en woensdag 2 juli 2014 12:10:00 schreef ik hierover dat onvoorspelbaarheid weinig met toeval heeft te maken. Je kan er vervolgens hooguit met kansberekeningen iets van proberen te maken. Echter, zoals ik bij punt 5 op woensdag 2 juli 2014 12:10:00 al schreef: kansen zijn deterministisch. Ook die van het kwantumtoeval. <br />*Niet voorspelbaar* is, zou ik bijna zeggen, inherent aan complexe al dan niet deterministische systemen op kleine schaal. Maar als je het over kansen hebt moet je het over kansen blijven spreken en niet vervallen in het ‘toeval’ van de spreektaal. Dat laatste heeft niks met toeval te maken. Het spijt mij Gert, maar je definitie van toeval t.a.v. mutaties faalt. <br /><br />Mvg, Kees<br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-23918026750495457152014-07-06T17:43:38.150+02:002014-07-06T17:43:38.150+02:00Kees,
In het artikel dat je Marleen voorlegde Qua...Kees,<br /><br />In het artikel dat je Marleen voorlegde <b>Quantum interference of large organic molecules</b> staat een mooie concluderende zin: "In as far as the term designates the quantum superposition of two macroscopically distinct states of a highly complex object, the molecules in our new experimental series are among the fattest Schrödinger cats realized to date."<br /><br />Daar zit iets paradoxaals in. Schrödinger's kat was als metafoor bedoeld om de golf-deeltje-dualiteit aan de kaak te stellen. Kennelijk is het nu al een metafoor geworden om juichend te doen over die dualiteit: the fattest Schrödinger cats realized to date.<br /><br />'t Kan verkeren, zei Bredero al.<br />leonardohttp://not-a-single-footnote-to-plato.blogspot.it/2014/02/t-zat-er-dik-in.htmlnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-71234772576083166622014-07-06T17:22:47.274+02:002014-07-06T17:22:47.274+02:00Gert,
hier heb je een artikel dat aangeeft dat er ...<br />Gert,<br />hier heb je een artikel dat aangeeft dat er verschil bestaat tussen de mathematische (en ik vermoed fysische) definitie van "by chance" en die van de evolutiebiologie.<br /><br /><a href="http://quod.lib.umich.edu/p/ptb/6959004.0002.003/--evolutionary-chance-mutation-a-defense-of-the-modern?rgn=main;view=fulltext" rel="nofollow"><b>Modern Synthesis' Consensus</b></a><br /><br />Hier een citaat: Therefore, the notion of chance used by biologists of the Modern Synthesis is not synonymous with the notions of “equal probability” and “independence.”<br /><br />Ik moet het zelf nog even proeven, maar ik denk: ik informeer je alvast.<br /><br />Ik kan me (voorlopig) niet aan de indruk onttrekken, als ik naar de literatuur kijk, dat biologen "by chance" toepassen op de gewenste uitkomst (positief of negatief voor het evolutionaire proces - wat positief of negatief in dit geval ook moge betekenen) en niet op de oorzaak.<br /><br />Daar zit natuurlijk wel een verschil!<br /><br />Ik ben zeer benieuwd naar je commentaar.<br />Ik snuffel ondertussen nog even verder.leonardohttp://not-a-single-footnote-to-plato.blogspot.it/2014/02/t-zat-er-dik-in.htmlnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-45595234205638210312014-07-06T15:07:56.275+02:002014-07-06T15:07:56.275+02:00Beste Kees,
Als het ontstaan van leven voortvloei...Beste Kees,<br /><br />Als het ontstaan van leven voortvloeit uit kwantumtoeval, dan wordt het inderdaad lastig om tot op het nanoniveu te bepalen wat er precies, stapje voor stapje gebeurd is. Het enige dat mij echter van belang lijkt is datgene waar Peter Hoffmann het over heeft.<br /><br />“Life emerges from the random motions of atoms, and statistical mechanics can capture the essence of this emergence.”<br /><br />Je was het eens met deze fysicus, maar hij spreekt niet van kwantumtoeval of kwantummechanica, maar de ‘random motion of atoms’ en dat lijkt mij toch iets anders dan kwantummechanica (?). <br />Maar goed, als het dan statistisch vast te stellen is, dan is het meetbaar, dan kun je er een waarde aan toekennen. Op basis daarvan moet toch onderzocht kunnen worden hoe dode materie tot leven komt, d.w.z. hoe de eerste precursoren voor replicatoren tot stand kwamen? Wat heeft het voor implicaties als zou blijken dat kwantumtoeval bepalend is voor het ontstaan van replicatoren? Ik kan dat niet overzien.<br /><br />Net als Gert denk ik dat het toeval in de biologie uit puntmutatie bestaat. Maar zoals je al eerder liet zien met het artikel van Gerlich et al., kan die puntmutatie heel goed een gevolg zijn van kwantumtoeval. Dat weet ik niet. Als kwantumtoeval verantwoordelijk is voor het toeval in de biologie, namelijk puntmutaties, dan kan het eenvoudigweg toeval genoemd worden.<br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-36676718461761618572014-07-06T13:37:18.660+02:002014-07-06T13:37:18.660+02:00Kees zei "Onderzoeken naar het ontstaan van h...Kees zei "Onderzoeken naar het ontstaan van het leven zullen uiteindelijk leiden tot vele mogelijke wegen, maar je zult hoogstwaarschijnlijk nooit de werkelijke historie kunnen aantonen van wat hier op aarde is gebeurd." <br />Alle onderzoek naar de geschiedenis van het leven (evolutie) is een reconstructie van wat er in het verleden is gebeurd. Zo ook het ontstaan van het leven. Zo ook het ontstaan van vogels, zoogdieren, de ijstijden, en alles wat in het verleden is gebeurd op aarde, in de cosmos.<br /><br />"Wat is volgens jullie de beste definitie van het toeval in de biologie? "<br />Ten aanzien van mutaties: een punt mutatie in DNA is de niet voorspelbare vervanging van een base door 1 van de andere 3 bases in het DNA. Deze substitutie heeft geen relatie met wat goed is voor het organisme. Kan gunstig of ongunstig of neutraal zijn. Dit komt door de lange keten van oorzaak en gevolg van een base substitutie, via mRNA, tRNA, aminozuur, eiwit (van lineaire naar 3 dimensionale structuur), cellulaire gevolgen, organisme gevolgen, fitness, reproductie.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-11594830514249699192014-07-06T13:25:56.531+02:002014-07-06T13:25:56.531+02:00Beste Leonardo, " is bij jou het determinisme...Beste Leonardo, " is bij jou het determinisme nu helemaal verdwenen, en is alleen het toeval overgebleven, of is het een combinatie?"<br />De meeste biologen zijn contingency aanhangers: veel eigenschappen van het leven hadden anders kunnen zijn dan ze nu zijn.<br />Ik heb echter sinds kort determinisme, cq inevitability aanhangers (her)ontdekt: Christian de Duve is er een. Maar Harold Morowitz is zeker net zo'n interesant figuur en zeker de moeite waard. Ik ben nu zijn (gratis) artikel 'A Theory of Biochemical Organization, Metabolic pathways, and Evolution' (1999) aan het lezen.<br />Het is ook interessant voor mensen met een fysische belangstelling (Kees).<br />Voordat ik het standpunt van de deterministen goed tot me heb laten doordringen kan ik nog niets zeggen...gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-51829507482970986642014-07-06T11:07:22.236+02:002014-07-06T11:07:22.236+02:00Beste Gert en Marleen,
Op 5 juli 2014 10:54:00 vro...Beste Gert en Marleen,<br />Op 5 juli 2014 10:54:00 vroeg Leonardo zich m.i. terecht het volgende af:<br />“stel, je hebt ontdekt en aangetoond dat toeval het leidende principe is, heeft het dan nog zin, of is het überhaupt mogelijk om naar de oorsprong van het leven te zoeken?” <br />Als voor toeval het kwantumtoeval wordt ingevuld is de kans dat je ooit kunt verklaren hoe het leven op aarde is ontstaan, onnoemelijk klein. Onderzoeken naar het ontstaan van het leven zullen uiteindelijk leiden tot vele mogelijke wegen, maar je zult hoogstwaarschijnlijk nooit de werkelijke historie kunnen aantonen van wat hier op aarde is gebeurd. Vergelijk het een beetje met de snaartheorie en zijn 10^500 mogelijke universa. Er is tot nog toe geen enkel zicht om zodanige criteria vast te stellen dat je er ons universum uit kunt halen. <br /><br />Dan heb ik nog een verzoek. Wat is volgens jullie de beste definitie van het toeval in de biologie? <br />Mvg, Kees<br />Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-76743136759394699732014-07-06T10:28:54.028+02:002014-07-06T10:28:54.028+02:00Gert,
Eerst een compliment.
Iedere keer als ik la...Gert,<br /><br />Eerst een compliment.<br />Iedere keer als ik langs kom bij je blog - en dat is vaker dan die paar keer dat ik behoefte heb om iets te zeggen - heb ik plezier. Dankzij je toewijding. Ook dankzij de verzorgde teksten en presentatie.<br />Waar je me ook veel plezier mee doet is hoe je de discussies ingaat. Met de laatste reactie waarin je mij "toespreekt" - ik beschouw het als toespreken, geeft niet hoor, ik val daar niet van om - heb je me weer een moment van vrolijkheid bezorgd.<br /><br />Wel, ik geloof dat we de onvermijdelijkheid wel in de ijskast kunnen zetten. Toch? Ik zie tenminste niks deterministisch aan een proces waarvan jij oordeelt dat het tijd verspilt.<br />Ik vind dat wel mooi, hoor. Lang geleden, het lijkt alweer een eeuwigheid, hadden we Van Agt nodig om de wereldverbeteraars onder ons er aan te herinneren dat NL toch echt niet meer is dan een speldeknopje op een hele grote wereldbol.<br />En nu ga jij die wereld, wellicht ons universum, ik zou haast zeggen het Universum, ook nog bestraffend toespreken omdat ze zoveel tijd verknoeit met het maken van een fatsoenlijke eukaryoot.<br /><br />Blijft de vraag: is bij jou het determinisme nu helemaal verdwenen, en is alleen het toeval overgebleven, of is het een combinatie?<br />leonardohttp://not-a-single-footnote-to-plato.blogspot.it/2014/02/t-zat-er-dik-in.htmlnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-32220795528396416732014-07-05T13:41:42.155+02:002014-07-05T13:41:42.155+02:00Marleen zei: "Ik ben aan dit boek (‘Acquiring...Marleen zei: "Ik ben aan dit boek (‘Acquiring genomes’) begonnen. "<br />Ik weet wel waarom je het boek niet uitgelezen hebt: het onredelijk, irritante, domme anti-Darwinisme van Margulis!<br />Waardoor vele evolutiebiologen niets van margulis en haar symbiose verhaal moesten hebben. Daarom kwam het nauwelijks in de Evolutiehandboeken terecht!!! (heb het nagezocht)gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-11213404543316116262014-07-05T12:27:24.598+02:002014-07-05T12:27:24.598+02:00Leonardo zei "Gert, ik sta een beetje van je ...Leonardo zei "Gert, ik sta een beetje van je antwoord te kijken." Mooi zo!!!<br />"... Ik zou zeggen: of iets moeilijk is, of gecompliceerd, doet er niet toe. Iets gebeurt of iets gebeurt niet."<br />het doet er WEL toe of iets een kleine kans heeft omdat het 'moeilijk' is!<br /><br />L: "het universum heeft de tijd om daarop te wachten."<br />Nee. het universum heeft al veel tijd verloren voordat zwaardere atomen geproduceerd werden die nodig zijn voor leven. (Fe,S,P,...)<br />En de habitable period van onze aarde is ook maar beperkt: die hangt van de nuttige levensduur van onze zon: die is al over de helft!<br />Evolutie op aarde heeft veel tijd verloren omdat de aarde zeker een miljard jaar zuurstofloos geweest is. En het duurde een paar honderd miljoen jaar voordat zuurstof in de atmosfeer begon te verschijnen. En 5 major mass extinctions die het leven bijna van de aardbodem weggevaagd hebben, wat neerkomt op een reset van het leven, en dan moet je weer opnieuw beginnen grotendeels. kost tijd! etc etc etc <br /><br />Belangrijk:<br />Tim Lenton en Andrew Watson (2011, 2013) Revolutions that made the Earth. Daar vind je het 'criticial steps model' dat zegt dat het ontstaan van de mens op aarde afhankelijk is van een aantal cruciale en onwaarschijnlijke transities. Omdat ze onwaarschijnlijk zijn duurt het lang voordat ze optreden. En omdat het meerdere steps zijn die elkaar in de tijd moeten opvolgen kan het statistisch nog langer duren, gevaarlijk langer want het moet allemaal binnen de nuttige levensduur van de zon gebeuren! en die is niet oneindig!<br /><br />Dus: ik sta een beetje van je antwoord te kijken???<br /><br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-55358270849803402462014-07-05T11:54:32.889+02:002014-07-05T11:54:32.889+02:00Willy Haagsma,
Hartelijk dank voor deze verwijzin...Willy Haagsma,<br /><br />Hartelijk dank voor deze verwijzing naar Lenski.<br /> <br />Gert, dank voor je referenties, die moet ik nog bekijken.<br />Je zou kunnen stellen dat Lynn Margulis de evolutie van leven eerder baseert op symbiose dan op erfelijkheid. Heel interessant. Ik ben aan dit boek (‘Acquiring genomes’) begonnen. Er staan prachtige voobeelden in, maar had op een bepaald moment weinig vertrouwen in haar theorie. Er zijn inderdaad veel voorbeelden van symbiose en endosymbiose en men ontdekt er steeds meer, maar de intracellulaire endosymbiose als gevolg van fagocytose is dan wel niet uniek, maar wel erg zeldzaam, maar ik moet je verwijzingen nog bekijken. <br /><br />leonardo,<br /><br />Het gaat om een opeenstapeling van (zeer lage) kansen (het ontstaan van DNA, de cel, de eucaryotische cel, fotosynthese tot uiteindelijk de ontwikkeling van onze hersenen). Het is alsof je, om uiteindelijk bij de ‘goede uitkomst’* te komen, voortdurend en bij elke trekking of dan ten minste zo nu en dan het winnende lot hebt. Dan moet je voortdurend blijven spelen. Dat ‘spel’ gaat wel door zolang er leven is. Daarmee blijft het meest interessante punt hoe groot de kans is dat er leven ontstaat en natuurlijk hoe het ontstaat. Maar het zullen wel theorieën blijven.<br /><br />*Er is alleen een ‘goede uitkomst’ vanuit ons perspectief. Zoals Thornton zegt had het allemaal ook heel anders kunnen lopen. Daarmee is het de natuurlijke selectie die bepaalt wat de ‘permissive mutations’ zijn die de ‘goede uitkomst’ vormen.<br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.com