Nieuws

2 dec 16 dwdd university Robbert Dijkgraaf zeer boeiend college: terugzien!
21 nov 16: Persbericht: KNAW: genome editing vraagt om publiek debat en heldere regelgeving
18 nov 16: Volkswagen schrapt 30.000 banen door dieselschandaal en transitie naar elektrische auto
16 nov 16: 100.000e elektrische auto rijdt op de Nederlandse weg (AD)
10 nov 16: Is Erik Verlinde de nieuwe Einstein? Sterrenkundige Margot Brouwers resultaten wijzen er op dat Verlindes theorie klopt!
8 nov 16: Nederlander Erik Verlinde komt met baanbrekende theorie over zwaartekracht
8 nov 16: Chimpansees winden draderige algen als spaghetti om een stokje nrc
6 nov 16: The Origami Code. NPO 2 Zondag 6 nov 2016 19:15. Kijk de aflevering hier terug. Is zeer de moeite waard!

*) zie hier. [ Archief Actualiteiten ]

07 januari 2011

Senapathy publiceert in Nature Precedings

Periannan Senapathy
De uit India afkomstige en in Amerika wonende onderzoeker Periannan Senapathy heeft 3 artikelen in Nature Precedings gepubliceerd. Dat is zeer opmerkelijk, want Senapathy is iemand die er een zeer uitzonderlijke theorie over het ontstaan van het leven op na houdt. Al het leven van laag tot hoog, van bacterie tot mens, is min of meer gelijktijdig ontstaan in een 'oer-vijver' (primordial pond). Hij verwerpt daarmee zowel common descent als mutatie en natuurlijke selectie als belangrijkste verklaringen voor het leven op aarde. Het meest opmerkelijk is dat het een volledig 'materialistische' theorie is. Niets religieus of bovennatuurlijks komt er aan te pas. Dit is allemaal zeer uitzonderlijk. Ik ken zelf maar twee personen die een niet-religieus alternatief voor Darwinistische evolutie hebben gepubliceerd.

Ik kende Nature Precedings niet. Het blijkt een Nature platform te zijn voor pre-publicaties en voorlopige resultaten waarvan de auteurs vinden dat ze haast hebben en op die manier hun prioriteit willen vastleggen. De website is inderdaad van Nature, maar de publicaties worden niet ge-peer-reviewed in tegenstelling tot alle andere publicaties van Nature. Iedereen kan documenten uploaden naar de site. De eisen zijn dat de artikelen een wetenschappelijk uiterlijk moeten hebben, er mogen géén scheldwoorden in staan. Dat is het zo ongeveer. Verder kan iedereen commentaar te geven op de artikelen. Net zoals op een blog. Ik heb zelf 3 commentaren ingevoerd op het eerste artikel. De eerste werd na 2 dagen gepubliceerd, die tweede pas na 2 weken. De derde heb ik nog steeds niet gezien.Toch merkwaardig als je bedenkt dat iedereen artikelen kan plaatsen, ook 3 tegelijk, maar dat er moeilijk wordt gedaan met het doorlaten van commentaren. Er zijn trouwens niet veel commentaren. Het is natuurlijk tijdrovend en heeft geen status (?). Een opvallend commentaar van een Nederlandse bezoeker (Peter Borger!): "Interesting novel idea to explain the origin of genetic information." Nou, het is helemaal geen nieuw idee. Senapathy heeft in 1994 al een boek gepubliceerd waarin hij zijn theorie uiteenzet. En ik heb sinds 2002 al een review van dat boek op mijn WDW website (de review onderhoud ik nog steeds). En als ik op enkele slakken wat zout mag leggen: het idee van independent origin werd al bedacht door de Griekse filosofen Empedocles en Epicurus. Peter Borger schijnt niet door te hebben dat Senapathy atheist is (wat erg! wat èrg!).
 

Senapathy is excentriek, maar toch interessant. Hij heeft in Science, Genomics, Bioinformatics en PLOS One gepubliceerd. Hij is onvermoeibaar en ambitieus. Je moet daarbij in de gaten houden dat hij in die tijdschriften een gematigde versie van zijn theorie publiceert. Niet de volledige theorie. Hij vermeldt er nooit bij dat zijn theorie ook inhoudt dat de mens tijdens de Cambrian Explosion 530 miljoen jaar geleden spontaan ontstaan is uit de elementaire bouwstenen van DNA. Hij vertoont kenmerken van wat de Engelsen een crank noemen: grote zelfoverschatting, vallen de grootste wetenschappers aan (Darwin, Einstein, etc) en voelen zich revolutionairen, geven nooit hun fouten toe, geven nooit toe dat ook hun theorie met onverklaarbare verschijnselen te maken heeft, die ze dan steevast met wishful thinking wegmoffelen, luisteren slecht naar anderen, gaan bijna nooit in op kritiek, gebruiken wetenschappelijk taal, trekken conclusies uit data en literatuur die helemaal niet logisch volgen, negeren of ontkennen zaken die al lang niet meer controversieel zijn zoals de endosymbiosis theorie of zelfs alledaagse zaken zoals ieder kind heeft een moeder en vader. Ook is hij inconsequent: als het zo uit komt accepteert hij een beetje common descent (micro-evolutie), mutatie en natuurlijke selectie.

Je vraagt je af, waarom ik me met dit soort excentriekelingen bezig houdt. For a start: je weet bij Senapathy zeker dat hij géén religieuze motieven heeft. Dat is een hele opluchting! Puur natuurlijke mechanismen. Bovendien, omdat hij de literatuur op zo'n eigenzinnige wijze leest, is het voor mijzelf één grote oefening in het op verschillende manieren interpreteren van dezelfde data. Dat is uiterst nuttig. Je hebt dit soort mensen nodig, omdat die continue op moeilijk verklaarbare, weerbarstige feiten wijzen. Dat soort mensen bestaan er ook wel in de mainstream, maar zijn dunner gezaaid en minder extreem. Voorbeelden van anomalieën zijn de tegendraadse verspreiding van introns (stukken 'nonsense' DNA middenin een gen, die niet gebruikt worden voor het maken van een eiwit) en de onorthodoxe claim dat prokaryoten (bacterieën enzo) van eukaryoten (planten en dieren) afstammen in plaats van andersom. Recentelijk staan deze vraagstukken weer in de belangstelling en zijn zeker nog niet opgelost. Het vraagstuk van introns is veel fundamenteler voor de evolutietheorie dan ik ooit gedacht uit. En ik wist ook niet dat een mainstream scientist heeft voorgesteld dat prokaryoten van eukaryoten af zouden kunnen stammen. Het valt op dat Senapathy handig gebruik maakt van controverses in de wetenschappelijke literatuur in zijn eigen voordeel. Er is gewoon een niche voor dit soort personen, en die niche zal altijd blijven bestaan. Het is nog niet eens zo makkelijk om alles te weerleggen wat hij beweert. Je moet je dieper in zaken verdiepen dan normaal. En dat levert ook diepergaande inzichten op. En dat is het leuke ervan.

Tenslotte nog een aardig citaatje dat ik toevallig tegenkwam:
"By discussing how seventeenth-century chemist Robert Boyle was influenced by his predecessors, William Newman demonstrates how alchemy helped rather than hindered the emergence of modern science. (boek William Newman 'Atoms and Alchemy: Chymistry and the Experimental Origins of the Scientific Revolution')"
PS bij zijn artikel Origin of biological information op Nature Precedings heeft Senapathy nog een lang commentaar toegevoegd met een uitgebreide samenvatting van zijn theorie. Het lijkt er op dat Nature zich een beetje laat misbruiken... of misschien moet je dit zien als inherent aan een preprint server...

PS: er bestaat al 20 jaar een preprint server arXiv.org voor draft papers in wiskunde en natuurkunde.

14 opmerkingen:

Terrence zei

Ten eerste: gelukkig nieuwjaar!

Ten tweede: hoe gaat het nu met blogspot? Je blogt er nu alweer een paar maanden en ik denk dat je er nu een betere indruk van hebt dan eerst. Werkt het lekker? Dit vraag ik mede omdat het VK-blog waar ik blog er per 1 maart gewoon mee ophoud!

Ten derde: de artikelen van Senapathy waren zeker wel interessant. Voornamelijk Supplementary Table 2 uit artikel 3 gaf een goed beeld hoe hij zijn theorie neerzet. Deze tabel geeft de verschillen tussen zijn theorie, evolutietheorie en de observaties weer. Bij een aantal gingen er meteen al belletjes rinkelen. Ik vind dat hij dan toch iets teveel informatie weglaat om overtuigend over te komen.

Voorbeeldje ('phenomenon genes'):
Senapathy's theorie: Complex intron-rich genes should occur from simple protozoa to complex metazoa
Evolutietheorie: Simple split genes should occur in primitive eukaryote; increasingly complex and intron-rich in higher life forms
Observatie: Split genes in basal eukaryote such as Trichoplax and sea anemone are as intron rich and complex as in higher eukaryotes; Inter-kingdom analysis show that the very first eukaryotic ancestor must have contained highly complex intron-rich genes

Trichoplax en de zeeanemoon zijn geen basale (eerste afsplitsers van een groep) eukaryoten. Beide worden vaak niet eens als basale dieren gerekend (in de strikte betekenis van basaal zijn dat ook alleen de sponzen). Vind het vaag dat hij deze twee dieren gebruikt als voorbeelden. Archaeabacteriën (dichter verwant aan eukaryoten dan andere bacteriën) hebben ook introns, maar die vind je maar in enkele genen en het gehele complex wat ermee te maken heeft is ook nog eens simpeler. Die hebben trouwens ook nog veel meer kenmerken die eukaryoten hebben (maar dan simpeler).

gert korthof zei

Terrence,
jij ook gelukkig nieuwjaar. Wat vreemd dat de VK ophoudt met zijn blogs! Hoe kunnen ze dat nu doen! Wat onbetrouwbaar. Blijven ze het archief wel online houden? Ik ben best tevreden over blogspot.com. Ik ontdekte zojuist hoe je de recente comments in de marge kunt zetten, iets wat natuurlijk erg handig is voor bezoekers. Het enige wat ontbreekt is een nummering van commentaren. Dat is te overleven. Voor de rest werkt het aardig. Het is veel professioneler dan blog.com. ...

Tsja, Senapthy! Het is een complexe persoonlijkheid. Je kunt haast niet normaal op hem reageren zoals je met een normale wetenschapper zou doen. Hij veroorzaakt een hoop ruis, afleidingsmanouvres. Het is de kunst hoofdzaken van bijzaken te onderscheiden. Met vallen en opstaan leer je dat. De kern is zo ongeveer dat je met zijn soort computersimulaties helemaal het Origin of Life probleem niet oplost. Enfin, er is een hoop over te zeggen. (en dat heb ik ook gedaan op de pagina over Senapathy's boek op mijn website).

Terrence zei

Ze zoeken nog naar manieren om blogs te behouden, maar ik ga al mijn blogs en reacties gewoon weer opslaan op de computer (ik heb van de teksten zelf al wel steeds wordbestandjes). Een aantal anderen zijn er ook mee bezig op het moment. Ik zit dus te twijfelen naar welke bloghost ik moet gaan, er zijn er nogal wat.

Daarnet schoot me ook nog een vraagje te binnen, heeft Senapathy ooit gereageerd op jouw review? Ik zie trouwens dat je er weer een stuk hebt toegevoegd (aan de hand van deze per-publicaties), zal het morgen eens gaan lezen.

gert korthof zei

Senapathy, heeft in de afgelopen 8 jaar 2x gemaild. Hij wilde telefonisch contact. Daar had ik niet zo'n zin in. Ik reageerde: eerst maar eens reageren op mijn review (o.a. PLOSone). Maar daar heeft hij nooit op gereageerd. Typisch voor een crank. Hij is overigens niet lui, hij werkt hard en is ambitieus.
In bepaald opzicht is hij te vergelijken met Felisa Wolfe-Simon (arseen bacterie) die in feite ook een buitengewone claim heeft gedaan. Extra-ordinary claims vereisen extra-ordinary evidence. Dat heeft Felisa niet gedaan, dat was haar fout. Iets teveel zelfoverschatting, te weinig zelfkritiek. Ook zéér fout dat ze niet reageerde op kritiek. Wetenschappelijk zeer zwak! Senapathy doet ook buitengewoon extra-ordinary claims, en ook hij komt niet met bijpassend zwaar bewijsmateriaal. Ook hij reageert niet op kritiek. Misschien een heel klein beetje, indirect.

Terrence zei

Ik ben overgestapt, blogspot.com ziet er naar eerste indrukken wel goed uit. Werkt ook net zo makkelijk als het VK-blog (opluchting).

Het nieuwe gedeelte van de review is interessant, zaten een paar stukken in waar ik zelf niet op was gekomen.

gert korthof zei

Dat heb je snel gedaan. Ik zie dat je ook letterlijk je blogposts aan het verhuizen bent! (Dat heb ik zelf niet gedaan, omdat mijn oude blog blijft bestaan)

De essentie van de werkwijze van Senapathy kun je zo samenvatten:

1. Al het leven is te reduceren tot een genoom (genome-centric view of life).

2. Ieder genoom is te reduceren tot een lineaire volgorde van 4 symbolen

3. iedere DNA sequentie ('gen','genoom') is terug te vinden in een random reeks van 4 symbolen van voldoende lengte (statistical view).

De punten 1 en 2 zijn ongeoorloofde simplificaties (reducties).
Punt 3 is waar op basis van waarschijnlijksrekening alleen en heeft niets met empirische werkelijkheid te maken.

Gerdien de Jong zei

Voorbeeldje ('phenomenon genes'):
Senapathy's theorie: Complex intron-rich genes should occur from simple protozoa to complex metazoa
Evolutietheorie: Simple split genes should occur in primitive eukaryote; increasingly complex and intron-rich in higher life forms
Observatie: Split genes in basal eukaryote such as Trichoplax and sea anemone are as intron rich and complex as in higher eukaryotes; Inter-kingdom analysis show that the very first eukaryotic ancestor must have contained highly complex intron-rich genes


Behalve dat eukaryotic en multicellulair wat door elkaar gaan, Simple split genes should occur in primitive eukaryote; increasingly complex and intron-rich in higher life forms is niet echt wat evolutietheorie zegt. Wat de evolutietheorie werkelijk zegt is 1)de waarneming, en 2) de interpretatie die Michael Lynch betoogt. Volgens Michael Lynch (in mijn karikatuurversie)heeft het aantal introns te maken met de populatiegrootte (grote populatie = weinig introns, kleine populatie = veel introns).

Dat Nature Precedings is dus volledig te verwaarlozen.

Gerdien de Jong zei

... dat een mainstream scientist heeft voorgesteld dat prokaryoten van eukaryoten af zouden kunnen stammen.
Dat is een theorie die zo af te toe opduikt, het laatst 1998-2002 of zo( Glansdorff, Poole, Penny, Forterre, Philippe, Jeffares, Hartman, Fedorov), maar ook al eerder. Je kunt ook stellen dat eukaryoten in veel opzichten dichter bij de RNA-wereld staan dan prokaryoten. Dan zou er een pre-symbiotische groep zijn met een heel 'ouderwetse' celstructuur die alleen maar door de symbiose met het mitochondrium overleefde en verder uitstierf.
(ik heb het 2001-2005 op college behandeld)
Poole,A.; Jeffares,D.; Penny,D. 1999. Bioessays 21:880-889. Early evolution: prokaryotes, the new kids on the block.

Het heeft ook met 'introns early, introns late' te maken. Eukaryoten en lineaire chromosomen oorspronkelijk wordt met 'Introns early' met samengenomen voor ontstaan recombinatie.

Senapathy zou ook Hindoe kunnen zijn: Hindoe creationisme bestaat ook.

gert korthof zei

Gerdien,
dank voor de ref Michael Lynch (Interessante kijk op introns) e.a. refs.

Senapathy kan een Hindu zijn, maar er is niets, maar dan ook helemaal niets, dat daar op wijst in zijn boek, artikelen.
Zijn theorie is door en door materialistisch en reductionistisch: eukaryotische genen met introns zijn inherent aanwezig in grote hoeveelheden random DNA. Ik kan daar niets spiritualistisch in ontdekken...

Weet jij hoe Hindu creationisme er uit ziet?

gert korthof zei

NB: vanavond Labyrint uitzending!

peter borger zei
Deze reactie is verwijderd door een blogbeheerder.
gert korthof zei

Beledigingen worden niet geaccepteerd op dit blog.

gert korthof zei

PB: dat je uitgerekend iemand de les moet lezen over hoe nuttig het is in alternatieven voor evolutie te denken, die al 8 jaar lang zich in het niet-Darwinistische niet-evolutionair wereldbeeld van Senapathy heeft verdiept, en daar 3 uitgebreide gedetailleerde pagina's op zijn website over heeft, dan ben je toch extreem blind, dom, en arrogant bezig.

gert korthof zei

PB: dat je mijn website WDW niet kent, en dat je mijn Senapathy review niet kent, is tot daar aan toe, maar dat je nog steeds meent dat ik niet geinteresseerd ben in alternatieven voor evolutie, nadat je mijn bovenstaande blog hebt gelezen, bewijst dat je niet kan lezen. Dat je maar wat aan het kakelen bent als een kip zonder kop.

Ten tweede: het is ongeloofwaardig dat het je niet uitmaakt of independent origin atheïstisch is, maar dat je het wel belangrijk vindt dat het een niet-Darwinistische theorie is. Senapathy's theorie houdt nl in dat mensen rechtstreeks uit spontaan gevormde DNA moleculen gevormd zijn! (zoals ik hierboven schreef). En dat vind jij als Christen minder belangrijk dan dat het een atheïstische theorie is? Atheïsme zou minder érg zijn dan Darwinisme? ! Ongeloofwaardig!