28 October 2015

De Grote Bijbel Quiz 2015: poepen in een kuiltje in het zand. *Update 31 okt*

Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?

Vraag 48: "Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?"
Antwoord: "Poep buiten het kamp in een kuiltje".
Toelichting van de presentator Bert van Leeuwen: neem een tentstok mee en maak buiten het tentenkamp een kuiltje in het zand, doe hurkend je behoefte, en bedek het daarna met zand met behulp van de stok. 
Kennelijk was het nodig dat God ze dit moest vertellen! Alsof je het tegen kinderen of een stel barbaren zegt! Zoiets zeg je toch niet tegen volwassenen? Waren het van die viespeuken die gewoon waren in het tentenkamp te poepen totdat de stank ondragelijk werd? En daar moest hoognodig een einde aan gemaakt worden? Konden ze dat niet zelf bedenken? Of luisterden ze niet naar de profeet zodat God het tenslotte moest gebieden? [1].

Presentator Bert van Leeuwen voegt daar nog aan toe: "Wie zegt dat de Bijbel geen praktisch boek is!" Sorry, is dit een grap of moet dit voorbeeld werkelijk aantonen dat we praktisch bruikbare tips uit de Bijbel kunnen halen? Volgens theoloog Jacobine Geel is de Bijbel een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.  Moeten we aannemen dat ze dit als serieus voorbeeld bedoelt van hoe nuttig de Bijbel is voor de hedendaagse mens? Is grappen maken (Bert van Leeuwen) een manier om overduidelijk achterhaalde wijsheden in de bijbel te verdoezelen? Filosofische vraag: hoe onderscheid je wijsheden en onzin?

Door dit soort teksten besef je pas de kloof tussen ons –met onze moderne Westerse vlakspoelclosetpot en diepspoelclosetpot– en de volken die 2000 tot 3000 jaar geleden leefden. Ik herinner me tv beelden uit India waar mensen op het platteland nog steeds in de natuur poepen, bij gebrek aan toiletten [2]. Ook herinner ik me uit mijn jeugd mijn grote weerzin om op kampings in Frankrijk gehurkt te moeten poepen op een zgn. hurktoilet; niet meer dan een gat in de vloer. Primitief!

De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.

Voor-wetenschappelijk wereldbeeld

 

presentator Bert van Leeuwen
  • je kunt ziektes genezen door 7 maal te baden in de rivier de Jordaan
    (vraag 7) (geen commentaar)
  • Welke vogels mogen de Israelieten niet eten? (vraag 34). Antwoord: de vleermuis. Zegt de presentator: "een vleermuis is geen vogel, maar een zoogdier, maar dat wisten ze in de tijd van de Bijbel nog niet."!
  • Ze wisten ook niet dat slangen en ezels niet konden praten (geen commentaar)
  • een 'mysterieuze hand' schrijft een tekst op een muur (geen commentaar)
  • volgens Jacobine Geel is de Judaspenning een 'besmet plantje'. 
  • etc., etc., etc.
Door dit soort teksten besef je pas hoe groot de kloof is tussen ons wetenschappelijke wereldbeeld en het voor-wetenschappelijk wereldbeeld van die tijd. Als je bedenkt dat reinheidswetten, spijswetten en dergelijke op onjuiste aannames gebaseerd zijn, dan is dat een reden die wetten niet al te serieus te nemen. Maar daar hoor ik niets over. Ik zou zeggen: Jacobine, grijp je kans, iedereen is aan je lippen gekluisterd! Leg uit waarom ze op onwetenschappelijke inzichten gebaseerd zijn. Leg uit wat moderne inzichten zijn!


Fundering van de Moraal

Er zijn wijsheden in de Bijbel die ook nu nog aanbevelingswaard zijn zoals Naastenliefde. Jezus zegt daarover: "Wat je voor de minsten doet, doe je voor mij!" Volgens Jacobine Geel is dat de lakmoesproef voor de ethiek. Maar, waarom eigenlijk? Waar is het filosofische argument? [3]. Theoloog Taede Smedes meent dat je goede filosofische argumenten moet hebben voor morele principes, zoals vegetarisme [4]. Welnu, volgens Jacobine Geel volgde Daniël de spijswetten; hij leefde van 'groente en water'. Dus, moet iedere Christen vegetariër worden? Je kunt dat in ieder geval op de Bijbel baseren. Maar volgens Smedes zou dat geen argument zijn. Evenzo voor naastenliefde en de Tien Geboden. Zonder een goede filosofische fundering zijn naastenliefde en de Tien Geboden niet meer dan ongefundeerde meningen.

Postscript

"Kan een seculiere samenleving, die God grotendeels achter zich heeft gelaten, nog iets met ethisch-religieuze leefregels van eeuwen geleden? Dat vergt wel een vertaalslag, een overbrugging van een enorme historische kloof". Dit zijn niet mijn woorden! Ze komen van de theoloog Taede Smedes! [5] Wat een toeval!  Waarom zou een seculiere samenleving überhaupt geinteresseerd zijn in een 'vertaalslag' van 3000 jaar oude leefregels naar het heden? Het zou een enorm geforceerd resultaat opleveren. Hoe zou je de eerste drie/vier van de Tien Geboden seculier vertalen? De hele onderneming gaat er kennelijk vanuit dat de Tien Geboden een complete moraal bevatten. Bovendien: staat die 'vertaalslag' gelijk aan een filosofische fundering van de moraal? Zo niet, dan ben je nog niets opgeschoten!

Wat Jacobine Geel niet vertelde

[ 31 okt 15  15:33  ]
Ik heb de bijbel passage over vraag 7 er eens op nageslagen, en wat blijkt? Ná de genezing doet de profeet Elisa nog iets anders: hij geeft melaatsheid als straf aan zijn bediende [6]. Dat je iemand straft: OK, maar met melaatsheid?
Als Jacobine een eerlijk beeld van de Bijbel wil geven, dan behoort ze niet alleen de genezing te vertellen, maar óók dat Elisa melaatsheid als straf uitdeelde.
De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd?
Een Bijbel Quiz op tv suggereert dat bijbelkennis belangrijk is, maar het is vast niet de beste manier om de Bijbel te verdedigen. Maar is iemand in staat de waarde van de Bijbel te verdedigen zonder uitsluitend de krenten uit de pap te halen en de rest te negeren?

Vorig blog over dit onderwerp

Maarten t Hart. Het Christendom is onbijbels 15 juni 2015 

Noten

  1. Hoe veegden ze hun kont af? Met hun vingers? Of deden ze dat helemaal niet? Er zal niet veel water geweest zijn in een woestijn. Anders hadden ze in een riviertje kunnen poepen. En handen wassen zal ook wel niet mogelijk zijn geweest. Het drinkwater dat je hebt zal je niet verspillen aan handen wassen. Onhygiënische toestanden. Hoe zat het met besmettelijke ziekten? Aan de andere kant: het voordeel van een woestijnklimaat is de hitte en droogte waardoor een drol snel zal uitdrogen
  2. Why do millions of Indians defecate in the open? Volgens de WHO doen een 500 miljoen mensen in India het buiten.
  3. God geeft één maal een argument voor het goed behandelen van vreemdelingen, het volk was zelf vluchteling geweest. Is dat een goed argument?
  4. Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking).
  5. Taede Smedes: Hans Achterhuis en Maarten van Buuren over de relevantie van de tien geboden (boekbespreking) 28 oktober 2015.
  6. Elisa zegt (27) "Naaman’s leprosy will cling to you and to your descendants forever.” Then Gehazi went from Elisha’s presence and his skin was leprous—it had become as white as snow." (2 Kings 5 20-27). Nota bene: al zijn nakomelingen krijgen ook melaatsheid toebedeeld! Boeten voor de wandaden van je vader. Gruwelijk. Onrechtvaardig.

26 October 2015

Jacobine Geel spreekt met filosoof en bioloog Matthijs Schouten

Filosoof/bioloog Matthijs Schouten
Zaterdag 24 okt 2015 sprak theoloog Jacobine Geel met filosoof en bioloog Matthijs Schouten in het tv programma Schepper & Co (Een beter milieu begint bij jezelf).
Een programma dat je moet zien o.a. omdat een theoloog zich openlijk uitspreekt voor het milieu en het klimaat en zelfs aan het eind oproept om 1 dag geen vlees te eten. Ook toonde ze beelden van 'milieupilgrimages' georganiseerd door de kerken om te onderstrepen dat de kerken goed zijn voor het milieu [1].
En omdat Matthijs Schouten een interessant figuur is. Hij merkte op dat in de christelijke traditie de natuur ons gegeven was als gebruiksgoed en de mens de natuur moest bedwingen, onderwerpen. Gebaseerd op de Bijbel. Maar toch heeft hij geen hard oordeel over het christendom. Tenminste in deze uitzending.  Hij heeft wel kritiek op het christendom, maar hij zegt het allemaal op een vriendelijke, gematigde manier. Hij zegt veel interessante dingen over de relatie christendom en de natuur. Hij is positief over de huidige paus. Hij heeft sympathie voor het boeddhisme vanwege de inherent natuurvriendelijke houding.

Enige opvallende uitspraken van Matthijs Schouten:
  • "Als God ons de dieren heeft gegeven als voedsel had hij ze ook wel zo kunnen scheppen dat ze geen pijn konden lijden."
  • In zijn jeugd verdedigden jagers hun jachtpartijen met: "God heeft ons de dieren gegeven".
  • Uit zijn katholieke schooljaren: "De eerste leefregel van het Boeddhisme is niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden." (dat heeft grote invloed op zijn denken gehad).
  • "Ik eet geen vlees".
  • "Ik heb geen auto, ik ga met het openbaar vervoer."
  • "ik heb me nooit voortgeplant".
  • "Als we in Nederland 1 dag geen vlees eten halen we die dag 1 miljoen auto's van de weg."
  • Advies voor iedere Nederlander: eet 1 dag geen vlees (om te beginnen).
Een wijsheid om te onthouden en toe te passen: "niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden". Wie is het daar niet mee eens? Hoeveel filosofische fundering heb je daar voor nodig? Moet zoiets filosofisch bewezen worden voordat je het in de praktijk brengt? [2]. Naar analogie: hoe bewijs je dat naastenliefde goed is? Hoeveel bewijs heb je daar voor nodig?

Noten

  1. Ze wist zelfs van het Volkswagen schandaal (waarover ik geblogd heb).
  2. Naar aanleiding van het blog van de theoloog Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking). In scherpe, harde bewoordingen wordt Floris verweten dat hij geen filosofische argumenten geeft voor zijn milieuvriendelijke meningen. Filosoof Riemersma valt Smedes bij: meningen zijn geen argumenten! Ik vraag me af: zou de theoloog goede filosofische argumenten hebben om zijn vrouw en kinderen lief te hebben? Moet je een filosofische fundering hebben om een positieve houding t.a.v. dieren te hebben? Vraagje: hebben theologen of filosofen ooit een filosofische fundering voor de Tien Geboden gegeven?

21 October 2015

Geen leven zonder DNA-repair. De Lindahl paradox en de Eigen paradox

Nobelprijswinnaar Tomas Lindahl
Een bepaald type DNA schade komt voor in een frequentie van 1 op 10,000 bases per dag. Als je dat omrekent naar het menselijke genoom kom je op 300.000 foute bases per dag! Dit soort gegevens zijn de basis voor wat Lindahl zelf 22 jaar geleden beschreef in een artikel in Nature:
Instability and decay of the primary structure of DNA  [1].
(de instabiliteit en verval van de primaire structuur van DNA). Naar aanleiding van de Nobelprijs zien we de echo van deze subversieve kijk op DNA: 'alarmingly fragile molecule'  in Nature [2] en Science [3]). Een andere bron schrijft het op niet mis te verstane wijze: “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule" [4]. Het leven kan onmogelijk op zo'n kwetsbaar molecuul gebaseerd zijn. De Nobelprijs commissie schrijft zelfs: "a DNA molecule is inherently unstable". DNA is uit zichzelf onstabiel, dus niet door externe factoren. Dit is –vrij vertaald– de beschrijving door de Nobel commissie:

De stabiliteit van DNA is onder normale fysiologische omstandigheden zo laag dat het de evolutie van het leven op aarde onmogelijk zou moeten maken. Anders gezegd: niet verenigbaar met het leven zoals wij dat kennen. Desondanks is er complex leven op deze planeet ontstaan. Hoe kan dat? [5]

DNA schade
Dit heb ik de 'Lindahl paradox' genoemd, hoewel ik nog niet heb kunnen ontdekken of Lindahl zich met het ontstaan en evolutie van repair heeft beziggehouden.

In dit blog beschrijf ik de oplossing voor de eerste paradox en voeg ik er zelf een tweede paradox aan toe. En ik doe tenslotte een poging deze op te lossen.

Oplossing: repair

De paradox was voor Lindahl aanleiding om te zoeken naar en de ontdekking van mechanismes waarmee cellen de schade aan DNA herstellen. Dat was een revolutionaire gedachte voor de 70-er jaren [6]. Die 300.000 foute bases per dag worden vrijwel volledig hersteld. De overblijvende schade noemen we mutaties. DNA-repair is een complex systeem. We weten nu dat de mens 178 DNA-repair genen heeft [7]. Het wetenschappelijk-medisch belang van DNA-repair is alleen maar toegenomen. Defecten in DNA-repair zijn betrokken bij erfelijke ziektes, veroudering en kanker.

— Op Kennislink.nl leest U een prachtig verhaal over wat DNA-repair nu precies inhoudt.

De tweede paradox

Het leuke is dat iedereen om het hardst roept dat DNA een fragiel molecuul is, maar niemand realiseert zich dat dit serieuze consequenties heeft voor de oorsprong en evolutie van het leven. Immers, als DNA zó instabiel is dat er een hele batterij DNA-repair enzymen nodig zijn om betrouwbare erfelijkheid mogelijk te maken, dan heeft het leven een moeiijke, zo niet onmogelijke start. Lindahl heeft zich die vraag niet gesteld. Hij was geen evolutiebioloog. Maar zelfs in evolutiehandboeken wordt de vraag naar de oorsprong en evolutie van repair-mechanismes niet gesteld, laat staan dat geschetst wordt hoe die evolutie is verlopen.


Eigen paradox


Nobelprijswinnaar Manfred Eigen
Na mijn vorige blog
[8] schoot me te binnen dat mijn eigen paradox, de tweede, die ik in mijn eigen woorden omschreven had, bekend staat als: de Eigen paradox. Die paradox was al in 1971 beschreven door de Nobelprijs winnaar Manfred Eigen. Daarin stelt Eigen dat er een maximum grootte bestaat voor ieder genoom waarboven copieerfouten de informatie in het genoom onvermijdelijk in de loop der generatie's zullen eroderen. De soort sterft uit. De maximum grootte wordt begrensd door de frequentie waarmee copieer fouten gemaakt worden. De maximum grootte stelde Eigen op ongeveer honderd bases. De paradox bestaat hieruit: zelfs de meest eenvoudige levensvormen hebben veel grotere genomen dan 100 bases. Een groter genoom is alleen mogelijk met hogere replicatie nauwkeurigheid.
Ter illustratie: als er een replicatiefout is van 1 op de 100, dan kan het DNA maximaal 100 bases lang zijn; als de replicatiefout 1 op 1000 is kan het DNA maximaal 1000 bases lang zijn [9].


replicatie fout:  nauwkeurigheid:   maximaal genoom:
1 op de 100 99%   100 bases 
1 op de 1000  99,9%    1000 bases 

Dus: zodra de kans 100% is dat er tenminste 1 copieerfout zal optreden, zal er geen exacte copie geproduceerd kunnen worden. Er is tenminste 1 correctie copie nodig om mee verder te gaan.
Eigen heeft zijn paradox geformuleerd in een tijd dat DNA-repair enzymen nog (net) niet bekend waren. Dat maakt niet uit, want de wetmatigheid geldt met wiskundige zekerheid voor ieder informatie systeem met copieer fouten. Eigen beschreef de netto replicatie nauwkeurigheid. Tegenwoordig weten we dat de uiteindelijke mutatiefrequentie de som is van replicatie-nauwkeurigheid en DNA-repair. 
Het grappige is dat Lindahl niet wist van de relatie kopieerfouten en maximale genoomgrootte en Eigen wist niet van het bestaan van DNA-repair-enzymen. Maar als je Lindahl en Eigen optelt krijg je een interessant evolutionair probleem.

Evolutie van repair systemen?

Evolutie is een proces van geleidelijke stapsgewijze verandering. Is er een geleidelijke evolutie van simpele naar complexe repair systemen mogelijk? In theorie zou dat kunnen: hoe beter de repair, hoe groter het genoom kan zijn. Je kunt dus de vraag stellen: komen er geen repair systemen voor in virussen? is er een elementair systeem in bacterieën? En is het meest complexe repair systeem in (hogere) planten en dieren? Ik doe hier een eerste poging om wat elementaire feiten boven water te krijgen. De evolutie handboeken, wikipedia en de literatuur helpen me niet echt. Integendeel: één auteur [10] maakt het helemaal bont. Hij zegt dat er géén speciale verklaring nodig is, want mutaties gebeuren onvermijdelijk in een bepaalde frequentie die afhangt van de tijd en energie die gestopt wordt aan het corrigeren van fouten! Ja, dank je de koekoek! De vraag is natuurlijk: als ze allemaal hetzelfde DNA molecuul hebben, waarom stoppen organismes verschillende hoeveelheden tijd en energie in DNA-repair? Is DNA-repair een aanpassing of noodzaak? En is het verband met genoomgrootte aantoonbaar?

RNA-world

Het is bekend dat RNA chemisch minder stabiel is dan DNA. RNA-virussen hebben kleine genomen, gemiddeld zo'n 10.000 bases die coderen voor slechts een handvol genen. Kleinere genomen vereisen een minder nauwkeurige replicatie mechanisme dan grotere. Bijvoorbeeld: heb je 1 gemuteerde base op de 1.000 bases, dan is dat nog geen ramp voor genomen tot 1.000 bases, maar een organisme met een genoom van 1 miljoen bases zou dan na 1 replicatie ronde 1.000 mutaties hebben en dat zal zeer waarschijnlijk niet levensvatbaar meer zijn. En inderdaad, RNA-virussen hebben de hoogste mutatiefrequenties. Bijvoorbeeld: het griepvirus heeft een mutatiefrequentie in de range van 1 op de 10.000 dalend tot 1 op de miljoen. Voor DNA virussen ligt dit lager: van 1 op de miljoen tot 1 op de 100 miljoen [10]. Dus RNA-virussen muteren gemiddeld 100 maal sneller dan DNA-virussen. Die mutatiefrequentie van RNA is dus in ieder geval verenigbaar met het voortbestaan van virussen. Of zelfs evolutionair voordelig. Dat RNA-virussen sneller evolueren dan DNA-virussen is niet zo verrassend, als je bedenkt dat RNA minder stabiel is dan DNA. Daar zijn biochemische redenen voor.

Oorsprong van het leven

In bepaalde opzichten kunnen RNA-virussen model staan voor het eerste leven zonder repair [12]. Volgens de RNA-world hypothesis was RNA de voorloper van DNA. Als dat klopt, dan moeten er toen kleine genomen, géén repair systemen en dus onnauwkeurige replicatie, en dus hoge mutatiefrequenties geweest zijn. Net zoals de huidige RNA-virussen. Dit zou moeten verklaren dat het leven zonder repair-systemen gestart zou kunnen zijn en pas langzamerhand, wanneer genomen groter werden, DNA-repair ontwikkeld heeft. Het klinkt logisch. Het lijkt zelfs noodzakelijk.
Het is een intrigerend gegeven dat kleine virussen géén en de grootste RNA virussen een simpel repair systeem hebben [13]. Dat suggereert dat repair al heel vroeg in de evolutie ontstaan moet zijn. Er worden gestaag vorderingen gemaakt met onderzoek naar zelf-replicerend RNA in vitro [14]. Een belangrijke en interessante herziening van de Eigen paradox leert dat de eerste RNA-genomen 7000 tot 8000 bases groot kunnen zijn [15]. Dat betekent 100 genen van 70 bases, of 70 genen van 100 bases. Dat is een grote stap in de goede richting. Het idee is dat niet persé de basevolgorde van belang is maar de ruimtelijke structuur van het RNA (niet genotype maar fenotype), w
ant die bepaalt de werkzaamheid. Dat geeft meer mogelijkheden.


Slordige reparatie

Je zou zeggen dat het repareren van DNA schade nauwkeurig moet zijn, anders vervang je de ene fout met de andere. Toch blijkt er slordige reparatie te zijn: error-prone reparatie. Het komt voor in bacterieën, maar de mens heeft er ook nog een paar in zijn bezit! [Error-prone polymerase]. Een erfenis uit het verre verleden? Dat suggereert dat de evolutie met slordige repair begonnen zou kunnen zijn. Onder het motto: beter iets dan niets.

In feite hebben Lindahl en Eigen het probleem van het ontstaan van het leven op scherp gesteld. Tot zover deze excursie in een voor mij nieuw gebied. Het echte onderzoek naar het ontstaan en de evolutie van DNA-repair moet m.i. nog beginnen. In ieder geval voor mij zelf.



Noten


  1. Tomas Lindahl (1993) Instability and decay of the primary structure of DNA Nature 362, 709 - 715 (22 April 1993) 
  2. "DNA is not a stable molecule, but slowly decays over time. For life to exist, as Lindahl first realised while working at the Karolinska Institute in Stockholm in the 1970s, there must be repair mechanisms that fight back against this process.", Daniel Cressey: 'DNA repair sleuths win chemistry Nobel', Nature, 07 October 2015. En dit citaat is ook aardig: "Before his work, “I don’t think anybody really considered the idea that DNA requires active engagement by a set of housekeeping processes to keep it in a stable state."
  3. "Considering how much depends on the messages it bears, DNA is an alarmingly fragile molecule. It's vulnerable to UV light and mutagenic chemicals, as well as spontaneous decay. Life has survived through the ages because enzymes inside every cell ensure that DNA remains in proper working order. " "Biologists have long known that DNA wasn't rock solid. Blasts of xrays, for example, could cause mutations in cells. Yet most researchers believed that the molecule was inherently stable. After all, cancer and other genetic malfunctions are the exception, not the rule.". Erik Stokstad Science 16 Okt 2015
  4. “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule without having sophisticated machinery to keep it in order,” Carell says. If these mistakes or damage don’t get fixed, they can lead to cancer or other diseases. “DNA repair is absolutely important to genome stability and of course to life.” Chemical & Engineering News 7 Oct 2015
  5. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Diepergaande informatie: 'Scientific Background on the Nobel Prize in Chemistry 2015' (pdf) ook op de website.
  6. Het handboek Molecular Biology of the Cell uit 1983 beschreef al DNA-repair! (p.214–220).
  7. Human DNA Repair Genes (This table was last modified on Tuesday 15th April 2014). De totaal telling is van mij.
  8. zie mijn vorige blog: Nobelprijs voor het repareren van DNA 8 okt 2015
  9. John Maynard Smith (1999) The Origin of Life. p.35. Hij legt het kort en bondig uit. Mijn voorbeeld: vergelijk het genoom met een vliegtuig. Als een Boeing747 op 10 km hoogte vliegt en (bijv. door uitvallen van de motoren) 1 km per minuut daalt, dan kun je gegarandeerd binnen 10 min een crash verwachten. Evenzo crasht het genoom.
  10. Graham Bell (2014) The Evolution of Life. p.36. (zie: google books)
  11. Viral Mutation Rates, Journal of Virology, October 2010. Viral mutation rates.
  12. RNA werd gesuggereerd door Ed Roos (AvL) auteur van Kanker, simpel uitgelegd.
  13. Eugene Koonin: The Logic of Chance, p.276. Koonin behandelt de Eigen threshold op p.353.
  14. Michael P. Robertson, Gerald F. Joyce (2014) Highly Efficient Self-Replicating RNA Enzymes, Chemistry & Biology, 20 February 2014
  15. Adam Kun, Mauro Santos, Eörs Szathmáry (2005) Real ribozymes suggest a relaxed error threshold, Nature Genetics 37, 1008 - 1011 (2005). Deze auteurs bouwen voort op de Eigen paradox. Szathmáry is een bekend evolutionair geneticus.

14 October 2015

Vincent Icke: als je het bedacht hebt, dan is het er

 
Prof. dr. Vincent Icke in DWDD (12 sec):

"Wiskunde is iets heel bijzonders. Iets anders dan natuurkunde. Wiskunde is zoiets als poëzie. Als je het bedacht hebt, dan is het er. Dus als je een getal wilt waarvan het kwadraat negatief is ...klik...  het is er, want je hebt het bedacht."

...klik...  het is er!
Prof. dr. Vincent Icke Als je het bedacht hebt, dan is het er! en maakt daarbij een klikgeluid met zijn vingers. Ja, natuurlijk, de hele wiskunde is bedacht, de getallen, alle wiskundige bewijzen. Maar: bestaan getallen? Als je het bedacht hebt, dan is het er. Ze bestaan omdat wij ze bedacht hebben. Ze bestaan in ons hoofd. Als je ze opschrijft, bestaan ze op papier.

De hele wiskunde is bedacht en dat is een groot verschil met de natuurwetenschap. Getallen bedenk je. Concepten als 'zoogdier', 'DNA', 'planeet', 'Uranium' zijn door mensen bedacht, maar verwijzen naar dingen in de werkelijkheid. Je kunt ze observeren. Ze blijven bestaan als de mensheid is uitgestorven.

Theologie is ook zoiets als wiskunde of als poëzie. De theoloog Harry Kuitert [1] had een soortgelijke opvatting over God:  
"Alle spreken over boven komt van beneden, ook het spreken dat beweert van boven te komen."
Dus: God is ook een menselijk bedenksel. Net als een getal. De godsdienstfilosoof Jan Riemersma heeft een soortgelijke opvatting van God. Hij lijkt Kuitert eerst te accepteren, maar ontkent het daarna weer:
"Alhoewel wij God zelf bedacht hebben, komt hij toch van boven! " [3].
Dat kan niet. Als je iets bedacht hebt, komt het uit je hoofd. De analogie tussen wiskunde en theologie gaat nog verder. Net zoals je getallen met vreemde eingenschappen kunt bedenken, zo kun je God ook alle mogelijke en onmogelijke eigenschappen toedichten. Riemersma schreef:
"Als alles wat je kunt bedenken meetelt, dan mag je een transcendente God [dus] altijd uitbreiden met de eigenschappen die je op de tekentafel bedacht had!" [2]
Natuurlijk mag dat! Alles mag! En dat is precies wat mensen doen. Je kunt van God een afbeelding / cartoon maken of juist verbieden om er een afbeelding / cartoon van te maken. Of er een essay, column, blog, gedicht, boek of toneelstuk over schrijven. Of films, tv-programma's, documentaires, vocale en instrumentale muziek, tweets, websites, psalmen en gezangen, een musical over maken. Of je bouwt een openluchtmuseum, kerk, kapel, klooster, moskee, synagoge, tempel, altaar of schaalmodel van de ark. Of je maakt speciale feestdagen ter ere van God. Je kunt God vele verschillende namen geven. Je kunt god met een hoofdletter schrijven. Je kunt bidden tot God. Je kunt God op de rand van de Euro zetten. Of je schildert een bijbeltekst op het dak van je schuur. Je kunt er een verplichte staatsgodsdienst van maken. Je kunt bij wet verbieden om God te beledigen. Je kunt mensen verplichten er in te geloven. En mensen die weigeren er in te geloven gevangenzetten of vermoorden. Tenslotte kun je ook nog wetenschappelijk bestuderen wat mensen in de loop er eeuwen allemaal gedaan hebben met, en gezegd hebben over 'God'. En over dat alles maak je een opleiding (theologie). Klik! Als je het bedacht hebt, dan is het er.
 

Noten

  1. Harry Kuitert (wikipedia)
  2. Alles van Beneden is van Boven ( theologie in Jip en Janneke taal, voor A. )
    maandag 27 februari 2012

12 October 2015

Is dit een Goudvliesbundelzwam?

Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015

Ik ben geen paddestoelenexpert. Maar ik vond hem té mooi, om niet te fotograferen. Ik heb hem opgezocht in De Grote Paddenstoelengids voor onderweg van Ewald Gerhardt (Tirion Natuur/Natuurmonumenten) en vond hem wel erg lijken op de Goudvliesbundelzwam. De gids werkt met foto's en de betreffende foto komt goed overeen met mijn exemplaar. Voorkomen: "Sep-Nov; op levende en dode loofbomen, vooral op beuken, in bundels groeiend" (klopt). Maar zeker weten doe ik het niet. Is de gevorderde mycoloog het met mij eens?


Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015

Ik ben ook geen Neerlandicus, ik schrijf automatisch 'paddestoelen', maar de titel van het boek is 'paddenstoelen'. Is dit een stoel voor padden? Nooit gezien!

08 October 2015

Nobelprijs voor het repareren van DNA

De Nobelprijs Chemie 2015 is gegaan naar een drietal pioniers op het gebied van DNA reparatie ('DNA-repair'). 

Wat me opviel was de aanleiding voor één van de pioniers, Tomas Lindahl, om te gaan zoeken naar manieren waarop de cel DNA repareert:
"In the early 1970s, scientists believed that DNA was an extremely stable molecule, but Tomas Lindahl demonstrated that DNA decays at a rate that ought to have made the development of life on Earth impossible. This insight led him to discover a molecular machinery, base excision repair, which constantly counteracts the collapse of our DNA." [1]
DNA zou vergaan in een tempo dat evolutie onmogelijk zou maken! De instabiliteit van DNA zou incompatibel zijn met complex leven? Hoe kwamen wetenschappers er überhaupt bij om DNA een extreem stabiel molecuul te noemen? Waarneming of aanname? Had het te maken met de euforie die ontstond in 1953 toen Watson en Crick de structuur van DNA vonden? DNA was het perfecte erfelijkheidsmolecuul? De perfecte base-paring maakte DNA stabiel? Of was het kennelijk stabiel omdat al het leven op aarde DNA gebruikt als erfelijkheidsmolecuul? Evolutie zou geen instabiel molecuul 'gekozen' hebben? Anders zou evolutie het geen 3 miljard jaar volgehouden hebben? Anders zou evolutie nooit complexe wezens als de mens voortgebracht kunnen hebben? Misschien. Ik weet het niet. 
Of kwam het omdat wetenschappers dachten dat alleen externe factoren als straling DNA konden beschadigen? en dat er geen endogene factoren bestonden die DNA zouden kunnen beschadigen? DNA zou nooit vanzelf degraderen?

paradigma shift
Kersverse Nobelprijswinnaar Tomas Lindahl was de eerste die metingen heeft gedaan naar de stabiliteit van DNA onder natuurlijke, fysiologische omstandigheden. En hij deed schokkende ontdekkingen. DNA was helemaal niet stabiel! [4]. DNA was slechts schijnbaar stabiel. Achter de schermen, 'in het geniep', worden er duizenden reparaties per cel per dag uitgevoerd om DNA intact te houden [2], [3], [5]. Dat was een paradigma shift in het denken over DNA.
'Reparatie': is dat niet een al te menselijk idee? Mensen repareren wasmachines en auto's, maar de natuur zit toch niet zo in elkaar? En hoe weet een cel eigenlijk wat en hoe hij moet repareren? Trouwens: DNA was toch 'the master molecule of life'? Is er iets buiten het DNA dat DNA repareert? Of repareert DNA zichzelf?

Evolutie
Het zit het met de evolutie van DNA-repair systemen? Zijn ze complexer bij zoogdieren dan bij simpele bacteriën? Kunnen bacteriën met simpele repair systemen leven omdat ze kleinere genomen hebben?

Paradox
En hoe zit het met het onstaan van het leven? Als zelfs eencelligen DNA-repair systemen nodig hebben omdat DNA inherent instabiel is, dan ontstaat er een probleem voor het ontstaan van het leven. DNA-repair systemen zijn enzymen. Enzymen zijn eiwitten. Eiwitten worden gespecificeerd door DNA. Eiwitten zijn te complex om toevallig te ontstaan. Ze moeten door DNA gespecificeerd worden. Het DNA dat ze zelf moeten onderhouden. Paradox: je hebt complexe eiwitten nodig om DNA een betrouwbaar erfelijkheidsmolecuul te maken. Maar doordat de code voor die eiwitten opgeslagen moet worden in DNA wordt het DNA langer. En wordt de kans groter dat er ergens mutaties ontstaan. En als die mutaties ontstaan in het DNA dat codeert voor reparatie enzymen, dan kan DNA niet meer gerepareerd worden. En als er niet meer gerepareerd kan worden is het afgelopen met op DNA-gebaseerd leven. Kip en ei probleem. Een start van het eerste leven met een groot genoom (lang DNA) zonder repair-systemen lijkt niet mogelijk. Een start met een klein genoom zonder repair-systeem is denkbaar, maar zou nooit kunnen uitgroeien tot een groot complex genoom met veel DNA. Kip en ei.

Allemaal problemen, die opgelost moeten worden. Maar voordat ik antwoorden heb, zijn de Nobelprijzen 2015 al lang geen nieuws meer...

Conclusie
[9 okt 15] 
DNA valt van het voetstuk waar Watson & Crick het op gezet hebben. Tomas Lindahl heeft laten zien dat DNA chemisch instabiel is (hoewel het stabieler is dan RNA). Dat ligt aan de 'gekozen' bouwstenen, voornamelijk de bases A,T,C,G. Aan de andere kant heeft hij ook laten zien (en daar kreeg hij de Nobelprijs voor): ondanks die instabiliteit is datzelfde DNA in staat door middel van reparatie-enzymen een veel hogere betrouwbaarheid te bereiken. Als je er over nadenkt is dat nog het meest wonderlijke: feilbaar DNA weet zichzelf op te tillen boven zijn eigen feilbaarheid zonder hulp van buiten. Want het slaat al die extra informatie zelf op. Het kost extra opslagruimte en energie. Die energie kan DNA zelf niet leveren. Die komt van de cel. Een fraai stukje samenwerking.

Vorige blogs over stabiliteit DNA:

Literatuur

  1. Eugene V Koonin: DNA Repair: Evolution, Published Online: 15 SEP 2006 (geeft een overzicht van de evolutie van repair systemen door de beroemde genoom onderzoeker Koonin).

Noten

  1. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Lees verder: Popular Information (pdf) (een goed leesbaar stuk, geeft de feiten zonder al die filosofische bespiegelingen)
  2. In Escherichia coli, MMR increases the accuracy of DNA replication by 20–400-fold. ...  The MMR system improves the fidelity of DNA synthesis by 100-1000 fold. Overzicht op deze pagina: DNA stability
  3. Een goed overzicht van endogene DNA schade geeft het wiki artikel DNA damage (naturally occurring). Ook hier wordt benadrukt: "DNA damages are a major problem for life!"
  4. Als je er op let vind je dit overal terug: "Researchers have managed to clarify how DNA-damage signaling works. The DNA molecule is chemically unstable giving rise to DNA lesions, which is why DNA damage detection, signaling and repair, collectively known as the DNA damage response, are needed." How the DNA alarm-system works. (March 30, 2015). "DNA is constantly exposed to damaging threats coming from oxidative stress, i.e., from the presence of free radicals and reactive oxygen species." (PubMed)
  5. "Svetlana V. Khoronenkova mentioned that about 15 to 20 thousand endogenous DNA single-strand breaks form per day. On the other hand, only 10-20 DNA double-strand breaks are formed during this period" (bron: 4)

05 October 2015

Greenpeace waarschuwde al in 2011 voor 'The Dark Side of Volkswagen'

Greenpeace publiceerde al in 2011 een diepgravende en kritische analyse van het Volkswagen concern. Dat was dus nog vóór het grote Volkswagenschandaal in september 2015. Het rapport The Dark Side of Volkswagen [1] is een gedegen studie. Het onthult dat Volkswagen jarenlang een groen imago naar buiten bracht, maar achter de schermen het tegenovergestelde deed. 
Waarom nam Greenpeace juist Volkswagen onder de loep? Simpel omdat het toen –op Toyota– na de grootste autofabrikant ter wereld was en dat daarom de CO2 uitstoot van hun wagenpark een grote impact heeft op het klimaat. Als Volkswagen betaalbare schone en zuinige auto's zou produceren zou dat dus een grote klimaatwinst opleveren.

VW: 100km op 1 liter diesel!? wiki
Een voorbeeld uit het rapport hoe Volkswagen te werk ging. Op autoshows werden met veel publiciteit superzuinige prototypes gepresenteerd: het onvoorstelbare 100 km op 1 liter diesel. Maar die kwamen óf niet op de markt óf werden in een oplage van niet meer dan 250 exemplaren geproduceerd en waren bovendien onbetaalbaar. Het is zelfs nog erger dan Greenpeace beschrijft: toen er bij voorintekening van de Volkswagen 1-litre car te veel (!) belangstellenden inschreven, heeft Volkswagen in plaats van méér auto's te produceren, een loting onder de intekenaars ingesteld! Onvoorstelbaar: potentiële kopers die bereid waren de ongekend hoge prijs van €111.000 te betalen, kregen nul op het rekest.

Uit dit soort voorbeelden blijkt duidelijk dat Volkwagen de technische know-how in huis had, maar het op de één of andere manier niet kon en wilde inbouwen in de massaproductie. Het is dus niet zo wat Ruud Koornstra, voorvechter van elektrisch rijden, in Trouw [2] beweerd dat "Met eerlijke zaken doen konden de automakers de duurzame concurrentie niet meer achter zich houden". Nee, want Volkswagen produceert elektrische auto's zoals de E-Up! en Volkswagen E-Golf plus nog 3 hybrides. Helaas zijn 4 van deze 5 modellen duurder dan de Toyota Prius Plug-in die opzich al behoorlijk duur is [3]). En duurder betekent nu eenmaal minder verkocht.

Het merkwaardige is dat Greenpeace op haar website niet meer terugkomt op haar nog geen 4 jaar oude Volkswagen studie. Alsof ze het zelf vergeten zijn. Niets over het huidige Volkswagen schandaal.

Volgens mij is er wel een verklaring voor het paradoxale anti-klimaat beleid en anti-zuinige auto beleid, het 'fossiele denken', van Volkswagen. Er staat een hint in het Greenpeace rapport: haar banden met Qatar Petroleum [4,5,6]. Qatar is een olie-staat. Hoe kun je onafhankelijk blijven als je gedeeltelijk eigendom bent van de olie-industrie? Dan ga je geen betaalbare zuinige auto's produceren, want die consumeren te weinig fossiele brandstoffen.

Postscript

Ingezonden brief in Nature 8 okt :
Alastair C. Lewis, David C. Carslaw, Frank J. Kelly: Vehicle emissions: Diesel pollution long under-reported.


Postscript 1 Nov 2015

Er zijn behalve Volkswagen nog 3 merken betrokken bij het schandaal:
  • Audi admits 2.1 million of its cars used the 'cheat-mode' software
  • 700,000 Seats included, 
  • 1.2m Skodas, 
  • 1.8m VW vans.
  • VW says 5 million of its cars worldwide use the EA189 diesel engine
(bron)

The issue was initially confined to the EA189 2.0-litre turbodiesel engine, but it's since been confirmed that 1.2 and 1.6-litre diesel engines are affected, too. (bron)

Noten
  1. Greenpeace: The Dark Side of Volkswagen June 2011
  2. Ruud Koornstra: 'Met een elektrische auto lach je iedereen uit'. Trouw zaterdag 3 Oktober 2015
  3. ANWB: Alle elektrische auto's op een rij
  4. Qatar Holding owns 12.3 % of the Volkswagen AG and has 17% of voting rights in the board. The company is a ‘fully owned affiliate of Qatar Petroleum. (Greenpeace rapport)
  5. Qatar Holding said ‘the state is set to take a seat on its supervisory
    board, underlining the more active role Gulf states are playing in the German auto industry.’ ArabianBusiness.com, ‘Qatar becomes major shareholder in Volkswagen - Energy,’ (Greenpeace rapport)
  6. Qatar becomes major shareholder in Volkswagen 19 December 2009