Strong evidence that SARS-COV-2 variants recombined in several persons in the UK

 

 

Corona update 29 Mar 2021

 

 

 

 

Recently researchers from the UK discovered recombinant SARS-CoV-2 viruses in several infected persons [1]. The recombinants consist of the now dominant British variant B.1.1.7 with several other variants. That viruses in the wild recombine is an important finding, because it proves recombination in SARS viruses is real and –importantly– this could throw light on the origin of SARS-CoV-2 itself. 

Fig. 1. Different recombinant SARS-CoV-2 viruses
(adapted from Ben Jackson et al)
Top row (grey) displays the genes,
bottom row displays base position (1 – 30.000)
(click to zoom)

In the publication is a two-colour illustration of the genomes of 8 SARS-CoV-2 recombinants. In order to distinguish them easily, I added colours to the variants, each variant its own colour. Related variants similar colours.

The sequences reveal that some genome sections carry mutations characteristic of B.1.1.7, whilst other sections carry mutations specific to another lineage. That is fortunate, because it makes it possible to distinguish the segments.

As can be seen from the figure the British variant B.1.1.7 (blue) recombined with one of 6 other variants. Not with more than one other variant. Theoretically, a virus could carry sections of 3 or more parents.

The resulting recombinant viruses could be called hybrid or mosaic viruses. They are intact, can multiply and can infect other people. This can be concluded from identical recombinants in different people (groups A-D in figure 1).

The authors were able to locate the breakpoints within a region of hundreds to (in some cases) a few thousands bases accuracy. It all depends on the availability of marker mutations. If markers are evenly distributed, breakpoints can be more precisely determined.

Could the recombinants be artefacts?

It could be. But, from the fact that recombinant groups A-D are found in samples from different infected people, the authors conclude that it is highly unlikely that these sequences are artefacts. They present further details to support the claim the recombinants really are present in people infected with two SARS-CoV-2 variants (co-infection). As good scientists, they consider alternative explanations.
 

Is recombination rare?

No, presumably it occurs in every infected individual, but can not be detected if there is only one SARS-COV-2 variant present. To detect recombination, there must be different variants present in the same person.

Does recombination occur in other animals?

A bat has been observed harboring several different coronaviruses. Coronavirus co-infection was detected in six bat species, a phenomenon that fosters recombination and promotes the emergence of novel virus strains [4]. 

 

Is recombination unique for viruses?

No, recombination routinely occurs in sexually reproducing organisms at the moment female and male sex cells are produced.

Is the recombinant virus more dangerous?

At the moment there is no evidence that recombinants are more infectious or pathogenic.

 

Are recombinants mutations?

Yes, recombinants are mutations because new virus particles are produced that differ from their parents. But in stead of one base is replaced at a time, resulting in one amino acid being replaced, by recombination existing mutations are combined in one virus in a new way. The combination of mutations could have a strong effect on virulence or pathogenicity of the virus absent in individual mutations. It would take a long time for such new combinations to happen by a series of single-base mutations. But by recombination it happens in one step. It accelerates evolution. Recombinants can be advantageous, disadvantageous or neutral for the virus.

 

Does it throw light on the origin of SARS-CoV-2?

On 1 July 2020 an article appeared in Science: 'Recombination plays an important role in the evolution of Corona viruses' [3].  The authors conclude: "Here, we demonstrate, (...) a complex pattern of evolutionary recombination and strong purifying selection between CoVs from distinct host species and cross-species infections that likely originated SARS-CoV-2." [3]. "All three human CoVs (SARS, MERS, and SARS-2) are the result of recombination among CoVs."

The only problem is that the parent species of that fatal recombination event still have to be found. But that is not impossible.

Update 2 April: 

Publication [3] replaces this publication: Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins, Nature, 7 May 2020 because it has issues.

Notes

1. Recombinant SARS-CoV-2 genomes involving lineage B.1.1.7 in the UK, 17 Mar 2021. virological.org
2. Two coronavirus variants have merged – here's what you need to know, NewScientist, 17 Feb 2021
3. Emergence of SARS-CoV-2 through recombination and strong purifying selection, Science 1 Jul 2020 
4. Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft, 18 February 2016 . Added 3 April 2021
   

Darwin: I feel good!

 

 Darwin: I feel good!

(mailed to me by Harry)

Seks in het openbaar: Turkse tortels hebben er geen moeite mee!

Mensen mogen geen seks hebben in het openbaar. Dat is verboden door de wet. Dat is onzedelijk. Slechts op een beperkt aantal speciaal daarvoor bestemde terreinen mag je bloot rondlopen. Dieren hebben daar allemaal maling aan. Zoals Turkse Tortels:

voorspel

balanceer act

 

dat is het moment (ongeveer)

naspel

In waarneming.nl zijn in februari 21 en in maart 27 waarnemingen van baltsende/parende Turkse tortels geregistreerd. De Turkse tortel broedt al vanaf half februari. Helaas wordt in waarneming.nl geen onderscheid gemaakt tussen baltsen en paren*). Dus hoeveel paringen er in feb/mrt  precies zijn geweest is helaas niet vast te stellen. Tenminste 48? Maar natuurlijk zijn lang niet alle gevallen door waarnemers gezien en geregistreerd.

Om heel eerlijk te zijn: het moment suprême, de copulatie zelf, moet plaatsgevonden hebben tussen twee opnames in. De opnames verschillen 1-2 sec, dus daartussen kan het plaatsgevonden hebben zonder dat ik het gezien heb. Als het al plaatsgevonden heeft. In dat geval zou het een oefening, mislukte poging of een soort vrijpartij kunnen zijn. In dienst van de paarvorming en paarband misschien.

*) Er bestaat ook een categorie: 'baltsend/zingend'. Dit is echter ook weer een combinatie!

Datum: 16 maart 2021

Camera: SonyA6400 /70-350mm

Maurice de Hond trapt er met open ogen in. Artikel over lockdown van Jemma Moran bevat onzin.

update 20 maart 2021

update 22 maart

update 24 maart 

update 26 maart

update   4 april 

update 26 april

update 10 jan 2024

 

Maurice de Hond heeft op 16 maart een blog geschreven 'Mutant variaties en het risico van lockdowns'. Het bestaat uit een complete vertaling van een artikel 'Mutant variations and the danger of lockdowns' van Jemma Moran gepubliceerd op de website The Critic op 2 maart 2021. De Hond beveelt het artikel sterk aan. Alles over de evolutie van virussen wordt goed uitgelegd, zegt hij in een zoom meeting met Vincent Everts. Als je dat gelezen hebt begrijp je alles van evolutie van virussen!

Het artikel is tegen lockdowns. (Geen wonder: dat is het uitgangspunt van de website HART: 'lockdowns serve no useful purpose'). Tsja, wie vindt lockdowns nu leuk? Maar het artikel gaat nog verder. Het beweert dat door de lockdown gevaarlijker varianten van het virus een kans krijgen! De website ziet er goed uit en het wordt gerund door 'een onafhankelijke groep artsen en academici die pleiten voor een breder debat over het beleid rond Covid-19' zonder namen te noemen.

Mutant variaties en het risico van lockdowns

Maurice de Hond gelooft alles wat er in het artikel staat. Hij neemt het kritiekloos over. Hij vraagt zich niet af of het allemaal klopt. Dat komt waarschijnlijk omdat (1) hij geen viroloog, epidemioloog, arts of bioloog is, (2) het artikel stukjes correcte uitleg van evolutionaire principes mengt met onbewezen beweringen en totale onzin, maar hij herkent de onzin niet, (3) omdat het een populair-wetenschappelijk artikel is, leert hij nieuwe dingen over virussen en is hij erg enthousiast, (4) hij het eens is met de strekking van het artikel en dus geen behoefte voelt om het kritisch te lezen.

Als voorbeeld van een correct stukje informatie: "Some people find this idea hard to grasp": Bacteriën reageren niet met mutaties op antibiotica, maar mutaties ontstaan sowieso. Het milieu selecteert de nuttige mutaties. etc. Een stukje wetenschapsvoorlichting. Ja! denkt Maurice. Nu begrijp ik hoe evolutie van virussen werkt! Nu ben ik een viroloog! en evolutiebioloog! Bovendien, het is precies wat ik altijd al dacht! Dus het moet wel waar zijn. Onder andere door dit effect komt het artikel betrouwbaar en gezaghebbend over. Maar het artikel als geheel is een instinker. En Maurice trapt er met open ogen in.

Sommige beweringen in het artikel zijn juist, maar hier gaat het fout:

"There is already some evidence emerging to support this theory. The Kent variant is reported to be more transmissible and more deadly, while the South Africa variant is more likely to make people severely ill. Is it a coincidence that the prevalence of these variants emerged in countries with very strict measures in place throughout the pandemic? Is it a coincidence that the Kent variant dominated following a period of regional and national UK lockdowns?"
 

Is het toeval dat gevaarlijker mutanten in Kent (Engeland) en Zuid-Afrika zijn ontstaan? vraagt Jemma Moran. Het is alleen maar een suggestieve vraag. Ze doet geen onderzoek. Maar de oorsprong van de Engelse en de Zuid-Afrikaanse variant hebben al een verklaring die niet in haar artikel genoemd worden. Beide varianten zijn ontstaan in een immunocompromised patient, een patient met een verzwakt immuunsysteem. Er is geen verband met lockdown maatregelen. Het is inderdaad toeval dat die twee voorkomen in lockdown landen. Over het ontstaan van de Engelse variant had ik al geblogd: Did the highly transmissible British SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 originate in one individual? op 27 januari 2021. Over de Zuid-Afrika variant lees bijvoorbeeld: What we know about South Africa's coronavirus variant. Ook daar wordt gewezen op immunocompromised patienten [2]. Het punt is dat Jemma Moran en Maurice deze verklaring -die in peer-reviewed wetenschappelijke tijdschriften staan- volkomen negeren! Dat maakt het artikel onwetenschappelijk. Het is een opiniestuk, geen wetenschappelijk artikel. In een wetenschappelijk artikel moet je verschillende verklaringen tegen elkaar afwegen. Maar in haar artikel worden alternatieve verklaringen niet eens genoemd!

Het misleidende van het artikel van Jemma Moran is verder dat ze met suggestieve en hoogdravende bewoordingen begint: "good science is about asking questions". Ja! Had ze dat maar gedaan! Ook Maurice de Hond doet dat niet. 

De laatste zinnen onthullen haar werkelijke drijfveren:

"... we are attempting to cheat death by manipulating nature (in this case, our own nature) and nature will eventually fight back. If we continue to play God, while ignoring the evidence and data, we may live to regret it." [1]

Dat wil dus zeggen: we mogen niet ingrijpen! Dus geen lockdown! Geen vaccins! Geen therapie! Geen medicijnen! Geen Intensive Care! Niets! Wij moeten dus de hele pandemie over ons laten heen komen! Maurice: heb je de laatste paragraaf wel gelezen? [3]

Ten overvloede: evolutiebiologie en virologie hebben niets met het RIVM of met politiek te maken. Die vakgebieden bestaan al 100 jaar. Al die tijd hebben wetenschappers virussen en hun evolutie bestudeerd. De wetenschappelijke tijdschriften en handboeken staan er vol mee.

Het lastige van de hele zaak is dat mensen soms ware dingen en soms onware dingen verkondigen. Het is een full-time job om de ware van de onware beweringen te scheiden. Wetenschappers worden er voor betaald om dat full-time te doen. Maurice leest geen virologische wetenschappelijke tijdschriften en woont geen KNAW lezingen bij. Daardoor kan hij geen onzin herkennen. Als hij wel contact opneemt met wetenschappers, dan zijn het vaak buitenbeentjes en wetenschappers met controversiële opvattingen. De Hond is medeauteur van een publicatie in het Nederlands Tijdschrift voor Geneeskunde [4].  En hij heeft gelijk gekregen met zijn beweringen over ventilatie en CO2 meters [5]. Maar dat maakt hem nog geen viroloog.

Lockdowns zijn gevaarlijk?

Lockdowns zijn gevaarlijk? Dat is de wereld op zijn kop! We zitten midden in een pandemie. Een besmettelijke virus ziekte die ontstaan is door een spill-over van een nog onbekend dier naar de mens en die zich vervolgens verspreidt van mens naar mens. De lockdown is bedoeld om de verspreiding van mens naar mens tegen te gaan. Bedenk dit: als Wuhan onmiddellijk de stad compleet had geïsoleerd van de buitenwereld, was het virus nooit buiten Wuhan en buiten China gekomen. Dan was het een lokale epidemie gebleven. Maar de Chinezen hebben maatregelen te laat ingezet. Daarom heeft het virus zich over de rest van de wereld kunnen verspreiden. En daarom zitten we nu midden in een pandemie. Lockdowns serve no useful purpose? 

 

De paradox van een virus dat zich kan verspreiden tijdens een lockdown

22 maart 2021 / 4 april 2021

Jemma Moran meent dat SARS-CoV-2 zich kan verspreiden tijdens een lockdown. En dat meer besmettelijker varianten zich juist tijdens een lockdown zullen verspreiden. Darom zou een lockdown gevaarlijk zijn.

1. de papieren lockdown is geen betrouwbare weergave van het werkelijke gedrag van mensen (aantal contacten); je kunt er niet vanuit gaan dat 100% van de mensen zich aan de lockdown houdt
   
2. een lockdown veroorzaakt geen mutaties, mutaties ontstaan altijd ongeacht lockdown 
3. of een mutant besmettelijker is of niet wordt ook niet door lockdown veroorzaakt/beinvloedt (mutatie zit in het RNA van het virus) 
4. een meer besmettelijker variant zal altijd een evolutionair voordeel hebben, dat is meer mensen besmetten ongeacht lockdown
5. conclusie: een meer besmettelijker variant zal zonder lockdown nog meer mensen besmetten, dan met lockdown
6. zonder lockdown, met maximale bewegingsvrijheid, zal het aantal besmettingen ook maximaal zijn.  

(deze 6 punten toegevoegd 4 april 2021)

 

Update 24 maart 2021

 

Maurice in gesprek met Vincent Everts

In een video gesprek met Vincent Everts (t=4080) herhaalt Maurice domweg zijn eerdere verwijzing naar het artikel van Jemma Moran (zie boven) alsof ik hem er niet op attent gemaakt heb dat er bizarre dingen in staan! 

Ik kreeg antwoord op zijn blog van 'team Maurice' (anoniem dus), maar het lijkt er nu op dat Maurice daar helemaal geen weet van heeft! Hij wordt kennelijk afgeschermd van commentaar/kritiek, of als hij het wel weet, negeert domweg mijn kritiek. Maurice lijkt wel een gebarsten grammofoonplaat. En Vincent? die vindt alles goed...

De kritiek van Jo Heyvaert. Postscript 26 april 2021

Ik kreeg een comment van Jo Heyvaert (zie comments hier beneden), vermoedelijk iemand van 'het team Maurice', die 4x het woord leugen gebruikt (geen beschaafde manier van discussieren) en niet-inhoudelijke punten bekritiseerd. Dat zijn secundaire zaken waarvoor je geen virologische en evolutionaire kennis voor nodig hebt. Achteraf, had ik die secundaire punten beter weg kunnen laten want dat vallen critici bijna altijd als eerste en vaak als enige aan.

Opvallend is dat Jo Heyvaert niet op het meest belangrijke punt ingaat ('De paradox van een virus dat zich kan verspreiden tijdens een lockdown'), maar indirect het hele blog probeert te diskwalificeren door middel van de secundaire punten aan te vallen. De redenering is: als die twee punten niet correct zijn, dan deugt het hele blog niet. Terwijl ik juist in het blog betoogde dat van iemands beweringen meestal een deel waar en een deel onwaar is. Je moet dus iedere bewering per stuk beoordelen. 

*) Maar dat deed Jo Heyvaert dus niet. Erger nog: door iemand een leugenaar te noemen, diskwalificeer je de persoon. Een leugenaar is per definitie onbetrouwbaar. Alles wat een leugenaar zegt is op z'n minst onbetrouwbaar. Als hij correct zou argumenteren, zou hij moeten zeggen dat ik een fout heb gemaakt, maar dat niet alles wat ik schreef fout was. Fouten maken is wat anders dan liegen!

 

Update 10 jan 2024

NOS: 'Vermoedelijk ook coronapatiënten in Nederland overleden door bijwerkingen malariamiddel',  10 jan 2024. 

Maurice is een voorstander van hydroxychloroquine (HCQ).

 

Noten

1. dit citaat toegevoegd vrijdag 26 maart 2021.
2. In de Science (26 Mar 21) staat een overzichtsartikel waarin er nog eens op gewezen wordt dat de 3 wereldwijd verspreide SARS-CoV-2 varianten (B.1.1.7; B.1.351; P.1) ontstaan zijn in individuen met een verzwakt immuun systeem: "Because only a few SARS-CoV-2 mutations were in circulation during most of 2020, it is likely that the three major variants are the result of selective pressures and adaptation of the virus during prolonged individual infections and subsequent transmission."
3. We zien deze religieuze houding terug in het antwoord van een vaccin-skeptic: "But his faith in God gives him confidence: Whatever happens is God’s will. There is little he can do to influence it." (bron) toegevoegd: 30 april 21
4. Johannes C.C.M. in ’t Veen, Maurice de Hond en Atze C. Boerstra (2020) Virustransmissie bij covid-19, NTvG 
5. Wetenschappers: aerosolen spelen belangrijke rol bij besmetting coronavirus, NOS, 4 mei 2021. Hier wordt Daniel Bonn van de Universiteit van Amsterdam aan het woord gelaten. Maurice komt er niet in voor. Dat hoeft ook niet, want hij is geen deskundige of onderzoeker op dat gebied.

 

*) paragraaf toegevoegd 9 juni 21

 

Aanbevolen video:

The Next Pandemic: Last Week Tonight with John Oliver (HBO)

Video (15 feb 2021, 20 min.) met meer dan 8 miljoen views, over de factoren die bijdragen aan de volgende pandemie. Met veel humor, in sneltreinvaart. Engels gesproken. Zou Nederlands ondertiteld moeten worden! Speciaal aanbevolen voor het Maurice de Hond Outbreak team, Jemma Moran en de rest van de wereld. Tenminste als je iets van de oorzaak van virus uitbraken wilt begrijpen. Hier kun je beter je tijd aan besteden dan ageren tegen lockdowns.

SARS-CoV-2 in The Netherlands. SARS-CoV-2 infections on mink farms and back to humans. Met Nederlandse samenvatting.

 

 

 Corona Update 15 March 2021

I show a few slides from the KNAW Zoom lecture of Bas Oude Munnink (ErasmusMC, Department of Viroscience, Rotterdam, the Netherlands) on 11 Mar 2021.

His team investigated SARS-COV-2 infections in mink farms in the Netherlands [1,2].

SARS-CoV-2 is a zoonosis, an infectious disease that jumps from animal to animal. Animals that are susceptible to SARS-COV-2 are: cats, ferrets, hamsters, rhesus macaques, cynomoglus macaques, fruit bats, dogs, cats, lions, tigers, minks and humans. As you can see, transmission is restricted to mammals. So far.

SARS-CoV-2 on mink farms in the Netherlands in 2020

This is how virologists detect human–mink–human infections
Figure shows schematic a-b-c virus sequence in minks

By whole genome sequencing of SARS-CoV-2 at different times in humans and minks, virologists discovered mutations specific for minks. Later they were found in infected human employees. This proves the virus can go from human to mink and back to humans. (The minks are kept and killed for their fur). 

Proof of mink to human infection [2]

If minks can infect humans, then mink farms can be a natural reservoir [3] for SARS-CoV-2. That means minks can infect humans from time to time and humans spread SARS-COV-2 to the rest of the population. And to the rest of the world. In that way a pandemic can never be stopped. Mink farms were closed by the Dutch government and rewarded with 250 million Euro.

Samenvatting in Nederlands

mink farm / nertsen fokkerij

 

Onderzoekers van het ErasmusMC in Rotterdam hebben aangetoond [2] dat mensen met het SARS-CoV-2 virus nertsen kunnen besmetten en dat op een later tijdstip de nertsen mensen weer kunnen besmetten. Dit hebben ze aangetoond met behulp van de volledige RNA volgorde van het virus. Dit vormt het wetenschappelijke bewijs voor berichten die al eerder in de pers en in het boek Dieren kunnen de de pest krijgen [4] verschenen. 

"Nederland had, ondanks alle bezweringen van onze regering, in april 2020 de wereldwijde primeur van de eerste coronabesmetting in de veehouderij." [4,p.62]. "7,5 maand na de eerste besmetting kwam er een einde aan de nertsenfokkerij in Nederland." [4,p.64]. De regering heeft de nertsenfokkerij verboden en beloond met een kwart miljard: 250 miljoen Euro. Succesvolle nertsenfokkers zijn miljonair geworden en tenminste 1 nertsenfokker is met het geld in Friesland een geitenfokkerij begonnen. Het wachten is op een nieuwe Q-koorts uitbraak. Jullie kunnen allemaal de Q-koorts krijgen [5]. Zo gaat dat in Nederland.

References

1. Bas B. Oude Munnink et al Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands. Nature 16 Jul 2020
   
2. Bas B. Oude Munnink et al Transmission of SARS-CoV-2 on mink farms between humans and mink and back to humans. Science, 8 Jan 2021
   
3. See wikipedia Natural reservoir.
4. Esther Ouwehand (2021) Dieren kunnen de pest krijgen en dan? Thieme uitgeverij. Hoofdstuk 6 gaat speciaal over nerstenfokkerij.
5. Zo wordt Nederland geregeerd en ziek gemaakt. Het ongelooflijke verhaal van een insider in de politiek Esther Ouwehand. Jullie kunnen allemaal de Q-koorts krijgen. blog 10 maart 2021
   

Zo wordt Nederland geregeerd en ziek gemaakt. Het ongelooflijke verhaal van een insider in de politiek Esther Ouwehand. Jullie kunnen allemaal de Q-koorts krijgen

Partij tegen de Burger: natuur is een ideale plek voor een 4-baansweg.

Partij tegen de Burger - Krijg allemaal de tyfus

Partij tegen de Burger: 'Meer megastallen, minder Yvon Jaspers'

Want alleen samen krijgen we U er onder!

Deze populaire en originele filmpjes van De Speld zijn een ijzersterk voorbeeld van hoe je met ironie kan aantonen wat voor krankzinnige ministers en bestuurders we in Nederland hebben. Dat het maar al te waar is wat hier als humor wordt gebracht blijkt uit het verslag van een insider in de Nederlandse politiek: Esther Ouwehand. Alles wat in die filmpjes wordt gezegd wordt in de praktijk gebracht. Het is niet overdreven. Politici nemen besluiten die mensen ziek maken. Ziekmakend beleid.

Esther Ouwehand: Dieren kunnen de pest krijgen!

Ook in de titel van het boek Dieren kunnen de pest krijgen zit een wrange humor. De pest: ook een besmettelijke ziekte. Dieren kunnen de pest krijgen en mensen Q-koorts en covid-19. Het gaat over zoönosen: infectieziektes die van dier op mens overgedragen worden. Bijvoorbeeld SARS-CoV-2. Bijvoorbeeld Q-koorts (2007). En hoe de Nederlandse politiek daar mee omgaat. De Eerste en Tweede kamer wordt bevolkt door vele varianten van de Partij tegen de Dieren (op 1 na). Het boek gaat over hoe de Nederlandse regering degenen belonen die ellende veroorzaken en de slachtoffers straffen. Dat is zo ongeveer de samenvatting. Esther Ouwehand doet met een ongelooflijke zelfbeheersing en engelen geduld een feitelijk verslag van wat ministers en politieke partijen in de afgelopen jaren gezegd, beloofd, gedaan en nagelaten hebben. Ze hoeft nauwelijks moraliserend te zijn, ze hoeft niet te overdrijven want de feiten liegen er niet om. Klein leesbaar boek (127 pag.) (geen index of literatuurlijst). Dit boek moet je lezen om te weten in wat voor land je leeft. En om je geheugen op te frissen. Je begint dan bepaalde patronen te zien.

Bekijk de filmpjes en lees het boek!

Noten

Waarom krijgt straks iedereen de ziekte van Parkinson? (bestrijdingsmiddelen!)

Gronings viroloog en youtuber Sebastian Lequime ontvangt KNAW prijs op 5 maart 2021

Sebastian Lequime (RijksUniv. Groningen)

Op 5 maart 2021 ontving de Franse viroloog Sebastian Lequime (32) een belangrijke KNAW virologie prijs voor zijn wetenschappelijk werk. Sinds kort is hij assistent professor bij de Rijksuniversiteit Groningen. Hij deed onder meer onderzoek naar het West Nile virus, mazelen virus, runderpest virus, en het dengue virus. Hij publiceerde in vooraanstaande wetenschappelijke bladen als Nature en Science. Bovendien heeft hij kans gezien om naast zijn drukke wetenschappelijke werk ook nog aan wetenschapsjournalistiek te doen in de vorm van een youtube channel:

youtube channel of Sebastian Lequime

Ik had een video al eens voorbij zien komen. Maar nu ik weet dat het van een prijswinnaar is, geef ik er aandacht aan via dit blog. Tot nu toe zijn er 3 episodes gepubliceerd met Franse en Engelse voice-over. Evolutie staat centraal. Virussen zijn vrijwel synoniem met evolutie. De titel van zijn eerste youtube episode 'The Light of Evolution' is een referentie naar de beroemde uitspraak van de beroemde evolutiebioloog Theodosius Dobzhansky "Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution". 

"Wij mensen maken ongeveer een willekeurige fout per 100 miljoen tekens die gekopieerd worden,
met andere woorden, er worden gemiddeld 30 fouten gemaakt per volledige kopie van ons genoom."

Virus: "Elke kopie zal een of twee willekeurige veranderingen hebben" [1].

 

Tijdens dezelfde plechtigheid kreeg viroloog Ralf Bartenschlager de KNAW Virologie Prijs voor zijn bijdragen aan de strijd tegen hepatitis C. Tevens was de Wageningse viroloog Jelke Fros (35) aanwezig bij de virtuele plechtigheid. Hij ontving vorig jaar de KNAW prijs voor zijn wetenschappelijk  werk. Alle 3 virologen hielden een korte ZOOM lezing na het virtueel in ontvangst nemen van de prijs. Ik hoop dat de lezingen online gezet zullen worden, want die geven een goede indruk van hun werk. Ironisch is dat door het SARS-COV-2 virus de prijsuitreiking en de lezingen online gehouden moesten worden. Opvallend was dat geen van de drie virologen onderzoek had gedaan aan SARS-COV-2. Echter, in de derde episode Understanding epidemics van zijn youtube channel besteedt Sebastian Lequime aandacht aan de MERS epidemie. Dat is ook een coronavirus.

Sebastian Lequime ontdekte door een nieuwe onderzoeks aanpak dat mazelen en runderpest veel eerder ontstaan zijn dan tot nu toe werd gedacht. Ze gaan terug tot 2600 jaar geleden. Dat viel samen met de groei van steden. De verklaring is dat er toen meer mensen dicht op elkaar gingen leven, wat de verspreiding van virusziektes makkelijker maakte.

de groei van steden en het ontstaan van epidemieën

In het plaatje zie je epidemieën die uitdoven wanneer de steden onder een kritische dichtheid blijven (links) en zich handhaven wanneer steden boven een kritische dichtheid komen (rechts).

Jelke Fros ontdekte dat virussen die door insecten worden overgedragen naar zoogdieren hun RNA moeten aanpassen aan tegenstrijdige eigenschappen van insecten en zoogdier DNA. Dat veroorzaakt conflicterende evolutionaire selectiedrukken. Zeer interessant. Kom ik op terug, misschien in een update van dit blog.

 

 

English summary:

The Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences  has awarded Ralf Bartenschlager the M.W. Beijerinck Virology Prize for his efforts to combat hepatitis C. Virologist Sebastian Lequime received the Beijerinck Premium for young virologists at the same event. Previous year the Academy Beijerinck Premium has been awarded to Jelke Fros (1985). Fros is receiving the Beijerinck Premium for his the original way he links research data on mammalian, insect and plant viruses.

References: 

Beijerinck Virology Prize for research on hepatitis C and Beijerinck Premium for research on viral evolution. (KNAW)

Academy Beijerinck Premium awarded to original thinker in virology. 3 Mar 2020 (Jelke Fros). (KNAW)

Jelke Fros (2021) An adaptive compromise - Conflicting evolutionary pressures on arthropod-borne Zika virus dinucleotide composition in mammalian hosts and mosquito vectors.

Research page Sebastian Lequime with 3 of his most important publications.

VirEvo youtube channel of Sebastian Lequime.

 

Noten

1. Dat zou betekenen dat gemiddeld na 30.000 replicatie rondes iedere positie in het SARS-coronavirus genoom gemuteerd is en na 1 miljoen replicaties heeft iedere positie 3x een mutatie gehad. Maar dat zie je niet in de sequences. Er moet dus selectie opgetreden zijn. [11 Mar 21]
   

Perfecte camouflage van citroenvlinder misleidt ObsIdentify (NIA) software

ObsIdentify is helaas niet zeker:
 Breed pijlkruid - Sagittaria latifolia (12.1%) 25 feb

het resultaat: Breed Pijlkruid (12,1%)!

Ik had de beste foto uit een serie van een Citroenvlinder aangeboden aan ObsIdentify (NIA) beeldherkennings software in waarneming.nl. Ik was verbaasd over het resultaat: geen vlinder, maar Breed Pijlkruid, een plant! 

De de onzekere voorspellingen waren allemaal planten (zie screenshot). De Citroenvlinder lijkt op Breed Pijlkruid?! NB: de foto's zijn scherp; onscherpe heb ik niet gebruikt; de foto's zijn met een goede macrolens gemaakt (SONY 90mm macro); zo dichtbij mogelijk, en zijn bijgesneden zoals steeds wordt aanbevolen; er is niet mee 'geknoeid'.

Het enige wat ik kan bedenken: camouflage! De Citroenvlinder lijkt op een blad! Een blad met nerven. Wat me al eerder opgevallen was, dat Citroenvlinders een voorkeur hebben om uit te rusten op onze gevlekte klimop. Hoe komen ze op het idee? Weten ze dat ze daar het minst opvallen? Maar dan moeten ze weten hoe ze er zelf uit zien! Een vlinder met een correct zelfbeeld? Zelfbewustzijn? Ik heb een theorie. Door predatie van vogels worden individuen geselecteerd die gewoon een erfelijk vastgelegde voorkeur hebben voor bladeren als de gevlekte klimop. Ze hoeven dus helemaal niet 'te weten' hoe ze er zelf uitzien.

Als controle heb ik nog 10 foto's van dezelfde vlinder aangeboden waarbij driemaal Citroenvlinder werd herkend maar met een percentage van slechts 50% (2x) en 33,4% (1x). Breed pijlkruid, Erwt, Klimop, Kaukasische klimop en Oosterse wingerd kwamen voorbij in de antwoorden met allemaal percentages lager dan 25%. Dus: onzeker. OK. Behalve 1 foto: Klimop - Hedera helix met zekerheid 96.2% ! 

ObsIdentify voorspelt Klimop - Hedera helix met zekerheid 96.2%

Ik heb nog geprobeerd de vlinder beter te isoleren door de achtergrond zwart maken, maar dat hielp niet.

Ik moet toegeven: als je niet weet dat hij er zit, en hij stil zit, dan zie je hem niet. Complimenten voor de camouflage van de Citroenvlinder! Hij is de software te slim af!

Na een aantal dagen heeft een (menselijke) moderator de Citroenvlinder goedgekeurd. Dank U wel!

O ja, 25 februari is extreem vroeg in het jaar voor een Citroenvlinder! Maar dat had U zelf natuurlijk ook al door!

Vorig blog over ObsIdentify:

• Verbeterde versie ObsIdentify herkent meer soorten, maar maakt het ook minder fouten?, 8 February 2021

Update: heeft U problemen met invoeren van een comment mail me: