10 maart 2012

Enkele verbazingwekkende feiten over zwakke plekken in DNA

Strachan, Read (2011) Human Molecular Genetics, p.412
Als vervolg op mijn blog Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven: even wat googlen in mijn eigen boekenkast en ik vond bovenstaand plaatje. Het geeft op een heldere manier een overzicht van de zwakke plekken van DNA (chemisch gezien).
Het plaatje laat 3 soorten chemische schade zien met 3 verschillend gekleurde pijltjes. De dikte van de pijltjes is een maat voor de frequentie van de schade. De bases hebben het kennelijk zwaarder te verduren dan de suikers (riboses). Bij de P groepen staan geen pijltjes. Je moet een chemicus zijn om precies te begrijpen wat en waarom er gebeurt, maar ook zonder chemische kennis is duidelijk dat schade aan bases de genetische informatie aantast. Of te wel: mutatie. Of: onherstelbare schade met celdood tot gevolg.

Schokkende feiten over zwakke plekken in DNA:

Hier volgen enige schokkende feiten, niet geschikt voor jeugdige kijkers:
  1. de-purination: in iedere menselijke cel gaan er dagelijks ongeveer 5000 Adenine of Guanine bases verloren door spontane hydrolyse van de base-suiker band.
  2. de-aminiation: in iedere menselijke cel worden er dagelijks ongeveer 100 Cytosines spontaan gede-amineerd. Daardoor veranderen ze in Uracil.
Dat hebben Watson en Crick er niet bijverteld in 1953! Misschien lijken 5100 foute bases op de totale omvang van menselijk genoom (3 miljard bases) niet veel, maar dit overleeft U niet als het niet gerepareerd wordt. Dagelijks!

Evolutie heeft een uitgebreid DNA-repair systeem ontwikkeld om al die chemische zwakheden van DNA te compenseren (zie vorig blog Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven). Dat zijn enzymen die dus ook weer gecodeerd zitten in het DNA. Een organisme kan daarmee de mate van DNA repair vergroten of verkleinen. In theorie zou een organisme mutatie-vrij kunnen zijn als het heel veel tijd en energie zou stoppen in het onderhoud van zijn/haar DNA. Is dat slim? Een paar overwegingen:

1e: evolutie komt tot stilstand zonder mutatie. Een soort kan zich niet meer (genetisch) aanpassen aan de (veranderende) omgeving.
2e: stoppen met muteren is alleen slim als je 'perfect' bent (als soort). Als je nog wat verbeterpuntjes hebt (als soort) kun je beter blijven muteren om je zwakke punten weg te kunnen werken.
3e: besparen op DNA onderhoud kan op korte termijn een competitief voordeel opleveren, maar misschien niet op lange termijn

In het volgende blog een verrassende manier waarop de sterke en zwakke punten van DNA aan het licht gebracht kunnen worden.

Bron:
Tom Strachan, Andrew Read (2011) Human Molecular Genetics 4th edition, Garland Science, paperback, 781 pag. (wel wat duur, maar dan heb je ook een compleet overzicht van de menselijke genetica).

Aankondiging:

zondag 11 maart BBC2 22:00 deel 2 van de fantastische 3-delige documentaire Orbit: Earth's extraordinary journey. Over de effecten die de baan van de aarde om de zon heeft op het leven op aarde. Ik heb de eerste aflevering gezien: echt de moeite waard.

56 opmerkingen:

nand braam zei

@ Gert

Dit plaatje komt goed overeen met de chemische feiten. Die feiten heb ik in hoofdlijnen ook eerder gemeld n.l.dat de backbone chemisch redelijk stabiel is, maar dat er in de aangekoppelde basen nog een behoorlijke chemische restactiviteit zit.

Op 4 maart schreef ik : “We moeten ons overigens weer verwonderen over de geweldige reparatiekracht van het systeem in zijn geheel.”’
Dat mocht ik toen geloof ik niet zeggen, want je schreef daarop op 6 maart:
“Dit is dichterlijke taal, dat is heel mooi zo nu en dan, maar is geen argument.”
Nu ben je, volgens mij, toch zelf ook dichterlijk bezig (begrijp me goed ik vind dat helemaal niet erg) als je schrijft:
“Misschien lijken 5100 foute bases op de totale omvang van menselijk genoom (3 miljard bases) niet veel, maar dit overleeft U niet als het niet gerepareerd wordt. Dagelijks!””

De spanning tussen de idealiteit (perfect DNA)en de realiteit (om DNA te kunnen krijgen heb je stoffen nodig, die na de opbouw van het DNA onvermijdelijk een zekere rest-chemische aktiviteit houden, waardoor voortdurend reparaties nodig zijn) blijft een intrigerend iets. Hier kun je ook weer twee kanten op redeneren. Je kunt zeggen het glas is halfvol: wat een geweldig slim systeem, oké er gaat wel eens iets fout, dat is onvermijdelijk maar het geheel overziende neem ik mijn pet er diep voor af; het systeem is niet ideaal maar gezien de omstandigheden de beste/mooiste oplossing. Perfect DNA kan wellicht op papier ontworpen worden, maar in de (chemische) praktijk niet worden gerealiseerd.

Je kunt er ook voor kiezen het glas half leeg te zien: waarom al die fouten die voordurend gerepareerd moeten worden wat nooit voor 100% kan lukken; waarom niet meteen perfect DNA ?

Het zal je niet verbazen dat ik kies voor de optie “het glas is halfvol”

gert korthof zei

Nand, dit verhaal klopt zeker met wat jij eerder beschreef over de chemische restactiviteit van de bases. De base volgorde vormt de informatie om eiwitten te produceren, maar zijn zelf nogal gevoelig voor chemische modificatie, wat op zijn minst ongewenst zou kunnen zijn.

Wat betreft "“We moeten ons overigens weer verwonderen over de geweldige reparatiekracht van het systeem in zijn geheel.”’" daarin proefde ik DESIGN! De designer heeft een bewonderenswaardige intelligent reparatie systemen in het leven geroepen ten behoeve van het welzijn van organismen. Daardoor kunnen we toch weer concluderen dat de Designer goed werk heeft afgeleverd. Dat noemde ik 'dichterlijk' dat gebruikte ik als synoniem met 'ontworpen met goede bedoelingen'.
Ik wil alle design en doelgerichtheid verre van mij houden in een wetenschappelijke discussie. In mijn uitspraak zit dan ook helemaal geen dichterlijkheid.

De manier waarop evolutiebiologen over dit soort problemen denken is in de trant van: welke mutatiefrequentie van DNA is nog verenigbaar met functionele genomen van miljoenen of miljarden bases lang? Als je toch van dit soort grote genomen ziet, dan moet evolutie de mutatiefrequentie onder controle hebben. Dat is dus door een uitgebreid DNA repair systeem. Wetenschappers gaan dan vervolgens uitzoeken hoe de MATE van DNA repair samenhangt met de grootte van genomen of misschien het soort organismen. (Denk aan RNA virussen met zeer hoge mutatiefrequentie.) Je ziet verschillen, en gaat die weer onderzoeken, etc.

Een wetenschapper zou nooit zeggen "het systeem is niet ideaal maar gezien de omstandigheden de beste/mooiste oplossing. ": omdat het een ontestbare bewering is zoals die er staat. Je maakt hem niet operationeel, je moet hem in testbare vorm formuleren, en vervolgens proberen te testen. In de wetenschap gaat het zeker niet om 'het is maar hoe je er tegen aan kijkt: half vol of half leeg. dat soort statements zijn onbeslisbaar en horen dus niet thuis in de wetesnchap. Nee, in de wetenschap zijn de beste hypotheses degene die precies genoeg zijn om te testen en weerlegbaar zijn.

nand braam zei

@ Gert

Ik begrijp echt wel hoe de huidige wetenschappelijke methode werkt. Ik ben er zelf tijdens mijn wetenschappelijke opleiding mee opgevoed. Later ben ik de beperkingen ervan gaan zien. Een beperking ervan is dat je, als je niet heel erg alert blijft, langzaam maar zeker in de fuik zwemt van het metafysisch naturalisme.

De DNA –discussie op dit blog is daar een duidelijk voorbeeld van. Jij zegt op 6 maart 12:02 tegen Trouwe Lezeres: “Voor de wetenschap is dat het eindpunt als je beschreven hebt hoe het mechanisme werkt. “Je weet dan wat het verschil is tussen dode dingen en levende dingen, en als je 100% het mechanisme begrijpt, dan ben je klaar als wetenschapper. Voor een wetenschapper geldt "het leven" = "het mechanisme".”

Voor mij is de kous dan nog niet af. Het verhaal van het tweede orde design binnen de procestheologie ga ik in dit geval naar aanleiding van de tot nu toe gevoerde discussie zeker niet doorstrepen. Ik begrijp best waarom in de wetenschap “intentioneel” denken verboden is. Dat heeft, denk ik, zeker ook te maken met de apert onwetenschappelijke claims van het creationisme en de missers vanuit de Intelligent Design-theorie. En volgens welke methode moeten ”intentionele oorzaken” überhaupt onderzocht worden? Ik snap dat allemaal wel. Dat rechtvaardigt, volgens mij, echter niet waarom alle vormen van “intentioneel” denken als welhaast per definitie buitengesloten worden in de huidige wetenschap. Een beperking, die rationeel niet te verdedigen is, volgens mij.

gert korthof zei

Nand,
deze discussie is zeer omvattend, en niet in een paar commentaartjes te doen.
Vergelijk DNA en DNA repair met:
Houten kozijnen zijn 'gezien de omstandigheden de beste oplossing' ondanks het steeds terugkerend onderhoud.
Maar je vergeet: kunststofkozijnen hebben nauwelijks onderhoud. Die mag je dus niet buiten beschouwing laten, en dus kun je niet zeggen dat houten kozijnen de beste oplossing zijn 'gezien de omstandigheden' want je hebt de osmtandigheden kunstmatig ingeperkt.

Jij bent degene die in een theïstische fuik dreigt terecht te komen terwijl je wetenschap probeert te bedrijven.
Juist de omstandigheden zijn een voorbeeld van 2e orde design, dus die mag je niet uitsluiten van je beschouwing.

harry pinxteren zei

@ gert

in je uitleg zeg je: 'Als je toch van dit soort grote genomen ziet, dan moet evolutie de mutatiefrequentie onder controle hebben. Dat is dus door een uitgebreid DNA repair systeem. Wetenschappers gaan dan vervolgens.." etc

Vervolgens, zeg je? Maar de vraag was toch om te beginnen hoe dat uitgebreid DNA- reparatiesysteem kon ontstaan? Of heb ik iets gemist?

@ nand
wetenschap probeert intentionaliteit uit te bannen door er mechanismen voor in te vullen (alleen efficiente oorzaken, weg met die finale oorzaken!). Niet 'all the way down turtles', zoals in de bekende anecdote, maar: all the way down processen - uiteindelijk interacties tussen een paar deeltjes en wat krachten. Alle 'arrows of explanation' wijzen naar beneden, zoals S. Weiberg het reductionisme samenvatte. Maar de vraag die ook gesteld moet worden is hoe je van beneden weer naar boven komt. En dat blijkt stukken minder makkelijk: er is een asymmetrie tussen reductie en (re)constructie.

Bijv: hoe kom je van die deeltjes en krachten weer bij dat DNA reparatie mechanisme? Kunnen we dat al in louter niet-intentionele, mechanische/proces termen beschrijven?

@ Gert en Nand: Ik denk dat jullie discussie daar over gaat.

Zie bijvoorbeeld de discussie over de vrije wil. Die kun je af doen als illusie. Dan ga je er van uit dat die intentionele term, illusie, uiteindelijk helemaal restloos uit(een)gelegd kan worden in louter mechanismen, dus zonder kleine mannetjes, homunculi, die tussen die neuronen of synapsen allerlei intentionele dingen doen, zoals 'rekenen' of 'informatie verwerken' etc etc.

Inderdaad, gert, deze discussie is zeer omvattend, en niet in een paar commentaartjes te doen!

harry pinxteren zei

ik heb inderdaad iets gemist als die 'vervolgens vraag' inderdaad meer inzicht op kan gaan leveren op dat reparatie mechanisme, maar dat die verder niks af aan mijn punt.

gert korthof zei

Harry, ik doelde op de Eigen threshold, en de Darwin-Eigen cycle. (Zie book Koonin).

Voor huidige organismes: hoe groter het genoom, hoe lager de mutatiefrequentie. Aangezien alle organismen dezelfde Watson-Crick dubbele helix gebruiken moet het verschil zitten in de omvang en nauwkeurigheid van het DNA repair enzym systeem. Dwz: dat er mensen en krokodillen zijn ontstaan komt niet of niet alleen door de Watson-Crick dubbele helix, maar wordt mede mogelijk gemaakt door DNA-repair systemen.

nand braam zei

@ Gert

We beginnen inderdaad met houten kozijnen , de houten kozijnen als metafoor voor het natuurlijke DNA. Optimaal (niet perfect) gezien de gegeven natuurlijke omstandigheden. Vervolgens probeert de mens met zijn/haar kennis te waarschuwen voor negatieve beïnvloeding van het bestaande DNA (gezondheidsadviezen), mogelijke fouten in het DNA bij het nageslacht vooraf te voorspellen, de gevolgen van fouten in het DNA te voorzien/verzachten tot aan eventueel in de toekomst verandering van het DNA. Metafoor voor de “kunststofkozijnen”. De natuur beïnvloeden dus. De basisgegevens blijven echter de natuurlijke omstandigheden. Daar kun je niet omheen.

@ Harry

De kwestie “intentionele benadering” of “reductionistische/mechanistische benadering” speelt, volgens mij, vooral bij 4 belangrijke kwesties:

1. De oorsprong van de kosmos.
2.DNA, “The secret of life””, The origin of life”, waar deze discussie over gaat.
3. Het lichaam/geest-probleem (inclusief wel of geen vrije wil)
4. Heeft de evolutie”overall” een richting of is het een “’blind”proces?

gert korthof zei

Nand, mijn voorbeeld is kennelijk niet gelukt. Ander voorbeeld: stel je voor een perfecte auto: zo te zien klopt alles. Kan niet mooier, kan niet beter. je koopt hem. Maar dan blijkt in de kleine lettertjes te staan dat hij IEDERE DAG s avonds naar de garage moet voor onderhoud anders kunnen ze niet garanderen dat hij blijft rijden.
Dat dus.

nand braam zei

@ Gert

Maar deze auto (natuurlijke DNA) hoef je in de avond helemaal niet naar een garage, ver van huis, te brengen. Je eigen lichaam is de garage. DNA-repair werkt zelfs altijd door ook in de nacht. Je merkt het ook niet. Je hoeft voor de automatische reparaties zelfs niet te betalen. Wel is het natuurlijk zo dat iedereen bij de geboorte een andere auto krijgt dan de ander (behalve eeneiige tweelingen). De vraag is dan , hoe je daar mee omgaat.

gert korthof zei

nand, óf je begrijpt mijn voorbeeld niet, óf je wilt het niet begrijpen, óf je neemt mijn voorbeeld niet serieus, óf je bent in lollige bui, óf je bent mij aan het pesten/treiteren.
AUB terugkomen als je weer in staat bent serieus te discussieren.

harry p zei

ja, nand. Wat 3 en 4 betreft is het de vraag waar die intentionaliteit vandaan komt als je begint als - of: met- sterrenstof. Of zo je wil met -of: als- chaos, of desnoods met of als helemaal niets!. Ook als je de vrije wil wegpoetst, hou je altijd nog minimaal wat intentionaliteit over, of zouden Lamme en Swaab c.s. echt geloven dat ze hun boeken niet zelf hebben geschreven (maar hun hersens)? Kortom, wat is het antwoord op 2?
Zoiets, ff kort door de bocht. ;-)

harry p zei

ok, gert, ff wat huiswerk doen!

nand braam zei

@ Gert

Ik denk dat ik je begrijp, maar we zitten bij dit onderwerp af en toe op een totaal andere lijn. Het onderstaande statement zal dan ook wel niet goed vallen. In het vervolg zal ik me beperken tot puur “chemisch” commentaar, dat lijkt me dan beter. Mijn inbreng moet ook niet te veel ergernis geven. Het is jouw blog per slot van rekening.

Een aanvulling (slotopmerking) op de metaforische/symbolische taal over DNA. In het aardse paradijs was het DNA nog perfect (Adam en Eva hadden toen nog het eeuwige leven, zoals het verhaal gaat). Door de “val in de stof” (je weet, ik spreek liever over “de val in de stof” dan over de zondeval) werd het DNA gebrekkig, maar wel het beste/mooiste gezien de gegeven, contingente, natuurlijke (stoffelijke) omstandigheden.

harry p zei

nand, bedoel je 'chemisch' commentaar niet metaforisch?

gert korthof zei

Harry, Nand, etc,

Replication fidelity is een cruciaal begrip in evolutie en Origin of Life (zie hoofdstuk 12 van Koonin).
replication fidelity = hoe betrouwbaar is replicatie? dwz hoeveel copieerfouten worden er gemaakt? copieerfouten betekent dat ONDANKS Watson-Crick base pairing er foute bases in het eindproduct voorkomen. Dit is schadelijk zowel in het lichaam zelf (immers celdeling impliceert DNA replicatie) als bij nakomelingen.
het begrip Replication fidelity zou uberhaupt overbodig zijn als Watson-Crick base pairing 100% perfect was bij DNA replicatie.
Replication fidelity kan alleen hoog zijn door middel van enzymen die daar bij helpen. Enzymen die weer gecodeerd moeten zijn in DNA. Waardoor het genoom weer groter wordt. Om groter genoom betrouwbaar te kunnen copieren heb je een minimale replication fidelity nodig. Daardoor ontstaan het probleem van de Origin of Life: hoe laat je een groot genoeg genoom ontstaan dat voldoende replication fidelity heeft om een groot genoom voldoende betrouwbaar te repliceren? Nogmaals: Watson-Crick base pairing op zich is niet voldoende betrouwbaar als het gaat om duizenden of miljoenen bases (om het maar helemaal niet te hebben over 3 miljard bases!).
Als je dus iets van het leven en het ontstaan van het leven wilt snappen moet je problematiek rond Replication Fidelity snappen!
(Als er behoefte is wil ik hier wel apart over bloggen)

gert korthof zei

Nand,
"In het aardse paradijs was het DNA nog perfect (...). Door de “val in de stof” (..) werd het DNA gebrekkig, "

Nand, de chemicus in jouw lacht je vierkant uit! Dit is de grootste nonsense volgens je eigen chemische kennis. DNA is DNA dankzij de chemische wetten die op zich weer op kwantummechanica gebaseerd zijn. Het is volkomen waarzin, nogmaals volgens je eigen kennis als chemicus dat de fundamentele eigenschappen van DNA zouden veranderen.
Ik daag je uit om in je eigen gastbijdrage DNA en "the secret of life" aan te geven welke eigenschappen van DNA verandert zijn: de elektronegativiteit van O ? het aantal H bruggen tussen CG of AT? de koppeling van P aan deoxyribose? Zeg het aub!
Het heeft niets met mij te maken, en ook niet of "we zitten bij dit onderwerp af en toe op een totaal andere lijn." Nee, je bent met jezelf in strijd!. Als je bovenstaande bewering over het potseling gebrekkig worden van DNA serieus meent, dan deugt je hele gastbijdrage niet meer, is volstrekt waardeloos geworden, en tegelijk de hele chemie. En dat heeft helemaal niets met mijn opvattingen te maken, dat doe je 100% jezelf aan.
En nee, ik ben niet boos of verdrietig, want je doet het jezelf aan. Jíj moet daarmee leven, niet ik.

nand braam zei

@ Gert

Zoals ik al zei, het was symbolisch/metaforisch bedoeld, niet letterlijk. Wat is daar nu zo erg aan? Jij gaat het meteen weer letterlijk interpreteren. Dat was helemaal mijn bedoeling niet en dat weet jij toch ook wel. Maar goed zoals ik al zei, kennelijk roept dat teveel irritaties op. Geen metaforische/symbolische uitspraken meer van mij op dit blog. Wordt kennelijk niet gewaardeerd. Maar wie begon er eigenlijk over houten kozijnen/kunststof kozijnen en perfecte auto’s?

harry p zei

je bent verder in Koonin dan ik!
lijkt me prima er apart over te bloggen.

harry p zei

nand, gert

zonder metaforen redden we het niet. Lees het werk van Lakof en Johnson er maar op na: Metaphores we live by.

realiseer je wel dat 80% van ons taalgebruik metaforisch is, of we het nou willen of niet, zoals bijvoorbeeld de term metafoor zelf een metaafoor is.

Het hele punt is: hoe beeldend is een metafoor, en neem ze vooral niet (te) letterlijk, al is dat vaak wel verleidelijk.

gert korthof zei

Nand schreef "Zoals ik al zei, het was symbolisch/metaforisch bedoeld, niet letterlijk. Wat is daar nu zo erg aan?" dat heb ik uitgelegd: you are making a fool of yourself! Je doet een pleidooi dat DNA niet anders opgebouwd kan zijn dan het is gezien de bouwstenen en de chemische wetten.
En later zeg je vrolijk "Door de “val in de stof” (...) werd het DNA gebrekkig,": maar dat is in strijd met je iegen gastbijdrage of je het nu metaforisch of figuurlijk noemt? Er is maar één werkelijkheid, uitspraken daarover zijn waar on onwaar. En dat vindt je uit d.m.v. onderzoek. Als je het nu figuurlijk bedoelt of niet, het blijft onwaar! Ik zeg niet dat alle figuurlijke uitspraken onwaar zijn, maar die van jouw over DNA is duidelijk onwaar, want in strijd met alle observaties en wetenschappelijk onderzoek.

Ten tweede: Hoe kun je iets geloven als je weet dat het onwaar is? Geloof je echt dat DNA gebrekkig werd door de zondeval of zoiets? Hoe kun je iets geloven waarvan je weet dat het niet waar is? in strijd met je eigen wetenschappelijke kennis?

Ten derde: waarom ben je uberhaupt geinteresseerd in een figuurlijke metaforische fantasiewereld terwijl de werkelijkheid zo oneindig boeiend is en er nog zoveel te ontdekken valt?! Het leven is zo kort, en dan ga je je tijd verdoen met metaforen terwijl de werkelijkheid wacht om ontdekt te worden? Je hebt toch niets voor niets de capaciteiten, de hersenen en de instrumenten om de werkelijkheid te ontdekken? Een chimpanzee zou het niet kunnen. En een kind heeft een rijke fantasie, die moet nog leren wat het verschil is tussen fantasie en werkelijkheid.

Nand schreef: "Maar wie begon er eigenlijk over houten kozijnen/kunststof kozijnen en perfecte auto’s?"
Nand, die zijn toch niet in strijd met de natuurwetten? terwijl "DNA werd gebrekkig" is in strijd met de natuurwetten.

Nand schreef "Geen metaforische/symbolische uitspraken meer van mij op dit blog."
het mag van mij zolang ze maar niet in strijd zijn met de werkelijkheid want dat is zonde van de tijd.

gert korthof zei

harry schreef "realiseer je wel dat 80% van ons taalgebruik metaforisch is"
ik hoop niet dat die in strijd zijn met de werkelijkheid!

gert korthof zei

Harry "Metaphores we live by" ken ik niet. Het is me wel bekend dat mensen liegen zoals YEC creationisten. Inderdaad sommige mensen hebben leugens nodig om te kunnen leven: "Lies we live by".

nand braam zei

@ Gert

Waar ik in één van mijn vorige posts in symbolische/metaforische taal sprak over: “In het aardse paradijs was het DNA nog perfect (Adam en Eva hadden toen nog het eeuwige leven, zoals het verhaal gaat”, bedoelde ik uiteraard niet het DNA zoals wij dat nu kennen. Perfect DNA staat daar voor een ideaal systeem zonder tekortkomingen/ziektes/kwaad en als zodanig verbonden is met het beeld van eeuwig leven. Wat is er nu zo erg aan om zo’n beeld op te roepen?

gert korthof zei

Harry, ik gebruik ook wel eens de metafoor 'de zon gaat op' en dat is niet letterlijk waar want de aarde draait om de zon. Maar iedereen weet dat het een verouderde uitdrukking is die in de taal is blijven hangen. Het verschil met religieuze metaforen is dat je een strafbaar feit pleegt als je aan godslastering doet (god is slechts een metafoor), terwijl je niet in de gevangenis belandt als je zegt 'de zon komt helemaal niet op'!

gert korthof zei

nand,
1: kun je serieus ingaan op wat ik schreef?
2: en kun je er aan toevoegen of 'god schiep de wereld', 'god bestaat' ook metaforen zijn die je niet letterlijk moet nemen?

nand braam zei

@ Gert

We zijn inmiddels weer aanbeland bij de bekende punten: natuurlijke werkelijkheid/bovennatuurlijke werkelijkheid en daaraan gekoppeld methodologisch naturalisme/metafysisch naturalisme.
Jij hebt de deur naar de bovennatuurlijke werkelijkheid dichtgetimmerd, ik niet. Jij bent van het methodologisch naturalisme overgestapt naar het metafysisch naturalisme. Dat gaat mij een stap te ver.
Alles moet voor jou naturalistisch/mechanistisch verklaarbaar zijn, dat gaat mij te ver. Ik laat ruimte voor het “mysterie”.
Ik respecteer je keuzes, als jij dat dan ook doet ten aanzien van mijn keuzes. Natuurwetten zijn zeer belangrijk maar er zijn ook vragen/antwoorden die de natuur “overstijgen”.

gert korthof zei

Nand, wat me opvalt is dat je grossiert in algemeniteiten, en niet specifiek ingaat op mijn specifieke vragen.
je hebt vraag 1) en 2) niet beantwoord. Vooral 2) is van fundamenteel belang, het kan haast niet belangrijker dan dat, en je beantwoord het gewoon niet.

harry p zei

gert, 80% volgens Lakoff en Johnson. En je moet (je) metaforen zoals ik al zei vooral niet verwarren met de werkelijkheid. Dat (en dat, dat is een neuraal mechanimse, waarvan we tenminste al weten welke hersendelen er een belangrijke rol bij spelen dankzij onderzoek bij autisten en zo) .. dus die verwarring zie je typisch in alle fundamentalistische kringen, of het nu gaat om darwinisten, dan wel ietsisten, islamisten of automobilisten.
Of dat soort lieden liegt, zou ik niet durven zeggen, want ze houden hun (mentale) beelden, zeg maar hersenspinsels, voor werkelijk, echt bestaand. (en ze bestaan natuurlijk ook echt: in hun hoofd. En dat metaforen ook echt door werken in gedrag is in heel veel en soms heel leuk onderzoek aangetoond).
Maar soms wordt het link met die metaforen als mensen zo hard gaan geloven in hun eigen beelden - hun waarheid- dat ze je hoofd af gaan hakken.

Het lijkt jou misschien allemaal wat ver weg, maar het heeft wel degelijk te maken met de discussie hier en vooral met jouw standpunt.

Kort gezegd: metaforen zijn antropomorfismen, we drukken dingen die we nog niet (goed genoeg) kennen uit in bekende termen, en dat zijn vooral termen over ons eigen doen en laten, heel vaak ook lichamelijke termen: zo kan ik bijvoorbeeld nog veel en veel 'scherper' etc, op jouw commentaar reageren dan ik hier doe. Dus kun je zeggen: zodra we precies weten hoe iets werkt,zodra we het mechanisme kennen, hebben we geen metaforen meer nodig, want dan kunnen we alles restloos beschrijven in wetenschappelijke termen, 'like clockwork' zeg maar.

Het is daarom de vraag of dat bij menswetenschappen, maar ook bij de biologie ooit zal lukken - itt de natuurkunde waar ze een duidelijke scheiding aan kunnen brengen (die al sinds Galilei succesvol is) en waar ze de wiskunde hebben die elke (terug)vertaling naar metaforen, of zelfs naar intentionele termen, legitiem maakt: spukhafte Fernwirking bijv. Of nog beter: zwaartekracht. Maar dan weten ze toch precies waar ze het over hebben- en kunnen ze precies de experimenten bedenken en uitvoeren die nodig zijn. Zodra fysici kosmologie gaan bedrijven wordt dat al een stuk minder, en met termen als big bang (bedacht overigens door een zogeheten 'titulair kanunnik' voorzitten van de Pauselijke Academie voor Wetenschappen) wordt het nog erger. Geen wonder! Biologen weten het heel vaak ook niet helemaal, en vaak helemaal niet, dus zijn te vergelijken met kosmologen. En (evolutie)psychologen weten het helemaal nooit: die zou ik dan ook willen vergelijken met gelovigen, of liever, met cargo cult science. (bedrijven WEIRD science, zoals je je misschien herinnert)

Metaforen- beelden- blijven voor discussie vatbaar en controversieel. Zo zou ik bijvoorbeeld de lieden niet graag de kost geven die de big bang als godsbewijs (willen) zien. Maar die majorana fermion hebben ze intussen echt wel in Delft. Of toch niet. Maar hoe dan ook: er zit geen metafoor of niks bij!

Dat is het hele punt. Even, snel, in vogelvlucht dan. Niks geen leugens. Hoewel liegen natuurlijk net zo goed een kwestie van neuronen en neuromodulatie is als metaforen!

En verder heeft nand mijn eerdere vraag naar het al dan niet metafore karakter van zijn taal ook nog niet beantwoord- al kan ik het denk ik wel raden. Kwestie van de juiste neuro modulatie.

Nand, je ziet, ik ben ook al geen metafysisch naturalist, zoals Gert! ;-)

nand braam zei

@ Gert

'god schiep de wereld', 'god bestaat' kan niet bewezen worden. Het tegendeel overigens ook niet.

Ik geloof wel dat God bestaat en de wereld schiep. Bewijzen kan ik dat uiteraard niet. Jij kunt het tegendeel niet bewijzen overigens. God schiep de wereld, volgens mij, niet op creationistische wijze, maar wellicht volgens het tweede orde design in het kader van de procestheologie.

Wat ik met perfect DNA bedoelde in het aardse paradijs heb ik, dacht ik, voldoende uitgelegd: “Met “In het aardse paradijs was het DNA nog perfect (Adam en Eva hadden toen nog het eeuwige leven, zoals het verhaal gaat”, bedoelde ik uiteraard niet het DNA zoals wij dat nu kennen. Perfect DNA staat daar voor een ideaal systeem zonder tekortkomingen/ziektes/kwaad en als zodanig verbonden is met het beeld van eeuwig leven.”

Rest nog de kwestie “Het DNA werd gebrekkig door de “val in de stof”. Ook dit moet je niet letterlijk opvatten, zoals ik al eerder zei, maar symbolisch/metaforisch. Wat zou daarmee bedoeld kunnen zijn? Op enig moment ontstond er een afwijking van de idealiteit, hetgeen we de “val in de stof” zouden kunnen noemen. De stoffelijke/natuurlijke wereld kan nooit ideaal zijn. In het natuurlijke DNA zien we deze spanning tussen idealiteit en realiteit terug. De spanning tussen de idealiteit (perfect DNA) en de realiteit (om DNA te kunnen krijgen heb je stoffen nodig, die na de opbouw van het DNA onvermijdelijk een zekere rest-chemische aktiviteit houden, waardoor voortdurend reparaties nodig zijn) blijft een intrigerend iets.

Mijn eigen bijdrage heb ik dus geenszins onderuit gehaald en ik ben ook geen “gekkie”

Trouwe Lezeres zei

@ Nand en Gert,

Nand zegt: 'Ik respecteer je keuzes, als jij dat dan ook doet ten aanzien van mijn keuzes.'
Nand, natuurlijk begrijp ik heel goed wat je bedoelt, maar je kunt je afvragen of er werkelijk sprake kan zijn van 'een keuze maken' op dit gebied....:-)

gert korthof zei

Nand, dank voor je reply!
je schreef "Ik geloof wel dat God bestaat en de wereld schiep."
Bedoel je dat letterlijk of figuurlijk?

Verder:
"Bewijzen kan ik dat uiteraard niet. Jij kunt het tegendeel niet bewijzen overigens."
Leuk hoor!. Bewijzen komen alleen in de wiskunde voor. God komt niet in aanmerking om bewezen of weerlegd te worden zolang dat begrip niet gedefinieerd is.

Je schreef "Ook dit moet je niet letterlijk opvatten, zoals ik al eerder zei, maar symbolisch/metaforisch":
Maar zijn dan alle uitspraken die over God gaan, of aan God gerelateerd zijn, symbolisch/metaforisch? zoals: God bestaat.
(ik moet daarbij denken aan een uitspraak van de theoloog taede smedes die ooit eens zei: god bestaat in de verhalen van mensen, en laatst: “God” kun je vervangen door “Gandalf”, wat ik interpreteer als god is een fictief literair figuur en dan vraag je ook niet of hij bestaat)

gert korthof zei

Trouwe Lezeres:
respect: hoeveel respect hebben mensen voor GOD als ze hem op de rand van de gulden in plaats van op de voorkant zetten?

Overigens: hadden we het over respect? we hadden het toch over of god letterlijk of figuurlijk bestaat? of is het respectloos om dat soort vragen te stellen?

harry p zei

zodra respect punt van discussie wordt, gaat die niet meer over de bal, maar over de man. Uitkappen, om in voetbal termen te blijven. ;-)

gert korthof zei

Harry, Trouwe Lezeres, ea

natuurlijk respecteer ik Nand als persoon! Ik constateerde echter dat de metafysicus in Nand de chemicus in hemzelf niet respecteerde, of tenminste: in strijd was met. hoewel hij daar zelf dan weer anders over denkt, maar dat snap ik dan weer niet.

RESPECT:
hoeveel respect brengen gelovigen op voor elkaars geloof? christenen en moslims? orthodoxe en vrijzinnige gelovigen? katholieken en protestanten? en al die splintergroeperingen voor elkaar? liberale theologen voor creationisten? De Lachende Theoloog voor Vrijdenkers en Atheïsten? en zo kan ik nog een tijdje doorgaan, geldt niet voor iedereen, maar het punt is wel duidelijk, lijkt me.

gert korthof zei

respect (vervolg):

Het beledigen van atheisten zou ook bij de wet verboden moeten worden, net als godslastering.

Pas op:
de gelovigen zitten mij op de hielen en zien mij (of evolutie!) als bedreiging:
type maar eens in: korthof.blogpsot.com/
over respect gesproken!
wat een laffe domme achterlijke methode!

gert korthof zei

aanvulling/correctie: het gebeurt ook als je dezelfde typo maakt bij http://delachendetheoloog.blogpsot.com/
het is dus niet specifiek voor mij!

Trouwe Lezeres zei

Beste Gert, Nand en Harry,

Kun je maar weer zien hoe snel er misverstanden dreigen.....
Het was helemaal niet mijn bedoeling om het over wederzijds respect te hebben, ik heb er geen moment aan getwijfeld of dat wel aanwezig was. Ik bedoelde met mijn reactie slechts dat ik me afvroeg in hoeverre het mogelijk is om werkelijk een *keuze* te maken wat betreft je (iemands) beeld van de werkelijkheid. Zo zal ik b.v. niet kunnen kiezen voor een wereldbeeld zoals dat van Gert, Gert zal niet kunnen kiezen, al zou hij *willen*, om in het bovennatuurlijke 'geloven'. Tenminste niet op dit moment en misschien wel nooit. Mensen verschillen gewoon heel erg in het waarnemen en beleven van de werkelijkheid, in het zien van de werkelijkheid. Mijn vraag is of mensen wat dit betreft echt een keuze hebben, ik denk het niet. Als mensen op een gegeven moment al anders tegen de werkelijkheid aan zijn gaan kijken dan eerder het geval was, is hun dat volgens mij meer overkomen dan dat het een bewuste keuze is.

Wat betreft dat randschrift Gert, het is maar net hoe je het bekijkt, daar zijn hele fantasieën aan te wijden. Ik vind het wel een origineel idee, speciaal van jou (:-)) om God dan uit respect maar liever op de voorkant te zetten...

gert korthof zei

Trouwe Lezeres,
ik denk dat je gelijk hebt. De gevallen dat een gelovige een niet-gelovige is geworden en vice versa zal zeer klein zijn. Net zo onwaarschijnlijk als wanneer een politiek rechts persoon verandert in een links persoon, of vice versa.

God op de voorkant van de euro: tja, dan zal de koningin moeten wijken voor God, en dát zal ze nooit accepteren!

harry pinxteren zei

@ trouwe lezeres
als het gaat om mijn beeld van de werkelijkheid, bijvoorbeeld van onze aarde, om maar even bij huis te blijven, dan heb ik weinig of geen keus: die is rond en niet plat. Ook als het gaat om bijvoorbeeld de zwaartekracht en nog zo'n paar van die dingen, hebben we weinig keus. Voor god of goden, geldt hetzelfde: er is namelijk geen zinnig woord over te zeggen. Dus is maar een dwingende conclusie mogelijk, geen keus maw: we weten het niet.

Aan metafysica doen we hier niet, en aan wishful thinking ook al niet. Ook al geen keus dus!

En wat die euro betreft, hebben nooit kunnen kiezen. Nog steeds niet trouwens ;-)

Overigens, als ik had moeten wachten tot mijn hersens hadden besloten dit antwoord te schrijven, dan was het er nooit van gekomen. Weet ik 100% zeker! Dus ik had gewoon geen andere keus ;-)

Trouwe Lezeres zei

Beste Harry, na zoveel 'nieten' mag ik toch hopen dat je vanavond wel mag kiezen wat je eet? :-)

gert korthof zei

Nand schreef
"Ik respecteer je keuzes, als jij dat dan ook doet ten aanzien van mijn keuzes. Natuurwetten zijn zeer belangrijk maar er zijn ook vragen/antwoorden die de natuur “overstijgen”."

Met respect heb je een veel ingewikkelder issue aangekaard dan je zou denken op het eerste gezicht.
Iedereen respecteren lijkt het beste in een beschaafd land. Maar respecteer jij iedereen? de meningen van iedereen? de zelfverdediging van de pedofiel gister op tv? etc. Ik ben er nog niet uit.
Wat ik wel weet is dat de wetenschap als doel heeft zoveel mogelijk verklaren en te begrijpen. Net als ikzelf. Als er dan vage theorieën circuleren die bij lange na niet de verklarende kracht hebben als sommige wetenschappelijke theorieën, dan kan ik niet zeggen dat ik die waardevoller vind. In de wetenschap winnen de theorieën met de meeste verklarende kracht. Maar dat zou ook in de politiek moeten gelden: het standpunt dat er voor verhoging naar 130 km goede argumenten zijn, deugt niet. Dus daar heb ik geen respect voor.
Ik kan maar met moeite respect opbrengen voor vage theorietjes vooral als ze in strijd zijn met de feiten. Dat dus.

harry p zei

@ trouwe lezers
helaas niet: heb ook thuis weinig keus ;-)

En als we uit eten gaan, kies ik meestal voor het verassingsmenu. Mijn hersens hadden dat toch al lang besloten ;-)


@ gert,
het blijft lastig om man en bal te scheiden. Ik kan dan ook maar met moeite respect opbrengen voor mijn eigen theorietjes, zelfs als die niet in strijd zijn met de feiten.;-)

Maar als iedereen dat nu eens deed vtt, dan zouden er minder dooien vallen - het is maar een theorietje.

gert korthof zei

Nand (vervolg)
laat ik het zo zeggen: ik heb een lage tolerantie voor vage mystieke 'verklaringen'. Ik wil altijd de beste verklaring die mogelijk is. Ik neem geen genoegen met slechte verklaringen als er betere zijn, mogelijk zijn. De verering van het onbegrijpelijke vind ik onbegrijpelijk... Als de verering van het onbegrijpelijke goed zou zijn, wat is dan het nut van wetenschap bedrijven?

harry p zei

NS heeft een special over god
we worden allemaal als gelovige geboren!

http://www.newscientist.com/article/mg21328562.000-the-god-issue-we-are-all-born-believers.html?full=true&print=true

gert korthof zei

harry, ik heb eerder van dit soort onderzoeken gehoord. Vooral kinderen zouden van nature de wereld intentioneel (doelgericht versus causaal) interpreteren. het hele artikel is niet toegankelijk op de site.

hp zei

verrassingsmenu, uiteraard!

gert korthof zei

Nand schreef
"Ik respecteer je keuzes, als jij dat dan ook doet ten aanzien van mijn keuzes. Natuurwetten zijn zeer belangrijk maar er zijn ook vragen/antwoorden die de natuur “overstijgen”."

Hoe ga jij om met respect ten aanzien van opvattingen van klimaatsceptici (ontkennen klimaatopwarming en menselijke oorzaak daarvan), en andere haters van alles wat groen is (Bleeker), opvattingen van Wilders, etc. etc.

"Natuurwetten zijn zeer belangrijk maar er zijn ook vragen/antwoorden die de natuur “overstijgen”."

Het is een groot verschil als je een geloof hebt dat strijdig is met natuurwetten (zoals de wetten van chemsiche binding veranderen van de ene op de andere dag als Adam en Eva een Golden Delicious hebben gegeten), of een geloof dat claims doet buiten het domein van de wetenschap, zoals wat het doel van het leven is. Dat laatste heb ik niet zo moeite mee (omdat het niet strijdig is met wetenschap). ... Dat dus.

harry p zei

ok, deze link is ook veel leuker:
http://www.sciencemag.org/content/335/6074/1351.abstract

gert korthof zei

harry, e.a.

This title will be released on March 20, 2012 :

Born Believers: The Science of Children's Religious Belief [Hardcover]
Justin L Barrett

deze auteur had in 2004:

Why Would Anyone Believe in God? (Cognitive Science of Religion)

gert korthof zei

harry, leuk hoor: je kunt dus niet tegelijk aan sex en alcohol verslaafd zijn!

harry p zei

gert dat die twee niet goed samengaan, merk je vanzelf. Daar heb je geen neuropeptiden en genen voor nodig! ;-)

harry p zei

wel eens dronken fruitvliegen gezien: ze hebben er ook een filmpje van!
http://www.nature.com/news/rejected-flies-turn-to-booze-1.10227

harry p zei

ik heb trouwens nog nieuws voor je gert ;-)

News
Drunken flies get hypersexual
http://www.nature.com/news/2008/080103/full/news.2007.402.html

ff wat drank halen voor het weekend.

gert korthof zei

is dit allemaal een voorbeeld van metaforisch taalgebruik of bedoel je het letterlijk? of is het humor en is dat hetzelfde?

harry p zei

het zijn voorbeelden van leuk onderzoek, gert
en
heel interessant die neuropeptiden, worden de nieuwe hype, als ze het al niet zijn: veel hebben er (direct) invloed op gedrag, c.q. worden direct door gedrag beinvloed. Vandaar.

soms kunnen metaforen humoristisch zijn.