13 March 2017

DNA is geen tekst, en bevat geen boodschap.

Perry Marshall 'Evolution 2.0'

Een bezoeker van mijn WDW website, Frank Visser, maakte mij attent op een boek van Perry Marshall die de eeuwigdurende strijd tussen creationisten en evolutionisten, die volgens hem in een impasse is geraakt, voorgoed wil oplossen.

Marschall is een perfect voorbeeld  van iemand die in de valkuil van de "DNA is informatie" metafoor is gevallen. Dat is de overbekende metafoor dat 'DNA een tekst is'. Die metafoor suggereert: mutaties in het DNA zijn spelfouten. Spelfouten leveren niets nieuws op. Spelfouten moeten gecorrigeerd worden. Met spellcheckers bijvoorbeeld. En er bestaan ook DNA-repair mechanismes: proofreading enzymes. Zie je wel!

In zijn review schrijft Visser:
"According to Marshall, gene mutations can be compared to typos in the text of DNA, and since typos make any text less readable, not more, he is skeptical of the neo-Darwinian thesis that mutations offer the raw material for natural selection to work on and to produce new species. Random changes into the code of DNA can only be harmful and unproductive, given this metaphor." (bron)

Dat lijkt allemaal 100% Intelligent Design, maar Perry Marschall is niet afkomstig uit die kringen. Hij is een zakenman die zich bezig heeft gehouden met reclamemaken via Facebook en Google. En daar draait het allemaal om informatie.

Maar hij maakt dezelfde denkfout als de ID-gemeenschap. DNA is géén tekst, DNA is géén boodschap. DNA is het template op basis waarvan de cel machinerie eiwitten produceert. Als er een puntmutatie in het DNA optreedt gaat er geen tekst of boodschap verloren. Er wordt simpelweg een ander aminozuur ingebouwd in het eiwit. En daardoor veranderen de eigenschappen van een eiwit. Vaak zijn die veranderde eigenschappen nadelig. Maar niet per definitie! Soms is het bijzonder voordelig. Bij informatieoverdracht in de informatica is iedere fout ook echt fout.

De metafoor heeft twee gezichten, het is een Januskop. Het is waar dat puntmutaties ernstige erfelijke ziektes kunnen veroorzaken. Maar meestal hebben puntmutaties geen invloed op het functioneren van het eiwit. En soms zijn puntmutaties gunstig. In een volgend blog zal ik daar een frappant voorbeeld van geven. Dat zal duidelijk maken waarom de "DNA is een tekst" metafoor misleidend is.

 

Computercode

 
DNA wordt ook vaak vergeleken met computercode. Ook misleidend, hoewel iets minder gevaarlijk. Computercode is niet voor mensen bedoeld om te lezen. Het zijn instructies voor computermachines om uit te voeren. Dat lijkt al een beetje op het idee dat DNA instructies bevat om eiwitten te produceren. Maar één bitje ("0" of "1") fout in computercode is fataal. En dat geldt niet voor DNA. DNA is niet ontworpen om op een efficiënte manier een plant of dier te produceren. Bedenk dit: als DNA vergelijkbaar zou zijn met computercode, dan is het gecodeerd door de grootste amateur. De code is nl. in het geheel niet gedocumenteerd! Die programmeur heeft elementaire kwaliteitseisen over hoe je professioneel codeert aan zijn laars gelapt. Of zoals Daniel Dennett het uitdrukte: "the all-but-undecipherable 'spaghetti code' of the undisciplined programmers" [1]

"DNA bevat informatie", "DNA is informatie", "een gen bevat de informatie voor een eiwit" wordt vaak gezegd [6]. Allemaal prima, zolang je niet de conclusie trekt dat er dus Iemand moet zijn die die informatie in DNA heeft gestopt. Iemand die de tekst heeft geschreven. Want dan is die metafoor tot voorbij zijn breekpunt uitgerekt. Voor veel mensen, maakt die metafoor het uiteindelijk moeilijker om DNA en evolutie te begrijpen.

Helemaal rampzalig zijn uitdrukkingen  als "DNA is the book of Life" [2] en "DNA is the language of God" [3],[4].

Gisteren hoorde ik Rob van Hattum op de Paradisolezing in Amsterdam nog zeggen: "ja, dat CRISPR/Cas9 systeem, dat is een soort Wordprocessor"! Daar heb je het weer: 'wordprocessor' impliceert (onbedoeld) een tekst die door iemand geschreven is! Het klopt dat je met CRISPR/Cas9 genen kunt 'editen', maar je bent géén tekst aan het editen, maar machine instructies voor de regulatie en productie van eiwitten.

In een volgend blog meer over mutaties die iets nieuws opleveren.


Conclusie


Dat DNA wordt 'gelezen', 'gekopieerd'  en 'gecorrigeerd', de 'genetische code' wordt 'vertaald' zijn allemaal gangbare uitdrukkingen. Ook in de wetenschappelijk taal worden begrippen als 'transcriptie' van DNA (Latijn trānscrībō betekent overschrijven), 'translation' (vertaling!), mRNA (messenger-RNA = boodschapper-RNA!), 'proofreading' (een term uit de wereld van boekdrukkers!) [5]  gebruikt. Dat zijn allemaal begrippen die naar de menselijke taal verwijzen. We projecteren onze menselijke taalactiviteiten op biochemische processen. Maar in de wetenschap hebben die begrippen een duidelijk omschreven biochemische betekenis. Over één ding zijn wetenschappers het eens: DNA wordt 'gelezen', 'gecopieerd', 'vertaald', maar niet 'geschreven'. Er bestaat géén DNA schrijfproces. Er is géén auteur.

Postscript

9 jul 2018

Er is één uitzondering: als je DNA gebruikt om informatie op te slaan, bevat DNA natuurlijk informatie. Maar het is pas betekenisvolle informatie als je eerst de informatie codeert (vertaalt) voordat het in DNA opgeslagen wordt en later bij teruglezen weer interpreteert (vertaalt). Dit is ook de enige situatie waarbij je kunt spreken van 'het schrijven van' DNA (DNA synthesis machine). Zie: DNA digital data storage.




Noten

  1. Daniel Dennett In: "From Bacteria to Bach and Back".
  2. Is DNA the Language of the Book of Life? Feb 25, 2015 ageert tegen die uitdrukkingen
  3. Francis Collins: 'The Language of God'. (Francis Collins was een christelijke wetenschapper, die titel was de grootste blunder van zijn leven!) 
  4. Hier zie je de blunder begaan en in detail uitgespeld: The Language of DNA. Het is een ID website. NB: de website heet: "Explore God"! Het is al voldoende om DNA een taal te noemen om het bestaan van God te bewijzen! Zo simpel is dat! Zie de tabel in het midden van het stuk!
  5. Als je proofreading opzoekt heb je  twee totaal verschillende betekenissen: "This article is about the detection and correction of errors in written work. For proofreading in DNA replication, see Proofreading (biology)."
  6. Steven Benner: "The ability to store information is not very interesting for evolution. You have to be able to transfer that information into a molecule that does something.". geciteerd in Nature 28 Feb 2019

09 March 2017

Lute Bos: Evolutie Of Hoe Alles Almaar Verandert

Lute Bos (2011)
Evolutie: Of Hoe Alles Almaar Verandert

Ik trof dit boek aan in de plaatselijke boekhandel. Best bijzonder, want zo vaak  verschijnt er niet een boek over evolutie in het Nederlands. Ik kende Lute Bos niet. Hij kende mij wel, want hij heeft mij geciteerd in het boek in verband met de Intelligent Design perikelen rond Cees Dekker. Ook was Lute Bos op de hoogte van de EO-censuur van de BBC documentaires met David Attenborough (zie: gastbijdrage Gerdien de Jong 27 juli 2007 op evolutie.blog).


Het is een bijzonder boek. Lute Bos (plantenviroloog) heeft het verschijnen van het boek niet meer mee kunnen maken. Het is postuum gepubliceerd. Bij de copyright informatie staat: "De erven Bos". Hij is gestorven aan een hartaanval op 82-jarige leeftijd op een congres in Noorwegen op het eind van de tweede lezing die hij daar gaf. Op zijn bureau lag een bijna voltooid manuscript en in zijn agenda stond een afspraak met de uitgever. Het boek is er gekomen. Dankzij vrouw en kinderen en de uitgever. Het ziet er goed uit. Ook de bijbehorende website van de uitgever ziet er aantrekkelijk en verzorgd uit. Het boek bevat illustraties maar die staan gebundeld achterin het boek. (ongebruikelijk). Er is een literatuurlijst en index op personen (niet op zaken).
Volgens het voorwoord van zijn vrouw en kinderen was Lute Bos "zijn leven lang lid gebleven van de Gereformeerde Kerk en later PKN". Dit is ook terug te vinden in verschillende hoofdstukken. Dat verklaart ook waarom hij het nieuws over ID en EO volgde.
Lute Bos probeert in dit boek méér dan alleen de evolutietheorie uiteen te zetten voor een leek. Hij probeert het ruimere verband uiteen te zetten, met links naar mensbeschouwing, maatschappijbeschouwing en religie. Ik weet niet of hij iets vertelt over hoe virussen planten ziek maken, maar ik heb wel gezien dat hij aandacht gaf een moderne methodes om plantenziektes te bestrijden. Wanneer ik nog meer interessante zaken tegenkom, kom ik er hier op terug.

Lute Bos (2011) 'Evolutie Of Hoe Alles Almaar Verandert', uitgeverij Parthenon, paperback. 320 pag.
René van der Vlugt (2011) In Meroriam Dr Lute Bos (1928–2010), Indian Journal of Virology Volume 21, Number 2, 151-152

NB: dit is een herpublicatie van een blog uit 2012 dat op 'concept' stond.


Postscript 25 mei 2012
De Academische Boeken Gids nr 92 heeft 3 kritische besprekingen van het boek van Lute Bos.

07 March 2017

Lang leve de Altruïstische Revolutie! (bespreking documentaire)

Lang leve de Altruistische Revolutie! is een oproep die de ex-moleculair bioloog en boeddhistische monnik Matthieu Ricard tijdens een lezing in de documentaire deed. Dat leek me een leuke titel voor een blog over de documentaire 'The Altruism Revolution' [1]. De documentaire mag wel wat meer bekendheid krijgen, want hij is niet eens terug te vinden in de Engelse, Franse en Nederlandse wikipedia.
 

In deze documentaire laten een aantal toponderzoekers de resultaten van hun onderzoek naar altruisme zien. Met name de experimenten met babies en kleuters waar de uitzending mee begint, vond ik bijzonder verhelderend en verbazingwekkend.

experiment: baby kiest uit twee beren (zie tekst)

 

Psycholoog Daniel Batson was één van de eersten die vraagtekens plaatste bij 'de theorie van universeel egoïsme'. Hij ontdekte (tientallen jaren geleden) dat proefpersonen wel wilden ruilen met een voor hen onbekende proefpersoon die (schijnbaar) schokken toegediend kreeg bij foute antwoorden. Dat was een verrassende vorm van altruïsme. Empathie is het vermogen om te voelen wat een ander persoon voelt (Emma Seppala). Empathie is een voorwaarde voor altruïstisch gedrag. Tania Singer toonde aan dat er in de hersenen van een proefpersoon een soort pijnsensatie optreedt wanneer zijn/haar partner een elektrische schok krijgt. Dus, de proefpersoon voelt ongeveer hetzelfde als zijn/haar partner zonder dat hij/zij zelf een schok krijgt. Lijden of zien lijden is voor de hersenen bijna hetzelfde.

Felix Warneken en de bekende neurowetenschapper Michael Tomasello toonden aan dat jonge kinderen van 15 - 18 maanden al begrijpen wat een volwassene in een experimentele setting wil en helpen spontaan wanneer ze zien dat hun hulp nodig is. Bijvoorbeeld een potlood dat gevallen is, een kastdeur openmaken voor iemand met de handen vol. Dit zijn eenvoudige dingen. Maar, zelfs als ze op dat moment aan het spelen zijn, onderbreken ze bezigheden om de proefleider even te helpen. Dat deden ze zonder enige beloning. In vervolgexperimenten bleek dat kinderen die wel beloning kregen daarna juist minder altruïstische hulp geven. Tegen de logica van het gezonde verstand in werkt beloning hier dus contraproductief.

kinderen (15-18 maanden) rapen spontaan knijper op die een
acteur 'per ongeluk' heeft laten vallen

Paul Bloom (Yale University) wil uitzoeken of een baby "onderscheid kan maken tussen goed en kwaad". Ze hebben ondertussen al honderden babies van 3 - 6 maanden getest, en de meerheid kiest voor de 'goede', aardige knuffelbeer (= helpt een ander). Ze concluderen uit de resultaten dat babies van die leeftijd een moreel oordeel hebben. En zelfs dat dit een aangeboren vermogen is.
Redenering is als volgt: als chimpanzees en mensen op jonge leeftijd empathie bezitten, dan moet dat evolutionair 5-7 miljoen jaar oud zijn. Onze gemeenschappelijke voorouder moet dat gehad hebben. En kan dus niet toegeschreven worden aan kulturele invloeden. Dus altruïsme is in de loop der evolutie ontstaan.


experiment waarin altruisme wordt getest bij baby

Voice-over:
"Maar deze these is in strijd met wat volgelingen van Darwin beweren, namenlijk dat natuurlijke selectie en mutatie de sturende krachten achter de evolutie zijn". (20e min) 
Martin Nowark: "Evolutie is méér dan alleen maar de strijd om het bestaan en competitie, er is ook samenwerking!. Samenwerking heeft onze hersenen beïnvloed en gevormd. Maar als samenwerken effectiever is dan concurreren, zegt de voice-over, waarom heeft dat niet altijd de voorkeur? Waarom zijn er dan steeds conflicten die de aarde dreigen te vernietigen? Paul Bloom: als babies geboren worden met een moreel besef van goed en kwaad, waarom zijn sommige volwassenen dan zo slecht? Inderdaad, dit is een cruciale vraag!

Het antwoord zoekt hij in het feit dat zeer jonge kinderen de wereld al verdelen in 'wij versus de anderen' en geven de voorkeur aan een knuffel die dezelfde smaak heeft als zijzelf, ook al deed die gemeen in het zojuist uitgevoerde experiment. Het kind kiest in die situatie een 'slechte' knuffel! En dit gedrag is al te zien in de jongste kinderen die we hebben getest.
Nu volgt een belangrijke, cruciale opmerking van Paul Bloom:

Paul Bloom: "Het meeste kwaad in de wereld komt
voort uit het onderscheid dat we maken tussen
mensen die we mogen en mensen die we niet mogen."
"In a sense most of the evil in the world is caused by our willingness to distinguish between people we care about and people we don't."
(24e min)
Inderdaad: we maken onderscheid tussen vriend en vijand die wij anders behandelen. Niks empathie voor vreemden. Experimenteel is aangetoond dat 'de vijand' zien lijden niet het pijncentrum in de hersenen activeert, maar juist het genot centrum. Een sadistisch genoegen... Onthullend.

Hoe breken we uit die kleine morele cirkel en kunnen we vreemden, en tegenstanders opnemen in onze morele cirkel? Richard Davidson ging meditatie onderzoeken als oplossing voor het gebrek aan universele empathie. Bij Matthieu Ricard heeft (langdurige) meditatie geholpen. Maar ook bij mensen die slechts 2 weken met 30 min. per dag mediteren waren er wijzigingen in de hersenen te zien.

Emma Seppala: er kan een kettingreactie van 'goedheid' ontstaan: als iemand een (kleine) daad van aardigheid/vriendelijkheid/behulpzaamheid doet tegen een vreemde, dan kan zich dat voortplanten van persoon tot persoon (een sociale kettingreactie; 'chain reaction'). Een interessant idee.

Commentaar

(Iets aangepast woensdag 8 maart)

Ondanks het feit dat ik deze documentaire van harte kan aanbevelen voor iedereen die inzicht wil hebben in empathie, altruïsme en waarom er zoveel ellende in de wereld is, toch nog enige kanttekeningen. Ik heb bezwaar tegen de uitspraak: "Maar deze these is in strijd met wat volgelingen van Darwin beweren, namelijk dat natuurlijke selectie en mutatie de sturende krachten achter de evolutie zijn." 
Ten eerste: 'Volgelingen van Darwin' is natuurlijk een verkeerde uitdrukking! Jezus heeft volgelingen. Wetenschappers volgen elkaar niet blindelings, anders zouden er bijvoorbeeld geen nieuwe ontdekkingen gedaan kunnen worden. 
Ten tweede: mutatie en selectie hebben behalve egoïsme ook samenwerking en altruïsme voortgebracht. Samenwerking is overigens is iets dan altruïsme, want bij samenwerking hebben beiden voordeel, en bij altruïsme heeft 1 individu nadeel en de ander voordeel. (Zie verder Frans de Waal die daar uitgebreid over geschreven heeft. Hij komt overigens niet voor in de uitzending! Wat opzich opmerkelijk is).

Martin Nowark is een vooraanstaand wetenschapper (ik heb zijn boek 'Supercooperators' gelezen; het is degelijk onderzoek, maar vooral theoretisch). Het is een aanval op het simpele selfish gene denken van Richard Dawkins, wat Dawkins ondertussen zelf al heeft gecorrigeerd (een beetje laat, maar toch). Ook hier geldt: helpen dat voor jezelf niet 'kostbaar' is, is wat anders dan helpen dat 'kostbaar' vor jezelf is.

Hebben babies echt een moreel besef? Ik zou de experimenten interpreteren als: ze kiezen gewoon voor een aardige knuffel, omdat ze bijvoorbeeld bang zijn voor of een intuitïeve hekel hebben aan een onaardig persoon. 'Kwaad' betekent een persoon waar je bang voor bent, 'goed' betekent een persoon die aardig tegen je doet. Wie wil er niet aardig behandeld worden? Een baby wil onaardige personen mijden. Dat lijkt me de simpelste verklaring. En dan is ook niet meer zo verbazingwekkend wat die babies doen in de experimenten. 
Dat babies in de experimenten altruïstisch reageren kan komen omdat ze niets dan liefde en aandacht ervaren hebben in hun jonge leventje en nog geen slechte ervaringen met gemene mensen hebben. Ze worden vertroeteld en verzorgd, ze krijgen hun eten en drinken op tijd. De babytijd is een paradijsje op aarde. Pas later komt teleurstelling in anderen, eigenbelang en competitie.
Het probleem is, denk ik, dat de geteste babies uit welgestelde gezinnen met hoogopgeleide ouders, goed huwelijk, goed inkomen, ideale opvoeding afkomstig zijn. Hoe zit het met kinderen die van jongsaf aan minder liefde hebben ontvangen; probleemgezinnen, gediscrimineerde  minderheidsgroeperingen, achterstandsbuurten, werkeloze ouders, bijstandsgezinnen? Zijn die kinderen getest? en hoe reageren die?

Wat ik pas bij een tweede keer kijken besefte is dat jonge kinderen heel makkelijk 'immorele' keuzes maken en kiezen op basis van sympathie en antipathie die op hun beurt gebaseerd zijn op trivialiteiten zoals overeenkomst met hun eigen subjectieve voorkeur voor snoepjes. Trivialiteiten die als groepskenmerken gaan fungeren, kunnen 'morele' keuzes overrulen! Maar als dat zo is, is het ook helemaal niet verbazingwekkend dat onze samenleving niet zo altruïstisch is. Dan is racisme ook verklaarbaar. Het zijn de 'anderen' die je anders behandeld.

Met die meditatie als oplossing heb ik wat problemen. Werkt dat echt? Gewoon stilzitten en dan wordt je een altruïst? Kan het niet met een meer doelgerichte empathie oefeningen zoals die van Roman Krznaric die vreemdelingen bij elkaar brengt? Overigens: als empathie en altruïsme zijn aangeboren, waarom heb je dan überhaupt training nodig? Misschien moet uitgezocht worden hoe het altruïsme van de baby in de loop van zijn leven verloren gaat? Of misschien dat een gebrek aan liefde in de babyjaren zich vertaalt in gebrek aan empathie en altruïsme in het latere leven?


Noten

  1. 'The Altruisme Revolution' is een Franse documentaire, op zondag 26 feb 2016 uitgezonden door de KRO/NCRV, en herhaald woensdagnacht 1 maart 2017 0:15 op NPO2 (NTR/NOS). Is hier terug te kijken zolang het duurt! Want waarschijnlijk vanwege contract omroep met producent mag de docu niet onbeperkt online staan. Volgens Bodhitv is de documentaire The Altruism revolution een productie van "de boeddhistische stroming van de KRO-NCRV" en is geregisseerd door Sylvie Gilman en Thierry de Lestrade.

 

Vorige blogs over dit onderwerp