02 August 2025

Senapathy algorithm undermines his own theory of independent birth of organisms in the primordial pond

In his Wikipedia article Periannan Senapathy, paragraph 'Origin of split genes from random DNA sequences', he explains why eukaryotic genes have a split structure or an exon - intron structure. His explanation is: genes and genomes with this structure originated from random DNA sequences in the Primordial Pond. 

The structure of a split gene: exon-intron
Exons (blue) are the protein coding parts of a gene,
introns are the non-coding parts which are removed,
the combined exons produce the protein

The problem with this explanation is: if a hypothetical gene has a random sequence than everything from begin to end is random, including the supposed 'exon-intron' boundaries. Since a gene is a continuous sequence of the bases A, T, C, G, how do you know where an exon ends and an intron starts? Introns have to be recognized somehow in order to get removed. In all animals and plants with split genes (eukaryotes) recognition is achieved by special splice site recognition sequences which are located at the beginning and end of each intron. In fact those sites define introns. And by implication they define beginning and end of exons too (see illustration). Without those special sites, exons and introns cannot be distinguished. In Senapathy's scenario of independent birth of all plants and animals, both exons and introns are by definition random sequences anyway. My point is that these boundaries are specific and therefore non-random [1], [2]. Consequently, there is no way that these non-random splice sites occur in random DNA. Impossible. 

Think about this: human genes contain on average 8 introns, that is 16 splice sites per gene. Since humans have about 25,000 genes, there are about 400,000 splice sites. A few could occur by chance, but not 400,000. 

My argument can be summarized in one sentence: 

  • Either a sequence is random, and then there can be no well-defined splice recognition sites, and thus no exons and introns 
  • or there are splice recognition sites, and exons and introns, but then the sequence is not random any more. [3]

I discovered additional evidence in Senapathy (1987) [2]: 

"A sequence of eight nucleotides is highly conserved at the boundary between an exon and an intron (...) The boundary between an intron and an exon also exhibits a highly conserved sequence of 4 nucleotides, preceded by a pyrimidine-rich region." 

So, he knows that these are non-random sequences. The rest could have been random, but not those specific sequences. He should have concluded that the exon-intron structure of eukaryotic genes cannot arise from random DNA. The same holds for genomes. And the same holds for the organisms themselves. The inescapable and final conclusion is that the origin of eukaryotes (all plants and animals) cannot be explained by random DNA. Sorry, there is no escape from this conclusion. Unfortunately,  Senapathy failed to explain the origin of life. His Primordial Pond will not be and can not be the birthplace of eukaryotes, plants and animals. Under the most favourable conditions, his Primordial Pond will only contain dead and meaningless random DNA molecules. If he is lucky, it will produce a lot of dead and meaningless random DNA. But nothing more. It is a primordial soup, and it stays that way forever because there is no evolution in his scenario. His primordial pond will not bring forth life.

Ironically, the very existence of his Shapiro–Senapathy algorithm undermines his own theory of Independent birth of organisms from random DNA sequences. For example, on his Wikipedia page he writes:

"The Shapiro–Senapathy algorithm has been used to determine the various aberrant splicing mechanisms in genes due to deleterious mutations in the splice sites, which cause numerous diseases." (accessed 7 Aug 2025)

He lists 6 cases where a single base substitution (point mutation) in an intron splice site causes a disease (cancer). Now, if a single base substitution causes disease, it means that splice sites are highly specific. If they are highly specific, then they can't be random. Yes, a few splice sites could arise in random DNA, but not 400,000 (see above).

 

Notes

  1. "A splice site defines the boundary between a coding exon and a non-coding intron in eukaryotic genes." quote from Wikipedia article: Shapiro–Senapathy algorithm (This page was last edited on 28 July 2025, at 14:35 (UTC).) 
  2. M. B. Shapiro, P. Senapathy (1987) RNA splice junctions of different classes of eukaryotes: sequence statistics and functional implications in gene expression, Nucleic Acids Res 1987. This publication appeared 7 years before his 1994 book.
  3. Yes: START and STOP codons are non-random, too. They do appear with reasonable frequencies in random sequences. But splice sites have a minimum length of 8 and 4 bases (12 together), not 3. Theoretically, and paradoxically, any non-random sequence can occur in a random sequence. Your password can appear in a random sequence! It's all about frequencies. Furthermore, the task is to calculate the probability of the combination of Start codons, Stop codons and splice begin and end codons. [10 Aug 2025]

updated 10 Aug 2025

 Sources

  • Wikipedia article Periannan Senapathy (last edited 16 July 2025)
  • Wikipedia article Shapiro–Senapathy algorithm (last edited 28 July 2025)
  • Wikipedia article Split gene theory (these three Wikipedia articles are written by Senapathy supporters or by himself and give the false impression of being mainstream science and omitting any criticism)
  • Gert Korthof What's Wrong with Independent Birth of Organisms? (this is my criticism of Senapathy's theory)
  • Periannan Senapathy (1994) 'Independent Birth of Organisms. A New Theory That Distinct Organisms Arose Independently From The Primordial Pond Showing That Evolutionary Theories Are Fundamentally Incorrect'. (now more than 30 years old, the book is still available at amazon).

Previous blog posts related to Senapathy

    29 July 2025

    Kolibrievlinder: kruising tussen vlinder en kolibrie

     

    Kolibrievlinder bij vlinderstruik 29 juli 2025

    Kolibrievlinder bij vlinderstruik 29 juli 2025

    Kolibrievlinder bij vlinderstruik 29 juli 2025

    Kolibrievlinder bij vlinderstruik 29 juli 2025

    De Kolibrievlinder (Macroglossum stellatarum) blijft toch altijd een unieke vlinder! Ik ben zeer vereerd dat hij onze Vlinderstruiken bezoekt! Het is toch wel met stip de mooiste vlinder die je in je tuin kunt hebben. Hij heeft iets on-Nederlands, iets exotisch. Heel bijzonder dat hij hier in de buurt nog rondvliegt in tijden van achteruitgang van de meeste vlinders. Mocht je hem nog niet kennen, dan is het nu wel duidelijk waarom hij de Kolibrievlinder heet! Houd je vlinderstruiken in de gaten! Hij was na een paar minuten al weer weg. Op de foto zie je dat de tong bijna net zo lang is als het hele dier. Let ook op het 'staartje': uniek voor een vlinder; het lijkt precies op de staart van een vogel zoals de Kolibrie. En hij lijkt hem ook op dezelfde manier te gebruiken.

    On-Nederlands

    het lijkt een exoot o.a. omdat het dier een tong heeft die veel te lang lijkt voor de bloemen die in Nederland in het wild voorkomen. Volgens waarneming.nl is het geen exoot maar nota bene een algemene en inheemse soort!









    12 July 2025

    A Remarkable Place To Die: Huisspitsmuis dood gevonden in onze tuin

    Huisspitsmuis † Crocidura russula
    11 juli 2025

    Als je voelt dat je dood gaat, ga je dan op de bestrating liggen? Of kruip je weg in een donker hoekje om rustig te sterven? En die zijn er genoeg. Maar,  we vonden dit beestje, 8,7 cm van kop tot staart, 's ochtends op de bestrating in onze tuin. In plain sight

    Er kropen al tientallen mieren over en rondom het beestje. Mieren hebben kennelijk een goede neus. Doodsoorzaak onbekend. Geen uiterlijke verwondingen. Geen bloed. We hebben alle mogelijke maatregelen genomen om katten uit onze tuin te weren. Toch weet je het niet. Een ekster? Een Vlaamse gaai? Een virusziekte? Gewoon ouderdom? Aangevallen door een soortgenoot die zijn territorium verdedigde? In Nederland worden huisspitsmuizen regelmatig dood gevonden. Komt dat misschien omdat dode huisspitsmuizen makkelijker waar te nemen zijn dan levende? Opvallend: dezelfde dag meende ik nog een Huisspitsmuis tussen de beplanting te zien rondlopen.

     

    Twee opvallend lange snijtanden in de kleine onderkaak

    Merkwaardig detail: twee opvallend lange snijtanden in het midden van de onderkaak tegenover twee kleine snijtanden in de bovenkaak. De hele kaak ziet er wat onevenwichtig uit. Het lijkt mij onhandig. Heeft het voordelen? Let ook op de lange snorharen.

    Er komen 7 spitsmuizen voor in Nederland waarvan 3 algemeen:

    We zien al jaren de Gewone bosmuis ( Apodemus sylvaticus ) (dat is geen spitsmuis) in onze tuin (opvallende oren!), maar hadden de Huisspitsmuis nog niet gezien. Ik heb over de Gewone bosmuis al in 2012 geblogd. En we zagen hem 's nachts op de wildcamera verschijnen en soms zelfs heel brutaal gewoon overdag. Maar dat is dus een andere soort.

     

    Bronnen

    Waarneming geeft 7 spitsmuizen in Nederland. Ze zijn van 3 geslachten (genus, genera), dus de naam 'spitsmuis' zegt niet alles!

    Waarneming geeft 27 soorten met 'spitsmuis' in de naam, waarvan 19 kevers! 

    Zoogdiervereniging geeft zeer bruikbare en interessante beschrijvingen ('Een huisspitsmuis kan maximaal 2 tot 3 jaar oud worden, maar slechts een zeer klein deel overleeft een tweede winter'! )