26 February 2022

Spring has arrived!

 

Episyrphus balteatus,
Snorzweefvlieg
Marmalade hoverfly
on crocus species


 

Spring has arrived!

 

 

detail

detail. note yellow pollen.


28 Feb 2022:

Bombus (Bombus) spec.

Bombus (Bombus) spec.

Blinde bij (is geen bij maar zweefvlieg!)
Eristalis tenax
is a species of hover fly.

Meteorological spring is 1 March.

21 February 2022

Nieuwe versie ObsIdentify (NIA) herkent nu ook levensstadium van vlinders, libellen, bijen, kevers, wespen, mieren, sprinkhanen en krekels

Ik heb een vlindergids waar helemaal geen rupsen in staan. In een andere vlindergids staan een beperkt aantal rupsen afgebeeld. Opvallend feit: nooit staan rupsen en vlinders samen afgebeeld. ObsIdentify is nu uitgebreid met het herkennen van de levensstadia van vlinders, libellen, bijen, kevers, wespen, mieren, sprinkhanen en krekels.

dit beestje werd op 27 juli 2021 geïdentificeerd als:
'Zuringrandwants (Coreus marginatus) met 96.4%' ©GK


Dit kreeg ik met dezelfde foto op 4 maart 2022:


NIA beeldherkenning voorspelt larve/nimf Zuringrandwants - Coreus marginatus met 100.0% zekerheid. Voor de beginner is dit zeker winst.

Als je nu de foto van deze rups invoert:

rups van Dagpauwoog (waarneming.nl)

reageert ObsIdentify met:

ObsIdentify (NIA) herkent én benoemt rups van Dagpauwoog vlinder.
(waarneming.nl)

ObsIdentify (sinds kort: NIA geheten) heeft altijd de rups van een vlinder gewoon de naam van de vlinder gegeven. Bijvoorbeeld: die zwarte stekelige rups hierboven werd altijd een 'Dagpauwoog' genoemd. Best vreemd. Met de nieuwe versie wordt het beestje 'rups Dagpauwoog' genoemd. Dat is duidelijker. De meeste mensen associëren immers de naam van een vlinder met het volwassen levensstadium van een vlinder. De naam 'dagpauwoog' verwijst naar de ogen op de vleugels. Idem: koolwitje (witte kleur van de vleugels); citroenvlinder (gele vleugels); vuurvlinder (oranje vleugels). Ik heb een (papieren) vlindergids waar helemaal geen rupsen in staan. Overigens is het opmerkelijk dat de software in staat is twee totaal verschillende beestjes dezelfde naam te geven. 

Dagpauwoog ©GK

imago wordt herkend én benoemt (waarneming.nl)

Bij de volwassen Dagpauwoog wordt 'imago' toegevoegd. Dit lijkt overbodig. Bij de rups van een vlinder is het wel duidelijk wat rups of vlinder is, maar dat is niet bij alle insecten zo duidelijk. Bij de Pyjamaschildwants (behorende tot de schildwantsen) is het voor een beginner niet duidelijk of we te maken hebben met larve/nimf of volwassen stadium:

NIA beeldherkenning voorspelt larve/nimf Pyjamaschildwants.

 

Dit is correct. Niet verbazend, want de foto is afkomstig van de soortpagina van de Pyjamaschildwants. Maar een andere larve/nimf foto is ook van de soortpagina afkomstig: 


larve/nimf Pyjamaschildwants (waarneming.nl)

Als je deze foto door ObsIdentify laat identificeren dan krijg je een heel ander resultaat:

NIA beeldherkenning voorspelt Rugstreeppad met 96.9% zekerheid


ObsIdentify noemt deze beestjes een Rugstreeppad! Zo ziet een Rugstreeppad er in het echt uit:

Rugstreeppad (waarneming.nl)
 

Toegegeven: ze lijken oppervlakkig een klein beetje op elkaar met die rugstreep en bruine kleur. Deze fout is een categorie fout: de verwarring van de categorie Insecten met de categorie Amfibieën. Zo'n grote fout zal zelfs een beginner niet maken. Dat maakt experimenteren met ObsIdentify altijd verrassend. Hoe goed automatische beeldherkenning ook wordt in het herkennen van soorten, het zal altijd totaal onverwachte en vaak vermakelijke fouten maken. Het zou een interessant project zijn om na te gaan hoeveel rupsen die je op de website van de Vlinderstichting kunt vinden door ObsIdentify correct worden herkend.

NIA beeldherkenning voorspelt gal Knikkergalwesp
- Andricus kollari met 100.0% zekerheid. [31 jan 2023]



Tot slot. De programmeurs van ObsIdentify hebben besloten om
éérst 'larve/imago' aan te pakken. Ik had verwacht dat man/vrouw als eerste aan de beurt zou komen. Wat is er duidelijker dan het verschil mannetje/vrouwtje? Denk aan de merel, veel eendensoorten, etc. Het zal ongetwijfeld nog komen.

 

Update 4 maart: Zuringrandwants toegevoegd. 


Bronnen

  • waarneming.nl
  • Waarneming.nl Nieuwsbrief #82 - februari 2022 Update: automatische herkenning levensstadium.
  • Download ObsIdentify voor iOS (iPhone) of Android smartphone.
  • Vlinderstichting. Rupsen determineren:  "Het determineren van rupsen is over het algemeen erg lastig."
  • Elseviers Vlindergids (1971): een degelijke gids, maar totaal helemaal niets over rupsen.
  • Dagvlinders van Europa. KNNV Uitgeverij. 2009. In een appendix 'Waardplanten van de Europese dagvlinders' zien we foto's van planten die door de rups gebruikt worden als waardplant. Over de rups wordt niets gezegd. Bij de introductie van twee vlinderfamilies wordt 1 pagina met foto's van rupsen getoond.
  • Veldgids Dagvlinders. KNNV Uitgeverij (1999). "Bij sommige soorten is de kans groter om om rupsen tegen te komen dan vlinders te ontmoeten. In deze nieuwe gids zijn zijn dan ook tekeningen en foto's opgenomen van eitjes, rupsen en poppen van die vlindersoorten, waarvan de trefkans in het veld vrij groot is."

 

Alle ObsIdentify blogs

  1. 30 Sep 2019 Test van ObsIdentify algoritme voor automatische identificatie van dieren en planten. deel 1.
  2. 21 Okt 2019 ObsIdentify software gekraakt! Vlinders identificeren zonder te weten wat een vlinder is.... deel 2
  3. 19 Nov 2019: ObsIdentify (3) Who is afraid of red, yellow and blue? De Vlinder Turing test voor mens en AI doe ik o.a. het voorstel voor een Turing test tussen mens en ObsIdentify: wie kan het snelst 1000 soorten correct identificeren aan de hand van foto's? deel 3
  4. 04 Dec 2019 : ObsIdentify (4). ObsIdentify herkent Kuifeend, Kikker, Kiekendief en vele andere soorten in plaatjes van 1 pixel. deel 4
  5. 23 Dec 2019: ObsIdentify (5) Hoe zeker is 100%? Soorten met 100% zekerheid herkennen in random pixels. deel 5
  6. 04 Feb 2020 : Hacken voor dummies en gevorderden. Beeldherkenningssoftware ObsIdentify is makkelijk te misleiden (deel 6)
  7. 18 Mar 2020: ObsIdentify geeft ALTIJD foute antwoorden buiten zijn eigen domein. Ook met hoge zekerheden deel 7
  8. 30 Mei 2020: Obsidentify voorspelt Wespendief, Buizerd en Ruigpootbuizerd op basis van foto's van dezelfde vogel. deel 8
  9. 26 Jun 2020: Toch nog een wespendief! deel 9
  10. 22 Jul 2020: Tesla beeldherkenning en ObsIdentify beeldherkenning: steeds beter, maar maken nog steeds klassieke fouten deel 10
  11. 11 Jan 2021: ObsIdentify herkent Cetti's zanger op tegenlicht foto met 99% zekerheid deel 11
  12. 4 Mar 2021 : Perfecte camouflage citroenvlinder misleidt ObsIdentify software. deel 12.
  13. 25 mei 2021: Onwaarschijnlijk goede prestaties van ObsIdentify met blauwborst en ree. deel 13.
  14. 21 juni 2021: ObsIdentify en het mysterie van de Gouden Loopkever. Het Randblindheid effect bewezen. deel 14.
  15. 21 feb 2022: Nieuwe versie ObsIdentify (NIA) herkent nu ook levensstadium van vlinders, libellen, bijen, kevers, wespen, mieren, sprinkhanen en krekels. Deel 15.
  16. Voor alle blogs over ObsIdentify klik op label ObsIdentify.

12 February 2022

How has the theory of evolution changed since Darwin?

Charles Darwin
12 Feb 1809 – 19 Apr 1882


Today, Darwin's 213th birthday, I will publish a blog about how the theory of evolution has changed since Darwin.

 

 

Fig. 1. Two empires: the virus (left) and the cellular (right) empire (source) coronaviruses (single-stranded positive sense RNA viruses)
(added, modified)



I am amazed how Darwin could construct a general theory of biological evolution that essentially still holds today considering the biological knowledge of the time. That knowledge of his time is rather primitive compared with our knowledge today. A cursory look at the illustration above is enough to realize that most of our current knowledge of the biological world was simply absent at the time Darwin wrote On The Origin of Species (1859). 

Darwin did not know Bacteria. Darwin did not know viruses. Darwin did not know Eukaryota (at least the concept). Darwin did not know Archae. In fact everything that is present in the above illustration!

The concept of the eukaryote has been attributed to the French biologist Edouard Chatton (1883–1947). It was reintroduced into biology in 1962. Definitely long after Darwin. Darwin, of course, knew animals and plants, but he didn't know that they are eukaryotes. So, strictly speaking he knew nothing of every item in fig. 1. And that is basic biology today.

Bacteria: at the time of Darwin's 1835 Galapagos Island expedition, the germ theory of disease had yet to be described. Then, in 1977, Carl Woese proposed that Archaea are different from bacteria and constitute the third domain of life. The three domains together constitute the cellular empire (see figure 1). Cellular life is contrasted with viruses which are a-cellular.  The left side of the illustration shows viruses.
Viruses are not cells. These days seven different groups of viruses are recognised. One group is Corona viruses. One of the Coronaviruses, SARS-CoV-2, started a pandemic in December 2019. Viruses were unknown in Darwin's time. In 1898 the Dutch microbiologist Martinus Beijerinck introduced the word 'virus'. Darwin died in 1882. But Beijerinck did not know RNA and DNA. He called viruses contagious living fluid

Fig. 2. The three-domain tree of life  (source)

Fig. 3. A network representation of the evolutionary process (source)

The theory of evolution was substantially upgraded with the rediscovery of Mendel's laws of heredity in 1900 and with the discovery of the structure of DNA in 1953. In 2000 the complete human genome was sequenced. Thanks to DNA sequencing and comparative analysis of genomes it was discovered that  Horizontal Gene Transfer between Archaea and Bacteria was extensive. The Tree of Life (fig. 2) became a Network of Life (fig. 3). A fundamental change. The green lines in Fig. 1. show extensive gene transfer between the three domains of life and the viruses.

Adaptation of SARS-CoV-2

In a previous blog The evolution of a pandemic virus: SARS-CoV-2 I showed an illustration of SARS-CoV-2's growing number of mutations during the past 2 pandemic years. Darwin had no idea of a 'mutation'. He could not know, because a mutation is a change in DNA and he didn't know DNA. However, he did know the concept of heritable variation. He did know some variation is advantageous, and some is disadvantageous. That was enough for him the construct his theory of evolution.  

SARS-CoV-2 does not only produce mutations and heritable variation. Some of the variation is advantageous for the virus and increases its fitness. New variants outcompete existing variants. For example the Omicron has outcompeted the Alpha and Delta variant. The SARS-CoV-2 virus is surprisingly well adapted to its human host. Virologists discovered how sophisticated the adaptation of virus to its human host is. For a start, the virus speaks the same genetic language as humans. It has the same genetic code. Its RNA is like a messenger RNA (mRNA). It is the same type as humans use for the transfer of the genetic information from DNA to proteins. That's why human cells start immediately to translate those viral RNAs into proteins. The virus also knows how to enter human cells. It has adapted to the human ACE2 receptor. The virus also knows how to reproduce and self-assemble in human cells. The virus knows how to get out of the cell. The virus has adapted to the human respiratory system. That's its environment. The virus also knows how to evade attacks of the human immune system. The virus knows how to spread from human to human by droplets and aerosols. 

These are all adaptations. In other words: SARS-CoV-2 is a prime example of evolution by adaptation and natural selection. 

Darwin would have loved it! 

Happy birthday!

 

Sources


Postscript 19 Feb 2022

I discovered that I already on 8 June 2020 paid attention to the fact that Corona virus obeys Darwinian evolution: Waarom zijn corona virussen zo groot? KNAW lezing van Eric Snijder 19 mei 2020. (Dutch)


Further Reading