tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post9153252234065246528..comments2024-03-28T22:03:12.704+01:00Comments on Evolution blog: Ontdekking: menselijk embryo produceert 3 mutaties per celdelinggert korthofhttp://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comBlogger19125tag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-43988489474494091042017-05-09T15:06:54.003+02:002017-05-09T15:06:54.003+02:00NB: dit blog was van 5 april, dat is > 30 dagen...NB: dit blog was van 5 april, dat is > 30 dagen geleden, vandaar moderatie.<br />Doe je je comments op de PC? dan zou het goed moeten gaan.<br />Ik heb nog geen beter layout gevonden voor de ipad waar de comments goed gaan en dat ook op zo'n aardige en overzictelijke wijze vorige blogs toont. Alternatief is teruggaan naar het oude layout.<br /><br /><i>Science</i> 28 april 2017: "Intersection of diverse neuronal genomes and neuropsychiatric disease: The Brain Somatic Mosaicism Network": ..."Somatic mutations caused by mobile genetic elements or errors in DNA repair may underlie certain neuropsychiatric disorders. ... indicate that each neuron may harbor hundreds of somatic mutations. ... "<br /><br /><a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2017/05/170504104342.htm" rel="nofollow">Researchers identify 6,500 genes that are expressed differently in men and women</a>:<br />"... showed that mutations in genes specific to sperm formation persist precisely because the genes are expressed only in men. A mutation that is problematic for only half the population, no matter how detrimental, is freely passed on to the next generation by the other half."<br />Het kan wel dat vrouwen daar geen last van hebben, maar als vrouwen die mutatie doorgeven aan hun zonen, hebben die zonen een lagere fertiliteit en dus heeft de moeder minder nakomelingen in de 2e generatie zou ik zeggen... tenzij ze méér dochters produceert ...<br /><br />en dit is interessant: "The more a gene was specific to one sex, the less selection we saw on the gene. And one more difference: This selection was even weaker with men,"<br />en toch zijn er na miljoenen jaren nog steeds 6.500 genen die een verschillende expressie hebben bij man en vrouw. De verschillen worden gehandhaafd door natuurlijke selectie. het probleem zit hem hier:<br />""In many species, females can produce only a limited number of offspring while males can, theoretically, father many more;..." in de praktijk kan het anders zijn...<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-16633358460652461162017-05-08T14:33:45.840+02:002017-05-08T14:33:45.840+02:00gert
zie ook:
DOI: 10.1126/science.aab1785
en l...gert<br /><br />zie ook:<br /><br />DOI: 10.1126/science.aab1785<br /><br />en let op The Brain Somatic Mosaicism Network (BSMN)<br /><br />kwam nog leuk onderzoek tegen:<br /><br />Researchers identify 6,500 genes that are expressed differently in men and women BMC Biology (2017). DOI: 10.1186/s12915-017-0352-z <br /><br />(plaatsen van je reactie gaat overigens soms mis hier) <br /><br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-18695686992516827942017-05-05T11:23:49.871+02:002017-05-05T11:23:49.871+02:00Correctie: ik had geen rekening gehouden met dit f...Correctie: ik had geen rekening gehouden met dit feit: "The brain is usually more effected by these mutations, due the fact that more genes are expressed in the brain than in any other organ."<br />in: Kondrashov, A.S. 2012. The rate of human mutation. <i>Nature</i> 488: 467-468 <br /><br />dus: die 18.000 genen die tot expressie komen in de hersenen, zou best waar kunnen zijn, moet ik uitzoeken!gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-5288149886620758902017-05-03T09:03:46.296+02:002017-05-03T09:03:46.296+02:00Harry: " M.a.w. de ene mutatie is de andere n...Harry: " M.a.w. de ene mutatie is de andere niet." Klopt, Master regulatory genes controleren veel downward genes in de hierarchy. Maar logischerwijze zijn er daar minder van dan 'normale' genen.<br /><br />H: "het lastige is dat je niet op mensen (en apen) kunt experimenteren"<br />Harry, de natuur doet dat al voor ons, daarom is de clinische genetica zo'n boeiend vak. Alleen daar moet je wachten tot de mutaties optreden. Het 'grappige' is dat als wetenschappers diezelfde mutaties zouden aanbrengen in het DNA van een foetus of kind, was dat zwaar onethisch, maar nu de natuur dat zelfde doet, is het niet onethisch, maar ... (afhankelijk van je geloof invullen).<br /><br />H: "knaagdieren zijn niet echt goede modellen als het gaat om gedrag". Dat is altijd al zo geweest! ratten! muizen! Vandaar: https://proefdiervrij.nl/<br />Mensen hebben geen rattenhersenen... het interessantste vind ik het verschil tussen mensenhersenen en rattenhersenen...<br /><br />" Als ik het goed heb zijn de laatste schattingen van het Allen Brain Institute plm 18.000." dat is hoog. dat is 80% - 90% van het totaal aantal genen. Ik vermoed dat daar veel ruis bijzit, dwz minimale gen expressie die niet veel invloed heeft op het totaal. Een gespecialiseerde cel is dat doordat genen selectief uit staan en andere genen juist een hogere expressie hebben?<br /><br />(wordt vervolgd)<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-42684795972450914752017-04-28T13:15:57.346+02:002017-04-28T13:15:57.346+02:00Harry, ik heb geprobeerd gedurende mijn vakantie o...Harry, ik heb geprobeerd gedurende mijn vakantie op een ipad of smartphone een commentje in te voeren: dat mislukte grandioos! het ging gewoon niet. Dat komt door de nieuwe layout van het blog. Helaas, want ik vond het ook voordelen hebben. Moet ik naar kijken. Op mijn PC lukt het wel.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-25492708937429121572017-04-22T18:14:09.195+02:002017-04-22T18:14:09.195+02:00Gert,
zeer interessant punt, hier kun je wel 10 b...Gert,<br /><br />zeer interessant punt, hier kun je wel 10 blogs aan wijden. En página's reacties!<br /><br />Ok, nu even kórt je aandacht!<br /><br />de analogie is denk ik aanzienlijk minder groot dan jij denkt: het verschil tussen hersens en doodgaan (aan je hersens) en hersens en gedrag (gestoord worden, dan wel gestoord zijn) is heel groot. De definitie van gestoord, dus van gedrag, dat is nog wel het grootste probleem: aanzienlijk groter dan de definitie van dood(soorzaak). <br /><br />Inderdaad zijn neuronen gespecialiseerd – nog bijna dagelijks worden er nieuwe specialisaties gevonden. Hoeveel genen waar en wanneer en hoe lang er in onze hersens tot expressie komen, is nog steeds een kwestie van onderzoek. Als ik het goed heb zijn de laatste schattingen van het Allen Brain Institute plm 18.000. Maar dan nog: één neuron is géén neuron. We hebben het altijd over netwerken van neuronen en dus over netwerken van gen-expressies. Daarom hebben we het hier over het ‘connectoom’ (en proteoom). <br /><br />Het zal nog lang duren voor dat een beetje in kaart is gebracht. Het gaat om astronomische getallen. Alleen al voor 1 mm^3 van muizenhersens praat je over petabytes.<br /><br />We weten dat één enkele mutatie- één unieke substitutie van C->G in het ARHGAP11B gen een gigantisch verschil heeft gemaakt. M.a.w. de ene mutatie is de andere niet. In het FOXP2 gaat het om maar twee nucleotiden die een groot verschil maakten. FOXP2 is een transcriptie factor, een hub in een heel connectoom. Dus het verschil werkt door in heel onze hersens. Dat zie je ook in de experimenten met muizen- al moet je die wel met een korreltje zout nemen (zie onder)<br /><br />Als het gaat om de evolutie van de mens, zeg maar om The Descent of Man, dan zijn er nog veel meer problemen. En die dwingen mij tot de conclusie dat deze materie - gedrag, gekte- zeg maar de psychologie- te ‘inherent complex’ is voor populatie-genetische modellen. En dat geldt zeker voor verbale mantra’s als ‘non-random selectie van random mutaties’ en al helemaal voor verhalen over ‘seksuele selectie’. <br /><br />het lastige is dat je niet op mensen (en apen) kunt experimenteren- al zal dat steeds meer gaan gebeuren met CRISPR-cas achtige technologie (en straks ook met die RNA-edit truc die we geleerd hebben van inktvissen!)<br /><br />Toch kom je soms leuk onderzoek tegen, bijv Nature doi:10.1038/nature22074 19 April 2017. Al moeten we erg oppassen: knaagdieren zijn niet echt goede modellen als het gaat om gedrag. Ze zijn zelfs al niet te best als model als het gaat om medicijnen: 90 percent van de trials die bij muizen prima werkten, halen nooit de eerste fase van FDA goedkeuring voor onderzoek op mensen. En dat terwijl we meer dan 97 percent van ons ‘working DNA‘ delen met muizen en plm 20.000 genen ‘sterke overeenkomsten’ hebben. Althans dat lees ik, zie bijv http://blogs.discovermagazine.com/crux/2016/11/01/the-trouble-with-lab-mice/#.WPt8K_mLSpo<br /><br />3% verschil- voor zover bekend althans- en moet je eens kijken!. Eerlijk gezegd denk ik, om een langer verhaal, heel kort samen te vatten, dat we nog nauwelijks enig idee hebben waar we het over hebben.<br /><br />En dan hebben we nog niet eens over al die andere problemen! <br /><br /><br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-49370160534425047412017-04-19T08:41:58.089+02:002017-04-19T08:41:58.089+02:00Harry, over die gemiddeld 100 mutaties in menselij...Harry, over die gemiddeld 100 mutaties in menselijke neuronen. De vraag is: <i>waarom zijn we niet allemaal gek?</i> (naar anaologie van: waarom zijn we niet allemaal dood?). Als die mutaties bij ieder mens voorkomen, jij en ik, en iedereen: we zijn niet allemaal gek! Er zijn ook nog normale mensen. De meerderheid. De vraag is: wat doen die mutaties (transposon activiteit, etc) met de functie van die neuronen? Mijn antwoord: Neuronen zijn gespecialiseerde cellen, dus niet alle delen van het genoom worden gebruikt in neuronen. Dus als een groot deel van de mutaties delen van het genoom treft die niet gebruikt worden, dan hebben ze geen effect. We moeten volgens mij wel een dergelijke redenering volgen om te verklaren waarom we niet allemaal gek zijn.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-7053473519779114842017-04-18T10:33:00.497+02:002017-04-18T10:33:00.497+02:00dinsdag 18 april: in mijn berekeningen van de moge...dinsdag 18 april: in mijn berekeningen van de mogelijke schade die somatische mutaties kunnen opleveren, ben ik vergeten dat een mutatie in een intron van een eiwitcoderend gen valt. De kans komt overeen met het percentage van de totale lengte van alle introns in een gen, en dat percentage is helaas zeer variabel. Een ruwe schatting: een gen kan voor 50% - 99% uit introns bestaan. Dus dit verlaagt de kans dat een mutatie schadelijk is aanzienlijk, want mutaties in introns hebben over het algemeen geen effect. Al deze factoren bij elkaar geeft misschien een verklaring waarom het embryo de mutatiefrequentie niet beter onder controle heeft: de meeste hebben geen effect. Dus waarom zou je die willen elimineren?gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-50144264524717647932017-04-17T12:16:12.589+02:002017-04-17T12:16:12.589+02:00Gert,
Wie vraagt er jou te gaan schelden?!
Enfin...Gert,<br /><br />Wie vraagt er jou te gaan schelden?!<br /><br />Enfin, de 'curious disconnect' etc maakt jou niet nieuwsgierig.<br /><br />Had niet anders verwacht, zoals ik al zei, dus de verrassing zou des te groter zijn geweest. <br /><br />Jammer. Hoop het toch nog een keer mee te maken ;-) <br /><br />Enfin, hou die lui ven hat Scripps in de gaten!<br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-40736804661833508432017-04-15T10:31:01.720+02:002017-04-15T10:31:01.720+02:00Harry zei "Je stilzwijgen over mijn repliek o...Harry zei "Je stilzwijgen over mijn repliek op jouw "STOP!", is oorverdovend. Had eerlijk gezegd niet anders verwacht. Dus valt een beetje tegen ;-) "<br />Tsja... als je niet anders had verwacht, hoe kan het dan tegenvallen? :-)<br />waar wil je precies een antwoord op hebben? je hebt zoveel aangeroerd...<br />Ik hoef toch niet Dawkins uit te schelden, alsjeblieft? Of moet ik zeggen dat populatiegenetica irrelevant is? of dat Darwin dood is? Of dat natuurlijke selectie volkomen achterhaald is? wil je dat soort dingen graag horen? Of dit artikel: By cloning mouse neurons, scientists find brain cells with 100+ unique mutations ?<br /><br />Harry, overigens ben ik zéér tevreden over je opmerking "je bierviltjeberekening dat iedere cel gemiddeld 'maar' 135 unieke mutaties telt komt aardig in de buurt van de uitgebreide berekeningen die mensen van The Scripps Research Institute..."gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-6539907655396037242017-04-14T17:02:33.674+02:002017-04-14T17:02:33.674+02:00gert,
helemaal me je eens: evolutie is 'ver...gert,<br /><br />helemaal me je eens: evolutie is 'verandering in gen frequenties'.<br />Mensen als Moran noemen dat de minimale definitie: Coyne vertaalde hem eens als: verandering in/van erfelijke eigenschappen over generaties'. <br /><br />Duidelijk; want zo heb je in ieder geval:<br /><br />- geen ‘selectiedruk’meer te verzinnen. Fisher (1935) zag dat trouwens al<br /><br />- geen voordeel/voordelen meer te verzinnen want veranderingen kunnen neutraal zijn of zelfs nadelig.<br /><br /><br />Tel uit je winst!<br /><br />Want het is een operationele definitie, en die zegt per definitie ook niks over een 'mechanisme'.<br /><br /><br />Allemaal prima wat mij betreft, maar realiseer je wel dat we hier dus te maken met wat Allen Orr ooit ‘the curious disconnect’ noemde. (ik denk dus dat je je dat niet realiseert ;-) ) <br /><br /><br />ok, <br />Ik heb de aankondiging gezien: veel van dit soort dingen- Big History, Gert, heel wat anders dan Natural History!- probeer ik op de voet te volgen. Benieuwd wat voor nieuws ik nog hoor.<br /><br />Dank voor de verwijzingen. Dat van die inteelt had ik ook gezien, maar goed dat je me er nog eens op wijst<br /><br />D’Arcy Thompson, het werd tijd dat dit soort ideeën weer aandacht krijgen. <br /><br /><br />Je stilzwijgen over mijn repliek op jouw "STOP!", is oorverdovend. Had eerlijk gezegd niet anders verwacht. Dus valt een beetje tegen ;-) <br /><br /><br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-79220088985579097902017-04-13T13:38:57.284+02:002017-04-13T13:38:57.284+02:00Harry: "... dat de populatiegentica er sowies...Harry: "... dat de populatiegentica er sowieso niet toe doet ..."<br />Dat kun je niet zondermeer zo stellen. Of popgen ergens toe dient, moet je er bij zeggen: tot welke doel? welke vragen wil je beantwoorden? Zonder populatiegenetica heb je geen evolutietheorie, want evolutie = a change of gene fequencies.<br /><br />Je kunt niet stellen dat omdat experimenteel onderzoek nuttige resultaten oplevert, popgen niet meer ndoig is.<br /><br />In de epidemiologie zijn wiskundige methodes onmisbaar. Denk aan: wordt kanker veroorzaakt door een toevallige mutatie, erfelijkheid of door omgevingsfactoren? (voedsel, roken) etc etc etc<br /><br />News: dit jaar wordt gevierd dat 100 jaar geleden het invloedrijke boek:<br />On Growth and Form by D’Arcy Thompson. <br />is verschenen. Nature besteedt er veel aandacht aan.<br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-25296379464125943012017-04-13T12:53:21.219+02:002017-04-13T12:53:21.219+02:00Heb je dit al gezien?
https://www.vpro.nl/programm...Heb je dit al gezien?<br />https://www.vpro.nl/programmas/the-mind-of-the-universe.html<br />een belangwekkende serie, een must om te zien!<br /><br />verder: nieuwe boeken in Nature:<br /><br />Dean Buonomano: Your Brain Is a Time Machine: The Neuroscience and Physics of Time<br /><br />Rob Wesson: Darwin's First Theory: Exploring Darwin's Quest for a Theory of Earth<br />(wetenschapshistorie!)<br /><br />Verder book:<br />How to Tame a Fox (and Build a Dog)<br />Visionary Scientists and a Siberian Tale of Jump-Started Evolution<br />by Lee Alan Dugatkin, Lyudmila Trut<br />(hoe ze vossen hebben gedomesticeerd)<br /><br />en ik lees nu een belangwekkend artikel in Nature:<br />Biomedicine: Human genes lost and their functions found<br />"Individuals who lack a functional copy of a gene — gene knockouts — can reveal the gene's role. Most knockout research has used model organisms, but now a comprehensive catalogue of human knockouts is in sight."<br />aan de hand van een bevolkingsgroep in Pakistan waarvan 40% met hun nicht/neef is getrouwd (extreme inbreeding)!!!gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-25255495376205470072017-04-13T12:43:11.221+02:002017-04-13T12:43:11.221+02:00Gert,
ik dacht dat mijn vragen er op neer kwamen ...Gert,<br /><br />ik dacht dat mijn vragen er op neer kwamen dat de populatiegentica er sowieso niet toe doet en dat het voorbeeld van die C-> G substitutie dat goed liet zien.<br /><br />Je kunt kansen berekenen van mutaties en van substituties zoals die in ARHGAP11B - die overigens leidde tot de deletie van ik geloof 55 nucleotiden bij het uitlezen- maar mijn punt was: wat zeggen kansen (en mutation rates) nou eigenlijk als je kijkt naar de functionaliteit, naar het effect?<br /><br />Die vraag los je volgens mij niet op met wiskundige modellen (en schattingen van parameters). Daarvoor heb je experimenteel onderzoek nodig zoals ze in dit geval ook hebben gedaan met het uittesten van die mutatie op muizen. Op apen zou nog mooier zijn geweest, en op mensen helemaal. Dan hadden we nóg meer te weten kunnen komen. Maar ja, er zijn grenzen.<br /><br /><br /><br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-5716156475455376022017-04-13T12:20:39.926+02:002017-04-13T12:20:39.926+02:00Gert,
ja, dat onderzoek bedoelde ik dus
zeer beni...<br />Gert,<br /><br />ja, dat onderzoek bedoelde ik dus<br />zeer benieuwd naar je commentaar, kom er op terug en snel aub, want hersenonderzoek gaat ook snel tegenwoordig!<br /><br />je tweede punt: het verschil tussen kiemlijn en somatische lijn ken ik inmiddels ook- het is immers cruciaal in jullie tak van sport. <br /><br />Lang verhaal kort, maar wel duidelijk ;-) <br /><br />Wij zijn de uitzondering van Dawkins: 'het enige organisme dat tegen de heerschappij van zijn genen in opstand kan komen'. En dat doen we door niet alleen de Weismann barrière te doorbreken, maar door zelfs het hele 'centrale dogma' op zijn kop te zetten: Er gaat, steeds meer en steeds sneller, informatie uit onze hersens (en daar zitten heel veel eiwitten, en, niet te vergeten, een hoop functionele mutaties!) terug naar ons DNA stromen. CRISPR-achtige technologie is nog maar het begin (kwam vandaag weer een nieuwe variatie op dat thema tegen). Ik denk dat we ook nog het nodige van die inktvissen en hun RNA-editing kunnen leren: voor de snelle, flexibele,aanpassingen 'on the spot'. <br /><br />En wij zullen zelf ook nog genoeg kansen/mogelijkheden zien- en grijpen- die de natuur heeft gemist. Zoals slimmere hersens. Waarom niet? Het zal uiteindelijk de enige, écht verstandige keuze of optie blijken te zijn, al begint het hele scenario zo wel erg veel op dat verhaal van die maffe Baron te lijken ;-) <br /><br />Darwin en zo, dat is verder alleen nog maar interessant voor wetenschapshistorici. Dat geldt zeker voor zijn zijn idee van seksuele selectie, waar hij zichzelf overigens ook flink in verslikte- zie Descent of Man. Net zoals die evolutiepsychologen nog steeds doen: wij zijn geen aap die denkt dat hij een pauwenstaart heeft. Wij zijn een uitzondering zoals Dawkins in 1976 al opmerkte. Wij maken Darwins kippenfokkersmetafoor waar. Onze evolutie wordt écht artificieel, kwestie van wetenschappelijk gefundeerde voorkeur. Die seks doen we verder alleen nog voor de lol. Net als die selectie: tegenwoordig heet dat 'daten' en dat doe je door naar links of rechts te swipen ;-) <br /><br />Het hele idee van Darwin- idee, want theorie is een te groot woord- is én inconsistent én onvolledig.<br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-69936449261621412322017-04-13T10:41:51.576+02:002017-04-13T10:41:51.576+02:00Harry (2) "Genoeg variatie voor evolutie in i...Harry (2) "Genoeg variatie voor evolutie in ieder geval ". STOP! dit gaat over somatische DNA variatie, in het <i>disposable soma</i>! alles wat er in lichaamscellen gebeurt. hoe het in de germline gaat is totally different! de germline zal beter beschermd zijn tegen mutaties, beter gerepareerd worden, want die moeten langer mee...<br />Daarom is populatiegenetica in de traditionele zin hier niet relevant. Want die gaat over populaties van individuen. Hier gaat het om populaties van cellen in een indivudu. Heb je dat misschien niet goed begrepen?<br /><br />Je artikel is tamelijk geniaal moet ik zeggen. Maar muizen zijn geen mensen, vice versa. Ik heb het opgenomen als voetnoot. Misschien kom ik daar nog eens op terug.<br /><br />Ja, niet iedere puntmutatie is hetzelfde. Mee eens. Ik heb daar m.i. op gewezen in het gedeelte dat begint met: "Dit is nog niet het hele verhaal."<br /><br />hartelijk dank voor je comment. Zoals altijd relevant en <i>challenging</i>!.<br /><br />gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-10449409243267921322017-04-13T09:43:32.093+02:002017-04-13T09:43:32.093+02:00Harry, dat is een baanbrekend en (misschien wel) g...Harry, dat is een baanbrekend en (misschien wel) geniaal artikel:<br /><a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160304093245.htm" rel="nofollow">By cloning mouse neurons, scientists find brain cells with 100+ unique mutations</a>.<br />Kom ik zo op terug.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-45940212389426194722017-04-12T22:10:02.899+02:002017-04-12T22:10:02.899+02:00Gert
Misschien een aardige aanvulling:
je bierv...Gert <br /><br />Misschien een aardige aanvulling:<br /><br />je bierviltjeberekening dat iedere cel gemiddeld 'maar' 135 unieke mutaties telt<br />komt aardig in de buurt van de uitgebreide berekeningen die mensen van The Scripps Research Institute hebben gedaan bij neuronen: 100+ mutaties per neuron.<br />Neuron, March 2016 DOI: 10.1016/j.neuron.2016.02.004<br /><br />Wat de effecten daarvan zijn, valt nog te bezien, maar als je sommige mensen vandaag de dag bezig ziet- en hoort- dan zou een van de onderzoekers wel eens gelijk kunnen hebben met zijn opmerking dat het “highly likely” is dat deze mutaties 'functional implications' hebben. <br /><br /><br />Volgens de onderzoekers geldt in ieder geval dat 'if this phenomenon holds true in humans, our brains could hold 100 billion unique genomes.'<br />Dat we allemaal een uniek connectoom hebben was al in eerder grootschalig onderzoek vastgesteld, overigens. Te vergelijken met onze vingerafdruk (en iris). Genoeg variatie voor evolutie in ieder geval <br /><br /><br />Misschien toch nog even een hoognodige kritische noot:het werd weer eens tijd voor een potje schieten:<br /><br />het onderzoek van de C-> G substitutie in het ARHGAP11B gen laat zien dat niet iedere variatie gelijk is; je hebt mutaties en mutaties, zelfs als het om één base gaat kan het verschil al gigantisch zijn. Noem die C->G substitutie maar gerust een 'lucky mutation'! ;-)<br /><br />Het lijkt me een onoverkomelijk probleem voor alle populatie genetische modellen die maar blijven werken met 'fenomenologische parameters' zoals 'muation rate' etc. en variaties op Fishers model van pos/neg varianten. Zelfs al maak je van zijn vier varianten er 100 dan nog red je het niet- als je je model dan ueberhaupt nog door kunt rekenen ;-) <br /><br />Of heb ik iets verkeerd begrepen?<br />harry pnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-1573515308501896849.post-45032648611127204622017-04-08T14:37:22.508+02:002017-04-08T14:37:22.508+02:00Hallo Bert. Ja, het gaat om de uiteindelijke mutat...Hallo Bert. Ja, het gaat om de uiteindelijke mutaties die overblijven na DNA replicatie en -repair. Of het 'beroerd' is, is relatief. Zet dit in de context van het disposable soma (lichaam). het lichaam is slechts een vehicle voor de genen. Voor multicellulaire organismen weliswaar een belangrijk vehicle dat goed moet functioneren, maar dat is slechts nodig om nakomelingen te produceren en op te voeden. <br /><br />Een overweging die ik ben vergeten: als er een mutatie optreedt in een cel tijdens de ontwikkeling van het embryo dan is die cel heterozygoot voor die mutatie. Dwz dat er nog 1 intact gen over is in die cel omdat de lichaamscel diploied is. Dat verzwakt of compenseert het eventuele negatieve effect van die mutatie in die ene cel.<br /><br />Ook dit ben ik vergeten: een mutatie in één cel blijft niet beperkt tot die ene cel. Als die mutatie niet dodelijk is voor de cel, en de cel deelt normaal, dan hebben alle dochtercellen die mutatie. dus een soort afstammingslijn, klonen. Dat kan het effect van die mutatie vergroten...<br /><br />Dat er veel uitval van foetussen is gedurende de zwangerschap klopt. Vaak wordt dat ook veroorzaakt door chromosomale afwijkingen (dus op een grotere schaal dan een puntmuatie).<br /><br />taaislijmziekte of cystic fibrosis (CF): is een recessieve genetische aandoening, dus een kind met CF heeft twee heterozygote drager ouders. Die ouders zijn drager: ze hebben zelf geen last. CF erft dus over. CF kinderen hebben dit in al hun lichaamscellen. <br /><br />Concluderend kunnen we stellen dat evolutie die 135 puntmutaties per lichaamscel 'tolereeert' omdat de uiteindelijke fitness effecten 'aanvaardbaar' zijn: ze blijven beperkt tot het wegwerplichaam, voor de zaad- en eicellen gelden andere regels. Toch kunnen deze 135 puntmutaties per cel verklaren waarom we verouderen, kanker krijgen en doodgaan. Ik denk dat deze resultaten nog in de verouderingsgeneeskunde verwerkt moeten worden.<br /><br />Dus, bedankt voor de opmerkingen, ik zal een paar noten toevoegen aan de tekst.gert korthofhttps://www.blogger.com/profile/02176669976311883850noreply@blogger.com