25 May 2021

Onwaarschijnlijk goede prestaties van ObsIdentify met blauwborst en ree.

foto 1. Wat is dit? uitsnede 408 x 426 pixels [GK_08699]

ObsIdentify is beeldherkennings software dat ingebouwd zit in waarneming.nl. Waarneming.nl is een website waar iedere natuurliefhebber (na registratie) waargenomen planten en dieren kan invoeren. Voegt hij/zij een foto toe dan doet ObsIdentify een poging om de soort te herkennen. 

Ik had een serie foto's van een vogeltje ter grootte van een roodborst dat ik niet direct herkende. Het was een tegenlicht opname. En het was nogal een afstand. Het origineel is 6000 x 4000 pixels. Foto 1 toont het vogeltje als je alle omgeving wegsnijdt tot 408 x 426 pixels. Ik liet ObsIdentify dit identificeren aan de hand van bijgesneden 3000x2000 foto's. Ik was blij verrast. O kwam met een blauwborst met zekerheden 74% tot 85%! Toen ik ging inzoomen zag ik een blauwe keel. Dat is een blauwborst. Het klopte dus. Knap van ObsIdentify! Een blauwborst herkennen op een tegenlicht opname. Dat is de meerwaarde van automatische beeldherkenning: op slechte opnames toch een goed resultaat boeken. Handig als je nog nooit een blauwborst hebt gezien.

Foto 2.  origineel van foto 1 [GK_08699]

De originele opnames van 6000x4000 gaven: Tapuit (34% - 83%) en Zwarte Roodstaart (40% - 99,4%). Beide fout. Hoe kan dat? In de originele foto beslaat het vogeltje minder dan 1% van de totale oppervlakte [1]. Als waarneming.nl de foto verkleint tot bijvoorbeeld 1000x667 vóórdat ObsIdentify hem te zien krijgt, blijft er nog maar 68 pixels breedte over (foto 2 hierboven). En dat is erg weinig. Cruciale informatie gaat verloren. Dus het loont om overbodige omgeving weg te snijden. De software van waarneming.nl gaat nooit 'de omgeving' wegsnijden, dat is te riskant. Niet voor niets staat er standaard: "Probeer de foto bij te snijden." Een foto van meer dan 1000 pixels breed wordt in zijn geheel verkleind [2].

Maar ook met bijgesneden foto's kan het mis gaan. In één foto ziet O een merel (72%). Verklaring: de vogel zat met de rug naar ons toe en dan zie je het blauwe keeltje niet! Logisch.

Op een ochtend had ik meer geluk. Op zo'n 10 meter afstand zat een blauwborst op een paaltje te zingen. Onmiskenbaar. Dicht genoeg bij voor prachtige foto's.

Blauwborst 1200x1000 pixels [GK_9591_A3.jpg]
Sony A6400 met Sony 70-350.

 

Ik had 1 a 2 minuten de tijd om hem te fotograferen. De zacht rode achtergrond is de ochtendzon. Een perfecte foto (behalve dat takje misschien). Dat doe je niet gauw voor een tweede keer. Helaas gaf ObsIdentify er maar 61,8% voor. Teleurstellend. Wel een correcte identificatie, maar voor een perfecte foto wel een erg laag percentage zekerheid! Verklaring? Het systeem krijgt waarschijnlijk niet vaak van dit soort foto's aangeboden en is er dus niet op getraind. Een paradoxaal geval.

Nog een onwaarschijnlijk goede, bijna bovenmenselijke prestatie van ObsIdentify:

ziet U een ree?

Beeldherkenning voorspelt Ree (Capreolus capreolus) met zekerheid 98.8%. Een ree? Sorry, waar staat een ree?

Daar staat een ree!

bijgesneden tot 700x600 pixels. Ree 91.8%
niet uitvergroot!

Ik had hem niet gezien met het blote oog. Ik verwachte hier geen ree. Ik zag hem pas toen ik met een verrekijker de omgeving af scande. Een leuke waarneming en een prachtig resultaat voor ObsIdentify. Temeer omdat de kop van de ree uit niet meer dan 140x160 pixels bestaat en de rest van het dier niet te zien is. Dit resultaat had ik niet verwacht.

Alle foto's zijn genomen op het natuureiland en vogelparadijs Tiengemeten. Complimenten voor de eigenaar Natuurmonumenten! Meer in de komende blogs.


Noten

  1. 6000x4000=24 miljoen pixels.  408x426=173.808 pixels. Dat is 0,7% van de totale opppervlakte.
  2. Als ik van te voren zelf de foto verklein tot 1000x667 dan krijg ik: "NIA beeldherkenning voorspelt Zwarte Roodstaart - Phoenicurus ochruros met zekerheid 91.9%". Een fout resultaat dat bijna 3% hogere zekerheid heeft vergeleken met 89,0% als het systeem zelf de verkleining doet. Dit bewijst dat het systeem éérst verkleint voordat het aan ObsIdentify wordt aangeboden. 'NIA' staat voor ObsIdentify (ik weet niet waarom ze de naam verandert hebben).

 

Vorig blog


09 May 2021

Het verband tussen het ASTRAZENECA vaccin, adenovirussen, gentherapie en de Sputnik paradox

Ik heb mijn eerste shot met het Pfizer vaccin gekregen. Pfizer is een RNA vaccin dat beschermd tegen SARS-CoV-2. Dat RNA bevat de instructie voor het Spike eiwit van het SARS-CoV-2 virus. Dat Spike eiwit is het belangrijkste aangrijpingspunt voor het virus om de menselijke cel binnen te komen en een belangrijke trigger voor het immuunsysteem om in actie te komen. Deze methode van vaccineren is nieuw, werkt goed en is overzichtelijk. Er komt geen DNA aan te pas. In theorie is het nog eenvoudiger om gewoon het Spike eiwit zelf in te spuiten, maar zo'n vaccin is (nog) niet op de markt [1]. Het AstraZeneca DNA-vector-vaccin is omslachtiger en gecompliceerder. Het is gebaseerd op: 1) DNA en 2) dat DNA wordt in een onschadelijk gemaakt adenovirus gestopt en 3) het moet onze celkern binnendringen. Zie vorige blogs. Het werkt ongeveer even goed, maar het feit dat het DNA in onze celkern terecht moet komen vind ik geen prettig idee, ook al is het uitsluitend Spike DNA volgens de bijsluiter [2].

 

Adenovirussen in het wild

Adenovirus (wiki)
Adenovirussen komen in Nederland in het wild voor. Info van het rivm: Ongeveer de helft van de adenovirusinfecties verloopt zonder symptomen. Bij baby’s en kinderen verloopt infectie vaak mild en zijn de meest voorkomende klachten luchtweginfecties, keelontsteking, oogontsteking, koorts en diarree. Bij volwassenen kunnen adenovirusinfecties onder andere ontsteking van het hoornvlies van het oog en longontsteking veroorzaken. Meestal verdwijnen de klachten na een aantal dagen zonder specifieke behandeling [5]. Kennelijk niet dodelijk.



Waarom een adenovirus gebruiken?

 

Dat is geen toeval. Adenovirussen worden al 20 jaar gebruikt voor gen therapie bij erfelijke ziektes, als kanker therapie en tegenwoordig dus ook als vaccin vector. De eerste druk van Adenoviral vectors for gene therapy verscheen al in 2002, dus een kleine 20 jaar geleden. Er is in die tijd enorm veel onderzoek gedaan naar adenovirussen. 

De overeenkomst van adenovirussen, gen therapie en DNA-vaccins is dat ze DNA in de celkern brengen. Bij gen therapie worden adenovirussen gebruikt om een erfelijke ziekte te herstellen. De adenovirus vector brengt een normale versie van het beschadigde gen in de celkern. Het intacte gen neemt de functie van het kapotte gen over. Een zeer recent voorbeeld is Zolgensma dat gebruikt wordt voor bepaalde vormen van spierziekte [4]. Het is dus niet zo gek dat deze adenovirussen als vector worden gebruikt om Spike DNA in de menselijke celkern te krijgen. Adenovirussen zijn er in gespecialiseerd! Het is de bedoeling om het DNA in onze celkern te krijgen. Het is dus geen bijwerking.

Het zou wel een bijwerking zijn als dat DNA vervolgens onbedoeld in ons eigen DNA ingebouwd zou worden. Maar de adenovirussen die gebruikt worden hebben niet het vermogen om in ons DNA ingebouwd te worden [3]. Zelfs als dat toch zou gebeuren, gaat het alleen om een Spike eiwit en komt het alleen in lichaamscellen en niet in geslachtscellen terecht. Het erft dan niet over.

Verder worden de adenovirus vectors zo verzwakt dat ze zich niet kunnen vermenigvuldigen in de mens (dat heet: replication incompetent). Maar...

 

Sputnik paradox

Het Sputnik V is een adenovirus vector vaccin tegen SARS-CoV-2 net als AstraZeneca. Het E1 gene van het adenovirus is verwijderd om vermenigvuldiging van het virus in het menselijk lichaam te voorkomen. Een vaccin moet op industriële schaal geproduceerd worden. Miljoenen vaccins moeten geproduceerd worden. Maar: hoe vermenigvuldig je een virus dat zichzelf niet kan vermenigvuldigen? Dat is de Sputnik paradox. De oplossing van de fabrikant is het virus te kweken in cellen die het missende E1 gen wel hebben. Daardoor kan het adenovirus alsnog vermenigvuldigd worden. Zonder dat het E1 gen in de vector zit. Je krijgt dan een vector dat zichzelf niet in de te vaccineren persoon kan vermenigvuldigen. Slim bedacht.

Toch is er in Brazilië controverse ontstaan over het Sputnik vaccin. In zeldzame gevallen kan het E1 gen van de cel opgenomen worden door het adenovirus zodat het weer een zichzelf vermenigvuldigd adenovirus wordt. De fabrikant streeft naar een maximum acceptabele 'verontreiniging' van 5.000 vermenigvuldigende virus deeltjes per vaccine dosis. Bij kwaliteitstesten werden er minder dan 100 vermenigvuldigende virus deeltjes per dosis gevonden. De Braziliaanse instanties hebben zich daarom uitgesproken tegen het aanschaffen van het Russische Sputnik vaccin. In principe zouden soortgelijke problemen ook bij het AstraZeneca vaccin spelen. Details van het productieproces zullen niet gemakkelijk te achterhalen zijn. Er valt nog het een en ander uit te zoeken!

 


Was dit blog nuttig? Geef het door aan anderen.

Fouten, onduidelijkheden, vragen: voeg hier beneden toe.

 

Noten


  1. Corona-eiwitten maken in insectencellen, juni 2020. (Wageningen Universiteit)
  2. College ter Beoordeling van Geneesmiddelen (CBG): Vraag en antwoord coronavaccin AstraZeneca. NB: het woord 'DNA' komt niet voor op de hele pagina!
  3. "wild-type adenoviruses do not carry the enzymatic machinery necessary for integration into the host cell's DNA. That's exactly what makes them good vaccine platforms for infectious diseases." bron: Here's Why Viral Vector Vaccines Don't Alter DNA.
  4. ZOLGENSMA, het duurste medicijn ter wereld, bevat DNA van het SMN1 gen verpakt in een adenovirus vector AAV9. (wikipedia)
  5. Adenovirusinfecties, rivm.