18 January 2014

God is geen werkbare hypothese in de wetenschap. Ronald Meester: Arrogant.

"Newton, believing that the secular perturbations which he had sketched out in his theory would in the long run end up destroying the solar system, says somewhere that God was obliged to intervene from time to time to remedy the evil and somehow keep the system working properly.
This, however, was a pure supposition suggested to Newton by an incomplete view of the conditions of the stability of our little world. Science was not yet advanced enough at that time to bring these conditions into full view.
But Laplace, who had discovered them by a deep analysis, would have replied to the First Consul that Newton had wrongly invoked the intervention of God to adjust from time to time the machine of the world and that he, Laplace, had no need of such an assumption. It was not God, therefore, that Laplace treated as a hypothesis, but his intervention in a certain place."
(wikipedia)
Na Laplace zal het nooit meer iets worden met God in de wetenschap. Het werkt niet, het kan niet werken. Jonge-Aarde en Oude-Aarde creationisten hebben het geprobeerd, Intelligent Design creationisten hebben het geprobeerd, Theïstische Evolutionisten hebben het geprobeerd: het zal nooit wetenschappelijk bruikbaar worden. Het is tot mislukken gedoemd. Dat weten astronomen, geologen, natuurkundigen, chemici en biologen. Dat natuurwetenschappers God-hypothese uit hun wetenschap hebben geschrapt is geen arrogantie, maar professionaliteit. Ze hebben de God-hypothese verwijderd uit de biologie omdat ze er geen biologische verschijnselen mee kunnen verklaren. 
Ronald Meester ziet dat niet scherp. Dat blijkt uit de volgende 'verspreking':

"Darwins theorie heeft velen ervan overtuigd dat we God niet meer nodig hebben, en misschien is het juist daarom dat kritiek op het darwinisme doorgaans zo slecht wordt ontvangen."
Hij vergeet toe te voegen: dat we God niet meer nodig hebben om biologische verschijnselen te verklaren. Dat is een groot verschil! Overigens, komt daardoor zijn conclusie dat kritiek op het darwinisme 'doorgaans zo slecht wordt ontvangen' geheel op losse schroeven te staan.

Ronald Meester: Arrogant.

 

Ronald Meester weet dat eigenlijk ook wel "omdat God niet te vangen is in rationele argumenten" (zijn eigen uitspraak). Daarom kan de wetenschap zo'n begrip helemaal niet gebruiken. Meester kan terecht of onterecht klagen over het feit dat wetenschappers de grenzen van wetenschappelijke kennis niet erkennen. De ene wetenschapper wel, de andere niet. Dat geklaag zal nooit als resultaat kunnen hebben dat de God-hypothese ingeschakeld wordt om 'de gaten' in de wetenschappelijke kennis op te vullen.

Seksuele voortplanting niet verklaard? Een gat in de evolutietheorie? Strijdig met het Darwinisme? Of zelfs een mysterie? Wil Meester biologen verbieden om het probleem van seksuele voortplanting verder te onderzoeken? Meester vergeet dat topwetenschappers impliciet grenzen erkennen, omdat hun onderzoek per definitie grensverleggend is. Je kunt alleen grenzen verleggen, als er grenzen zijn. Die grenzen zijn de grenzen van dit moment. Het zijn tijdelijke grenzen.
Ronald Meester zal uitsluitend privé kunnen denken: dat gat in de kennis wijst op het bestaan van God. In de wetenschappelijke tijdschriften is er geen plaats voor een dergelijke hypothese. In een boek bij de uitgeverij Ten Have is het op zijn plaats.

Ik vind het sympathiek dat vele Intelligent Design aanhangers, zoals bijvoorbeeld Michael Behe, geen probleem hebben met common descent. Ronald Meester gelooft ook in de 'gezamenlijke afstamming', hij laat zelfs 'het evolutionaire bouwwerk volledig intact'. Wat valt er nog te kritiseren als je het hele evolutionaire bouwwerk intact laat? Moet hij hier ook niet kritisch zijn? Gemeenschappelijke afstamming van al het leven impliceert dat alle 1,7 miljoen nu levende soorten planten, dieren, bacteriën aan elkaar verwant zijn. Kunnen 'Darwinisten' daar ook niet een steekje hebben laten vallen? Moet hij niet grondig al het bewijsmateriaal bestuderen in zijn rol als professioneel criticus van het Darwinisme in het belang van de wetenschap? Des te meer als je bedenkt dat hij de volgende mening is toegedaan:

"Geloof in een wetenschappelijke verklaring voor alles vind ik persoonlijk een grotere geloofsdaad dan geloven in God."
Waar baseert hij dat op? Hoe onderbouwt hij dat? Hoe zou je zo'n uitspraak überhaupt hard kunnen maken als "God niet te vangen is in rationele argumenten"? Zijn het trouwens geen totaal onvergelijkbare zaken die hij aan het vergelijken is? Of is het gewoon een persoonlijke losse flodder waarmee hij zich op handige wijze onttrekt aan iedere argumentatie?

 
Ronald Meester (2014) 'Arrogant. Waarom wetenschappers vaak minder weten dan ze denken', uitgeverij Ten Have. 
Deze post is gebaseerd op een voorpublicatie die verscheen in de Trouw zaterdag 18 januari 2014 (het is letterlijk overgenomen uit zijn boek 'Arrogant').

Bijgewerkt en aangevuld: zondag 19 januari. [18:59]

Postscript

25 jan 2014

In een artikel 'Twist over Adam of aap is passé' in de Trouw van zaterdag 25 jan. wordt gesteld dat de controverse over de evolutietheorie niet meer meetelt in het grote religiedebat. Als voorbeeld geven de auteurs dat de vraag of de evolutieleer te verenigen is met Genesis niet voorkomt in het boek van Paas en Peels. Maar het Trouw artikel vergeet dat: Joris van Rossum promoveert aan de VU op weerlegging van de Darwinistische verklaring van het ontstaan van sexuele voortplanting met als promotoren:  Rene van Woudenberg en Ronald Meester. Darwinisme (Darwinistische verklaringen) is dus nog steeds een doelwit van christelijke denkers. De discussie verplaatst zich nu van Genesis naar de volledigheid van Darwinistische verklaringen ('Darwin kan niet alles verklaren'). 

Postscript

6 Feb 2014

In de Volkskrant van donderdag 16 januari 2014 verscheen een interview met Ronald Meester door Martijn van Calmthout.

Postscript

12 Feb 2014

De oorspronkelijk titel van dit blog was "Tegen Ronald Meester: God is geen werkbare hypothese in de wetenschap" .  Sommigen wezen er op dat het in het boek van Meester het nergens over God gaat. Daarom is 'Tegen Ronald Meester' verwijderd. Het blog blijft een stuk over andere fouten van Meester en tegen God in de wetenschap.

 

Postscript

23 Oct 2024

Ronald Meester (2008) Wetenschap lost mysterie niet op, Trouw5 december 2008. (mijn samenvatting: Wetenschappers zijn arrogant, maar creationisme is niet het antwoord.) (Met dank aan Klaas van Dijk).


13 January 2014

Colleges van evolutiebioloog Roy Erkens bij de Universiteit van Nederland

Roy Erkens in het vierde college bij de
Universiteit van Nederland met de 'Atlas of Creation'

 

Evolutiebioloog Roy Erkens gaf maandag 6 januari t/m vrijdag 10 januari 2014 een serie van 5 colleges over evolutie. Ze zijn alle 5 te volgen op de website van de Universiteit van Nederland. Het vijfde college had als titel: 'Wat zijn de religieuze argumenten tegen evolutie?'. 

Het bleek dat hij ook een gratis exemplaar van de zgn. 'Atlas of Creation' had aangetroffen in zijn postvakje (dit speelt zich af in 2007, zie mijn blog van 22 januari 2007). Een leuk voorbeeld van wat een wetenschappelijke theorie is: er zijn twee soorten parachutes, een parachute is gebaseerd op de Newton's theorie van de zwaartekracht en de andere moet je in geloven. Welke kies je?

Voor wie? Ga de colleges bekijken als je op een vlotte en toegankelijke manier in 5 maal een kwartier op de hoogte gebracht wil worden wat de evolutietheorie is. Of: als je al redelijk op de hoogte bent van de evolutietheorie kun je de colleges bekijken met op de achtergrond de vraag: hoe zou ik de evolutietheorie in 5 kwartier uitleggen aan het grote publiek?

Roy Erkens gaf eerstejaarscursus evolutiebiologie aan de Universiteit van Utrecht en is nu als onderzoeker en docent Biologie verbonden aan de Universiteit van Maastricht.Op zijn personal homesite beantwoordt hij nog een paar vragen over de colleges.

De Universiteit van Nederland is een iniatief van Alexander Klöpping en Marten Blankensteijn.

Ter aanvulling: naar aanleiding van een opmerking van Erkens, hier is nog een overzichts artikel over creatonisme in Skandinavië en hier over Creationism in Norway

Correctie: ik had het steeds over 4 colleges, dat moet natuurlijk 5 zijn! (5 werkdagen! Is gecorrigeerd in de tekst). [15 jan.]

Colleges:

ma 6 jan: Krijgen we kieuwen als de aarde opeens onder water loopt?
di   7 jan: Hoe zorgde evolutie ervoor dat vissen op het land konden leven?
wo 8 jan: Waarom kunnen we geen seks hebben met eikenbomen?
do  9 jan: Waarom zorgt seksuele selectie voor mooie mannen met zinloze blindedarmen?
vr 10 jan: Wat zijn de religieuze argumenten tegen evolutie? 

06 January 2014

Darwin's abominable mystery: het ontstaan van bloemdragende planten opgehelderd?

In de Science van 20 Dec 2013 stond een artikel [1] over de oorsprong en evolutie van Angiospermae (flowering plants, 'bloemdragende planten', bedektzadigen). Wat mijn aandacht trok was een opmerking in de inleiding:

Darwin's abominable mystery
"Darwin famously characterized the rapid rise and early diversification of flowering plants (angiosperms) in the fossil record as an "abominable mystery". [1]
Charles Darwin noemde het schijnbaar plotselinge ontstaan van de Angiospermae een 'vreselijk mysterie'. Het was mij ontgaan dat Darwin dit als een groot probleem zag. Misschien niet zo verbazingwekkend, want het staat niet in het hoofdstuk 'Difficulties on Theory' van The Origin of Species [14]. En in evolutiehandboeken komt het ook niet vaak voor. Het waren slechts een paar losse opmerkingen in een brief van Darwin uit 1879 en in een brief uit 1881 [2]. Maar toch zijn deze losse opmerkingen beroemd geworden. Ik wil in dit blog stilstaan bij de betekenis van Darwin's abominable mystery voor de evolutietheorie.

Wat is het probleem?


Wat was het probleem? Waarom is het zo'n groot probleem? Waarom wordt er nu nog steeds verwezen naar Darwin's verzuchting? Heeft de recente Science publicatie het probleem nu opgelost?

Er zijn 6 deelproblemen die opgelost moeten worden:
  • de plaats van oorsprong van de bloemdragende planten
  • het tijdstip van oorsprong
  • de evolutionaire voorouder (gezien de combinatie van unieke kenmerken, is het onwaarschijnlijk dat Angiospermae meer dan één keer ontstaan zijn. (bron)
  • de oorzaken van de enorme ecologsche en morfologische diversiteit (de Angiospermae omvatten zo'n 350.000 soorten die alle uithoeken van de wereld hebben veroverd)
  • de explosieve toename van het aantal soorten (een soort big bang)
  • de onderlinge fylogenetische relaties binnen de Angiospermae


Stamboom van Angiospermae:
tomaat, zonnebloem, populier, banaan, rijst, mais, etc.
Niet-Angiospermen: den, varens, mossen.
sterretjes: 3 polyploïdisaties in de evolutie van planten,
groen en witte rondjes: 16 recentere polyploïdisaties.
©Science 20 Dec 2013

 

De Science publicatie benadert het probleem vanuit genomics (=complete DNA van een organisme). Het DNA van een primitieve Angiosperm Amborella is gesequenced. De publicatie wijst op de rol van een genoomduplicatie (polyploidie) vlak voor het ontstaan van de Angiospermen gevolgd door nog vele genoomduplicaties (zie figuur). In de stamboom van de planten hebben er in totaal 19 genoomverdubbelingen plaatsgevonden. Dat geeft mogelijkheden voor mutaties in het gedupliceerde deel zonder dat oorspronkelijke functies aangetast worden. En op basis van mutaties kunnen adaptaties ontstaan.

Een populair probleem met een geschiedenis


Mijn eerste indruk van de Science publicatie was dat Darwin's probleem nu min of meer was opgelost. Maar, dat bleek niet te kloppen. Het is in feite een vervolg studie van eerdere onderzoeken uit 2011 en 2006 waar Amborella ook al figureerde. In Science vond ik nog 10 andere artikelen tussen 8 Feb 2013 en 1904 [3] en in Nature 27 publicaties in de 110-jarige periode 2013–1903 die de Darwin quote bevatten. Verder in vele wetenschappelijke boeken die zich met de evolutie van Angiospermae bezighouden, op populair-wetenschappelijke websites zoals ScienceDaily [4] en anti-creationistische website zoals TalkOrigins [5], maar ook op creationistische sites [7] en boeken [10]. 
Google Scholar (Google's wetenschappelijke zoekmachine) geeft een –voor wetenschappelijke publicaties– verbazingwekkend aantal van 371 hits op de zoekterm "Darwin's abominable mystery". Het is zeer bijzonder dat een opmerking in een brief van Darwin zo vaak voorkomt in de wetenschappelijke literatuur. Maar het feit dat dezelfde quote ook door een eindeloze rij creationisten wordt 'gebruikt' maakt de quote pas echt uniek. Het is verbijsterend dat een opmerking van Darwin in een brief uit 1879 over de mysterieuze oorsprong van de Angiospermae terug te vinden is op christelijke websites zoals 'Christian Web' en in christelijken boeken als: 'Handbook of Biblical Evidences: The Facts on Jesus Creation The Bible' ! Christenen geïnteresseerd in de oorsprong van Angiospermen?
Het aantal treffers in de standaard Google zoekmachine zou ongeveer 162.000 zijn! Zelfs in de New York Times. Een zeer populaire quote kun je wel zeggen. Een zeer leesbaar overzicht van wat Darwin nu precies bedoelde met die quote vind je hier: [11].

Ook in een evolutiehandboek


Volgens Strickberger's Evolution derde (2000) en vierde editie (2008, p.331) is Darwin's abominable mystery nog steeds niet opgelost. Voor zover ik kan nagaan komt Darwin's abominable mystery in de vijfde editie (2013) helaas niet meer voor, terwijl de evolutie van de Angiopsermae wel wordt behandeld. Futuyma (1998) Evolutionary Biology maakt geen melding van Darwin's abominable mystery. Andere handboeken vermelden  abominable mystery niet en hebben weinig over Angiospermae te melden. Evolutiehandboeken zijn er in principe om studenten vaststaande kennis te leren en niet om ze met onopgeloste problemen te confronteren? Maar, het zou toch knullig zijn als ze van het probleem op de hoogte gesteld werden door christelijke websites? Dan kun je het maar beter goed uitleggen in evolutie studieboeken. Een overigens uitstekend boek van Donald R. Prothero (2007) 'Evolution. What the Fossils Say and Why it Matters' [17] zegt helemaal niets over planten, en Angiosperms komen niet in de index voor. Alsof 'fossielen' synoniem zijn met 'fossiele dieren'. Alsof er geen fossiele planten zijn.

Probleem opgelost of niet?


Titels van artikelen zoals "could help solve", "provides insight into", "Unraveling Darwin's "abominable mystery", "addresses Darwin's 'abominable mystery", "towards resolving Darwin's abominable mystery" [9] suggereren dat het probleem nog niet is opgelost. Soms een optimistische titel in een wetenschappelijke tijdschrift: "an ecological explanation for Darwin’s ‘abominable mystery'" van de Nederlanders Frank Berendse en Marten Scheffer [12]. De website ScienceDaily maakt hier van: "Darwin’s Mystery Of Appearance Of Flowering Plants Explained" [4]. Probleem opgelost! Een populair artikel kopt "Resolving Darwin's abominable mystery" (hier), dat suggereert dat het probleem opgelost is. Nog een optimistische titel 'Charles Darwin: A Hole in Theory of Evolution Explained' in een niet-wetenschappelijke bron. Eén wetenschapper waagt zich in 1998 aan een optimistische voorspelling: 

"I predict that the great “abominable mystery,” with us for over 100 years, will not last another 10." (W. Crepet, 'The Abominable Mystery', Science 27 Nov 1998)
Die voorspelling is nu 15 jaar geleden en is dus niet uitgekomen. Desondanks concludeert een artikel uit 2007: "After a dozen years of progress the origin of angiosperms is still a great mystery" [8]. Pessimistische geluiden zijn van tijd tot tijd te vinden in de wetenschappelijke literatuur, zoals een artikel in 1952 [15].  Een overzichtsartikel uit 2008 concludeert dat het verschijnen van Angiospermae in de fossil record niet zo abrupt is als Darwin dacht [11]. Twee publicatie's die nog het meest in de buurt van een oplossing komen zijn: [18, 19].
Maar, wanneer is 'het probleem' eigenlijk opgelost? Wat zijn eigenlijk de criteria voor een definitieve oplossing? Welke gegevens moeten op tafel liggen? Het hangt natuurlijk af van welk deelprobleem je wilt oplossen (zie bovenstaande 6 deelproblemen). Die vragen worden niet vaak gesteld in de wetenschappelijke literatuur, is mijn indruk. De meeste wetenschappelijke artikelen houden het er op dat we vorderingen maken, maar dat het probleem nog niet is opgelost.


Wetenschapsfilosofische vragen

De evolutietheorie impliceert dat de Angiospermae voorouders gehad moet hebben. Wat als wetenschappers die niet kunnen vinden? Is de hele evolutietheorie dan weerlegd? Als de evolutietheorie niet alleen overgangsvormen voorspelt, maar ook dat daar van (binnen 150 jaar) voldoende fossielen gevonden moeten worden, dan vormt het gebrek aan fossielen op zijn minst een anomalie (een feit tegen de theoretosche verwachting in [16]), of zelfs dat de theorie is  weerlegd. Vooral, als andere groepen, zoals zoogdieren of vogels wel aan die verwachtingen voldoen.
Een ander wetenschapsfilosofisch aspect is: wanneer is de evolutietheorie eigenlijk 'bewezen'? Zijn er gradatie's in 'bewezen zijn'? Heeft Darwin in 1859 de evolutietheorie bewezen of voldoende aannemelijk gemaakt? De wetenschapshistoricus Barry Gale betoogde dat Darwin in 1859 weinig bewijsmateriaal had voor zijn evolutietheorie, zie mijn review: [6].
Kunnen we de evolutietheorie accepteren zonder dat het 'abominable mystery' opgelost is? Kan dat zonder Mendelse genetica en DNA? Zo ja, hoeveel bewijsmateriaal en wat voor soort bewijsmateriaal heb je eigenlijk nodig? Houdt het een keer op met bewijzen aandragen? Als dat zo is, is dan al het bewijsmateriaal wat daarna wordt aangedragen (zoals de oplossing van abominable mystery) extra? het invullen van het algemeen beeld? het inkleuren van witte vlekken op de kaart? Als de theorie waar is, kan hij dan nog 'waarder' worden door nog meer bewijsmateriaal? Maakt tegenwoordig een beetje méér support voor de evolutietheorie nog uit? Of zijn er duidelijke gaps die echt opgelost moeten worden? Ook al zou de theorie dat vereisen, met een variatie op de uitspraak van Dirk van Delft (directeur Museum Boerhaave): "Ontdekkingen kun je niet bestellen": fossielen kun je niet bestellen. 
Nog gecompliceerder wordt wanneer er vele aanwijzingen zijn voor de correctheid, maar tegelijk enige aanwijzingen voor de onjuistheid van de theorie.
Zijn dit eigenlijk wel zinnige vragen? Moeten we niet spreken over de evolutietheorie als hét onderzoeksprogramma in de biologische en aanverwante wetenschappen dat onderzoeksvragen formuleert en richting geeft aan alle toekomstig biologisch onderzoek? En als er gaten zitten in de evolutietheorie of het bewijsmateriaal, die niet opgelost kunnen worden met welk theoretisch of experimenteel wetenschappelijk alternatief dan ook, dan zijn we kennelijk aangelopen tegen de grenzen van wetenschappelijke kennis in het algemeen.


Creationisme


Een onopgelost probleem in de evolutietheorie dat al sinds Darwin bestaat, en erkend is door Darwin zelf, is natuurlijk koren op de molen van het Creationistendom. Een godsgeschenk! Gooi één van beide Darwin citaten in Google en je krijgt een parade van creationisten en andere anti-evolutionisten. Een extreem (recent) voorbeeld: Het Institute for Creation Research (ICR):
  • "However, what is known about flowers is consistent with the creation account in Genesis, which teaches that each flower kind was formed by God on day three of the creation week."
  • "Thus, the burden of proof lies squarely with those who insist that polyploidy spurs evolutionary innovation. They should provide supportive experimental or observational data to back up their claim."
  • "flowering plants exist because the Creator deliberately engineered them from the beginning." [7]
Het onwetenschappelijk, archaïsch taalgebruik, en de vaagheid van hun eigen alternatieve verklaring contrasteert sterk met de gedetailleerdheid van alle wetenschappelijke verklaringen. De bedoeling van de Science studie is niet een simpele conclusie in de trant van 'Darwin was right', maar de verwantschap tussen Angiospermae onderling en met niet-Angiospermae gedetailleerd in kaart te brengen door middel van een stamboom op basis van DNA. Het creationisme kan niets anders zeggen dan: God heeft de Angiospermae geschapen. Dit levert helemaal geen nieuwe kennis op. Niets. Het is helemaal geen kennis. 
In feite behelst het ICR artikel een hoge mate van bedrog door de brutale claim dat ze wetenschappelijke methodes gebruiken en echte wetenschap bedrijven.
Het tragische van het hele verhaal is dat het ICR van evolutiebiologen eist dat ze hun stellingen moeten ondersteunen met experimentele en observationele data ('They should provide...'), terwijl zij zelf doodleuk uit Genesis citeren. Is Genesis experimenteel en observationeel bewijsmateriaal!? Als Genesis bepalend is voor de waarheid in de biologie, dan is het inconsequent om bewijsmateriaal van biologen te eisen en niet van jezelf. Ten diepste hebben we hier te maken met een category mistake [13]: beoordelingscriteria uit de categorie fictie en non-fictie door elkaar halen. Zelfs de schijnbaar redelijke vraag: Heeft het ICR 'scheppingsfossielen' als bewijs voor haar theorie? is een category mistake.
Een comfortabele positie voor het ICR: geen enkele vooruitgang in de wetenschappelijke kennis zal bij het ICR ook maar enig gewicht in de schaal leggen. Niets kan Genesis weerleggen. Genesis is onweerlegbaar. Als Genesis het volledige verhaal vertelt, dan kan het ICR nooit nieuwe biologische details over de schepping onthullen.
Conclusie: Óf je onderwerpt je aan de regels van de wetenschap, óf Genesis is het enige critierium voor waarheid in de biologie. Net doen alsof je wetenschap bedrijft, maar ondertussen Genesis als maatstaf voor de waarheid accepteren, is de grootst mogelijke inconsistentie. En is verwarring scheppend.


Conclusie


Darwin was zó bezorgd over de snelheid van de diversificatie ('rate of diversification') en over het gebrek aan fossiele voorlopers van de Angiospermae, dat hij het een abominable mystery noemde. Het ging te sterk tegen geleidelijke evolutie in ('gradual evolution'). Het is echter onredelijk te eisen dat alle details over de geschiedenis van het leven op aarde bekend en verklaard moeten zijn vóórdat de evolutietheorie als de juiste wetenschappelijke theorie over geschiedenis van het leven geaccepteerd wordt. De evolutietheorie omvat nl. als belangrijk onderdeel de gemeenschappelijke afstamming van al het leven ('common descent'). Het argument daarvoor is, zoals we nu weten, dat al het leven (dieren, planten, bacteriën) DNA als drager van de erfelijkheid hebben en dezelfde genetische code hebben die DNA 'vertaalt' in eiwitten. Welnu, is er is geen enkele aanwijzing dat Angiospermae daar een uitzondering op zijn. Sterker nog, niemand heeft dat ooit beweerd. Angiospermae zijn opgenomen in de 'Tree of Life', zie figuur van de stamboom hierboven. Men kan twisten over de oorzaken waardoor de Angiospermae relatief snel de dominante plantengroep op aarde zijn geworden en waarom er nog geen fossiele voorlopers gevonden zijn. Maar dit specifieke gebrek aan bewijsmateriaal kan de gemeenschappelijke afstamming van al het leven op aarde niet ondermijnen. Daarvoor zouden de Angiospermae óf een andere drager van de erfelijkheid dan DNA moeten hebben óf een andere genetische code dan de rest van het leven moeten hebben. En dat is niet het geval. Daarom maken biologen zich geen grote zorgen over de juistheid van de evolutietheorie. Bovendien is het nog steeds mogelijk dat het ontbrekende bewijsmateriaal gevonden wordt. Er is dus geen reden om de evolutietheorie te vervangen. Vervangen door wat? Toch kiezen sommigen voor buiten-wetenschappelijke oplossingen. Zoals het woord al zegt, valt deze keuze buiten de wetenschap. Die keuze kan het wetenschappelijk onderzoek dus niet beïnvloeden, maar heeft wel onevenredig grote impact op het grote publiek.



Noten

  1. Amborella Genome Project (2013) The Amborella Genome and the Evolution of Flowering Plants Science 20 December 2013
  2. Het eerste citaat: Charles Darwin's letter to Joseph Dalton Hooker, 23 July 1879 (dus 20 jaar na het verschijnen van de eerste druk van The Origin of Species):
    • "The rapid development as far as we can judge of all the higher plants within recent geological times is an abominable mystery."
    Dit citaat is niet te vinden in mijn favoriete Darwin Online en The Darwin Correspondence Project kent de brief maar zet er bij "The full text of this letter is not yet available online"! Voor een analyse wat de achtergrond van Darwin's beroemde 2 woorden was zie noot 11. Het tweede citaat is wel aanwezig op http://darwin-online.org.uk :
  3. Science: 8 Feb 2013,3 Apr 2009, 1 jul 2005, 3 mei 2002, 10 April 2011, 13 Aug 1999, 27 Nov 1998, 18 Jun 1976, 8 Mar 1963, 6 Sept 1929. 1904: Report of the Annual Meeting, Volume 73, British Association for the Advancement of Science, J. Murray.
  4. ScienceDaily:
  5. TalkOrigins Quote #73 (2003 - 2004): The quote seems accurate as far as it goes, but it is hardly damning to the theory of evolution that Darwin did not (indeed, could not, given the evidence known in his time) have a theory that described the evolution of plants. It was written in 1879 after all. ... But as quotes go, I will not call this creationist quote dishonest. Google shows mainstream science sites using the quote as well ... [I]n 1879 Darwin's basic ideas were still controversial and being debated in the scientific community (as is right and proper for any new theory). This letter is simply part of that debate - one in which Darwin admits to not knowing one particular answer.
  6. Zie mijn review van Evolution Without Evidence. Charles Darwin and The Origin of Species op mijn website. 
  7. Brian Thomas (2011) Duplicated Plant Genes Don't Solve Darwin's 'Abominable Mystery', Institute for Creation Research, April 18, 2011. Quote: "Without any supporting empirical evidence for "evolution through polyploidy," Darwin's old flower "mystery" still stands. For those who rely on the biblical record of Genesis, however, the mystery has long been solved—flowering plants exist because the Creator deliberately engineered them from the beginning." ICR baseert dat artikel op: Elizabeth Pennisi. Ook de ID site met de bedreigelijke titel Evolution News and Views grijpt de gelegenheid aan: Another Notable Explosion: Has Darwin's "Abominable Mystery," the Origin of Flowering Plants, Been Solved? (gaat zo te zien niet zo ver te claimen dat Flowering Plants Intelligent Ontworpen zijn).
  8. Michael W. Frohlich, Mark W. Chase (2007) After a dozen years of progress the origin of angiosperms is still a great mystery, Nature 450, 1184-1189 (20 December 2007). MAAR: "Here we discuss recent advances surrounding the origin of angiosperms. Putatively primitive characters are now much better understood because of a vastly improved understanding of angiosperm phylogenetics, and recent discoveries of fossil flowers have provided an increasingly detailed picture of early diversity in the angiosperms."
  9. Vamosi JC, Vamosi SM. 2010 Key innovations within a geographical context in flowering plants: towards resolving Darwin's abominable mystery.: "Recent work has found that diversification is often diversity-dependent, suggesting that species richness depends on geographical area available more than on traits or the time available to accumulate species."
  10. Het bekende boek van Michael Denton (1986) Evolution: A Theory in Crisis, p. 163 vermeldt nog een tweede quote van Darwin:
    • "Nothing is more extraordinary in the history of the vegetable kingdom, as it seems to me, than the APPARENLTY very sudden or abrupt development of the higher plants."
    Dit is een correct citaat dat inderdaad te vinden is in: The Life and Letters of Charles Darwin, John Murray, London, vol 3, p248. Gooi dit citaat in google en je krijgt een complete optocht van voornamenlijk creationisten!!! 
  11. William E. Friedman (2008) The meaning of Darwin’s "abominable mystery" (gratis fulltext). Leesbaar achtergrond artikel. Aanbevolen.
  12. Link. "Here, we suggest an ecological explanation for their escape from their subordinate position relative to gymnosperms and ferns". Een interessante theorie.
  13. Zie: Category mistake: een christelijke komkommer of een atheïstische pompoen. Als je bedenkt dat christenen uitdrukkingen gebruiken als "God's ways are mysterious" en dan Darwin verwijten maken over het "abominable mystery", dan is dat de grootst mogelijke oneerlijkheid.
  14. Wel staat er in de The Origin: "...the unknown progenitor of flowering plants...". De term 'Angioserms' komt niet voor in de Origin. Kennelijk was Darwin zich toen nog niet zo bewust van het probleem, het abominalbe mystery was immers van 20 jaar later.
  15. Daniel I. Axelrod (1952) 'A Theory of Angiosperm Evolution', Evolution
    Vol. 6, No. 1 (Mar., 1952), pp. 29-60
  16. Anomalie (anomaly):  in dit geval is er geen positief feit dat de anomalie veroorzaakt, maar het onbreken van feiten die verwacht worden op basis van de gangbare theorie en die door verder onderzoek gevonden zouden kunnen worden. De gezochte feiten zijn zelf niet anomalous, uitzonderlijk, extreem, en kunnen gevonden worden door de standaard methodes van de wetenschap, en vallen binnen de groep van fossielen zoals die bijna dagelijks gevonden worden.
  17. Toegevoegd: 7 jan. Het boek van Prothero is overigens aanbevolen als uitstekend geillustreerd overzicht van fossiele dieren.
  18. Xin Wang et al (2007) Schmeissneria: A missing link to angiosperms? BMC Evolutionary Biology 2007, 7:14
  19. Douglas E. Soltis et al (2008) Origin and Early Evolution of Angiosperms, Ann. N.Y. Acad. Sci. 1133: 3–2

23 December 2013

Altruïstische buffel komt soortgenoot te hulp



Zeldzame opname van een buffel die een soortgenoot te hulp komt en een leeuw op zijn hoorns neemt en de lucht in gooit. Tot twee keer toe. Het gebeurt wel vaker dat buffels leeuwen aanvallen, er circuleren meerdere filmpjes op youtube, maar het blijft zeldzaam, en dit is een opname van goede kwaliteit (en meer dan 27 miljoen maal bekeken). Dit lijkt mij een geval van altruïsme van de aanvallende buffel: een soortgenoot (groepsgenoot) redden met gevaar voor eigen leven.

Let op: er circuleren vele kopieën van dit populaire filmpje, waaronder reclames die de titel en het beginbeeld van dit filmpje misbruiken!

Hier nog een filmpje van een giraffe die een leeuw doodtrapt

Een andere of aanvullende interpretatie van deze waarnemingen is dat de buffel en de giraffe gedreven werden door jarenlange opgekropte haat tegen leeuwen, en nu hun kans schoon zagen wraak te nemen. Er waren op dat moment geen andere leeuwen in de buurt. De leeuw werd kennelijk verrast en had het niet zien aankomen. Een jonge, onervaren leeuw? Ik heb me vaak afgevraagd bij beelden van leeuwen die een prooidier hadden gedood, waarom doen die buffels niets? Buffels beschikken over grote hoorns in tegenstelling tot bijvoorbeeld zebra's. Waarschijnlijk was dit de grootste en sterkste buffel van de groep? De omstandigheden? De kansen? Risico's?

Waarom is het filmpje zo populair? Zou het kunnen zijn dat we onbewust denken: eindelijk gerechtigheid! Wat een opluchting. Eindelijk krijgt een leeuw een flinke afstraffing! Te vaak hebben we op tv gezien dat leeuwen succesvol waren in het achtervolgen en doden van hun prooi. En nu krijgt een leeuw 'straf' voor het doden van al die buffels in al die jaren, nota bene door het prooidier zelf. Dat zal hem leren. Dat zal hij niet gauw vergeten. Of is dit een beetje al te antropomorfistisch gedacht? Zeker. Maar, het zijn mensen die het filmpje zo graag bekijken.


tekst vebeterd 29 dec

18 December 2013

Van Rossum redux in Reformatorisch Dagblad. Gastbijdrage Gerdien de Jong

Het Reformatorisch Dagblad heeft ter gelegenheid van de eerste verjaardag van de promotie van Joris van Rossum aan de VU een interview met professor Ronald Meester. Ik mocht wat opmerkingen maken over dat proefschrift.

Het interview met Meester*): Prof. Meester: Evolutie vaak ideologie (Reformatorisch Dagblad 18 Dec 2013)


Volledige reactie Gerdien de Jong naar aanleiding van interview prof. Meester
(Reformatorisch Dagblad 18 Dec 2013)

Voor de liefhebber, maar nieuws  biedt het niet.

Gerdien de Jong.

Vorige blogs


*) Het meeste recente boek van Ronald Meester:

Ronald Meester (2014) Arrogant. waarom wetenschappers vaak minder weten dan ze denken, Ankh-Hermes B.V., Uitgeverij, 15 jan. 2014 - 256 pagina's



Postscript 25 juli 2015

The Evolution of Sex Determination
Leo W. Beukeboom & Nicolas Perrin
Oxford University Press
ISBN 9780199857148
Hardcover, 240 pagina’s, 69 euro

 

In een inteview met de Groninger evolutionair geneticus Leo Beukeboom in BioNieuws 30 aug 2014:

‘Waarom seks bestaat is inderdaad nog steeds een mysterie. Het is in ieder geval heel makkelijk om alle kosten van seks te benoemen, terwijl dat voor de baten veel lastiger is. Er zijn de kosten van de meiose zelf, omdat het aantal chromosomen dat wordt doorgegeven halveert. Het maken van bloemen of geslachtsorganen is ook kostbaar en dan zijn er natuurlijk de tweevoudige kosten van alle nutteloze mannetjes.’

Dit betekent volgens hem niet dat het oorspronkelijk ontstaan van seks onverklaarbaar is. ‘Seks is al heel vroeg in de evolutie ontstaan en de geslachtscellen zijn heel lang min of meer gelijkwaardig of isogaam geweest. Zo’n systeem is niet zo kostbaar en waarschijnlijk ontstaan om genetische reparatie mogelijk te maken. Het is lastiger te verklaren waarom niet meer soorten seks weer zijn kwijtgeraakt en waarom er zo vaak ongelijke geslachtscellen zijn ontstaan. Per definitie zijn grote geslachtscellen vrouwelijk en kleine mannelijk. Het bestaan van mannetjes en vrouwtjes is pas laat uitgevonden, miljoenen jaren later dan het hebben van seks. Slechts weinig mensen realiseren zich dat’, aldus Beukeboom.

16 December 2013

Het Grote Verschil tussen mensen en slaven volgens filosoof Coen Simon

Coen Simon:
Het Grote Verschil
tussen mens en dier

Naar aanleiding van het recente debat of dieren (mensapen) mensenrechten moeten hebben, schrijft
filosoof Coen Simon in zijn column "Filosoferen is makkelijker als je denkt":
"Op de opmerking van de interviewster dat het verschil tussen dieren en slaven toch is dat alleen de laatsten hun wil kunnen uiten ... Kinderen en dementen hebben ook rechten ... Dan is het toch niet zo gek aan chimpansees rechten te geven?"
met als slotconclusie:
"Dat kinderen ooit mede-wetgevers zullen zijn, dementen het ooit waren en de wilsbekwame slaven ervan werden uitgesloten, is natuurlijk het grote verschil met het dier.
Hoeveel rechten dieren ook krijgen, ze krijgen deze altijd van de mens." (Trouw 14 dec 2013)

Ik zie twee grote problemen met zijn slotconclusie.

Het eerste probleem: 

"Hoeveel rechten dieren ook krijgen, ze krijgen deze altijd van de mens": 
Zeker. Dat klopt. 

- het waren mensen die slaven rechten hebben gegeven
- het waren mensen die kinderen rechten hebben gegeven [1]
- het waren mensen die vrouwen rechten hebben gegeven
- het waren mensen die dieren rechten hebben gegeven
- het waren mensen die homo's rechten hebben gegeven [2]

Het is dus juist een overeenkomst tussen slaven, dieren, kinderen en vrouwen dat ze van rechten werden uitgesloten.
Het is dus juist een overeenkomst tussen slaven, dieren, kinderen en vrouwen dat ze rechten hebben gekregen.
Dat is dus helemaal geen verschil! Op basis van het feit dat bepaalde groepen rechten krijgen van mensen kun je geen wezenlijk verschil construeren tussen degenen die rechten geven en degenen rechten ontvangen. Als dat zo was zouden dit zinnige uitspraken moeten zijn:

Het Grote Verschil tussen mensen en slaven is dat slaven hun rechten altijd van mensen gekregen hebben.
Het Grote Verschil tussen mensen en kinderen is dat kinderen hun rechten altijd van mensen gekregen hebben.
Dat bewijst niet dat dementerende bejaarden, kinderen, vrouwen en dieren wezenlijk anders zijn dan mensen. Zij vallen daardoor niet in een totaal andere categorie. Integendeel. Ze worden daarmee opgenomen in dezelfde categorie.


Het tweede probleem:

"Dat kinderen ooit mede-wetgevers zullen zijn, dementen het ooit waren en de wilsbekwame slaven ervan werden uitgesloten, ..."
   
Een rake observatie. Maar: het gaat er toch niet om dat een individu in het verleden of in de toekomst zijn wil kan uiten, maar of hij dat op dit moment kan? Simon vergeet één groep: permanent geestelijk gehandicapten (bijvoorbeeld door een ernstige aangeboren of erfelijke medische conditie). Deze groep individuen kan nooit hun wil uitdrukken en rechten opeisen. Niet in het verleden, niet in de toekomst. Als hij consequent was zou Simon moeten zeggen dat er een Groot Verschil is met mensen.

Wat mij tenslotte opvalt is dat Coen Simon helemaal geen uitspraak doet over de centrale vraag van de discussie: moeten chimpansees mensenrechten krijgen? Het gaat Coen Simon kennelijk niet om een antwoord op deze vraag, maar om de vaststelling dat mensen wezenlijk verschillen van dieren. Maar wat wil hij eigenlijk met die vaststelling? Waarom is dat zo belangrijk voor hem dat die vaststelling zijn slotconclusie vormt? Waarom is het Grote Verschil relevant? Zou het hem echt niet interesseren of dieren rechten moeten hebben?


Noten
  1. Mensen geven andere mensen rechten door wetgeving en internationale verdragen. Bijvoorbeeld: Verdrag inzake de rechten van het kind
  2. 18 dec toegevoegd. Het gaat om het homohuwelijk en rechten van transseksuelen om het geslacht in het paspoort te wijzigen.

Vorig blog

17 juli 2013 Zeer gevaarlijke vergelijking mens-dier van Chris Rutenfrans in de Volkskrant 

12 December 2013

Het ontstaan van het leven en de zin van het leven

In mijn vorige blog rapporteerde ik over het spannende onderzoek van Nobelprijswinnaar Jack Szostak. Hij was er voor het eerst in geslaagd een werkende primitieve cel 'te maken' met daarin RNA moleculen die zichzelf kunnen kopiëren. Dat laatste, RNA moleculen die zichzelf kopiëren binnen een cel, was nieuw. Op zich was het al eerder gelukt om RNA zichzelf te laten kopiëren zonder hulp van enzymen in een reageerbuis, en was het gelukt om uit vetzuren een cel te laten maken, maar de combinatie van die twee (RNA dat zichzelf kopieert binnen een cel) was nog niet gelukt. Nu dus wel.

Ik beschreef 'het voordeel' dat RNA had om in een cel te zitten, maar merkte dat Szostak niet vermeldde wat 'het voordeel' van een primitieve cel was om zelfkopierend RNA mee te dragen ('voordeel' in overdrachtelijke zin). Een paar dagen later ontdekte ik een publicatie van Szostak uit 2012 [1] waarin hij beschrijft dat RNA de aanmaak van componenten van de membraan kan katalyseren. Kijk! Dat is interessant! Szostak had ook over 'het probleem' nagedacht, maar had het niet in zijn Science publicatie beschreven.

Dus, wat is het resultaat? We hebben nu 'een systeem' met 2 hoofdcomponenten: 1) een simpel membraan en 2) een zichzelf kopiërend RNA molecuul. Plus uiteraard een aantal 'hulpstoffen' (magnesium, citraat, ...). Het mooie van dit systeem is dat de twee hoofdcomponenten elkaar positief beïnvloeden [2]. Een symbiose: beide partijen 'profiteren' van de samenwerking. Dus, als dit soort systemen ontstaan, dan is de kans kleiner dat ze het volgende moment weer uit elkaar vallen. Immers, ze bevorderen elkaars synthese. Ze houden elkaar in stand. Zo'n systeem is niet onverwoestbaar, maar is stabieler dan een systeem waarbij de componenten elkaar niet in standhouden en als los zand aan elkaar hangen. De gemiddelde levensduur van zo'n symbiotische combinatie zal groter zijn.

Nog anders gezegd: als er een onderdeel van een systeem is dat niet bijdraagt aan het voortbestaan van het geheel, dan kan het gemist worden. En als die component door toeval zou verdwijnen, zou het systeem gewoon blijven voortbestaan. Het is tenslotte een niet essentiële component. Zo blijven er hoofdzakelijk systemen over die alleen noodzakelijke componenten bevatten.

Dat is al een belangrijk inzicht, maar er komt nog iets bij. Beide hoofdcomponenten kunnen zichzelf kopiëren. Het RNA kopieert zichzelf, het produceert een replica van zichzelf en de primitieve cel kan door insnoering zichzelf opsplitsen in 2 delen. De cel heeft gedeeld. 


Szostak proto-cel die spontaan aan het delen is.
langgerekte vormen in de cel zijn RNA moleculen
(capture uit animatie
)
©Exploring Life's Origin

Wat is het 'nut' hiervan? (nut: metaforisch gesproken). Dit: mocht één van de twee cellen (met inhoud) beschadigd raken en uitéénvallen, dan heb je de ander nog. Hetzelfde geldt voor RNA: mocht één RNA molecuul uiteenvallen dat heb je de kopie nog. Daarmee kan het proces zich herhalen. Daarmee is het niet 'einde verhaal'. Daarmee is het eerste leven niet onmiddellijk uitgestorven. Dit alles is conceptueel veel belangrijker dan technische details over Mg2+ en citraat.

Tibor Ganti:
The Principles of Life


Dit conceptueel inzicht had ik niet van mezelf. Ik had het gevonden bij Tibor Gánti: The Principles of Life, dat ik 10 jaar geleden gelezen heb en waarvan ik zeer onder de indruk was (en nog steeds ben). Gánti definieerde 'leven' als een 3 componenten systeem: 1) een chemische subsysteem dat voor energie zorgt (metabolisme), 2) een chemisch informatiedragend subsysteem (erfelijkheidsmolecuul) en 3) een chemische membraan subsysteem. Twee subsystemen zijn makkelijk te herkennen in het Szostak systeem: de membraan en RNA als informatiedrager. Gánti had al beschreven dat de subsystemen elkaar 'in leven moesten houden'. Dat is prachtig herkenbaar in de overwegingen die Szostak had bij het ontwerpen van zijn protocel. Ik weet niet of Szostak Gánti gelezen heeft, maar het kan haast niet anders. Of hij was slim genoeg om het onafhankelijk te bedenken.

Nu was ik indertijd tegen een probleempje aangelopen bij het Gánti model van het leven: de eerste informatiedrager en erfelijkheidsmolecuul kán niet DNA zijn geweest. Gánti wist dat, want hij had DNA niet gespecificeerd als informatiedrager. Dat kon hij ook moeilijk doen want zijn systeem was enzym-vrij, en voor de synthese van enzymen heb je DNA nodig. Het kan dan ook niet anders dan dat het vroegste informatiesysteem RNA geweest moet zijn. Een andere informatie drager kennen we niet. Inderdaad, Gánti bleek in latere edities van zijn boek een RNA-world in gedachten te hebben.

Ik heb de verbeterde versie van dit vervolg blog over Szostak (exclusief het stukje over Gánti) aangeboden aan Pandas Thumb (zeer bekend en gezaghebbend blog ter bestrijding van creationisme in de USA). Het is geaccepteerd en zal vandaag of morgen verschijnen. [inmiddels is het verschenen: hier ] Daar ben ik blij mee. Ik had me verbaasd over het feit dat de bloggers van Pandas Thumb het hele Szostak artikel over het hoofd hadden gezien. Dat wordt nu rechtgezet. Ben benieuwd naar de reacties.


Filosofisch naschrift:

Wat is de zin van het leven?

Een bioloog mag die vraag niet stellen. Maar een filosoof wel. Als we bij het begin beginnen: het begin van het leven is een simpele vetzuur-membraan met daarin relatief kort, zelf-replicerend RNA. Wat is de zin daarvan? zou een hypothetische toeschouwer in die tijd gevraagd kunnen hebben. Het zijn systemen die stabieler zijn dan andere en daardoor blijven bestaan. En nakomelingen achterlaten. Maar waarom zou 'je' dat willen? Die primitieve systemen willen helemaal niets. Het leven is begonnen met moleculen en cellen die helemaal niets konden willen. Het lijkt alsof ze willen voortbestaan en zich willen voortplanten. Wij zijn uiteindelijk het gevolg daarvan. Wij stellen de vraag naar de zin van het leven. Een onbeantwoordbare vraag, wat mij betreft. Ik vind de vraag naar waar we vandaan komen vele malen fascinerender. Voldoende fascinerend voor een heel mensenleven. Je moet er toch niet aan denken dat je een heel leven geleefd hebt zonder die vraag te stellen? Dat zou pas een zinloos leven zijn!


Bronnen

  1. Jack W Szostak (2012) The eightfold path to non-enzymatic RNA replication, Journal of Systems Chemistry 2012, 3:2 (Open Access)    
  2. Dit wordt ook wel Collectively Autocatalytic Systems genoemd (in which the members catalyze each other’s formation) bekend geworden door het theoretische werk van Stuart Kauffman.

Postscript

14 dec 2013
Een Engelse versie van dit blog is verschenen op Panda's Thumb,  onder de titel New Szostak protocell is closest approximation to origin of life and Darwinian evolution so far ( 13 Dec 2013)