De Grote Bijbel Quiz 2015: poepen in een kuiltje in het zand

Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?

Vraag 48: "Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?"
Antwoord: "Poep buiten het kamp in een kuiltje".
Toelichting van de presentator Bert van Leeuwen: neem een tentstok mee en maak buiten het tentenkamp een kuiltje in het zand, doe hurkend je behoefte, en bedek het daarna met zand met behulp van de stok. 

 
Kennelijk was het nodig dat God ze dit moest vertellen! Alsof je het tegen kinderen of een stel barbaren zegt! Zoiets zeg je toch niet tegen volwassenen? Waren het van die viespeuken die gewoon waren in het tentenkamp te poepen totdat de stank ondragelijk werd? En daar moest hoognodig een einde aan gemaakt worden? Konden ze dat niet zelf bedenken? Of luisterden ze niet naar de profeet zodat God het tenslotte moest gebieden? [1].

Presentator Bert van Leeuwen voegt daar nog aan toe: "Wie zegt dat de Bijbel geen praktisch boek is!" Sorry, is dit een grap of moet dit voorbeeld werkelijk aantonen dat we praktisch bruikbare tips uit de Bijbel kunnen halen? Volgens theoloog Jacobine Geel is de Bijbel een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.  Moeten we aannemen dat ze dit als serieus voorbeeld bedoelt van hoe nuttig de Bijbel is voor de hedendaagse mens? Is grappen maken (Bert van Leeuwen) een manier om overduidelijk achterhaalde wijsheden in de bijbel te verdoezelen? Filosofische vraag: hoe onderscheid je wijsheden en onzin?

Door dit soort teksten besef je pas de kloof tussen ons –met onze moderne Westerse vlakspoelclosetpot en diepspoelclosetpot– en de volken die 2000 tot 3000 jaar geleden leefden. Ik herinner me tv beelden uit India waar mensen op het platteland nog steeds in de natuur poepen, bij gebrek aan toiletten [2]. Ook herinner ik me uit mijn jeugd mijn grote weerzin om op kampings in Frankrijk gehurkt te moeten poepen op een zgn. hurktoilet; niet meer dan een gat in de vloer. Primitief!

De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.

Voor-wetenschappelijk wereldbeeld

 

presentator Bert van Leeuwen

• je kunt ziektes genezen door 7 maal te baden in de rivier de Jordaan
  (vraag 7) (geen commentaar)
• Welke vogels mogen de Israëlieten niet eten? (vraag 34). Antwoord: de vleermuis. Zegt de presentator: "een vleermuis is geen vogel, maar een zoogdier, maar dat wisten ze in de tijd van de Bijbel nog niet."!
• Ze wisten ook niet dat slangen en ezels niet konden praten (geen commentaar)
• een 'mysterieuze hand' schrijft een tekst op een muur (geen commentaar)
• volgens Jacobine Geel is de Judaspenning een 'besmet plantje'. 
• etc., etc., etc.

Door dit soort teksten besef je pas hoe groot de kloof is tussen ons wetenschappelijke wereldbeeld en het voor-wetenschappelijk wereldbeeld van die tijd. Als je bedenkt dat reinheidswetten, spijswetten en dergelijke op onjuiste aannames gebaseerd zijn, dan is dat een reden die wetten niet al te serieus te nemen. Maar daar hoor ik niets over. Ik zou zeggen: Jacobine, grijp je kans, iedereen is aan je lippen gekluisterd! Leg uit waarom ze op onwetenschappelijke inzichten gebaseerd zijn. Leg uit wat moderne inzichten zijn!

Fundering van de Moraal

Er zijn wijsheden in de Bijbel die ook nu nog aanbevelenswaard zijn zoals Naastenliefde. Jezus zegt daarover: "Wat je voor de minsten doet, doe je voor mij!" Volgens Jacobine Geel is dat de lakmoesproef voor de ethiek. Maar, waarom eigenlijk? Waar is het filosofische argument? [3]. Theoloog Taede Smedes meent dat je goede filosofische argumenten moet hebben voor morele principes, zoals vegetarisme [4]. Welnu, volgens Jacobine Geel volgde Daniël de spijswetten; hij leefde van 'groente en water'. Dus, moet iedere christen vegetariër worden? Je kunt dat in ieder geval op de Bijbel baseren. Maar volgens Smedes zou dat geen argument zijn. Evenzo voor naastenliefde en de Tien Geboden. Zonder een goede filosofische fundering zijn naastenliefde en de Tien Geboden niet meer dan ongefundeerde meningen.

Postscript

"Kan een seculiere samenleving, die God grotendeels achter zich heeft gelaten, nog iets met ethisch-religieuze leefregels van eeuwen geleden? Dat vergt wel een vertaalslag, een overbrugging van een enorme historische kloof". Dit zijn niet mijn woorden! Ze komen van de theoloog Taede Smedes! [5] Wat een toeval!  Waarom zou een seculiere samenleving überhaupt geïnteresseerd zijn in een 'vertaalslag' van 3000 jaar oude leefregels naar het heden? Het zou een enorm geforceerd resultaat opleveren. Hoe zou je de eerste drie/vier van de Tien Geboden seculier vertalen? De hele onderneming gaat er kennelijk vanuit dat de Tien Geboden een complete moraal bevatten. Bovendien: staat die 'vertaalslag' gelijk aan een filosofische fundering van de moraal? Zo niet, dan ben je nog niets opgeschoten!

Wat Jacobine Geel niet vertelde...

[ 31 okt 15  15:33  ]

Ik heb de bijbel passage over vraag 7 er eens op nageslagen, en wat blijkt? Ná de genezing doet de profeet Elisa nog iets anders: hij geeft melaatsheid als straf aan zijn bediende [6]. Dat je iemand straft: OK, maar met melaatsheid?
Als Jacobine een eerlijk beeld van de Bijbel wil geven, dan behoort ze niet alleen de genezing te vertellen, maar óók dat Elisa melaatsheid als straf uitdeelde.
De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd?
Een Bijbel Quiz op tv suggereert dat Bijbelkennis belangrijk is, maar het is vast niet de beste manier om de Bijbel te verdedigen. Maar is iemand in staat de waarde van de Bijbel te verdedigen zonder uitsluitend de krenten uit de pap te halen en de rest te negeren?

 

Vorig blog over dit onderwerp

Maarten t Hart. Het Christendom is onbijbels 15 juni 2015 

Noten

1. Hoe veegden ze hun kont af? Met hun vingers? Of deden ze dat helemaal niet? Er zal niet veel water geweest zijn in een woestijn. Anders hadden ze in een riviertje kunnen poepen. En handen wassen zal ook wel niet mogelijk zijn geweest. Het drinkwater dat je hebt zal je niet verspillen aan handen wassen. Onhygiënische toestanden. Hoe zat het met besmettelijke ziekten? Aan de andere kant: het voordeel van een woestijnklimaat is de hitte en droogte waardoor een drol snel zal uitdrogen
2. Why do millions of Indians defecate in the open? Volgens de WHO doen een 500 miljoen mensen in India het buiten.
3. God geeft één maal een argument voor het goed behandelen van vreemdelingen, het volk was zelf vluchteling geweest. Is dat een goed argument?
4. Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking).
5. Taede Smedes: Hans Achterhuis en Maarten van Buuren over de relevantie van de tien geboden (boekbespreking) 28 oktober 2015.
6. Elisa zegt (27) "Naaman’s leprosy will cling to you and to your descendants forever.” Then Gehazi went from Elisha’s presence and his skin was leprous—it had become as white as snow." (2 Kings 5 20-27). Nota bene: al zijn nakomelingen krijgen ook melaatsheid toebedeeld! Boeten voor de wandaden van je vader. Gruwelijk. Onrechtvaardig.

Jacobine Geel spreekt met filosoof en bioloog Matthijs Schouten

Filosoof/bioloog Matthijs Schouten

Zaterdag 24 okt 2015 sprak theoloog Jacobine Geel met filosoof en bioloog Matthijs Schouten in het tv programma Schepper & Co (Een beter milieu begint bij jezelf).
Een programma dat je moet zien o.a. omdat een theoloog zich openlijk uitspreekt voor het milieu en het klimaat en zelfs aan het eind oproept om 1 dag geen vlees te eten. Ook toonde ze beelden van 'milieupilgrimages' georganiseerd door de kerken om te onderstrepen dat de kerken goed zijn voor het milieu [1].

 
En omdat Matthijs Schouten een interessant figuur is. Hij merkte op dat in de christelijke traditie de natuur ons gegeven was als gebruiksgoed en de mens de natuur moest bedwingen, onderwerpen. Gebaseerd op de Bijbel. Maar toch heeft hij geen hard oordeel over het christendom. Tenminste in deze uitzending.  Hij heeft wel kritiek op het christendom, maar hij zegt het allemaal op een vriendelijke, gematigde manier. Hij zegt veel interessante dingen over de relatie christendom en de natuur. Hij is positief over de huidige paus. Hij heeft sympathie voor het boeddhisme vanwege de inherent natuurvriendelijke houding.

Enige opvallende uitspraken van Matthijs Schouten:

• "Als God ons de dieren heeft gegeven als voedsel had hij ze ook wel zo kunnen scheppen dat ze geen pijn konden lijden."
• In zijn jeugd verdedigden jagers hun jachtpartijen met: "God heeft ons de dieren gegeven".
• Uit zijn katholieke schooljaren: "De eerste leefregel van het boeddhisme is niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden." (dat heeft grote invloed op zijn denken gehad).
• "Ik eet geen vlees".
• "Ik heb geen auto, ik ga met het openbaar vervoer."
• "ik heb me nooit voortgeplant".
• "Als we in Nederland 1 dag geen vlees eten halen we die dag 1 miljoen auto's van de weg."
• Advies voor iedere Nederlander: eet 1 dag geen vlees (om te beginnen).

Een wijsheid om te onthouden en toe te passen: "niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden". Wie is het daar niet mee eens? Hoeveel filosofische fundering heb je daar voor nodig? Moet zoiets filosofisch bewezen worden voordat je het in de praktijk brengt? [2]. Naar analogie: hoe bewijs je dat naastenliefde goed is? Hoeveel bewijs heb je daar voor nodig?

Noten

1. Ze wist zelfs van het Volkswagen schandaal (waarover ik geblogd heb).
2. Naar aanleiding van het blog van de theoloog Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking). In scherpe, harde bewoordingen wordt Floris verweten dat hij geen filosofische argumenten geeft voor zijn milieuvriendelijke meningen. Filosoof Riemersma valt Smedes bij: meningen zijn geen argumenten! Ik vraag me af: zou de theoloog goede filosofische argumenten hebben om zijn vrouw en kinderen lief te hebben? Moet je een filosofische fundering hebben om een positieve houding t.a.v. dieren te hebben? Vraagje: hebben theologen of filosofen ooit een filosofische fundering voor de Tien Geboden gegeven?

Geen leven zonder DNA-repair. De Lindahl paradox en de Eigen paradox

Tomas Lindahl

Een bepaald type DNA schade komt voor in een frequentie van 1 op 10,000 bases per dag. Als je dat omrekent naar het menselijke genoom kom je op 300.000 foute bases per dag! Dit soort gegevens zijn de basis voor wat Lindahl zelf 22 jaar geleden beschreef in een artikel in Nature:

 
Instability and decay of the primary structure of DNA  [1].
 

(de instabiliteit en verval van de primaire structuur van DNA). Naar aanleiding van de Nobelprijs zien we de echo van deze subversieve kijk op DNA: 'alarmingly fragile molecule'  in Nature [2] en Science [3]). Een andere bron schrijft het op niet mis te verstane wijze: “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule" [4]. Het leven kan onmogelijk op zo'n kwetsbaar molecuul gebaseerd zijn. De Nobelprijs commissie schrijft zelfs: "a DNA molecule is inherently unstable". DNA is uit zichzelf onstabiel, dus niet door externe factoren. Dit is –vrij vertaald– de beschrijving door de Nobel commissie:

De stabiliteit van DNA is onder normale fysiologische omstandigheden zo laag dat het de evolutie van het leven op aarde onmogelijk zou moeten maken. Anders gezegd: niet verenigbaar met het leven zoals wij dat kennen. Desondanks is er complex leven op deze planeet ontstaan. Hoe kan dat? [5]

Dit heb ik de 'Lindahl paradox' genoemd, hoewel ik nog niet heb kunnen ontdekken of Lindahl zich met het ontstaan en evolutie van repair heeft beziggehouden.

In dit blog beschrijf ik de oplossing voor de eerste paradox en voeg ik er zelf een tweede paradox aan toe. En ik doe tenslotte een poging deze op te lossen.

Oplossing: repair

De paradox was voor Lindahl aanleiding om te zoeken naar en de ontdekking van mechanismes waarmee cellen de schade aan DNA herstellen. Dat was een revolutionaire gedachte voor de 70-er jaren [6]. Die 300.000 foute bases per dag worden vrijwel volledig hersteld. De overblijvende schade noemen we mutaties. DNA-repair is een complex systeem. We weten nu dat de mens 178 DNA-repair genen heeft [7]. Het wetenschappelijk-medisch belang van DNA-repair is alleen maar toegenomen. Defecten in DNA-repair zijn betrokken bij erfelijke ziektes, veroudering en kanker.

— Op Kennislink.nl leest U een prachtig verhaal over wat DNA-repair nu precies inhoudt.

De tweede paradox

Het leuke is dat iedereen om het hardst roept dat DNA een fragiel molecuul is, maar niemand realiseert zich dat dit serieuze consequenties heeft voor de oorsprong en evolutie van het leven. Immers, als DNA zó instabiel is dat er een hele batterij DNA-repair enzymen nodig zijn om betrouwbare erfelijkheid mogelijk te maken, dan heeft het leven een moeilijke, zo niet onmogelijke start. Lindahl heeft zich die vraag niet gesteld. Hij was geen evolutiebioloog. Maar zelfs in evolutiehandboeken wordt de vraag naar de oorsprong en evolutie van repair-mechanismes niet gesteld, laat staan dat geschetst wordt hoe die evolutie is verlopen.

Eigen paradox

Nobelprijswinnaar Manfred Eigen

Na mijn vorige blog [8] schoot me te binnen dat mijn eigen paradox, de tweede, die ik in mijn eigen woorden omschreven had, bekend staat als: de Eigen paradox. Die paradox was al in 1971 beschreven door de Nobelprijs winnaar Manfred Eigen. Daarin stelt Eigen dat er een maximum grootte bestaat voor ieder genoom waarboven kopieerfouten de informatie in het genoom onvermijdelijk in de loop der generaties zullen eroderen. De soort sterft uit. De maximum grootte wordt begrensd door de frequentie waarmee kopieer fouten gemaakt worden. De maximum grootte stelde Eigen op ongeveer honderd bases. De paradox bestaat hieruit: zelfs de meest eenvoudige levensvormen hebben veel grotere genomen dan 100 bases. Een groter genoom is alleen mogelijk met hogere replicatie nauwkeurigheid.
Ter illustratie: als er een replicatiefout is van 1 op de 100, dan kan het DNA maximaal 100 bases lang zijn; als de replicatiefout 1 op 1000 is kan het DNA maximaal 1000 bases lang zijn [9].

replicatie fout:	nauwkeurigheid:	maximaal genoom:
1 op de 100	99%	100 bases
1 op de 1000	99,9%	1000 bases

Dus: zodra de kans 100% is dat er tenminste 1 kopieerfout zal optreden, zal er geen exacte kopie geproduceerd kunnen worden. Er is tenminste 1 correctie kopie nodig om mee verder te gaan.
Eigen heeft zijn paradox geformuleerd in een tijd dat DNA-repair enzymen nog (net) niet bekend waren. Dat maakt niet uit, want de wetmatigheid geldt met wiskundige zekerheid voor ieder informatie systeem met copieer fouten. Eigen beschreef de netto replicatie nauwkeurigheid. Tegenwoordig weten we dat de uiteindelijke mutatiefrequentie de som is van replicatie-nauwkeurigheid en DNA-repair. 
Het grappige is dat Lindahl niet wist van de relatie kopieerfouten en maximale genoomgrootte en Eigen wist niet van het bestaan van DNA-repair-enzymen. Maar als je Lindahl en Eigen optelt krijg je een interessant evolutionair probleem.

Evolutie van repair systemen

Evolutie is een proces van geleidelijke stapsgewijze verandering. Is er een geleidelijke evolutie van simpele naar complexe repair systemen mogelijk? In theorie zou dat kunnen: hoe beter de repair, hoe groter het genoom kan zijn. Je kunt dus de vraag stellen: komen er geen repair systemen voor in virussen? is er een elementair systeem in bacteriën? En is het meest complexe repair systeem in (hogere) planten en dieren? Ik doe hier een eerste poging om wat elementaire feiten boven water te krijgen. De evolutie handboeken, wikipedia en de literatuur helpen me niet echt. Integendeel: één auteur [10] maakt het helemaal bont. Hij zegt dat er géén speciale verklaring nodig is, want mutaties gebeuren onvermijdelijk in een bepaalde frequentie die afhangt van de tijd en energie die gestopt wordt aan het corrigeren van fouten! Ja, dank je de koekoek! De vraag is natuurlijk: als ze allemaal hetzelfde DNA molecuul hebben, waarom stoppen organismes verschillende hoeveelheden tijd en energie in DNA-repair? Is DNA-repair een aanpassing of noodzaak? En is het verband met genoomgrootte aantoonbaar?

RNA-world

Het is bekend dat RNA chemisch minder stabiel is dan DNA. RNA-virussen hebben kleine genomen, gemiddeld zo'n 10.000 bases die coderen voor slechts een handvol genen. Kleinere genomen vereisen een minder nauwkeurige replicatie mechanisme dan grotere. Bijvoorbeeld: heb je 1 gemuteerde base op de 1.000 bases, dan is dat nog geen ramp voor genomen tot 1.000 bases, maar een organisme met een genoom van 1 miljoen bases zou dan na 1 replicatie ronde 1.000 mutaties hebben en dat zal zeer waarschijnlijk niet levensvatbaar meer zijn. En inderdaad, RNA-virussen hebben de hoogste mutatiefrequenties. Bijvoorbeeld: het griepvirus heeft een mutatiefrequentie in de range van 1 op de 10.000 dalend tot 1 op de miljoen. Voor DNA virussen ligt dit lager: van 1 op de miljoen tot 1 op de 100 miljoen [10]. Dus RNA-virussen muteren gemiddeld 100 maal sneller dan DNA-virussen. Die mutatiefrequentie van RNA is dus in ieder geval verenigbaar met het voortbestaan van virussen. Of zelfs evolutionair voordelig. Dat RNA-virussen sneller evolueren dan DNA-virussen is niet zo verrassend, als je bedenkt dat RNA minder stabiel is dan DNA. Daar zijn biochemische redenen voor.

Oorsprong van het leven

In bepaalde opzichten kunnen RNA-virussen model staan voor het eerste leven zonder repair [12]. Volgens de RNA-world hypothesis was RNA de voorloper van DNA. Als dat klopt, dan moeten er toen kleine genomen, géén repair systemen en dus onnauwkeurige replicatie, en dus hoge mutatiefrequenties geweest zijn. Net zoals de huidige RNA-virussen. Dit zou moeten verklaren dat het leven zonder repair-systemen gestart zou kunnen zijn en pas langzamerhand, wanneer genomen groter werden, DNA-repair ontwikkeld heeft. Het klinkt logisch. Het lijkt zelfs noodzakelijk.
Het is een intrigerend gegeven dat kleine virussen géén en de grootste RNA virussen een simpel repair systeem hebben [13]. Dat suggereert dat repair al heel vroeg in de evolutie ontstaan moet zijn. Er worden gestaag vorderingen gemaakt met onderzoek naar zelf-replicerend RNA in vitro [14]. Een belangrijke en interessante herziening van de Eigen paradox leert dat de eerste RNA-genomen 7000 tot 8000 bases groot kunnen zijn [15]. Dat betekent 100 genen van 70 bases, of 70 genen van 100 bases. Dat is een grote stap in de goede richting. Het idee is dat niet persé de basenvolgorde van belang is maar de ruimtelijke structuur van het RNA (niet genotype maar fenotype), want die bepaalt de werkzaamheid. Dat geeft meer mogelijkheden.

Slordige reparatie

Je zou zeggen dat het repareren van DNA schade nauwkeurig moet zijn, anders vervang je de ene fout met de andere. Toch blijkt er slordige reparatie te zijn: error-prone reparatie. Het komt voor in bacteriën, maar de mens heeft er ook nog een paar in zijn bezit! [Error-prone polymerase]. Een erfenis uit het verre verleden? Dat suggereert dat de evolutie met slordige repair begonnen zou kunnen zijn. Onder het motto: beter iets dan niets.

In feite hebben Lindahl en Eigen het probleem van het ontstaan van het leven op scherp gesteld. Tot zover deze excursie in een voor mij nieuw gebied. Het echte onderzoek naar het ontstaan en de evolutie van DNA-repair moet m.i. nog beginnen. In ieder geval voor mij zelf.

Noten

1. Tomas Lindahl (1993) Instability and decay of the primary structure of DNA Nature 362, 709 - 715 (22 April 1993) 
2. "DNA is not a stable molecule, but slowly decays over time. For life to exist, as Lindahl first realised while working at the Karolinska Institute in Stockholm in the 1970s, there must be repair mechanisms that fight back against this process.", Daniel Cressey: 'DNA repair sleuths win chemistry Nobel', Nature, 07 October 2015. En dit citaat is ook aardig: "Before his work, “I don’t think anybody really considered the idea that DNA requires active engagement by a set of housekeeping processes to keep it in a stable state."
3. "Considering how much depends on the messages it bears, DNA is an alarmingly fragile molecule. It's vulnerable to UV light and mutagenic chemicals, as well as spontaneous decay. Life has survived through the ages because enzymes inside every cell ensure that DNA remains in proper working order. " "Biologists have long known that DNA wasn't rock solid. Blasts of xrays, for example, could cause mutations in cells. Yet most researchers believed that the molecule was inherently stable. After all, cancer and other genetic malfunctions are the exception, not the rule.". Erik Stokstad Science 16 Okt 2015
4. “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule without having sophisticated machinery to keep it in order,” Carell says. If these mistakes or damage don’t get fixed, they can lead to cancer or other diseases. “DNA repair is absolutely important to genome stability and of course to life.” Chemical & Engineering News 7 Oct 2015
5. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Diepergaande informatie: 'Scientific Background on the Nobel Prize in Chemistry 2015' (pdf) ook op de website.
6. Het handboek Molecular Biology of the Cell uit 1983 beschreef al DNA-repair! (p.214–220).
7. Human DNA Repair Genes (This table was last modified on Tuesday 15th April 2014). De totaal telling is van mij.
8. zie mijn vorige blog: Nobelprijs voor het repareren van DNA 8 okt 2015
9. John Maynard Smith (1999) The Origin of Life. p.35. Hij legt het kort en bondig uit. Mijn voorbeeld: vergelijk het genoom met een vliegtuig. Als een Boeing747 op 10 km hoogte vliegt en (bijv. door uitvallen van de motoren) 1 km per minuut daalt, dan kun je gegarandeerd binnen 10 min een crash verwachten. Evenzo crasht het genoom.
10. Graham Bell (2014) The Evolution of Life. p.36. (zie: google books)
11. Viral Mutation Rates, Journal of Virology, October 2010. Viral mutation rates.
12. RNA werd gesuggereerd door Ed Roos (AvL) auteur van Kanker, simpel uitgelegd.
13. Eugene Koonin: The Logic of Chance, p.276. Koonin behandelt de Eigen threshold op p.353.
14. Michael P. Robertson, Gerald F. Joyce (2014) Highly Efficient Self-Replicating RNA Enzymes, Chemistry & Biology, 20 February 2014
15. Adam Kun, Mauro Santos, Eörs Szathmáry (2005) Real ribozymes suggest a relaxed error threshold, Nature Genetics 37, 1008 - 1011 (2005). Deze auteurs bouwen voort op de Eigen paradox. Szathmáry is een bekend evolutionair geneticus.