Nieuws

2 dec 16 dwdd university Robbert Dijkgraaf zeer boeiend college: terugzien!
21 nov 16: Persbericht: KNAW: genome editing vraagt om publiek debat en heldere regelgeving
18 nov 16: Volkswagen schrapt 30.000 banen door dieselschandaal en transitie naar elektrische auto
16 nov 16: 100.000e elektrische auto rijdt op de Nederlandse weg (AD)
10 nov 16: Is Erik Verlinde de nieuwe Einstein? Sterrenkundige Margot Brouwers resultaten wijzen er op dat Verlindes theorie klopt!
8 nov 16: Nederlander Erik Verlinde komt met baanbrekende theorie over zwaartekracht
8 nov 16: Chimpansees winden draderige algen als spaghetti om een stokje nrc
6 nov 16: The Origami Code. NPO 2 Zondag 6 nov 2016 19:15. Kijk de aflevering hier terug. Is zeer de moeite waard!

*) zie hier. [ Archief Actualiteiten ]

21 maart 2012

Hoe Koonin het ontstaan van het leven verklaart: moedige poging of wanhoopsdaad?

21 okt: middengedeelte herschreven. 


In hoofdstuk 12, Origin of Life, van Eugene Koonin (2011) The Logic of Chance verkondigt Koonin een dermate opvallende theorie over het ontstaan van het leven dat ik die hier apart bespreek zonder het hele boek te bespreken. Dat is sowieso onmogelijk. Ik doe hier zelfs geen poging hoofdstuk 12 te bespreken. Het hoofdstuk is zondermeer het hoogtepunt van het boek. Wat voor het hele boek geldt, geldt zeker ook voor dit hoofdstuk: er staat te veel informatie in, om op een zinnige manier samen te kunnen vatten.

Koonin-threshold
Er is één zaak die er uit springt en waar ik wel over moet bloggen. En dat is wat ik de Koonin-threshold noem en met name zijn oplossing voor dit probleem. Nadat hij alle problemen ten aanzien van het ontstaan van het leven en alle mogelijke oplossingen heeft besproken, (en reken maar dat het een gezaghebbend en compleet overzicht is want hij heeft alles gelezen en er veel over gepubliceerd), komt Koonin uiteindelijk tot de conclusie dat er een minimale complexiteit van RNA moleculen nodig is vóórdat evolutie überhaupt een aanvang kan nemen. Specifieker: er zijn minimaal 13 RNA polymeren met een gezamelijke lengte van 1800 bases nodig om de RNA-wereld op gang te brengen (p.435). Dit noem ik de Koonin-threshold. U moet even zonder verdere toelichting aannemen dat dit de meest cruciale stap is in het ontstaan van het leven. Lukt die stap niet, dan is het ontstaan van het leven hier op aarde kansloos.

Je zou zeggen dat alle biologsiche problemen op te lossen zijn met evolutie. Maar evolutie werkt niet als er niet aan bepaalde randvoorwaarden voldaan is. De belangrijkste randvoorwaarde is: replicatie van het erfelijkheidsmolecuul moet voldoende betrouwbaar zijn. Die voorwaarden kunnen zelf niet het resultaat zijn van biologische evolutie. Maar van een soort chemische 'evolutie' en dat komt neer op toevallige chemische reacties. Vandaar het dilemma.

Wat is het maximaal haalbare?
De gangbare opvatting over het ontstaan van het leven is dat de huidige DNA/eiwit wereld vooraf gegaan moet zijn door een RNA-wereld, die weer vooraf gegaan moet zijn door een pre-RNA-wereld. Daarvoor is er pre-biotische chemie. De bouwstenen van RNA zijn geen onoverkomelijk probleem, en de evolutie van RNA-wereld naar de wereld van DNA en eiwitten is ook geen onoverkomelijk probleem volgens Koonin. Die laatste overgang zou standaard Darwiniaanse natuurlijke selectie zijn. Het probleem is dat het overwinnen van die Koonin-threshold extreem onwaarschijnlijk is.
Kunnen natuurlijke processen die totale lengte van 1800 bases produceren? Wat is de maximaal haalbare lengte van een geschikt RNA systeem dat zichzelf repliceert? Koonin rekent dat uit op basis van het totaal aantal bewoonbare planeten in ons universum, de totale tijdsduur sinds de Big Bang en het totale volume chemisch milieu waarin RNA geproduceerd kan worden maximaal een RNA molecuul van 102 bases kan produceren (p. 435). Dat ligt ver onder de Koonin-threshold. Die 1800 bases zijn dus niet haalbaar. Een andere manier om dit uit te drukken is: de kans dat die 1800 bases gevormd worden is kleiner dan 10-1018. Dat is zó klein dat het uitgesloten is dat het per toeval hier op aarde heeft plaatsgevonden.

Many Worlds in One
Maar nu komt het: Koonin's oplossing is dat een Many Worlds in One (MWO) model van het universum het wel mogelijk maakt. Nee, onvermijdelijk maakt. In het MWO zijn er een oneindig aantal exacte copieën van de aarde met alles er op en aan. Koonin geeft een toelichting op MWO in Appendix B. Hij realiseert zich dat velen dit een absurde oplossing zullen vinden (outrageous, repugnant). Het ziet er op het eerste gezicht uit als een wanhoopspoging. Een gebeurtenis die eerst onmogelijk was, wordt nu opeens onvermijdelijk. Dat gaat er bij mij maar moeilijk in. In strikte zin is het niet een ad hoc oplossing omdat de MWO onafhankelijke is bedacht door cosmologen om hun eigen problemen op te lossen [1]. Toch voelt het als ad hoc aan. Zelfs als MWO een respectabele wetenschappelijke theorie is. Het merkwaardige van de Koonin-threshold is dat de gebeurtenissen vóór en ná de threshold overgang eigenlijk geen onoverkomelijk probleem vormen (die voldoen aan normale kansberekeningen en chemische wetten). Het lijkt dus op het opvullen van een gat in je kennis. Eigenlijk alles op aarde wat niet extreem onwaarschijnlijk is, is geen probleem. Maar ik heb het gevoel dat het te hulp roepen van Many Worlds in One zeer ongewenste gevolgen heeft voor onze wetenschappelijke theorieën en nog veel meer. Waarom maar één onwaarschijnlijke gebeurtenis op aarde? Toevallig die gebeurtenis die het ontstaan van het leven verhindert? Waarom niet veel, zo niet oneindig veel onwaarschijnlijke gebeurtenissen? Waarom zou de spontane generatie van een bacterie dan niet mogelijk worden (verboden door Pasteur)? Ik ben echter bepaald geen Many Worlds in One expert, om te bepalen of dit geldige bezwaren zijn. Misschien is het meer een uitdrukking van mijn ontwetendheid op dat gebied. Voor mij voelt de oplossing van Koonin aan als zeer vergezocht, special pleading voor dat ene probleem dat je dwars zit. Evolutiebiologen doen doorgaans geen beroep op oneindig vele universums om hun problemen op te lossen. Aan de andere kant heb ik respect voor biologen als Koonin die het lef hebben zich in te lezen ver buiten hun eigen vakgebied.

Voorgangers
Er zijn in het verleden meerdere wanhoopsoplossingen voor het ontstaan van leven bedacht. Beroemd is die van Francis Crick (de medeontdekker van DNA) die opperde dat de eerste levensvorm door buitenaardse intelligentie op de aarde is 'uitgezaaid' [2]. Maar het probleem was veel te vaag omschreven en de oplossing was al helemaal vaag.

Maar ook al zou Koonin's oplossing totaal overbodig blijken te zijn, dan nog blijft het waar dat hij voor het eerst preciezer dan wie dan ook heeft aangewezen waar de bottleneck van het ontstaan van het leven ligt. En een probleem zeer precies definieren is een vooruitgang. Hij zegt zelf dat die berekening een ruwe benadering is. Maar het belang van de Koonin-threshold is niet het exacte getal, maar dat hij aangeeft welke RNA moleculen absoluut nodig zijn en de complexiteit daarvan. En natuurlijk waarom. Er zijn weinig anderen in staat om deze specificatie en bijbehorende berekening te geven. Zijn kennis op dat gebied is vrijwel onovertroffen. Zijn beheersing van het feitenmateriaal is fabelachtig. Daarom accepteer ik de Koonin threshold. Voor mij vormt dit het meest bijzondere en verbluffende onderdeel van het hele boek. Er valt nog heel veel over te zeggen.

De vooruitgang van de wetenschap
Maar ik voeg er mijn bescheiden mening aan toe: de  Koonin-threshold geldt voor de huidige stand van zaken in de wetenschap. Dat lijkt me niet zo'n gevaarlijke claim. Als je de geschiedenis van de wetenschap bestudeert, bijvoorbeeld hoe lastig het bleek om de genetische code te ontcijferen nadat de structuur van DNA al bekend was [3], dan besef je dat er een grote wetenschappelijke doorbraak nodig is van het formaat 1859 (Darwin), 1900 (Mendel) of 1953 (DNA). Zaken die we achteraf evident vinden, vormden toen onoverkomelijke obstakels voor de topwetenschappers van die tijd. Alle grote doorbraken waren onvoorzien en hadden revolutionaire gevolgen. Ik geloof ook dat er een grote wetenschappelijke doorbraak nodig is om aan te tonen dat de Koonin-threshold op natuurlijke wijze op aarde bereikt kan worden, zonder toevlucht te nemen tot drastische oplossingen als Many Worlds in One. Gezien het feit dat de grote ontdekkingen in de biologie tamelijk recent zijn (DNA is nog maar 60 jaar oud! het menselijk genoom is nog maar 10 jaar bekend!) en elkaar in hoog tempo opgevolgd hebben, ben ik niet pessimistisch. Het is simpel té vroeg om nu al met drastische oplossingen te komen.

Postscript donderdag 22 maart:

Gratis beschikbaar: Eugene Koonin (2007) The cosmological model of eternal inflation and the transition from chance to biological evolution in the history of life, Biology Direct 2007, 2:15 (geeft een 'samenvatting' van hoofdstuk 12)

Postscript 21 okt:
Middengedeelte (Wat is haalbaaar?) herschreven. Conclusies blijven hetzelfde.
Kopjes aangepast.

Postscript 31 aug 2013:
Op mijn website staat een iets uitgebreidere en geillustreerde bespreking van de Koonin-threshold.

Noten

  1. Robbert Dijkgraaf gaf de Paradiso lezing afgelopen zondag 18 maart over de Big Bang, multiversums, string theorie, etc, maar heeft met geen woord over het ontstaan van het leven gesproken. Is kennelijk niet relevant voor cosmologen. Andersom dus wel: cosmologie is belangrijk voor evolutiebiologen volgens Koonin.
  2. Francis Crick (1981) Life itself: its origin and nature.
  3. Horace Freeland Judson: The Eighth Day of Creation: Makers of the Revolution in Biology

30 opmerkingen:

gert korthof zei

Laatste nieuw over het ontstaan van de genetische code:

Oudste leven ontrafeld, Scienceguide. (met dank aan Gerdien).

harry pinxteren zei

Buhrman et al hebben het over 'approximately 5.908 × 10^45 codes..We point out that these results do not necessarily imply that the code was optimized during evolution for error minimization, but that other mechanisms could be the reason for this error robustness.

suggesties? ;-)

http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/TCBB.2011.40

gert korthof zei

harry, is mijn verhaal te volgen? ik vond het lastig om te schrijven, maar vond het belangrijk om te proberen.

harry p zei

ja,gert, ook al ben je geen chemicus zoals ik, is het punt duidelijk. En het is zeer belangwekkend

Mijn eigen eerste reactie op Koonins oplossing was een soort deus ex machina. Hoewel het een voorbeeld is van het totalitaire principe van Gell-Mann, ook niet de eerste de beste (zie eerdere posts).

Maar het lijkt me dat er toch genoeg constraints zouden moeten zijn (chemisch, biolgisch maar ook quantum mechanisch) om die 5.908 x 10^45 mogelijke codes (Buhrman cs), dan wel die kansen van 10-^1018 (Koonin) drastisch te snoeien. Zo niet dan ruikt het sterk naar onherleidbare complexiteit!. Niet naar een argument voor het bestaan van een multiverse, c.q. MWO.
(Toeval, zei Poincare al, is een ander woord voor onwetendheid).

gert korthof zei

harry, de heren Harry Buhrman en collegas van het CWI zouden moeten aangeven wat hun positie is t.o.v. de Koonin threshold. Zitten ze te theoretiseren over een fase in de geschiedenis van het leven NA de Koonin threshold, dus wanneer biologische evolutie in de RNA wereld in werking is? Zo ja, dan is hun probleem + oplossing relatief minder belangrijk, makkelijker. Want dan laten ze het grootste probleem zitten, zelfs zonder het te noemen. Je hebt dan eigenlijk helemaal geen idee welk probleem ze aan het oplossen zijn. Ze werken bovendien in een abstracte wiskundige wereld, geïsoleerd van de biochemische werkelijkheid. Overigens is hun literatuurlijst behoorlijk, ze hebben zich wel goed ingelezen, zo te zien.

Maar het geldt voor iedere Orgin of Life onderzoeker vanaf nu: als je je positie (letterlijk en figuurlijk) t.o.v. de Koonin threshold niet duidelijk maakt ben je onduidelijk bezig en niet eerlijk t.o.v. je lezers.

Ben jij een beetje ingelezen in multiversums? kun je daarmee overweg? kun je leven en denken met een multiversum met oneindig veel aardbollen? en de gevolgen voor de aardse statistiek? daar heb ik de grootste moeite mee!

Harry "Zo niet dan ruikt het sterk naar onherleidbare complexiteit!"
'onherleidbare complexiteit' is ook een ander woord voor onwetendheid. Vandaar dat ik suggereerde dat we -ironisch genoeg- in net zo'n soort tijd leven als toen de genetische code nog niet opgehelderd was (jaren 50-60). Nu proberen we het ontstaan op te helderen en tasten in het duister. We hebben een doorbraak nodig zoals ik schreef en het besef dat we dat nodig hebben.

harry p zei

gert,

ik dacht dat ik wat van de multiverse begreep dankzij David Deutsch, dat is de man van de (theorie van de) quantum computers: die zouden het bewijs leveren voor het bestaan van een multiverse met hun massale parallelliteit waardoor ze NP-complete problemen in NO TIME uit kunnen rekenen! Maar zijn nieuwste boek (the beginning of infinity) brengt me weer in verwarring: het is ook nauwelijks voor te stellen. Aan de andere kant leidt het tot zulke redeneringen als: als je maar oneindig veel mogelijkheden oneindig lang kunt proberen dan gebeurt het ook wel - ergens, multiverse!- een keer. Zo is de kans op het produceren van een volledige Hamlet vele ordes van grootte kleiner dan 1 op 10183.800, hebben twee lui uitgerekend, maar als je het maar met genoeg deeltjes, en in genoeg ruimte, en bovendien lang genoeg, volhoudt, dan krijg je inderdaad een Hamlet! Al kun je je afvragen, waarom dan toevallig hier!
Aan de andere kant impliceert een multiverse evenzovele copieen van heel onze wereld(bol), inclusief copieen van jou en van mij, en pd dus ook copieen van ons die er helemaal geen bal van begrijpen, maar minstens ook een copie dat het allemaal precies begrijpt. Dat zou tenminste moeten, volgens de redenering. En daar begrijp ik dus weer geen bal van, want waarom zou dat ene copie van mij het wel begrijpen en ik hier toevallig niet?! Zie Hamlet! Overigens zijn er ook copieen van mij die al dood zijn, dus ik moet ook weer niet te veel zeuren! ;-)

Onherleidbare complexiteit: ik bedoelde dat ik me niet kan voorstellen dat er niet genoeg constraints zouden zijn om die abstracte zoekruimte van die CWI-ers te snoeien. Een voorbeeld is CSP(Constraint Satifaction Programming). Soms kunnen enorme zoekruimtes triviaal simpel worden door gebruik te maken van dingen die je weet over de werkelijkheid. Merkwaardig genoeg lukt dat vaak zelfs met redundante constraints. Ik ben geen bioloog, maar redundantie komt geheid ook in de natuur voor
(taal zit er ook vol mee, daarom produceren wij ondanks de oneindige woordenvolgordes die we kunnen maken vrij gemakkelijk toch betekenisvolle sequenties!)

blijft Koonins drempel. Ik heb geen flauw idee in hoeverre die kans van E < 10^-1.018 op minstens een RNA encoding replicase, te snoeien/in te dammmen is. Voor een quantumcomputer is het in ieder geval peanuts, maar die kan daar dan ook een heel multiverse voor mobiliseren (volgens David Deutsch).

De term genetische code suggereert veel meer dan hij waar kan maken. We hebben inderdaad geen idee.

Ik ben nog wel een tijdje bezig met Koonin. Zag dat hij een 'essay' zoals hij het noemt, heeft in PLOS van augustus 2011. Misschien is het een idee dat als uitgangspunt te nemen voor je verdere blogs- dan hoeft niet iedereen het boek te kopen en hebben ze toch de belangrijkste punten overzichtelijk bij mekaar, met conclusies als: Universals of Evolution Are Emergent Properties
of Gene Ensembles, Not Selectable Features....

en: Nothing in evolution makes sense, except in the light of statistical physics...

ik denk dat de doorbraak moet komen van die quantum mechanica lui- te beginnen met fotosynthese. En verder, met vallen en opstaan, want ze hebben geen theorie, van de synthetische biologie: als je het kunt (n) maken, begrijp je het ook (Feynman).

gert korthof zei

OK harry bedankt voor je toelichting.
Dat multiversum of Many Worlds in One: dat zou toch konsekwenties moeten hebben voor bv het ambachtelijk dobbelstenen gooien:
als je 10 of 20 of 30 keer achterelkaar een 6 gooit met dobbelstenen die met de modernste productietechnieken perfect gemaakt zijn en gevalideerd door TNO, wanneer moet je zeggen dat het komt door het multiversum? Waarom niet 100 zessen op een rij? Ik kan me niet herinneren dat ze daar ooit iets over gezegd hebben bij college kansrekening en statistiek. En toch zou het inevitable zijn! Of maak ik nu een denkfout?

Volgens mij heeft dat hele multiversum ook een vernietigend of zegenrijk (wat je maar wilt) effect op alle evolutionaire problemen waaronder irreducible complexicity: de kans op iets zeer onwaarschijnlijks is drastisch toegenomen, niets is meer te onwaarschijnlijk! Dit is toch catastrofaal voor de aardse kansberekening?

harry:
"blijft Koonins drempel. Ik heb geen flauw idee in hoeverre die kans van E < 10^-1.018 op minstens een RNA encoding replicase, te snoeien/in te dammmen is":
kijk op pag 435. en vanaf 382- A radical alternative:
"the emergence of the first replicators staggeringly improbable" p.382. Alles is nog eens samengevat in fig 12-6.
Als er iemand voldoende kennis en creativiteit zou hebben om dit op te lossen zou dat Koonin moeten zijn! Je gaat toch niet zo iets drastisch voorstellen waardoor je het risico loopt je volkomen belachelijk te maken bij je colelgas?

gert korthof zei

Harry,
"Misschien is het een idee dat als uitgangspunt te nemen voor je verdere blogs- dan hoeft niet iedereen het boek te kopen"
dit Koonin artikel is gratis:
The cosmological model of eternal inflation and the transition from chance to biological evolution in the history of life, Biology Direct 2007, 2:15

lijkt mij ook heel geschikt als uitgangspunt.
zal het toevoegen.

harry pinxteren zei

gert,

ik denk dat de vraag is: hoe communiceren die werelden al die kansen. Of: waarom leven wij juist in die wereld waar de dobbelsteen 100 of 1000 keer op 6 ogen kwam? - of tigduizend, want als je het over 'staggerly improbable' hebt, moet je natuurlijk niet kleinzielig doen. Toeval? Ja, en wel twee keer toeval. Niet alleen dat het gebeurde, maar ook dat wij het met eigen ogen kunnen zien(antropisch principe).

Staggerly improbable indeed.

Tja. Alles wat niet verboden is gebeurt (noodzakelijk een keer), zei Gell-Mann. Koonin bevindt zich wel in goed gezelschap, al noemt hij de grote natuurkundige alleen even in een noot.

Het hele punt is volgens mij: er bestaat geen Laplaciaans Demon (ik geloof dat Spinoza het idee al voor Laplace formuleerde). We kunnen afgezien van een paar wetten die we inmiddels kennen, verder alleen kansen berekenen. Toeval is niet meer dan een ander woord voor onwetendheid (Poincare). (God overigens ook: zie Riemersma!). Het is de makke van onze hersens in deze fase van evolutie, gevangen als we zitten in onze 'cognitieve niche' zoals JR het uitdukte. Het is een kwestie van epistemologie. En epistemologie moet je niet verwarren met ontologie.

Als Koonin het ook niet weet, wil het nog niet zeggen dat het allemaal een kwestie van toeval is. Dat verklaart net zoveel als God! (tenzij je kunt bewijzen hoe het zit met die multiverse, zoals Davind Deutsch. Maar dat kan ik dus niet volgen, al doe ik mijn best!)

Overigens gelooft bijvoorbeeld Gerard 't Hooft dat de wereld deterministisch is. Het spannende is dat hij - nog steeds - diep nadenkt over een manier om dat idee ook te kunnen toetsen: op het niveau van elementaire deeltjes, de QM, dus niet op het niveau van zeg maar eukaryoten, laat staan op dat van eukaryoten met een evolutie-theorie!
(nog spannender: zijn idee is dat er informatie verloren gaat bij onze waarnemingen, vandaar dat we de werkelijkheid alleen probabilistisch kunnen beschrijven).

Overigens vind ik het als buitenstaander razend spannend allemaal, want ik zie hier een paradigma in mekaar storten (niet alleen door het werk van Koonin overigens. Vlak Woese bijv ook niet uit. Of Dyson. Boltzmann, niet te vergeten, want die was de eerste, op 29 mei 1886: onthou die datum!)

Bijvoorbeeld, lees in Koonin de alinea onder 'synopsis and perspective' (p 250) er nog maar eens op na.

Een eukaryoot met een hamvraag?! Cui Bono??

Hoor je het nu ook een beetje donderen?;-)

Anoniem zei

Dag Gert,
Je kunt heel moeilijk doen, en nadenken over heel veel universums, maar
de kans dat er op dit plekje van een (on)eindig heelal leven is, op deze planeet, die kans is één, is honderd procent. Het is er, "ik denk, dus ik ben". Daar is geen statistiek, geen kansberekening meer voor nodig. We hebben 'de lotto gewonnen'......

De vraag is nu simpel: geloof je in een Groot intelligent Wezen(wij noemen hem God) die o.a. al die codes heeft bedacht, gemaakt, georganiseerd en die zich kenbaar heeft gemaakt in de Bijbel of geloof je echt dat je "1000000 x 6 achter elkaar kan gooien", ok je mag de kans ook nog veel groter maken "je gooit 500000 x 6 achter elkaar".
Ik moet -met al mijn wiskundige kennis- bekennen dat jij een groter geloof hebt dan ik........denk ik.........
Ik geloof niet in die kans........
Het is inderdaad zo: als je in het ene (God) NIET WIL of KAN geloven, er geen andere mogelijkheid is dan om je vertrouwen te stellen op (te geloven in) wiskundige kansberekening.

Spreuken 1: 7 Het begin van alle kennis is ontzag voor de HEER;
mvg
Paul Robert

gert korthof zei

Paul Robert, je haalt wetenschap en religie door elkaar. Jouw citaat uit de Bijbel is een keuze die je moet verantwoorden en dat doe je niet. het vosltaat niet om een citaat uit een boek te doen. Ieder boek is door mensen geschreven met alle gevolgen van dien. Bovendien is het een boek van 2000 jaar oud, toen hadden ze waanzinnig veel foute denkbeelden. Je maakt het jezelf makkelijk door onkritisch een boek te citeren. Ooit wel eens gehoord van bijbelkritiek?

A. Atsou-Pier zei

Job 38:4 lijkt mij hier meer van toepassing.

Waanzinnig veel foute denkbeelden ? Het verbaast mij steeds weer hoe waanzinnig weinig foute denkbeelden men 2000 of meer jaar geleden had, geheel zonder wetenschappelijke opleiding.

Maar Robert Paul zit fout met zijn kansberekening als het gaat om het ontstaan van de aarde. Dat is niet in kansen uit te drukken aangezien er niet meer aardes bekend zijn. Of de kansverdeling van Koonin voor het overschrijden van de Koonin threshold ergens op slaat kan ik helaas niet beoordelen.

Anoniem zei

Beste Gert,
je hoeft maar één waanzinnig fout denkbeeld te hebben om een geheel verkeerde kijk op de werkelijkheid te krijgen/hebben. Ik haal religie en wetenschap echt niet door elkaar en ik ben ook niet naief dat ik nog niet gehoord heb van bijbelkritiek. Van waar die vraag van jou ? Vooroordeel ?
Zo'n 2000 jaar geleden was de mens niet dommer dan nu.
Wij snappen met onze kennis nu nog steeds niet hoe ze die piramides zo puntgaaf geconstrueerd hebben.... slimme jongens die Egyptenaren.
En natuurlijk waren zij nog nist zo ver in hun kennisontwikkeling als wij......wij staan op de schouders van onze voorouders...maar wat zullen onze achterkleinkinderen van Gert Korthof wel denken.......

Het blijft zo: als je in het ene (God) NIET WIL of KAN geloven, er geen andere mogelijkheid is dan om je vertrouwen te stellen op (te geloven in) wiskundige kansberekening.

God ken ik, van wiskunde weet ik iets af..........maar daar geloof ik niet in. Zo naief ben ik niet.
Mijn keuze verantwoord ik bij deze: ik ken God in mijn leven, en daar is niets abstracts , mytisch aan....... Dat is heel concreet.

Zoekt en ge zult vinden..........
maar dan moet je er wel voor open staan, je vooroordelen kennen en ze aan de kant kunnen zetten.

paul robert

Anoniem zei

dag A.A
het is niet mijn kansberekening, ik reageer op Koonins drempel en ik ga even door in die gedachtengang die m.i. dus dood loopt.
paul robert

gert korthof zei

paul robert, "Zo'n 2000 jaar geleden was de mens niet dommer dan nu."
bedoel je dat de bijbelschrijvers al wisten van de big bang, aarde draait om de zon, dna, evolutie, etc etc etc maar dat ze de boodschap in Genesis bewust in de vorm van een scheppingsmythe (met Adam en Eva, de slang en het paradijs) hebben gegoten omdat de gereformeerden van nu het anders niet konden bevatten?

Paul uit deze zin blijkt dat je wetenschap en religie door elkaar haalt: "Het blijft zo: als je in het ene (God) NIET WIL of KAN geloven, er geen andere mogelijkheid is dan om je vertrouwen te stellen op (te geloven in) wiskundige kansberekening". Ik heb helemaal niets met Allah en dat soort dingen. Ik wil de wereld en zo begrijpen. Als je wilt weten hoe de werkelijkheid in elkaar steekt heb je helemaal niets aan geloven. De wiskunde en de wetenschap zijn geen dingen waar je in moet geloven.
Tenslotte: je bent duidelijk aan het evangeliseren.

Anoniem zei

Beste Gert,
Wat ik bedoel te zeggen,zal ik zelf schrijven/formuleren; je vooroordeel bevestig je alleen maar door dit soort simpele, domme reacties te schrijven (citaat: bedoel je dat de bijbelschrijvers ....enz). Nee, dat bedoel ik dus niet........

Ik reageerde op jouw zin: "Bovendien is het een boek van 2000 jaar oud, toen hadden ze waanzinnig veel foute denkbeelden".
Ik stel alleen dat ze zo'n 2000 jaar geleden minstens zo intelligent waren als nu, alleen staan wij op meer schouders (dus met meer kennis) dan zij........
en volgende generaties zullen ook zo op ons neerkijken, ook op Gert K. Dus enige bescheidenheid zo gepast zijn.
Ik stel verder dat God voor mij wel een realtiteit is. Dat is geen evangeliseren. Ik vertel je een feit. Als ik zou evangeliseren,dan zou ik heel andere teksten schrijven. Maar daar is dit blog niet voor.
Ik stel alleen dat als je deze realiteit niet ziet, je maar een deel van de werkelijkheid ziet: "je hoeft maar één waanzinnig fout denkbeeld te hebben om een geheel verkeerde kijk op de werkelijkheid te krijgen/hebben." (als variant op jouw tekst).
De tijd zal het leren...........

mvg
Paul Robert

gert korthof zei

Paul Robert schreef "Ik stel verder dat God voor mij wel een realtiteit is. ... Ik vertel je een feit.".
Wat bedoel je daarmee? Is dat de bedenker en maker van het universum? een feit? Het is wel erg gemakkelijk om een bewering een feit te noemen, dan hoef ook niets aan te tonen, en ben je snel klaar. Het nadeel is dat je niemand overtuigt.

Anoniem zei

Beste Gert,
Nee, en jij overtuigt me ook niet. Dat is jammer.

Het staat m.i.toch wetenschappelijk wel vast dat het heelal een begin heeft (jij verwijst zelf naar de oerknal, prima, kan ik voorlopig even mee leven). Maar dan is het toch veel rationeler om te veronderstellen dat Iemand (en niet Niemand) dit begin heeft gemaakt. Want als aan een groot aantal elk op zichzelf zeer nauwkeurige voorwaarden (orde !!) niet was voldaan, had het heelal niet tot bestaan kunnen komen.....
Maar als vervolgens de natuur zichzelf met behulp van het toeval schept (= de vooronderstelling van de wetenschap, er is geen intelligente bron bij evolutie, geen intelligent design bij ontstaan van leven), kan je toch aan de andere kant niet met droge ogen beweren dat deze noodzakelijke orde bij het ontstaan van het heelal wetenschappelijk consistent is... ?

Prof. Lewontin, Harvard, verklaart met zoveel woorden dat de wetenschapper liever irrationeel moet lijken, dan 'God een voet tussen de deur geven'. Hoe wanhopig moet je zijn als je daarvoor zelfs een grondbeginsel van wetenschap bedrijven wilt opgeven ?

Kortom: God is voor mij ook op deze wijze een feit, een realiteit.

met vriendelijke groet,
Paul Robert

gert korthof zei

Beste Paul Robert, ik ben geheel overtuigd. Ik ga binnenkort een blog publiceren over 'the problem of evil'. je bent alvast uitgenodigd om daar op te reageren.

Rob van der Vlugt zei

Gert,

Op de kop af 7 maanden nadat je dit mooie blog schreef ben ik dan eindelijk door dat boek heen. Wat een kluif !
In het zicht van de haven struikel ik echter over één zin die ik echt niet begrijp. Hij staat op blz. 434 en begint met 'Let the concentration of nucleotides...'.
Die zin klopt toch helemaal niet ? Welke concentration heeft hij het over ?

gert korthof zei

Rob, je bedoelt dat een concentratie wordt uitgedrukt in molecule/cm3/second ? een tijdseenheid in iets wat een cocnentratie moet zijn?

Rob van der Vlugt zei

Volgens mij had er iets moeten staan in de trant van: Let the concentration be X and the rate be Y enz..
Ik heb de zin 24 keer gelezen maar zie werkelijk niet wat hij er mee zegt.

gert korthof zei

Ja, je hebt gelijk het staat er vreemd,
maar zijn doel is de totale rna productie met lengte n in volume V op alle bewoonbare planeten gedurende bep tijdsduur berekenen.
Dat doet hij hier:
Then, the number of uniquen-mers "tried out" during the time after the Big Bang is:
S ≈ RNA production volume x habitable planets x aantal beschikbare seconden
en daaruit rolt voor de max haalbare lengte n van RNA:
n ≈102 (nucleotides)

en daarna berekent hij dat n ≈1800 nodig is voor een selfreplicerend systeem, en dat is veel en veel meer dan 102, dus gaat er geen rna-world ontstaan.

http://www.biology-direct.com/content/2/1/15

Rob van der Vlugt zei

Ik zie het. Intussen gaapt er een behoorlijk gat tussen het warme poeltje van Darwin en het veel te kleine universum van Koonin.

Herman van Eck zei

Tijdens de vakantie was er net voldoende tijd om het boek van Koonin door te lezen. Ik denk dat er wel iets meer te vertellen is over dit boek dan alleen het bommetje in hoofdstuk 12.
Op veel meer plekken wijst Koonin onoverkomelijke problemen aan. Zijn uitgebreide bespreking van the Last Eukaryote Common Ancestor (LECA) vind ik ook dramatisch. Niet eerder las ik in zulk detail over de essentiële machinerie voor eukaryoot leven en waar de onderdelen hiervoor te vinden zijn bij Archaea en Bacteria. Het gaat verder dan het afwijzen van de three domains van Woese, wat Koonin wijst op een aantal ook kip-ei problemen en aspecten die irreducible complex zijn.

Koonin heeft grote pretenties met dit boek. Hij streeft naar een paradigma shift. Na het Darwinisme en de "modern systhesis" (neodarwinisme) is er nu sprake van een Genomic Revolution. Next generation DNA sequencing geeft inzicht in ALLE bouwstenen in complete genomen. Je kunt nu op basis van sequentiehomology diepe fylogenetische reconstructies maken. Maar je kunt ook de afwezigheid van die onderdelen aantonen in vroegere levensvormen en een tijdstip aanwijzen waarop een nieuw systeem in zwang raakte. Steeds levert dit kip-ei problemen op. (bijv. Waar komt het vetzuur (lipid) biosynthese vandaan?).

Evolutie biologie volgens Koonin gaat uit van Genomics, en reconstructies op basis van bioinformatica. De inzichten die hierdoor zijn verkregen laten een ander beeld zien dan het klassieke denkmodel. Zijn centrale thema: "Kun je het reconstrueren?" komt in de plaats van het speculatieve "kan het evolueren?"!

gert korthof zei

Herman van Eck,
hartelijk dank voor de reactie.

Je schrijft "Koonin heeft grote pretenties met dit boek. Hij streeft naar een paradigma shift."
Dat genomics, en zeker de innovatieve manier waarop Koonin het bedrijft, van onschatbaar belang is voor de evolutietheorie staat zondermeer vast. Koonin geeft een volstrekt nieuwe en diepgravende kijk op de eenheid en diversiteit van al het leven op aarde, en de onderlinge relaties van soorten, hoe ze verschillen en wat er nodig zou zijn om de ene soort in de andere te transformeren. Maar ik zie het eerder als verdieping en onderbouwing van de evolutietheorie, dan een 'Genomic Revolution'. Daarvoor zijn er eerder al te veel stappen gezet in de richting van evolutionary genomics.

Je schreef: " Ik denk dat er wel iets meer te vertellen is over dit boek dan alleen het bommetje in hoofdstuk 12. "
Absoluut waar! Ik heb nog steeds het plan om over bepaalde aspecten die ik als belangrijk en nieuw ervaren heb een blog of pagina op mijn website te schrijven. Maar het hele boek barst van de interessante vondsten en data en hypotheses.... Zels iets over één aspect schrijven is al een hele uitdaging!

gert zei

PS,
ik heb een iets uitgebreidere pagina over Koonin geschreven hier:
http://wasdarwinwrong.com/korthof98.htm

Anton van Haasteren zei

"Toeval, zei Poincare al, is een ander woord voor onwetendheid."
Ik vind dit een nare en arrogante opmerking. Hoe vaak zijn wetenschappelijke ontdekkingen niet door toevallige omstandigheden gedaan?
Is het ontstaan van een gedachte of een idee in de menselijke hersenen een bewust gestuurd proces of gewoon toeval?
Je hebt een hoeveelheid ingewikkelde moleculen, je husselt ze door elkaar, gooit het in de lucht, je laat het op je bord vallen en je hebt nog complexere moleculen die je leven noemt.
Is dat wat we toeval noemen?

Anton van Haasteren zei

Na enig snuffelen kwam ik op internet de BBC documentaire Life is impossible tegen. Een alleraardigste populair wetenschappelijke documentaire van 50 minuten in HD die hier en daar zelfs een schaterlach bij mij teweeg bracht.
Een aanradertje.
http://www.youtube.com/watch?v=8KfOBgrfkp4

Andre zei

Anton

Inderdaad leuke documentaire!

Ach er zo links en rechts nog heel wel wat te doen in de wetenschap