Nieuwe data over de oorsprong van SARS-CoV-2

De twee stammen van SARS-CoV-2 ©Nature

Nieuwe data over de oorsprong van SARS-CoV-2, het virus dat in 2019-2020 een pandemie veroorzaakte, maken de oorsprong van het virus ingewikkelder. Tot nu toe wezen de data op de Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan als de plek waar het virus van dier op mens oversprong. De meerderheid van de besmettingen waren te herleiden tot de nu beruchte dierenmarkt in Wuhan. Het lag dus voor de hand dat het virus ter plekke was overgesprongen van een dier naar de mens. Als kandidaat kwam de pangolin in beeld. Maar of het dier op het moment van de uitbraak op de markt aanwezig was, is niet meer te achterhalen. Opvallend was dat een aantal ziektegevallen gedurende het begin van de uitbraak niet te herleiden waren tot de Wuhan markt. Dit werd aangetoond door het RNA van het virus. Er zijn twee hoofdstammen van het virus te onderscheiden: de eerste die herleidbaar is tot de Wuhan markt en de tweede tot Shanghai. De twee stammen verschillen op 2 plaatsen in het RNA:

stam	ORF8	aminozuur	ORF1ab	aminozuur
I	T	Leucine	C	Serine
II	C	Serine	T	Serine

ORF = Open Reading Frame; is het gedeelte van het virus RNA dat vertaald wordt in eiwit;

T en C zijn de bases in het RNA; aminozuur is bestanddeel van een eiwit.

Bij de mutatie in ORF8 wijzigt een aminozuur, bij ORF1ab blijft het aminozuur hetzelfde.

Op basis van deze gegevens concluderen de auteurs dat het virus niet op de Wuhan markt ontstaan kan zijn. In plaats daarvan moet het eerder en elders ontstaan zijn. De twee virusstammen moeten een gemeenschappelijke voorouder hebben, maar hebben zich onafhankelijk van elkaar verspreid. De eerste stam heeft zich verspreid op de Wuhan markt simpel omdat daar een grote concentratie aan mensen aanwezig was stellen de auteurs.

De auteurs zeggen niets over de nu nog hypothetische SARS-CoV-2 voorouder: waar en wanneer is die overgesprongen op de mens? Zijn er nog geen ziektegevallen bekend die aan de voorouder toegeschreven kunnen worden?

De mutaties die de twee stammen onderscheiden hebben geen merkbaar survival verschil. Gedurende de pandemie zijn de twee stammen verder ge-evolueerd, maar blijven herkenbaar. Er zijn geen verschillen in de ernst van de ziekte gevonden tussen de twee stammen.

Bronnen

• A race to determine what drives COVID-19 severity, Nature 29 juni 2020
  

Vorig blog over dit onderwerp

• De missing link tussen SARS-CoV2 en de andere coronavirussen is nog steeds niet gevonden
  

Utrechts Landschap schaft twee elektrische auto's aan

Renault ZOE elektrische auto aan de laadpaal Utrechts Landschap

Het Utrechts Landschap heeft twee elektrische auto's aangeschaft van het merk Renault ZOE. Als dit het nieuwste model is dan hebben ze een 52 kWh batterij en een actieradius van 395 km volgens opgave van de fabrikant. Het eerste model van dit Franse merk verschenen al in 2013 op de markt. In de loop der jaren zijn ze sterk verbeterd. Al voor de coronapandemie waren er oplaadpalen te zien op het parkeerterrein van Oostbroek, maar nog geen auto's. Nu de natuurgebieden weer opengesteld zijn, zag ik ze staan. Gefeliciteerd Utrechts Landschap met deze aanwinst! Het is zeer passend voor een organisatie die zich inzet voor natuur en milieu.

Toch nog een wespendief!

Uiteindelijk heb ik toch een echte Wespendief kunnen fotograferen:

Wespendief. 612A. Sony A6400 met 70-350 telezoom. 14 juni 2020
opname tijd: 1/4000 sec. Diafragma: f/7.1. ISO speed: 1000.

Wespendief. 639B. Sony A6400 met 70-350 telezoom. 14 juni 2020
opname tijd: 1/4000 sec. Diafragma: f/7.1. ISO speed: 1000.

In een vorige blogpost liet ik zien dat ObsIdentify ten onrechte een buizerd aanzag voor een Wespendief. Maar een moderator van waarneming.nl heeft bevestigd dat bovenstaande foto's Wespendieven zijn. Daar ben ik erg blij mee. Het is überhaupt mijn eerste Wespendief! De foto's lijken zwart-wit omdat je tegen de onderkant (=schaduwkant) van de vogel aankijkt. Het staart patroon van de wespendief verschilt van die van de buizerd.

Buizerd. 1136D. Sony A6400 met 70-350 telezoom, 23 juni 2020.
Belichtingstijd: 1/4000 sec. Diafragma: f/10,0. ISO speed: 1250.
ObsIdentify is helaas niet zeker: de eerste voorspelling Wespendief Pernis apivorus (80.4%).

Bij deze foto had ik het geluk dat de laagstaande zon perfect de onderkant van de vogel belichtte. Dat maakt een wereld van verschil. Normaal is de onderkant altijd onderbelicht omdat de zon hoog aan de 'hemel' staat. Daardoor heeft de onderkant meestal een laag contrast, weinig details en geen kleur zoals in de Wespendief hierboven. Maar dit keer is de roofvogel goed belicht en is het wel een buizerd. Ik heb bovendien het typerende geluid van de buizerd gehoord. Een moderator van waarneming.nl heeft bevestigd dat het een buizerd is. Maar zelfs met deze foto heeft ObsIdentify de grootste moeite: OsIdentify identificeert hem als: Wespendief Pernis apivorus (80.4%). Dat zagen we ook al in een vorig blog. ObsIdentify is de beeldherkenningssoftware in waarneming.nl die aangeboden foto's probeert te identificeren.

Dus: dit toestel en lens kan dermate gedetailleerde opnames maken dat de moderatoren van waarneming.nl de vogel kunnen determineren aan de hand van de foto alleen. Iets wat ObsIdentify (nog) niet lukt. Nieuwe vogelsoorten kunnen fotograferen en identificeren geeft een nieuwe impuls aan je hobby.


Technische details:
De buizerd zelf beslaat 600 x500 pixels. Het totale beeld is 6.000x4.000 pixels. Ondanks de maximale zoom beslaat de buizerd dus slechts 10% van de breedte van de opname. Dit komt natuurlijk omdat hij op een behoorlijke afstand vloog. Meer pixels is natuurlijk beter, maar veel minder dan 600 pixels moet het niet zijn want anders zie je te weinig details. De Buizerd was behoorlijk ver weg en de maximale zoom is gebruikt. De foto geeft goede details ondanks de hoge ISO 1250.
Later heb ik nog een buizerd gefotografeerd die 928x984 pixels besloeg, (hij vloog dus lager) maar dat was helaas op een bewolkte dag, dus geen mooie belichting.