tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post407275183705765736..comments2024-03-28T22:03:12.704+01:00Comments on Evolution blog: Volendammer mutatie tast de kern van de genetische codering van de mens aangert korthofhttp://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comBlogger7125tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-52717916329813708742016-03-22T16:47:46.854+01:002016-03-22T16:47:46.854+01:00ok gert
dank
ik begreep uit wiki dat het uitslui...ok gert<br /><br />dank<br /><br />ik begreep uit wiki dat het uitsluitend om gestoorde ontwikkeling van de kleine hersenen ging. (deze patiënten zijn duidelijk ook geen microcefalen). in dat geval zou het te maken kunnen hebben met het verschil (in ontwikkeling) van die grotere purkinje-cellen die ook een aantal unieke genen tot expressie brengen. Bijv: doi:10.1371/journal.pcbi.1002790. PMC 3527225. PMID 23284274.harrypnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-89678630258689169422016-03-22T11:43:09.551+01:002016-03-22T11:43:09.551+01:00De auteurs (Frank Baas et al) besluiten met:
On t...De auteurs (Frank Baas et al) besluiten met:<br /><br />On the other hand it is possible that there is a time frame during embryogenesis in which there is an extra <b>high demand for protein synthesis in neuronal tissue</b> in the early post-migratory stage. Human brain tissue expresses relatively high overall levels of nuclear and mitochondrial encoded tRNAs, which might be due to higher levels of translation in the CNS compared to other tissue. ...<br />Therefore it is very likely that nutrients and proteins are highly essential for normal brain development.<br /><br />In summary, the most likely explanation for the neurological phenotype in the disorders described above is that maturing neurons are more vulnerable for defects in protein synthesis than other tissues, but this does not explain the difference between disease presentation shared by mutations of TSEN, RARS2 and SEPSECS, in which the cerebellum appears to be preferentially affected and other diseases (KARS, YARS, GARS, SARS2), with a different disease presentation.<br /><br />Hopefully identification of new genes in PCH subtypes will provide further insight and lead us to a common disease pathway. Also further research on TSEN and/or RARS2 function in PCH models is necessary to elucidate <b>the question why solely the brain, and specifically the cerebellum and pons are affected in PCH.</b><br /><br />Ik kan me zoiets voorstellen dat op de een of andere manier tRNA genen met introns specifiek actief zijn tijdens de embryogenese van de hersenen, en dat gaat hier dus fout, en dat andere vitale organen bediend worden door intronloze tRNA genen. Dit is mijn hypothese. Het wonderlijke en geluk-bij-een-ongeluk is dat er verschillende soorten introns zijn en ook verschillende systemen zijn om introns te verwijderen. Daardoor blijven de effecten van bep. muaties 'lokaal' en hebben dus geen globaal effect, ahw gecompartimentaliseerd. Maar dat heeft natuurlijk niets met 'design' te maken!<br /><br />Ik heb Frank Baas enige vragen gesteld per email. Zodra ik antwoorden heb zal ik dat hier berichten.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-53464678627733570762016-03-22T11:15:39.998+01:002016-03-22T11:15:39.998+01:00gert
zeer interessant en leerzaam. dank
je zegt ...gert<br /><br />zeer interessant en leerzaam. dank<br /><br />je zegt 'het is vooralsnog een raadsel waarom deze mutatie niet in een zeer vroeg stadium van de zwangerschap fataal is voor het embryo'.<br /><br />Ik begrijp dat de aandoening vooral betrekking heeft op de ontwikkeling van de kleine hersenen en helemaal niet op die van grote hersens. Misschien dat dat (een begin van) de oplossing is van het raadsel?<br /><br />Enig idee?<br /><br />harrypnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-48173453342414466712016-03-18T07:03:12.135+01:002016-03-18T07:03:12.135+01:00Dankjewel Gert voor je aanvulling ook van de duide...Dankjewel Gert voor je aanvulling ook van de duidelijke grafiek.<br /><br />Ik heb ook geen idee wat er zou kunnen gebeuren wanneer er een tRNA met het juiste anti-codon ontbreekt. Het zou inderdaad kunnen dat er een ander tRNA voor in de plaats gebuikt wordt waardoor er wel een eiwit ontstaat, maar met andere eigenschappen, kleine alteraties. Het moet eigenlijk wel zoiets zijn want als er inderdaad 3 aminozuren niet gebruikt kunnen worden en de betreffende eiwitten gedurende elongatie op dit punt afbreken, dan zouden er heel weinig eiwitten beschikbaar zijn en zou dit leven al vroeg onmogelijk worden. Dat een kind met de volendamse ziekte toch nog 10 jaar oud kan worden lijkt aan te geven dat er tot op zekere hoogte gecompenseerd kan worden voor het gebrek aan deze aminozuren.Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-24358238090044193782016-03-17T09:13:24.516+01:002016-03-17T09:13:24.516+01:00Marleen, ik heb nu in de staafdiagram de 8 codons ...Marleen, ik heb nu in de staafdiagram de 8 codons toegevoegd die bij de 7 aminozuren behoren. Hopelijk wordt het nu duidelijker. Die 8 codons zijn onvervangbaar, kunnen nu eenmaal niet vervangen worden andere codons, want die zitten in het DNA, mRNA, tRNA, en die zul je moeten vertalen. Natuurlijk kun je op evolutionaire termijn codons vervangen door alternatieven, maar niet voor de ongelukkige patient.<br />De enige redding is dat je intacte tRNA genen hebt voor niet-werkende codons. En dat is van toepassing op 5 van de 8 tRNA genen. Dan blijven er 3 codons over die niet vertaald kunnen worden: Cys -ACA; Tyr - ATA; Ile - TAT.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-43102960573884027572016-03-16T21:04:39.931+01:002016-03-16T21:04:39.931+01:00Marleen, die 506 tRNA genen zouden in principe rui...Marleen, die 506 tRNA genen zouden in principe ruim voldoende kunnen zijn, als het systeem intelligent ontworpen was. Maar helaas hebben die Volendammer patienten niets aan die andere 474 tRNAs want die coderen niet de aminozuren Trp, Cys, Tyr (2x), Ile, Leu, Arg, Pro met behulp van de 8 codons zoals in rood en oranje aangegeven in de genetic code table. Dus: er zijn genoeg alternatieve codons beschikbaar in de genetic code table, maar daar je heb in dit geval niets aan. Het gaat om die 8 specifieke codons: UUG, CCU, etc als je die niet kunt vertalen met de bijbehorende tRNAs, dan heb je een lege plek in je eiwitketen. en dat kan natuurlijk niet. toch? tsja, wat gebeurt er als er bij een groeiende eiwitketen op het ribosoom opeens een codon in het mRNA niet vertaald kan worden mbv een passend tRNA? eerlijk gezegd heb ik geen idee! Jij? het proces stopt? er komt een tRNA met een codon die er het meest op lijkt? niet onmogelijk, maar ik heb geen idee! Daar schiet mijn biochemische kennis te kort.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-14024155133665275322016-03-16T17:57:21.250+01:002016-03-16T17:57:21.250+01:00Een heel interessant blog Gert.
Je schrijft dat e...Een heel interessant blog Gert.<br /><br />Je schrijft dat er 32 tRNA genen getroffen worden door de mutatie van het splicing systeem. In totaal zijn er 506 tRNA genen. Blijkbaar is dat niet genoeg om voor de mutatie te compenseren. Ik vraag me af waarom dat niet genoeg is. Zijn die 474 tRNA genen verantwoordelijk voor de 'resterende tRNA zonder introns' (groen)? <br /><br />Ik kan er in je noten niet veel over vinden. Misschien kun je daar wat meer over zeggen.<br />Marleenhttps://www.blogger.com/profile/01404234060103026188noreply@blogger.com