07 February 2012

Is DNA 'The Secret of Life'?

Op 28 februari 1953, de dag dat Watson en Crick hun dubbele helix model voor DNA voltooid hadden, zouden ze in de pub waar ze altijd lunchten, plechtig hebben verkondigd [1]:

We have discovered the Secret of Life!

Een dramatische uitspraak. Als het begrip 'secret of life' al een wetenschappelijke betekenis heeft, dan zou het zoiets moeten betekenen als: we hebben ontdekt hoe erfelijkheid werkt op moleculair niveau. En dat klopt. Tenminste gedeeltelijk. Vijftig jaar eerder, in 1903 had Sutton de hypothese gepubliceerd dat Mendelse genen op chromosomen moesten liggen. Maar Sutton wist niets van DNA. In 1900 waren de wetten van Mendel herontdekt. Mendel publiceerde zijn wetten in 1866. Charles Darwin had een erfelijkheidstheorie (pangenen) die al snel fout bleek. Darwin wist niets van chromosomen en al helemaal niet van DNA. In 1953 was het nog gangbaar dat eiwitten de dragers van erfelijkheid waren [3]. We kunnen dus zeggen dat Watson en Crick in 1953 een groot wetenschappelijke probleem hebben opgelost. DNA is het erfelijkheids molecuul en de structuur er van (met name de gepaarde bases) suggereert een manier voor replicatie van DNA. De ene helft van de DNA streng is een replica van de andere helft. Als de helften uit elkaar gaan kun je de ontbrekende helften aanvullen. Zo heb je uit 1 DNA molecuul 2 exacte kopieën [2]. Dat is de essentie van erfelijkheid. Gedeeltelijk.

Was dat alles? Nee. Want in 1953 hadden ze nog niet de genetisch code ontdekt: hoe de base volgorde in DNA voor eiwitten codeert. In 1953 was DNA een ontzettend lange rij bases. Het heeft nog vele jaren geduurd voordat men bewezen had dat de bases per 3 (tripletten) gelezen werden. Dat is niet te zien aan de bases zelf. Er is geen teken na iedere drie bases. Of zoiets. Ze zitten allemaal achter elkaar. Zonder tussenruimte. Dus de genetische code volgde niet automatisch uit de structuur van DNA. Maar zonder de structuur van DNA was de genetisch code niet op te lossen.

Goed, als we de structuur van DNA en de genetische code samen nemen, is dat de Secret of Life? Dat komt aardig in de buurt: het leven bestaat dankzij door DNA gecodeerde eiwitten. Het leven bestaat uit de koppeling van twee werelden: de DNA-wereld en de eiwit-wereld. Dat is een universele eigenschap van het leven (op aarde). De benaming Secret of Life vind ik ook gerechtvaardigd om de volgende reden:

Er is geen diepere verklaring voor erfelijkheid dan DNA.


Je kunt niet dieper gaan dan de moleculaire structuur van DNA. Erfelijkheid zit niet in atomen of sub-atomaire deeltjes. DNA is de ultieme verklaring voor erfelijkheid.

Toch ontbreekt er nog iets aan de Secret of Life: het ontstaan van het leven! Hoe DNA ontstaan is, volgt niet logisch uit de structuur van DNA. Je weet de bestanddelen van DNA en daarom kun je DNA synthetiseren in het laboratorium, en dat DNA werkt precies zoals natuurlijk DNA. Maar hoe DNA is ontstaan ten tijde van het ontstaan van het leven, is een zeer weerbarstige vraag, die nog niet beantwoord is. Dus wat dat betreft is de Secret of Life nog niet onthuld.

PS:
Wat DNA is voor het leven is, is E=mc2 voor de fysische werkelijkheid [4].

 

Noten

  1. Francis Crick: "According to Jim [Watson] I went into the Eagle, the pub across the road where we lunched every day, and told everyone that we'd discoverd the secret of life." ( What Mad Pursuit, p. 77). Aaron Klug beschrijft het zo: "On 28th February 1953, Crick “winged” into theEagle pub, close to the Cavendish Laboratory, where lunch could be had for 1s 9d, and declared to anyone who cared to listen that, in the Cavendish, Watson and he had discovered “the secret of life”.  (Aaron Klug). Verder heeft Watson een boek gepubliceerd: DNA: The Secret of Life (2003).
  2. 'Genetical Implications of the Structure of Deoxyribonucleic Acid' was de tweede publicatie in mei 1953 in Nature. "It should be remembered that at the time, no one, not even Watson, had imagined that the 3D structure of DNA alone, important as that might turn out to be, would by itself indicate how the molecule replicated itself, and hence reveal “the secret of life”. "(klug-DNA.pdf)
  3. "The double helix model was well received by geneticists and the phage group when Watson described it at the Cold Spring Harbor meeting in
    the summer of 1953, but there were doubts about the correctness, and indeed relevance, of the model on the part of biochemists, who, on the
    whole, still thought of proteins as the genetic material." (Klug p.21)
  4. Dr. Brian Cox, Jeff Forshaw (2010) Why Does E=mc2? And Why Should We Care? ... "demonstrate how the structure of nature itself is contained within this equation."

Vorige blogs over DNA:

05 February 2012

Winterlandschap met IJsvermaak 2012




doet me denken aan Pieter Bruegel de Oude (1525-1569)
(foto's bewerkt met GIMP Image Editor)

03 February 2012

Wie heeft DNA ontdekt? En wie zouden er allemaal de Nobelprijs gekregen moeten hebben?


Wie heeft DNA ontdekt? En wie zouden er allemaal de Nobelprijs gekregen moeten hebben? Ik heb in mijn vorige blogs de ontdekking van DNA uit het perspectief van de winnaars geschreven: Watson en Crick. Ik gebruikte het boek van Watson The Double Helix (1968) dat 15 jaar na de ontdekking is geschreven. Het was het eerste populaire verslag van de ontdekking van (de structuur van) DNA. Het was me ooit aanbevolen door mijn biologie leraar op de middelbare school. 

Maar verschillende mensen hebben mij er op gewezen dat dit een zeer eenzijdige visie is op hoe het precies gegaan is. Mede-ontdekker Francis Crick heeft 37 jaar lang gewacht met zijn eigen boek "What Mad Pursuit: A Personal View of Scientific Discovery" (1990). Hij geeft een net iets andere visie op de ontdekking (zie p. 66-67 paperback), maar was toch 'de tweede man', dus enigszins 'belanghebbend'. Maurice Wilkins was ook betrokken bij de opheldering van de DNA structuur, maar werkte niet zo intensief samen met Watson en Crick. In zekere zin was hij een concurrent. Zijn boek verscheen in 2003 met de saaie maar overduidelijke titel The Third Man of The Double Helix.

De controverse gaat over hoeveel informatie Watson en Crick gebruikten van de X-ray fotos van Rosalind Franklin en in hoeverre dat zonder haar medeweten was. Rosalind Franklin was op haar 38e gestorven en heeft zelf geen boek geschreven over haar rol in de hele affaire. Er zijn twee boeken over haar verschenen: Anne Sayre (1975) Rosalind Franklin and DNA en Brenda Maddox (2002) Rosalind Franklin: The Dark Lady of DNA. Sayre zou een feministisch boek geschreven hebben. Maddox zou evenwichtiger zijn. Verder is belangrijk de visie van Aaron Klug (2004), die haar rol zeer gedetailleerd heeft beschreven: 'The Discovery of the DNA Double Helix' (pdf). Dat artikel is zeer waardevol omdat Klug ongepubliceerde manuscripten van Franklin gebruikt. Klug is ook nog op het Web of Stories te vinden met een video van 4 minuten. Aanbevolen.

Erwin Chargaff was niet direct betrokken bij de pogingen van Watson en Crick om een 3D-model van DNA te bouwen, maar onafhankelijk van Watson en Crick hij had in 1951 gepubliceerd dat de bases A en T atlijd in gelijke hoeveelheden in DNA voorkwamen, net als de bases C en G. Het wonderbaarlijke is dat Chargaff wel besefte dat het iets moest betekenen voor de structuur van DNA, maar hij trok niet de conclusie dat de bases in paren voorkwamen. Hij heeft regelmatigheden ontdekt in het voorkomen van bases die nu nog van belang zijn volgens sommige bioinformatici (Donald Forsdyke). Hij schreef een autobiografie Heraclitean Fire: Sketches from a Life Before Nature (1978) (heb ik niet gelezen).

Dan zijn er nog twee bekende wetenschapshistorische werken over de ontdekking van DNA die Francis Crick noemt: Robert Olby (1974) The Path to the Double Helix (herdruk in paperback juni 2012), en Horace Freeland Judson (1979) The Eight Day of Creation (in 1996 verscheen een expanded paperback editie). Beide moet ik nog lezen. Het tweede boek is zeer levendig geschreven (volgens Crick) en beschrijft ook de ontdekking van de genetische code. Maar beide geven een goed en gedetailleerd overzicht over de opkomst van de moleculaire biologie.

De Nobelprijs

 
De Nobelprijs voor de ontdekking van DNA werd in 1962 gegund aan Watson, Crick en Wilkins. Drie personen is het maximum en de prijs mag niet aan overleden personen gegeven worden. Dus Rosalind Franklin kwam toen niet in aanmerking want ze was 4 jaar eerder overleden. Zwak was de argumentatie van het Nobel commité dat niemand haar had voorgedragen! Dan doe je dat toch zelf! Misschien ook tegen de regels? Anyway, ze was al overleden. Volgens Crick hadden er twee prijzen uitgereikt kunnen worden (in 1958) in verschillende gebieden zodat Franklin er ook bij was. Chargaff lijkt me niet in aanmerking komen want die deed (voor zover ik weet!) niet aan model building. Als je Chargaff ook in de prijs zou laten delen, dan zouden er nog wel een paar wetenschappers in aanmerking komen, zoals Jerry Donohue, die Watson en Crick wees op een cruciale fout in de configuratie van de bases in de chemie handboeken. En moet je dan ook niet de directe bazen van Watson, Crick, Wilkins en Franklin die het hele onderzoek mogelijk hebben gemaakt, mee laten delen in de prijs?


Met dank aan: Martin, Arno Wouters, Nand Braam voor de discussies (laat ik dat in ieder geval doen nu ze nog leven! Helaas is drie het maximum :-)



Vorige blogs over DNA: