|
|
De twee stammen van SARS-CoV-2 ©Nature |
Nieuwe data over de oorsprong van SARS-CoV-2, het virus dat in 2019-2020 een pandemie veroorzaakte, maken de oorsprong van het virus ingewikkelder. Tot nu toe wezen de data op de Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan als de plek waar het virus van dier op mens oversprong. De meerderheid van de besmettingen waren te herleiden tot de nu beruchte dierenmarkt in Wuhan. Het lag dus voor de hand dat het virus ter plekke was overgesprongen van een dier naar de mens. Als kandidaat kwam de pangolin in beeld. Maar of het dier op het moment van de uitbraak op de markt aanwezig was, is niet meer te achterhalen.
Opvallend was dat een aantal ziektegevallen gedurende het begin van de uitbraak niet te herleiden waren tot de Wuhan markt. Dit werd aangetoond door het RNA van het virus. Er zijn twee hoofdstammen van het virus te onderscheiden: de eerste die herleidbaar is tot de Wuhan markt en de tweede tot Shanghai. De twee stammen verschillen op 2 plaatsen in het RNA:
| stam | ORF8 | aminozuur | ORF1ab | aminozuur |
| I | T | Leucine | C | Serine |
| II | C | Serine | T | Serine |
ORF = Open Reading Frame; is het gedeelte van het virus RNA dat vertaald wordt in eiwit;
T en C zijn de bases in het RNA; aminozuur is bestanddeel van een eiwit.
Bij de mutatie in ORF8 wijzigt een aminozuur, bij ORF1ab blijft het aminozuur hetzelfde.
Op basis van deze gegevens concluderen de auteurs dat het virus niet op de Wuhan markt ontstaan kan zijn. In plaats daarvan moet het eerder en elders ontstaan zijn. De twee virusstammen moeten een gemeenschappelijke voorouder hebben, maar hebben zich onafhankelijk van elkaar verspreid. De eerste stam heeft zich verspreid op de Wuhan markt simpel omdat daar een grote
concentratie aan mensen aanwezig was stellen de auteurs.
De auteurs zeggen niets over de nu nog hypothetische SARS-CoV-2 voorouder: waar en wanneer is die overgesprongen op de mens? Zijn er nog geen ziektegevallen bekend die aan de voorouder toegeschreven kunnen worden?
De mutaties die de twee stammen onderscheiden hebben geen merkbaar survival verschil. Gedurende de pandemie zijn de twee stammen verder ge-evolueerd, maar blijven herkenbaar. Er zijn geen verschillen in de ernst van de ziekte gevonden tussen de twee stammen.
Bronnen
- A race to determine what drives COVID-19 severity, Nature 29 juni 2020
Er gaat iets mis met je lettertype, het is ineens heel groot: font size=5.
ReplyDeleteFrank, het is inderdaad size=5, heb ik veranderd in 4. Dit is niet geheel per ongeluk: enerzijds is google al tijden bezig om bloggers aan te moedigen hun blogs leesbaar te maken op smartphones en tablets en deels heeft google/blogger een nieuwe beheersomgeving ingevoerd en dat is even wennen. Ook op mijn WDW website probeer ik hier en daar pagina's aan te passen op leesbaarheid op een klein scherm. Vroeger had iedereen een PC met groot scherm! Ik zelf werk nog steeds het liefst op een GROOT scherm!
ReplyDelete