Nieuws

21 nov 16: Persbericht: KNAW: genome editing vraagt om publiek debat en heldere regelgeving
18 nov 16: Volkswagen schrapt 30.000 banen door dieselschandaal en transitie naar elektrische auto
16 nov 16: 100.000e elektrische auto rijdt op de Nederlandse weg (AD)
10 nov 16: Is Erik Verlinde de nieuwe Einstein? Sterrenkundige Margot Brouwers resultaten wijzen er op dat Verlindes theorie klopt!
8 nov 16: Nederlander Erik Verlinde komt met baanbrekende theorie over zwaartekracht
8 nov 16: Chimpansees winden draderige algen als spaghetti om een stokje nrc
6 nov 16: The Origami Code. NPO 2 Zondag 6 nov 2016 19:15. Kijk de aflevering hier terug. Is zeer de moeite waard!

*) zie hier. [ Archief Actualiteiten ]

29 februari 2012

Reactie op de gastbijdrage 'DNA en "the secret of life"'

"DNA is het beste/mooiste geworden in de gegeven omstandigheden."
 
De sterke kant van de gastbijdrage van Nand Braam is dat hij de chemische redenen waarom de  bouwstenen geschikt zijn voor de dubbele helix structuur van DNA op een rijtje zet. Hij betoogt dat die bouwstenen niet te vervangen zijn zonder dat de stabiliteit van DNA afneemt. Dit is pure chemie en ik heb daar niet veel tegenin te brengen. Het verhaal over 2e orde design heeft wel veel losse eindjes, die zijn misschien wel te repareren, maar dan wordt het een heel ander verhaal.

Tweede orde design
Een groter probleem heb ik met het 'tweede orde design'. Het model wil het ontstaan van het leven verklaren zonder directe ingrepen. Dit lijkt gebaseerd te zijn op de aanname: als de omstandigheden juist zijn ontstaat er automatisch DNA. Anders gezegd: je kunt iets creëren door de juiste omstandigheden te creëren in plaats van het ding zelf te maken. Bezwaren tegen dit model:

1. het 2e orde design model geeft niet de omstandigheden waaronder DNA spontaan gesynthetiseerd zou zijn. Zonder dat blijft het hele verhaal in de lucht hangen. Pas als je de omstandigheden geeft, kun iets zeggen over de waarschijnlijkheid dat DNA ontstaat. Welke moleculen worden er geacht aaanwezig te zijn? Het model suggereert dat je DNA rechtstreeks uit het Periodiek Systeem der Elementen kunt afleiden. Want dat is de chemische voorraadkast. dat zijn de omstandigheden.

2. het model lijkt te suggereren dat de synthese van de DNA bouwstenen zelf net zo makkelijk is als de synthese van DNA uit de kant en klare bouwstenen. Maar er wordt niet uitgelegd hoe die bouwstenen zelf ontstaan. Ontstaan deoxyriobose, A, T, C, G spontaan? Dus gegeven de elementen van het Periodiek Systeem, ontstaan dan bij voorkeur deoxyriobse en A,T,C,G? Met storende alternatieven in verwaarloosbare hoeveelheden? Of is er een heel ingewikkelde voorgeschiedenis met allerlei overgangsvormen? maar als een heel ingewikkelde voorgeschiedenis met primitievere DNA varianten wordt toegestaan, waarin verschilt het model dan van normale evolutie? En: is DNA dan wel zo vanzelfsprekend gegeven de omstandigheden?
Zo worden de alternatieven tetrose en hexose verworpen maar niet serieus onderzocht, terwijl die wel voorkomen in synthetisch TNA en HNA (zie: Waarom DNA? (2) Alternatief DNA).


Spontane synthese van DNA uit bouwstenen?
DNA wordt niet automatisch gevormd als de juist bouwstenen (A,T,C,G en deoxyribose, fosfaat) aanwezig zijn. In de omstandigheden van het ontstaan van het leven zullen de bouwstenen van DNA moeten concurreren met vele honderden varianten van bases en suikers. En een mix van remmende en stimulerende stoffen. Aangetoond moet worden dat in dit chaotisch mengsel bij voorkeur DNA ontstaat en geen alternatieven.

Spontane synthese van de bouwstenen van DNA?
De DNA bouwstenen zelf (A,T,C,G en deoxyribose, fosfaat) moeten ook spontaan geproduceerd worden in een abiotische omgeving. Er is een hoop onderzoek gedaan maar er is nog geen goed uitgewerkt scenario dat empirisch onderbouwd is. Origin Of Life onderzoekers hebben niet voor niks RNA-world en pre-RNA-world hypothese opgesteld met primitievere voorlopers van DNA en RNA. Dit is een probleem voor tweede orde design, want dat model werkt alleen als de synthese van DNA-bouwstenen net zo onvermijdelijk is als de veronderstelde zelfassemblage van DNA. Met andere wooorden: het ontstaan van de bouwstenen van DNA zou allang opgelost moeten zijn. Op het moment dat de dubbele helix in 1953 ontdekt was, zou direct duidelijk moeten zijn hoe DNA-bouwstenen  pre-biotisch gevormd worden uit haar onderdelen.

De gegeven omstandigheden
"DNA is het beste/mooiste geworden in de gegeven omstandigheden." Maar die omstandigheden zijn niet gegeven maar ontworpen! (dat is eerste orde). Dus dat die omstandigheden gegeven zijn, daar kun je je niet achter verschuilen! Dan hadden de omstandigheden beter/anders ontworpen moeten worden.

Bijvoorbeeld: waarom bestaan er zoveel chemische elementen in het Periodiek Systeem der Elementen? 118 elementen waarvan alleen CHNOPS als hoofdbestanddeel worden gebruikt aangevuld met een aantal metalen. Maar lang niet alles wordt voor het leven gebruikt. Dat is een overdosis. Dat verwacht je niet als de omstandigheden gefinetuned zijn voor het ontstaan van het leven.

Natuurlijke selectie
 "DNA is het beste/mooiste geworden in de gegeven omstandigheden". Zelfs als dat waar is, kan het beter door natuurlijke selectie verklaard worden. Dus zelfs als er geen betere alternatieven voor DNA zijn, dan nog kan dat door natuurlijke selectie verklaard worden.

Onethisch
Een ander soort bezwaar tegen 'tweede orde design' is dat het onethisch is.

Het ethisch probleem is makkelijk in te zien: het DNA van de pestbacterie Yersinia pestis is "het beste/mooiste geworden in de gegeven omstandigheden". De pest bacterie heeft miljoenen mensen levens gekost in Europa in de jaren 1347 tot 1353. Vergeet niet dat alle pathogene bacterieën dezelfde perfecte dubbele helix structuur hebben! Hoe mooi kun je de helix dan nog noemen?

Vrouwen met mutant BRCA1 en BRCA2 genen hebben een verhoogde kans op borstkanker. Hun DNA is de perfecte dubbele helix waarvan geen atoom gewijzigd kan worden. Dat geldt ook voor het DNA van alle kankercellen.
Het grappige is dat beide genen BRCA1 en BRCA2 betrokken zijn bij DNA-repair (hoe ideaal is DNA?). Ik heb al eerder over perfect DNA geblogd: Als DNA perfect is, waarom dan dood, erfelijke ziekte, kanker?
Als 'DNA is het beste/mooiste' betekent in ethisch opzicht het beste, dan is dat misplaatst als je weet wat voor ziekmakende mutaties DNA kan herbergen.
Tweede orde design is dus onethisch. De natuurwetten hun gang laten gaan is onethisch. Niet alleen volgens mijn bescheiden privé mening, maar zit impliciet in de medische professie: First, do no harm (Primum non nocere).

Het tweede orde design verhaal heeft dus vele losse eindjes. Als je die repareert, en dat is nog niet gedaan, dan komt het waarschijnlijk neer op iets dat erg lijkt op biologische evolutie. Maar dan zonder design.

54 opmerkingen:

nand braam zei

@ Gert

Wat heb ik toch een hekel aan ziekenhuizen. 3 uur bezig geweest op het VU-medisch centrum. Prima behandeling. De privacy werd volledig gewaarborgd, maar mijn favoriete plek zal geen enkel ziekenhuis uiteraard ooit worden. De bedoeling van het geadviseerde onderzoek is :kijken of ik het bewuste gen heb. Dan hebben mijn kinderen 15% kans dat later op een onverwacht moment nierkanker optreedt. Alleen test op dit gen, geen DNA van het hele genoom. Dat wil ik perse niet. Het leven komt zoals het komt. Ik wil niet mijn hele genoom kennen. Veel belangrijker is dat je ervoor zorgt geestelijk en lichamelijk goed in conditie te blijven en scherp op te letten hoe lichaam en geest zich gedragen. Bij duidelijke klachten pas naar een arts gaan voor onderzoek.

Tot mijn verrassing zie ik je commentaar op mijn gastbijdrage. Degelijk werk stuk zoals altijd. In plaats van nu commentaar te geven op je stuk, gooi ik een ander “intentioneel” argument in de discussie waar jij ongetwijfeld een “evolutiebiologisch”antwoord op zult hebben. Ik stel je de volgende vraag: Hoe wist DNA dat het DNA moest worden (inclusief drager van erfelijke informatie)? Deze vraag ligt,volgens mij, in de lijn van het boek van Arie Bos, “Hoe de stof de geest kreeg”, derde druk 2010, Uitgeverij Christofoor, Zeist, dat jij ongetwijfeld kent.

gert korthof zei

Je hebt het overleefd. Nou, maak je niet ongerust over privacy: die verborgen kameras staan alleen bij de EHBO. 15%: hebben ze nog een mogelijke behandeling in het vooruitzicht gesteld voor het geval dat? Anders heeft het niet zo veel zin om het te weten?
"Degelijk werk": dank voor het compliment, het heeft me wel hoofdbrekens gekost. Terwijl jij lekker in de wachtkamer zat te leggen te lopen te zitten.

"Hoe wist DNA dat het DNA moest worden?" Ik geef het op. dat soort vragen zijn echt te moeilijk voor mij. Wat is het antwoord?
(Arie Bos is familie van Pim van Lommel)

Martin zei

Gert, je vraagt "Ontstaan deoxyriobose, A, T, C, G spontaan? Dus gegeven de elementen van het Periodiek Systeem, ontstaan dan bij voorkeur deoxyriobse en A,T,C,G?" Hoezo voorkeur? De chemische binding is een selectiemechanisme. A, T, C en G zijn maar kleine cyclische koolwaterstof moleculen (met wat kleine veranderingen) en (hetero)cyclische koolwaterstoffen onstaan inderdaad vanzelf, net als aardolie. De vraag is meer waarom er in DNA niet nog wat anders aan de phosphatediester bindt. Als de deoxyribose het liefst aan A, T, G of C bindt, dan worden die basen vanzelf uit de soep geselecteerd.

@Nand: DNA is gewoon een molecuul, en kan gewoon onstaan zijn als elk ander molecuul, terwijl de functie van DNA in erfelijkheid pas later is gekomen.

gert korthof zei

Martin, "Als de deoxyribose het liefst aan A, T, G of C bindt, dan worden die basen vanzelf uit de soep geselecteerd". Ja, en de vraag is dus: wat zat er allemaal in die soep? Als ik jou zo hoor, is volgens jou het Origin of Life probleem opgelost?

Martin zei

De blog van Nand gaat niet over de Origin of Life maar over het DNA molecuul. Als je wilt weten hoe het DNA molecuul is ontstaan, dan moet je kijken hoe andere moleculen ontstaan. Dat heet chemie.

gert korthof zei

Martin scrheef: "ontstaan dan bij voorkeur deoxyriobse en A,T,C,G?" Hoezo voorkeur? De chemische binding is een selectiemechanisme"
Martin schreef: "DNA is gewoon een molecuul, en kan gewoon onstaan zijn als elk ander molecuul, terwijl de functie van DNA in erfelijkheid pas later is gekomen."
Hier kom je in de problemen. Als er alleen wetten van chemische binding opereren, dan zouden de sterkte chemische bindingen het winnen van de zwakkere bindingen. Dat zou voor de backbone toevallig heel gunstig zijn: hoe sterker hoe beter. Maar als de 4 bases geselecteerd worden op de sterkste onderlinge binding, heb je een probleem met 'later' wanneer replicatie, transcriptie, translatie moeten plaatsvinden. Want daarvoor is de sterktse binding ongunstig. Want de bases moeten tijdelijk loslaten.
Zie mijn blog 12 jan waarin GNA:
"Interestingly, the Watson-Crick base pairing is much more stable in GNA than its natural counterparts DNA and RNA as it requires a high temperature to melt a duplex of GNA."
GNA zou het dus winnen van DNA volgens de wetten van chemische binding.
Hier doemt het volgende probleem op:
"GNA is structurally the most simplified solution for a phosphodiester-containing nucleic acid backbone and thus constitutes a promising candidate for initial genetic molecules of life. Unique combination of high duplex stability, base pairing fidelity, and easy synthetic access of its nucleotides".
Het meest ideale erfelijkheidsmolecuul is niet perse het makkelijkste prebiotisch te synthetiseren. Dat is mijn punt. Dat bedoel ik dus.

Martin zei

"Maar als de 4 bases geselecteerd worden op de sterkste onderlinge binding ..."

De bases binden niet onderling. Ze binden aan de backbone, en in de double helix liggen ze op elkaar wat, samen met waterstof bruggen, de helices bij elkaar houdt. De helices kunnen ook enkel bestaan, na denaturatie, en dat zijn dan enkele moleculen. Daar moet je mee beginnen, en niet meteen met erfelijkheid.

nand braam zei

@ Martin

Je zegt:”DNA is gewoon een molecuul, en kan gewoon ontstaan zijn als elk ander molecuul, terwijl de functie van DNA in erfelijkheid pas later is gekomen.”
Ik blijf me verbazen over het gemak waarmee je zegt dat DNA min of meer automatisch gewoon kon ontstaan. Dit is, volgens mij, een redenering “achteraf” (naar iets toe redeneren). Hier val ik Gert bij, als hij tegen je zegt: “Als ik jou zo hoor, is volgens jou het Origin of Life probleem opgelost?”

Neem nou bv. eens de lengte van het DNA-molecuul en de vorming van een dubbele helix. Dat had in die “oersoep” toch helemaal niet op die manier hoeven te ontstaan? Natuurlijk ,chemische reacties zijn belangrijk evenals de sterkte van chemische bindingen (je P versus As bindingsterkte verhaal was helder) maar deze combinatie van chemische reacties en ontstane conformaties is toch niet “gewoon”?

nand braam zei

@ Gert

Je zegt: “Een ander soort bezwaar tegen 'tweede orde design' is dat het onethisch is.”
Je noemt dan een aantal voorbeelden: pestbacterie, vrouwen met mutant BCRA1 en BCRA2 in de genen.

Nu ga ik andere voorbeelden geven. In Italië leeft ene Silvio Berlusconi, je kent hem vast wel uit de media. Deze man heeft ongetwijfeld zeer sterke genen. Niet alleen is hij geestelijk zeer veerkrachtig, want is een leeuwentemmer in de politieke arena en weet de rechters in Italië op handige/brutale wijze van zich af te schudden, maar ook fysiek is hij , op 75 jarige leeftijd nog tot veel in staat. Volgens eigen zeggen kan hij bij vrouwen in eén nacht “zijn haan nog 6 keer laten kraaien”. Nu zal dat wel wat overdreven zijn, zoals meestal bij macho-mannen, maar we mogen gerust aannemen dat deze man sterke “fysieke” genen heeft. Hij ziet er ook nog zo vitaal uit, nog steeds een sportschooolabonnement zo te zien. Niettemin, denk ik, dat jij met mij en vele anderen ook vind dat deze man een ramp is voor de maatschappij.

Nu stappen we over naar Stephen Hawking, bekend fysicus/kosmoloog. Zoals je weet lijdt hij aan ALS, ik neem aan door een afwijking in zijn genen. Hij beweegt zich voort in een rolstoel en heeft een spraakcomputer. Sinds 2004 heeft Hawking 24 uur per dag verzorging nodig en wordt hij professioneel verpleegd. Toch blijft hij actief in de natuurkunde. Nu is het wel zo dat als fysici zich ook met de filosofie gaan bemoeien er meestal heel vreemde dingen gebeuren. Dan kan bv. plotseling uit “niets” “iets” ontstaan, maar daar gaat het nu niet om. We zijn het er,denk ik, snel over eens dat Hawking een bijzonder iemand is die zeer nuttig is voor de maatschappij.
De koppeling tussen DNA en ethiek , die jij maakt, begrijp ik eigenlijk niet. Er gaat af en toe wat “fout” in de natuur, maar dat hoort toch bij het leven?

gert korthof zei

Nand, "De koppeling tussen DNA en ethiek , die jij maakt, begrijp ik eigenlijk niet. ":
die koppeling is er natuurlijk niet in mijn wetenschappelijk wereldbeeld: want mijn heelal is niet ontworpen (1e of 2e) door een hogere goedbedoelende macht die mensen op het oog had. Dat is de belangrijkste reden dat ik nooit in een of andere designer kan geloven: ik wil niet in een immorele designer geloven. Maar in jouw (1e, 2e orde) design heelal ligt de uiteindelijke morele verantwoordelijkheid natuurlijk bij de Designer.
Ik kan het niet duidelijker uitleggen, het is zo simpel, lees het nog 1x aub?

gert korthof zei

martin, ik denk dat we soms langs elkaar heen praten.
Nu schrijf je "De bases binden niet onderling"! natuurlijk heb ik ook wel begrepen -ondanks dat ik een bioloog ben- dat de bases sterker binden aan de suiker dan aan elkaar AT, en CG. Maar waarom paart A aan T? en C aan G? Waarom paart A niet met C of G? Waarom heeft het CG paar 3 H bruggen en AT 2? Daar zit de specifiteit van de base paring! dat is de basis van de genetische informatie! Waarom heeft CG een sterkere binding dan AT? En nu komt het: als de sterkte van de binding bepalend zou zijn, dan zou er in DNA uitsluitend CG base paren voorkomen. Want dat is volgens de chemische wetten. En als daarentegen AT de juiste bindingssterkte heeft, waarom zit er dan CG in DNA?
En als je kijkt naar alle alternatieve DNA's dan is DNA vast niet de meest stabiele!
Zo, dat heb ik mooi gezegd. Nou jij weer!

gert korthof zei

Nand, mag ik dit zeggen/vragen (ja dat mag ik): waarom lees je boeken zoals die van Arie Bos, terwijl je voor de zelfde prijs boeken kunt lezen van topwetenschappers?

nand braam zei

@ Gert

Ik heb op jouw advies bv. ook het boek “Evolutie of hoe alles almaar verandert” van Lute Bos gelezen. Iemand uit de zeg maar “klassieke wetenschappelijk” school. Prima boek, niets mis mee uiteraard.
Maar het lezen van boeken die interessante vraagstukken heel anders benaderen, vind ik ook nuttig. Je komt dan soms toch op intrigerende gedachten. Zo vind ik de vraag: Hoe wist DNA dat het DNA moest worden (inclusief drager van erfelijke informatie)? niet onzinnig.

harry p zei

@ gert
"En als je kijkt naar alle alternatieve DNA's dan is DNA vast niet de meest stabiele! Zo, dat heb ik mooi gezegd. Nou jij weer!"

En: 'Dus zelfs als er geen betere alternatieven voor DNA zijn, dan nog kan dat door natuurlijke selectie verklaard worden."

Dus?... bedoel je hier nu 'dus', omdat dat natuurlijke selectie wel steekjes laat vallen, in tegenstelling tot de chemische wetten en of god? Want anders had dat DNA dus wel beter in mekaar gezeten (zoals je het zo mooi zei!). Kortom, een bewijs uit het ongerijmde, zeg maar. Bedoelde je dat?

gert korthof zei

Harry, ik weet niet precies waar je heen wilt, maar wat dacht je hier van: natuurlijke selectie heeft geen vooruitziende blik, dus als DNA het toch is geworden is enigszins verbazingwekkend, aangezien we er al 3 miljard jaar mee doen naar volle tevredenheid voglens de meesten en dat de beslissing dus al 3 miljard jaar geleden is genomen...
Bijvoorbeeld las ik dat resctrictie enzymen een specifieke base volgorde herkennen en dat knippen: moet DNA zo zijn dat enzymen er bij kunnen. Handig. Toeval? Of als het zo niet ging dan wel anders, en hadden we ons daar weer over verbaasd.

gert korthof zei

Nand, "Zo vind ik de vraag: Hoe wist DNA dat het DNA moest worden (inclusief drager van erfelijke informatie)? niet onzinnig."
Dat mag, maar wat is je antwoord op die vraag?

Martin zei

Als - als - je ontstaan van DNA wetenschappelijk wilt begrijpen dan moet je eerst naar molecuulvorming iha kijken. De backbone van DNA bestaat uit gepolymeriseerde fosfaat-suiker units. Polymerisatie zien we wel vaker. Dus het is geen naar iets toe redeneren, maar uitgaan van simpeler moleculen en je afvragen wat voor soort molecuulstructuren dit soort simpele chemische processen kan opleveren. Dat lijkt mij de enige wetenschappelijke manier om iets meer van het DNA molecuul te begrijpen.

Martin zei

Renaturatie:

http://sandwalk.blogspot.com/2007/12/dna-denaturation-and-renaturation-and.html

"als de sterkte van de binding bepalend zou zijn, dan zou er in DNA uitsluitend CG base paren voorkomen".

Aan een enkele backbone gaan basen zitten. Dat zijn niet alleen C en G. Als je twee strengen wilt samenvoegen (zip up), dan begint nucleatie in een gebied waarin de basen toevallig Watson-Crick complementair zijn. Of er tijdens het upzippen relocatie van bases plaatsvind weet ik (nog) niet. Volgens het sandwalk artikel gaat na nucleatie het upzippen van de rest tamelijk snel.

gert korthof zei

martin, ik denk dat we soms langs elkaar heen praten.
Sandwalk heeft het over hoe DNA zich nu gedraagt, en gaat dus uit van bestaand DNA. Dat accepteer ik allemaal.
Maar als het om de Origin of Life gaat, moet je je afvragen: waarom is er een mix van AT en CG? Volgens de wetten van chemische binding is DNA met uitsluitend CG,GC veel stabieler dan een mix can AT en CG of uitsluitend AT,TA. (ook volgens Sandwalk). (en of dat door stacking komt maakt voor dit argument niet uit).
Je schreef "DNA is gewoon een molecuul, en kan gewoon onstaan zijn als elk ander molecuul, terwijl de functie van DNA in erfelijkheid pas later is gekomen."
Precies omdat de functie van erfelijkheid pas later is gekomen, gelden vóór die tijd alleen wetten van de chemie, en als er sterke temperatuurwisselingen zijn dan blijft er uiteindelijk dsDNA met GC en CG over.

nand braam zei

@ Gert

Ik heb geen antwoord op die vraag. Ik vind de vraag echter niet onzinnig. Waar natuur-wetenschappelijke verklaringen zouden falen (met de nadruk op het woord zouden, want of ze gaan falen weten we nog niet) kan het geen kwaad, volgens mij, om het vraagstuk ook van een andere kant te bekijken. Ik heb wat dat betreft een “open mind”.

harry p zei

@ gert
ok, even duidelijker proberen.

ik bedoelde dat je nogal stellig beweerde:
"Dus zelfs als er geen betere alternatieven voor DNA zijn, dan nog kan dat door natuurlijke selectie verklaard worden."

Stellig, want ik zie daar verder geen concrete voorbeelden van in de discussie tot nu toe, behalve dan die steken die DNA laat vallen met die AT in plaats van die CG paren: dat is niet volgens chemische wetten volgens jou (zie ook je reactie op martin).

"Dus", zei jij toen, ergo: natuurlijke selectie. Ik suggereerde niks over een vooruitziende blik, maar vroeg me alleen af of je dat inderdaad zo bedoelde: omdat chemische wetten worden geschonden, moet het wel natuurlijke selectie zijn. Want God (en zijn 2de orde design) kunnen we sowieso uitsluiten omdat die zich natuurlijk aan zijn eigen (chemische)wetten gehouden zou hebben! Maar evolutie, dat is tinkering, knutselen. Dan laat je (dus) steekjes vallen. Evolutie die houdt zich - duidelijk- niet aan chemische wetten. Zoiets inpliceerde je met je bewering, dacht ik.

Maar dan zou ik graag weten hoe dat kan, aan welke natuurwetten natuurlijke selectie zich allemaal wel en niet kan houden. En hoe dat werkt: niet dat dat het geval is, maar hoe dat het geval kan zijn, want het is toch wel sterk dat biologie de natuur de les voorschrijft, en zo in dit geval een (veel) instabielere mix van CG en AT oplevert. Zo las ik je opmerkingen.

ok?

Martin zei

Het feit dat dubbelstrengs DNA met alleen AT, TA stabieler is, wil toch niet zeggen dat ssDNA met alle bases erin niet mogelijk zou zijn? De interactie tussen twee strengen noem ik geen chemische binding.

Ik heb het steeds over de binding van een base aan de backbone, en dan zeg jij iets over de interactie tussen twee strands, wat volgens mij iets anders is.

Volgens mij heeft denaturatie-renaturatie door temperatuurcycling niet het gevolg dat A en T uit de strands verdwijnt en door G en C vervangen wordt.

Ik laat het hier maar bij.

gert korthof zei

Harry, kijk nog even naar mijn comment Feb 29, 2012 11:08 AM waar ik over GNA vertel. Op de een of andere manier weigert Martin origin of DNA probleem in beschouwing te nemen. Hij schijnt te denken dat DNA gewoon volgens de chemische wetten uit zijn bouwstenen ontstaat, en die bouwstenen zijn er gewoon en dat daarmee de origin of DNA verklaard is. Klaar. Merkwaardig is ook zijn weigering om de vraag te beantwoorden of The Origin of Life problem opgelost is. Alle OOL onderzoekers moeten gek zijn dat zij niet inzien dat OOL allang opgelost is (gewoon een kwestie van chemie! vrije energie!).
Omdat aan te tonen probeerde ik te wijzen waartoe de wetten van de chemie toe zouden leiden: de meest stabiele moleculen. Maar als die niet gunstig zijn voor hun functie als erfelijkheidsdrager, dan kom je in de problemen met je verhaal. Dus die superstabiele moleculen zijn een doodlopende weg, en als er op andere (afgescheiden) plaatsen in de oersoep wat zwakkere moleculen ontstonden, die toevallig eigenschappen hadden die later geschikt bleken voor erfelijkheid dan zijn die geslecteerd (natuurlijke selectie). Misschien omdat ze gewoon beter repliceerden (selfish elements). Dat is niet tegen de wetten van chemische binding in. Dat kan natuurlijk niet. Maar zo hoopte ik aan te tonen dat je er niet alleen komt met de wetten van chemische binding, zonder dat die wetten geweld aan gedaan wordt. Maar dat is een hele klus, kennelijk.

gert korthof zei

Nand schreef "Er gaat af en toe wat “fout” in de natuur, maar dat hoort toch bij het leven?"
Maar dat mag alleen een atheist zeggen! Iemand die gelooft dat er uiteindelijk, direct of indirect, een hogere macht, een hogere intelligentie achter de cosmos zit, kan dat niet zeggen zonder van die hogere macht een immorele prutser te maken.

Af en toe?
hoort er bij?

nand braam zei

@ Gert

Je zegt: “Maar in jouw (1e, 2e orde) design heelal ligt de uiteindelijke morele verantwoordelijkheid natuurlijk bij de Designer.”

Het 1e orde design moet je in bovenstaande zin weglaten, ik heb het steeds over tweede orde design , niet over 1e orde design.
De uiteindelijke morele verantwoordelijkheid ligt in mijn visie niet volledig bij de Designer, omdat ik vraagtekens plaats bij de almacht van God (gebaseerd op een concrete theodicee).
Voor die visie (vanuit het gnostiek-christendom) verwijs ik naar jouw blogonderwerp “Het is niet verstandig om in God te geloven” op ditzelfde weblog (start 16 november 2011). We zullen die discussie maar niet overdoen, omdat we het daar toch niet over eens worden, hetgeen uiteraard ook niet noodzakelijk is.

Dit is indirect ook een antwoord op je laatste post.

Trouwe Lezeres zei

Gert,
Op 'God als immorele prutser':

Wij ontkomen er niet aan om met een menselijke manier van denken en met onze menselijke normen en waarden te oordelen over hoe een goed leven eruit zou moeten zien. Een vergelijking: wij laten een drie-jarig kind doen wat wij als volwassene goed vinden voor dat kind: naar de crèche gaan, naar school gaan, wat hij moet eten, etc. Dat kind heeft zich daarnaar te voegen, of hij dat nu leuk vindt of niet. Hij moet zich voegen naar wat wij als volwassene voor hem als 'goede' geestelijke ontwikkeling bedenken, wij als volwassene creëren een leefomgeving voor dat kind zoals ons dat goed dunkt. Een drie jarig kind kan niet overzien hoe het leven van een volwassene er later ongeveer uit ziet, wat hij zou moeten leren om zich later zelfstandig te kunnen bewegen in de maatschappij. Hij heeft dat inzicht, overzicht niet.
Het verschil in denken, het ervaren van 'de' werkelijkheid, de soort wensen en verlangens van een kind verschillen vaak enorm met die van een volwassenen.
Hoe kunnen wij weten wat de (achterliggende) zin van ons leven is. Van het leven in z'n totaliteit. Óf er zelfs een zin van het leven is. Dat zijn allemaal menselijke vragen, voortkomend uit menselijke gedachtes. Dus een soort 'tunnelvisie': wij kunnen niet anders leven, kijken, denken en ervaren dan als mens. Dat is een beperking zou je kunnen zeggen.
Het verschil tussen mens en God is m.i. onzegbaar veel groter dan het verschil tussen een driejarig kind en een volwassenen.
God is geen mens, denkt niet als een mens, beschouwt niet als een mens, we kunnen niet net doen alsof onze zienswijze, onze wijze van ervaren ook die van God is

harry pinxteren zei

gert
duidelijk, dank.

Er zijn allerlei chemische wetten, en die zorgen voor allerlei mogelijke chemische verbindingen, stabielere en instabielere, en dat gaat uiteraard allemaal niet tegen die wetten in. Het is, kortom, 'dus' een en al chemie! Dat was mijn punt: wat voegt het idee van natuurlijke selectie hier toe? Want uiteindelijk gaan chemici ons toch ook vertellen waarom en hoe die betere replicatie van die minder stabiele elementen (‘selfish elements’) zo kon werken- en hoe die niet in strijd met die andere wetten is. En ik vrees dat het idee van natuurlijke selectie (en adaptatie) ook weinig toe zal voegen aan ons verder inzicht in erfelijkheid, niet als het gaat om de dragers en nog minder als het gaat om de code zelf, al willen mensen als Dawkins ons het tegendeel laten geloven met metaforen als 'survival kit' etc.

Het gaat om natuurwetten, zou ik met Martin zeggen - wat anders?! Of we die volledig begrijpen is wat anders, maar uiteindelijk gaat het, zoals Boltzmann het al formuleerde: om de strijd (Kampf) om entropie. Dat is natuurkunde, qm en chemie. Even scherp stellen: die biologische wetten- voor zover je daar in het geval van natuurlijke selectie van kunt spreken - zijn daar een gevolg van, een emergentie, supervenientie, of hoe je het ook noemen wil: More is different (Anderson, 1972).

Of om even te overdrijven voor de duidelijkheid: de grote vraag is hoe we ooit van 'molecule to man' hebben kunnen komen. Of vrij naar Koonin, tot een eukaryoot met mathematische evolutiemodellen. Natuurlijke selectie heeft daar vooralsnog weinig over te vertellen. Seksuele selectie ook niet trouwens, lees Descent er maar op na. Waar komen die modellen van Koonin vandaan? Van een 'courting device', genaamd menselijke hersens, althans volgens G. Miller, The Mating Mind, 2002'. Om maar een voorbeeld te geven.

Nand vindt dat het te toevallig is dat DNA zo mooi in mekaar zit en komt met zijn 2de orde. Met een knipoog naar nand, denk ik dat DNA in ieder geval onherleidbaar complex is voor het darwinisme, c.q. voor het idee van natuurlijke selectie. Ik zie in ieder geval nog steeds niet goed wat dat hier toevoegt. Voor mij is dat een hele klus!

Een goed recent voorbeeld van wat ik bedoel: Daniel Natt, Carl-Johan Rubin, Dominic Wright, Martin Johnsson, Johan Belteky, Leif Andersson, Per Jensen. Heritable genome-wide variation of gene expression and promoter methylation between wild and domesticated chickens. BMC Genomics, 2012; 13 (1): 59 DOI: 10.1186/1471-2164-13-59

Onderzoek methylatie en je krijgt een interessant perspectief op domesticatie. Van die dingen dus, ja, van die dingen, zou cor van de laak zeggen.

gert korthof zei

Nand schreef: "De uiteindelijke morele verantwoordelijkheid ligt in mijn visie niet volledig bij de Designer, omdat ik vraagtekens plaats bij de almacht van God.".
Maar, Gods besluit om zijn almacht in te perken is toch immoreel? als je van te voren kunt weten dat inperking van macht betekent dat je niet meer verantwoordelijk kunt zijn voor wat er gebeurt op aarde?

gert korthof zei

Trouwe Lezeres, hartelijk dank dat je nog de moeite neemt om een hardnekkige atheist iets uit te leggen. Vele theistische gelovigen antwoorden niet eens meer.

"God is geen mens, denkt niet als een mens, beschouwt niet als een mens, we kunnen niet net doen alsof onze zienswijze, onze wijze van ervaren ook die van God is".

Realiseer je je dat hierdoor God totaal onbruikbaar en onbegrijpelijk wordt? Hoe kun je dan nog iets begrijpen van God? Als God zo totaal anders is hoe kun je nog zeggen dat mensen hun moraal op (een onbegrijpelijke) god moeten baseren? Dat houdt verder in dat je gods bevel gewoon moet opvolgen omdat je God nooit kunt begrijpen. Verder gaat het toch in tegen het Kuitert idee dat alles wat van boven komt van beneden komt? Verder: wij zijn toch allemaal volwassen mensen? (alleen kinderen zijn kinderen).

gert korthof zei

harry, wat ben je nu aan het doen? De specifiteit van enzymen bijvoorbeeld verklaar je ook door de wetten van chemische binding? Dus: de aminozuurvolgorde van eiwitten in het algemeen?

je realiseert je toch dat natuurlijke selectie niets anders is dan differentiele replicatie van varianten?

harry p zei

Gert, ik heb geen idee of die specificiteit van enzymen door chemische wetten kan worden verklaard. Of niet. Ik weet niks van chemische bindingen. Maar er zullen er vast een hoop bij zijn die toevallig kunnen, dus niet door chemische wetten verboden worden - en die ook nog succesvol zijn. En als dat niet louter een kwestie van gewoon chemie is, dan geef je inderdaad een goed tegenvoorbeeld. Maar wat voegt 'natuurlijke selectie' dan aan het verhaal toe, vraag ik me dan af.

In ieder geval is het geen antwoord op mijn punten (en die van Nand en Martin). Dus nog een keer.

Als 'natuurlijke selectie niets anders is dan differentiele replicatie van varianten' zoals jij het samenvat, dan kun je het ook een kwestie van 'korrel' noemen: ik zat me hardop af te vragen of de korrel van natuurlijke selectie niet gewoon te grof is voor een heleboel geheimen van het leven, zoals die van het DNA molecuul bijvoorbeeld. Of neem, pakweg, DNA reparatie: kun je die verklaren door 'differentiele replicatie van varianten'??? Ik ben benieuwd.

Natuurlijk kun je 'differentiele replicatie van varianten', veranderingen in gen-, dan wel allelfrequenties, in populaties over de tijd, waarnemen. Je kunt zelfs zien dat ze niet random zijn, maar dat is niet meer dan een statistische observatie, beschrijvende statistiek oid. In ieder geval een korrel die te groot is om iets zinnigs over zoiets als een DNA molecuul te kunnen zeggen- laat staan over al die mathematische evolutie modellen ;-).

gert korthof zei

Harry, ik weet niet wat ik met je aan moet. Jij bent toch dezelfde Harry die Koonin aan het lezen is? Dit is allemaal elementaire stof. 150 jaar na Darwin vraag jij dit soort vragen? help! ik weet niet wat voor antwoord ik hier moet geven. Misschien moeten we dit een keer rustig op de Bahamas bespreken onder het genot van een drankje...

harry p zei

Wat een verzuchtingen, gert. Is het zo erg met me, denk je?

Maar wat Koonin betreft, doe ik niet meer dan alleen maar parafraseren van zijn belangrijkste vraag (o.c. 250 ff)- tenminste volgens mij

En hij heeft genoeg van dit soort passages .. in the new biology, natural selection is but one of the processes that shape evolving genomes - and apparently not the quantitatively dominant one' (p 400) maar op de pagina's die volgen staan nog meer zeer behartenswaardige dingen, zoals bijv p 403 cursief. etc

trouwens, het onderzoek van Natt et al (zie boven) is ook een concreet voorbeeld van wat ik bedoel. Ik snap niet hoe dat tot verzuchtingen over elementaire stof kan leiden.

genieten van een drankje is altijd goed, zelfs gewoon in Nederland.

ik neem er nu alvast eentje. proost!

gert korthof zei

Harry, als je Koonin wilt lezen zonder verkeerde conclusies te trekken of tot extreem anti-Darwinisme te vervallen, heb je evolutiebiologische achtergrondkennis nodig. Die kan ik je niet in 2-3 regels verschaffen. Als je geen goede ondergrond hebt raak je het spoor bijster. helaas heeft Koonin geen tijd om die achtergrond kennis te geven, hij laat ontzettend veel weg, hij schrijft als het ware voor vakgenoten. Dat moet je goed in de gaten houden. als je conclusies gaat trekken. Zijn boek vraagt uiterste zorgvuldigheid van de lezer.

harry p zei

gert,

je hoeft me niet al die ontbrekende vakkennis bij te brengen, maar leg me wel even uit hoe je aan de kwalificatie 'extreem anti-Darwinisme' komt, of liever, diskwalificatie. Bedoel je dan dat Koonin citaat of misschien die verwijzing naar die cursieve regel op pagina 403 van zijn boek. Ok, neem dan de hele paragraaf "The chaninging concepts of variation and the death of gradualism" (sic).

Ik trek helemaal geen conclusies. Ik stel vragen in commissie. En om een concreet voorbeeld te geven van wat ik bedoel, verwees ik naar een zeer recent onderzoek dat niet alleen ik interessant vind.

Je repliek vind ik op zijn zachtst gezegd niet overtuigend.

gert korthof zei

Harry, de dingen die je aan de orde stelt vallen allemaal binnen de evolutiebiologie, maar in tegenstelling tot bv de gastbijdrage van Nand, die exact gaat over waar ik over blog, kom je met een spervuur van andere interessante onderwerpen en uitdagende giga stellingen. Als ik daar op een serieuze manier op in ga (onderzoek, nadenken, schrijven) dan kan ik de onderwerpen waar ik zelf over wil bloggen wel vergeten, omdat er daar dan geen tijd meer voor overblijft.
Op het moment zit ik op een bepaald DNA spoor waar ik nog niet mee klaar ben. Vandaar.

harry p zei

gert,
als ik je onderbreek, zeg dat dan gewoon.

Over de al dan niet onder- of overschatte stabiliteit van DNA heb ik geen mening, ook geen vragen want daar weet ik te weinig van.

gert korthof zei

Harry, OK. ik heb gezegd! Koonin heb ik nog niet uit. ik ben nog niet bij p.403. Het is ook voor mij zware kost. En bovendien lees ik ~3 boeken tegelijk! dat werkt natuurlijk niet, dat schiet niet op, maar ja, zo is het leven...

Trouwe Lezeres zei

Gert,

'Een God die totaal onbruikbaar en onbegrijpelijk is'. Ik denk dat het voor jou eerder 'onbegrijpelijk en dus onbruikbaar' is. Als ik jou zo bezig zie met je DNA, wil je tot in de finesses begrijpen hoe een en ander in elkaar zit en waarom.
Ergens krijg ik het gevoel dat je eigenlijk ook bedoelt: ik kan zo'n God voor geen meter vertrouwen (als je zou kunnen geloven dat Hij bestaat), want ik begrijp hem niet.
Voor mij zijn er veel onbegrijpelijke dingen in het leven, ik kan me eigenlijk niet voorstellen dat het voor jou anders is. Hoe komt het b.v. dat ergens leven in zit, in een grassprietje, een vlo of een mens? Of in een zaadje dat soms wel jaren en jaren kan wachten op het ontkiemen? Wat is dat in wezen, dat leven, die kern, de 'essentie' van het leven? Hoe en wanneer komt dat ergens in, hoe wordt dat doorgegeven? Waar zít dat dan eigenlijk? Daar begrijp ik helemaal niets van.
Het beeld van 'een God die beveelt', ik weet niet hoe je daar aan komt, misschien uit vroeger tijden. Er zullen best mensen zijn die zo'n beeld van God hebben, en in dat geval heeft Kuitert m.i. dan weer helemaal gelijk, zo'n beeld komt van beneden. Volgens mij laat God je juist helemaal vrij, je wordt geraakt of niet en dat kan nooit afgedwongen worden. Je kunt hoogstens ergens naar op zoek gaan. Als je serieus op zoek gaat, kom je op een eigen pad terecht dat je vroeg of laat naar de Bron brengt. Daar ben ik van overtuigd.
Over de vergelijking volwassene-kind, mens-God, ik vraag me af of je begrijpt wat ik bedoelde.
En dat wij allemaal volwassen mensen zijn? Wat is volwassenheid? Ons verstand is uitgegroeid en we hebben een andere kijk gekregen op bepaalde zaken, maar waar ligt precies de grens? Een kind kan zich geen volwassenheid aanmeten, maar een volwassene kan wel de verwondering en de speelsheid van een kind bewaren. Trouwens, Gert, er zijn toch heel wat volwassenen die eigenlijk aan het spelen zijn? Lijkt het geknutsel met dat DNA niet heel erg veel op het spelen met Legosteentjes? Zo van: wat kan ik allemaal van deze verschillende bouwsteentjes maken of hoe kan ik van deze steentjes nu eens een ander 'autootje' maken dan in mijn bouwtekening staat?
In mijn ogen spelen juist heel veel mensen net als kinderen: een architect, een kunstenaar, een schrijver, een wetenschapper, etc. Of zou je kunnen zeggen dat al die mensen, net zoals kinderen aan het creëren, aan het scheppen zijn?

harry p zei

hartstikke zware kost. En er staan veel dingen in die je aan het denken zetten, 'out of the box' denken, dus!

nand braam zei

@ Gert
Je zegt:” Realiseer je je dat hierdoor God totaal onbruikbaar en onbegrijpelijk wordt? Hoe kun je dan nog iets begrijpen van God? Als God zo totaal anders is hoe kun je nog zeggen dat mensen hun moraal op (een onbegrijpelijke) god moeten baseren?”’

Om hier wellicht iets van te kunnen begrijpen (de laatste post van Trouwe Lezeres is overigens ook verhelderend) zou je bv. toch eens het boek “Antwoord op Job” van Carl Gustav Jung moeten lezen. Dat boek heb ik je al eens eerder aangeraden, maar je hebt mijn raad vrij zeker niet opgevolgd. Ik moet je even streng toespreken (grapje, niet kwaad worden): jij raadt mij het boek van Lute Bos aan over de evolutie en ik lees dat boek (nogmaals bedankt voor de goede tip). Ik raad jou bovengenoemd boek van Jung aan en je leest het niet (weet dat niet 100% zeker, maar waarschijnlijk heb ik gelijk). Is het nu niet zo dat je om een of andere reden perse wilt vasthouden aan het beeld van een triple A God om hem/haar/het op grond daarvan te kunnen afwijzen met het argument: een triple A God is almachtig en een almachtige God zorgt ervoor dat er geen kwaad op de wereld bestaat, dus ook geen imperfect DNA? Ergo: God bestaat niet.

gert korthof zei

Trouwe Lezeres (reactie in telegramstijl want ik moet synchroon schaken tegen 3-4 mensen): je schreef: "Voor mij zijn er veel onbegrijpelijke dingen in het leven, ik kan me eigenlijk niet voorstellen dat het voor jou anders is. ..." Dat is een zeer belangrijke opmerking. Er is een groot verschil tussen gelovigen en mensen die alles willen begrijpen. Gelovigen hoeven niet alles te begrijpen, nog erger: ze vinden onbegrijpelijke dingen zels fantastisch en ze willen dat ook zo houden (kijk naar Riemersma die heeft duidelijk een aversie tegen wetenschap, kan ook haast niet anders als je gek bent op het bovennatuurlijke). De mens onderscheidt zich van de dieren, doordat de mens dingen wil begrijpen, onderzoekt en experimenteert. "Hoe komt het b.v. dat ergens leven in zit, in een grassprietje, een vlo of een mens?" Die vragen zijn uitstekend! Er bestaat een wetenschap van het leven: die heet biologie. Er is een ontzagwekkende indrukwekkende vooruitgang in de kennis van leven: DNA is daar een uitstekend voorbeeld van! Met die kennis zijn biologen enorm gevorderd met het begrijpen wat leven is, hoe een grasprietje groeit, we kunnen het leven veranderen (zie: synthetische biologie) en we kennen de oorzaak van erfelijke ziektes. Kortom: er is een enorme vooruitgang in kennis. Dat is hoopgevend, en dat maakt voor mij het leven zo boeiend. Juist die dagelijkse vooruitgang in kennis maakt het onbegrijpelijke steeds kleiner, het onbegrijpelijke wordt steeds verder teruggedrongen. Het onbegrijpelijke is voor mij en voor alle wetenschappers een uitdaging: wat gister onbegrijpelijk was, is vandaag te begrijpen.
Wat wetenschappers drijft is juist het onbegrijpelijke te begrijpen. En het lukt!

Trouwe Lezeres zei

Gert,

Nu heb ik alleen maar wat algemene kennis van de biologie, maar wil je zeggen dat de biologen zo ver zijn dat ze een hoopje moleculen kunnen samenstellen en dat er dan b.v. een beukeboom gaat groeien? Of desnoods een grassprietje, dat zelf weer voor nageslacht zorgt? Of een dierlijk wezentje?

gert korthof zei

Trouwe Lezeres, nou wat je nu voorstelt gaat wel een beetje ver, en dat is een zeer grote technische uitdaging. De wetenschapper Venter en zijn team heeft volledig synthetisch DNA in een bacteriecel ingebracht en die kwam tot leven. Maar hier praten over technische toepassing van kennis.
Het ging mij primair om het begrijpen van het leven. En ja, biologen begrijpen hoe een grasprietje groeit. Het is niet voor niets dat met de ontdekking van DNA Watson en Crick zeiden 'we have discovered the secret of life'. Je kunt in ieder geval zeggen dat biologie volwassen is geworden. Aristoteles was een knap bioloog voor zijn tijd, Linneus en Darwin brachten eenheid in de biologie, en met DNA werd biologie pas echt volwassen. Als je terugkijkt naar de onwetendheid van het verleden, dan kun je met voldoening vaststellen dat er onmiskenbare vooruitgang is, en dat biologen een diepgaand inzicht hebben gekregen in wat leven is.
Wetenschap: het werkt, het is mooi, en wetenschappelijke kennis groeit. En dat vind ik zo mooi, daar raak ik niet over uitgepraat...........

gert korthof zei

Nand schreef "jij raadt mij het boek van Lute Bos aan over de evolutie en ik lees dat boek..."
Ik heb het blog er nog even op na gelezen, maar er staat nergens dat ik het boek adviseer, dus ook niet dat ik het specifiek aan jou zou aanbevelen in de context van een bepaalde discussie. Het was gewoon een signalering van een nederlandstalige boek over evolutie, wat een bijzondere ontstaanswijze had, en mij citeerde, en lid van de KPN was, wat voor sommige lezers interessant zou kunnen zijn.

Het boek van Carl Gustav Jung heb ik inderdaad nog niet gelezen. Geeft het antwoorden op mijn vragen? Als jij het wel gelezen hebt, ben je dan in staat om antwoorden te geven op de vragen die ik stel over het geloof in God?
Het is niet juist dat ik wil vasthouden aan het beeld van een triple A God. je wijzigt je godsbeeld en ik stel dáár vragen over. En de vragen zijn nogal voor de hand liggend, vind ik. Met dat boek van Jung in de hand (of welk boek dan ook) zou je die toch makkelijk kunnen beantwoorden?
tot zover in het kort.

harry p zei

nee, daar raak je nooit over uitgepraat. Neem bijvoorbeeld Kouwenhoven en zijn majorana deeltje. Te weinig aandacht voor in dit land, want als zijn verhaal standhoudt, is dat niet alleen een nobelprijs waard (samen met David Deutsch) maar verandert dat ook de wereld: wetenschap werkt namelijk en quantum computers al helemaal! Dat is inderdaad het wonder, een groot wonder, nog sterker: een onvoorstelbaar wonder - ook zonder god.

hp zei

of neem dit voorbeeld:

Aaron C. Koralek, Xin Jin, John D. Long II, Rui M. Costa & Jose M. Carmena. Corticostriatal plasticity is necessary for
learning intentional neuroprosthetic skills. Nature, 2012 DOI: 10.1038/nature1084

het gaat maar door.....

nand braam zei

@ Gert

Je zegt:” Het is niet juist dat ik wil vasthouden aan het beeld van een triple A God.”

Welk Godsbeeld heb je dan?

gert korthof zei

nand schreef "Welk Godsbeeld heb je dan?": Nand, ik constateer, observeer alleen wat theisten zeggen over god.
Nand Braam Mar 2, 2012 01:09 AM schreef:
"De uiteindelijke morele verantwoordelijkheid ligt in mijn visie niet volledig bij de Designer, omdat ik vraagtekens plaats bij de almacht van God (gebaseerd op een concrete theodicee)."
maar bij wie ligt de uiteindelijke morele verantwoordelijkheid dan wel?
Wie heeft dan het universum in het leven geroepen?
Degene die het universum tot stand heeft gebracht, in gang heeft gezet, die heeft toch de eindverantwoordelijkheid? Wie anders?

Trouwe Lezeres zei

Beste Gert,

Het is voor mij heerlijk om te merken hoe enthousiast je bent over de biologie en de wetenschap!
Ook geniet ik heel erg van een uitspraak als -ik hoop dat Jan en jij het me niet kwalijk nemen- '........ kan ook haast niet anders als je (zoals Jan) gek bent op het bovennatuurlijke'.
Nu geloof ik niet dat Jan een aversie heeft tegen de wetenschap, maar dat de discussie tussen Jan en jou gewoon illustreert dat mensen 'de werkelijkheid' totaal verschillend kunnen beleven of 'zien'.

Verder zeg je: 'Het ging mij primair om het begrijpen van het leven. Biologen begrijpen inderdaad hoe een grassprietje groeit. Het is niet voor niets dat met de ontdekking van DNA Watson en Crick zeiden 'we have discovered the secret of life'.
DNA heeft inderdaad veel te vertellen en het mag bekend zijn hoe de biochemische processen zich voltrekken in een grassprietje, maar dat vertelt mij nog steeds niet wat het geheim van het leven is, alleen maar hoe het 'mechanisme' werkt. Ik ben ervan overtuigd dat er in elk levend wezen, net zoals in de mens, ook een zekere 'geestelijke aanwezigheid' is, náást of tegelijkertijd met de biochemische processen.
Het is inderdaad reuze interessant wat er allemaal ontdekt wordt op dat gebied, al houd ik mijn hart wel eens vast voor welke doeleinden die ontwikkelingen gebruikt zullen worden.

nand braam zei

@ Gert

Over die eindverantwoordelijkheid hebben we het ook al eerder gehad.

Dat de stoffelijke wereld geschapen werd buiten medeweten van de hoogste God, was niet God’s schuld. Hier kunnen vragen gesteld worden bij zijn almacht. Vervolgens nam hij zijn verantwoordelijkheid door te zorgen voor een mogelijk herstelproces n.l. zorgen dat er een transcendent beginsel (sensus divinitatis, goddelijke vonk) in ieder mens aanwezig is dat kan ontluiken of uitdoven. Bij Hitler, Stalin etc is er iets vreselijk mis gegaan. We kunnen daar echter wel van leren n.l. hoe het niet moet. Door toenemend bewustzijn, vooral ook over het kwaad in de wereld, kunnen we lessen trekken voor de toekomst. Dat geldt ook voor inzicht in goed rentmeesterschap van de aarde (duurzaam beleid; klimaatprobleem erkennen en proberen op te lossen etc.). In deze visie heeft God zijn verantwoordelijkheid niet uit handen gegeven, zijn verantwoordelijkheid werkt ook via de mens zelf. Ik denk dat we dus veel meer in een procesmatig iets moeten denken, dan in een momentaan iets, dat jij voor ogen hebt: “Waarom heeft God niet ingegrepen bij Hitler etc.”? Van incidentdenken naar procesdenken.

Zie het bovenstaande als een poging van een “piekeraar” om het grote geheel te begrijpen. Anderen hebben weer andere legitieme overtuigingen om het bestaan van het kwaad in de wereld (en imperfect DNA) toch te kunnen combineren met het bestaan van een God. Jij hebt het bestaan van een bovennatuurlijke werkelijkheid, dacht ik, uitgesloten. Allemaal best, er is gelukkig vrijheid van levensovertuiging in dit land, maar als je niet in God gelooft dan is het toch niet logisch dat je hem/haar/het dan toch een immorele prutser noemt, omdat het kwaad bestaat en het DNA niet perfect is. Dat begrijp ik dan weer niet.

gert korthof zei

Nand, "Dat de stoffelijke wereld geschapen werd buiten medeweten van de hoogste God".
Maar door wie werd de wereld dan geschapen? dan moet er dus nog een god zijn (polytheisme dus). Dan zijn er twee goden. Maar als de 2e god niets heeft geschapen wat heeft die dan nog voor functie? En geloof je dan in beide goden? Verder, als de 2e god de wereld niet heeft geschapen dan is hij uiteraard niet verantwoordelijk voor die wereld, dat is de 1e god die alles heeft geschapen. Je maakt het wel onnodig gecompliceerd hoor!. Hoe is dat nog te begrijpen? hoe kun je daar mee leven? Verklaar je nader.

gert korthof zei

Trouwe Lezeres schreef "DNA heeft inderdaad veel te vertellen en het mag bekend zijn hoe de biochemische processen zich voltrekken in een grassprietje, maar dat vertelt mij nog steeds niet wat het geheim van het leven is, alleen maar hoe het 'mechanisme' werkt.".
Voor de wetenschap is dat het eindpunt als je beschreven hebt hoe het mechanisme werkt. Je weet dan wat het verschil is tussen dode dingen en levende dingen, en als je 100% het mechanisme begrijpt, dan ben je klaar als wetenschapper. Voor een wetenschapper geldt "het leven" = "het mechanisme".

Trouwe Lezeres zei

Gert,
"het leven" = "het mechanisme". Ik begrijp heel goed dat het voor een wetenschapper, waarschijnlijk voor de meeste wetenschappers zo ligt, dat het voor jou zo ligt. Er zijn natuurlijk ook veel niet-wetenschappers die het leven op die manier zien. Het is zoals het is.
Natuurlijk wens ik jou nog veel plezier en voldoening toe met je gepuzzel met het DNA, wie weet waar je nog eens uit komt!