Nieuws

17 apr: nieuw boek Eternal Ephemera over de geschiedenis van de evolutietheorie door paleontoloog Niles Eldredge.
10 apr: Sex and the Church. 3-delige BBC-serie van de bekende Diarmaid MacCulloch. Diepgravend, onverwachtse inzichten.
7 apr: Steven Pinker, John Gray and the End of War Scientific American (met dank aan Lucas)
7 apr: The Extraordinary Evolution of Cichlid Fishes, Scientific American
1 apr: Hoax-detecting software spots fake papers: SciDetect is an open source software program that detects text that has been generated with the SCIgen computer program and other fake-paper generators.

*) zie hier. ( Archief Actualiteiten )

13 april 2015

Random genen en het probleem van de vergeten eiwitjes

Peter Waterhouse
Bestaat random DNA? Bestaan er random genen? random eiwitten? Bestaan er genen die uit random DNA zijn ontstaan? Wat zijn eigenlijk 'random' genen? Ik vind dit uiterst fascinerende vragen die me niet los laten. Ze kwamen bij me op naar aanleiding van een recent artikel in Nature [1] Het artikel bevatte een raadselachtige opmerking. Het citaat valt nogal met de deur in huis, daarom heb ik voor degenen die niet op de hoogte zijn van van DNA sequencing een korte inleiding onder aan het blog. Hier de raadselachtige opmerking:
"Sequences encoding potential peptides from ORFs of this size are often ignored or filtered out by automated genome-annotation programs, because the probability of their occurring by chance alone increases exponentially as they get shorter." [1]
'peptides' = kleine eiwitten van 2 – 50 aminozuren.
'ORFs' = Open Reading Frame = stuk DNA dat kan coderen voor een eiwit.
'this size' = kleiner dan 100 baseparen.
'Genome-annotation programs'= software die uit miljarden bases in het DNA genen detecteren.
Dus: genomics software filtert potentiële genen van minder dan 100 baseparen eruit omdat die door toeval ontstaan zouden kunnen zijn. Door toeval? So what? An ORF is an ORF! Wat een onzin: hoe 'weten' die genen nu dat ze 'toevallig' zijn? Als ze de standaard signalen hebben van genen (het zijn immers ORFs), dan zal de celmachinerie ze toch gewoon verwerken? en mRNA en eiwitten produceren? Als je alle genen van de mens wilt inventariseren, dan ga je toch niet een betrekkelijk willekeurige ondergrens van 100 bp vaststellen? Dan mis je alle kleine genen! Discriminatie van kleine genen! Dat ze toevallig ontstaan zijn is een menselijk criterium. De cel weet daar toch niets van af?

De redenen voor dit filter kunnen complexer zijn dan in het artiikel gesuggereerd wordt, maar toch wordt dit filter standaard gebruikt in de wereld van genomics. Ik heb het nagevraagd bij de auteur van het artikel, prof. Waterhouse. En hij bevestigd [7] dat er standaard een ondergrens van 100 baseparen in de software staat ingesteld en dat daardoor géén peptiden met een lengte van 33 aminozuren of minder ontdekt kunnen worden. Maar biochemici kennen vele peptides met biologische werking [8]. Wat is hier aan de hand?

Waarom die ondergrens?
Dit is de redenering van Peter Waterhouse:
Statistisch gezien moeten er heel veel korte ORF's*) in het genoom zitten, maar
in de ORF database zien we ze niet terug. Het is dus de discrepantie van de berekening en de data in de database. Ik wist niet dat dit probleem bestond!
*) ORF = Open Reading Frame = dat stuk DNA van begincode tot stopcode dat gelezen en vertaald kan worden tot eiwit.
Waarom 'statistisch gezien'?
Van de 64 codons zijn er 3 stopcodons. Als je een stuk DNA hebt met willekeurige volgorde van de codons, dan zal gemiddeld 3 op de 64 een stopcodon zijn. Een stuk DNA van 21 codons lang zal dus zeker voorkomen. Statistisch gezien kunnen er stukken véél langer dan 21 codons voorkomen als het DNA maar lang genoeg is. Statistici hebben berekend dat als je een stuk DNA van 2000 baseparen hebt, de kans op een ononderbroken stuk van 400 baseparen 50% is (dus een ORF van 400 bp).

Hoeveel kleine genen zijn er?
Ik vond [3] dat in de beroemde fruitvlieg Drosophila maar liefst 600.000 ORFs van minder dan 100 aminozuren zijn gevonden! (=300 base paren omdat 3 bases coderen voor 1 aminozuur)  Dat is net iets groter dan hierboven, maar vallen in de kleine eiwittjes categorie. Als je dus van plan bent alle genen van de mens te inventariseren en je hebt al een lijst van 25.000 genen die je moet valideren, dan ga je om de klus praktisch uitvoerbaar te maken alle ruis eruit filteren en dat zijn ... de kleinere!

Wat is klein?
Een gen dat uit één exon bestaat is gemiddeld plm 2.000 baseparen lang (= 666 amino zuren lang). Een gen bestaat meestal uit meerdere exons. De gemiddelde lengte van een gen is 17.000 baseparen (=5666 aminozuren) [4]. Daarmee vergeleken  is een gen van minder dan 100 baseparen echt heel klein. Het kan een eiwit coderen van maximaal 33 aminozuren. Maar met zo'n eiwitje kun je toch leuke dingen doen (bv hormonen). Mag U zelf googelen (peptide, dipeptide, etc).

Kunnen die allemaal functioneel zijn?
Het is zéér onwaarschijnlijk dat die 600.000 kleine ORFs in Drosophila allemaal functionele eiwitten opleveren. Het aantal genen in een organisme heeft nl. een bovengrens. Die bovengrens wordt bepaald door de mutatiefrequentie en de intensiteit van natuurlijke selectie. Theoretisch is er dus wel plaats voor miljoenen genen in ons DNA, maar natuurlijke selectie kan die niet 'onderhouden' [5].

Hoeveel kleine genen zijn functioneel?
Voor de mens weet ik het niet, maar de auteurs van het Drosophila artikel [3] komen na zorgvuldige analyse tot zeker 400 en potentieel 4000 kleine genen (ORFs).

Worden kleine genen gediscrimineerd?
Ja! Niet alleen omdat software ze gewoon ongezien in de prullebak gooit. Maar ook als je kijkt naar het boek van Scherer (2008) A short guide to the human genome, dan zoek je tevergeefs naar het kleinste gen. Wat je wel ziet: de grafiek van What is the size of a typical gene? heeft een x-as uitgedrukt in kb (=1000 bases)! Bij die maatstaf vallen de kleinste uit de boot. Je ziet hoofdstukjes: Which are the largest genes? Which genes have the largest introns? etc. Grote genen zijn interessant, kleine genen niet! Die discriminatie is al oud: in 2007 zie ik al een publicatie waarin zondermeer 300 baseparen (=100 aminozuren) als benedengrens wordt genomen om genen te herkennen! [2]. Vergelijk dat met de huidige grens van 100 baseparen.

Terechte discriminatie?
En toch: kleine genen hebben een groot probleem dat grote genen niet hebben: ze zijn klein. Hoe kleiner ze zijn hoe groter de kans dat de ORFs toevalstreffers zijn. OK. Theoretisch tenminste (zie boven: statistisch gezien). Dát probleem hebben grote genen niet: een gen van 1000 of meer on-onderbroken baseparen kan geen toeval zijn. Er is nog iets: als een cel nutteloze kleine eiwitjes maakt van 20 of 30 aminozuren lang: dat is niet rampzalig. Maar nutteloze eiwitten van duizenden aminozuren produceren is een zware belasting voor de cel. Het wordt een ander verhaal als er tienduizenden kleine eiwitjes geproduceerd worden. Doe zelf de optelsom: vele kleintjes maken één grote. Tenslotte: zélfs als je alleen maar ORFs wilt elimineren die om diverse redenen er random uitzien, dan heb je toch selectief méér kleintjes te pakken. Dus terechte discriminatie? Eerst onderzoeken, dan weggooien!

Nog verder terug in de tijd
In 1997 was er al een complete genoom van de gist beschikbaar [6]. (gist is eencellige en het kleinere genoom is makkelijker te sequencen dan dat van de mens). Opvallend: ze zagen toen al het nut van die kleine eiwitjes maar gezien het enorme aantal van een kwart miljoen met lengte tot 300 baseparen (=100 aminozuren), was het een gigantisch karwij. Het lijkt wel of sinds die tijd het nut van kleine eiwitjes in de vergetelheid is geraakt...

Wat nu?
In mijn blog We weten niet precies hoeveel genen de mens heeft had ik al geconstateerd dat dat makkelijker gezegd is, dan gedaan. Om verschillende redenen. Ze zijn moeilijk te vinden. En: waar moet je ze zoeken? Toch moet het wil je een volledige inventarisatie van het menselijke genoom.

Wat er nu moet gebeuren is het menselijk genoom opnieuw analyseren zonder die ondergrens van 100 baseparen en de gevonden genen analyseren. Dat is inderdaad een hele klus. Het kleinste peptide is per definitie 2 aminozuren lang (dipeptide), met 1 is het gewoon een aminozuur.

Reactie op prof Waterhouse
De reden dat kleine potentiele genen softwarematig worden uitgefilterd is niet dat ze wel eens statistische ruis zouden kunnen zijn, want daar weet de cel niets van. De cel leest DNA af ongeacht of het gen iets nuttigs doet. De oplossing van het misverstand is onderscheid maken tussen proxy and ultimate verklaringen. Proxy: de cel leest DNA af volgens de biochemische wetten. Ultimate: evolutionair gezien zal de cel niet vele generaties lang waanzinnige hoeveelheden nutteloze eiwitjes produceren want die vormen een belasting voor de verwerkingscapaciteit van de cel (ribosomen) en dat gaat ten koste van de productie van nuttige eiwitten.
Let op: ik heb alleen bezwaar tegen de reden van uitfiltering. Waterhouse doet een pleidooi voor het analyseren van kleine genen. En daar ben ik het mee eens.

Filosofisch slot
Ik vind het nog steeds jammer en kan het maar moeilijk accepteren dat er duizenden potentiele genen (ORFs) in ons genoom zitten die helemaal niets doen. Het is niet zomaar junk, ze hebben de kenmerken van genen. Gewoon zonde van de ruimte die ze in het DNA in beslag nemen! Je zou er zo ontzettend veel nuttige dingen mee kunnen doen. Zoals ziektes die een genetische basis hebben bestrijden...! Maar ik ben voorbarig: eerst afwachten wat het onderzoek oplevert.





Zoeken van genen in DNA voor beginners

Stel je een héél lange reeks van een paar miljard letters
en leestekens in willekeurige volgorde voor.
Probeer daar woorden en zinnen in te ontdekken.
Dat is de magnitude van de taak die wetenschappers 
hebben die het menselijk genoom willen lezen. 

In de biologie bestaan er twee talen: 
1) taal van het DNA, 2) taal van eiwitten.
De taal van DNA wordt geschreven in bases en die van
eiwitten wordt geschreven met aminozuren.
Er is een exacte relatie tussen de twee talen. 
Ze zijn 1 op 1 in elkaar te vertalen.

Taal van DNA: genen zijn de woorden:
genen zijn gescheiden door stopcodons (spaties);
een stuk DNA tussen twee stopcodons heet ORF 
ORFs zijn potentiele genen (woorden).

Biochemici kennen duizenden eiwitten, 
en die kunnen ze vertalen in de taal van DNA. 
Van dat DNA is bewezen dat ze eiwitten produceert.
Dat zijn bewezen genen.
Genetici kunnen in de computer DNA vertalen in eiwitten.
Maar hier geldt: eerst het eiwit zien, en dan geloven!

   

Noten
  1. Peter M. Waterhouse, Roger P. Hellens (2015) Plant biology: Coding in non-coding RNAs, Nature 2 April 2015
  2. Eric S. Lander et al (2007) 'Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome', PNAS. Opmerkelijk: toen al constateerden ze: "The largest open question concerns very short peptides, which may still be seriously underestimated." Maar, wat is kort?
  3. Hundreds of putatively functional small open reading frames in Drosophila
  4. Stewart Scherer (2008) A short guide to the human genome. (online)
  5. Dit komt door mutatiedruk. Theoretical calculations based on the mutational load that a genome can tolerate and observed average mutation rates of human genes (~10-5 per gene per generation) suggest an upper limit of about 100.000. ( hier)
  6. Small Open Reading Frames: Beautiful Needles in the Haystack Genome Research, 1997 
  7. Hi Gert, What we are saying is that the chance of an ORF of this size occurring just by chance is enormous, yet the number of ORFs of this size ( smaller 100nt) that are annotated in genomes is very small. We believe that a major cause of this , having talked to a number of expert bioinformaticians, is that in the annotation programs, ORFS of under 100nts are filtered out either very early (e.g. rejected in the first parse) or later in the algorithms. If there are an huge number, as you say, the cell machinery will act on them – either making small peptides or acting as regulatory elements ( e.g.. stalling or loading ribosomes on the RNA) and they are potentially having a very large effect on the cell/organism. Alternatively, there is a very strong selection pressure against transcripts with such small ORFs – either as upstream uORFs or as small transcripts. What we are saying is that we do not know the answer because the bioinformatic interrogation of genomes/transcriptomes does not look at ORFs of this size. if we ignore this question it is possible that we are missing a whole new layer of regulation, so we need to be ingenious in finding ways to test this hypothesis. I am sure you will know that the existance of microRNAs was only discovered in the last 15 years and that their existence and immense importance came as a real surprise to biologists. Perhaps we will see the same thing for small peptides.
    We do do not guarantee that small peptides, from ORFs that have been ignored because they are so small, are of a similar importance as microRNAs – just that they might be.
    Best regards,
    Peter
  8. Zie: peptides, dipeptides, tripeptides, tetrapeptides, etc. Voorbeelden: sex-peptide (36 amino acids = 108 baseparen), endorphins: α-endorphin (16 aa = 48 bp) en beta-endorphin (31 aa = 93 bp) en dus dicht tegen de 100 bp grens. Een complicatie is dat het DNA dat codeert voor peptides, introns kan bevatten waardoor de totale genlengte veel groter is dan 100bp. In dat geval worden ze wel gedetecteerd met de standaard instelling van de software.  (toegevoegd: 14 april)

Vorige blogs over dit onderwerp: 

06 april 2015

Rutger Bregman over morele vooruitgang (2) en een inventarisatie van logische opties

Rutger Bregman:
De geschiedenis
van de vooruitgang
In mijn eerste blog over morele vooruitgang in De geschiedenis van de vooruitgang van Rutger Bregman, gaf ik een citaat over de relatie van de christelijke traditie en het concept morele vooruitgang. Dat was nieuw voor mij. Ik zag voor het eerst een verklaring voor de moeizame relatie die christenen hebben met vooruitgang in het algemeen en morele vooruitgang in het bijzonder. Ik vond nog een paar interessante uitspraken over (de mogelijkheid van) morele vooruitgang. 
"John Locke (1632-1704) stelde dat de mens een tabula rasa is. Dit ging lijnrecht in tegen de christelijke traditie, waarin de mens juist als een door en door zondig wezen ter wereld komt. Locke geloofde daarentegen dat een mens, als onbeschreven blad, een product is van zijn omgeving. " (p.162)
"Steven Pinker windt er geen doekjes om: 'Kunnen we onze voorouders echt als moreel gehandicapt beschouwen? Het antwoord, zo durf ik te betogen, is ja. Hoewel het ongetwijfeld prima mensen waren met goed functionerende hersenen, is de collectieve morele verfijning van de cultuur waarin ze leefden, naar moderne maatstaven even primitief als hun kuuroorden en medicijnpatenten waren vergeleken met de medische standaarden van vandaag. Veel van hun overtuigingen waren niet alleen monsterlijk maar ook in zeer reële zin, dom.'
Er is nu eenmaal intelligentie en inlevingsvermogen nodig om je in de sandalen van de negerslaaf te verplaatsten."  (p.335) [1]
"Het belangrijkste geloofsartikel van het conservatisme, dat de mens van nature tot het kwade geneigd is, is allang door de culturele vooruitang achterhaald." (p. 336)
Over morele vooruitgang en morele ophoging:
"De socioloog Gabriël van de Brink ziet deze ontwikkelingen als onderdeel van een breder proces dat hij 'normatieve ophoging' noemt. We stellen veel hogere eisen aan de moraal dan we vroeger deden. Dit is een vorm van morele vooruitgang die zelden wordt opgemerkt. In de afgelopen vijftig jaar zijn we er namenlijk niet alleen moreler op geworden, maar ook is ons incasseringsvermogen voor het immorele gedrag van anderen afgenomen –juist daardat onze morele normen zijn opgehoogd."  (p.339)
Morele vooruitgang bestaat dan ook niet in een verbeterde toevoer van oxytocine of de versnelling van onze spiegelneuronen (natuurlijke vooruitgang), maar in het vastleggen van wetten en verdragen die empathie in de hand werken –of voor een deel zelfs overbodig maken (culturele vooruitgang)." (p.343)
Nieuw voor mij was het begrip 'normatieve ophoging'. Het lijkt mij een waardevolle toevoeging aan ons conceptueel apparaat.

Ikzelf denk dat de opvatting van Pinker dat vroegere generaties moreel gehandicapt en gewoon dom waren gevaarlijk dicht in de buurt komt van een anachronisme: het verleden beoordelen met moderne maatstaven. Toch kunnen we hun morele normen niet meer accepteren want terug naar de doodstraf, rassendiscriminatie, slavernij, kinderarbeid en vrouwenonderdrukking kunnen we niet meer accepteren. We moeten hun morele normen veroordelen, net als de toekomstige generaties onze moraal achterhaald zullen noemen. Er is één reden waarom de beschuldiging van anachronisme niet (altijd) opgaat: er zijn altijd morele klokkenluiders geweest. Maar laten we eerst eens alle mogelijkheden op tafel leggen.

stilstand? vooruitgang? achteruitgang? 
Auteurs als Pinker en Bregman maken geen systematische analyse van de logische mogelijkheden morele stilstand, achteruitgang, vooruitgang. Dit is echter wel noodzakelijk voor een zinnige discussie.

Voor de christelijke moraal:
  1. De Tien Geboden (OT) zijn complete, universele (voor alle volken geldende) en tijdloze (voor alle tijden geldende) morele geboden, Jezus heeft daar niets aan toegevoegd.  
  2. De Tien Geboden (OT) zijn niet compleet en Jezus heeft er wel iets aan toegevoegd (bv: Heb uw vijanden lief, bergrede, etc). Er is morele vooruitgang binnen de bijbel van OT naar NT.
Ongeacht vorige opties zijn er ruwweg twee opties voor de laatste 2000 jaar:
  1. in de laatste 2000 jaar is er op moreel gebied niets nieuws toegevoegd aan de christelijke moraal. De OT+NT moraal is compleet. Er is dus géén morele vooruitgang of achteruitgang, maar stilstand [2].  Dit is logisch gezien een lastige positie omdat je dan bijvoorbeeld niet kunt zeggen dat mensenrechten goed of slecht zijn, want er was immers niets nieuws ontstaan sinds OT+NT. De bijna onvermijdelijke optie is dan:
  2. In de laatste 2000 jaar zijn er nieuwe morele waarden en normen ontstaan. Bijvoorbeeld: afschaffing van doodstraf, rassendiscriminatie, slavernij, kinderarbeid, vrouwenonderdrukking, homodiscriminatie, en de erkenning van universele mensenrechten. In dit geval was OT+NT incompleet. Logisch gezien zijn er dan drie opties:
    1. De toevoegingen aan de moraal zijn een vooruitgang. Ze zijn moreel juist en een essentieel onderdeel van de hedendaagse moraal.
    2. De toevoegingen aan de moraal zijn een achteruitgang. Ze zijn moreel onjuist. Bijvoorbeeld: vrouwen behoren niet dezelfde rechten als mannen te hebben, homosexualiteit is een ziekte, op godslastering staat de doodstraf.
    3. De toevoegingen zijn geen vooruitgang of achteruitgang.
Alle bovenstaande opties zijn schematisch en hebben vele consequenties die ik niet heb uitgewerkt. De bedoeling is om eerst orde op zaken te stellen en de logische opties helder te onderscheiden en pas daarna de details en consequenties uit te werken. 

Postscript over Christendom en vooruitgang [7 apr 2015]

"Ziekte, oorlog, armoede zijn door God zo bedoeld, weet Malthus. ...  Malthus kent ook het motief van God om al die ellende te laten bestaan. ... Wie streeft naar algemene verbetering (zoals Condorcet) verstoort God's plan."
(dominee Malthus geciteerd door Ton Munnich (2014) p.85-86).


Noten
  1. Helaas schrijft Bregman niet waar het citaat staat zodat ik het niet kan opzoeken.
  2. Er valt hoogstens iets te verbeteren aan de toepassing van die moraal.

30 maart 2015

Rutger Bregman over morele vooruitgang

Rutger Bregman (2013)
De geschiedenis van de vooruitgang
Naar aanleiding van mijn blog Waarom Christenen tegen Pinker en morele vooruitgang zijn [1] kreeg ik bijzonder venijnige kritiek uit –zeg maar– christelijke hoek. Ik was verbijsterd over zoveel vijandigheid ten aanzien van de stelling dat we in de afgelopen eeuwen minder geweldadiger zijn geworden (het hoofdthema van Pinker's boek The Better Angels), en dat we dat morele vooruitgang kunnen noemen (een impliciet, onderliggend thema in het boek). Zelfs de expliciete vraag of er überhaupt morele vooruitgang was of zelfs alleen maar 'vooruitgang' werd niet beantwoord. Alles werd uit de kast gehaald om Pinker's stelling (en mij!) onderuit te halen. Tenminste, zo kwam het op mij over. Ik vermoedde dat het begrip 'morele vooruitgang' op de een of andere wijze incompatibel is met het Christelijk geloof. Maar waarom begreep ik niet, en de critici gaven me ook geen enkele hint. Hoe kun je nu tegen (morele) vooruitgang zijn?

Een deel van het antwoord vond ik in het boek van Rutger Bregman De geschiedenis van de vooruitgang [2]. In het derde hoofdstuk wordt een kleine geschiedenis van de vooruitgang geschetst waarin ook de interactie met het christelijk denken wordt behandeld:
"Het bekendste voorbeeld van vervaldenken [het tegenovergestelde van vooruitgangsdenken] vinden we in het bijbelboek Genesis" (p.138)
"Een andere belemmering voor het geloof in de vooruitgang op aarde was het leerstuk van de erfzonde. Als ieder mensenkind zondig op aarde komt, dan is er weinig hoop op een geleidelijke vebetering van de menselijke conditie. Morele vooruitgang zou eigenlijk ook afdoen aan het christelijk geschiedverhaal, want als mensen zichzelf van hun zonden kunnen verlossen, dan was Jezus voor niets gestorven." (p.144)
Vooruitgang moest ooit als idee worden uitgevonden. Dat is pas uitgevonden tijdens de Verlichting (18e eeuw). Volgens de Verlichting gaan kennis en vooruitgang hand in hand, maar voor de christelijke vervaldenkers was nieuwsgierigheid de bron van alle kwaad. In de eerste 8 paragrafen van hoofdstuk 3 geeft Bregman een lezenswaardig beeld van de ontwikkeling en de verschillen tussen vervaldenken en vooruitgangsdenken. Voor mij grotendeels nieuw.

In paragraaf 12 komt de beroemde filosoof Leibniz aan bod. Leibniz verkondigde dat God de beste van alle werelden had geschapen. De wereld is perfect (!). Daarom valt er niet veel aan de wereld te verbeteren (!). Over optimisme en vooruitgang gesproken. Er is uiteraard meer dan ik hier vertel. Bregman besteedt er zo'n 140 pagina's aan. Dat kan ik dus niet samenvatten.

In paragraaf 5 van het vierde hoofdstuk geeft Bregman een kritische bespreking van de vraag: bestaat morele vooruitgang? De meningen zijn verdeeld. Bregman ziet zelfs morele vooruigang in het OT (p.281-282).
Het Joods-Christelijke geloof zou ons een moraal van naastenliefde, tolerantie en geloofsvrijheid hebben gebracht,
"Maar de kernwaarden van onze samenleving –vrijheid, tolerantie en gelijkheid– zijn de 'Joods-Christelijke cultuur' juist binnengedrongen onder invloed van de verlichting. Er zijn vandaag maar weinig joden of christenen die zich voelen aangetrokken tot de strengste en bloeddorstigste passages in het Oude Testament. " (p.282)
Noot [6] toegevoegd woensdag 1 april
"Morele vooruitgang veronderstelt een universele moraal, waar die vooruitgang aan kan worden getoetst." (p.283). Bregman stelt dat er een universele moraal bestaat: de meesten accepteren dat Auschwitz slecht was of dat mensenrechten moeten worden gerespecteerd. Hij kiest voor een pragmatische oplossing. De fundering van de moraal is theoretisch niet op te lossen. Maar we kunnen niet wachten tot de filosofen er uit zijn [5]. Als we het erover eens zijn dat openbare terechtstellingen, slavernij, vrouwenonderdrukking, etc. moreel verwerpelijk zijn, dan kunnen we niet anders concluderen dan dat we in de afgelopen eeuwen morele vooruitgang hebben geboekt [3].

Ik heb in dit blog slechts een aantal citaten gegeven die mij inzicht gaven in de moeizame [4] relatie tussen christenen en (morele) vooruitgang. Het boek De geschiedenis van de vooruitgang geeft een overzicht over wat historici te melden hebben over vooruitgang. Maar dan op een uitzonderlijk leesbare manier. Ik kan het niet anders zeggen: het boek getuigt van een onvoorstelbare belezenheid.  Het boek is zoiets als 'Vooruitgang voor dummies' in 400 pagina's. Het moge duidelijk zijn dat dit géén samenvatting is van het boek. Ik heb het nog niet eens uit...

Noten
  1. Blog van 28 januari 2014 was een blog in de serie blogs over Steven Pinker's boek The Better Angels.
  2. Rutger Bregman is een fenomeen: een twintiger en nu al drie boeken gepubliceerd.
  3. Zie bijvoorbeeld ook: Susan Neiman over morele vooruitgang. (filosofie.nl)
  4. Moeizaam: als je een 2000 jaar oud boek als hoogtepunt van de menselijke beschaving ziet en dientegevolge als morele maatstaf neemt, hoe kun je dan nog in vooruitgang geloven?
  5. Deze twee zinnen zijn van mij. 
  6. Hetzelfde verschijnsel zag ik in Adieu God met Pia Dijkstra. Zij vertelde over haar opvoeding in een vrijzinnig protestants gezin met waarden solidariteit, zelfbeschikking, rechtvaardigheid, redelijkheid, verantwoordelijkheid, zonder vooroordelen met mensen omgaan en je moet iets bijdragen aan de wereld. Allemaal prachtige waarden, maar komen ze uit de Bijbel? Zeker niet uit het OT! NT? Laat zien! Ook hier vindt een onopgemerkte vermenging van moderne waarden met christelijke normen en waarden plaats. Dat is prima, maar doe niet net alsof het allemaal in de bijbel staat en ze altijd al onderdeel waren van het christendom. (Pia Dijkstra is opvallend genoeg D66 kamerlid geworden en niet een christelijke partij.) toegevoegd: woensdag 1 april 2015