17 January 2011

Darwin als maatstaf populariteit wetenschappers

In Science een interessant artikel over de populariteit van wetenschappers met Darwin als maatstaf. Dat wil zeggen: Charles Darwin werd als eenheid genomen, de Darwin, en de populariteit van wetenschappers werd vergeleken met die van Darwin. De eenheid is Darwin (D) of de mD (milliDarwin of 1/1000ste Darwin).

populariteit Charles Darwin van 1800 - 2000

 

Aardig is te zien dat de populariteit van Darwin zelf langzaam toenam na de publicatie van de Origin of Species in 1859, maar explosief steeg rond zijn dood in 1882 en daarna flink schommelde op hoog niveau. NB: hij was in 1809 geboren, maar kennelijk kwam zijn naam al vóór zijn geboorte voor in de literatuur (naamgenoot?).
Verrassend genoeg bleek dat er maar één wetenschapper populairder dan Darwin zelf: Bertrand Russell met een score van 1500 mD. Russell komt dus 1,5x vaker voor dan Darwin. Daarna met enige tussenruimte Albert Einstein met een score van 878 mD (zie hier).

Het bijzondere is dat het meten van populariteit een geautomatiseerde techniek is en de resultaten daarom redelijk objectief genoemd kunnen worden. Hoe meer er over iemand of iets geschreven is hoe groter de D score. Het uitgangsmateriaal waren 15 miljoen door Google gedigitaliseerde boeken die tussen 1800 en 2000 verschenen waren. Daarvan werden er 5 miljoen geselecteerd met voldoende ocr (optical character recognition) kwaliteit. Dat is een hoeveelheid boeken die niemand ooit kan lezen.
Vervolgens is een lijst met namen van wetenschappers op semi-automatische manier geëxtraheerd uit wikipedia (die trouwens afgelopen zaterdag 15 januari 10 jaar bestond). Op de The Science Hall of Fame pagina kun je zelf onderzoek doen. Het is bijzonder leuk en verslavend. Je kunt tevens het verloop van populariteit van 1800 tot 2000 in een grafiekje laten zetten. In de top200 kwamen -op afstand- nog andere biologen voor die iets met evolutie te maken hadden: Julian Huxley, Stephen Jay Gould, Alfred Russel Wallace, Ernst Haeckel, Thomas Henry Huxley, Richard Dawkins, Desmond Morris, Francis Crick, Ernst Mayr, Sewall Wright en George Mivart.

Nog verder gaat de Ngram Viewer waar je een willekeurig woord kunt invoeren en er een grafiek van kunt laten maken. Je kunt meerdere termen invoeren. Bijvoorbeeld: Charles Darwin, Sigmund Freud, Bertrand Russell geeft een vergelijkende populariteit. Maar het hoeven geen personen te zijn. Het kunnen ook termen als creationism, Intelligent Design zijn:

creationismIntelligent Design.
Het blijkt dat creationism vanaf 1978 een snelle stijging meemaakt. Misschien omdat in 1978 de creationist Duane Gish een public school editie van Evolution? The Fossils Say No! heeft uitgebracht?
'Intelligent Design' vormt maar een klein hobbeltje vanaf plm 1991, het jaar waarin Phillip Johnson, de vader van de ID beweging, zijn Darwin on Trial publiceerde. Of je kunt evolution en creation vergelijken:

evolution.  creation.
In het Engels 'wint' creation het van evolution. Beide blijven de laatste 50 jaar stijgen. Nederlandse woorden accepteert het systeem ook: evolutie en schepping:
 evolutie schepping
In het Nederlandse taalgebied 'wint' evolutie het ruimschoots van schepping! En zo zijn er vele research mogelijkheden: God heeft al 150 jaar last van een dalende populariteit. Dat hadden de auteurs van het artikel ook al geconstateerd. Deze trend is al vóór Darwin's Origin begonnen, nl plm. 1842. Waarom precies op dat moment weet ik ook niet. Voer voor theologen. Er zijn eindeloos veel meer van dat soort leuke dingen te onderzoeken.

Beperkingen

Het systeem en de data kennen nog wat beperkingen. Francis Crick (67 mD) is aanwezig in de lijst van wetenschappers, maar James Watson ontbreekt! Watson is nog niet dood, waardoor hij geen sterfdatum heeft in wikipedia. Dat is misschien een vereiste van het systeem. Maar er blijken vele wetenschappers zonder sterfdatum in het bestand voor te komen.Vermoedelijk is James Watson eruit gefilterd omdat er teveel (wiki) mensen zijn met de naam James Watson. Daardoor kun je de ontdekker van DNA niet meer onderscheiden van andere James Watson's. Helaas: als je een algemene naam hebt, heb je pech! Dat is waarschijnlijk een inherent nadeel van de methode.

Met deze publicatie in Science is een geheel nieuw tijdperk van kwantitatief cultuurhistorisch onderzoek begonnen.

Bronnen



Update woensdag 19 jan:


De data van Ngramviewer zijn (nog) niet betrouwbaar.  Ik zocht op 'wikipedia', een woord dat niet vóór 2000 zou moeten kunnen bestaan. Maar er kwam een uitbundige grafiek met ontzettend veel treffers van 1800 - 2000. Wat bleek? Heruitgaves van oude boeken (forgottenbooks.org) kregen een nieuw voorwoord met een citaat uit wikipedia! Zo krijg je dus false positives. Oppassen geblazen!

    12 January 2011

    Robotsex?


    Gisteravond in Labyrint een fragment uit All is full of love van Björk. Kussende robots! Hebben robots lippen waar gevoel in zit? (Als ik het goed zie: ook nog twee vrouwelijke robots. Björk zou biseksueel zijn). Maar als de toekomst aan robots is, moeten we dan een robot met borsten maken? Een robot met borsten is niet functioneel. Aan wie zou 'ze' melk moeten geven? Ze kan niet eens robotkinderen krijgen. Kan ze überhaupt melk produceren? Een robotbaby die melk drinkt? Kan die dat verteren? Heeft die een spijsverteringsstelsel? 

    Mijn inschatting is dat robots elektriciteit nodig hebben. Als er al robotbabies zijn, groeien die dan? Willen we dat? Willen we robots die zich voortplanten? Gerard  Jagers op Akkerhuis dacht er over na, maar robots konden in ieder geval geen sex hebben zoals wij, vond hij. Maar als we méér robots willen, dan maken we die toch gewoon in een fabriek? Of willen we graag huilende robotbabies en lastige puberrobots? In ieder geval: die robotborsten zijn nep.

    Adam en Eva: navels?!

    Een robot met borsten is net zo nep als Adam en Eva met een navel. Tenminste, zo worden Adam en Eva afgebeeld op schilderijen. Zeg nou zelf: zonder navel zouden het toch geen normale mensen zijn. Adam en Eva zijn als volwassenen geschapen en hebben nooit het bestaan als foetus, baby en kind meegemaakt. Adam en Eva zijn nooit met een navelstreng verbonden geweest. Die navel heeft nooit een functie gehad. Adam en Eva hebben zelfs geen vader en moeder gehad. Het zijn eigenlijk nepmensen. Net zo nep als een robot met borsten of een piemel. Creationisten maken dezelfde denkfout als de makers van de -overigens technisch bijzonder knappe- film van Björk. Robots zijn ook nepmensen. Willen we nepmensen?

    Nog een overeenkomst met de eerste mensen Adam en Eva: robots worden doorgaans óók als volwassen gecreëerd. Wel zo handig, want ze groeien niet.


    Het is nog niet zo eenvoudig om nep onderdelen aan te wijzen: mannentepels! Wat moet je daarmee? Nep? Nee, ze zijn er van nature. Functioneel? Nou nee...

    07 January 2011

    Senapathy publiceert in Nature Precedings

    Periannan Senapathy

    De uit India afkomstige en in Amerika wonende onderzoeker Periannan Senapathy heeft 3 artikelen in Nature Precedings gepubliceerd. Dat is zeer opmerkelijk, want Senapathy is iemand die er een zeer uitzonderlijke theorie over het ontstaan van het leven op na houdt. 

    Al het leven van laag tot hoog, van bacterie tot mens, is min of meer gelijktijdig ontstaan in een 'oer-vijver' (primordial pond). Hij verwerpt daarmee zowel common descent als mutatie en natuurlijke selectie als belangrijkste verklaringen voor het leven op aarde. Het meest opmerkelijk is dat het een volledig 'materialistische' theorie is. Niets religieus of bovennatuurlijks komt er aan te pas. Dit is allemaal zeer uitzonderlijk. Ik ken zelf maar twee personen die een niet-religieus alternatief voor Darwinistische evolutie hebben gepubliceerd.

    Ik kende Nature Precedings niet. Het blijkt een Nature platform te zijn voor pre-publicaties en voorlopige resultaten waarvan de auteurs vinden dat ze haast hebben en op die manier hun prioriteit willen vastleggen. De website is inderdaad van Nature, maar de publicaties worden niet ge-peer-reviewed in tegenstelling tot alle andere publicaties van Nature. Iedereen kan documenten uploaden naar de site. De eisen zijn dat de artikelen een wetenschappelijk uiterlijk moeten hebben, er mogen géén scheldwoorden in staan. Dat is het zo ongeveer. Verder kan iedereen commentaar te geven op de artikelen. Net zoals op een blog. Ik heb zelf 3 commentaren ingevoerd op het eerste artikel. De eerste werd na 2 dagen gepubliceerd, die tweede pas na 2 weken. De derde heb ik nog steeds niet gezien.Toch merkwaardig als je bedenkt dat iedereen artikelen kan plaatsen, ook 3 tegelijk, maar dat er moeilijk wordt gedaan met het doorlaten van commentaren. Er zijn trouwens niet veel commentaren. Het is natuurlijk tijdrovend en heeft geen status (?). Een opvallend commentaar van een Nederlandse bezoeker (Peter Borger!): "Interesting novel idea to explain the origin of genetic information." Nou, het is helemaal geen nieuw idee. Senapathy heeft in 1994 al een boek gepubliceerd waarin hij zijn theorie uiteenzet. En ik heb sinds 2002 al een review van dat boek op mijn WDW website (de review onderhoud ik nog steeds). En als ik op enkele slakken wat zout mag leggen: het idee van independent origin werd al bedacht door de Griekse filosofen Empedocles en Epicurus. Peter Borger schijnt niet door te hebben dat Senapathy atheist is (wat erg! wat èrreg!).

     


    Senapathy is excentriek, maar toch interessant. Hij heeft in Science, Genomics, Bioinformatics en PLOS One gepubliceerd. Hij is onvermoeibaar en ambitieus. Je moet daarbij in de gaten houden dat hij in die tijdschriften een gematigde versie van zijn theorie publiceert. Niet de volledige theorie. Hij vermeldt er nooit bij dat zijn theorie ook inhoudt dat de mens tijdens de Cambrian Explosion 530 miljoen jaar geleden spontaan ontstaan is uit de elementaire bouwstenen van DNA. 

    Hij vertoont kenmerken van wat de Engelsen een crank noemen: grote zelfoverschatting, vallen de grootste wetenschappers aan (Darwin, Einstein, etc) en voelen zich revolutionairen, geven nooit hun fouten toe, geven nooit toe dat ook hun theorie met onverklaarbare verschijnselen te maken heeft, die ze dan steevast met wishful thinking wegmoffelen, luisteren slecht naar anderen, gaan bijna nooit in op kritiek, gebruiken wetenschappelijk taal, trekken conclusies uit data en literatuur die helemaal niet logisch volgen, negeren of ontkennen zaken die al lang niet meer controversieel zijn zoals de endosymbiosis theorie of zelfs alledaagse zaken zoals ieder kind heeft een moeder en vader. Ook is hij inconsequent: als het zo uit komt accepteert hij een beetje common descent (micro-evolutie), mutatie en natuurlijke selectie. Hij denkt niet kritisch na over zijn eigen theorie, denkt niet na over wat zou zijn theorie weerleggen (falsificatie), en doorzoekt de literatuur vooral naar voorbeelden die zijn theorie bevestigen.

    Je vraagt je af, waarom ik me met dit soort excentriekelingen bezig houdt. For a start: je weet bij Senapathy zeker dat hij géén religieuze motieven heeft. Dat is een hele opluchting! Puur natuurlijke mechanismen. Bovendien, omdat hij de literatuur op zo'n eigenzinnige wijze leest, is het voor mijzelf één grote oefening in het op verschillende manieren interpreteren van dezelfde data. Dat is uiterst nuttig. Je hebt dit soort mensen nodig, omdat die continue op moeilijk verklaarbare, weerbarstige feiten wijzen. Dat soort mensen bestaan er ook wel in de mainstream, maar zijn dunner gezaaid en minder extreem. Voorbeelden van anomalieën zijn de tegendraadse verspreiding van introns (stukken 'nonsense' DNA middenin een gen, die niet gebruikt worden voor het maken van een eiwit) en de onorthodoxe claim dat prokaryoten (bacteriën enzo) van eukaryoten (planten en dieren) afstammen in plaats van andersom. Recentelijk staan deze vraagstukken weer in de belangstelling en zijn zeker nog niet opgelost. Het vraagstuk van introns is veel fundamenteler voor de evolutietheorie dan ik ooit gedacht uit. En ik wist ook niet dat een mainstream scientist heeft voorgesteld dat prokaryoten van eukaryoten af zouden kunnen stammen. Het valt op dat Senapathy handig gebruik maakt van controverses in de wetenschappelijke literatuur in zijn eigen voordeel. Er is gewoon een niche voor dit soort personen, en die niche zal altijd blijven bestaan. Het is nog niet eens zo makkelijk om alles te weerleggen wat hij beweert. Je moet je dieper in zaken verdiepen dan normaal. En dat levert ook diepergaande inzichten op. En dat is het leuke ervan.

    Tenslotte nog een aardig citaatje dat ik toevallig tegenkwam:

    "By discussing how seventeenth-century chemist Robert Boyle was influenced by his predecessors, William Newman demonstrates how alchemy helped rather than hindered the emergence of modern science. (boek William Newman 'Atoms and Alchemy: Chymistry and the Experimental Origins of the Scientific Revolution')"
    PS: bij zijn artikel Origin of biological information op Nature Precedings heeft Senapathy nog een lang commentaar toegevoegd met een uitgebreide samenvatting van zijn theorie. Het lijkt er op dat Nature zich een beetje laat misbruiken... of misschien moet je dit zien als inherent aan een preprint server...

    PS: er bestaat al 20 jaar een preprint server arXiv.org voor draft papers in wiskunde en natuurkunde.