Achteraf gezien is het merkwaardig dat de ontdekking van de chemische structuur van DNA in 1953 door Watson en Crick niet tot speculaties leidde over hoe DNA ontstaan kon zijn toen het leven ontstond [1]. Maar men had toen wel wat anders aan 't hoofd: hoe codeert DNA voor eiwitten? (m.a.w.: het probleem van de genetische code) en zulke fundamentele zaken als hoe DNA 'zichzelf' repliceert. Omdat men meende dat DNA uniek geschikt was als informatiedrager, had niemand behoefte aan alternatief DNA.
Men was zó onder de indruk van de elegante, regelmatige structuur van DNA, als de enige oplossing voor het probleem, dat er gewoonweg geen alternatief kón bestaan. Bovendien hád men al enige alternatieven op papier uitgeprobeerd en verworpen. Bijvoorbeeld die van Linus Pauling met de fosfaatgroepen en suikers aan de binnenkant en de bases aan de buitenkant.
 |
| enkelstrengs DNA (bases T,C,A,G rechts, fosfaat-suiker backbone links) |
Voor het ontstaan van het leven was die uniekheid van DNA echter een groot probleem. Als er maar één molecuul geschikt is als drager voor erfelijkheid, is het dan niet erg onwaarschijnlijk dat precies dat ene molecuul toevallig uit beschikbare chemische elementen aanwezig op de levenloze aarde tevoorschijn zou komen? De gedachte ontstond toen dat de juiste bouwstenen van DNA (suiker, fosfaat, bases) noodzakelijk moesten ontstaan in het pre-biotisch tijdperk. En die bouwstenen vormden DNA omdat dat ook chemisch noodzakelijk was. De bouwstenen konden maar één (stabiele) structuur vormen: en dat was de dubble helix met de 4 bases aan de binnenkant.
Nader onderzoek naar het ontstaan van DNA uit bouwstenen leverde hardnekkige problemen op. Men concludeerde dat er voorlopers moesten zijn. Toen opperde men een RNA-wereld als voorloper van de DNA-wereld. Dat was een grote doorbraak. Maar na veel onderzoek kwam toch langzamerhand de vraag naar boven: hoe ontstond de RNA-wereld? Voorlopers van de RNA wereld natuurlijk! was het antwoord. Maar welke? Chemici gingen zoeken naar primitieve voorlopers van de RNA/DNA wereld.
En ze vonden een aantal geschikte kandidaten. Die konden wel paren met DNA en RNA, maar konden zichzelf niet repliceren. Dat klinkt vreemd als je bedenkt dat de bases paren volgens de beroemde Watson-Crick base paren AT en CG. Die passen chemisch precies. Dat inspireerde Watson en Crick tot de beroemde understatement: de base paring in DNA suggereert een mechanisme voor replicatie!. Dat was de basis voor erfelijke informatie. Het moge dan wel zo zijn dat de bases specifiek paren, dat wil nog niet zeggen dat de dubbele helix zich efficient kan vormen en verdubbelen (DNA replicatie) zonder enzymen. Dat was een probleem (bv voor het ontstaan van het eerste DNA). Nu zijn we aangeland bij het nieuwe onderzoek dat vandaag in Science verscheen.
 |
| DNA en zes alternatieve suikers in de 'backbone' ©Science 20 april 2012 (labels toegevoegd) |
Pinheiro en medewerkers hebben 6 alternatieven voor de suiker in DNA (desoxyribose) en RNA (ribose) ontworpen en uitgeprobeerd. Die alternatieven worden XNAs genoemd (X = xeno = vreemd). Die XNAs hebben een andere backbone dan DNA. De bases en fosfaat zijn het zelfde. Zie plaatje. Dit is een behoorlijke uitbreiding van de mogelijkheden om een 'erfelijkheidsmolecuul' te maken. De nieuwe XNAs konden een dubbele helix vormen met de helft van traditioneel DNA en RNA. Ook dat is belangrijk.
Het meest vernieuwende aspect is dat de onderzoekers enzymen (polymerases) hebben ontwikkeld d.m.v. artificiële evolutie die stukken XNA konden kopieren naar DNA en weer terug. Dit was nodig omdat de natuurlijke enzymen die DNA kopieren niet werken voor XNA. Enigszins logisch. Het is nog niet gelukt om XNA volledig zelfstandig met behulp van nieuwe xeno-enzymen te laten repliceren (er is een tussenstap via DNA nodig). Dat is de volgende stap. Wanneer dat gelukt is heb je zowel alternatief DNA als een enzym dat XNA kan repliceren. Wanneer je dat hebt kan er een evolutie proces starten. In ieder geval in het lab.
De betrouwbaarheid van replicatie van XNA met de xeno-enzymen is in de orde van 95% tot 99%. Dit lijkt veel maar is lager als modern DNA. De reden is dat de nieuwe xeno-polymerase enzymen geen repair-activiteit hebben. De betrouwbaarheid berust dan geheel op base paring.
De auteurs hebben ook nog gekeken naar de mogelijkheid van evolutie van de XNA moleculen.Volgens hun proefopzet lukte dat. Ze concludeerden:
"DNA and RNA are not functionally unique as genetic materials".
Dus: XNAs kunnen functioneren als dragers van erfelijkheid en kunnen evolueren. Dit is een forse maar belangrijke uitspraak. Ze hebben in dit onderzoek geen alternatieve bases bekeken. En ze zijn ook niet ingegaan op de pre-biotische synthese van XDA. Maar, bijna 60 jaar na de ontdekking van de structuur van DNA door Watson en Crick in 1953, is nu zo langzamerhand wel aangetoond dat er alternatief DNA mogelijk is. De rest is een kwestie van tijd. Er is bovendien een link gelegd naar 'extraterrestrial life', de Origin of Life en Synthetische Biologie.
Bronnen
- Vitor B. Pinheiro et al Synthetic Genetic Polymers Capable of Heredity and Evolution Science 20 Apr 2012.
- Gerald F. Joyce Toward an Alternative Biology (begeleidend commentaar)
- Robert F. Service New Genetic Letters Augment DNA, and Soon Perhaps Life (begeleidend commentaar)
- Enzymes grow artificial DNA Nature News 19 Apr 2012
- DNA alternative created by scientists (bericht The Guardian)
Met dank aan Marleen.
Noten
- Crick was een fysicus en Watson was een bioloog. Beide waren dus geen (bio)chemici. Dat verklaart misschien dat ze geen verder onderzoek deden naar de vraag: Waarom DNA? Crick heeft nog de meeste belangstelling getoond voor het ontstaan van het leven: in 1981 publiceerde hij Life Itself. It's origin and nature.
Postscript zondag 22 april
De nrc wetenschapsbijlage had een kwart pagina over XNA door Lucas Brouwers. Daar haal ik nog de volgende aardige aanvullingen uit:
"Het startpunt was een enzym van de hitteresistente bacterie Thermococcus gorgonarius. In het lab bleek dit enzym uit zichzelf al één type onnatuurlijk suiker in een groeiende DNA streng te kunnen inbouwen." Nog 14 mutaties waren nodig. Hier blijkt al weer het belang van enzymen met grote specificiteit. Die kunnen er niet geweest zijn ten tijd van de Origin of Life?! Eigenlijk zou de nadruk van het verhaal niet zozeer op die vreemde XNA soorten moeten liggen, maar op de xeno-enzymen (xeno-polymerases). Maar dat woord wordt niet gebruikt. Ook wijst LB er op dat XNA niet door bestaande enzymen kan worden afgebroken. Al weer het belang van enzymen.
Dan komt een belangrijke vraag:
Had het leven net zo goed voor een XNA variant kunnen kiezen i.p.v. DNA?
Vragen:
- Wat was het evt. functioneel voordeel van RNA?
- Zijn er XNA varianten die makkelijker prebiotisch te synthetiseren zijn?
- Was het misschien cruciaal welke XNA variant als eerste over de beste polymerases beschikte?
Vorige blogs over DNA
- Neanderthaler DNA toont sterke en zwakke plekken van DNA16 april 2012
- DNA beoordeeld vanuit informatietheoretisch perspectief 9 april 2012
- Enkele verbazingwekkende feiten over zwakke plekken in DNA10 maart 2012
- Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven 2 maart 2012
- Reactie op de gastbijdrage 'DNA en "the secret of life"' 29 Feb 2012
- DNA en "the secret of life" (gastbijdrage Nand Braam) 27 Feb 2012
- Twee elkaar uitsluitende perspectieven op DNA 20 Feb 2012
- Is DNA 'The Secret of Life'? 7 feb 2012
- Wie heeft DNA ontdekt? En wie zouden er allemaal de Nobelprijs gekregen moeten hebben? 3 Feb 2012
- Wat waren de keuzemogelijkheden voor de structuur van DNA in 1953? 25 Jan 2012
- Als DNA perfect is, waarom dan dood, erfelijke ziekte, kanker? 23 Jan 2012
- Waarom DNA en geen RNA als erfelijkheids molecuul? (4) 19 Jan 2012
- Waarom DNA? (3) Optimale DNA structuur door Natuurlijke Selectie?16 Jan 2012
- Waarom DNA? (2) Alternatief DNA 12 Jan 2012
- Waarom DNA? (1) 10 Jan 2012
- Waarom Rosalind Franklin de Nobelprijs niet kreeg 9 dec 2007
