Jacobine Geel spreekt met filosoof en bioloog Matthijs Schouten

Filosoof/bioloog Matthijs Schouten

Zaterdag 24 okt 2015 sprak theoloog Jacobine Geel met filosoof en bioloog Matthijs Schouten in het tv programma Schepper & Co (Een beter milieu begint bij jezelf).
Een programma dat je moet zien o.a. omdat een theoloog zich openlijk uitspreekt voor het milieu en het klimaat en zelfs aan het eind oproept om 1 dag geen vlees te eten. Ook toonde ze beelden van 'milieupilgrimages' georganiseerd door de kerken om te onderstrepen dat de kerken goed zijn voor het milieu [1].

 
En omdat Matthijs Schouten een interessant figuur is. Hij merkte op dat in de christelijke traditie de natuur ons gegeven was als gebruiksgoed en de mens de natuur moest bedwingen, onderwerpen. Gebaseerd op de Bijbel. Maar toch heeft hij geen hard oordeel over het christendom. Tenminste in deze uitzending.  Hij heeft wel kritiek op het christendom, maar hij zegt het allemaal op een vriendelijke, gematigde manier. Hij zegt veel interessante dingen over de relatie christendom en de natuur. Hij is positief over de huidige paus. Hij heeft sympathie voor het boeddhisme vanwege de inherent natuurvriendelijke houding.

Enige opvallende uitspraken van Matthijs Schouten:

• "Als God ons de dieren heeft gegeven als voedsel had hij ze ook wel zo kunnen scheppen dat ze geen pijn konden lijden."
• In zijn jeugd verdedigden jagers hun jachtpartijen met: "God heeft ons de dieren gegeven".
• Uit zijn katholieke schooljaren: "De eerste leefregel van het boeddhisme is niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden." (dat heeft grote invloed op zijn denken gehad).
• "Ik eet geen vlees".
• "Ik heb geen auto, ik ga met het openbaar vervoer."
• "ik heb me nooit voortgeplant".
• "Als we in Nederland 1 dag geen vlees eten halen we die dag 1 miljoen auto's van de weg."
• Advies voor iedere Nederlander: eet 1 dag geen vlees (om te beginnen).

Een wijsheid om te onthouden en toe te passen: "niets te doden of te kwetsen dat pijn kan lijden". Wie is het daar niet mee eens? Hoeveel filosofische fundering heb je daar voor nodig? Moet zoiets filosofisch bewezen worden voordat je het in de praktijk brengt? [2]. Naar analogie: hoe bewijs je dat naastenliefde goed is? Hoeveel bewijs heb je daar voor nodig?

Noten

1. Ze wist zelfs van het Volkswagen schandaal (waarover ik geblogd heb).
2. Naar aanleiding van het blog van de theoloog Taede Smedes: Floris van den Berg: Beter weten–Filosofie van het ecohumanisme (boekbespreking). In scherpe, harde bewoordingen wordt Floris verweten dat hij geen filosofische argumenten geeft voor zijn milieuvriendelijke meningen. Filosoof Riemersma valt Smedes bij: meningen zijn geen argumenten! Ik vraag me af: zou de theoloog goede filosofische argumenten hebben om zijn vrouw en kinderen lief te hebben? Moet je een filosofische fundering hebben om een positieve houding t.a.v. dieren te hebben? Vraagje: hebben theologen of filosofen ooit een filosofische fundering voor de Tien Geboden gegeven?

Geen leven zonder DNA-repair. De Lindahl paradox en de Eigen paradox

Tomas Lindahl

Een bepaald type DNA schade komt voor in een frequentie van 1 op 10,000 bases per dag. Als je dat omrekent naar het menselijke genoom kom je op 300.000 foute bases per dag! Dit soort gegevens zijn de basis voor wat Lindahl zelf 22 jaar geleden beschreef in een artikel in Nature:

 
Instability and decay of the primary structure of DNA  [1].
 

(de instabiliteit en verval van de primaire structuur van DNA). Naar aanleiding van de Nobelprijs zien we de echo van deze subversieve kijk op DNA: 'alarmingly fragile molecule'  in Nature [2] en Science [3]). Een andere bron schrijft het op niet mis te verstane wijze: “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule" [4]. Het leven kan onmogelijk op zo'n kwetsbaar molecuul gebaseerd zijn. De Nobelprijs commissie schrijft zelfs: "a DNA molecule is inherently unstable". DNA is uit zichzelf onstabiel, dus niet door externe factoren. Dit is –vrij vertaald– de beschrijving door de Nobel commissie:

De stabiliteit van DNA is onder normale fysiologische omstandigheden zo laag dat het de evolutie van het leven op aarde onmogelijk zou moeten maken. Anders gezegd: niet verenigbaar met het leven zoals wij dat kennen. Desondanks is er complex leven op deze planeet ontstaan. Hoe kan dat? [5]

Dit heb ik de 'Lindahl paradox' genoemd, hoewel ik nog niet heb kunnen ontdekken of Lindahl zich met het ontstaan en evolutie van repair heeft beziggehouden.

In dit blog beschrijf ik de oplossing voor de eerste paradox en voeg ik er zelf een tweede paradox aan toe. En ik doe tenslotte een poging deze op te lossen.

Oplossing: repair

De paradox was voor Lindahl aanleiding om te zoeken naar en de ontdekking van mechanismes waarmee cellen de schade aan DNA herstellen. Dat was een revolutionaire gedachte voor de 70-er jaren [6]. Die 300.000 foute bases per dag worden vrijwel volledig hersteld. De overblijvende schade noemen we mutaties. DNA-repair is een complex systeem. We weten nu dat de mens 178 DNA-repair genen heeft [7]. Het wetenschappelijk-medisch belang van DNA-repair is alleen maar toegenomen. Defecten in DNA-repair zijn betrokken bij erfelijke ziektes, veroudering en kanker.

— Op Kennislink.nl leest U een prachtig verhaal over wat DNA-repair nu precies inhoudt.

De tweede paradox

Het leuke is dat iedereen om het hardst roept dat DNA een fragiel molecuul is, maar niemand realiseert zich dat dit serieuze consequenties heeft voor de oorsprong en evolutie van het leven. Immers, als DNA zó instabiel is dat er een hele batterij DNA-repair enzymen nodig zijn om betrouwbare erfelijkheid mogelijk te maken, dan heeft het leven een moeilijke, zo niet onmogelijke start. Lindahl heeft zich die vraag niet gesteld. Hij was geen evolutiebioloog. Maar zelfs in evolutiehandboeken wordt de vraag naar de oorsprong en evolutie van repair-mechanismes niet gesteld, laat staan dat geschetst wordt hoe die evolutie is verlopen.

Eigen paradox

Nobelprijswinnaar Manfred Eigen

Na mijn vorige blog [8] schoot me te binnen dat mijn eigen paradox, de tweede, die ik in mijn eigen woorden omschreven had, bekend staat als: de Eigen paradox. Die paradox was al in 1971 beschreven door de Nobelprijs winnaar Manfred Eigen. Daarin stelt Eigen dat er een maximum grootte bestaat voor ieder genoom waarboven kopieerfouten de informatie in het genoom onvermijdelijk in de loop der generaties zullen eroderen. De soort sterft uit. De maximum grootte wordt begrensd door de frequentie waarmee kopieer fouten gemaakt worden. De maximum grootte stelde Eigen op ongeveer honderd bases. De paradox bestaat hieruit: zelfs de meest eenvoudige levensvormen hebben veel grotere genomen dan 100 bases. Een groter genoom is alleen mogelijk met hogere replicatie nauwkeurigheid.
Ter illustratie: als er een replicatiefout is van 1 op de 100, dan kan het DNA maximaal 100 bases lang zijn; als de replicatiefout 1 op 1000 is kan het DNA maximaal 1000 bases lang zijn [9].

replicatie fout:	nauwkeurigheid:	maximaal genoom:
1 op de 100	99%	100 bases
1 op de 1000	99,9%	1000 bases

Dus: zodra de kans 100% is dat er tenminste 1 kopieerfout zal optreden, zal er geen exacte kopie geproduceerd kunnen worden. Er is tenminste 1 correctie kopie nodig om mee verder te gaan.
Eigen heeft zijn paradox geformuleerd in een tijd dat DNA-repair enzymen nog (net) niet bekend waren. Dat maakt niet uit, want de wetmatigheid geldt met wiskundige zekerheid voor ieder informatie systeem met copieer fouten. Eigen beschreef de netto replicatie nauwkeurigheid. Tegenwoordig weten we dat de uiteindelijke mutatiefrequentie de som is van replicatie-nauwkeurigheid en DNA-repair. 
Het grappige is dat Lindahl niet wist van de relatie kopieerfouten en maximale genoomgrootte en Eigen wist niet van het bestaan van DNA-repair-enzymen. Maar als je Lindahl en Eigen optelt krijg je een interessant evolutionair probleem.

Evolutie van repair systemen

Evolutie is een proces van geleidelijke stapsgewijze verandering. Is er een geleidelijke evolutie van simpele naar complexe repair systemen mogelijk? In theorie zou dat kunnen: hoe beter de repair, hoe groter het genoom kan zijn. Je kunt dus de vraag stellen: komen er geen repair systemen voor in virussen? is er een elementair systeem in bacteriën? En is het meest complexe repair systeem in (hogere) planten en dieren? Ik doe hier een eerste poging om wat elementaire feiten boven water te krijgen. De evolutie handboeken, wikipedia en de literatuur helpen me niet echt. Integendeel: één auteur [10] maakt het helemaal bont. Hij zegt dat er géén speciale verklaring nodig is, want mutaties gebeuren onvermijdelijk in een bepaalde frequentie die afhangt van de tijd en energie die gestopt wordt aan het corrigeren van fouten! Ja, dank je de koekoek! De vraag is natuurlijk: als ze allemaal hetzelfde DNA molecuul hebben, waarom stoppen organismes verschillende hoeveelheden tijd en energie in DNA-repair? Is DNA-repair een aanpassing of noodzaak? En is het verband met genoomgrootte aantoonbaar?

RNA-world

Het is bekend dat RNA chemisch minder stabiel is dan DNA. RNA-virussen hebben kleine genomen, gemiddeld zo'n 10.000 bases die coderen voor slechts een handvol genen. Kleinere genomen vereisen een minder nauwkeurige replicatie mechanisme dan grotere. Bijvoorbeeld: heb je 1 gemuteerde base op de 1.000 bases, dan is dat nog geen ramp voor genomen tot 1.000 bases, maar een organisme met een genoom van 1 miljoen bases zou dan na 1 replicatie ronde 1.000 mutaties hebben en dat zal zeer waarschijnlijk niet levensvatbaar meer zijn. En inderdaad, RNA-virussen hebben de hoogste mutatiefrequenties. Bijvoorbeeld: het griepvirus heeft een mutatiefrequentie in de range van 1 op de 10.000 dalend tot 1 op de miljoen. Voor DNA virussen ligt dit lager: van 1 op de miljoen tot 1 op de 100 miljoen [10]. Dus RNA-virussen muteren gemiddeld 100 maal sneller dan DNA-virussen. Die mutatiefrequentie van RNA is dus in ieder geval verenigbaar met het voortbestaan van virussen. Of zelfs evolutionair voordelig. Dat RNA-virussen sneller evolueren dan DNA-virussen is niet zo verrassend, als je bedenkt dat RNA minder stabiel is dan DNA. Daar zijn biochemische redenen voor.

Oorsprong van het leven

In bepaalde opzichten kunnen RNA-virussen model staan voor het eerste leven zonder repair [12]. Volgens de RNA-world hypothesis was RNA de voorloper van DNA. Als dat klopt, dan moeten er toen kleine genomen, géén repair systemen en dus onnauwkeurige replicatie, en dus hoge mutatiefrequenties geweest zijn. Net zoals de huidige RNA-virussen. Dit zou moeten verklaren dat het leven zonder repair-systemen gestart zou kunnen zijn en pas langzamerhand, wanneer genomen groter werden, DNA-repair ontwikkeld heeft. Het klinkt logisch. Het lijkt zelfs noodzakelijk.
Het is een intrigerend gegeven dat kleine virussen géén en de grootste RNA virussen een simpel repair systeem hebben [13]. Dat suggereert dat repair al heel vroeg in de evolutie ontstaan moet zijn. Er worden gestaag vorderingen gemaakt met onderzoek naar zelf-replicerend RNA in vitro [14]. Een belangrijke en interessante herziening van de Eigen paradox leert dat de eerste RNA-genomen 7000 tot 8000 bases groot kunnen zijn [15]. Dat betekent 100 genen van 70 bases, of 70 genen van 100 bases. Dat is een grote stap in de goede richting. Het idee is dat niet persé de basenvolgorde van belang is maar de ruimtelijke structuur van het RNA (niet genotype maar fenotype), want die bepaalt de werkzaamheid. Dat geeft meer mogelijkheden.

Slordige reparatie

Je zou zeggen dat het repareren van DNA schade nauwkeurig moet zijn, anders vervang je de ene fout met de andere. Toch blijkt er slordige reparatie te zijn: error-prone reparatie. Het komt voor in bacteriën, maar de mens heeft er ook nog een paar in zijn bezit! [Error-prone polymerase]. Een erfenis uit het verre verleden? Dat suggereert dat de evolutie met slordige repair begonnen zou kunnen zijn. Onder het motto: beter iets dan niets.

In feite hebben Lindahl en Eigen het probleem van het ontstaan van het leven op scherp gesteld. Tot zover deze excursie in een voor mij nieuw gebied. Het echte onderzoek naar het ontstaan en de evolutie van DNA-repair moet m.i. nog beginnen. In ieder geval voor mij zelf.

Noten

1. Tomas Lindahl (1993) Instability and decay of the primary structure of DNA Nature 362, 709 - 715 (22 April 1993) 
2. "DNA is not a stable molecule, but slowly decays over time. For life to exist, as Lindahl first realised while working at the Karolinska Institute in Stockholm in the 1970s, there must be repair mechanisms that fight back against this process.", Daniel Cressey: 'DNA repair sleuths win chemistry Nobel', Nature, 07 October 2015. En dit citaat is ook aardig: "Before his work, “I don’t think anybody really considered the idea that DNA requires active engagement by a set of housekeeping processes to keep it in a stable state."
3. "Considering how much depends on the messages it bears, DNA is an alarmingly fragile molecule. It's vulnerable to UV light and mutagenic chemicals, as well as spontaneous decay. Life has survived through the ages because enzymes inside every cell ensure that DNA remains in proper working order. " "Biologists have long known that DNA wasn't rock solid. Blasts of xrays, for example, could cause mutations in cells. Yet most researchers believed that the molecule was inherently stable. After all, cancer and other genetic malfunctions are the exception, not the rule.". Erik Stokstad Science 16 Okt 2015
4. “There’s no way to establish life based on such a fragile molecule without having sophisticated machinery to keep it in order,” Carell says. If these mistakes or damage don’t get fixed, they can lead to cancer or other diseases. “DNA repair is absolutely important to genome stability and of course to life.” Chemical & Engineering News 7 Oct 2015
5. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Diepergaande informatie: 'Scientific Background on the Nobel Prize in Chemistry 2015' (pdf) ook op de website.
6. Het handboek Molecular Biology of the Cell uit 1983 beschreef al DNA-repair! (p.214–220).
7. Human DNA Repair Genes (This table was last modified on Tuesday 15th April 2014). De totaal telling is van mij.
8. zie mijn vorige blog: Nobelprijs voor het repareren van DNA 8 okt 2015
9. John Maynard Smith (1999) The Origin of Life. p.35. Hij legt het kort en bondig uit. Mijn voorbeeld: vergelijk het genoom met een vliegtuig. Als een Boeing747 op 10 km hoogte vliegt en (bijv. door uitvallen van de motoren) 1 km per minuut daalt, dan kun je gegarandeerd binnen 10 min een crash verwachten. Evenzo crasht het genoom.
10. Graham Bell (2014) The Evolution of Life. p.36. (zie: google books)
11. Viral Mutation Rates, Journal of Virology, October 2010. Viral mutation rates.
12. RNA werd gesuggereerd door Ed Roos (AvL) auteur van Kanker, simpel uitgelegd.
13. Eugene Koonin: The Logic of Chance, p.276. Koonin behandelt de Eigen threshold op p.353.
14. Michael P. Robertson, Gerald F. Joyce (2014) Highly Efficient Self-Replicating RNA Enzymes, Chemistry & Biology, 20 February 2014
15. Adam Kun, Mauro Santos, Eörs Szathmáry (2005) Real ribozymes suggest a relaxed error threshold, Nature Genetics 37, 1008 - 1011 (2005). Deze auteurs bouwen voort op de Eigen paradox. Szathmáry is een bekend evolutionair geneticus.

Vincent Icke: als je het bedacht hebt, dan is het er

 
Prof. dr. Vincent Icke in DWDD (12 sec):

"Wiskunde is iets heel bijzonders. Iets anders dan natuurkunde. Wiskunde is zoiets als poëzie. Als je het bedacht hebt, dan is het er. Dus als je een getal wilt waarvan het kwadraat negatief is ...klik...  het is er, want je hebt het bedacht."

...klik...  het is er!

Prof. dr. Vincent Icke :  Als je het bedacht hebt, dan is het er! en maakt daarbij een klikgeluid met zijn vingers. Ja, natuurlijk, de hele wiskunde is bedacht, de getallen, alle wiskundige bewijzen. Maar: bestaan getallen? Als je het bedacht hebt, dan is het er. Ze bestaan omdat wij ze bedacht hebben. Ze bestaan in ons hoofd. Als je ze opschrijft, bestaan ze op papier.

De hele wiskunde is bedacht en dat is een groot verschil met de natuurwetenschap. Getallen bedenk je. Concepten als 'zoogdier', 'DNA', 'planeet', 'Uranium' zijn door mensen bedacht, maar verwijzen naar dingen in de werkelijkheid. Je kunt ze observeren. Ze blijven bestaan als de mensheid is uitgestorven.

Theologie is ook zoiets als wiskunde of als poëzie. De theoloog Harry Kuitert [1] had een soortgelijke opvatting over God:  

"Alle spreken over boven komt van beneden, ook het spreken dat beweert van boven te komen."

Dus: God is ook een menselijk bedenksel. Net als een getal. De godsdienstfilosoof Jan Riemersma heeft een soortgelijke opvatting van God. Hij lijkt Kuitert eerst te accepteren, maar ontkent het daarna weer:

"Alhoewel wij God zelf bedacht hebben, komt hij toch van boven! " [3].

Dat kan niet. Als je iets bedacht hebt, komt het uit je hoofd. De analogie tussen wiskunde en theologie gaat nog verder. Net zoals je getallen met vreemde eigenschappen kunt bedenken, zo kun je God ook alle mogelijke en onmogelijke eigenschappen toedichten. Riemersma schreef:

"Als alles wat je kunt bedenken meetelt, dan mag je een transcendente God [dus] altijd uitbreiden met de eigenschappen die je op de tekentafel bedacht had!" [2]

Natuurlijk mag dat! Alles mag! En dat is precies wat mensen doen. Je kunt van God een afbeelding / cartoon maken of juist verbieden om er een afbeelding / cartoon van te maken. Of er een essay, column, blog, gedicht, boek of toneelstuk over schrijven. Of films, tv-programma's, documentaires, vocale en instrumentale muziek, tweets, websites, psalmen en gezangen, een musical over maken. Of je bouwt een openluchtmuseum, kerk, kapel, klooster, moskee, synagoge, tempel, altaar of schaalmodel van de ark. Of je maakt speciale feestdagen ter ere van God. Je kunt God vele verschillende namen geven. Je kunt god met een hoofdletter schrijven. Je kunt bidden tot God. Je kunt God op de rand van de Euro zetten. Of je schildert een Bijbeltekst op het dak van je schuur. Je kunt er een verplichte staatsgodsdienst van maken. Je kunt bij wet verbieden om God te beledigen. Je kunt mensen verplichten er in te geloven. En mensen die weigeren er in te geloven gevangenzetten of vermoorden. Tenslotte kun je ook nog wetenschappelijk bestuderen wat mensen in de loop er eeuwen allemaal gedaan hebben met, en gezegd hebben over 'God'. En over dat alles maak je een opleiding (theologie). Klik! Als je het bedacht hebt, dan is het er.
 

Noten

1. Harry Kuitert (wikipedia)
2. Alles van Beneden is van Boven ( theologie in Jip en Janneke taal, voor A. )   maandag 27 februari 2012

Is dit een Goudvliesbundelzwam? (met update!)

Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015

Ik ben geen paddestoelenexpert. Maar ik vond hem té mooi, om niet te fotograferen. Ik heb hem opgezocht in De Grote Paddenstoelengids voor onderweg van Ewald Gerhardt (Tirion Natuur/Natuurmonumenten) en vond hem wel erg lijken op de Goudvliesbundelzwam. De gids werkt met foto's en de betreffende foto komt goed overeen met mijn exemplaar. Voorkomen: "Sep-Nov; op levende en dode loofbomen, vooral op beuken, in bundels groeiend" (klopt). Maar zeker weten doe ik het niet. Is de gevorderde mycoloog het met mij eens?

Goudvliesbundelzwam (?) 10 okt 2015

Ik ben ook geen Neerlandicus, ik schrijf automatisch 'paddestoelen', maar de titel van het boek is 'paddenstoelen'. Is dit een stoel voor padden? Nooit gezien!

 

Postscript

22 okt 2024

Deze waarneming heb ik gedaan in een tijd dat ik dit soort waarnemingen nog niet in waarneming.nl invoerde. Want dan zouden moderatoren hem kunnen beoordelen. In 2015 was er nog geen automatische beeldherkenning. Ik heb de foto's alsnog ingevoerd in waarneming.nl en het resultaat: 94% Goudvliesbundelzwam volgens ObsIdentify! Het mooie is dat ik die soort nog niet in mijn lijst had staan! De datum en tijd werden automatisch herkend uit de foto! (10-10-2015 15:10). De waarneming moet nog door moderatoren goedgekeurd worden, maar met dit percentage is het wel in orde!

Nobelprijs voor het repareren van DNA

De Nobelprijs Chemie 2015 is gegaan naar een drietal pioniers op het gebied van DNA reparatie ('DNA-repair'). 

Wat me opviel was de aanleiding voor één van de pioniers, Tomas Lindahl, om te gaan zoeken naar manieren waarop de cel DNA repareert:

"In the early 1970s, scientists believed that DNA was an extremely stable molecule, but Tomas Lindahl demonstrated that DNA decays at a rate that ought to have made the development of life on Earth impossible. This insight led him to discover a molecular machinery, base excision repair, which constantly counteracts the collapse of our DNA." [1]

DNA zou vergaan in een tempo dat evolutie onmogelijk zou maken! De instabiliteit van DNA zou incompatibel zijn met complex leven? Hoe kwamen wetenschappers er überhaupt bij om DNA een extreem stabiel molecuul te noemen? Waarneming of aanname? Had het te maken met de euforie die ontstond in 1953 toen Watson en Crick de structuur van DNA vonden? DNA was het perfecte erfelijkheidsmolecuul? De perfecte base-paring maakte DNA stabiel? Of was het kennelijk stabiel omdat al het leven op aarde DNA gebruikt als erfelijkheidsmolecuul? Evolutie zou geen instabiel molecuul 'gekozen' hebben? Anders zou evolutie het geen 3 miljard jaar volgehouden hebben? Anders zou evolutie nooit complexe wezens als de mens voortgebracht kunnen hebben? Misschien. Ik weet het niet. 
Of kwam het omdat wetenschappers dachten dat alleen externe factoren als straling DNA konden beschadigen? en dat er geen endogene factoren bestonden die DNA zouden kunnen beschadigen? DNA zou nooit vanzelf degraderen?

paradigma shift

Kersverse Nobelprijswinnaar Tomas Lindahl was de eerste die metingen heeft gedaan naar de stabiliteit van DNA onder natuurlijke, fysiologische omstandigheden. En hij deed schokkende ontdekkingen. DNA was helemaal niet stabiel! [4]. DNA was slechts schijnbaar stabiel. Achter de schermen, 'in het geniep', worden er duizenden reparaties per cel per dag uitgevoerd om DNA intact te houden [2], [3], [5]. Dat was een paradigma shift in het denken over DNA.
'Reparatie': is dat niet een al te menselijk idee? Mensen repareren wasmachines en auto's, maar de natuur zit toch niet zo in elkaar? En hoe weet een cel eigenlijk wat en hoe hij moet repareren? Trouwens: DNA was toch 'the master molecule of life'? Is er iets buiten het DNA dat DNA repareert? Of repareert DNA zichzelf?

Evolutie

Het zit het met de evolutie van DNA-repair systemen? Zijn ze complexer bij zoogdieren dan bij simpele bacteriën? Kunnen bacteriën met simpele repair systemen leven omdat ze kleinere genomen hebben?

Paradox

En hoe zit het met het onstaan van het leven? Als zelfs eencelligen DNA-repair systemen nodig hebben omdat DNA inherent instabiel is, dan ontstaat er een probleem voor het ontstaan van het leven. DNA-repair systemen zijn enzymen. Enzymen zijn eiwitten. Eiwitten worden gespecificeerd door DNA. Eiwitten zijn te complex om toevallig te ontstaan. Ze moeten door DNA gespecificeerd worden. Het DNA dat ze zelf moeten onderhouden. Paradox: je hebt complexe eiwitten nodig om DNA een betrouwbaar erfelijkheidsmolecuul te maken. Maar doordat de code voor die eiwitten opgeslagen moet worden in DNA wordt het DNA langer. En wordt de kans groter dat er ergens mutaties ontstaan. En als die mutaties ontstaan in het DNA dat codeert voor reparatie enzymen, dan kan DNA niet meer gerepareerd worden. En als er niet meer gerepareerd kan worden is het afgelopen met op DNA-gebaseerd leven. Kip en ei probleem. Een start van het eerste leven met een groot genoom (lang DNA) zonder repair-systemen lijkt niet mogelijk. Een start met een klein genoom zonder repair-systeem is denkbaar, maar zou nooit kunnen uitgroeien tot een groot complex genoom met veel DNA. Kip en ei.

Allemaal problemen, die opgelost moeten worden. Maar voordat ik antwoorden heb, zijn de Nobelprijzen 2015 al lang geen nieuws meer...

Conclusie

DNA valt van het voetstuk waar Watson & Crick het op gezet hebben. Tomas Lindahl heeft laten zien dat DNA chemisch instabiel is (hoewel het stabieler is dan RNA). Dat ligt aan de 'gekozen' bouwstenen, voornamelijk de bases A,T,C,G. Aan de andere kant heeft hij ook laten zien (en daar kreeg hij de Nobelprijs voor): ondanks die instabiliteit is datzelfde DNA in staat door middel van reparatie-enzymen een veel hogere betrouwbaarheid te bereiken. Als je er over nadenkt is dat nog het meest wonderlijke: feilbaar DNA weet zichzelf op te tillen boven zijn eigen feilbaarheid zonder hulp van buiten. Want het slaat al die extra informatie zelf op. Het kost extra opslagruimte en energie. Die energie kan DNA zelf niet leveren. Die komt van de cel. Een fraai stukje samenwerking.

Vorige blogs over stabiliteit DNA:

• Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven  02 maart 2012
• Enkele verbazingwekkende feiten over zwakke plekken in DNA 10 maart 2012
• Subtiel verschil in correcte en foute baseparing in DNA 13 juli 2012 (over het subtiele verschil in binding tussen AT en CG) 
• Koonin over Dawkins 'selfish genes' en het repareren van DNA (hierin ook al aandacht voor hoe onberouwbaar DNA zichzelf betrouwbaarder maakt!)
• en alle andere blogs met het label 'DNA' (heb ik met terugwerkende kracht toegevoegd aan alle blogs die specifiek over DNA gaan).

Literatuur

1. Eugene V Koonin: DNA Repair: Evolution, Published Online: 15 SEP 2006 (geeft een overzicht van de evolutie van repair systemen door de beroemde genoom onderzoeker Koonin).

Noten

1. The Royal Swedish Academy of Sciences: The cells’ toolbox for DNA repair, Press Release 7 Oct 2015. Lees verder: Popular Information (pdf) (een goed leesbaar stuk, geeft de feiten zonder al die filosofische bespiegelingen)
2. In Escherichia coli, MMR increases the accuracy of DNA replication by 20–400-fold. ...  The MMR system improves the fidelity of DNA synthesis by 100-1000 fold. Overzicht op deze pagina: DNA stability
3. Een goed overzicht van endogene DNA schade geeft het wiki artikel DNA damage (naturally occurring). Ook hier wordt benadrukt: "DNA damages are a major problem for life!"
4. Als je er op let vind je dit overal terug: "Researchers have managed to clarify how DNA-damage signaling works. The DNA molecule is chemically unstable giving rise to DNA lesions, which is why DNA damage detection, signaling and repair, collectively known as the DNA damage response, are needed." How the DNA alarm-system works. (March 30, 2015). "DNA is constantly exposed to damaging threats coming from oxidative stress, i.e., from the presence of free radicals and reactive oxygen species." (PubMed)
5. "Svetlana V. Khoronenkova mentioned that about 15 to 20 thousand endogenous DNA single-strand breaks form per day. On the other hand, only 10-20 DNA double-strand breaks are formed during this period" (bron: 4)

Greenpeace waarschuwde al in 2011 voor 'The Dark Side of Volkswagen'

Greenpeace publiceerde al in 2011 een diepgravende en kritische analyse van het Volkswagen concern. Dat was dus nog vóór het grote Volkswagenschandaal in september 2015. Het rapport The Dark Side of Volkswagen [1] is een gedegen studie. Het onthult dat Volkswagen jarenlang een groen imago naar buiten bracht, maar achter de schermen het tegenovergestelde deed. 

 
Waarom nam Greenpeace juist Volkswagen onder de loep? Simpel omdat het toen –op Toyota– na de grootste autofabrikant ter wereld was en dat daarom de CO2 uitstoot van hun wagenpark een grote impact heeft op het klimaat. Als Volkswagen betaalbare schone en zuinige auto's zou produceren zou dat dus een grote klimaatwinst opleveren.

VW: 100km op 1 liter diesel!? wiki

Een voorbeeld uit het rapport hoe Volkswagen te werk ging. Op autoshows werden met veel publiciteit superzuinige prototypes gepresenteerd: het onvoorstelbare 100 km op 1 liter diesel. Maar die kwamen óf niet op de markt óf werden in een oplage van niet meer dan 250 exemplaren geproduceerd en waren bovendien onbetaalbaar. Het is zelfs nog erger dan Greenpeace beschrijft: toen er bij voorintekening van de Volkswagen 1-litre car te veel (!) belangstellenden inschreven, heeft Volkswagen in plaats van méér auto's te produceren, een loting onder de intekenaars ingesteld! Onvoorstelbaar: potentiële kopers die bereid waren de ongekend hoge prijs van €111.000 te betalen, kregen nul op het rekest.

Uit dit soort voorbeelden blijkt duidelijk dat Volkwagen de technische know-how in huis had, maar het op de één of andere manier niet kon en wilde inbouwen in de massaproductie. Het is dus niet zo wat Ruud Koornstra, voorvechter van elektrisch rijden, in Trouw [2] beweerd dat "Met eerlijke zaken doen konden de automakers de duurzame concurrentie niet meer achter zich houden". Nee, want Volkswagen produceert elektrische auto's zoals de E-Up! en Volkswagen E-Golf plus nog 3 hybrides. Helaas zijn 4 van deze 5 modellen duurder dan de Toyota Prius Plug-in die opzich al behoorlijk duur is [3]). En duurder betekent nu eenmaal minder verkocht.

Het merkwaardige is dat Greenpeace op haar website niet meer terugkomt op haar nog geen 4 jaar oude Volkswagen studie. Alsof ze het zelf vergeten zijn. Niets over het huidige Volkswagen schandaal.

Volgens mij is er wel een verklaring voor het paradoxale anti-klimaat beleid en anti-zuinige auto beleid, het 'fossiele denken', van Volkswagen. Er staat een hint in het Greenpeace rapport: haar banden met Qatar Petroleum [4,5,6]. Qatar is een olie-staat. Hoe kun je onafhankelijk blijven als je gedeeltelijk eigendom bent van de olie-industrie? Dan ga je geen betaalbare zuinige auto's produceren, want die consumeren te weinig fossiele brandstoffen.

Postscript

Ingezonden brief in Nature 8 okt :

Alastair C. Lewis, David C. Carslaw, Frank J. Kelly: Vehicle emissions: Diesel pollution long under-reported, 2015

Postscript 1 Nov 2015

Er zijn behalve Volkswagen nog 3 merken betrokken bij het schandaal:

• Audi admits 2.1 million of its cars used the 'cheat-mode' software
• 700,000 Seats included, 
• 1.2m Skodas, 
• 1.8m VW vans.
• VW says 5 million of its cars worldwide use the EA189 diesel engine.

(bron)

The issue was initially confined to the EA189 2.0-litre turbodiesel engine, but it's since been confirmed that 1.2 and 1.6-litre diesel engines are affected, too. (bron)

Humor

• Pieter Derks over Volkswagen, 24 sep. 2015
  

Noten

1. Greenpeace: The Dark Side of Volkswagen June 2011
2. Ruud Koornstra: 'Met een elektrische auto lach je iedereen uit'. Trouw zaterdag 3 Oktober 2015
3. ANWB: Alle elektrische auto's op een rij
4. Qatar Holding owns 12.3 % of the Volkswagen AG and has 17% of voting rights in the board. The company is a ‘fully owned affiliate of Qatar Petroleum. (Greenpeace rapport)
5. Qatar Holding said ‘the state is set to take a seat on its supervisory
   board, underlining the more active role Gulf states are playing in the German auto industry.’ ArabianBusiness.com, ‘Qatar becomes major shareholder in Volkswagen - Energy,’ (Greenpeace rapport)
6. Qatar becomes major shareholder in Volkswagen 19 December 2009

God bestaat: Hij zit in het Europees parlement en rijdt in een Volkswagen

Wim van de Camp (CDA): autolobby is niet erg.

God bestaat: Hij zit in het Europees parlement! Dat wil zeggen: God spreekt bij monde van Wim van de Camp (Christen-Democratisch Appèl). Hij vindt de auto-lobby (Volkswagen!) erg nuttig. Staat dat in de Bijbel? Wat is er christelijk of democratisch aan de auto-industrie?

God gaat met je mee!
Volkswagen busje!

 

Zoals ik berichtte in mijn vorige blog [1] werd vorige week bekend dat Volkswagen de gezondheid van miljoenen heeft geschaad door het frauderen met testen van de uitstoot van schadelijke gassen van hun dieselmotoren. Maar Wim van de Camp (CDA) vindt samenwerking met de auto-lobby helemaal niet erg! In het NOS Journaal van maandag 29 september zegt Wim van de Camp (CDA): 

"Lobbyisten? Nee, dat vind ik niet erg. Parlementariërs kunnen hun werk niet doen zonder lobbyisten. Bij lobbyisten moet je altijd check and dubbel check plegen."

Check en dubbel check?? Die check en dubbelcheck heeft opgeleverd dat Volkswagen jarenlang heeft kunnen frauderen met de bestaande (sterk verouderde!) autotesten, en de invoering van meer realistische auto-testen (testen op de weg!) heeft kunnen tegenhouden.

Dus: God houdt van (diesel)auto's. En: gezondheid en milieu? Gaat goed hoor!  Geen probleem! We hebben eerder gezien dat God gek is op geld [2], nu dus ook op auto's.

Bas Eickhout (GroenLinks): nieuwe auto-test invoeren

Zelfde NOS Journaal: Bas Eickhout (Groenlinks):

"Heel simpel: die nieuwe test waar men nu al 8 jaar over praat die moet heel snel worden geïntroduceerd. De auto industrie moet nu even van tafel afgeduwd worden. Jongens, die test die gaat nu komen en we moeten nu zorgen dat die tests beter worden."

We snappen nu waarom de plannen om het werkelijk verbruik op straat te testen, al sinds 2007 steeds maar worden tegengehouden door autolobbyisten die de Brusselse politici weten te overtuigen. Het zijn parlementariërs als Wim van de Camp (CDA) die daar voor zorgen. Dat is kennelijk christelijk. En democratisch.

De democratie kan niet functioneren zonder lobbyisten? Het tegenovergestelde is waar. Dit is de reden: waar zijn de milieu-lobbyisten? Ja, er is een politieke partij die opkomt voor het milieu, maar een lobby? Waarom zijn er niet evenveel milieu- en gezondheidslobbyisten als auto-lobbyisten?  Wie zouden dat moeten zijn? Oncologen? Longartsen? Waarom is er geen kapitaalkrachtige milieu-lobby? Hoe kan dat? Kennelijk moet je miljoenen smerige dieselauto's verkopen om rijk te worden en om er veel lobbyisten op na te kunnen houden. Maar gezondheids-lobbyisten worden niet rijk. Gezonde lucht kun je niet verkopen. En veel geld verdienen aan mensen met kanker vinden we onethisch.

Postscript 30 Sep 2025 

En God zei: Houd de benzine motor in ere, want die is heilig. Ik, de HEER, uw God, duld geen elektrische auto's naast mij. Als gij de benzinemotor liefhebt en doet wat ik gebied, bewijs ik jullie mijn liefde tot in het duizendste geslacht.

NOS 30sep 2025: Verbod op benzine-auto's in EU onder druk, is 'einde van het einde' in zicht?  

Met name de Europese christendemocraten doen er alles aan om alsnog onder die wet uit te komen.

 

 

Noten

1. Volkswagen's misdaad tegen de volksgezondheid en het milieu 25 sept 2015 (blog)
   
2. GOD ZIJ MET ONS ook op de nieuwste Euro munt (4) 29 december 2014

 

Verder Lezen

1. Ex-baas van Audi veroordeeld voor fraude in dieselgate, NOS, 27 juni 2023
2. Consumentengids zomer 2023: Dieselclaim uitgebreid. Volkswagen moest 3000 euro betalen aan twee kopers van sjoemeldieselauto's na rechtszaken.
3. Fiat sjoemelde jarenlang met de software van de motor. Consumentenbond 31 jul 2023 
4. Volkswagen weer veroordeeld in Dieselgate-procedure,  Consumentenbond 11 oktober 2023
5. Volkswagen moet de in 2017 door de Autoriteit Consument & Markt (ACM) opgelegde boete van €450.000 toch betalen, zo heeft de rechter geoordeeld. ACM beboette de autofabrikant nadat de Consumentenbond om ingrijpen had gevraagd. Consumentenbond 22 jul 2024