Paleontologists Prothero and Raup accuse evolutionary biologists of being ignorant of the causes of extinction. Let's do some fact-checking!

"Textbooks of evolutionary biology contain little about extinction beyond a few platitudes and tautologies like "species go extinct when they are unable to cope with change" (Raup). ... "When extinction is discussed at all, it is usually in strict Darwinian terms: organisms become extinct because they fail to adapt to new circumstances. ... Rarely can we find geological evidence that establishes a cause for that extinction." (Prothero [1])

 
Is this really true? Note that Raup and Prothero do not give references! That is suspicious. There is only one way to find out: fact-checking! I happen to have some evolution textbooks on my bookshelf. So, here we go.

Scott Freeman, Jon C. Herron (2006) 'Evolutionary Analysis (4th Edition)'

In Part IV 'The History of Life' chapter 18 there is a section 18.4 'Mass Extinctions' the authors write: "Why do mass extinctions occur? The short answer is that they result from short-term, catastrophic episodes of environmental change." (page 712). Indeed, this looks like the meaningless explanation Raup and Prothero were referring to, but ... Freeman and Herron continue right after this passage with a detailed description of several evidences for the asteroid impact hypothesis as a cause of the Cretaceous-Tertiary mass extinction. Raup is present in the Citations list with 3 publications! So, in this case Raup and Prothero are wrong.

Douglas J. Futuyma (2005) 'Evolution'. 

In chapter 7 'The evolution of biodiversity', there is a paragraph 'Causes of mass extinction'. Futuyma wrote "Biologists agree that extinction is caused by the failure to adapt to changes in the environment" (page 146). 

Indeed, this looks indeed like a rather unhelpful tautological statement. But here Futuyma is talking about extinctions in our own times because his examples are: predators, diseases, and competitors. These are mostly recent extinctions. However, on page 148 Futuyma discusses 'Mass extinctions' and a short paragraph 'Causes of Mass Extinctions'. Among them the famous K/T mass extinction. Evolutionary biologist Futuyma list two publications of paleontologist Raup (1972), (1982). This proves that Futuyma read the paleontological literature. The same attention to the fossil record is present in Fuutyma (1998). So, Raup and Prothero are guilty of selective quotation in this case.

 

 

Stephen Stearns and Rolf Hoekstra (2005) 'Evolution, an introduction'

This evolution textbook was published nearly 20 years before Prothero (2024). Relevant is Part 4 'The History of Life' with 3 chapters (total 83 page). In the excellent chapter 16 'Major events in the geological theater', the evolution of life is placed in its planetary and historical context: How has the planet shaped life? Mass extinctions are discussed and their possible causes are discussed (page 390 - 396), including meteorite impact, glaciation, volcanic outbreaks. This is a very good example of how an evolution textbook should be. Highly recommended. I will write a future blog about this book. The only criticism I have is that 'The History of Life' is not placed right at the beginning. First things first! I must conclude again that Prothero's claim is completely false.

N. Barton, D. Briggs, J. Eisen, D. Goldstein, N. Patel (2007) 'Evolution'. 

This book has a strong emphasis on genetics and molecular genetics. The authors discuss 'Extinctions' on page 281 in chapter 10 'Diversification of Plants and Animals' (33 pages of 833 pages book). Note that the subject of this chapter is usually called 'The History of Life'. Causes of extinctions are mentioned (anoxic oceans, asteroid impact, volcanic eruptions, CO2, methane). Species cannot adapt to asteroid impacts (!) but some taxa are hit harder than others. Why? A final paragraph 'Modern extinctions'. By the way, there is an intriguing display method of the 4,5 billion years of the history of the earth (inside of the cover), but still not intuitively clear at first sight. Again, Prothero is wrong.

Mark Ridley (2004) 'Evolution. Third edition'.

Two relevant chapters are chapter 18 'The History of Life' and chapter 23 'Extinction and Radiation'. Chapter 23 contains everything the student may want to know about Extinctions, Mass Extinctions, Causes and consequences of extinctions.

Douglas J. Emlen, Carl Zimmer (2019, 2020) 'Evolution. Making Sense of Life', Third edition.

In Chapter 14 'Macroevolution' there are paragraphs: 14.2 'The Drivers of Macroevolution: Speciation and Extinction'; 14.4 'The Drivers of Macroevolution: Changing Environments'; 14.8 'Extinctions: From Background Noise to Mass Die-Offs'; 14.9 'The Causes of Mass Extinctions'! The last paragraph gives a detailed discussion of the causes of mass extinctions and helpful illustrations. 

In his earlier evolution textbook, The Tangled Bank (2009), chapter 10 'Radiations and Extinctions', Zimmer discusses what paleontologists have discovered about background and mass extinctions and their causes. Additionally, the most recent mass extinction causes by humans is discussed. No simplistic tautologies about extinction. Prothero wrong again.

Eli C. Minkoff (1983,1984) 'Evolutionary Biology'.
This evolution textbook, now 40 years old, the oldest one I have at home, has a chapter 20 called 'Extinction and Its Causes'. Four groups of causes are discussed: climatic, tectonic, biological, extraterrestrial. Of course his discussion is based upon the knowledge of the time. By the way: I see a weird topic: 'Programmed extinction': "this belief is part of a larger view that evolution as a whole is internally programmed and relatively unaffected by vicissitudes of environmental change." (page 335). One cannot find these teleological ideas in contemporary textbooks anymore. Again, Prothero is wrong.

 

Carl T. Bergstrom, Lee Alan Dugatkin (2023) 'Evolution. Third edition'.
This is to my knowledge the most recent evolution textbook. Chapter 15: 'Extinction and Evolutionary Trends' (39 pages). The asteroid impact, Chicxulub crater, iridium and all aspects of extinction are discussed. Please note: Prothero (2003) is quoted (!) on page 536, and Raup is quoted four times (!), so both paleontologists are definitely not ignored! Background versus Mass extinction are discussed and illustrated in detail. "Background extinctions can have a number of causes, including predation, competition, disease, and climate change." (page 541). I can't find the simplistic and tautological explanations for extinction that Raup and Prothero claim to exist in evolution textbooks.

 

John Maynard Smith (1993,1997) The Theory of Evolution. Canto paperback.

This is paperback introduction to the theory of evolution of the famous evolutionary biologists John Maynard Smith. He is well aware of 'easy' and 'difficult' explanations of extinctions: 

"It is easy enough to state the general truth that changes in the environment, ... made the way of life characteristic of such groups no longer possible. It is much more difficult to give more precise reasons in any particular case ..." (page 295).

The 'easy' explanation would correspond to a tautology, but JMS adds the difficult explanation. Again,  I can't find any evidence of simplistic explanations.

 

Conclusion

Paleontologist Donald Prothero (and indirectly a quote of paleonotologist David Raup) made unsubstantiated claims about evolutionary biologists who would have given simplistic explanations of the cause of mass extinctions. They did not give any quotes. I have checked 10 evolution textbooks and couldn't find simplistic explanations. Conclusion: Prothero and Raup are wrong. Evolutionary biologists don't ignore the research of paleontologists in their textbooks.

Unfortunately, I was disappointed by Prothero's attitude towards evolutionary biologists. I didn't finish reading his book. I tried this book because I am interested in a good popular book about the history of the climate on our planet [2]. I read an earlier work of Prothero, 'Evolution: What the Fossils Say and Why It Matters' (2007, 2017), which is a useful popular science book. Prothero has also written 'Reality Check: How Science Deniers Threaten Our Future'. (haven't read yet, apparently overlooked it, will add it to my Introduction page.).

Sources

1. Donald R. Prothero (2024). 'The Story of Earth's Climate in 25 Discoveries: How Scientists Found the Connections Between Climate and Life', Columbia University Press.
2. An alternative is: Tim Lenton (2016) 'Earth System Science: A Very Short Introduction'. 153 pages. I am reading it right now.
   
   

 

Reformatorisch Dagblad blundert met zogenaamde Fastned laadpaalfraude

Criminelen kunnen QR-codes op laadpalen vervalsen

Het Reformatorisch Dagblad blundert met een stuk over fraudetruc van cybercriminelen bij laadpalen voor elektrische auto's. Het RD plaatst een levensgrote foto van een Fastned laadstation bij het artikel met als onderschrift: 'Criminelen kunnen QR-codes op laadpalen vervalsen'. 

Maar bij Fastned is die fraude helemaal niet mogelijk. Fastned gebruikt geen QR-stickers op haar laadstations. Alleen in uitzonderingsgevallen worden ze toegepast, maar dan staan ze op een scherm en kunnen dus niet vervalst worden. Fraude is wel mogelijk wanneer er QR-codes op een sticker voorkomen. En dat is op openbare laadpalen in de bebouwde kom. Die laadpalen hebben geen scherm. Criminelen kunnen op die QR stickers hun eigen stickers met hun eigen QR-codes overheen plakken. Die linken naar hun fake website en incasseren honderden euro's zonder dat de klant het door heeft omdat het laden wel start. Maar de meeste elektrische rijders gebruiken laadpassen. Dan heb je helemaal geen QR-code nodig.

Even een stukje fact-checking. Ik heb Fastned om een reactie gevraagd. Dit is hun antwoord:

"Fastned biedt op een klein aantal laders een QR-code als betaaloptie via het scherm. Dit doen we omdat deze specifieke laders geen pinautomaat ondersteunen, maar we klanten toch de mogelijkheid willen bieden om met een debit- of creditcard te betalen.
Het is goed om te weten dat we er bewust voor kiezen de QR-code alleen op het scherm aan te bieden en niet via een sticker. Dit doen we juist om dit soort incidenten te voorkomen."

Het is dus duidelijk een blunder om het artikel over laadpaalfraude te illustreren met een foto van Fastned!

De QR-codes op laadpalen hebben te maken met de Europese verplichting om de laadinfrastructuur zo toegankelijk mogelijk te maken (betalen zonder speciale laadpas of abonnement). De Vereniging Elektrische Rijders VER had al in maart dit jaar gewaarschuwd voor potentiële oplichting met QR-codes.

De fraude is al in mei 2024 geconstateerd bij laadpalen in Brussel (België)! Voor zover ik weet is alleen daar daadwerkelijk fraude geconstateerd. Maar het is aardig dat het RD haar lezers waarschuwt voor het gevaar. Kennelijk zijn er veel elektrische rijders onder hun abonnees!

 

Voorbeeld van een QR code op een laadpaal in de bebouwde kom.
Er zijn altijd meerdere betaalopties beschikbaar.

Bronnen

• Pas op voor deze nieuwe fraudetruc van cybercriminelen, Reformatorisch Dagblad 13 Nov 2024
• Energiebedrijf waarschuwt voor fraude met QR-codes op laadpalen, De Standaard 8 mei 2024
• Een QR-code op de laadpaal: een slecht idee? VER 21 maart 2024
  
  

SCHOKKEND! De beste ambassadeur voor elektrisch rijden is een benzinerijder!

Ketelklets youtube kanaal

 

De beste ambassadeur voor elektrisch rijden is een benzinerijder die zijn hele leven tweedehands benzine auto's heeft gereden.

Ik rij ruim 8 jaar elektrisch, ben van begin af aan lid van de VER, heb het -overigens uitstekende- boek Alles over de Elektrische Auto *), maar wat deze Youtuber vertelt over de financiële voordelen van elektrisch rijden ten opzichte van benzinerijden heb ik nog nooit zo goed uitgelegd gezien.

 

Vergelijking kosten elektrisch rijden en benzine rijden

De video is eergisteren verschenen en heeft nu al meer dan 20k hits en 563 comments. Ongekend. Hij is een elektrotechnicus en vlogt doorgaans over duurzaamheid, deze keer over zijn (tweedehands) elektrische auto. Hij maakt een kostenvergelijking zoals ik nog nooit eerder heb gezien. Dat komt omdat hij zijn hele leven tweedehands benzine auto's heeft gereden en als geen ander weet welke onderdelen van een benzine auto (die niet in een elektrische auto zitten) allemaal kapot kunnen gaan. En wat dat kost.

Aanbevolen! 

video: Schokkend! Mijn EV ervaringen en kosten (33 min.) 23 nov 24.

*) inmiddels 6e druk.

 

Vorige blogs

Drie aanbevolen boeken over elektrische auto's 8 dec 2023

Eenzijdige berichtgeving over klimaatwinst elektrische auto door NOS-correspondent Charlotte Klein 11 april 2023

etc .

Thomas R. Cech (2024) 'The Catalyst'. Covid-19 vaccines were built on decades of scientific breakthroughs and Nobel Prizes.

Thomas R. Cech is the discoverer of the enzymatic properties of RNA for which he was awarded the Nobel prize in 1989.

Thomas R. Cech (2024)
'The Catalyst'

The title of his book 'The catalyst' refers to the enzymatic properties of RNA. An enzym is a biological catalyst. A catalyst is a substance that increases the rate of a chemical reaction. An important goal of this book is explaining how the 'dogma' ALL ENZYMES ARE PROTEINS was overthrown by himself and subsequently by others. That dogma was the textbook truth at the time when he made his discovery. No exceptions to the rule were known at the time. Indeed, after the discovery of DNA and the establishment of the 'CENTRAL DOGMA OF MOLECULAR BIOLOGY', it was generally accepted that RNA was the messenger that carried genetic information from DNA to the site in the cell where protein synthesis takes place. That was the function of RNA: a messenger. Hence its name messenger-RNA or mRNA. Both dogmas were powerful [3]. They determined which kind of research was done, which research questions were asked and how results were interpreted. Even today one reads in the Wikipedia article Catalysis: "In biology, enzymes are protein-based catalysts". Later the name ribozyme was coined for enzymatic RNA's (enzymatic Ribonucleic acids).

His own discovery is told in chapter 3. The rest of the book is about other discoveries about RNA. Cech explains that the dogma ALL ENZYMES ARE PROTEINS [4] led scientists astray and hindered progress in biology more than once. But first his own discovery. When doing experiments with RNA, Cech himself assumed that splicing out introns from mRNA was being catalyzed by protein enzymes (the power of the received wisdom!). Frustratingly, finding that particular splicing enzym failed. Confusingly, several experiments showed that splicing occurred without protein enzymes. Afraid of making an unforgivable mistake, Cech repeated his experiments in order to be 100% sure that there was no protein contamination in his test tubes. Finally, many experiments later, in 1982, he was convinced that he discovered a self-splicing intron in a RNA sequence and published it [1].

structure of self-splicing intron (wikipedia)

Another example of the powerful influence of the ALL ENZYMES ARE PROTEINS dogma, occurred in the lab of Sidney Altman. A control experiment in Altman's lab was supposed to produce negative results because the sample contained no proteins, but only RNA. Mysteriously, the control did produce positive results! The enzymatic activity had to be attributed to RNA, not to protein. Again enzymatic RNA. So, Altman independently discovered a different enzymatic RNA and shared the Nobel prize in Chemistry with Thomas Cech in1989.

A third example (Chapter 5 The Mothership) of the refutation of the dogma is the ribosome machine which is enormously complex and made of proteins and ribosomal RNAs (rRNA). The ribosome is the site where proteins are produced. Naturally, when scientists started to investigate the structure and function of the ribosome, they assumed enzymatic proteins must do the job. However, things turned out differently. It appeared to be the ribosomal RNA, not one of the ribosomal proteins, that did the job of binding tRNAs. Chapter 4 was, unexpectedly, a pleasure to read and I learned a lot new and interesting facts.

A fourth example of enzymatic role of RNA is telomerase (Chapter 7). Telomerase is a complex molecule constructed of both RNA and proteins. According to the standard view proteins are the active enzymatic part. Contrary to the expectations, it appeared that Telomerase activity was destroyed by RNAse (Ribonuclease) treatment. Conclusion: Telomerase activity appeared to require RNA. "So now RNA had been found at the heart of yet another critical life process – building out chromosome ends to secure the integrity of the genome."  Another exception to the law ALL ENZYMES ARE PROTEINS.

There are many more interesting insights and facts about RNA, some of them breakthrough discoveries that were awarded the Nobel Prize [2]. Cech typically describes how discoveries are made and which scientists were involved. However, I will now focus on the long history of mRNA covid19 vaccines as I promised in my previous blog. 

 

Covid-19 vaccines

In Chapter 10 Cech tells how fundamental RNA research prepared the way for mRNA vaccines. There are two different ways to produce proteins in cells of a person: by DNA or by RNA. DNA-vaccins were already being developed. The disadvantage of DNA vaccines: DNA could incorporate into our chromosomes and that is something you don't want to happen. Another disadvantage of DNA vaccines is that one doesn't need permanent production of those proteins. Only a short period is enough for the immune system. The advantage of a mRNA vaccine is that it is not a permanent modification of our DNA. The mRNA cannot by its very nature be incorporated in DNA. The scientific principle underlying all these mRNA therapeutics is simple: in every case where a protein is needed to stimulate the immune system or to replace a missing or mutated protein, it seems possible to use the corresponding mRNA instead to instruct our bodies to make that protein. 

Cech emphasizes that mRNA is not a secret military invention that was used to repress the people or things like that. RNA, just as DNA, is in every living cell on earth. RNA is as old, and likely older than life itself (RNA-world). The only thing that is foreign to the human body is the viral Spike protein which is encoded in the RNA. In this case RNA is only the messenger. The original Spike protein is located on the outside of the SARS-CoV-2 virus. It is recognized by the human immune system. By including the genetic code for the Spike protein in an mRNA and letting our own cells decode the mRNA and produce Spike proteins, the immune system is prepared for attacking the real SARS-CoV-2 virus. It is better and safer to introduce only a foreign protein, than the complete but weakened SARS-CoV-2 virus. To introduce a harmless protein in our bodies instead of the whole virus, that's the whole idea of this vaccination. And the mRNA method is a smart way to do it.

However, making a vaccine out of RNA is not that simple. Nobody had done it before. There were many technical obstacles. For example, how do you deliver the RNA? RNA on its own is unstable. Forty year ago using lipid membranes (liposomes) was challenging and unproven. But in 1989 it was shown for the first time that a foreign gene (mRNA) could be expressed in cells in Petri dishes. Subsequently, it was shown that this also worked in living animals. Other problems appeared, such as how to avoid that the body attacked the RNA before it could produce the protein [7]. Expert biochemical knowledge and creative thinking solved the problem. It was a breakthrough discovery and was awarded the Nobel prize [5]. This was before the SARS-CoV-2 pandemic in 2019 caught the world by surprise. In 2018 the RNA technique was successfully used in a clinical trial as a therapy for the hereditary disease ATTR. Cech writes: "It turned out that siRNA delivery would be a dress rehearsal for mRNA delivery a few years later." As soon as the pandemic started, and the DNA sequence of the SARS-CoV-2 virus was known, BioNTech (Germany) [6] and Moderna (USA) abruptly switched their research programs to covid-19 vaccines based on their new RNA techniques. Remaining scientific and technical difficulties were overcome. 

"In November 2020, the directors of Pfizer Inc. were waiting in nervous anticipation. They were about to hear the results of the clinical trial of the mRNA vaccine they were developing with BioNTech. As the vaccine's 95 percent efficacy rate was announced, a collective gasp arose--and then the group erupted with applause and shouts of triumph. The board had been hoping for at least 70 percent efficacy, which would have been a public health success. That would have put the Covid-19 vaccine between the influenza vaccine somewhere between the influenza (flu) vaccine (averaging 40 percent effective), with a year-to-year range of 10 to 60 percent) and the measles vaccine (97 percent effective). Ninety-five percent was beyond most expectations."

It is clear from this description that pharmaceutical companies neither carry out the clinical trials themselves, nor do they determine the outcome, nor do they give themselves the permission to bring their products on the market (if anyone thought this would be possible).

Thomas Cech: 

"It had taken 30 years for mRNA therapeutics to evolve from being generally disparaged -- "too unstable", "too difficult to get into cells", "too immunogenic"-- to being heralded as "A shot to save the world."

While writing this blogpost, an article appeared in Nature:

"Over the past few decades, RNA’s place in biology has transformed from being a mere intermediate between DNA and protein to a fascinating molecule with diverse activities that go well beyond simple transcription of genetic information." Nature 14 Nov 24

Indeed! It just shows that 'The Catalyst' appeared at the right moment!

 

About the book

This book was written by a scientist and Nobelist, not by a science journalist. Although science journalists do very good work, its a rare and welcome event that a Nobel prize winner takes the trouble to write a book. It results in a lack of unnecessary lengthy and distracting anecdotes. Yes, there are short anecdotal remarks, but they help to understand how science is done. For example Cech mentions how his first coworker and lab technician Art Zaug "has golden hands". Cech kindly and rightly includes him as a co-author of the publication that reported the discovery of self-splicing RNA [1]. The style of the book is factual and to-the-point without too many technical details, but enough to explain the science. The book was a pleasure to read. I consider it a good example of a successful popular science book. A basic knowledge of the relation between DNA, RNA and proteins is helpful. Again, it turned out to be true that writing a book review takes more time than reading the book! 

 

Update

The success of messenger RNA (mRNA) vaccine technology in the COVID-19 pandemic, marked by its rapid development and scalability, demonstrates its potential for addressing other infectious threats, such as HPAI A(H5N1) (highly pathogenic avian influenza). Source: An influenza mRNA vaccine protects ferrets from lethal infection with highly pathogenic avian influenza A(H5N1) virus, Science 18 Dec 2024

 

Notes

1. K Kruger, P J Grabowski, A J Zaug, J Sands, D E Gottschling, T R Cech (1982)
   Self-splicing RNA: autoexcision and autocyclization of the ribosomal RNA intervening sequence of Tetrahymena, Cell.
2. Nobel prize 2024 (MicroRNAs) (postranscriptional gene reguation) gives a good and detailed explanation (with illustrations)
   
3. The Central Dogma of molecular biology. (wikipedia)
   
4. the reverse "all proteins are enzymes" is not true, because there are non-enzymatic structural proteins.
5. The 2023 Nobel Prize in Physiology or Medicine was awarded jointly to Katalin Karikó and Drew Weissman for their discoveries concerning nucleoside base modifications that enabled the development of effective mRNA vaccines against COVID-19. (Press release of the The Nobel Committee, with a good explanation of the science). 
6. BioNTech was founded to develop RNA-based cancer immunotherapies.
7. But how does the immune system distinguish its own RNA from foreign RNA especially when it is a mRNA of a new virus? My initial question was: why is this an issue, since the mRNA is located inside a liposome? So, it should be invisible for the immune system. However, this is (partly) explained on the Nobel prize page: "This was a paradigm change in our understanding of how cells recognize and respond to different forms of mRNA. Karikó and Weissman immediately understood that their discovery had profound significance for using mRNA as therapy. These seminal results were published in 2005, fifteen years before the COVID-19 pandemic." This shows again that the Covid-19 vaccins were not rushed to market.
   

 

Update 13 Dec 2024

• RNA-based pesticides enter the field, Science (Another application of RNA!)
  

 

Previous blogs

• Tast het corona vaccin je eigen DNA aan? (update) 12 April 2021
• ASTRAZENECA is een vreemd vaccin. De onnatuurlijke werking van een DNA vaccin. 24 April 2021

Personal note: I have been vaccinated with the BioNTech/Pfizer mRNA  vaccin (5x) and Moderna mRNA vaccin (2x). (The Netherlands). Between vaccination #6 and #7 I tested positive for Corona and had a few days symptoms of corona (coughing).

Update 21 Nov 2024: I changed the blog title to: "Thomas R. Cech (2024) 'The Catalyst'.  Covid-19 vaccines were built on decades of scientific breakthroughs."

Acht Bruinrode heidelibellen op een balk, één Straatgras in een bos en twee overvliegende Zeearenden

Bruinrode heidelibel

youtube video van alle 8 libellen

( toegevoegd: 11-11-2024 )

bloeiend Straatgras Poa annua in een bos

Zeearend Haliaeetus albicilla ©GK

Zeearend Haliaeetus albicilla ©GK

Zeearend Haliaeetus albicilla ©GK

Het was mooi zonnig weer. We waren op een paddenstoelen zoektocht in Einde Gooi (Natuurmonumenten) bij Hollandse Rading. 

Je kijkt voortdurend naar de grond. We hebben een aardig aantal paddenstoelen gevonden, o.a. de Grote bloedsteelmycena. Maar, als ik ganzen hoor kijk ik altijd even naar boven om ze te zien. Bij de tweede keer dat ik ze hoorde, waren we toevallig bij een open veldje in het bos. Ik zag geen ganzen, maar wel twee redelijk laag overvliegende roofvogels. Snel mijn camera gepakt en een paar beelden kunnen schieten. Ik had een tijdswindow van plm 5 sec. Dus iedere seconde telt. Toen waren ze verdwenen achter de boomtoppen. Op het camerascherm had ik al gezien dat het geen buizerden waren. Ze waren anders, groter. De camera had, zoals gebruikelijk en heel irritant, problemen met scherpstellen tegen een egale wolkenloze lucht. Thuisgekomen constateerde ik dat er 3 van de 5 foto's een vogel in beeld hadden en die waren ook nog scherp. Snel ingevoerd in waarneming.nl en mijn vermoeden bleek waar: 100% Zeearend (White-tailed Eagle). Dat is nu het laatste wat je verwacht van een middagje paddenstoelen zoeken in een beukenbos. Ik had al jaren de Zeearend op mijn verlanglijstje. Gezocht bij de grote rivieren, de IJssel, Maas, maar nooit gezien. En nu opeens boven je hoofd in een bos terwijl je 99% van de tijd intensief de bosbodem bestudeert! En ze maakten geen geluid. Dus zonder die ganzen had ik zeer waarschijnlijk niet omhoog gekeken. Ik heb echt veel geluk gehad om twee zeearenden boven je hoofd te kunnen fotograferen in plaats van op 1 km afstand op een open vlakte.

Straatgras (stomme naam!) is niet echt bijzonder, behalve dat het op de bosgrond groeide, en bloeide en dat het voor mij een nieuwe soort bleek. De acht Bruinrode heidelibellen zaten op een balk van een hek aan de rand van een weilandje lekker in het najaarszonnetje op te warmen. Een leuk gezicht. Het was 2 november, best laat in het seizoen. Deze heidelibel is algemeen en ik had hem al meerdere keren ingevoerd, maar het blijven mooie dieren. Vooral 8 op een rij.

De Zeearenden werden wel met 100% zekerheid herkend door automatische beeldherkenning (ObsIdentify), maar de validatiestatus staat nog op 'onbekend' in waarneming.nl omdat de locatie nieuw was. ("Confident (100%), but a new location"). Tsja, een nieuwe locatie: daar kan ik me wel iets bij voorstellen. Maar Zeearenden willen nog wel eens grote afstanden afleggen en dan kunnen ze ook over een bos vliegen. Waarnemingen, zelfs zonder foto, op een locatie waar ze normaal vaak worden gezien, worden automatische goed gekeurd. Mijn waarneming moet dus nog handmatig door een moderator goedgekeurd worden. Opschieten aub! Niet dat ik er geen vertrouwen in heb, maar je wilt het gewoon zien. Het staat goed op je CV. Zo, nu een fles wijn opentrekken om het te vieren!

Camera: Sony RX10-iv.

De lange voorgeschiedenis van de Covid-19 vaccins

update #46

Even een kort blogje over de bewering dat de Covid-19 vaccins niet grondig getest zijn, en veel te snel op de markt gebracht zijn. 

Dit naar aanleiding van de discussie op een blogpost van 2 jaar geleden over een publicatie van Ronald Meester over de vermeende dodelijke bijwerkingen van de Covid-19 vaccins. Maar vooral naar aanleiding van het boek The Catalyst: RNA and the Quest to Unlock Life’s Deepest Secrets door Thomas R. Cech dat dit jaar verscheen. In een volgend blog wil ik een wat uitgebreidere boekbespreking posten in het Engels. Hier ga ik uitsluitend kort in op de kwestie hoe het kon dat RNA Covid-19 vaccins zo snel op de markt kwamen.

De naam Thomas R. Cech is voor altijd verbonden met de ontdekking van de enzymatische (katalytische) werking van RNA. Hij ontving hiervoor de Nobelprijs in 1989. Alweer een tijdje geleden. Cech behandelt Covid-19 vaccins in hoofdstuk 10.

Belangrijkste opmerking:

"How did scientists do it so quickly? The short answer is, they didn't. While the Covid-19 vaccine did appear in record time, it was built on decades of scientific breakthroughs."

Door gebrek aan kennis begonnen er al snel complot (conspiracy-) theorieën te circuleren. mRNA vaccins zijn inderdaad nieuw. Tot nu toe werden delen van virussen of levende verzwakte virussen of  recombinant DNA-technieken gebruikt als vaccin (echt waar, zie rivm info). Dit gebeurt niet bij mRNA vaccins. Daar wordt een stukje boodschapper RNA in een vetbolletje gebruikt. Boodschapper RNA (mRNA) is een onmisbaar onderdeel van de eiwitsynthese in iedere cel. Het is dus geen menselijke uitvinding of zo. Fundamenteel onderzoek naar RNA werd in de jaren 80 van de vorige eeuw gedaan uit pure wetenschappelijke nieuwsgierigheid. Dat onderzoek was niet uit op welke toepassing dan ook. Daarna volgt een lange geschiedenis van nieuwe ontdekkingen op het gebied van RNA door talentvolle, creatieve wetenschappers die buiten de gebaande wegen durfden te gaan. De producenten van het vaccin, Moderna en BioNTech, waren in januari 2020 nog onbekende biotech start-ups. De rest is history. De hele geschiedenis plus alle andere wetenschappelijke en medische RNA toepassingen worden op een leesbare manier beschreven in het boek van Thomas R. Cech. Daarover in een volgend blog meer.

Het beloofde blog is: 

Thomas R. Cech (2024) 'The Catalyst'. Covid-19 vaccines were built on decades of scientific breakthroughs and Nobel Prizes. 18 Nov 2024

Voor alle SARS-CoV-2 blogs klik op het label:

• SARS-CoV-2

Abraham Kuyper: een goed geinformeerde criticus van Darwins evolutie theorie.

Abraham Kuyper (1899) Evolutie

Een verrassend helder en leesbaar geschreven anti-evolutie geschrift van 125 jaar geleden getiteld: 'Evolutie', geschreven door de oprichter van de Anti-(R)evolutionaire Partij (ARP), stichter van de Vrije Universiteit (VU) [9], en de minister-president van Nederland van 1901 tot 1905: Abraham Kuyper (1837 – 1920).

Het belangrijkste wat mij opviel is dat Kuyper, ondanks de bedreiging die hij ziet in het 'Evolutie-dogma' voor de christelijke cultuur, een feitelijk correcte weergave geeft van de kern van Darwins evolutietheorie. Dit is opmerkelijk voor een criticus. Ook valt hij de persoon van Darwin niet aan. Ook dit is opmerkelijk voor een Darwin-criticus. Kuyper erkent dat Darwin in zijn Origin of Species meer hechtte aan empirie dan aan speculatie (p19). Geweldig. Kuyper vermeldt dat Darwin kunstmatige selectie van duivenrassen gebruikte als voorbeeld van de effecten van selectie. Hij begreep Darwins argument. Hij begreep ook dat je extra argumenten en feiten nodig hebt om aan te tonen dat dit soort selectie ook in de natuur plaats vindt. Bovendien begreep hij dat er op die manier nieuwe soorten kunnen ontstaan (p.20). Ook begreep hij dat Darwin geen doelmatigheid of 'sturing van hoger hand' kon binnen smokkelen. De theorie zou louter mechanistisch moeten zijn. Klopt ook. Want anders zou alles voor niets zijn geweest. Kuyper schrijft respectvol: "En hierin nu bestaat de grootste vondst van Darwin, dat hij metterdaad zulk een puur mechanistisch agens aanwees...". En hij noemt het principe van Malthus dat er meer individuen geboren worden dan er voedsel beschikbaar is met als gevolg: 'struggle for life' [3]. Als de gunstige eigenschappen van de 'survivors' erfelijk zijn, dan bestaat de volgende generatie voor een groter deel uit erfelijk aangepaste individuen (simpel gezegd) en kunnen zij in principe die eigenschappen ook weer doorgeven aan de volgende generatie. Kuyper noemt als tweede mechanisme de erfelijkheid van verworven eigenschappen die bijdraagt aan aanpassing [1]. Als er voldoende tijd voorhanden is [2] ontstaan er steeds beter aangepaste individuen. Er ontstaan nuttige, functionele aanpassingen. En die accumuleren in de loop der generaties. En dit alles zonder God. Het Eureka moment voor Darwin. Het gaf een impuls aan empirisch onderzoek. Steeds valt op hoe nauwkeurig Kuyper de sterke kanten van de theorie van zijn tegenstander beschrijft. Geen karikatuur. Dat is zeldzaam voor een tegenstander. En een bewijs van zijn integriteit en intelligentie.

Hij leerde me zelfs nog een nieuwe term: chorologie [4]: over het belang van de ruimtelijke verspreiding van soorten over de aardbol. Een begrip dat bijna alle Darwin- en evolutie-critici vergeten. Dus: complimenten voor Abraham Kuyper! Hij constateert dat de evolutietheorie een nieuwe impuls gaf aan wetenschappen als Physiologie, Paleontologie en meer. Hij erkent dat als feit. De evolutie gedachte werd door anderen verder uitgebouwd tot een alomvattende theorie. Geen wetenschappelijk gebied bleef onaangeroerd: psychologie, esthetiek, ethiek, sociologie, economie, en zelfs religie [5]. Dat is zeer verontrustend voor calvinisten (christenen).

Kritiek met korte houdbaarheidsdatum

Kuyper accepteert de logica van Darwins theorie op voorwaarde dat erfelijkheid mechanistisch verklaard kan worden. Dat lijkt een redelijke eis. Kuyper wist dat Darwin een foute theorie van het mechanisme van erfelijkheid had [6]. Hij laat vervolgens uitputtend zien dat in de laatste decennia van de 19e eeuw verschillende alternatieve erfelijkheidstheorieën gepubliceerd werden. De ene nog vager en speculatiever dan de andere. Opvallend: hij meent dat de aanname van 'Vererbungssubstanz' (erfelijkheids-substantie!) [7] niets oplost:

"Een hypothese waarbij het terstond in het oog springt, dat de onderstelling van een "Vererbungssubstanz" niets is, dan een anderen mystieken naam stellen voor het te ontsluieren mysterie". (pag 31)

Zijn kritiek is in feite terecht. Het waren geen empirisch toetsbare theorieën. Het waren zeer speculatieve theorieën. Waarom is dit zo belangrijk voor Kuyper? Die theorieën:

"ze hebben het volstrekte onvermogen, om het feit der overerving mechanisch te verklaren, in zoo helder licht geplaatst, dat het niet te sterk gesproken is zoo ik zeg, dat het monistisch mechanisme der gehele Evolutie-leer in haar Achilleshiel er doodelijk door is getroffen." (pag. 32).

Met 'monistisch mechanisme' bedoelt Kuyper het streven om alle natuurverschijnselen materialistisch te verklaren. Hij interpreteert het falen van een materialistische verklaring van erfelijkheid, als bewijs dat het materialisme gefaald heeft. Immers het materialisme claimt dat in de wetenschap alles mechanistisch verklaard moet worden [9]. En aangezien het Darwinisme op een ondeugdelijke theorie van erfelijkheid is gebouwd, stort het hele Darwinistische bouwwerk in volgens Kuyper. Maar, wat is eigenlijk het alternatief? Dacht Kuyper zelf dat erfelijkheid werkt via niet-materialistische of bovennatuurlijke krachten? Hij moet toch geweten hebben dat zonder fysiek contact tussen man en vrouw, een vrouw niet zwanger wordt? En dat er dus overdracht moet zijn van een materiële substantie van de vader naar de moeder om een kind te maken? Een bevruchting is toch geen bovennatuurlijk wonder? Ook al hadden de Darwinisten geen goede erfelijkheidstheorie, dat ondermijnt toch niet het feit van erfelijkheid? (zie dit blog).

Alsof één doodsteek nog niet genoeg is, komt Kuyper nog met een tweede. Natuurlijke selectie veronderstelt dat er steeds nieuwe variatie optreedt. Anders valt er op den duur niets meer te selecteren. Terechte opmerking. Heel scherpzinnig merkt Kuyper op: waar komt die variatie vandaan? Die variatie mag niet van te voren 'klaarliggen'. Het mag ook niet wetmatig zijn, het moet volledig onbepaald zijn. Er mag geen ontwerp en geen doel zijn. Dat eist het mechanistisch verklaringsmodel. Klopt allemaal. Kuyper meent dat ook hier het mechanistisch model gefaald heeft. En ongetwijfeld stort het Darwinistisch bouwwerk voor de tweede keer in. 

Het ironische van de hele zaak is dat Kuyper zijn betoog hield in 1899. Dat is precies één jaar vóór de drievoudige herontdekking van de erfelijkheidswetten van Mendel! De experimenten van Mendel wezen op het bestaan van concrete erfelijke factoren. Het was de geboorte van de Mendelse genetica. 53 jaar later werd ontdekt dat de lang gezochte erfelijke substantie uit DNA bestaat. En zijn vraag waar die ongerichte variatie vandaan kwam, werd in 1910 beantwoord toen Thomas Hunt Morgan een white-eye fruitvliegje in zijn kweekflessen vond (normaal hebben ze  rode ogen). Mutatie noemen we dat tegenwoordig. We weten dat mutatie ongericht, toevallig is. Kuyper had natuurlijk niet in de toekomst kunnen kijken, maar hij hield er kennelijk geen rekening mee dat wetenschappers ook niet stilzitten. Hij nam dus in feite een stevig risico door er op te gokken dat wetenschappers het raadsel van de erfelijkheid nooit zouden kunnen oplossen. In feite was dit een god of the gaps argument omdat hij zich baseerde op een onopgelost probleem in de wetenschap van zijn tijd.

Zou het kunnen zijn dat Kuyper het zich kon permitteren om de sterke kanten van het Darwinisme te behandelen, omdat hij een aantal 'fatale wetenschappelijke zwakheden' in petto had? Hoe dan ook, hij heeft literatuuronderzoek gedaan. En hij begreep het.

Hij besluit zijn rede met het eerste van de geloofsartikelen van de Christelijke kerk:

IK GELOOF IN GOD ALMACHTIG, SCHEPPER DES HEMELS EN DER AARDE.

Het stond dus van te voren vast dat Kuyper het Darwinistisch-evolutionair wereldbeeld om religieuze redenen moest verwerpen:

"Over de klove, die tusschen het dogma der Triniteit en het pseudo-dogma der Evolutie gaapt, valt geen brug te slaan. Christelijke religie en Evolutieleer zijn twee over en weer elkaar uitsluitende systemata." (p.12) [12]

Behalve de evolutietheorie zelf waren sommige evolutionisten zelf de oorzaak. Abraham Kuyper citeert de beroemde Duitse bioloog, zoöloog, Darwinist, filosoof Ernst Haeckel: Gott ist ein "gasförmiges Wirbelthier". Het citaat komt uit de rede 'Der Monismus als Band zwischen Religion und Wissenschaft. Glaubensbekenntniss eines Naturforschers' (1892). Kuyper was hierover zeer verontwaardigt. Een paar jaar later publiceerde Haeckel in 1899 het beroemd geworden boek 'Die Welträtsel' waarin hij de hoofdstellingen van het christelijk geloof met de grond gelijkmaakte. Haeckel was dus te vergelijken met de hedendaagse evolutionist en atheist Richard Dawkins. Het atheïsme van Haeckel en Dawkins heeft de acceptatie van het darwinisme onder gelovigen sterk belemmerd. Het was olie op het vuur. Het is begrijpelijk dat ook Kuyper buitengewoon geïrriteerd was. Hier zit het probleem: de associatie van darwinisme en atheïsme, of zelfs de gelijkstelling van die twee. Vandaar het belang van een boedelscheiding: wetenschap en religie zijn twee gescheiden domeinen (NOMA). [13]

Hij verwierp Evolutie ook omdat er 'een doodelijk gevaar in de Evolutie schuilt' (pag.51). Het gevaar van een doelloos mechanisch opgebouwde kosmos. Die leer mag door geen enkele onderwijzer aan onze kinderen onderwezen worden [11]. 

Hij moest Darwinisme ook om politieke redenen afwijzen. Hij meende ten onrechte dat het 'recht van de sterkste' onvermijdelijk uit Darwinisme volgt [10] en dat was voor hem ook een reden om Darwinisme te verwerpen. Ook een achterhaald idee. 

Desondanks leek Kuyper de verdienste van het Darwinisme als wetenschappelijke theorie goed in te schatten. Dat is zijn verdienste.

Postscript

Bedenk dat Abraham Kuyper de oprichter van de Vrije Universiteit was [9]. Vanaf de oprichting was de VU een anti-evolutie universiteit. Niet als bijkomstigheid, maar als grondbeginsel. Het Christelijk onderwijs stond op het spel. Ik heb dit persoonlijk aan de lijve ondervonden [9]. De ontwikkeling van de houding van de VU ten aanzien van evolutie sinds die tijd is een apart onderwerp.

Noten

1. is nog steeds controversieel
2. hij geeft hier geen maat: nergens in zijn rede noemt hij miljoenen jaren.
3. "Een feit evenzeer de wan-evenredigheid tusschen de schier grenzenlooze vermenigvuldiging van de eters, en de schraalheid van de voorhanden spijze." (pag 21).
   
4. Chorologische geografie: de wetenschap die zich bezighoudt met de ruimtelijke verspreiding van organismen over het aardoppervlak. Engels: Chorology: the study of the spatial distribution of organisms (biogeography). Het begrip biogeografie is tegenwoordig het gangbare begrip daarvoor.
5. Daniel Dennett sprak veel later over 'universal acid' (bron) maar Kuyper was hem voor!
6. Pangenesis theorie (wikipedia). Dramatisch gegeven: Kuyper schreef deze passage 1 jaar voor de herontdekking van Mendel in 1900
   
7. We weten nu dat die 'Vererbungssubstanz' DNA is: de materiële basis van erfelijkheid. Maar DNA werd pas in 1953 ontdekt. Daarvoor was er al de chromosoom theorie van erfelijkheid en was bekend dat nucleïnezuur in de celkern aanwezig was.
8. Wikipedia artikel 19e eeuw: "De negentiende eeuw kenmerkt zich door weergaloze vorderingen der wetenschappen. De eeuw der techniek roept een materialistische levensbeschouwing op. ... Sommigen zien ook verwantschap met het darwinisme en het daaruit voortvloeiende evolutionisme."
9. Kuyper was oprichter van de VU. Zijn strijd tegen evolutie was binnen de VU nog steeds levend eind jaren 90 van de vorige eeuw. Zie: BRIEFWISSELING tussen Redactie WCS en G.Korthof 14-6-96 t/m 1-12-96 . Anno 2024 wordt er een cursus evolutiebiologie aan de VU gegeven. Abraham Kuyper zou zich omdraaien in zijn graf.
   NB: Gerdien de Jong wees mij er op dat de link niet werkte. U kunt nu zoeken op evolution courses: https://research.vu.nl/en/courses/?search=evolution+course en krijgt dan 88 hits waarvan plm 15 niet over evolutie gaan. De meest algemene is: Evolutie door Mirte Bosse: "Na afloop van de cursus is de student in staat: de belangrijkste bewijzen voor evolutie te omschrijven;... ". De enige cursus die nog herinnert aan de oprichter van de VU, Abraham Kuyper is: Creation and Redemption: Reformed and Evangelical Theology and Evolution door Gijsbert van den Brink. Maar die gaat over klimaat verandering. [toegevoegd: 17 Sep 2024]
   
10. Darwinisme is geen politiek systeem, maar een wetenschappelijke theorie over de levende natuur: planten en dieren. Dat anderen (soms zelfs wetenschappers) ethische en politieke consequenties trekken is niet de schuld van de evolutietheorie.
11. In amazon.com staat het boek aldus omschreven: "In this historic speech delivered at the Vrije Universiteit in Amsterdam, Abraham Kuyper, a Dutch statesman and theologian, lays out his views on the relationship between science and religion, arguing for a Christian worldview that embraces evolution as a natural process." Dat is 100% het tegenovergestelde van hetgeen Kuyper beweerde! [17 Sep 2024]
12. citaat toegevoegd [4 Okt 24]
13. paragraaf over Haeckel toegevoegd 14 okt 2024.  Het tragische is dat sommigen het bestrijden van het theïsme als hoogste prioriteit hebben en daarmee de suggestie wekken dat Darwinisme een atheïstische theorie is. Maar je moet Darwinisme uitsluitend op zijn wetenschappelijke merites beoordelen want het is een wetenschappelijke theorie.  (Tevens toegevoegd als laatste comment.)

 

 

Bronnen

De rede is opnieuw uitgegeven door de ULAN Press. Het is een fotografische reproductie van het origineel uit 1899. Het is verkrijgbaar bij amazon.fr. Het staat eveneens in amazon.com, maar is niet leverbaar aan personen woonachtig in Nederland. En het staat in amazon.nl maar is 'momenteel niet verkrijgbaar'. Voor de digitale versie neem contact op met Rolie Barth. Tevens is het boek online te lezen als digitale scan van het origineel op Delpher. De tekst is te downloaden als doorzoekbare pdf (KB). (toegevoegd 1 Okt 2024)

Postscript 17 Sep 2024: 

Het boek blijkt nu verkrijgbaar in amazon.com als hardback ($29,95) en paperback ($15,95). 

Met dank aan Leonardo die mij op het spoor van Abraham Kuyper zette, en Rolie voor de digitale versie van het document, en Susan die het boek vond in de Franse Amazon.

Het plezier van het ontdekken van een verklaring voor een vreemd verschijnsel

cirkelpatroon op vacuümglas

Wanneer het 's nachts koud en vochtig is geweest (buiten 7°C, binnen 21°C graden), kun je 's ochtends een zeer regelmatig patroon van cirkels zien op het vacuümglas (zie dit blog). Maar deze ochtend zag ik een afwijking in het regelmatige patroon:

een afwijkende cirkel

Eén cirkel was duidelijk groter dan de rest. Vreemd. Nooit eerder gezien. Waarom die ene? Dat vraagt om een verklaring. Toch maar even de zaak van dichtbij bekeken. Verrassing: die grote cirkel heeft in het midden twee in plaats van één micro-spacer! Een zeldzaam foutje in het productieproces van vacuümglas.

 

twee micro-spacers in de grote cirkel

Leuk om een verklaring te hebben gevonden op micro niveau. Niet schokkend, maar dat soort dingen vind ik nu leuk. Dingen willen begrijpen.

Bronnen

• Curieus patroon op vacuümglas na een forse regenbui, blog 14 april 2024