14 October 2015

Vincent Icke: als je het bedacht hebt, dan is het er

 
Prof. dr. Vincent Icke in DWDD (12 sec):

"Wiskunde is iets heel bijzonders. Iets anders dan natuurkunde. Wiskunde is zoiets als poëzie. Als je het bedacht hebt, dan is het er. Dus als je een getal wilt waarvan het kwadraat negatief is ...klik...  het is er, want je hebt het bedacht."

...klik...  het is er!
Prof. dr. Vincent Icke Als je het bedacht hebt, dan is het er! en maakt daarbij een klikgeluid met zijn vingers. Ja, natuurlijk, de hele wiskunde is bedacht, de getallen, alle wiskundige bewijzen. Maar: bestaan getallen? Als je het bedacht hebt, dan is het er. Ze bestaan omdat wij ze bedacht hebben. Ze bestaan in ons hoofd. Als je ze opschrijft, bestaan ze op papier.

De hele wiskunde is bedacht en dat is een groot verschil met de natuurwetenschap. Getallen bedenk je. Concepten als 'zoogdier', 'DNA', 'planeet', 'Uranium' zijn door mensen bedacht, maar verwijzen naar dingen in de werkelijkheid. Je kunt ze observeren. Ze blijven bestaan als de mensheid is uitgestorven.

Theologie is ook zoiets als wiskunde of als poëzie. De theoloog Harry Kuitert [1] had een soortgelijke opvatting over God:  
"Alle spreken over boven komt van beneden, ook het spreken dat beweert van boven te komen."
Dus: God is ook een menselijk bedenksel. Net als een getal. De godsdienstfilosoof Jan Riemersma heeft een soortgelijke opvatting van God. Hij lijkt Kuitert eerst te accepteren, maar ontkent het daarna weer:
"Alhoewel wij God zelf bedacht hebben, komt hij toch van boven! " [3].
Dat kan niet. Als je iets bedacht hebt, komt het uit je hoofd. De analogie tussen wiskunde en theologie gaat nog verder. Net zoals je getallen met vreemde eigenschappen kunt bedenken, zo kun je God ook alle mogelijke en onmogelijke eigenschappen toedichten. Riemersma schreef:
"Als alles wat je kunt bedenken meetelt, dan mag je een transcendente God [dus] altijd uitbreiden met de eigenschappen die je op de tekentafel bedacht had!" [2]
Natuurlijk mag dat! Alles mag! En dat is precies wat mensen doen. Je kunt van God een afbeelding / cartoon maken of juist verbieden om er een afbeelding / cartoon van te maken. Of er een essay, column, blog, gedicht, boek of toneelstuk over schrijven. Of films, tv-programma's, documentaires, vocale en instrumentale muziek, tweets, websites, psalmen en gezangen, een musical over maken. Of je bouwt een openluchtmuseum, kerk, kapel, klooster, moskee, synagoge, tempel, altaar of schaalmodel van de ark. Of je maakt speciale feestdagen ter ere van God. Je kunt God vele verschillende namen geven. Je kunt god met een hoofdletter schrijven. Je kunt bidden tot God. Je kunt God op de rand van de Euro zetten. Of je schildert een Bijbeltekst op het dak van je schuur. Je kunt er een verplichte staatsgodsdienst van maken. Je kunt bij wet verbieden om God te beledigen. Je kunt mensen verplichten er in te geloven. En mensen die weigeren er in te geloven gevangenzetten of vermoorden. Tenslotte kun je ook nog wetenschappelijk bestuderen wat mensen in de loop er eeuwen allemaal gedaan hebben met, en gezegd hebben over 'God'. En over dat alles maak je een opleiding (theologie). Klik! Als je het bedacht hebt, dan is het er.
 

Noten

  1. Harry Kuitert (wikipedia)
  2. Alles van Beneden is van Boven ( theologie in Jip en Janneke taal, voor A. )   maandag 27 februari 2012

12 October 2015

Is dit een Goudvliesbundelzwam? (met update!)

Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015

Ik ben geen paddestoelenexpert. Maar ik vond hem té mooi, om niet te fotograferen. Ik heb hem opgezocht in De Grote Paddenstoelengids voor onderweg van Ewald Gerhardt (Tirion Natuur/Natuurmonumenten) en vond hem wel erg lijken op de Goudvliesbundelzwam. De gids werkt met foto's en de betreffende foto komt goed overeen met mijn exemplaar. Voorkomen: "Sep-Nov; op levende en dode loofbomen, vooral op beuken, in bundels groeiend" (klopt). Maar zeker weten doe ik het niet. Is de gevorderde mycoloog het met mij eens?


Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015


Ik ben ook geen Neerlandicus, ik schrijf automatisch 'paddestoelen', maar de titel van het boek is 'paddenstoelen'. Is dit een stoel voor padden? Nooit gezien!

 

Postscript

22 okt 2024

Deze waarneming heb ik gedaan in een tijd dat ik dit soort waarnemingen nog niet in waarneming.nl invoerde. Want dan zouden moderatoren hem kunnen beoordelen. In 2015 was er nog geen automatische beeldherkenning. Ik heb de foto's alsnog ingevoerd in waarneming.nl en het resultaat: 94% Goudvliesbundelzwam volgens ObsIdentify! Het mooie is dat ik die soort nog niet in mijn lijst had staan! De datum en tijd werden automatisch herkend uit de foto! (10-10-2015 15:10). De waarneming moet nog door moderatoren goedgekeurd worden, maar met dit percentage is het wel in orde!

08 October 2015

Nobelprijs voor het repareren van DNA

De Nobelprijs Chemie 2015 is gegaan naar een drietal pioniers op het gebied van DNA reparatie ('DNA-repair'). 

Wat me opviel was de aanleiding voor één van de pioniers, Tomas Lindahl, om te gaan zoeken naar manieren waarop de cel DNA repareert:

"In the early 1970s, scientists believed that DNA was an extremely stable molecule, but Tomas Lindahl demonstrated that DNA decays at a rate that ought to have made the development of life on Earth impossible. This insight led him to discover a molecular machinery, base excision repair, which constantly counteracts the collapse of our DNA." [1]
DNA zou vergaan in een tempo dat evolutie onmogelijk zou maken! De instabiliteit van DNA zou incompatibel zijn met complex leven? Hoe kwamen wetenschappers er überhaupt bij om DNA een extreem stabiel molecuul te noemen? Waarneming of aanname? Had het te maken met de euforie die ontstond in 1953 toen Watson en Crick de structuur van DNA vonden? DNA was het perfecte erfelijkheidsmolecuul? De perfecte base-paring maakte DNA stabiel? Of was het kennelijk stabiel omdat al het leven op aarde DNA gebruikt als erfelijkheidsmolecuul? Evolutie zou geen instabiel molecuul 'gekozen' hebben? Anders zou evolutie het geen 3 miljard jaar volgehouden hebben? Anders zou evolutie nooit complexe wezens als de mens voortgebracht kunnen hebben? Misschien. Ik weet het niet. 
Of kwam het omdat wetenschappers dachten dat alleen externe factoren als straling DNA konden beschadigen? en dat er geen endogene factoren bestonden die DNA zouden kunnen beschadigen? DNA zou nooit vanzelf degraderen?


paradigma shift

Kersverse Nobelprijswinnaar Tomas Lindahl was de eerste die metingen heeft gedaan naar de stabiliteit van DNA onder natuurlijke, fysiologische omstandigheden. En hij deed schokkende ontdekkingen. DNA was helemaal niet stabiel! [4]. DNA was slechts schijnbaar stabiel. Achter de schermen, 'in het geniep', worden er duizenden reparaties per cel per dag uitgevoerd om DNA intact te houden [2], [3], [5]. Dat was een paradigma shift in het denken over DNA.
'Reparatie': is dat niet een al te menselijk idee? Mensen repareren wasmachines en auto's, maar de natuur zit toch niet zo in elkaar? En hoe weet een cel eigenlijk wat en hoe hij moet repareren? Trouwens: DNA was toch 'the master molecule of life'? Is er iets buiten het DNA dat DNA repareert? Of repareert DNA zichzelf?

Evolutie

Het zit het met de evolutie van DNA-repair systemen? Zijn ze complexer bij zoogdieren dan bij simpele bacteriën? Kunnen bacteriën met simpele repair systemen leven omdat ze kleinere genomen hebben?

Paradox

En hoe zit het met het onstaan van het leven? Als zelfs eencelligen DNA-repair systemen nodig hebben omdat DNA inherent instabiel is, dan ontstaat er een probleem voor het ontstaan van het leven. DNA-repair systemen zijn enzymen. Enzymen zijn eiwitten. Eiwitten worden gespecificeerd door DNA. Eiwitten zijn te complex om toevallig te ontstaan. Ze moeten door DNA gespecificeerd worden. Het DNA dat ze zelf moeten onderhouden. Paradox: je hebt complexe eiwitten nodig om DNA een betrouwbaar erfelijkheidsmolecuul te maken. Maar doordat de code voor die eiwitten opgeslagen moet worden in DNA wordt het DNA langer. En wordt de kans groter dat er ergens mutaties ontstaan. En als die mutaties ontstaan in het DNA dat codeert voor reparatie enzymen, dan kan DNA niet meer gerepareerd worden. En als er niet meer gerepareerd kan worden is het afgelopen met op DNA-gebaseerd leven. Kip en ei probleem. Een start van het eerste leven met een groot genoom (lang DNA) zonder repair-systemen lijkt niet mogelijk. Een start met een klein genoom zonder repair-systeem is denkbaar, maar zou nooit kunnen uitgroeien tot een groot complex genoom met veel DNA. Kip en ei.

Allemaal problemen, die opgelost moeten worden. Maar voordat ik antwoorden heb, zijn de Nobelprijzen 2015 al lang geen nieuws meer...


Conclusie

DNA valt van het voetstuk waar Watson & Crick het op gezet hebben. Tomas Lindahl heeft laten zien dat DNA chemisch instabiel is (hoewel het stabieler is dan RNA). Dat ligt aan de 'gekozen' bouwstenen, voornamelijk de bases A,T,C,G. Aan de andere kant heeft hij ook laten zien (en daar kreeg hij de Nobelprijs voor): ondanks die instabiliteit is datzelfde DNA in staat door middel van reparatie-enzymen een veel hogere betrouwbaarheid te bereiken. Als je er over nadenkt is dat nog het meest wonderlijke: feilbaar DNA weet zichzelf op te tillen boven zijn eigen feilbaarheid zonder hulp van buiten. Want het slaat al die extra informatie zelf op. Het kost extra opslagruimte en energie. Die energie kan DNA zelf niet leveren. Die komt van de cel. Een fraai stukje samenwerking.

Vorige blogs over stabiliteit DNA:

Literatuur

  1. Eugene V Koonin: DNA Repair: Evolution, Published Online: 15 SEP 2006 (geeft een overzicht van de evolutie van repair systemen door de beroemde genoom onderzoeker Koonin).

Noten

  1. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Lees verder: Popular Information (pdf) (een goed leesbaar stuk, geeft de feiten zonder al die filosofische bespiegelingen)
  2. In Escherichia coli, MMR increases the accuracy of DNA replication by 20–400-fold. ...  The MMR system improves the fidelity of DNA synthesis by 100-1000 fold. Overzicht op deze pagina: DNA stability
  3. Een goed overzicht van endogene DNA schade geeft het wiki artikel DNA damage (naturally occurring). Ook hier wordt benadrukt: "DNA damages are a major problem for life!"
  4. Als je er op let vind je dit overal terug: "Researchers have managed to clarify how DNA-damage signaling works. The DNA molecule is chemically unstable giving rise to DNA lesions, which is why DNA damage detection, signaling and repair, collectively known as the DNA damage response, are needed." How the DNA alarm-system works. (March 30, 2015). "DNA is constantly exposed to damaging threats coming from oxidative stress, i.e., from the presence of free radicals and reactive oxygen species." (PubMed)
  5. "Svetlana V. Khoronenkova mentioned that about 15 to 20 thousand endogenous DNA single-strand breaks form per day. On the other hand, only 10-20 DNA double-strand breaks are formed during this period" (bron: 4)