Nieuws

2 dec 16 dwdd university Robbert Dijkgraaf zeer boeiend college: terugzien!
21 nov 16: Persbericht: KNAW: genome editing vraagt om publiek debat en heldere regelgeving
18 nov 16: Volkswagen schrapt 30.000 banen door dieselschandaal en transitie naar elektrische auto
16 nov 16: 100.000e elektrische auto rijdt op de Nederlandse weg (AD)
10 nov 16: Is Erik Verlinde de nieuwe Einstein? Sterrenkundige Margot Brouwers resultaten wijzen er op dat Verlindes theorie klopt!
8 nov 16: Nederlander Erik Verlinde komt met baanbrekende theorie over zwaartekracht
8 nov 16: Chimpansees winden draderige algen als spaghetti om een stokje nrc
6 nov 16: The Origami Code. NPO 2 Zondag 6 nov 2016 19:15. Kijk de aflevering hier terug. Is zeer de moeite waard!

*) zie hier. [ Archief Actualiteiten ]

04 februari 2013

Joris van Rossum promoveert aan de VU op weerlegging van de Darwinistische verklaring van het ontstaan van sexuele voortplanting

Proefschrift Joris van Rossum:
'On sexual reproduction as a
new critique of the theory of
natural selection.'
Joris van Rossum promoveerde op 11 december 2012 aan de VU op de weerlegging van de Darwinistische verklaring van het ontstaan van sexuele voortplanting, maar de hele context van de promotie suggereert Intelligent Design. Ik geef nu alleen de context van de promotie bij wijze van introductie. Nadat ik het proefschrift heb gelezen zal ik proberen een inhoudelijk oordeel te geven.

Joris Paul van Rossum

Joris van Rossum studeerde filosofie aan de VU en biologie aan de Universiteit van Amsterdam. Hij promoveerde bij een filosoof en een wiskundige. Zijn proefschrift verscheen onder 'Doctoral Theses - Philosophy'. Hij is daarmee doctor in de Wijsbegeerte. Op de pagina van de Faculteit Wijsbegeerte staat: 'Wetenschapsgebied: Theologie en wijsbegeerte' [1].

De Vrije Universiteit

Van Rossum promoveerde aan de VU, een van oorsprong christelijke universiteit. Ik kwam met het 'christelijke' van de VU in aanraking toen het VU-tijdschrift 'Wetenschap, Cultuur en Samenleving' in juni 1996 een essay 'Scheppen uit het niets' van de oud-farmacoloog Dr. F. Paesi publiceerde. Een creationistisch artikel. Ik stuurde een tegen-artikel in dat ondanks de nodige correspondentie heen en weer en aanpassingen uiteindelijk werd geweigerd. Als enige uitweg heb ik toen een website opgestart en het artikel daar gepubliceerd. Sindsdien associeer ik de VU met creationisme.

De promotoren

De promotoren
Prof. dr. Rene van Woudenberg (christelijk filosoof) en Prof. dr. Ronald Meester (wiskundige, [6]) zaten met Cees Dekker in de redactie van de Intelligent Design bundels 'Schitterend ongeluk of sporen van ontwerp?' (review) en 'En God beschikte een worm' (review).

De leescommissie

VU-wetenschapsfilosoof Henk de Regt die het proefschrift afkeurde en VU evolutiebioloog Nico van Straalen [5], die het proefschrift goedkeurde, zaten in de leescommissie van het proefschrift. De leescommissie opponeert min of meer per definitie tijdens de promotieplechtigheid. Doorgaans zijn er 6 opponenten. Behalve Nico van Straalen zaten er geen biologen in de leescommissie. Bij uitzondering opponeerde van Straalen (de enige bioloog) niet. Het opvallende is dat de leden van de leescommissie niet vermeld staan in het proefschrift.

Het onderwerp

De evolutionaire verklaring van de oorsprong van geslachtelijke voortplanting. Is dit probleem door de promovendus ontdekt? Niet echt. Het is een bekend probleem in creationistische kringen. Nederlandse websites met '15 vragen voor evolutionisten' hebben bijvoorbeeld als vraag 8: Hoe ontstond sexuele voortplanting? Het wordt gepresenteerd als een argument tegen evolutie. Deze vragen zijn afkomstig van de Engelse website 15 Questions for Evolutionists (van: http://creation.com). Zie ook: Index to Creationist Claims waar het probleem ook bekend is [2]. Zie ook: [4].

Intelligent Design

Er komen twee boeken van de bij uitstek als Intelligent Design aanhangers bekend staande Michael Behe, Darwin’s Black Box (review) en The Edge of Evolution (review) en Phillip Johnson, Darwin on Trial (review), voor in de literatuurlijst van het proefschrift. In feite zijn het de 'oprichters' van de Intelligent Design beweging.

Brief aan rector VU

Op 14 januari schreven evolutiebiologen Gerdien de Jong, Duur Aanen, Rolf Hoekstra en Arjan de Visser een brief aan de rector magnificus Lex Bouter van de VU waarin ze stellen dat de hoogleraren Woudenberg en Meester de promovendus niet hadden moeten begeleiden omdat ze geen expertise hebben in de evolutiebiologie.

Bezwaren evolutiebiologen

Afgelopen zaterdag (2 feb) verscheen BioNieuws met op de voorpagina 'VU-promotie over evolutie rammelt'  (pdf) [3] gebaseerd op een ingezonden brief van evolutiebiologen Gerdien de Jong, Duur Aanen, Rolf Hoekstra en Arjan de Visser (pdf) [3]. De kritiek komt er op neer dat de promovendus de wetenschappelijke literatuur niet goed bestudeerd heeft, waardoor hij onjuiste conclusies trekt.

In de media:

VU agenda: 11 dec 12 "Natuurlijke selectie verklaart geslachtelijke voortplanting fundamenteel niet" (is samenvatting proefschrift door de VU)

Nederlandse samenvatting van het proefschrift uit het proefschrift zelf.

Het proefschrift is gratis te downloaden van de VU website. Ondertussen is het proefschrift ook beschikbaar op google books (14 feb 2013)

Geloof en Wetenschap, ForumC, 8 dec 2012 Seks niet verklaard door darwinistische evolutie. (gratis online) [3]

Nederlands Dagblad, 12 dec 2012 'Darwinisme kan seksuele reproductie niet verklaren' (niet gratis) (file) [3] [toegevoegd 5 feb]

Elsevier, 5 januari 2013, Simon Rozendaal 'De nutteloze man': "Kritiek op de evolutietheorie komt vaak uit religieuze hoek. Bioloog Joris van Rossum betoogt nu dat er een derde weg is tussen darwinisme en creationisme". [3]
Toevoeging 22 maart 2013: Rozendaal geeft een kritiekloze samenvatting van het proefschrift. Het artikel is gebaseerd op oppervlakkige kennis van de evolutietheorie.

Wetenschap24 Hoezo radio,  10 januari. Pieter van der Wielen in gesprek met evolutiebioloog en filosoof Joris van Rossum. Interview: 21 - 42 min. Zeer nuttig omdat Joris zijn proefschrift mondeling toelicht. [3]

Reformatorisch Dagblad, 16 januari: Darwin botst met doelgerichtheid en design (gratis online)

Reformatorisch Dagblad, 18 januari: Darwin botst met doelgerichtheid en design (gratis online) (is een 'update' van 16 januari)
Bart van den Dikkenberg interviewt Joris van Rossum: "U pleit in uw proefschrift voor het kijken naar alternatieven. „Inderdaad. Ik heb zelf geen alternatief voor het darwinisme, maar pleit voor het onderzoeken van alternatieven. Een daarvan is het creationisme. Ik bedoel daarmee het idee dat wij gecreëerd zouden zijn door een Designer, een hoger Wezen.".
Conclusie (GK): voor wie nog twijfelt: van Rossum is 100% Intelligent Design en schaamt zich zelfs niet om het woord creationisme te gebruiken! (toegevoegd 7 feb) [3]

Ad Valvas 29 januari: VU-promotie over evolutie aangevochten (gratis online): "Een groep evolutiebiologen van buiten de VU vindt het onterecht  ... Maar van Rossum benadrukt dat hij niet concludeert dat de oplossing ligt in ID..."

Ad Valvas 30 januari: 'Darwin op de schop' pag 10-14. (gratis online) met interview evolutiebioloog Nico van Straalen (VU) over het proefschrift.

Nederlands Dagblad 31 januari, 'Kritiek evolutiebiologen op onderzoek VU-promovendus', (niet gratis)  bevat reactie van van Rossum op de kritieken. [toegevoegd 5 feb] [3]

Volkskrant, zaterdag 2 feb Ben van Raaij: 'Kritiek op studie over evolutie' (verstopt op pagina 12 Binnenland): "De Vrije Universiteit in Amsterdam is in opspraak gekomen door een wijsgerige promotie met kritiek op de evolutietheorie. Vier evolutiebiologen hebben een brief gestuurd naar het college van bestuur waarin zij stellen dat de VU vorig jaar ten onrechte een doctorstitel heeft verleend voor dit onderzoek." ... (scan van de tekst).

NRC 2 feb Filosofen en biologen botsen over de evolutie van seks

Reformatorisch Dagblad 2 feb Evolutiebiologen: Promotie Van Rossum rammelt. Meester: „Natuurlijk is en blijft er verschil van inzicht, maar dat is bij een wijsgerig proefschrift heel gebruikelijk.”

Trouw 3 feb 'Valt seks nou wel of niet in te passen in de evolutieleer?': "Vraag is wat er rammelt: de evolutietheorie of het proefschrift. Feit is dat er commotie is uitgebroken onder evolutiebiologen vanwege een promotie aan de VU. Joris van Rossum, ..." (gratis online).

The Post Online 3 feb Marcel Hulspas De VU knijpt Darwin in het donker. (gratis online) Betoogt dat de VU stiekum iemand op Intelligent Design laat promoveren.

Resource, 4 feb: Wageningse biologen kraken  Amsterdams proefschrift (door Albert Sikkema) (gratis online) kort citaat Arjen De Visser.

Katholiek Nieuwsblad 4 feb Henk Rijkers: Seks & pseudowetenschap
(toegevoegd 11 feb) (Henk Rijkers heeft het proefschrift ook niet gelezen!)

De Vrije Gedachte 5 feb: Evolutieleer op de schop? (gebaseerd op Trouw artikel).

Ad Valvas 6 feb Reactie Joris van Rossum op de kritiek op zijn proefschrift. Hierin gaat Joris van Rossum puntsgewijs in op de kritiek in BioNieuws.

Reformatorisch Dagblad 7 feb Van Rossum: Kritiek op promotie onjuist en onterecht. AMSTERDAM – De kritiek die vier evolutiebiologen zaterdag uitten op het proefschrift van Joris van Rossum in het vakblad Bionieuws, is een „aaneenschakeling van onjuistheden en verkeerde interpretaties.”

Geloof en Wetenschap, 18 maart, kritiek op proefschrift Joris van Rossum

Noten
  1. Hij werkt bij Elsevier uitgeverij. Joris van Rossum was 'Head of Scirus project' (zoekmachine voor wetenschappelijke literatuur). (item herschreven 9 Feb.)
  2. Met dank aan DEEN. 
  3. Met dank aan Gerdien de Jong
  4. De 'creationist' Walter ReMine had ook al gewezen op het feit dat Darwinisten de oorsprong van sex niet konden verklaren: Walter ReMine on the Origin of Sexual Reproduction: "evolutionists have been unable to even theoretically explain the origin of sexual reproduction." (toegevoegd 13 feb 13)
  5. Nico van Straalen schreef in 2009 een artikel in de Volkskrant: Darwins theorie is voor de helft achterhaald: "De verheerlijking van Darwin ontneemt het zicht op de revolutie die zich intussen in de evolutiebiologie heeft voltrokken". Hij staat dus open voor kritiek op Darwin. (toegevoegd: 8 maart)
  6. In zijn inaugurele rede (oratie) op 24 maart 2000 citeerde Meester de Nederlandse vertaling (!) De Zwarte Doos van Darwin ('Darwin's Black Box') van Michael Behe en Michael Denton Evolution, a Theory in Crisis. (toegevoegd: 9 maart)


laatste update literatuur: 18 maart.
toegevoegd: paragraaf Leescommissie (7 en 9 maart).

108 opmerkingen:

DEEN zei

Helaas zijn de enige bronnen die momenteel leesbaar (Elsevier zit achter een paywall) zijn niet voorzien van de kritiek van Gerdien de Jong et al. Hopelijk komt daar nog een link van?

Heb net de introductie even doorgelezen. Ik dacht dat het de gewoonte was om te beginnen met een korte samenvatting van je claim, maar nee, aan het eind van de introductie zijn we nog steeds geen steek wijzer over wat het probleem met natuurlijke selectie, of seksuele voortplanting, zou kunnen zijn. Het volgende hoofdstuk begint niet veel beter.

"werd begeleid door een wiskundige en promoveert in de wijsbegeerte"
Geen biologen? Goh, wat een verrassing. Wat ik me dan wel weer afvraag met een wiskundige als begeleider: waar is de wiskunde gebleven? Er staat geen enkele vergelijking in, voor zover ik kan zien. En dat terwijl bijvoorbeeld een relevant gebied als populatie-genetica toch een rijk terrein is voor wiskundige inzichten.

Verder heb ik nog even gekeken bij de "List of creationist claims" op TalkOrigins, claim CB350, Sex cannot have evolved. Geen van de referenties daar komt in de literatuurlijst voor.

En ten slotte: uiteraard ontbreekt het concept van "gene duplication" compleet. Hoe kan het ook anders?

Ik ben geen bioloog, maar ik kan me goed voorstellen dat biologen moeite hebben met het idee dat hier een titel voor verleend is.

DEEN zei

Oh, kom op zeg. In een discussie van (onder meer) het werk van Richard Lenski:
"The
changes caused by mutations and retained by natural selection were never the creation, the design, of something substantial: a new protein, biochemical pathways, or morphological features. (p. 37)"

Dan had hij zich ook niet tot zijn werk uit 2004 moeten beperken, maar ook dat uit 2008 moeten lezen. Hoe kan hij dat in vredesnaam gemist hebben?

Merk trouwens op dat het Van Rossum het werk van Lenski omschrijft als "examples of evolution by common descent that showed all aspects of the theory – evolution, random variation, and natural selection" en zichzelf daarbij tegenspreekt in zijn bewering dat "sexual reproduction has served as a condition for the principle of natural selection (p. 26)".

DEEN zei

Bedankt voor de PDF's uit BioNieuws :)

Rob van der Vlugt zei

Gert, volgens mij zit het zo:

Biologie: Een vos in het kippenhok. Gekakel, gefladder maar wat erger is: vier kippen weg en de andere kippen zijn een week van de leg. De haan, als ie het al overleeft, is een ervaring rijker.
conclusie: Het leven is hard.

Filosofie: Een knuppel in het hoenderhok. Gekakel, gefladder. Als het stof weer is neergedaald blijkt er niets aan de hand te zijn. De eierproductie is geen moment in gevaar geweest. De haan kraait victorie en denkt dat hij de wereld behoed heeft voor een groot dreigend onheil.
conclusie: Het was weer veel gedoe om niks.

Marleen zei

Hartelijk dank Gert voor alle gelinkte verwijzingen.

In het radioprogramma wordt Joris van Rossum als bioloog en evolutiebioloog aangekondigd. Zou dat laatste wel kloppen ?

Hij zegt zelf tussen het creationisme en het darwinisme te staan. Hij heeft zichzelf blijkbaar een heel speciaal plekje toegewezen. Een gewone Darwinist (bioloog) of creationist, dat kan natuurlijk niet.

Ik begrijp eerlijk gezegd al deze drukte niet. Het is duidelijk dat seksuele reproductie meer variatie voortbrengt en meer flexibiliteit in adaptatie toestaat. Dit is dan toch een prachtig voordeel voor het evolutieproces van een organisme of van evolutie in het algemeen (evolvability of evolution).

gert korthof zei

Hallo Marleen, leuk je weer terug te zien. Ik begrijp de drukte wel, maar ik ben nog aan het lezen! Lees ook even AdValvas 30 januari dat geeft weer ietsje meer theoretische achtergrond. Laatste woord is nog niet gezegd :-) en leuk is het zeker!

Theo Smit zei

Drie citaten van Gert in dit verband, even met elkaar samen gebracht (om eventuele emoties en diepe inzichten wat te temperen):

a. Lees ook even Ad Valvas 30 januari dat geeft weer ietsje meer theoretische achtergrond. Laatste woord is nog niet gezegd :-) en leuk is het zeker! (Aan Marleen, hierboven.)(Wat is er leuk, Gert, als je een vis(je) in een uiteindelijk ondoorgrondelijk watertje aan de haak slaat, als vegetarïer, maar het visje een mensje blijkt te zijn, met twee kindertjes en een vrouw? Gaat het niet om! In de wetenschap. Zei Salomon (met de mensen die lang op diens woorden wel 'moesten' vertrouwen, wegens geen alternatief, voor de geboorte van Gallileï en Darwin). (De promovendus, die duidelijk wel zijn uiterste best heeft gedaan, met als criterium 'een proeve van zelfstandig denken', beoordeeld door een commissie, verdient geen cum laude, laat staan een summa, maar het 'product' kan er in elk geval mee door, als proeve van die bekwaamheid?)

b. Als enige uitweg heb ik toen een website opgestart en het artikel daar gepubliceerd. Sindsdien associeer ik de VU met creationisme. (Uit de door Gert opgegeven link, het aller oorspronkelijkste artikel, waarmee de 'strijdvaardigheid' begon.)(Maar er is meer dan creationisme, ook in dat proefschrift!?)

c. Een overzicht van de verbazingwekkend grote diversiteit om nageslacht voort te brengen bij dieren geeft Evolutionary Perspectives on Pregnancy van John C. Avise (2013). (In een, zie ik nu, tot op het laatst, (of zelfs bijna tot in de toekomst, want in 2012 de laatste bijwerking van dat oorspronkelijke artikel.) De rapen zijn gaar.

Ben zelf pas op pagina 40 van het proefschrift. Ben zeer benieuwd naar het verdere commentaar van Gert (en Gerdien, haar 'ingediende' bezwaar nog niet gezien, en Marleen), waarbij de VU en de persoonlijke geschiedenis van de negentiger jaren maar even wat buiten schot moeten blijven? Wat klopt er 'precies' niet aan deze bloemetjes en bijtjes-kaft?

Marleen: "Ik begrijp eerlijk gezegd al deze drukte niet. Het is duidelijk dat seksuele reproductie meer variatie voortbrengt en meer flexibiliteit in adaptatie toestaat. Dit is dan toch een prachtig voordeel voor het evolutieproces van een organisme of van evolutie in het algemeen (evolvability of evolution)."

De expressie "het is duidelijk dat" geldt natuurlijk alleen voor de echt ingewijden in het vak. Het gestelde lijkt ook voor de relatieve niet-specialist, maar zich schoorvoetend bij scholende, heel aannemelijk. Maar in principe mag uiteraard gevraagd worden: is dat 'eigenlijk' wel zo duidelijk?

Cf iets waar ik bijna bij van mijn stoel viel. Gerard 't Hooft vlgs de Volkskrant: naar Mars gaan we: maar hoe lossen we dan dat biologische probleem van de lichamelijk volledig slappe teruggekeerde Kuipers op?

Jan Riemersma zei

ik begrijp een ding gewoon niet: seksuele voortplanting, het husselen van genen, past toch als geen ander verschijnsel bij Darwins idee van natuurlijke selectie?

Bovendien: als Van Rossum meent dat hij een conceptuele (een filosofische fout, zeg maar) fout heeft ontdekt in Dawkins voorstel dat het gen de 'eenheid van selectie' is, dan betekent dit toch niet dat natuurlijke selectie niet deugt: dan betekent dit in eerste instantie dat Dawkins inzichten niet juist zijn. -En vooralsnog niet veel meer (?)

gert korthof zei

Jan Riemersma, waarom zou je je sexueel voortplanten als het asexueel ook kan (voor een vrouw dan, parthenogenese, stekje van de Fuchsia)? Waarom zou je nakomelingen produceren die maar de helft van jouw genen bevatten en de andere helft van een vreemde? Maar, goed laten we niet vooruitlopen op de discussie voordat ik het hele proefschrift heb gelezen, wat trouwens voor filosofen is geschreven.

Gerdien de Jong zei

@Jan Riemersma
(punt 2) Tja, dat zou je denken. Maar lees de Nederlandse samenvatting maar, en kijk wat je er van vindt.

@Gert
Het was nogal een hype, waarom seksueel als het ook aseksueel kan, maar in de veel gevallen kan het doodgewoon niet aseksueel. Bijvoorbeeld omdat de mannelijke gameet het centriool dat nodig is voor de verdeling van de chromosomen over de dochtercellen meebrengt, en de vrouwelijke gameet die niet heeft. Of, bij de zoogdieren, omdat in de zygote de vaderlijke genen een ander methyleringspatroon hebben dan de moederlijke, en de vaderlijke genen nodig zijn bij de aanleg van de placenta. Het methyleringspatroon wordt pas later bijgesteld tot 'nieuw individu'.

DEEN zei

"Hij zegt zelf tussen het creationisme en het darwinisme te staan."
Ik zie de positie van Van Rossum zelf als de logische volgende stap in stealth-creationisme. Eerst had je ID, waarbij je zegt "het is ontworpen, maar ik zeg niet door wie (althans niet hardop waar wetenschappers en atheïsten het kunnen horen)". En nu heb je van Rossum, die zegt "ik zeg niet dat ID de oplossing is".

Het probleem is natuurlijk dat wij, die de creationisme- en ID-discussies een beetje volgen, precies kunnen traceren waar zijn ideeën vandaan komen.

gert korthof zei

Gerdien "maar in de veel gevallen kan het doodgewoon niet aseksueel..." (voorbeelden): maar dan draai je toch oorzaak en gevolg om? methyleringspatronen zijn nu nodig, maar parthenogenesis bewijst toch dat je een nieuw individu kunt maken zonder al die zaken als methyleringspatronen die van de vader afkomstig zouden moeten zijn? ik heb dat altijd gezien als zaken die secundair, later in de evolutie, onmisbaar zijn geworden.

Gerdien de Jong zei

Ja, natuurlijk, methylering etc zijn NU nodig, maar het houdt in dat de handhaving van seksuele voortplanting in beesten die nu uitsluitend seksueel zijn een fysiologische zaak is. Parthenogenese in vertebraten is redelijk zeldzaam.
Veel van de evolutionaire redenering was: "stel dat een vrouwtje twee dochters maakt in plaats van een dochter en een zoon" waarbij voor het leuke van de redenering alle praktische bezwaren niet telden.
In de vroege literatuur over seksuele voorplanting en de vraag 'waarom niet aseksueel' werden oorsprong en handhaving van seksuele voortplanting op een (1) hoop gegooid. Alles over 'kosten van mannetjes' 'genetische variatie als bescherming tegen ziekten' gaat over handhaving van seksuele voortplanting. De oorsprong van seksuele voortplanting is een heel andere, als ik de recente literatuur goed lees: alle eukaryoten (organismen met een echte celkern) hebben de meiose, en zijn van oorsprong (facultatief) seksueel. Daarmee komt de oorsprong van de meiose, en daarmee van seksuele reproductie, samen te hangen met de oorsprong van de eukaryoten - en dat is nogal een groot onderwerp.
Het beste voorstel dat ik gezien heb is dat de meiose met die vorm van recombinatie begint als DNA reparatie en verdediging tegen Horizontal Gene Transfer, in een proto-eukaryoot, dus voordat het mitochondrium kwam samenleven. Het idee is eerst haploide eukaryoten die zo af en toe aan syngamie gevolgd door meiose doen: dwz isogamie met een bijna volledig haploide levenscyclus. Dan isogamie met een levenscyclus die overschuift naar diploid. Dan de oorsprong van anisogamie, dwz twee typen gameten, een die een grote hoeveelheid voedsel meeneemt voor de volgende generatie, en een tweede die daar profijt van trekt door snel en klein te zijn. En dan anisogamie met gedwongen afhankelijkheid van elkaar.



DEEN zei

"wat trouwens voor filosofen is geschreven."

Het lijkt haast wel alsof aan filosofie een lagere standaard wordt toegeschreven dan biologie. Neem nu Van Straalen in de Volkskrant: "Ik had het als biologisch proefschrift nooit laten passeren. Maar ik vond het als wijsgerig proefschrift verdedigbaar." Of van de voorpagina van BioNieuws: "Dat er veel secundaire en verouderde literatuur wordt aangehaald heb ik ook geconstateerd, maar filosofen promoveren ook op Aristoteles. Daar heb ik dus niet echt een punt van gemaakt". Ik kan me niet voorstellen dat hij veel vrienden maakt bij wijsbegeerte met zulke opmerkingen.

Hoewel ik moet zeggen dat Meester ook niet echt helpt om de reputatie van filosofie op te houden: "Natuurlijk is en blijft er verschil van inzicht, maar dat is bij een
wijsgerig proefschrift heel gebruikelijk." Klinkt mij als een "opinions on shape of the world differ"-conclusie in de oren.

Zijn er trouwens al reacties geweest van filosofen? Er zullen er toch wel een paar zijn die zich afvragen waarom een bioloog op evolutie promoveert bij wijsbegeerte en niet bij biologie? Met een betoog dat niet door de selectie van biologie heen zou komen? En zich zorgen maken over wat dat betekent voor hun vakgebied?

harry p zei

update
Justin R. Meyer, Devin T. Dobias, Joshua S. Weitz, Jeffrey E. Barrick, Ryan T. Quick, Richard E. Lenski, Repeatability and Contingency in the Evolution of a Key Innovation in Phage Lambda Science 27 January 2012: Vol. 335 no. 6067 pp. 428-432 DOI: 10.1126/science.1214449

..This study shows the complex interplay between genomic processes and ecological conditions that favor the emergence of evolutionary innovations.

harry p zei

gerdien,

dank voor je toelichting, maar even voor de duidelijkkheid: waar zit 'm nou die natuurlijke selectie in dat beste voorstel dat jij gezien hebt: in die reparatie en die verdediging?

Gerdien de Jong zei

@Hp
ja: het idee is dat de protoeukaryoot zijn DNA in een meiose met recombinatie repareerde, en HGT met nadelige effecten kon verhinderen. Niet-repareren en HGT zou tot verstoring van whatever protoeukaryoten eigenlijk deden om in leven te blijven leiden.

Gerdien de Jong zei

@HP
Maar denk vooral niet dat alle evolutie het gevolg is van natuurlijke selectie.

Gerdien de Jong zei

Gert van Maanen had een filosoof opgebeld die het proefschrift een onvoldoende gaf, maar zei dat hij geen ruimte had om die mening in zijn stuk te verwerken.

gert korthof zei

Gerdien, het Volkskrant stuk is van Ben van Raaij. Is er nog een ander stuk?
NB dan zou het proefschrift zowel biologsich en filosofisch onder de maat zijn!

harry pinxteren zei

nee gerdien, ik denk, net als nico van straalen bijvoorbeeld, dat het eerder andersom is.

Maar als ik je goed begrijp, hebben die protoeukaryoten het hoe dan ook - whatever- lang genoeg gered. Want anders zouden ze nooit eukaryoten als nakomelingen gehad kunnen hebben ;-)

DEEN zei

Het stuk van Van Manen is van de voorpagina van BioNieuws.

Gerdien de Jong zei

@HP
Natuurlijke selectie is overal en altijd, omdat het uit de covariantie tussen fenotype en fitness bestaat: het is niet te vermijden. Mutaties geven het tempo en wat waar. Dat is niet bepaald nieuw of wereldschokkend.
Het verschil tussen een protoeukaryoot en een eukaryoot is het mitochondrium. De protoeukaryoten hebben het dus wel 'lang genoeg' gered, maar niet op zichzelf.

HP zei

gerdien

voor een leek als ik is dit wel ineens erg veel terminologie bij mekaar. bijv 'covariantie tussen fenotype en fitness' dat moet ik toch even opzoeken, want als het is wat ik denk dat het is, staat hier twee keer bijna hetzelfde- en dat zal wel niet. En die protoeukaryoten dat zijn toch een hypothetisch beestjes, (we hebben het toch niet over prokaryoten?)..

Jan Riemersma zei

Ik kan de uitleg ook niet helemaal volgen. Gerdien zegt: (a) Denk vooral niet dat alle evolutie het gevolg is van natuurlijke selectie. (b) Natuurlijke selectie is overal en altijd.

Dat is het nadeel als je zelf zeer goed bent in je vak en je moet alles honderd keer uitleggen aan leken: leken zijn niet in staat om je opmerkingen zelf in context te plaatsen. Ik begrijp de context van deze opmerkingen niet.

Dan nogmaals over de redenering van Van Rossum: hij beargumenteert eerst dat Dawkins, Williams en Monod's voorstel juist is, namelijk dat het gen de eenheid van evolutie is; vervolgens trekt hij de conclusie dat, als dat zo is, seksuele voortplanting niet kan worden verklaard door natuurlijke selectie. Dit blijf ik -op zich- een vreemde redenering vinden. Immers, het is evident dat seksuele voortplanting door de natuur op grote schaal wordt toegepast. En dus moet seksuele voortplanting, gegeven natuurlijke selectie (je mag als filosoof 'natuurlijke selectie' niet zomaar schrappen, tenzij je uitzonderlijk goede redenen daarvoor hebt: maar die zouden empirisch moeten zijn), tellen als een bezwaar tegen je eerdere bevindingen, namelijk dat het gen de eenheid van evolutie is. -Het laatste wat je als filosoof mag doen is rommelen aan de empirische bewijslast, want: filosofie is een conceptueel vak, geen empirisch vak. -Wat Van Rossum zou hebben moeten doen, zou je zeggen, is besluiten dat er onzekerheid bestaat over de vraag wat de eenheid van evolutie is: en dan zijn we terug bij af.

Jan Riemersma zei

Nog even aan aanvulling op het voorgaande: wat ik bedoel is het volgende:

Je kunt gewichten/waarden toekennen aan het belang van verschillende problemen. De wetenschapsfilosofische vraag [die in elke handboek vd filosofie vd biologie wordt behandeld] heeft minder gewicht/waarde dan de vraag of natuurlijke selectie verklaart wat we zien. Natuurlijke selectie weegt dus zwaarder. Je kunt daarom, als je meent het lastige wetenschapsfilosofische probleem van de eenheid van selectie te hebben opgelost [een probleem dat misschien een proefschrift op zich waard is], dit zwakkere en meer filosofische 'antwoord' niet gebruiken om een robuustere en empirisch beter geverifieerd element in de evolutie, namelijk natuurlijke selectie, uit het geheel te lichten. Het filosofische probleem dat je hebt opgelost heeft minder gewicht in het geheel dan 'natuurlijke selectie'.

Vergelijking: als ik ontdek dat in onze maatschappij de vrije verkiezingen tot misstanden kunnen leiden (bijvoorbeeld omdat vrije verkiezingen een rechtse partij aan de macht kunnen helpen), dan is dat probleem toch niet van zoveel 'gewicht' dat het redelijk is om dan maar de hele democratie af te schaffen.

Van Rossum geeft aan een minder belangrijk wetenschapsfilosofisch probleem zoveel gewicht, dat hij er het hele systeem mee kan ondermijnen. Hij spant het paard achter de wagen.

gert korthof zei

Jan Riemersma, je schrijft "je mag als filosoof 'natuurlijke selectie' niet zomaar schrappen, tenzij je uitzonderlijk goede redenen daarvoor hebt: maar die zouden empirisch moeten zijn"
Het verbazingwekkende is dat hij als filosoof de waarde van het empirisch bewijsmateriaal voor het optreden van natuurlijke selectie als onvoldoende en onvolledig heeft beoordeeld! Zie p. 34 waar hij het onderzoek naar de 'peppered moth' (Biston betularia) gaat bekritiseren. (Toevallig komt dat voorbeeld ook voor in het boek van de creationist Jonathan Wells! maar dit terzijde). Op p35-36 keurt hij bewijsmateriaal over HIV goed en op p37 vindt hij de bekende experimenten van Lenski aardig maar "were never the creation, the design, of something substantial". Dus: van Rossum vindt het empirisch bewijs voor het bestaan van natuurlijke selectie zwak en onvoldoende. Zonder een volledig literatuur onderzoek gedaan te hebben.

En dit is een filosofisch proefschrift. Toegelaten door een evolutiebioloog in de leescommissie die zegt dat filosofen uit verouderde literatuur mogen citeren (Aristoteles). Een bioloog die niet als bioloog oordeelt maar vindt dat het proefschrift als filosofisch ermee door kan. Maar dan gaat hij weer zijn eigen expertise te buiten. Een bioloog kan niet oordelen of een filosofisch proefschrift OK is.

gert korthof zei

Gerdien schrijft "Natuurlijke selectie is overal en altijd, omdat het uit de covariantie tussen fenotype en fitness bestaat: het is niet te vermijden"
"het is niet te vermijden" suggereert dat natuurlijke selectie noodzakelijk is, per defintie?! maar dan hoef je ook geen bewijsmateriaal te verzamelen vinden de ID-ers, dan is het per definitie waar. En dat zal wel niet je bedoeling zijn.

gert korthof zei

Ik lees op het blog van Jan Riemersma (ma 4 feb): "prof. Rene van Woudenberg, een bewonderaar van Plantinga" dat is een belangrijk stukje inside information dat samen met "De evolutietheorie wordt door Plantinga met een zeker gemak ontdaan van zijn belangrijkste ingrediënt, de natuurlijke selectie;" duidelijk maakt waarom van Rossum zich eveneens met gemak van natuurlijke selectie ontdoet! Er wordt mij opeens een hoop duidelijk.

harry pinxteren zei

gerdien, gert,

deze discussie is wel een blogs waard, denk ik.

hier worden grote problemen zo maar even onder het tapijt van de semantiek geveegd: ‘covariantie’. Er zijn inderdaad nogal wat manieren om te overleven! En dan hebben we het nog niet eens over genen, althans over dna sequenties:

Modeling evolution of molecules by means of chemical kinetics solves one vital problem of the theory of evolution: fitness can be determined independently of the evolutionary process by measuring the rate parameters of replication and the sometimes raised argument that survival of the fittest is nothing but a tautology, because there is no other way to measure fitness except running evolution, is obsolete.

prima, helemaal waar volgens mij, maar:

A full understanding of evolution, however, is confronted
with enormous complexity even in the simple case
of nucleic acid molecules in the test tube. How does the
fitness of a molecule change in response to mutation? This
question is tantamount to asking for the prediction of
molecular function from known biopolymer sequences,
which is a notoriously hard problem.
P. Schuster, 2011.

Notoriously hard problem? Monod- om maar een voorbeeld te geven- noemde dit ooit de 'epistemological contradiction' die de biologie teistert. Zie bijvoorbeeld de ENCODE discussie. In een regel: hoe kom je van sequenties (moleculen) tot (biologische) functies. Korter kan ik het probleem niet samenvatten- met dank aan Schuster.

Overingens, voor de geinteresseerden onder ons: het probleem is al geformuleerd door Aristoteles. Soms hebben filosofen duidelijk wel wat te vertellen.

hp zei

ps
gerdien, gert, en jan natuurlijk, sorry!

nand braam zei

Naar aanleiding van de eerder genoemde horizontale genoverdracht. Grappig te zien dat in de bacteriewereld ook gesproken kan worden van allochtonen (xenologs), ontstaan door horizontale genoverdracht en autochtonen (paralogs), ontstaan door verticale genoverdracht:

Gert van Maanen in bionieuws “Bacteriën doen het vooral horizontaal”:

http://www.bionieuws.nl/artikel.php?id=5780&print=1

Marleen zei

Het hele proefschrift staat of valt met de stelling dat Dawkins (en Monod etc.) beweerd zouden hebben dat natuurlijke selectie op niveau van het gen opereert. Aangezien het niet waar is dat deze schrijvers/biologen dit beweerd hebben, staat het hele proefschrift op losse schroeven. Het is geen filosofie en geen biologie: het gaat uit van een fout gegeven.

gert korthof zei

Marleen, Dawkins etc hebben 'the replicator' ingevoerd als vervanger van het organisme om 'parasitair dna' (selfish dna, bv ALU is een miljoen maal gecopieerd in de mens) en 'kin selection' (het gaat niet om het individu maar om genen in het individu die ook in verwanten voorkomen) te kunnen verklaren. Anders zou je moeten zeggen dat alle ALU repeats nuttig zijn voor het organisme en een verwante helpen ten koste van jezelf nuttig zou zijn voor jezelf. Omdat ALUs zich vermenigvuldigen en dus hun frequentie ten opzcihte van al het andere DNA toeneemt is dat stukje DNA kennelijk de unit of selection. En altruisme: genen zijn kennelijk de unit of selection omdat die profiteren van altruisme.

DEEN zei

"Toegelaten door een evolutiebioloog in de leescommissie die zegt dat filosofen uit verouderde literatuur mogen citeren (Aristoteles)."
Citeren uit verouderde literatuur is niet het probleem - zeker wanneer het erom te doen is om historische context te geven. Het negeren van relevante nieuwere literatuur wel - en ik mag hopelijk toch aannemen dat dat in de filosofie net zo goed opgaat. Zoals gezegd, ik kan me zo voorstellen dat die opmerking over Aristoteles nogal beledigend overkomt voor filosofen.

harry p zei

wel jammer marleen dat we de discussie nu op twee plekken voeren (zie onze wetenschapsgroep). Maar ik hoor het wel, hier of daar!

Marleen zei

Sequenties als ALU die zich (onbeperkt) snel vermenigvuldigen ten opzichte van andere nemen in aantal toe en lijken daarom geselecteerd te worden. Maar hebben deze sequenties wel een fenotype/een functie ? Zijn ze wel onderhevig aan natuurlijke selectie ? Of liften ze gewoon mee met het genoom dat het genotype vormt van een fenotype dat onder natuurlijke selectie staat.

Het is wel bekend dat genen ook ons gedrag beinvloeden. Het gedrag is dan het fenotype van de genen. In het geval van kin selection wordt dit gedrag geselecteerd. Wellicht vindt er in dit geval natuurlijke selectie plaats op niveau van de (sociale) groep en dus niet op niveau van het gen. De groep of familie heeft door hun gedrag een hogere 'fitness'. Hoe kan natuurlijke selectie immers een gen 'zien'. Ik kan me daar geen voorstelling bij maken.

DEEN zei

Zoals je het hier uitlegt, zie ik niet in waarom seksuele voortplanting niet in dit raamwerk zou passen. Is samenwerking tussen verwanten die genen delen wezenlijk anders dan samenwerking tussen verschillende geslachten die genen delen?

DEEN zei

Ik denk dat het niet noodzakelijk is om alle interacties tussen alle moleculen te begrijpen voordat je iets zinnigs over evolutie kunt zeggen. Je kunt op meerdere niveaus naar evolutie kijken, en je kunt een hoger niveau beschrijven zonder dat je het onderliggende niveau helemaal begrijpt. Op dezelfde manier kun je bijvoorbeeld chemische reacties bestuderen zonder dat je alle onderliggende quantum differentiaal vergelijkingen kunt oplossen.

gert korthof zei

DEEN, dan wordt het: proefschrift toegelaten door een evolutiebioloog die oordeelt dat je recente biologische literatuur mag negeren als je het maar een filosofisch proefschrift noemt, terwijl de evolutiebioloog die dat zegt niet deskundig is op filosofisch gebied, en het proefschrift tevens zou afwijzen als het een biologisch proefschrift zou zijn geweest. Met mijn aantekening dat de promovendus zich uitspreekt over de kwaliteit van empirisch bewijsmateriaal.
Tenslotte is er nog een wetenschapsfilosoof en opponent Henk de Regt die het proefschrift filosofisch onvoldoende vindt.

gert korthof zei

Marleen schreef "Sequenties als ALU die zich (onbeperkt) snel vermenigvuldigen ten opzichte van andere nemen in aantal toe en lijken daarom geselecteerd te worden"
lijken? het is een objectief feit! een miljoen copieën! ALU heeft eigenschappen die het mogelijk maken zich te vermenigvuldigen gedurende opeenvolgende generaties (celdelingen) in het milieu van de cel. Die moleculaire eigenschappen van ALU zijn adaptaties om zich te vermenigvuldigen. ALU is fitter omdat andere stukken dna zich niet vermenigvuldigen. ALU evolueert! Meeliften? Onzin! Waarom alleen ALU? Waarom liften andere stukken DNA niet mee?!

Marleen zei

DEEN, voorafgaand aan de combinatie van de geslachtscellen zijn de organismen nog geen verwanten.

(Het is zelfs zo dat er bepaalde genen zijn die de invloed van het andere geslacht tegengaan. De geslachten zijn als het ware vijanden van elkaar.)

DEEN zei

"Maar hebben deze sequenties wel een fenotype/een functie?"
Jawel: kopieën van zichzelf maken. Waarom zouden ze een functie moeten hebben die voor ons (of de rest van ons DNA) nuttig is? Het inzicht van Dawkins is juist om dat gezichtspunt los te laten.

"Wellicht vindt er in dit geval natuurlijke selectie plaats op niveau van de (sociale) groep en dus niet op niveau van het gen."
Maar het is nog steeds het gen (of de set genen) dat zichzelf voortplant, niet de groep. Het gen maakt enkel gebruik van de groep, net als dat het gebruik maakt van het individu (wat niet meer is dan een samenwerkingsverband van verwante cellen), om dat voor elkaar te krijgen.

DEEN zei

Mee eens.

Die opmerking van Henk de Regt had ik nog niet gezien, dank je. Goed te zien dat er ook kritiek uit de filosofische hoek komt.

Persoonlijk vind ik het proefschrift al onvoldoende vanwege de slechte opbouw, maar dat terzijde.

Marleen zei

Gert, Alu maakt geen eiwit en maakt gebruik van LINE's voor de codificatie van de polymerase of reverse transcriptase. Het is uiteindelijk een relatief klein netwerk dat onder selectie staat.

Kun je dan stellen dat er in de RNA-wereld natuurlijke selectie bestaat waarbij de 'fitste' RNA-moleculen 'overleven' ?

Marleen zei

DEEN, Mee eens. Het organisme (of sociale groep of familie) is het vehikel van de genen. Neemt niet weg dat het dit (door de genen bestuurde) vehikel is dat blootstaat aan natuurlijke selectie.

gert korthof zei

Marleen: het maakt niet uit HOE ALU het doet: het vermenigvuldigt zich ten opzichte van andere stukken DNA. De vraag is: Waarom alleen ALU? Waarom 'liften' andere stukken DNA niet mee? Waarom maken andere stukken DNA geen gebruik van LINE's voor de codificatie van de polymerase of reverse transcriptase? Kennelijk heeft ALU een eigenschap die andere stukken DNA niet hebben. Die eigenschap is een adaptatie.

Jan Riemersma zei

Gert, de reden waarom Van Rossum meent dat natuurlijke selectie niet zoveel gewicht heeft -en dat is natuurlijke wel een echte filosofische wending- is omdat hij meent dat materiële processen overschat zijn. Lezing van Schopenhauer bracht hem op dat idee. In die zin is dit wel een echt filosofisch proefschrift. En -zeer onthullend- dat betekent dat Van Rossum de evolutie op een of andere manier moet zien als eerder een 'geestelijk' dan een 'materieel' proces. Dat doet al met al toch een beetje 'ID'-ig aan.

Is Van Straalen gelovig?

Rob van der Vlugt zei

Jan, voor een reactie van Nico van Straalen betreffende zijn rol in het geheel, nodig ik je uit om daar op de Facebookgroep 'Wetenschap' kennis van te nemen.


http://www.facebook.com/home.php?#!/groups/214349838659823/

Marleen zei

Gert, de reverse transcriptase heeft een hoge affiniteit voor LINE's en heeft dat wellicht ook voor de ALU's. Dat is een consequentie van de sequentie van ALU, maar hangt dus ook af van de door de LINE's gecodeerde reverse transcriptase. Kortom, het hangt niet alleen van de ALU sequentie af.

gert korthof zei

Marleen, ik heb niet gezegd dat het alléén van de ALU sequence af hangt. Ik zei dat de ALU sequentie een adaptatie is. Alle oragnismen zijn afhankelijk van externe energie en grondstoffen bronnen, per definitie zou ik zeggen, dat is niet specifiek voor ALU. Voor ALU zijn alle energie en grondstoffen bronnen in de cel de externe bronnen. Als ALU dit kunstje kan doen, waarom niet andere sequences?

DEEN zei

Het idee is volgens mij meer dat, vanuit het oogpunt van een ALU sequentie, de rest van het DNA en de enzymen in de cel gewoon deel uitmaakt van zijn "leefomgeving". Het is binnen die leefomgeving dat het zich voortplant en evolueert en dat er selectie plaatsvindt - niet op het niveau van de menselijke voortplanting.

gert korthof zei

Jan zei "In die zin is dit wel een echt filosofisch proefschrift." ja, maar is dat goede filosofie? Het is toch volstrekt willekeurig en selectief als je bepaalde materiele processen je niet bevallen je dan Schopenhauer er bij haalt, terwijl hij dat niet doet voor bijv. de spijsvertering? (was zoiets ook niet de kritiek van Henk de Regt?)

Rob: "Jan, ... nodig ik je uit om daar op de Facebookgroep 'Wetenschap' kennis van te nemen".
uh? Jan, wordt uitgenodigd? een privé discussie achter gesloten deuren??? :-(

nand braam zei

Natuurlijke selectie onder de loep:

http://www.kennislink.nl/publicaties/natuurlijke-selectie-onder-de-loep

Rob van der Vlugt zei

Gert, had ik je niet ooit hartelijk uitgenodigd om lid te worden van deze openbare groep ? Het spreekt voor zich dat die uitnodiging tot in eeuwigheid blijft staan wat mij betreft :-)

Dit is wat Nico van Straalen schreef:

"Het klopt dat ik het proefschrift heb beoordeeld, als lid van de leescommissie. Ik was niet erg gelukkig met de draai die eraan gegevenw red, maar ik vond het wel verdedigbaar. Filosofie is debat.

Van Rossum voegt een nieuw element toe aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat het te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie. Daar kun je over discussieren. De vraag is waarom vrijwel alle planten- en diersoorten seksuele reproductie kennen, terwijl er ogenschijnlijk grote nadelen aan kleven in termen van de klassieke Darwiniaanse theorie over natuurlijke selectie. Over het onderwerp is zeer veel geschreven, er zijn een groot aantal verklaringen gegeven maar er is geen algemene overeenstemming over, ook niet onder evolutiebiologen.
Een bezwaar is wel dat Van Rossum een waaier aan biologische verschijnselen schaart onder de Engelse term “sex”, terwijl maar een deel van toepassing is op zijn argumentatie. Er wordt geen onderscheid gemaakt tussen vermeerdering, aseksuele voortplanting, recombinatie, apomiktische en automiktische parthenogenese, enz.
Ook is een bezwaar dat het proefschrift niet uitblinkt in beheersing van de recente literatuur. Het proefschrift richt zich vooral op een boek van de Engelse evolutiebioloog Richard Dawkins uit 1976. Ondertussen is er in de biologie wel het een en ander gebeurd! Dit punt, dat ook door de critici wordt aangevoerd, verzwakt het proefschrift zeker; aan de andere kant kun je zeggen dat het in de filosofie niet ongebruikelijk is om een proefschrift te richten op een historisch belangrijke publicatie, ook al is die al enige tijd geleden. Het boek van Dawkins heeft een enorme invloed gehad, tot ver buiten de biologie en leent zich dus bij uitstek voor een filosofische casusstudie.
Door Gerdien de Jong c.s. wordt aangevoerd dat Van Rossum ten onrechte geen onderscheid maakt tussen de “eenheid van selectie is het gen” en “natuurlijke selectie grijpt aan op het gen”. Het eerste is correct zoals bedoeld door Dawkins e.a. maar het tweede is niet correct: ook al is het gen de eenheid van selectie, natuurlijke selectie grijpt aan op het fenotype. De critici hebben hierin volkomen gelijk. Toch zou ik ter verdediging van Van Rossum willen aanvoeren dat juist Dawkins weinig ruimte laat tussen het gen en het fenotype. Processen volgend uit interacties tussen genen, de eenheid van het genoom, de fysiologie van de cel, de ontwikkeling van het individu vanuit een bevruchte eicel, de complexiteit van de epigenetica, worden door hem niet of nauwelijks besproken. Dawkins legt een directe relatie tussen een gen en een fenotypische eigenschap. Dat is hem niet kwalijk te nemen overigens, maar op dezelfde manier vind ik het ook minder bezwaarlijk dat Van Rossum het betreffende onderscheid niet gemaakt heeft. Maar laat het duidelijk zijn dat ik absoluut geen aanhanger ben van "intelliigent design" zoals Van Rossum en zijn promotoren."

Marleen zei

Gert, ik weet niet waarom ALU dit kan en andere sequenties niet. Het RNA van de 'gewone' DNA sequenties heeft heel waarschijnlijk geen of nauwelijks affiniteit voor de reverse transcriptase. En daarmee kan het zichzelf niet terugkopieren.

DEEN, dat het Alu in de cel zou leven is eigenlijk net zo als met virussen. Die leven ook in de cellen, maar worden niet als levende organismen beschouwd. Toch zijn ze aan natuurlijke selectie onderhevig. Dus wanneer we ALU als een virus zouden beschouwen is het probleem eigenlijk opgelost wat mij betreft. Maar dan moet men zich wel realiseren dat een virus gebruik maakt van de eiwitten en ander materiaal van de cel.

gert korthof zei

Marleen, mijn doel is niet om jou te plagen! maar consequent redeneren. Als 'iets' voldoet aan de voorwaarden van een evolutionair proces zoals het gedefinieerd is in de literatuur, dan moeten we dat consequent ook zo benoemen en er niet van af wijken als dat 'iets' ALU heet. Geen uitzonderingen maken dus. Als het repliceert, erfelijke variatie heeft die effect heeft op replicatie, dan moet je het evolutie noemen ook al is het een stuk dna in een cel van een organisme. Vroeg of laat staat er wel iemand op (tot overmaat van ramp een creationist!!!) om je er op te wijzen dat je niet consequent redeneert! Ik ben het eens met de manier waarop DEEN heeft steeds benadert.

Jan zei

Ik lees net dit: http://advalvas.vu.nl/achtergrond/reactie-joris-van-rossum-op-de-kritiek-op-zijn-proefschrift

Marleen zei

Gert,

Wat ik probeer te laten zien is dat Alu repliceert dankzij een enzym dat wordt aangemaakt door een ander gen (LINE). Het is dit netwerkje LINE-reverse transcriptase-ALU dat onderhevig is aan natuurlijke selectie. ALU zelf heeft geen functie en ontsnapt als het ware aan natuurlijke selectie.

Als je ALU inderdaad beschouwt als een stuk DNA dat repliceert en aan natuurlijke selectie onderhevig is (want daar hadden we het over, niet over of iets evolueert of niet), dan ben je het dus ook eens met de stelling dat het RNA uit de RNA-wereld onderhevig is aan natuurlijke selectie. Dit laaste wilde ik graag weten.

Gerdien de Jong zei

Soms denk ik dat ik iets onschuldigs zeg en dan blijkt dat ik me in de soep werk.

Natuurlijke selectie kan alleen werken als er variatie is: welke variatie bestaat, hoe die ontstaat, wanneer en waar, is belangrijker voor evolutie (dwz voor afstamming over verandering) dan natuurlijke selectie.

Natuurlijke selectie is niet iets dat je op aanvraag kunt uitschakelen. Fenotype is een eigenschap als lengte, snavelvorm of wat dan ook. Fitness is overleving en reproductie. Er is altijd een statistisch verband tussen twee grootheden die je meet aan elk individu in een populatie.

Formeel heeft selectie niet met DNA van doen, maar met de covariantie tussen ouders en kinderen. Meet lengte van de ouders een populatie. Meet lengte van hun kinderen. Bereken een covariantie tussen ouders en kinderen. Voor de meeste kenmerken vind je een positieve covariantie - langere ouders hebben gemiddeld langere kinderen, dat idee. Dat is wat je nodig hebt voor selectie. Die covariantie mag veroorzaakt worden erfelijkheid via DNA, maar culturele erfelijkheid werkt hetzelfde. Voor selectie hoef je niets over DNA epigenetica ontwikkeling etc te weten. Het is leuk als je het wel weet.

Gerdien de Jong zei

Dawkins (1976) koppelt gen en fenotype helemaal niet direct. (Wat Nico van Straalen opmerkt in de zin die begint met Processen ..) is allemaal van na 1976. met andere woorden, Nico's bewering is niet correct.

Zie hfst 3 van D1976. Na weat biologie geeft hij een voorbeeld. Dawkins(1976) zegt oa op blz 40-41; "One oarsman on his own cannot win the ox and Ca boat race. He needs 8 colleagues. ... Rowing is a cooperative venture." (Dan komt er iets over hoe de coach oarsmen kiest). ... "It is only on average that the best men tend to be in the winning boat". "The oarsmen are genes. ....As far as the survival of any one body is concerned, all its genes are in the same boat. "... ....."A gene which cooperates well with most of the other genes which it is likely to meet in successive bodies .... will tend to have an advantage".
blz 48: "I hope to have said enough ... to show that there is really no disagreement here. Just as whole boats win or lose races, it is indeed individuals who live or die, and the immediate manifestation is nearly always at the individual level. But the long-term consequences of non-random individual death and reproductive success are manifested in the form of changing gene frequencies in the gene pool".
Italics zijn van Dawkins.

gert korthof zei

Rob, hartelijk dank voor het citaat! dat is aardig van je. Ik zou het in principe zelf kunnen lezen maar heb en wil geen Facebook account uit principe:
1) dat het niet openbaar is omdat je een account nodig hebt,
2) tegen de principes van het openbare internet
3) Facebook misbruikt account gegevens (privacy!)
4) de tekst wordt niet geindexeerd door google
5) een blogeigenaar heeft ook een account nodig (identificatie) maar de inhoud van een blog is openbaar, wordt door google geindexeerd en dus voor iedereen te vinden en te lezen.

gert korthof zei

Jan bedankt (ik dacht even dat je Jan Riemersma was. Maar er schijnen meer Jannen te zijn. Welke Jan ben jij?)

gert korthof zei

Marleen vroeg: dan ben je het dus ook eens met de stelling dat het RNA uit de RNA-wereld onderhevig is aan natuurlijke selectie. Dit laaste wilde ik graag weten."
Natuurlijk, als je consequent bent, en hoe kun je anders als je wetenschappelijk wilt zijn, dan geldt evolutie voor ieder self-replicating system dat erfelijke variatie produceert dat verschil in fitness oplevert, dus ook RNA. Maar waarom vraag je dat? Dacht je aan de Koonin-threshold? Origin of Life?

gert korthof zei

Marleen schreef: ALU zelf heeft geen functie en ontsnapt als het ware aan natuurlijke selectie."
"Ontsnappen aan selectie" is bekeken vanuit het perspectief van het organisme. En dan nog: een miljoen kopieen en dan nog merkt natuurlijke selectie er niets van? Als je het bekijkt vanuit het perspectief van ALU als unit of selection: dan is het zéér succesvol. Je neemt toch ook aan dat het in de loop van de evolutie zich van 1 tot een miljoen heeft vermeerderd? (moet ik nog uitzoeken, maar neem ik even aan).

Jan Riemersma zei

Van Rossum schrijft: [Ik zou beweren dat mijn werk de theorie van natuurlijke selectie zou falsificeren. Zo nadrukkelijk trek ik deze conclusie nergens. Hoofdstuk 4 behandelt de delicate relatie tussen een falsificatie in haar meerdere betekenissen en de conclusies van mijn werk. De bovengenoemde bewering is daar echter niet aan te treffen.]

Toch heeft hij, bij gelegenheid, ook niet erg zijn best gedaan om deze conclusie duidelijk te weerspreken. Maar vooruit, als hij dit dan (officieel) niet doet...

gert korthof zei

Jan, de titel van hoofdstuk 2: The Inability of the theory of Natural Selection to Explain Sexual Reproduction, wat is het verschil met falsificatie?

nand braam zei

Vandaag 7 februari zou er nog een reactie komen van de rector magnificus van de VU :

http://advalvas.vu.nl/nieuws/%E2%80%98kritiek-op-vu-proefschrift-onjuist%E2%80%99

Jan zei

Ben benieuwd naar de reactie van Gerdien op de reactie van Joris van Rossum:
http://advalvas.vu.nl/achtergrond/reactie-joris-van-rossum-op-de-kritiek-op-zijn-proefschrift

Fijn Gert, dat je een dergelijk overzicht maakt! Hier nog een linkje:
http://www.refdag.nl/achtergrond/natuur-techniek/van_rossum_kritiek_op_promotie_onjuist_en_onterecht_1_713390

Jan zei

Uiteraard zijn er meer Jannen, in Amsterdam wonen al meer dan 8000 Jannen: http://www.meertens.knaw.nl/nvb/verspreiding/naam/Jan

Ik ben niet Jan Riemersma maar Jan van Meerten

Jan zei

Nog een overzichtsartikel op geloofenwetenschap.nl: http://geloofenwetenschap.nl/index.php/nieuws/item/356-discussie-over-evolutie-kritisch-proefschrift.html

harry pinxteren zei

gerdien,

geen paniek!

het is op zo'n blog vaak noodgedwongen grote stappen snel thuis. zoals in jouw 'langere ouders hebben gemiddeld langere kinderen, dat idee'. Vroeger werd dit als schoolvoorbeeld gegeven om regressie naar het gemiddelde uit te leggen. Daarom gebeurt dus het omgkeerde ook net zo vaak. Ook variatie 'nodig voor' selectie. Is dat dan een voorbeeld van 'negatieve selectie'?

"Voor selectie hoef je niets over DNA epigenetica ontwikkeling etc te weten". Ik vrees dat niet iedere bioloog dat met je eens is. En als je kijkt naar de laatste onderzoeksresultaten mbt bijvoorbeeld Gadd45g (Gierl et al,Developmental Cell 23(5):1032-42) dan zijn die niet alleen zeer interesssant als het gaat om seksuele selectie/reproductie, maar dat gen heeft ook in verband met een aantal unieke kenmerken van onze eigen soort een bijzonder interessante 'track record'. Of vind jij van niet?

harry pinxteren zei

deen
dat klopt. je begint bij de bouw van een boeing ook niet met bosons en zo. Maar zoals Darwin zelf al opmerkte "any variation which is not inherited is unimportant for us"

Hoe je van genen weer bij organen en organismen uitkomt (zie tweede stuk quote Schuster) en uiteindelijk bij gedrag, is een ander probleem zoals die evolutiepsychologen elke dag weer laten zien. Dus ik vraag me af of je omgekeerd wel ver komt. Evolutie zit hoe dan ook in je genen. Niet in begrippen, in vage termen, kortom in 'semantiek' (zie eerste stuk quote Schuster).

Marleen zei

Gert,

Het idee van natuurlijke selectie in de RNA-wereld heb ik zelf lang geleden op een staatsexamen naar voren gebracht en dat werd erg slecht ontvangen. Daarom vind ik het leuk om te horen dat ook jij denkt dat er natuurlijke selectie op het RNA van de RNA-wereld plaatsvindt.

Nu lees ik bij Peter Schuster (waar Harry in een discussie mee kwam) dat er in evolutie wel onderscheid gemaakt moet kunnen worden tussen genotype en fenotype. Past hij dit toe op RNA-moleculen dan is een RNA-molecuul zowel fenotype als genotype, waarbij het de sequentie is die het genotype vormt en de structuur ( driedimensionale vorm) het fenotype is.

Schuster over RNA: "....genotype and phenotype are two features of the same molecule, sequence and
structure, respectively."

Met dit in gedachten moet het genotype en fenotype van de Alu sequentie misschien gezocht worden in de RNA-versie van de sequentie dat wellicht een speciale structuur heeft. Dat stukje wordt dan in reverse getranscribeerd om er DNA van te maken.

http://www.tbi.univie.ac.at/~pks/Preprints/pks_251.pdf

harry pinxteren zei

marleen, gert'

Schuster en Eigen hebben hun quasispecies model. In de woorden van Andy Pross gaat het om hele populaties van RNA's van verschillende sequenties die om de meest succesvole van een populatie heen clusteren.
'an anlogy that may help capture the essence of quasispecies would be a flock of birds as it moves in concert over the sequence landscape in search of ever higher peaks' (Pross, What is life? 2012, 143)

Komt dat een beetje in de buurt?

hp zei

sorry addy, niet andy!

Gerdien de Jong zei

Marleen heeft exact goed: het hele proefschrift gaat uit van een fout.

Gerdien de Jong zei

@Hp
Hoe bedoel je 'negatieve selectie'?
Hoe bedoel je: 'Daarom gebeurt dus het omgkeerde ook net zo vaak.'- uitleggen van regressielijn met ouders en kinderen of uitleggen van verband tussen ouders en kinderen met regressielijn? Verreweg de meeste kenmerken hebben positieve helling als je ouders en kinderen tegen elkaar uitzet. Het is best mogelijk een negatieve helling te krijgen, maar dan heb je iets speciaals gedaan met het milieu of met de erfelijkheid (als maternaal effect).

Gerdien de Jong zei

@hp

Dat artikel(Gierl et al,Developmental Cell 23(5):1032-42)vertelt je niets over selectie. Ik kan er niet uit opmaken of de mutant even fertiel als de niet-mutant is.

gert korthof zei

Marleen, Gerdien, e.a. het is instructief om even het wiki item selfish gene te lezen: bv:
Dawkins proposes the idea of the "replicator,"[4] the initial molecule which first managed to reproduce itself and thus gained an advantage over other molecules within the primordial soup.[5] Today, Dawkins postulates, the replicators are the genes within organisms, with each organism's body serving the purpose of a 'survival machine' for its genes.

Het voorbeeld van de roeiboot, cooperating genes (Gerdien) is interessante metafoor, komt dichter bij de waarheid, maar is een latere versie van het concept selfish gene die het transformeert tot het tegenovergestelde van het selfish gene concept.

Marleen zei

Gert,

In wikipedia staat ook het volgende:

According to Dawkins, genes cause phenotypes and a gene is 'judged' by its phenotypic effects. Dawkins distinguishes entities which survive or fail to survive ("replicators") from entities with temporary existence that interact directly with the environment ("vehicles"). Genes are "replicators" whereas individuals and groups of individuals are "vehicles". Dawkins argues that, although they are both aspects of the same process, "replicators" rather than "vehicles" should be preferred as units of selection. This is because replicators, owing to their permanence, should be regarded as the ultimate beneficiaries of adaptations. Genes are replicators and therefore the gene is the unit of selection.

http://en.wikipedia.org/wiki/Unit_of_selection#Selection_at_the_level_of_the_gene

Kortom, genen (roeiers) zijn de 'units of selection' en de 'vehicles' (boten) zijn onderhevig aan natuurlijke selectie. Dat betekent dat het niet de genen zijn die onderhevig aan selectie, maar het fenotype (organism's body).

Het lijkt mij niet van belang of dit wel of niet in the 'selfish gene' stond, of dat Dawkins dit later toevoegde. Als van Rossum zich baseert op het idee dat natuurlijke selectie 'ingrijpt' op het gen, dan klopt dat eenvoudigweg niet. Je kunt toch niet stellen dat alles dat na 'the selfish gene' gezegd of geschreven is er niet toe doet als je in 2012 een proefschrift schrijft.

Anoniem zei

Het is wel humoristisch om te zien hoe de wetenschappelijke wereld, in dit geval die van de evolutiebiologen, op zijn grondvesten schudt als een nieuwkomer een kritisch geluid laat horen over Darwin's theorie van natuurlijke selectie. Het nieuwe inzicht wordt niet verwelkomd, nee, het wordt meteen afgedaan als ‘geen gedegen onderzoek’.
Het is nochtans bekend gegeven in de wetenschappelijke wereld dat er nog ‘gaten’ in deze theorie zitten, maar blijkbaar ligt het al min of meer vast hoe deze onduidelijkheden, waaronder die van de voortplanting, ingevuld moeten worden.
Het zou wel leuk zijn als de evolutiebiologen, in plaats van vast te houden aan hun verklaringen voor het handhaven van de seksuele voortplanting, zouden open staan voor nieuwe en andere inzichten op evolutiegebied. De evolutie heeft, bezien vanuit het standpunt van de lilaca, nog veel in petto. De lilaca ziet het menselijk lichaam als een nog onbewust lichaam dat nog niet zo veel kan. Vandaar dat de seks bij de mens ook nog op eenzelfde wijze gebeurt als bij de zoogdieren. Als de materie door het lila licht uit haar onbewustheid wordt gewekt, kunnen er nieuwe vermogens zichtbaar worden. Dan zal de mens met heel andere, ware, vermogens zijn toegerust die hem tot veel meer in staat stellen dan met zijn huidige onbewuste lichaam mogelijk is. Ook de manier waarop hij zich voortplant zal dan een uitdrukking zijn van zijn ware vermogens.
A.Vandersloot

Anoniem zei

Een interessante publicatie vond ik bij
http://www.elektoor.com/publicaties/serie-delta/delta-15-van-god-los.aspx

A.Vandersloot

Gerdien de Jong zei

Gert, de roeiboot staat in 1976 versie van The Selfish Gene. (hoort bij comment van 6 februari 19.42)

Van Rossum zegt (in Nederlands Dagblad):

Volgens Van Rossum is het correct dat zijn interpretatie van de ideeën van Dawkins, Monod en Williams afwijken van huidige literatuur. ‘Mijn punt is dan ook juist dat de biologen die ik behandel een fout maken als ze beweren dat met hun model biologische eigenschappen te verklaren
zijn. Dit is een van de belangrijkste stellingen van mijn werk.' Met andere woorden, 1) volgens Van Rossum begrijpt alleen Van Rossum D, W en M; 2) en volgens Van Rossum heeft de hele huidige literatuur D, W, M niet begrepen.

gert korthof zei

Gerdien, bedankt. Ik ben die passages in THE SELFISH GENE opnieuw aan het bestuderen!

harry pinxteren zei

gerdien,

als gert het niet erg vindt, reageer ik maar even zo, want met die nesting is het soms heel verwarrend.

heel kort, want de discussie gaat door, nu ook op het blog van Marleen:

-ik vroeg me gewoon even hardop af hoe regressie (naar het gemiddelde, zie bijv IQ discussies) als statistisch fenommen in jouw beschouwingen over 'covariatie' een rol zou kunnen spelen. Als geinteresseerde buitenstaander kan ik je antwoord niet helemaal volgen.

verder: GADD45g leek mij juist relevant omdat de evolutie er kennelijk voor moet zorgen dat mannetjes in stand worden gehouden wil er ueberhaupt van sexuele sexuele selectie sprake blijven. En eindelijk is er nu ook een onweerlegbaar verband tussen mannen en hersens, want al eerder was aangetoond dat dat Gadd-gen ervoor zorgt dat de aanmaak van neuronen bij ons veel langer doorgaat dan bij chimps. Nu nog de vraag waarom ook de aanmaak van mannetjes zo lang door gaat. Toch wel relevant om te weten, lijkt me Ook in verband met verhalen over seksuele selectie.

Gerdien de Jong zei

@hp
De covariantie die de regressie van kinderen op ouders gebruikt is een andere dan de covariantie van kenmerkwaarde in de ouders en fitness waarde van de ouders.
Gevraagd: de verandering in het gemiddelde van een kenmerk, bv lengte, in de populatie over 1 generatie.
Twee uitdrukkingen voor selectie(die je in elkaar om kunt zetten als je wilt, maar dat is te veel voor een comment):

1 de verandering in het gemiddelde van een kenmerk in de kindgeneratie is gelijk aan de helling van de regressielijn tussen kinderen en ouders voor dit kenmerk maal de afwijking van het gemiddelde die in de oudergeneratie het gevolg is van selectie.
Het gaat gemakkelijk als je een plaatje tekent:
zet op de x-as de gemiddelde lengte van elk ouderpaar
zet op de y-as per ouderpaar de lengte van hun kinderen
trek een regressie lijn. De regressielijn heeft helling b (die helling ligt tussen 0 en 1 voor nette kenmerken, zonder maternale effecten of omgevings invloed).
Dit is zonder selectie of verandering in het milieu, en het gemiddelde van alle ouders is het gemiddelde van alle kinderen. Noem dit gemiddelde 0 - dwz meet alle waarden vanuit het gemiddelde, voor zowel ouders als kinderen.
Populatie gaat onveranderd verder, met steeds dezelfde helling tussen ouders en kinderen in elke generatie.
Kies nu een club ouders ergens aan de linkerkant, en bereken het gemiddelde van die club ouders. Noem dit nieuwe gemiddelde S (een afstand S onder het gemiddelde 0).
Trek vanuit dat gemiddelde een lijn naar boven totdat hij de regressielijn snijdt.
Trek uit het snijpunt een lijn naar de y-as.
Het snijpunt met de y-as ligt een afstand R onder het kindgemiddelde dat er was zonder selectie.
Met andere woorden: R = b S (analytische meetkunde, zie tangens).
En dat is de eerste versie van de standaard vergelijking voor selectie. Erfelijkheid zit in de helling b.

2 de verandering in het gemiddelde van een kenmerk in de kindgeneratie is gelijk de door genen veroorzaakte covariantie tussen kenmerk in de ouders en fitness van de ouders.

Sexuele selectie is heel iets anders dan de handhaving van sexuele voortplanting door selectie. Maar uiteraard is er iets dat maakt dat mannetjes niet afgeschaft kunnen worden. In zoogdieren is dat het methylatiepatroon van de genen, en de wat verschillende functie die maternale en paternale genen in de zygote hebben. Als ik me goed herinner is het onmogelijk een placenta te vormen zonder paternale genen. Ook is het zo dat het centriool dat nodig is voor een verdeling van de chromosomen in elke deling door de spermacel geleverd moet worden: de onbevruchte eicellen hebben geen centriool.

Zoals Gert eerder zei, dit zijn huidige developmental constraints, en je kunt je afvragen waar ze vandaan komen. Maar op dit moment is het voor zoogdieren niet mogelijk sex af te schaffen.

nand braam zei

@ Gerdien

“Die covariantie mag veroorzaakt worden door erfelijkheid via DNA, maar culturele erfelijkheid werkt hetzelfde”.

Wat bedoel je precies met culturele erfelijkheid?

gert korthof zei

NB: er is een paralelle discussie op het blog van Marleen: Dawkins en Gould.

gert korthof zei

Nand, als ik mag: culturele erfelijkheid: het drinken van melk door volwassenen in bepaalde culturen en in andere niet wordt doorgegeven van generatie op generatie. Er is een correlatie met genetische aanleg voor het vermogen om melkeiwitten op volwassen leeftijd te verteren.

Jan Riemersma zei

De rector zegt:

http://www.advalvas.vu.nl/nieuws/vu-rector-trekt-lering-uit-kwestie-evolutieproefschrift

peter borger zei

Ben ik even blij met Van Rossum.

Na drie jaar opnieuw enorme wetenschappelijke kritiek op Darwins meest achterlijke stelling.

Lees ook Terug naar de Oorsprong waarin ik beargumenteer waarom natuurlijke selectie geen rol van betkenis speelt in de oorsprong der soorten, strukturen, genen en genetische netwerken.

Het einde van de Darwinistsche religie komt dichterbij.

PB

peter borger zei

In mijn boek beschreef ik een leuk voorbeeldje van een zowel sexueel-als-asexueel-voorplantertje: Dyctiostelium.

Voor Dyctie geldt "Waarom sexueel voortplanten als het ook asexueel kan"? Dyctiostelium heeft voor sex namelijk wel meer dan 2000 extra genen voor nodig! Wist u dat, geachte Darwinstische gradualistische opponenten? En waar haal je 2000 extra genen...??? Stap voor stap door random puntmutaties?

Een organisme, zelfs een eencellige als Dyctiostelium, is GEEN blob protoplasma. Het is een informatieverwerkend systeem. Een zichzelf reproducerende microprocessor. Dat wist Darwin niet, maar de moderne mens dient het te weten. Zeker als ze zich bezighouden met het debat.

PB

Marleen zei

Peter Borger,

Hoe zit dat dan met deze microprocessor. Waarom houdt hij er twee reproductiewijzen op na. Wat is het voordeel daarvan ?

peterborger@hotmail.com zei

Gerdien zegt:

"Het verschil tussen een protoeukaryoot en een eukaryoot is het mitochondrium."

In de 19e eeuw kon je dit nog wel zeggen, Gerdien, en het is duidelijk dat je van de oude school bent. Even voor de kijkers thuis: een proto-eukaryoot bestaat in de realiteit niet; het is verder niks dan een hypothetische constructie van de oude school. Het is voor het moderne biologische denken niet meer nodig.

Bij een eukaryoot gaat het ook niet om het mitochondrion (die slechts nodig is ter oppervlaktevergroting om de grotere eukaryotische cel van energie te kunnen voorzien; de oppervlak-inhoud ratio van de eukaryotische cel is te klein en dus heb je extra membraan nodig waarover je een protonmoter/ATPAse kunt laten lopen), maar het gaat om de karyon...de kern.

Het DNA in de kern (u weet wat DNA is en wat de veschillen zijn tussen prokaryota en eukaryota, neem ik voor het gemak aan) vormt een 3D struktuur dat genetische programma's bijelkaar brengt voor adaptatie, specialisatie en speciatie. Het DNA is volstrekt anders georganiseerd met heel veel wat jullie junk DNA noemen, maar in werkelijkheid o.a. de 3D vouwing van het DNA bepalen. Er is hier veel 20ste en 21ste eeuwse-literatuur over.
PB

peter borger zei

Marleen, dat staat in mijn boek Terug naar de OOrsprong. Daarvan heb ik je ooit eens een gratis exemplaar toegezonden. Heb je het bij de hand? Prima, sla pagina 176-178 op en lees dat nog eens aandachtig door.

Veel leesplezier!

PB

Peter Borger zei

Voordeel? Voordeel? Alleen Darwinsten denken in termen van voordeel.

Marleen, dat staat in mijn boek Terug naar de OOrsprong. Daarvan heb ik je ooit eens een gratis exemplaar toegezonden. Heb je het bij de hand? Prima, sla pagina 176-178 op en lees dat nog eens aandachtig door.

Veel leesplezier!

Marleen zei

Dus de grote designer vond het gewoon een leuk aardigheidje om er in dit geval twee reproductiewijzen bij te maken. Net zoals al die andere variaties op het thema.

Ik lees dat je het vooral hebt over de enorme selectiedruk die op het 'dubbele genoom' staat en dat dat wel gebruikt moet worden anders krijg je 'use it or lose it'. Daar haal je Darwin niet mee onderuit.


peter borger zei

Deze wiki van Marleen is interessant. Het toont meteen waarom mijn boek Terug naar de Oorsprong nog steeds zo enorm actueel is: genetic redundancy en no-fenotype knockouts.

Is het leuk om met Darwinisten te debateren? Neen, want het is nooit leuk pseuodwetenschappers te woord te staan...maar het zal wel moeten. En het is noodzakelijk, zelfs, want dogma en vooringenomenheid verpakt als wetenschap dient te worden bestreden.

PB

Marleen zei

PB,

Je debatteert helemaal niet. Je strooit met kreten.

Gerdien de Jong zei

En waar haal je 2000 extra genen vandaan?

Bloomfield et al, 2010. Sex Determination in the Social Amoeba Dictyostelium discoideum. Science 330: 1533-1536.
Bloomfield, 2011. Genetics of sex determination in the social amoebae. DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 53: 608-616

3 mating types, 4 genen

harry p zei

gerdien,

dank voor je privecollege - stof van meer dan 40 jaar geleden! Maar we fietsen er een beetje mee door de discussie heen.

verder volg ik die met belangstelling want ik wil nou ook wel eens weten of we het hier hebben over 'darwins meest achterlijke stelling' zoals PB het noemt. Eerlijk gezegd denk ik dat soms ook wel eens als ik die evolutiepsychologen bezig hoor!

En verder had Wallace al een paar zinnige bezwaren - zover ik kan nagaan.

DEEN zei

Ben ik de enige die een proest niet kon onderdrukken bij het lezen van zijn ondertekening?

Gerdien de Jong zei

Tja DEEn, na alle commentaar in Ad Valvas vandaag ook nog ...

PB zei

En Darwins tijdgenoot Mivart niet te vergeten. Zijn boek "On the Genesis of Species", waarin hij het natuurlijke selectie verhaalte volledig weerlegt, is het meest ontkende boek aller tijden.

Darwins meest achterlijke stelling (speciatie door natuurlijke selectie) werd binnen enkele decennia na het verschijnen van The Origin reeds weerlegd door biologen als Mivart, Blyth, en anderen. In de loop der tijd werden ook zijn andere stellingen (gradualisme, universele gemeenschappelijke afstamming, variatie als random proces) volledig weerlegd. We hebben dan ook te maken met een geloofsstrijd, geen wetenschappelijke.

pb

Peter Borger zei

In mijn boek heb ik ook getoond dat er binnen hetzelfde genus vissen zelfs meerdere soorten sexuele voortplanting kunnen ontstaan. Dwz op verschillende genetische systemen gebaseerd.

Het oergenoom was derhalve complexer dan de huidige versnipperde genomen. Het bevatte meerdere systemen voor hetzelfde doel (er was redundantie mbt sexsystemen). Je kunt derhalve een van systeem verliezen, en er blijft slechts eentje gehandhaafd door natuurlijke selectie. Selectie conserveert een van de systemen. Het kan geen twee functioneel gelijkwaardige sytemen handhaven.

Dat is ook wat we tegenwoordig zien in laboratoriumexperimenten met Dyctiostelium: hun sexuele voortplantingsysteem (dat uit 2000 extra stukjes bestaat) verdwijnt door random accumulatie van mutaties.

De Darwinisten hebben overal, werkelijk overal, oorzaak en gevolg omgedraaid. En als je dat aantoont dan moet je rennen voor je leven.

In mijn boek behandel ik er een groot aantal Darwinistische oorzaak en gevolg verdraaiingen, en ik zet ze recht waardoor de biologie een stuk begrijpelijker wordt.

pb

harry p zei

peter,

bedank voor de verwijzingen
ik kende Mivart niet,

Ik lees dat hij een 'theistic evolutionist' is - geen punt want zoals Wallace zei: mijn oplossing mag dan fout zijn, maar het probleem blijft staan.
En Darwin heeft dat dan ook, bij mijn weten, nooit kunnen ontkrachten al praat hij er in Descent wel uitgebreid omheen en probeert hij pagina's beschrijving te verkopen als verklaring.

Anoniem zei

Om de wetenschap te laten evolueren moeten er mutaties zijn op het heersende paragdigma. Misschien heeft hij geen gelijk, misschien wel.