One of the tools is
GISAID. In this tool
one can easily produce phylogenetic trees of SARS-CoV-2 genomes. There are
3848 genomes sampled between Dec 2019 and Dec 2020. Many thousands of
variants of SARS-CoV-2 are circulating. To simplify the matter, they are
grouped in clades.
A clade is a genetically well defined lineage that has reached a
frequency of 20% globally and has spread globally (see Tutorials:
Clade Naming & Definitions).
Clade 19A and 19B are sampled in 2019 and 20A, 20B, 20C are sampled
in 2020.
Below is a radial phylogenetic tree with 5 clades:
|
|
Radial Phylogenetic Tree of SARS-COV-2 click on image for full size |
I like the radial display with 5 clades because the clades are visually
well separated. The direction of time is from the centre outwards to the
circumference. The tree starts at 30th December 2019 with the reference genome (Wuhan, China) and ends at
December 2020.
One can easily switch from one display type to another. The most common
tree type is the Rectangular tree. The reader is encouraged to try out
different display options and data selections (left panel). A map and a
time lapse animation are
also available.
The clades are not geographically restricted. To show this, select 'Color by Region':
|
|
SARS-COV-2 Rectangular tree with 6 regions indicated. Time runs from left to right. click on image for full size. |
Remarkable: geographic locations are distributed all over the tree. No
clade is restricted to one geographic region. This is unnatural for a species. This means different
SARS-CO-2 clades have been transported all over the globe. Species have been transported all over the world even before the popularity of air travel, and even before travel by ship, but the genetic fingerprints of SARS-COV-2 offer us unprecedented opportunities to trace the movements of people carrying the virus from continent to continent.
To be continued.
GISAID (website)
GISAID
(wikipedia)
Gert,
ReplyDeleteAllereerst de beste wensen voor een fijne oudejaarsavond en een gelukkig 2021, met veel goed !coronanieuws.
In de rechterkantlijn van je blog staat bij het kopje “nieuws” bij 16 december het artikel in Science met de tittel “The coronavirus may sometimes slip its genetic material into human chromosomes”.
Een heel interessant artikel, maar de aandacht die door Science wordt gegeven aan dit mogelijke fenomeen is mijns inziens te groot en getuigt van een slecht verantwoordelijkheidsgevoel.
We weten dat HIV een retrovirus is en voor een eigen reverse-transciptase codeert die het RNA van het virus om kan zetten in DNA dat vervolgens in de chromosomen van de gastheer ingevoegd kan worden en daar jaren kan ‘slapen’.
Het coronavirus daarentegen bezit geen code voor een reverse-trascriptase voorzover ik weet. De enige manier die het RNA van het coronavirus zou hebben om ‘teruggeschreven’ te worden in DNA is via gebruik van een mogelijke reverse-trascriptase van de gastheer zelf, zoals ook wordt geopperd door het artikel.
Uitgerekend nu mensen zich zoveel zorgen maken over het nieuwe Pfizer en Moderna vaccin omdat er genetisch materiaal in zit en dit soort vaccins nog nooit op de mens bestudeerd zijn, althans niet op lange termijn, gaat Science publiceren dat het virale RNA, via reverse-trascriptase, deel kan gaan uitmaken van ons genoom. Dit zou suggereren dat ook het synthetische mRNA, dat zich in de genoemde vaccins bevindt, deel uit zou kunnen gaan maken van ons genoom. Dit laatste wordt door veel no-vaxers geloofd, maar door de wetenschap ontkend. Het is dus niet verstandig van Science dergelijk ‘nieuws’ te melden als het niet grondig onderzocht en gedubbelchecked is.
Hallo Marleen, dank voor de wensen en jij ook een fijne oudejaarsavond en goed 2021. In Nederland mag er vanavond GEEN vuurwerk afgestoken worden i.v.m. overvolle ziekenhuizen! GEWELDIG! Hopelijk wordt dit de nieuwe standaard. Eindelijk rust, geen brandstichting, rellen, milieuverontreiniging, en gewonden.
ReplyDeleteIk vond het een zeer interessant artikel over voor mij onbekend onderwerp. Maar je hebt gelijk: onwetenden en complotdenkers kunnen hier natuurlijk weer een rel van maken.
Mensen zijn ten onrechte bang voor RNA in een vaccin. Ik denk dat de meerderheid van de bevolking zal kiezen voor een corona vaccin omdat ze daardoor beschermd zullen zijn en dat geeft misschien weer mogelijkheden om te gaan werken, etc. Als je moet kiezen tussen een RNA-vaccin of covid-19 + ziekenhuis, IC, dood, dan is de keuze nogal makkelijk, toch?
Een anti-vaxer zal sowieso geen vaccin nemen. Dus dat er RNA in zit, zal hun besluit ook niet meer kunnen veranderen.
In het zeldzame geval dat er DNA geïntegreerd wordt in een menselijk chromosoom, dan
(1) is het alleen de code voor het Spike eiwit, niet het hele virus! (2) het wordt hoogstens in somatische cellen geïntegreerd, niet in de germline. dat is wat anders.
(3) je wordt er niet ziek van, want het is uiteraard niet het hele virus.
We moeten maar hopen dat het Science verhaal alleen bekend blijft onder wetenschappers, ... en hopen dat anti-vaxers mijn blog niet lezen ! ze zitten toch in hun eigen bubble. Het opvallend aan die complotdenkers is dat ze geen voor- en nadelen kunnen afwegen. Ze zien dingen altijd buiten proporties. Zo lees ik:
"Door de “huidige urgentie”, die gezien de relatieve onschadelijkheid van het Coronavirus meer dan twijfelachtig moet worden geacht, ..."
Prettige jaarwisseling.
Marleen, hier was tijdens de jaarwisseling het vuurwerk bijna net zo hard als altijd, het duurde wat korter en minder intensief, terwijl de vuurwerkverkoop verboden was. De bedoeling was om ziekenhuizen te ontlasten...
ReplyDeleteOver het Science artikel: het was op 16 dec gepubliceerd, maar ik vond een artikel 'Coronavaccin is verborgen genetische manipulatie' dat al op 11 juli 2020 was gepubliceerd. De complotdenkers hebben zo veel fantasie dat ze geen feiten nodig hebben.
Gert,
ReplyDeleteOpnieuw een gelukkig 2021
Spijtig al dat vuurwerk ondanks het verbod. Hier leek het veel minder dan andere jaren, misschien omdat iedereen zo onderhand gewend is binnen te zitten en geen zin heeft gehad om met de kou, regen en wind buiten te gaan staan.
Helemaal eens met de drie punten die je noemt betreffende de Spike proteine.
Het artikel dat je noemt van 11 juli 2020, heb ik gelezen. Het staat in een blad dat zo op het eerste gezicht behoorlijk rechts is. “EU-regime”, “migratie” en “omvolking” zijn de onderwerpen waar ze zich daar mee bezighouden (‘omvolking’ wordt niet goedgekeurd door de editor, hij kent het woord niet). Ik zou het niet te serieus nemen en er vooral geen aandacht aan schenken.
Er zijn duistere figuren op het internet en daarbuiten, die zich helden voelen wanneer ze tegen de regels ingaan. Uiteraard zonder na te denken waarom die regels er zijn. Het hele idee van maatschappij is bij hen verloren gegaan en de staat is hun vijand; ze lijken niet te weten dat ze dat zelf zijn.
We moeten ze negeren