12 November 2015

Steven Pinker: Ons Betere Ik. Samenvatting.

Katharina Kepler wordt bedreigd met martelwerktuigen.
uit: Ulinka Rublack (2015)
The Astronomer and the Witch: Johannes Kepler's Fight for his Mother
.


boek Steven Pinker Ons betere ik:
  • Nederlandse vertaling: 'Ons betere ik. Waarom de mens steeds minder geweld gebruikt'
  • origineel: 'The Better Angels of Our Nature A History of Violence and Humanity'
  • in google books zijn verbazingwekkend veel pagina's gratis te lezen!
  • ebooks: Kobo books of amazon: 10,99 € (Engels); 39,99 (Ned)
Deze samenvatting ontleen ik aan het college van dr. Frank Hermans:

De centrale stelling van het boek: het geweld in de wereld is afgenomen; toename van empathie of minstens erkenning van rechten

Zes trends:
  1. opkomst kleinschalige landbouw
  2. civilisatieproces vanaf 1500
  3. humanistische revolutie 1600 - 1800
  4. lange vrede na de tweede wereldoorlog
  5. nieuwe vrede na 1989
  6. rechtenrevolutie na 1950
Vijf innerlijke demonen:
  1. instrumenteel geweld
  2. gewelddadige ideologie
  3. wraak
  4. sadistisch genoegen
  5. roem en macht
 Vier goede engelen:
  1. empathie
  2. zelfbeheersing
  3. moreel besef
  4. gebruik van de rede
Vier historische krachten:
  1. economische samenwerking
  2. feminisering van de samenleving
  3. kosmopolitisme
  4. roltrap van de rede

 

Vorig blog over dit onderwerp:

 

Postscript

Een dag na dit blog op vrijdagnacht 13 nov vonden er op 7 locaties tegelijk terroristische aanslagen in Parijs plaats met voorlopig dodenaantal 129.
De verantwoordelijkheid voor de aanslagen is opgeëist door IS.
Gematigde moslims, waaronder de burgemeester Ahmed Aboutaleb van Rotterdam, claimen dat 1) de daders geen echte moslims zijn en 2) ze zich ten onrechte op de Koran baseren.
Echter: zie hier.

07 November 2015

KNAW symposium: Moeten we van iedere patient het complete DNA sequencen?

Afgelopen dinsdag 3 november hield de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, KNAW, een symposium Genetische screening: wie, waarom en wanneer?
De belangstelling was groot, er werd zelfs een wachtlijst ingesteld.

 
Enkele punten die mij opvielen:

  • de algemene stemming was dat het tijdperk van Whole Genome Sequencing (WGS) en Whole Exome Sequencing (WES) in de praktijk van de clinische genetica was aangebroken  
  • een enkele spreker zette kritische kanttekingen
  • tussen de regels door viel ook bij de voorstanders op te merken dat de interpretatie van een WGS of WES arbeidsintensief is en nog de nodige problemen oplevert
Een duidelijke voorstander is Liz Worthey, die ervaring heeft opgedaan met WGS van patienten ten behoeve van diagnose en behandeling. Ze gaf vijf overtuigende voorbeelden uit haar praktijk van het nut van WGS. De tradionele genetische diagnose mist cruciale informatie die een WGS wel levert. Ze ging nog een stap verder: door de gebrekkige informatie zou er anders veel onnodige diagnostiek en behandelingen uitgevoerd moeten worden. Dat is kostbaar en belastend voor de patient. Met WGS heb je in een keer alle informatie op tafel. Nog een stap verder: zelfs voor gezonde personen is WGS nuttig. De vraag die hiermee niet beantwoord wordt is of routinematige WGS kosten effectief is. Ze kwam nu met succesverhalen, de krenten uit de pap. 

Robert Green is een kritisch voorstander, een zeer interessante spreker. Hij had zijn eigen genoom drie maal laten sequencen en daar kwam een verrassend resultaat uit: hij had een mutatie die een ernstige misvorming van het gezicht had moeten opleveren. Iedereen kon zien dat dat niet het geval was. Daarmee legde hij de vinger op de zere plek: we kunnen nog onvoldoende vanuit mutaties in het DNA voorspellen wat het fenotypisch effect is. Het omgekeerde is schijnbaar makkelijker: uitgaande van een pathologisch fenotype de genetische oorzaak aanwijzen. De moeilijkheid om voor alle DNA varianten het fenotype te voorspellen betekent dat we nog niet weten welke factoren nog meer verantwoordelijk zijn voor een fenotype.

De Nederlandse clinisch geneticus en genoom onderzoeker Han Brunner (auteur van een overzichtsartikel in het prestigieuze Nature Reviews Genetics) kwam met het interessante gegeven dat iedere baby ongeveer 1 nieuwe mutatie in zijn eiwit-coderende genen heeft ('de novo mutation in protein coding DNA'). Engiszins pessimistisch voegde hij daar aan toe: We cannot prevent de novo mutations.

Ieder kind 1 nieuwe mutatie in zijn eiwitcoderende genen lijkt nogal veel, maar in zijn 2012 review artikel schrijft hij:
"In contrast to the millions of inherited variants per genome, the number of de novo germline variants will be only about 100 per genome."
Als je het coderend gedeelte van het genoom op 1% stelt (ondergrens), kom je op hetzelfde aantal uit: 1 gemuteerd coderend gen per kind.

Een ander getal in hetzelfde artikel: "family-based whole-genome sequencing studies have shown that, on average, 74 germline single-nucleotide variants (SNVs) occur de novo in an individual's genome".
Als je weer het coderend gedeelte op 1% stelt, komt je uit op 0,74 de novo mutaties in het coderende gedeelte.

Voortbordurend op deze getallen:
Als je voor de berekening uit gaat van 1 nieuwe mutatie in een eiwit-coderend gen per kind (er zijn 20.000 eiwit-coderende genen), dan heeft geen enkel kind een complete intacte set van 20.000 genen. Als je vervolgens bedenkt dat voor de ouders van het kind hetzelfde geldt... wie heeft er dan nog normale genen?

Als je dit getal betrekt op het aantal geboortes wereldwijd:
131.400.000 geboortes per jaar wereldwijd (ruim 131 miljoen), dan worden er 131.400.000 nieuwe mutaties per jaar geproduceerd (!). Waarvan de meeste verschillend zullen zijn.

Als die mutaties gelijkmatig verdeeld zijn over de 20.000 menselijke eiwit-coderende genen (ieder gen heeft evenveel kans), dan kom je op gemiddeld 6570 nieuwe mutaties per gen per jaar over de gehele mensheid.

Als we de gemiddelde lengte van een gen (inclusief introns) op 13.000 bases stellen, dan heeft iedere base in ieder gen een 100% kans om 1x gemuteerd te worden in 2 jaar (!). (Het totaal aantal bases in coderende genen is 260 miljoen; een gemiddeld eiwit is 485 aminozuren lang).
Als we de totale wereldbevolking van 7 miljard in de berekening meenemen, dan lijkt het mij zeker dat iedere mogelijke mutatie in eiwit-coderende genen op dit moment in een persoon ergens ter wereld aanwezig is.

Een verbazingwekkende uitkomst met vele consequenties, die ik nog niet allemaal kan overzien. Waarom zijn we niet allemaal ziek? Mutanten zijn we allemaal, dat is zeker. Deze conclusie lijkt mij tamelijk zeker: dit aantal maakt een volledige evaluatie door natuurlijke selectie van het menselijk genoom mogelijk. Dat wil zeggen: iedere basepositie kan afzonderlijke getest worden tegen een steeds wisselende achtergrond.
Wat niet uitputtend getest kan worden zijn alle combinaties van mutaties, omdat dat getal vele malen hoger ligt.

Dit zou ook wel eens kunnen verklaren waarom het voorspellen van fenotypische effecten van mutaties zo moeilijk is. En dan hebben we nog niet eens de grotere mutaties als inserties en deleties meegeteld. Die komen daar nog eens boven op. En dan hebben we het ook nog niet gehad over mutaties in de regulerende gedeeltes van DNA die grote effecten kunnen hebben.

Geen wonder: "There are probably 100 different types of diabetes": er zijn honderden manieren waarop een gen gemuteerd kan zijn.

Als je bedenkt dat ieder gen meerdere eiwitten produceert door 'alternative splicing', dan wordt het probleem niet kleiner. Een onderzoeker meldt: "I wouldn't be surprised to have in one cell type 100,000 or more different proteins". Dat is 5 maal het aantal genen.

Het wordt nu een beetje begrijpelijk dat "Even in the most apparently clear-cut case of a nonsense variant in BRCA2, the actual disease risk is likely to be reduced in the absence of a documented family history." Voorspelbaarheid!

Ondanks alles ben ik niet tegen Whole Genome Sequencing van patienten en gezonde personen. Hoe moet je anders kennis verzamelen van fenotypische effecten van mutaties en ervaring op doen in het interpreteren van de complete basevolgorde van het menselijk DNA? 
Speciale aandacht moet uitgaan naar mislukte voorspellingen (BRCA2 etc). Die moeten tot op de bodem worden uitgezocht. Als dat niet kan in een clinische setting, dan moet dat als zuiver wetenschappelijk onderzoek uitgevoerd worden. Het mag niet zo zijn dat de arts tegen de patient zegt: we hebben uw DNA gesequenced, maar we kunnen de uitkomsten niet goed interpreteren.

28 October 2015

De Grote Bijbel Quiz 2015: poepen in een kuiltje in het zand

Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?


Vraag 48: "Welke leefregel geeft God als het volk in de woestijn kampeert?"
Antwoord: "Poep buiten het kamp in een kuiltje".
Toelichting van de presentator Bert van Leeuwen: neem een tentstok mee en maak buiten het tentenkamp een kuiltje in het zand, doe hurkend je behoefte, en bedek het daarna met zand met behulp van de stok. 

 
Kennelijk was het nodig dat God ze dit moest vertellen! Alsof je het tegen kinderen of een stel barbaren zegt! Zoiets zeg je toch niet tegen volwassenen? Waren het van die viespeuken die gewoon waren in het tentenkamp te poepen totdat de stank ondragelijk werd? En daar moest hoognodig een einde aan gemaakt worden? Konden ze dat niet zelf bedenken? Of luisterden ze niet naar de profeet zodat God het tenslotte moest gebieden? [1].

Presentator Bert van Leeuwen voegt daar nog aan toe: "Wie zegt dat de Bijbel geen praktisch boek is!" Sorry, is dit een grap of moet dit voorbeeld werkelijk aantonen dat we praktisch bruikbare tips uit de Bijbel kunnen halen? Volgens theoloog Jacobine Geel is de Bijbel een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.  Moeten we aannemen dat ze dit als serieus voorbeeld bedoelt van hoe nuttig de Bijbel is voor de hedendaagse mens? Is grappen maken (Bert van Leeuwen) een manier om overduidelijk achterhaalde wijsheden in de bijbel te verdoezelen? Filosofische vraag: hoe onderscheid je wijsheden en onzin?

Door dit soort teksten besef je pas de kloof tussen ons –met onze moderne Westerse vlakspoelclosetpot en diepspoelclosetpot– en de volken die 2000 tot 3000 jaar geleden leefden. Ik herinner me tv beelden uit India waar mensen op het platteland nog steeds in de natuur poepen, bij gebrek aan toiletten [2]. Ook herinner ik me uit mijn jeugd mijn grote weerzin om op kampings in Frankrijk gehurkt te moeten poepen op een zgn. hurktoilet; niet meer dan een gat in de vloer. Primitief!

De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd.


Voor-wetenschappelijk wereldbeeld

 

presentator Bert van Leeuwen
  • je kunt ziektes genezen door 7 maal te baden in de rivier de Jordaan
    (vraag 7) (geen commentaar)
  • Welke vogels mogen de Israëlieten niet eten? (vraag 34). Antwoord: de vleermuis. Zegt de presentator: "een vleermuis is geen vogel, maar een zoogdier, maar dat wisten ze in de tijd van de Bijbel nog niet."!
  • Ze wisten ook niet dat slangen en ezels niet konden praten (geen commentaar)
  • een 'mysterieuze hand' schrijft een tekst op een muur (geen commentaar)
  • volgens Jacobine Geel is de Judaspenning een 'besmet plantje'. 
  • etc., etc., etc.
Door dit soort teksten besef je pas hoe groot de kloof is tussen ons wetenschappelijke wereldbeeld en het voor-wetenschappelijk wereldbeeld van die tijd. Als je bedenkt dat reinheidswetten, spijswetten en dergelijke op onjuiste aannames gebaseerd zijn, dan is dat een reden die wetten niet al te serieus te nemen. Maar daar hoor ik niets over. Ik zou zeggen: Jacobine, grijp je kans, iedereen is aan je lippen gekluisterd! Leg uit waarom ze op onwetenschappelijke inzichten gebaseerd zijn. Leg uit wat moderne inzichten zijn!


Fundering van de Moraal

Er zijn wijsheden in de Bijbel die ook nu nog aanbevelenswaard zijn zoals Naastenliefde. Jezus zegt daarover: "Wat je voor de minsten doet, doe je voor mij!" Volgens Jacobine Geel is dat de lakmoesproef voor de ethiek. Maar, waarom eigenlijk? Waar is het filosofische argument? [3]. Theoloog Taede Smedes meent dat je goede filosofische argumenten moet hebben voor morele principes, zoals vegetarisme [4]. Welnu, volgens Jacobine Geel volgde Daniël de spijswetten; hij leefde van 'groente en water'. Dus, moet iedere christen vegetariër worden? Je kunt dat in ieder geval op de Bijbel baseren. Maar volgens Smedes zou dat geen argument zijn. Evenzo voor naastenliefde en de Tien Geboden. Zonder een goede filosofische fundering zijn naastenliefde en de Tien Geboden niet meer dan ongefundeerde meningen.

Postscript

"Kan een seculiere samenleving, die God grotendeels achter zich heeft gelaten, nog iets met ethisch-religieuze leefregels van eeuwen geleden? Dat vergt wel een vertaalslag, een overbrugging van een enorme historische kloof". Dit zijn niet mijn woorden! Ze komen van de theoloog Taede Smedes! [5] Wat een toeval!  Waarom zou een seculiere samenleving überhaupt geïnteresseerd zijn in een 'vertaalslag' van 3000 jaar oude leefregels naar het heden? Het zou een enorm geforceerd resultaat opleveren. Hoe zou je de eerste drie/vier van de Tien Geboden seculier vertalen? De hele onderneming gaat er kennelijk vanuit dat de Tien Geboden een complete moraal bevatten. Bovendien: staat die 'vertaalslag' gelijk aan een filosofische fundering van de moraal? Zo niet, dan ben je nog niets opgeschoten!

Wat Jacobine Geel niet vertelde...

[ 31 okt 15  15:33  ]


Ik heb de bijbel passage over vraag 7 er eens op nageslagen, en wat blijkt? Ná de genezing doet de profeet Elisa nog iets anders: hij geeft melaatsheid als straf aan zijn bediende [6]. Dat je iemand straft: OK, maar met melaatsheid?
Als Jacobine een eerlijk beeld van de Bijbel wil geven, dan behoort ze niet alleen de genezing te vertellen, maar óók dat Elisa melaatsheid als straf uitdeelde.
De Bijbel is een boek vol met wijsheden en inspireert ons ook in deze tijd?
Een Bijbel Quiz op tv suggereert dat Bijbelkennis belangrijk is, maar het is vast niet de beste manier om de Bijbel te verdedigen. Maar is iemand in staat de waarde van de Bijbel te verdedigen zonder uitsluitend de krenten uit de pap te halen en de rest te negeren?

 

Vorig blog over dit onderwerp

Maarten t Hart. Het Christendom is onbijbels 15 juni 2015 

Noten

  1. Hoe veegden ze hun kont af? Met hun vingers? Of deden ze dat helemaal niet? Er zal niet veel water geweest zijn in een woestijn. Anders hadden ze in een riviertje kunnen poepen. En handen wassen zal ook wel niet mogelijk zijn geweest. Het drinkwater dat je hebt zal je niet verspillen aan handen wassen. Onhygiënische toestanden. Hoe zat het met besmettelijke ziekten? Aan de andere kant: het voordeel van een woestijnklimaat is de hitte en droogte waardoor een drol snel zal uitdrogen
  2. Why do millions of Indians defecate in the open? Volgens de WHO doen een 500 miljoen mensen in India het buiten.
  3. God geeft één maal een argument voor het goed behandelen van vreemdelingen, het volk was zelf vluchteling geweest. Is dat een goed argument?
  4. Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking).
  5. Taede Smedes: Hans Achterhuis en Maarten van Buuren over de relevantie van de tien geboden (boekbespreking) 28 oktober 2015.
  6. Elisa zegt (27) "Naaman’s leprosy will cling to you and to your descendants forever.” Then Gehazi went from Elisha’s presence and his skin was leprous—it had become as white as snow." (2 Kings 5 20-27). Nota bene: al zijn nakomelingen krijgen ook melaatsheid toebedeeld! Boeten voor de wandaden van je vader. Gruwelijk. Onrechtvaardig.